ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE PROTEINAS MEDIANTE HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS

Integrantes:

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1. Observa muy atentamente los videos:

Bioinformática Estructural parte 1 de 2: https://www.youtube.com/watch?v=UlEKXtSHYcw
Bioinformática Estructural parte 2 de 2:
https://www.youtube.com/watch?v=0IgtBnZCKtI

2. Escoge y analiza una proteína de interés para el grupo de trabajo, para lo cual tener en
cuenta:
2.1. Ingresa a PDB (Protein Data Bank): https://www.rcsb.org/
2.2. Nombre de la proteína de interés:

2.3. Seleccionar la entrada con la información estructural de la proteína

2.4. Selecciona la vista 3D (ejemplo a continuación).
-Toma los pantallazos de la estructura 3D desde diferentes ángulos del modelo.

-Estructura primaria de la proteína (Formato FASTA)

-Descargar el formato PDB de la proteína (para trabajo posterior en VMD)

¡Qué información proporciona el archivo PDB de una proteína?

-Análisis de estructuras secundarias y sitios de unión: Al ingresar a SEQUENCE, se observa el

modelamiento por regiones de la secuencia (estructura primaria) y de interacción de ligandos.
(Toma pantallazos).
Para la visualización escoge una región sobre la estructura de cristalina de la proteína y se
mostrará en el modelo, recuerda hacer este ejercicio para cada región e interacción con el ligando.
Investiga cual es el ligando y la función biológica de la proteína.
 3. Busca la información genómica de la proteína:

Describe con tus palabras lo observado en genómica.

4. Aprópiate de las herramientas bioinformáticas: Descarga en tu ordenador el programa de

simulación VMD (visual molecular dynamics: https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ ) y
con el archivo PDB de la proteína haz tu propio modelamiento. (Recuerda revisar el
tutorial del programa)

5. Conclusiones

6. Bibliografía