UNIVERSIDAD MAYOR DE SAN ANDRES FACULTAD DE INGENIERIA. CARRERA: ING. MECATRONICA, UNIV. IBLIN ARIANA MARIN AGUILAR Biochips, aplicaciones convencionales e innovacién. Los biochips son pequefios dispositivos, similares a los microchips de las computadoras, que presentan una amplia variedad de aplicaciones en el campo de Ia biologia y la medicina, Son capaces de realizar millones de operaciones matematicas 0 reacciones biolégicas en segundos, por lo que se posicionan como parte de la medicina mas innovadora y del futuro. 1. Qué son los biochips Los biochips surgen de la convergencia de la biotecnologia y Ia informatica. Son biodispositivos electrénicos con aplicaciones directas sobre los seres vivos, como los implantes de chips para controlar los temblores de los enfermos del Parkinson, Los biochips se utilizan mayoritariamente en los centros de investigacién genética para e| estudio de distintas enfermedades como el cancer o enfermedades cardiovasculares, en la industria farmacéutica, para el estudio de nuevas dianas terapéuticas y, en menor medida, en el entorno clit estudio de enfermedades con base genética 0 microbiolégica. 2. Ventajas de los biochips Los investigadores y médicos ven en estos dispositivos muchas ventajas, ya que tienen un alto rendimiento y capacidad, baja relacién de coste y eficacia, y alta especificidad y sensibilidad. Ademas, permiten realizar simultaneamente varias determinaciones y andlisis. 3. Posibles aplicaciones médicas Las aplicaciones de los biochips son relevantes en la investigacién basica y en la investigacién clinica. Se espera que sean una herramienta util y rentable en la practica médica. Es una tecnologia a la que le queda mucho recorrido e investigacion y que genera escenarios nuevos que requerirdn la especializacién de profesionales y planteara numerosas cuestiones en el ambito legal, ético y social. 3.1. Monitorizacién de la expresién de distintos genes. Los biochips pueden marcar un antes y un después en los estudios de ingenieria genética y en el estudio de un tejido sano y uno enfermo 3.2. Deteccién de mutaciones.Permite comparar las diferencias de la secuencia de los genes normales y los. genes que presentan alguna mutacién que originan una determinada enfermedad. Sera un tema importante en el cancer para su prevencién y tratamiento especifico en funcién del andlisis de dianas terapéuticas, por lo que podrdé ser una herramienta importante para decidir el tratamiento éptimo para combatir el tumor. 3.3. Diagnéstico clinico. Se pueden utilizar para la deteccién de determinados microorganismos patégenos, permitiendo la identificacién rapida de éstos utilizando marcadores genéticos. 3.4. Cribado y toxicologia de farmacos Sera interesante para determinar la tolerancia o toxicidad especifica a un férmaco en funcién del paciente, asi como la localizacién de nuevas posibles dianas terapéuticas y los efectos toxicolégicos asociados a éstas. 3.5. Seguimiento terapéutico. Permiten analizar los rasgos genéticos que pueden tener incidencia en la respuesta a un determinado tratamiento, ya que cada individuo puede responder de forma distinta ante un mismo férmaco, ocasionando distintas reacciones adversas. De esta manera se desarrollaran farmacos disefiados especificamente para cada persona, es lo que conocemos como farmacogenémica. 3.6. Medicina preventiva. Se pueden realizar estudios de epidemiologia genética y conocer la predisposicién a sufrir determinadas enfermedades, incluso antes de que aparezcan sintomas, permitiendo asi una medicina preventiva mas eficaz. 3.7. Medicina de precision. Podrian suponer una alternativa a las terapias con férmacos, aportando la ventaja de que el dispositivo actuaria de forma localizada, es decir, sdlo en el rea deseada y no de forma generalizada como la mayor parte de los medicamentos.4. Microchips y aplicaciones clinicas actuales Muchas personas llevan implantados dispositivos médicos en sus cuerpos, como marcapasos, que se insertan en el pecho para tratar las arritmias 0 los implantes cocleares, que ayudan a que las personas sordas, oigan. En 2012, la FDA permitié la comercializacién del VeriChip, un chip implantable con fines médicos del tamafio de un grano de arroz. El microchip se inserta bajo la piel con una jeringa en un procedimiento que dura menos de 20 minutos y no deja puntos de sutura. El chip almacena un cédigo que libera informacién especifica del paciente cuando un escdner pasa por encima. La informacion se desbloquea en una base de datos segura que contiene informacién médica de esa persona, incluyendo las alergias y el tratamiento previo. Tienen un gran potencial para monitorizar constantes y parémetros analiticos como el nivel de glucosa. Otra aplicacién son las lentilas bidnicas. Este es el proyecto del oftalmélogo canadiense Gareth Webb. Son lentillas que marcaran un antes y un después en todas las alteraciones de la visién como la miopia, el astigmatismo y las cataratas. El secreto de las lentillas bidnicas esté en que acompafian el movimiento natural del ojo en todas las situaciones (incluso durante las horas del suefio) sin que esto suponga un riesgo, tal como si ocurre con las lentillas tradicionales. Se disefiarian en funcién de los defectos visuales de cada paciente. 5. ~Son seguros? Los riesgos médicos potenciales incluyen la migracién bajo la piel, la formacién de quistes alrededor del chip 0 la aparicién de una respuesta autoinmune (ya que se trata de cuerpos extrafios dentro del organismo). En temas bioéticos, se teme la posible pérdida de la privacidadLo que debes saber... Las aplicaciones de los biochips son relevantes en la investigacin basica y en la investigacién clinica. Se espera que sean una herramienta util y rentable en la practica médica. Es una tecnologia a la que le queda mucho recorrido e investigacién y que genera escenarios nuevos que requeriran la especializacién de profesionales y plantearé numerosas cuestiones en el ambito legal, ético y social. Los riesgos médicos potenciales incluyen la migracién bajo la piel, la formacién de quistes alrededor del chip o la aparicién de una respuesta autoinmune (al ser cuerpos extrafios dentro del organismo). En temas bioéticos, se teme la posible pérdida de la privacidad En su funcionamiento, el transpondedor envia una pequefia cantidad de carga eléctrica para la activacién del sistema, en tanto que el lector escanea los datos que recibe del biochip, como su numero de identificacién. Este ultimo es amplificado y digitalizado, mostrando su lectura enunaLCD! Existen diversas aplicaciones y optimizaciones que buscan sacar el maximo provecho a las ventajas y caracteristicas fisicas y programables a este dispositivo.Gehieradordelimagenes!delresonanicialSUperficial) que demuestra la viabilidad del proyecto en muestras humanas El dispositivo incluye microcanales para detectar el flujo de muestra de sangre sin necesidad de dispositivos extemnos, asi como un mecanismo de deteccién de capacitancia con electrodes en la superficie de los microcanales para detectar la formacién del complejo antigeno (Ag) antigeno de cancer (Ab) Se dispone también de biochips para la deteccién de bajas concentraciones de metalo-proteinasa (MMP) relacionada con la enfermedad del ojo seco. Para esto ultimo se usan diferentes disefios de transductores con una superficie de deteccién dptima y una respuesta adecuada de curva de deteccién de reconocimiento. Este biochip fue evaluado en lagrimas artificiales con concentraciones conocidas de MMP9 y, posteriormente, en dos muestras reales de pacientes, demostrando su efectividad * 7. Campo biomédico Bl alamy stock photo Este algoritmo evidencia el mayor rendimiento a medida que aumenta la variacién de la secuencia corta. n el logro de la velocidad, mientras que la estructura SIMD y multi-nticleo logra la aceleracién en valores (los mas altos posibles) con 32 niicleos.Puede incluso valerse de sistemas de ensayo simple, precisos y con caracteristicas multi-analiticas para el diagnéstico temprano del cancer de préstata por medio de tres tipos de biochips basados en vidrio sin etiquetas & integrados en un dispositive microfluidico, que permite la deteccién simultanea de un antigeno prostatico y las células tumorales circulantes. El uso efectivo de este sistema presenta un amplio rango de trabajo, alta especificidad, alta velocidad, estabilidad y bajo costo de deteccién. disminuyendo la contaminacién transmitida por el aire a que se exponen los procesos tradicionales. Finalmente, este sistema proporciona un método de deteccién no invasivo, rentable y altamente preciso en la identificacién de "Glicosuria’ mellitus” 0 enfermedades relacionadas con el mal En este sentido, el primer algoritmo de co-ubicacién de médulo y sensor considera la confiabilidad de los electrodos y la evitacién de contaminacién de los sensores, minimizando el tiempo de finalizacién del bioensayo. Se adopta, ademas, la estimacién de la propagacién de errores para insertar puntos de control de manera efectiva. Al respecto, se propone un método denominado 3D-DDMS (Manufactura directa al 3D, simultanea) para colocar las operaciones y sensores reconfigurables simulténeamente EJ alamy stock photoExiste también un método para el monitoreo de cambios en las cantidades de oxigeno disuelto (DO) en solucién acuosa por medio de electrodos amperimétricos y el biochip G, el cudl mide temperatura, pH e impedancia (contaminacién del medio). Todo esto en combinacidn con el bio-transductor viviente Algae Chlorella vulgaris, el cual es altamente sensible y aporta de igual manera medicién de parémetros en la contaminacién del agua. Esta produccién de oxigeno por la fotosintesis de! bio-transductor se detecta con luz artificial simulada, mostrando reduccién en DO cuando no se activa esta luz Es claro, por otra parte, que en el desarrollo de diversas aplicaciones e investigaciones sobre los biochips surgen desafios y oportunidades, como por ejemplo la crio-preservacién en biochips, que ilustra estrategias que podrian emplearse para mantener los productos bioldgicos en el chip, al alargar la vida de los biochips mediante tecnologias de vitrificacién a bajas temperaturas sin hielo. Retomando el tema de los Acidos nucleicos, se enuncia la purificacién del ADN en biochips y la identificacién de la secuencia en menos tiempo. La recuperacién de errores evita la pérdida de muestras de ADN valiosas debido al funcionamiento del dispositivo) Los biochips han optimizado el calentador auto-adaptativo y la purificacién, En este caso, se ha demostrado la cuantificacién del ADN, al reducirse la cantidad de rea del chip y aumentar la reconfigurabilidad del mismo “'. Los biochips son capaces de atrapar gldbulos. blancos individuales por medio de series de micro-orificios disefiados con precisin, que confinan las células individuales en un espacio estrecho y tridimensional, y las inmovilizan mecénicamente. Todo ello tiene una eficiencia superior al 87% y puede atrapar eficazmente hasta 7500 células para estudios detallados en el laboratorio. 8. Procesos programables Es frecuente aludir a los biochips bajo el nombre de Bioquimica programable automatizada y miniaturizada. Aqui se enfoca en las operaciones programables para sintesis en Digital Micro Fluidic Biochips (DMFB), realizando las operaciones directamente en este dispositivo y colocando, en concreto, nodos programables en una cola de prioridad denominada nodo de entrada. Cuando un recurso esta disponible, el nodo de mayor prioridad se elimina de la cola, actualizando asi la cola de prioridad, De esta manera se aplica la programacién de listas dirigidas a la fuerza, que consiste en la programacién de listas con funcién de prioridad basada en programacién dirigida a la fuerza a partir de la sintesis de alto nivel de circuitos digitales :Asilesicomo sedesarrollalun biochip de proteina multiplex de alto rendimiento para detectar biomarcadores del liquido cefalorraquideo presentes en la enfermedad del Alzheimer, innovador biochip que permite, justamente, la identificacién de pacientes con Alzheimer con una precision del 92% en un solo paso analitico.Entre otras innovaciones se destaca el micro-mecanizado laser ultrarrépido de materiales transparentes para la fabricacién de biochips funcionales. En este caso, las configuraciones miniaturizadas creadas dentro del vidrio permiten el uso de pequefias cantidades de reactivos para pruebas biolégicas. Debido a la flexibilidad de adaptar geometrias D, los componentes funcionales se pueden fabricar en dispositivos micto-fluidicos ‘pata ensayos biolégicos especificos. EI vidrio es un material adecuado para la plataforma de biochips debido a la transparencia, robustez, facil manipulacién y alta portabilidad, mientras que las estructuras poliméricas proporcionan las caracteristicas submicrométricas y la elasticidad necesarias para aplicaciones biomédicas especificas. Se disefid un biochip altamente confiable para la determinacién de especies de micro-bacterias en un lapso corto de 6 horas. Para comprobar su eficiencia, se realizaron pruebas en cultivos aislados micro- bacterianos tuberculosos y no tuberculosos, asi como en bacterias y muestras de esputo comparandolas con secuencias de ADN, y se btuvieron concordancias del 100% «. También se ha desarrollado una plataforma capaz de aislar las células tumorales circulantes (CTC) capturadas en el nivel de una sola célula del biochip. Este podria adaptarse a la caracterizacién genotipica de las células individuales usando la amplificacién del genoma completo; herramienta aplicable a la genémica y transcriptémica. Dermatolégicamente, se desarrolla un método para la deteccién de anticuerpos presentes en una enfermedad de la piel denominada Penfigoide Bulloso, que se caracteriza por la presencia de autoanticuerpos circulantes que reconocen proteinas especificas de la epidermis, Este método utiliza la tecnologia de los biochips a partir de una proteina recombinante y sus resultados pueden ser utilizados para identificar a los pacientes con esta enfermedad de la pielGlobal Biochips ETc Cee 2018-2025 eon reece Cee ates) 9. Algoritmo Se ha propuesto una técnica de prueba para biochip de microfluidos con el objetivo de minimizar el tiempo de prueba. El andlisis de bioensayos simulténeos y multiples presenta una complejidad operativa al respecto. En biochips complejos, pueden surgir, por otra parte, varios tipos de defectos de fabricacién y de defectos fisicos que pueden conducir, a su vez, a una falla permanente o temporal de los biochipsi{GOnlehalgoritmo: “Droplet routing” aplicado al dispositivo, se prueba entonces todo el biochip usando menor tiempo). Con relacion a nucleicos, se ha desarrollado, por tiltimo, un biochip conformado por un aptamero de ARN para la captura de células tumorales y la deteccion de resistencia a células individuales 10. Fabricacion Existen propuestas de nuevas tecnologias de microfabricacién para producir moldes de inyeccién de metal microprocesados usados en la obtencién de biochips con canales micro fluidicos. En este sentido, se realizaron pruebas que determinaron una alta calidadlen|lalfabricacion usando procesos de micro fresado para la estructura del molde y un chorro de polvo para quitar las rebabas causadas por el mecanizado «. Esto se aplica en desarrollos como conjunto de biosensores de ADN CMOS completamente integrado para clinicas, capaces de reaccionar en cadena ante la polimerasa multiplex (PCR) en una cdmara de reaccién; para esto se usa termociclado en el chip, deteccién de hibridacién deamplicon-sonda en tiempo real y andlisis de curva de fusién en fase sdlida 14. Computacién El desarrollo de un algoritmo de deteccién de fallas implementado en La precisién del algoritmo se establece por medio de la relacién entre el numero de fallas detectadas y el numero total de fallas presentes ~ Existen, ademas, propuestas de biochips a base de hidrogeles hemisféricos que contienen proteinas y oligosacaridos inmovilizados, los cuales permiten la deteccién temprana de anticuerpos presentes en el cancer colo-rectal. Este tipo de biochip, denominado glycochip, reconoce anticuerpos contra glicanos asociados a tumores en sueros de pacientes 12. Tendencias y proyeccion 0s resultados muestran que el recubrimiento supera los otros revestimientos bajo varias condiciones adversas como temperatura a 80°C, y también presentan una estabilidad en ambientes himedos. Los autores consideran que este estudio ampliaré la forma de preservar diferentes tipos de reactivos en chips y biosensores * Se presentan algunas técnicas de disefio asistido por computador (CAD) como son: Difusién de Direccionamiento-Electrodo, Pin-Count y técnicas de enrutamiento para el disefio de biochips. Por medio de estas técnicas se genera mds intereses de investigacién en el desarrollo de herramientas CAD para biochip, que se espera allanen el camino para el despliegue y uso de biochips en el mercado emergente * Con toda la informacién expuesta, podriamos complementar el concepto de biochip, definiéndolo finalmente como una amplia gama de protocolos de laboratorio bioquimicos, informatica y optimizacién en un pequefio dispositivo automatico con alto rendimiento, alta sensibilidad, control y bajo costo. Por todas estas caracteristicas son considerados para varias aplicaciones de la vida real de alta relevancia 12. Conclusién El desarrollo de nuevas tecnologias usando biochip para la deteccién y monitoreo de enfermedades, permite la creacién de tratamientos mas efectivos y puntuales, mejorando asi la salud y evitando complicaciones.La relacién entre la medicina y la microelectrénica supone avances significativos que contribuyen al bienestar de las personas, pues disminuyen los posibles efectos secundarios de los procesos invasivos, lo cual es indispensable para mejorar la calida de vida de los pacientes La aplicacién de tecnologias a los biochips se evidencia en la mayoria de las referencias expuestas por medio de la optimizacién en tiempos de respuesta, el rendimiento, mejores emplazamientos, arreglos mds concretos y la disposicién fisica de los mismos. Al tratarse de un dispositive programable, la jerarquia en las operaciones de un biochip representa importantes ventajas; mediante la programacion y asignacién organizada de tareas se producen dptimos resultados debido a los procesamientos posteriores que requiere y a la contencién de fluidos para la captura de datos de alta relevancia en la construccién conceptual sobre esta tecnologia. Se encontré que las tendencias en Ia creacién de biochips se han configurado como una innovacién relativamente nueva en el campo de la Ingenieria Bioinformatica aplicada en otras areas, y en particular la medicina, para el tratamiento y diagnéstico de enfermedades como el cancer. Asimismo, se encontré que desde la quimica y la genética se han desarrollado materiales para la fabricacién de los biochips, haciéndolos biocompatibles para el organismo humano. El desarrollo de nuevas tecnologias, usando biochips para la deteccién y monitoreo de enfermedades, permite la creacién de tratamientos mas efectivos y puntuales en pro de la salud y la calidad de vida, Asi se evitan, ademés, complicaciones futuras de los pacientes, dado que su implementacién sugiere una técnica menos traumitica e invasiva,