Santander ingresó como recluta voluntario en las filas patrióticas y

ascendió a Subteniente Abanderado del Batallón de Infantería de

Guardias Nacionales, el famoso Batallón 5º de la Unión.

Fue parte de la Inspección Militar, de la Comisión de Guerra en la

Junta Suprema y colaboró con Antonio Baraya en la campaña del Norte
y en la Guerra de la Federación contra las fuerzas centralistas de
Cundinamarca después de haber anexado Mariquita en sus filas,
siendo ascendido sucesivamente a Teniente y Capitán, en menos de un
mes en 1812. Fue herido y hecho prisionero durante la Batalla de San
Victorino (9 de enero de 1813), por las fuerzas centralistas.

Posteriormente Antonio Nariño lo libera para enviarlo a servir en la

campaña de Simón Bolívar en el norte. En 1813, ya ascendido a Mayor,
Bolívar le encomendó la defensa de los valles de Cúcuta, donde fue
vencido por los realistas aunque tuvo victorias a pesar de la
inferioridad cuantitativa, defendiendo o recuperando los valles de
Cúcuta y parte de Venezuela, hasta la batalla de Cachirí, donde mandó
la vanguardia y la descubierta.

A pesar de su derrota organizó la retirada ordenada de sus tropas al

mando, tras lo cual se vincula a la guerra en Venezuela haciendo toda
la campaña del Centro hacia Caracas en 1818, además de hacer la
campaña de Barinas, la Campaña de la Guayana o la campaña Apure,
y contiendas como Fuerte Brión, hato del Yagual, Achaguas,
Bancolargo, Guayabal, Calabozo, El Sombrero, La Puerta, Barbacoas,
Acurén, Ortiz, el Rincón de los Toros y otras.
En 1813 Santander participó inicialmente en la Campaña Admirable en
la que Bolívar inicia sus acciones en territorio venezolano. Santander
permanece en la población de La Grita, que había capturado por asalto
en el combate de Angostura de La Grita el 13 de abril de 1813, en
apoyo al coronel Manuel del Castillo, quien se negó a seguir hacia
Caracas. Al final para evitar más discrepancias y por órdenes de
Bolívar, le encomienda la defensa de los valles de Cúcuta.