Bioquímica

ÁCIDOS NUCLEICOS
Los ácidos nucleicos, así como las proteínas e hidratos de carbono constituyen gran
parte de la materia viva (biomoléculas). En particular, los ácidos nucleicos son los
componentes más fundamentales e importantes de la célula viva.

Parece probable que la vida en si empezara su evolución con los ácidos nucleicos puesto
que son las únicas sustancias biológicas que poseen la notable propiedad de
autoduplicación.

Los ácidos nucleicos actúan como depositarios y transmisores de la información

genética de cada célula. Gran parte del desarrollo físico de un organismo a lo largo de
su vida está programado en estas moléculas. Las proteínas que elaborarán sus células y
las funciones que realizarán están todas registradas en esta cinta molecular.

A continuación se tratará de describir los ácidos nucleicos, se aportará una breve

introducción respecto a la forma en la que éstos mantienen y transmiten la información
genética y el papel que desempeñan en la formación de proteínas.

DNA

El DNA es una macromolécula muy larga, de aspecto filamentoso y formada por un

gran número de desoxirribonucleótidos, cada uno de ellos compuesto por una base
nitrogenada, un azúcar (desoxirribosa) y un grupo fosfato. Las bases de las moléculas de
DNA son las responsables de portar la información genética, en tanto que los grupos
azúcar y fosfato tienen un papel estructural.

La unidad estructural básica del DNA es el nucleótido. Un nucleótido está formado por
una base nitrogenada, un azúcar y uno o más grupos fosfato.

La desoxirribosa es el azúcar de los desoxirribonucleótidos. Desoxi pues este azúcar

carece de un átomo de oxígeno en la posición 2’ del anillo mientras que la ribosa si lo
tiene. La base nitrogenada deriva de la purina o la pirimidina.

5' CH2OH OH 6 7 4
O 5 N 3 N 5
4' 1' 1N
8
2 2 6
3' 2'
N
4 N N
OH H 3 9 1
Purina Pirimidina
β-D-2-Desoxirribosa

El DNA contiene dos bases derivadas de la purina, la adenina (A) y la guanina (G), y
dos de la pirimidina, timina (T) y citosina (C).

NH2 O O NH2

N N CH3
N N N N

N N H2N N N O N O N
Adenina (A) Guanina (G) Timina (T) Citosina (C)

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Un nucleósido está formado por una base púrica o pirimidínica enlazada a un azúcar.
Los cuatro nucleósidos del DNA se llaman desoxiadenosina, desoxiguanosina,
desoxitimidina y desoxicitidina. El éster fosfórico de un nucleósido es lo que se
denomina nucleótido.

O O O
Base
O P O P O P O CH2
O Nucleótido genérico o
O O O
nucleósido trifosfato

OH H

El esqueleto de DNA, que es constante a lo largo de la molécula, está formado por

desoxirribosas ligadas por puentes fosfodiéster. Concretamente, el hidroxilo 3’ (3’-OH)
del azúcar de un desoxirribonucleótido está unido al hidroxilo 5’ (5’-OH) del azúcar
adyacente por un enlace fosfodiéster. La parte variable del DNA es la secuencia de los
cuatro tipos de bases (A, G, C o T) así es que se utilizan esas iniciales para hacer
referencia a una secuencia concreta de un polinucleótido.

Las cadenas de DNA tienen polaridad.

O P O Uno de los extremos de la cadena tiene
un grupo 5’-OH y el otro un grupo 3’-OH
O
que no están unidos a otro nucleótido.
Base
CH2
O Por convención el símbolo ACG indica
que el grupo 5’-OH de la
Puente fosfodiéster desoxiadenosina está libre y que también
O H lo está el grupo 3’-OH de la
O P O desoxiguanosina. Así pues, la secuencia
de bases está escrita en la dirección
O
5’→3’.
Base
CH2
O

O H

El descubrimiento de la doble hélice del DNA por Watson y Crick revolucionó a la

biología (1953)

Las características más sobresalientes del modelo de DNA son (ver fig.1):

1) Hay dos cadenas helicoidales de polinucleótidos enrolladas a lo largo de un eje

común. Las cadenas corren en direcciones opuestas.
2) Las bases de purina y pirimidina están en el interior de la hélice mientras que las
unidades de fosfato y desoxirribosa están en el exterior.
3) El diámetro de la hélice es de 20Å, las bases adyacentes están separadas por
3,4Å a lo largo del eje de la hélice y desplazadas por una rotación de 36º.

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4) Las dos cadenas

permanecen unidas
por puentes de
hidrógeno entre los
pares de bases. La
adenina siempre está
emparejada con la
timina y la guanina
con la citosina.

5) La secuencia de las
bases posibles a lo
largo de la cadena del
polinuceótido no está
restringida en modo
alguno. La secuencia
de bases precisa
transporta la
información genética.
Fig. 1. Estructura del DNA

La replicación del DNA es semiconservativa

Como suele ocurrir con una buena teoría o modelo, la

estructura de Watson y Crick explicaba también otros
datos que hasta entonces no se comprendían. El
bioquímico Erwin Chargaff, que había determinado las
cantidades relativas de A, T, G y C en los DNA de
muchos organismos encuentra que A y T estaban
presentes casi siempre en cantidades aproximadamente
iguales y lo mismo sucedía con G y C. Si la mayor parte
del DNA de las células era de doble hebra, con el
apareamiento entre bases de Watson y Crick, la regla de
Chargaff era una consecuencia natural de ello.

El modelo de Watson y Crick no solo explicaba la

estructura del DNA y la regla de Chargaff; como A se
aparea con T y C con G, las dos hebras son
complementarias. Si las hebras pudieran separarse y se
pudiera sintetizar un nuevo DNA a lo largo de cada una
de ellas siguiendo el apareamiento de bases, podrían
obtenerse dos moléculas de DNA de doble hebra, cada
una de las cuales sería una copia exacta del original. Esta
autorreplicación es precisamente la propiedad que el
material genético debe poseer (fig. 2)

Fig. 2. Autorreplicación del

DNA.

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La primera enzima descubierta que está dirigida por un molde: La DNA

Polimerasa I

La DNA polimerasa I no es la enzima que replica la mayor parte del DNA de E. coli.
Sin embargo, juega un papel crítico en la replicación y también en la reparación del
DNA. Por otra parte es la DNA polimerasa más sencilla y la mejor conocida. Su estudio
sirve de ejemplo para muchos principios clave de la acción de las DNA polimerasas,
tanto procarióticas como eucarióticas.

La DNA polimerasa I es una enzima con una procesividad o progresividad moderada:

antes de disociarse del DNA molde cataliza la formación de aproximadamente 20
puentes fosfodiéster. La polimerización es catalizada por un único centro activo que
puede enlazarse a cualquiera de los cuatro desoxirribonucleósidos trifosfato (dNTPs) El
que se enlace uno u otro depende de la base correspondiente de la hebra molde. La
probabilidad de que se forme un enlace y de que se establezca un puente fosfodiéster es
muy pequeña, a menos que el nucleótido que llegue forme un par de bases de Watson y
Crick con el nucleótido opuesto del molde.

La DNA polimerasa exige como requerimientos mínimos:

a) los cuatro dNTPs (dATP, dGTP, dCTP, dTTP) y Mg2+
b) una cadena cebadora con grupo 3’-OH libre
c) un molde de DNA

La reacción que cataliza esta enzima es:

(DNA) n residuos + dNTP (DNA) n +1 residuos + PPi

La hidrólisis del pirofosfato (PPi) por una pirofosfatasa inorgánica permite que la
reacción pueda proseguir.

La DNA Polimerasa I también es una exonucleasa 3’→5’ que corrige sus errores

La DNA polimerasa I puede catalizar la hidrólisis de cadenas de DNA así como su

polimerización. La enzima cataliza la hidrólisis de uno en uno de los nucleótidos que no
están apareados en el extremo 3’ de las cadenas de DNA (exonucleasa 3’→5’) El centro
de actividad exonucleasa es distinto del centro de actividad polimerasa.

La actividad nucleasa 3’→5’ tiene una función correctora en la polimerización. En

general, la DNA polimerasa I elimina los residuos incorrectamente apareados del
extremo del cebador antes de iniciar la polimerización. Esta actividad exonucleasa
mejora notablemente la exactitud de la replicación del DNA, ya que constituye un
control adicional para el correcto apareamiento de las bases.

Por lo general, la polimerización no se produce a menos que los pares de bases se

adapten a una doble hélice. Sin embargo, un error cometido durante esta etapa, casi
siempre puede corregirse antes que se añada el siguiente nucleótido. En efecto, la DNA
polimerasa I comprueba el resultado de cada polimerización que cataliza antes de
incorporar el siguiente nucleótido.

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La actividad 3’→5’ exonucleasa de la DNA polimerasa III elimina aproximadamente 1

de cada 10 nucleótidos apareados correctamente. La frecuencia de esrror de la enzima es
de 10-7. Después de la replicación hay tres sistemas de reparación que mejoran la
fidelidad hasta obtener una tasa de mutación global de 10-10 por par de bases y por
generación.

La DNA Polimerasa I es también una exonucleasa 5’→3’ que corrige errores

Esta enzima puede también hidrolizar DNA a partir del extremo 5’ de la cadena. El
centro activo con actividad exonucleasa 5’→3’ difiere claramente de los centros activos
de polimerización e hidrólisis 3’→5’.

La DNA Polimerasa I contiene tres centros activos distintos en una única cadena
polipeptídica

La actividad 5’→3’ juega un papel fundamental en la replicación del DNA al eliminar

el RNA cebador. Además, la actividad exonucleasa 5’→3’ complementa la actividad
exonucleasa 3’→5’ ya que corrige errores de distinto tipo. La polimerización y la
corrección (3’→5’) pueden tener lugar de forma casi simultánea, sin que la enzima deba
disociarse del DNA.

Descubrimiento de las DNA Polimerasas II y III

Las DNA plomerasas II y III se parecen a la I en varios aspectos:

1. Catalizan la síntesis de DNA dirigida por un molde a partir de dNTP.
2. Se requiere un cebador con 3’-OH libres.
3. Síntesis en dirección 5’→3’
4. Actividad exonucleasa 3’→5’

Un complejo multienzimático del que forma parte la DNA polimerasa III sintetiza la
mayor parte del DNA nuevo, mientras que la DNA polimerasa I elimina el cebador y
rellena los espacios vacíos. La DNA polimerasa II participa en la reparación del DNA
pero no es necesaria para la replicación.

La síntesis de DNA nuevo está estrechamente relacionado con el desenrrollamiento del

DNA parental. El lugar donde se producen simultáneamente el desenrollamiento y la
síntesis se llama horquilla de replicación.

Una hebra del DNA se sintetiza en fragmentos y la otra se sintetiza en forma

continua

En la horquilla de replicación, las dos hebras del DNA parental sirven de molde para la
síntesis de nuevo DNA. El sentido global de la síntesis de DNA debe ser 5’→3’ para
una hebra y 3’→5’ para la otra. Sin embargo, todas las DNA polimerasas conocidas
sintetizan DNA en sentido 5’→3’ y no 3’→5’.

Reiji Okazaki descubrió que una proporción importante del DNA recién sintetizado
existe en forma de fragmentos pequeños (1000 nucleótidos) los cuales están
temporalmente presentes en las proximidades de la horquilla de replicación. A medida

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que avanza la replicación estos fragmentos se unen covalentemente por medio de la

DNA ligasa para formar una de las hebras hijas, la hebra retrasada. La otra hebra
nueva se sintetiza en forma continua, sin interrupciones, y se denomina hebra guía.

La replicación en E. coli comienza con el desenrrollamiento en el punto oriC

(origen)

Un cebador de RNA sintetizado por la primasa permite que comience la síntesis de

DNA

Luego del desenrrollamiento, el molde está expuesto pero no se puede sintetizar DNA
hasta que no se construya un cebador. Las RNA polimerasas pueden iniciar cadenas de
novo, así que RNA podría servir como cebador para iniciar la síntesis de DNA.

En efecto, el RNA actúa como cebador en la síntesis de DNA, y ese cebador está
sintetizado por una RNA polimerasa específica llamada primasa la cual se une al
complejo carente de cebador formando un ensamblaje de múltiples subunidades llamado
primosoma. La primasa sintetiza un pequeño fragmento de RNA (5 nucleótidos) que es
complementario a una de las hebras del DNA molde. Este RNA cebador es eliminado al
final de la replicación por la actividad exonucleasa 5’→3’ de la DNA polimerasa I.

La DNA polimerasa III, una asociación de al menos 10 subunidades se caracteriza por

una elevadísima progresividad, potencia catalítica (1000 nucleótidos/seg) y fidelidad.
sintetiza la mayor parte del DNA.

Las hebras guía y retrasada son sintetizadas de forma simultánea por la DNA
polimerasa III

La DNA polimerasa III se encuentra sobre la horquilla de replicación, donde comienza

la síntesis de la hebra guía utilizando un RNA cebador originado por la primasa. El
DNA dúplex, situado por delante de la polimerasa, se desenrolla por la acción de una
helicasa dependiente de ATP (fig. 3) La proteína de unión a las hebras sencillas
mantiene el DNA desenrollado, extendido y accesible, de modo que ambas hebras
pueden servir de molde. La hebra guía es sintetizada de forma continua por la DNA
polimerasa III. La hebra retrasada se sintetiza en fragmentos, esto se consigue mediante
la formación de un bucle en el molde de la hebra retrasada. De este modo, el molde de
la hebra retrasada atravesaría el centro activo con actividad polimerasa de una
subunidad del dímero polimerasa III en el mismo sentido en que el molde de la hebra
guía lo hace en la otra subunidad. La DNA polimerasa III tendría que abandonar el
molde de la hebra retrasada después de haber añadido unos 1000 nucleótidos a esta
hebra. Entonces se formaría un nuevo bucle y la primasa sintetizaría de nuevo un
pequeño fragmento de RNA cebador para iniciar la síntesis de otro fragmento de
Okazaki.

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Fig. 3. Replicación del DNA en eucariotas.

FLUJO de INFORMACIÓN GENÉTICA

Los genes establecen las clases de proteínas que han de sintetizar las células, sin
embargo, el DNA no es el molde directo para la síntesis proteica, ya que dichos moldes
son las moléculas de RNA. El RNA mensajero (mRNA) es el intermediario en el
transporte de información para la síntesis de proteínas. El RNA de transferencia (tRNA)
y el RNA ribosómico (rRNA) forman parte de la maquinaria propia de esta síntesis.
Todas las formas de RNA celulares son sintetizadas por las RNA polimerasas que
toman las instrucciones del DNA molde. Este proceso de transcripción se continúa con
la traducción, es decir, la síntesis de proteínas de acuerdo con las instrucciones
transmitidas por el mRNA molde.

El flujo de información genética (dogma central de la biología molecular) en una célula

normal será:

DNA   → RNA 
Transcripción
→ Proteínas
Traducción

Ver figura 4.

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Fig. 4. Dogma central de la biología molecular.

Esto nos lleva al código

genético (fig. 5), que es la
relación entre la secuencia de
bases del DNA (o de su
transcrito de mRNA) y la
secuencia de aminoácidos de la
proteína.

Secuencias de tres bases,

llamadas codones, especifican a
cada uno de los aminoácidos.
Los codones del mRNA son
leídos secuencialmente por las
moléculas de tRNA, que sirven
de adaptadores en la síntesis de
proteínas (fig. 5) Esta síntesis
tiene lugar en los ribosomas,
que son asociaciones complejas
de rRNAs y más de 50 clases de
proteínas.
Fig. 5. Arriba, tRNAs traduciendo el código genético de un
mRNA. Abajo, el código genético.

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Varios tipos de RNA desempeñan papeles

importantes en la expresión genética

Las moléculas de RNA son de una sola cadena

(fig. 6), excepto en algunos virus. En
consecuencia una molécula de RNA no tiene
necesidad de mantener determinadas
proporciones de bases complementarias. Las
moléculas de RNA contienen regiones de
estructura de doble hélice producidas por la
formación de lazos o bucles en forma de
horquillas. En estas regiones se empareja A-U y
G-C, aunque también se ve G-U pero con un
enlace menos fuerte que G-C. La proporción de
regiones helicoidales en diferentes tipos de RNA
varía entre límites muy amplios, un valor típico
es 50%.

Las células contienen varios tipos de RNA:

El RNA mensajero (mRNA): es la plantilla o

molde para la síntesis de proteínas. Existe una
molécula de mRNA correspondiente a cada gen o
grupo de genes que vaya a expresarse, en
consecuencia, las moléculas de mRNA son muy
heterogéneas.
Fig. 6. Comparación RNA, DNA
El RNA de transferencia (tRNA): transporta los aminoácidos en forma activada al
ribosoma para la formación del enlace peptídico, en una secuencia que viene
determinada por el mRNA molde. Hay al menos un tipo de tRNA para cada uno de los
veinte aminoácidos. Es la más pequeña de las moléculas de RNA.

El RNA ribosómico (rRNA): es el principal componente de los ribosomas, juega un

papel catalítico y estructural en la síntesis de proteínas. Es el más abundante de los tres
tipos de RNA (80%), luego se encuentra el tRNA (15%) y por último el mRNA (5%)
Descubrimiento del mRNA, el transportador de la información en la síntesis
proteica

Puesto que las proteínas son sintetizadas en el citoplasma y no en el interior del núcleo
de las células eucarióticas, era evidente que debería existir un intermediario químico
especificado por los genes el cual debía ser de vida muy corta.

Las propiedades propuestas para el mensajero fueron:

1. El mensajero debía ser un polinucleótido.

2. La composición de bases del mensajero debía reflejar la composición de bases
del DNA que lo especifica.
3. El mensajero debía ser muy heterogéneo en tamaño, puesto que los genes (o
grupos de genes) varían en longitud.

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4. El mensajero debía estar asociado transitoriamente con los ribosomas, los sitios
de la síntesis de proteínas.
5. El mensajero debía ser sintetizado y degradado rápidamente.

Luego de una serie de experimentos, se concluyó que los ribosomas son estructuras no
especializadas que sintetizan, en un momento determinado, la proteína dictada por el
mensajero que contienen en aquel momento. Con lo que el mRNA es el transportador de
la información entre el gen y la proteína.

Todo el RNA celular se sintetiza por las RNA polimerasas

La RNA polimerasa es la enzima que se sintetiza el RNA según las instrucciones dadas
por un DNA molde. La RNA polimerasa de E. coli requiere los siguientes componentes
para la síntesis de RNA:

1. Un molde, el cual es preferentemente un DNA de doble cadena, pero también

puede ser DNA de una sola cadena.
2. Precursores activados, que son los cuatro ribonucleósidos trifosfato: ATP, GTP,
CTP y UTP.
3. Un ión metálico divalente. Son eficaces el Mg2+ o el Mn2+.

La RNA polimerasa cataliza la iniciación y la elongación paso a paso de las cadenas de

RNA. La reacción catalizada por esta enzima es:

(RNA ) n residuos + riboNTP (RNA ) n +1 residuos + PPi

La síntesis de RNA se asemeja a la de DNA en varios aspectos:

a. La dirección de síntesis es 5’→ 3’

b. El mecanismo de elongación es similar, ataque nucleofílico del grupo 3’-OH del
extremo de la cadena en crecimiento sobre el fosfato más interno del nucleósido
trifosfato recién llegado.
c. La síntesis viene favorecida por la hidrólisis de pirofosfato.

Al contrario de la DNA polimerasa, la RNA polimerasa no requiere un iniciador. Otra

diferencia es que el DNA molde se conserva íntegramente en la síntesis de RNA
mientras que en la síntesis de DNA sólo se conserva la mitad.

También, la RNA polimerasa carece de la capacidad nucleásica que utiliza la DNA

polimerasa para cortar los nucleótidos mal emparejados.

La transcripción comienza en los centros promotores y finaliza en los centros de

terminación

Los DNA moldes contienen regiones llamadas centros promotores que se unen
específicamente a la RNA polimerasa y determinan donde comienza la transcripción. En
bacterias son muy importantes las dos secuencias situadas cerca del primer nucleótido
que va a ser transcrito y ubicadas hacia el extremo 5’. Una de ellas, llamada secuencia
Pribnow, contiene la secuencia consenso TATAAT y está centrada a –10 (diez
nucleótidos hacia el lado 5’ a contar desde el primer transcrito +1) La otra, llamada

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regién –35, tiene la secuencia consenso TTGACA. El primer nucleótido transcrito es

normalmente una purina.

Los genes eucarióticos que codifican proteínas poseen centros promotores con una
secuencia consenso TATA centrada alrededor de –25, esta secuencia TATA es análoga
a la secuencia Pribnow de procariotas, salvo que está situada más lejos secuencia arriba.

-35 -10 +1
TTGACA∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼TATAAT∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼sitio inicio

El centro promotor se encuentra en la hebra codificadora, la hebra molde (hebra

antisentido) es complementaria del RNA.

La RNA polimerasa discurre a lo largo del molde de DNA y transcribe una de sus
hebras hasta alcanzar la secuencia de terminación. Esta secuencia codifica una señal de
terminación que en E. coli consiste en una horquilla de bases emparejadas en la
molécula de RNA recién sintetizada. Esta horquilla se forma por emparejamiento de
bases se secuencias autocomplementarias, ricas en G y C. El RNA naciente se disocia
espontáneamente de la RNA polimerasa cuando a la horquilla le sigue una hilera de
residuos U. Se sabe mucho menos sobre la terminación de la transcripción en
eucariotas.

El RNA de transferencia es la molécula adaptadora en la síntesis de proteínas

Hemos visto que el mRNA es el molde para la síntesis de proteínas. ¿Cómo dirige a los
aminoácidos para unirlos en la secuencia correcta?
Los aminoácidos son transportados hacia el molde
por una molécula adaptadora y este adaptador es la
parte que se ajusta realmente con el RNA. Se
requieren entonces al menos veinte adaptadores,
uno por cada aminoácido, pues cada uno de ellos
es específico. El adaptador en la síntesis de
proteínas es el tRNA.

El tRNA contiene un centro de unión al

aminoácido y un centro de reconocimiento del
molde. El aminoácido se une al tRNA por el
carboxilo esterificado con el 3’ o 2’-OH y la
lectura de mensajero es 5’→3’ sintetizando la
cadena polipeptídica de NH2→ COOH.
Cada molécula de tRNA transporta un aminoácido
específico en forma activada hasta el lugar de la
síntesis de la proteína. El lugar de reconocimiento
del molde en el tRNA es una secuencia de tres
bases llamada anticodón. El anticodón del tRNA
reconoce una secuencia de tres bases
complementarias del mRNA llamada codón (fig. 7)
Fig. 7. Ordenamiento de codones

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Características principales del código genético

64 codones, 61 tripletes corresponden a aminoácidos y 3 son clave para la terminación

de la cadena. Como hay 20 aminoácidos y 61 tripletes que lo codifican, es evidente que
el código es muy degenerado. Muchos aminoácidos están codificados por más de un
triplete. Sólo el triptófano (Trp) y la metionina (Met) están codificados por un solo
triplete, mientras que la leucina, arginina y serina son especificados por seis codones
cada uno (fig. 5) El número de codones para un aminoácido está correlacionado con la
frecuencia de aparición en las proteínas.

Los codones que codifican para un mismo aminoácido se llaman sinónimos. Por
ejemplo CAU y CAC son sinónimos para histidina.

¿Cuál es el significado biológico de la degeneración generalizada del código genético?

Si el código no fuera degenerado, 20 codones designarían aminoácidos y los otros 44
conducirían a la terminación de la cadena. La probabilidad de mutación que originase la
terminación de la cadena sería mucho mayor con un código no degenerado que con el
código actual. Las mutaciones de terminación de la cadena conducen generalmente a
proteína inactivas, mientras que las sustituciones de un aminoácido por otro son
generalmente inocuas. Así pues, la degeneración reduce al mínimo los efectos
deletéreos delas mutaciones.

La degeneración del código puede ser también significativa en cuanto que permite al
DNA modificar ampliamente su composición de bases sin alterar la secuencia de
aminoácidos de las proteínas codificadas por él.

El RNA mensajero contiene señales de iniciación y de parada para la síntesis de

proteínas

La señal de iniciación para la síntesis proteica es compleja, las cadenas polipeptídicas en

las bacterias comienzan con un aminoácido modificado, la formilmetionina (fMet) Hay
un tRNA específico, el tRNA iniciador, que transporta la fMet. Este complejo fMet-
tRNA reconoce al codón AUG o menos frecuentemente al GUG. Sin embargo, AUG es
codón para una metionina interna y GUG lo es para una valina interna. Esto significa
que la señal para el primer aminoácido de una cadena polipeptídica de procariotas debe
ser mucho más complejo que para el resto.

AUG es solo parte de la señal de iniciación. En bacterias el AUG (o GUG) de iniciación

viene precedido por una secuencia rica en purinas (A, G) a varios nucleótidos de
distancia. En eucariotas el AUG más próximo al extremo 5’ del mRNA es normalmente
la señal de iniciación para la síntesis de la proteína. Este AUG particular es leído por un
tRNA iniciador cargado con metionina.

El código genético es prácticamente universal

Los mRNA pueden ser traducidos correctamente por la maquinaria sintetizadora de

proteínas pertenecientes a especies biológicas muy alejadas. Así, por ejemplo el mRNA
de la hemoglobina humana es traducido correctamente por un extracto celular de
germen de trigo. Las bacterias expresan eficazmente las moléculas de DNA

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recombinante que codifican proteínas humanas tal como la insulina. Estos resultados
sugieren firmemente que el código genético es universal.

Sin embargo existen excepciones a esto. Las mitocondrias humanas leen el triplete
UGA como codón para el triptófano en vez de señal STOP. Además AGA y AGG
significan STOP en vez de arginina y AUA corresponde a metionina en vez de
isoleucina. Las mitocondrias pueden tener un código genético diferente al del resto de la
célula debido a que el DNA mitocondrial codifica unos tRNAs distintos.

El código genético es prácticamente, pero no absolutamente universal. Existen

variaciones en mitocondrias y en especies como los ciliados, que se separaron muy
pronto en la evolución de los eucariotas. Es interesante advertir que dos de los codones
modificados en las mitocondrias humanas disminuyen la información asignada a la
tercera base del triplete (por ej. tanto AUA como AUG codifican metionina) La mayoría
de las modificaciones observadas respecto al código genético estándar van en la
dirección simplificadora.

La gran mayoría de los genes eucarióticos son mosaicos de intrones y exones

En las bacterias las cadenas polipeptídicas están codificadas por una disposición
continua de codones del DNA. En genes de organismos superiores no es siempre así,
diversos genes son discontinuos.
Las cadenas de RNA recién
sintetizadas (transcrito primario)
son mucho mayores que las
moléculas de mRNA derivadas
de ellas. Las regiones que se
eliminan de este transcrito
primario se llaman intrones
(secuencias intercaladas),
mientras que aquellas que se
mantienen en el mRNA maduro
se denominan exones (regiones
expresadas) Un aspecto común
de la expresión de estos genes
discontinuos es que sus exones
están ordenados en la misma
secuencia en el mRNA y en el
DNA. Así pues, los genes
entrecortados, como los genes
continuos, son colineales con sus
productos polipeptídicos. El
entrecortado (splicing) es una
operación compleja realizada por
los “spliceosomas” que son
asociaciones de proteínas y
pequeñas moléculas de RNA.
Esta maquinaria enzimática
Fig. 7 . Intrones y exones
reconoce las señales del RNA
naciente que especifican los

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puntos de corte. Los intrones casi siempre empiezan con GU y terminan con una pareja
AG, precedida de un tramo rico en pirimidinas (U, C) Esta secuencia consenso es parte
de la señal de empalme.

Muchos exones codifican dominios de proteínas

La mayoría de los genes de los eucariotas superiores (aves, mamíferos) están

entrecortados. Los eucariotas inferiores, como las levaduras, tienen una mayor
proporción de genes continuos.

La comparación entre secuencias de DNA de genes que codifican proteínas muy

conservadas durante la evolución sugiere firmemente que había intrones en los genes
ancestrales y que se perdieron durante la evolución en aquellos seres especializados en
un crecimiento muy rápido, tales como las eubacterias y las levaduras.

Un dominio completo de una proteína puede estar codificado por un solo exón. Una
hipótesis muy atrayente es que las proteínas nuevas aparecen durante la evolución por
reordenamiento de los exones que codifican elementos estructurales discretos, centros
de enlace y centros catalíticos.

Transcripción en eucariotas

Las tres etapas de la transcripción: (1) iniciación, (2) elongación y (3) terminación

(1) La RNA polimerasa desenrolla casi dos vueltas del DNA molde antes de iniciar la
síntesis de RNA. El inicio de la transcripción se origina en los centros promotores del
DNA molde. Existen dos tramos de secuencias comunes más allá del lado 5’ del punto
de iniciación (secuencia arriba) en procariotas, son la secuencia –10 (TATAAT) y –35
(TTGACA) Los números corresponden a la hebra codificadora.

Hebra codificadora es aquella del DNA que posee la misma secuencia que el RNA
transcrito cambiando U por T (hebra con sentido +); hebra molde es la hebra antisentido
y es la complementaria a la codificadora o al mRNA transcrito primario (hebra con
sentido -)

5’∼∼∼∼∼∼Compart. CAAT∼∼∼∼∼∼∼∼∼∼Compart. GC∼∼∼∼∼∼∼∼∼Compart. TATA∼∼∼∼∼∼∼∼∼3’

-110 -40

Centro de iniciación
del mRNA

En levaduras, una secuencia TATAAA centrada entre los nucleótidos –30 y –90
desempeña el mismo papel.
La mutación de una única base en la TATA box daña sensiblemente la actividad del
promotor. Asimismo los intercambios de bases A y T producen pérdida de actividad,
demostrando con ello que es esencial la secuencia exacta y no solo un alto contenido de
pares AT.
El compartimiento TATA es necesario pero insuficiente para una alta actividad del
promotor. Se localizan elementos adicionales entre las posiciones –40 y –110 CAAT y
GC que pueden ser también eficaces estando en la hebra molde.

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Secuencias intensificadoras pueden estimular la transcripción en centros de iniciación

alejados a millares de bases. Las secuencias intensificadoras pueden encontrarse
secuencia arriba, secuencia abajo o incluso en medio de un gen transcrito. Son efectivos
tanto si están situados sobre la hebra codificadora como sobre la hebra molde.

(2) La elongación tiene lugar en las burbujas de transcripción que se desplazan a lo

largo del molde de DNA. La RNA polimerasa es una enzima muy progresiva o
procesiva. Su velocidad de síntesis es de 50 nucleótidos por segundo y posee una tasa
de error de un fallo cada 104 o 105 bases agregadas.

(3) Las regiones transcritas de los moldes de DNA contienen señales de terminación. La
más sencilla es una región palindrómica rica en GC seguida de una región rica en AT.
El transcrito de RNA de este DNA palindrómico es autocomplementario, por lo tanto,
sus bases se pueden emparejar para formar una estructura en horquilla con un tallo y un
bucle, estructura favorecida por su alto contenido en GC. Esta horquilla estable viene
seguida de una secuencia de 4 o más residuos U. El transcrito de RNA finaliza en ellos
o justamente después.

Los precursores de mRNA adquieren casquetes 5’ durante la transcripción

El extremo 5’ trifosfato de la cadena de RNA naciente se modifica de inmediato. Se

libera un fosfato, luego el extremo 5’ difosfato ataca al átomo Pα del GTP para formar
un enlace 5’-5’-trifosfato nada corriente se denomina casquete CAP.

Los casquetes contribuyen a la estabilidad de los mRNAs porque protegen sus extremos
5’ frente a las fosfatasas y las nucleasas. Además los casquetes facilitan la traducción
del mRNA por los sistemas eucarióticos de síntesis proteica.

Después de la ruptura debida a una endonucleasa se añade una cola de 3’-

poliadenilato a la mayoría de los precursores de mRNAs

La endonucleasa que reconoce la secuencia AAUAAA rompe los transcritos primarios

eucarióticos (el entorno también incide en el sitio de ruptura) Luego, la poli(A)
polimerasa añade unos 250 residuos A al extremo 3’ y esa cola de A se enrolla
alrededor de varias copias de una proteína de unión.

Función de la cola poli(A): un mRNA sin cola poli(A) es un molde menos efectivo para
síntesis proteica. La vida de una molécula de mRNA se determina en parte por la
velocidad de degradación de su cola de poli(A)

En el núcleo de eucariotas el mRNA transcrito primario sufre de un procesamiento a

cargo de ribonucleoproteínas (RNA y enzimas de corte y empalme) encargadas de
eliminar intrones y empalmar exones.

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Fig. Diferencias desde transcripción a traducción entre eucariotas y procariotas.

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