acetil-CoA

acetiltransferasa putativa
[Streptomyces sp.]

Danna Nataly Garzón Polania

Camilo Andrés Rico Cortés
Grupo 5
Contenido

1. Métodos utilizados para la caracterización de la secuencia

2. Alineamiento de la secuencia
3. Propiedades fisicoquímicas
4. Proceso de purificación y seguimiento
5. Uso de anticuerpos para la identificación
6. Bibliografía
1.Métodos utilizados para la
caracterización de la secuencia
 Alineamiento: BLAST - Protein
 Propiedades fisicoquímicas: GPMAW lite
 Predicción estructura secundaria y terciaria:
PredictProtein y robetta
2. Alineamiento de la secuencia

AcetilCoA acetiltransferasa putativa

Organismo: Streptomyces sp.
Cepa: Tü6071
3. Propiedades fisicoquímicas
Propiedades Valor GMAP

Masa promedio (Dalton) 43420,52

Masa monoisotópica (Dalton) 43392,99

Absorbancia molar (cm-1) 0,39

Coeficiente molar de extinción 16740,00

(280 nm) (cm-1 M-1)

Punto isoeléctrico 4,66

Índice de hidrofobicidad -0,03

Índice de inestabilidad 29,40 proteína estable

3. Propiedades fisicoquímicas
Índice alifático 91,19

Vida media estimada 30 horas (reticulocitos de mamíferos, in

vitro)

20 horas (levadura, in vivo).

10 horas (Escherichia coli, in vivo)

Número total de residuos cargados (Asp + Glu): 55

negativamente

Número total de residuos cargados (Arg + Lys): 38

positivamente

Composición atómica C=1889; H=3060; N=536; O=596 y S=19

3. Propiedades fisicoquímicas
Escala de hidrofobicidad y
motivos funcionales

- Tiolasa: vías degradativas

como la beta-oxidación de
ácidos grasos
- Cetoacil sintasa: cataliza la
condensación de malonil-ACP
con la creciente cadena de
ácidos grasos
- No tiene peptido señal. Se
mantiene en el citoplasma
3. Propiedades fisicoquímicas
3. Propiedades fisicoquímicas
ESTRUCTURA TERCIARIA

Se predijo a partir de un
modelo comparativo
entre diferentes
estructuras reportadas
para proteínas similares
para un total de 30
comparaciones con las
cuales se tiene un
porcentaje de confianza
en el modelo del 90%.
4. PURIFICACIÓN Y SEGUIMIENTO

Fraccionamiento Cromatografía de Cromatografía

de células intercambio de filtración en
aniónico gel( SEPHACRYL
( DEAE-CELULOSA) 300)
(pH= 8)

Medidas
espectrofotométricas
(280 nm) y
SDS PAGE
5. Uso de anticuerpos para la identificación

ELISA (enzimoinmunoanálisis de WESTERN

adsorción) BLOT
6. BIBLIOGRAFÍA
 Erxleben, A., Wunsch-Palasis, J., Gruening, BA,
Luzhetska, M., Bechthold, A. y Gunther, S. (2011)
Bioinformática farmacéutica, Instituto de Ciencias
Farmacéuticas, Universidad de Friburgo, Hermann-Herder-
Str. 9, Freiburg, Baden-Wuerttemberg 79104, Alemania
 Mathieu M, Modis Y, Zeelen JP, Engel CK, Abagyan RA,
Ahlberg A, Rasmussen B, Lamzin VS, Kunau WH, Wierenga
RK; , J Mol Biol 1997; 273: 714-728 .: La estructura
cristalina 1.8 A de la tiolasa dimérica peroxisomal 3-
cetoacil-CoA de Saccharomyces cerevisiae: implicaciones
para la unión del sustrato y el mecanismo de reacción.
PUBMED: 9402066 EPMC: 9402066
 Nakai, K. and Kanehisa, M., Expert system for predicting
protein localization sites in Gram-negative bacteria,
PROTEINS: Structure, Function, and Genetics 11, 95-110
(1991).(PubMed)
 University Bioinformatics Center, K., 2021. MOTIF:
Searching Protein Sequence Motifs. [online] Genome.jp.
Available at: <https://www.genome.jp/tools/motif/>
[Accessed 28 September 2021].
 beta-cetoacil-ACP sintasa I de Escherichia coli: secuencia de
nucleótidos del gen fabB e identificación del residuo de unión de
cerulenina. Kauppinen S, Siggaard-Andersen M, von Wettstein-
Knowles P. Carlsberg Res. Comun. 53 , 357 - 70 , ( 1988 ) . PMID:
3076376
 Bernhofer, M .; Dallago, C .; Karl, T .; Satagopam, V .;
Heinzinger, M .; Littmann, M .; Olenyi, T .; Qiu, J .; Schütze, K .;
Yachdav, G .; Ashkenazy, H .; Ben-Tal, N .; Bromberg, Y .;
Goldberg, T .; Kajan, L .; O \ textquoterightDonoghue, S .;
Sander, C .; Schafferhans, A .; Schlessinger, A .; Vriend, G .;
Mirdita, M .; Gawron, P .; Gu, W .; Jarosz, Y .; Trefois, C .;
Steinegger, M .; Schneider, R .; y Rost, B. bioRxiv.( 2021).
PredictProtein: predicción de la estructura y función de las
proteínas durante 29 años.
 Yifan Song, Frank DiMaio, Ray Yu-Ruei Wang, David Kim, Chris
Miles, TJ Brunette, James Thompson y David Baker. Modelado
comparativo de alta resolución con RosettaCM. Estructura. 8 de
octubre de 2013; 21 (10): 1735-42.
 Bachman C., Krahenbuhl S., Colombo J.(1982). Purification and
properties of acetyl-CoA: L-glutamate N-acetyltransferase from
human liver. Biochemical journal. Department ofClinical
Chemistry, Inselspital, University ofBerne, Berne, Switzerland.