CUESTIONARIO DEL TEMA 3: INTRODUCCIÓN A LA INGENIERÍA GENÉTICA

Del artículo: Bioinformatics Advances in Genomics – A review. Ogbe et al. (2015).

1. Describa los componentes de un análisis de genoma.
Secuenciación del ADN: para determinar la composición del genoma de un organismo se
debe recurrir a la tecnología (bioinformática), a fin de obtener el orden que siguen los
nucleótidos en la estructura del ADN. Entendiendo que tras disgregar las células del tejido y
empleando técnicas de biología molecular, se disrrumpe la membrana celular y libera el
material genético, el cual, es fragmentado para ser analizado.
Ensamblaje de la secuencia del ADN: tras identificar cada fragmento se lograría
ensamblar la secuencia para crear la representación original del material genético en
estudio.
Anotación y análisis: de la secuencia ensamblada obtenida en el paso anterior se
establece el orden definitivo que siguen los nucleótidos, en el cromosoma, por ejemplo. Se
establece tanto la composición, como las características de los genes.
2. Defina anotación de genoma.
Proceso mediante el cual se asigna una clasificación o categoría a la secuencia de acuerdo
a sus características y funciones, en otras palabras, es el proceso por el cual se otorga
información biológica de la secuencia génica.
3. ¿Qué es predicción de gen(es)? Mencione al menos 2 métodos para realizarla.
Se entiende como predicción de genes a la identificación de elementos funcionales en el
genoma, o también conocidos como genes codificantes (exones). Se puede identificar la
expresión de estos genes por los niveles de RNAm que se producen, empleando varias
técnicas, entre las cuales se pueden destacar: 1) Microarrays y 2) Secuenciación de
marcadores para el Análisis en Serie de la Expresión Génica (SAGE).
4. Describa la técnica de Microarrays.
Los Microarrays se utilizan para determinar la expresión de ciertos genes, y poder
compararlos con “lo normal” (de ser posible). Los Microarrays son chips que cargan
secuencias de ARN, a las cuales, se las pone en contacto con el material genético de
interés (muestra) que por hibridización pueden aparear sus bases complementarias y
generar cierta cantidad de luz, que puede ser medida. Éstos representan uno de los
grandes avances de la bioinformática, siendo una de las herramientas más empleadas en la
actualidad.
Del artículo: Recombinant protein production in Pichia pastoris under
glyceralgehyde-3- phosphate dehydrogenase promoter: From carbon source
metabolism to bioreactor operation parameters. Çalik et al. (2015).
8. Describa las ventajas del uso de PGAP como promotor de producción
recombinante de proteínas.
Asociar la cantidad de producto al crecimiento, lo que puede optimizarse mediante una
estrategia de alimentación bien diseñada, por lo que siempre que el producto en sí no sea
tóxico para el huésped.
esto se debe a que el rendimiento de proteína r es proporcional a la masa
celular, mientras que evita problemas de uso de metanol y simplifica el proceso
de producción al reducir los costos.

9. ¿Qué factores deben considerarse para el mejoramiento en la producción

recombinante de proteínas?
Factores genéticos Para mejorar la expresión de proteínas recombinantes,
En g; Composición A + T del gen , mensajero ribonucleico
 ácido (ARNm) 5 y 3 regiones no traducidas , dosis de genes, contexto del codón de inicio
de la traducción (AUG), uso del codón
del gen expresado cuando hay selección de traducción para la producción de proteínas, el
procesamiento y el plegado de la proteína r en el RE y Golgi, selección del promotor para
lograr altos niveles de expresión y translocación determinada por los péptidos señal para
una secreción eficiente al extracelular espacio, y el uso de cepas knockout de proteasa para
evitar hidrólisis proteolítica.

10. Elabore una tabla comparativa entre sistemas promotores PAOX y PGAP (lo más
concisa posible).

PAOX
● PAOX1 es mejor para la expresión
de proteínas
● la capacidad de producción de exo-
levanasa (LsdB) de P. pastoris se
produce bajo el control de PGAP o
PAOX
● Aumento de 8 veces en actividad
glucuronidasa mediante el uso de
PAOX1 en comparación con el uso
de PGAP
● Expresión de fitasa y fermentación
por lotes alimentados, realizado
mediante el uso de PAOX1 resultó
en 302 U ml-1 actividad
● Boer y col.obtuvo mayores
rendimientos para la producción de
celobio-hidrolasa bajo el control de
PAOX1
PGA
● la expresión de proteínas por el
sistema PGAP es mejor que PAOX1
● 1 LsdB se pro-obtenido mediante el
uso de PGAP, que fue 1,3 veces
mayor que el obtenido por PAOX1.
● productividad 3,1 veces mayor al
PGAP que el alcanzado por PAOX1,
ya que el tiempo de proceso se
redujo y obtuvo mayor proteínas.
● la producción de quitinasa humana
bajo el control de PGAP bajo
fermentación.
● La productividad de la quitinasa
humana se obtuvo mediante PGAP.
● Expresión de fitasa y fermentación por
lotes alimentados, realizado mediante el
uso de la PGAP, alcanzado fue de 16,5
U ml − 1 actividad.