Gumart

www.wuolah.com/student/Gumart

23008

TEMA-2.pdf
Biosíntesis de Macromoléculas

2º Biosíntesis de Macromoléculas

Grado en Bioquímica

Facultad de Ciencias Químicas

Universidad Complutense de Madrid

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su
totalidad.
a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

TEMA 2: Transcripción en procariotas

Tipos de RNA

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
Sólo en procariotas:

- RNA mensajero (mRNA). Es complementario a la hebra de DNA y su función es la

de transportar la información genética para ser traducido. Es inestable, se degrada en
poco tiempo.

- RNA ribosómico (rRNA). Participa en la estructura y función de los ribosomas. Es

una molécula muy estable.

- RNA de transferencia (tRNA). Es una molécula adaptadora, que participa en la

descodificación del código genético.

- RNA iniciador o primer, que participa en la replicación del DNA.

- RNA de ribonucleasa P. Actúa de ribozima, y cataliza la rotura de otros RNA.

En eucariotas, hay otros RNAs:

- Los rRNAs tienen distintos coeficientes de sedimentación.

- RNA no codificantes (ncRNA). Por ejemplo, los pequeños nucleares (snRNA),

pequeños nucleolares (snoRNA), microRNA (miRNA)

- RNA de SRP (partículas de reconocimiento de señal)

- RNA de la telomerasa
a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

Localización de los procesos de transcripción y traducción

En los procariotas, la célula no está
compartimentalizada y el DNA se transcribe
en el citoplasma, y según se transcribe el
mRNA, se va traduciendo en los ribosomas,
es decir, son procesos acoplados.

En los eucariotas, la transcripción se da en

el núcleo. Allí también se procesarán los
RNAs primarios. Después, se exportará al
citoplasma donde se traducirá en los
ribosomas.

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
Sistemas enzimáticos encargados de la síntesis de RNA
Pueden depender de un molde para poder sintetizar la molécula de RNA o no.

Dependientes de molde
Enzimas bacterianas
La holoenzima (RNA polimerasa) de E. coli usa de molde la DNA y tienen hasta 4
isoformas.

La DNA primasa usa de molde también el DNA, y consta de una cadena polipeptídica.

Enzimas de fagos o bacterias infectadas por fagos

Un fago es capaz de multiplicarse en una bacteria.

RNA polimerasa T7. El molde sólo puede ser el DNA del fago T7. Cuando el fago T7
infecta la bacteria, usa la RNA polimerasa de E. coli para genes tempranos. Dentro de esos
genes tempranos, se encuentra la polimerasa viral, que expresa genes tardíos, e inactiva la
RNA pol de E. coli, mediante factores específicos. La RNA polimerasa T7:

- Es una cadena polipeptídica de menos de 100 kDa.

- No reconoce a promotores de E. coli, sólo a los del propio DNA del virus.

- Consta de la maquinaria mínima de la transcripción. Reconoce promotores

específicos, cataliza la formación del enlace fosfodiéster y termina la transcripción por
sí misma.

- No responde a activadores ni inhibidores

- Su velocidad es de 2000 nucleótidos/s, 40 veces más rápido que la de E. coli.

RNA polimerasa N4. El molde sólo puede ser el DNA del fago N4. El fago N4 cuando
infecta a la bacteria, inserta la RNA polimerasa viral que primero expresarán genes tempranos
y después los genes tempranos ayudarán a la expresión de los genes tardíos.

Recordatorio de Wuolah: Podría ser peor.

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

Replicasa Qβ. El molde es una molécula de RNA. Necesita formar un complejo enzimático
con elementos proteicos víricos y elementos de la bacteria infectada.

Independientes de molde
- Enzima CCA. Incluye de novo tres nucleótidos en el tRNA.

- PoliA polimerasa eucariota. En el extremo 3’ del mRNA se va a añadir la cola de

poliadenina mediante esta enzima para que no se degrade.

- Polinucleótido fosforilasa o enzima de Severo Ochoa. También tiene como

iniciador el extremo 3’ del tRNA, y trabaja con nucleótidos difosfato. Parece que in
vivo, fomenta la degradación de DNA, pero fue muy importante para descodificar el
código genético.

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
Unidades de transcripción en procariotas
La unidad de transcripción es un segmento de DNA comprendido entre el comienzo y el
final de la transcripción. También se puede definir como el tramo de DNA que se expresa
como una molécula de RNA. Se da colinearidad, es decir, la secuencia de bases del DNA
nos permite hacer la lectura de la secuencia de RNA.

La unidad de transcripción comprende a regiones 5’UTR (untranslated leader región) y

3’UTR (untranslated tráiler sequence) que no se traducen y a la o las secuencias
codificantes. Por lo tanto, la secuencia codificante es menor que la unidad de transcripción

- Si la unidad de transcripción es monocistrónica, sólo habrá una secuencia codificante

para una sola proteína.

- Si la unidad de transcripción es policistrónica, se crea un operón, que consiste en

varias secuencias codificantes, cada una con información para una proteína distinta de
tal manera que todas ellas se regulan por una misma región reguladora. Es útil
cuando se sintetizan proteínas que realizarán una función entre sí, como el operón
lactosa.

¡Sube una stories con tus apuntes y menciónanos! @Wuolah_apuntes

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

- Las unidades de transcripción que codifican rRNAy tRNA tienen varios segmentos de
RNA en la misma unidad de transcripción.

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
En procariotas, la región reguladora se encuentra con anterioridad (upstream) a la
unidad de transcripción y fuera de ella. En esta región tenemos el promotor, donde se unirá
la RNA polimerasa, y el activador más adelante del gen.

Síntesis de RNA
Un gen es un fragmento de DNA que constituye la unidad funcional más pequeña. O la unidad
de DNA que contiene la información que especifique para la síntesis de un producto simple.

Los sustratos para la síntesis de RNA son ribonucleótidos activados trifosfatados

(NTPs). La reacción no necesita activador.

𝑑𝑁𝑇𝑃 𝑁𝑀𝑃 → 𝑁𝑀𝑃 𝑃𝑃

Se crean enlaces fosfodiéster y se necesita un molde. Todos las sistemas enzimáticos leen
3’ 5’ y sintetizan 5’ 3’.

La cadena sintetizada es complementaria a la cadena de DNA molde y antiparalela a ella.

La hebra de DNA complementaria a la cadena molde se denomina hebra codificadora, y es
igual al RNA transcrito primario excepto por el cambio de timina por uracilo.

Las secuencias reguladoras se van a

encontrar en la hebra codificante. La cadena
codificante no es la misma siempre, sino que
depende del gen que se vaya a transcribir.

Para la síntesis de RNA, será necesaria la

apertura de la doble hélice de DNA y la
formación de la burbuja de la transcripción,
que consta de 17 o 18 pares de bases de DNA
no apareadas. En la misma burbuja se va
sintetizando el RNA, que hibrida con el DNA
en 8 nucleótidos.

La formación de una burbuja crea

superenrollamientos en el DNA, que
son solventados por la ayuda de las
topoisomerasas.
a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

Señales de iniciación y terminación

Para que la RNA reconozca la localización del inicio de la transcripción y del final de la misma,
en el DNA se encuentran secuencias consenso capaces de ser reconocidas por la enzima.

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
Señales de iniciación
El promotor es la secuencia control de DNA característica situada en el extremo 5’ de un
gen, donde se forma un complejo estable con la RNA polimerasa para que se dé inicio a la
transcripción.

Ocupa desde la posición -37 hasta la posición +20. Los promotores tienen secuencias
consenso que son nucleótidos que se encuentran con frecuencia en una posición en regiones
que tiene un función común. En este caso, las secuencias consenso son las que permiten la
unión de la RNA polimerasa. Estas dos secuencias consenso son:

- Caja TATA en la región -10. También llamada caja de Prinbow.

- Región -35.

La eficiencia de la transcripción depende de:

- La fuerza del promotor. La fuerza del promotor es la frecuencia relativa de

iniciación de la transcripción de cada promotor. Es decir, si hay un gen que se
transcribe muchas veces por minuto, el promotor será “fuerte”. La fuerza del
promotor viene determinada por las secuencias consenso.

Recordatorio de Wuolah: Deberías haber empezado a estudiar antes.

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

o Se dan mutaciones ascendentes si incrementan la fuerza del promotor, y se

asemejan más a la secuencia consenso.

o Se dan mutaciones descendentes si reducen la fuerza del promotor por

tener menos analogía con la secuencia consenso.

- La unión de las proteínas auxiliares o activadoras

- La propia topología del DNA.

Existen promotores que tiene 10 nucleótidos por delante de la caja TATA (extensión -10) y
carecen de región -35. Pero, además, tienen una secuencia consenso mucho más upstream.
Estos promotores serán los que vayan a transcribirse en RNA ribosómico.

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
Señales de terminación
En el DNA aparecen secuencias que cuando se replican, el tránscrito puede formar una
horquilla consigo mismo, que funciona como señal de finalización. Además después presenta
una zona de adeninas.

RNA polimerasa de E. coli

Es una holoenzima (465 kDa) de múltiples
subunidades, y cada subunidad tiene su función. Las
subunidades son ’. El factor  es un factor
externo que se tiene que unir a la estructura, y actúa
como reconocedor de las secuencias de iniciación.

El núcleo de la enzima está formado por ’

𝑑𝑁𝑇𝑃 𝑁𝑀𝑃 → 𝑁𝑀𝑃 𝑃𝑃

La reacción está muy desplazada hacia la formación del enlace fosfodiéster, porque el
pirofosfato se puede hidrolizar a 2 fosfatos, una reacción muy espontánea.

Es capaz de transcribir los tres tipos de RNA procariota, pero de manera discriminada, es
decir, puede ajustar la cantidad necesaria de cada uno de ellos

Funciones
- Reconoce los sitios de iniciación o - Selecciona el NTP correcto
promotores.
- No requiere iniciador
- Desenrolla la doble hélice del
DNA. - Reconoce el sitio de terminación (la
horquilla formada)
- Sintetiza el RNA a una velocidad de
50 nucleótidos/s - Interacciona con proteínas reguladoras

No puedes escuchar esta frase: ESTEFANIAAAAAAAAAAA

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

Subunidades de la RNA polimerasa

La holoenzima entera se encarga de la síntesis de RNA en puntos de inicio determinados. El
núcleo sólo (sin sigma) puede sintetizar RNA, pero en localizaciones al azar.

Subunidad α
Son dos subunidades iguales que acompañan a la RNA polimerasa y facilitan las
interacciones de la enzima con el promotor, además de que interaccionan con
proteínas reguladoras.

Las subunidades α reconocen en el reconocimiento de promotores en secuencias ricas en AT

en la región -40 a -60. Contribuye en la expresión de RNA ribosómicos. Esta subunidad
contacta con el DNA en el extremo carboxiloterminal. Puede contactar:

- Con la subunidad , que está más adelante en la hebra de DNA.

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
- Con activadores que se encuentren también interaccionando en la región reguladora
del gen.

Por lo tanto, hay tres tipos de interacción:

A) Promotor simple, en el que solo tiene interacciones con la subunidad .

B) Promotor con elementos upstream que contactan con el extremo

carboxiloterminal de la subunidad α

C) Promotor con sitio de activación, en el que la proteína activadora interacciona

con la subunidad α.

Subunidad β
Tiene una masa de 151 kDa y es de naturaleza ácida. Es el centro activo de la enzima, de la
que se encarga de la unión de los nucleótidos trifosfatados y de la formación del enlace
fosfodiéster. A esta subunidad se unen gran número de inhibidores, como:

- Las rifamicinas que se unen en la iniciación. Son tratamientos claves contra la

tuberculosis. Se une en un bolsillo de la RNA polimerasa, en su subunidad β en el
canal DNA/RNA.

- Las estreptolidiginas, que interfieren en la elongación

Recordatorio de Wuolah: Abrígate que hace fresco.

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

Subunidad β’
Con una masa de 155 kDa tiene naturaleza básica, y se encarga de la unión al DNA. Se
descubrió porque también se podía unir a un polianión de heparina.

Subunidad 
La subunidad se aisló inicialmente acompañando al resto de las subunidades. Tiene un rol
estructural fundamental en la conformación de las subunidades β’ y en el ensamblaje del

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
complejo.

Además, esta subunidad tiene una función reguladora, ya que es crucial para la interacción de
la holoenzima con factores de transcripción. Media también la respuesta a condiciones
estrictas.

En todas las polimerasas eucariotas se encuentran estructuras análogas, por lo que es un

motivo muy conservado.

Subunidad 
Es el factor de iniciación o factor de especificidad. Reconoce el promotor y el sitio de
iniciación.

Tipos de subunidades :

Cada una de ellas reconoce unas secuencias consenso determinadas de promotores

concretos y, por lo tanto, estimulan la transcripción de un grupo de genes específicos.

- Factores bacterianos principales (Factor 70). Codifica para genes relacionados

por el crecimiento.

- Factores bacterianos secundarios. Aquí se incluye el factor de ayuno de nitrógeno

(54) o el factor de esporulación (29). Las secuencias consenso son distintas a los
factores primarios.

- Factores bacteriófagos

Factor 70

Regula genes relacionados con el crecimiento bacteriano. En la subunidad se han definido 4
regiones:

- Región 1. Impide la unión al DNA por parte de la polimerasa, por lo que para que
se pueda unir, esta subunidad se tiene que
proteger.

- Región 2. Es la hélice α de reconocimiento,

que está interaccionando con la caja -10 del DNA.
Participa en la apertura del complejo de
cerrado a abierto. En esta región hay unos
aminoácidos aromáticos que sirven para mantener
las hebras separadas.
a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

- Región 3. Hélice α que interacciona con 2 pares de bases anteriores a la región -10.

- Región 4. Es un motivo hélice – vuelta – hélice que reconoce la caja -35.

La burbuja de transcripción se crea alrededor de la caja -10, en las posiciones -11 a +3.

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
Factor 29

En el proceso de esporulación de una bacteria se expresan distintos genes, tanto

tempranos, como intermediarios y tardíos. Para la creación de genes intermedios, se necesita
esta subunidad específica.

El proceso se da en varias etapas en las que se necesitan promotores distintos. Por lo tanto,
el proceso está mediado por cascadas de subunidades sigma.

Factor 54

Este factor reconoce una región más extensa a la

caja -10, pero no reconoce a la caja -35. Cuando
haya poca glutamina, una proteína quinasa
(nitrógeno B quinasa, NtrB), fosforila a una
proteína reguladora del nitrógeno (NtrC).

Cuando está fosforilada, es activa, y se une a las

secuencias reguladoras intensificadoras de los
genes regulados por este factor. Como los
activadores están lejos, se crea un lazo, que
permite contactar a las NtrC con la RNA
polimerasa.

Una vez en contacto, una actividad ATPasa

conduce a la apertura de la burbuja de
transcripción.

Escribe aquí una palabra que te parezca chuli: (_________________)

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

Factores anti-sigma

Son factores que en un momento determinado pueden bloquear el factor sigma e inhibe su
función. Esto se da en las fases estacionarias de las bacterias, donde ya no es necesaria la
transcripción de ciertos genes.

Los factores anti-anti-sigma pueden volver a restaurar la función de sigma, mediante una
cascada.

Iniciación
La RNA polimerasa reconoce al promotor
gracias al factor sigma. Cuando se reconoce,
llega toda la RNA polimerasa, que crea un

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
complejo cerrado con el promotor. La
RNA polimerasa tiene un canal de 25
angstroms de diámetro para que se encierre a la cadena de DNA. Ocupa unos 75 – 80
pares de bases

Se forma un complejo abierto con el

promotor, es decir, se empieza a
desenrollar la doble hélice. Se crea la
burbuja de transcripción.

Se inicia la síntesis del RNA con la

incorporación de una purina. A los 8-10
nucleótidos, libera la subunidad sigma. Para
evitar que se vuelva a unir, se une la
subunidad NusA, que sólo estará en la
elongación.

La iniciación es un proceso muy lento, ya

que se tiene que verificar que se ha
empezado a transcribir la secuencia
correcta. Muchas iniciaciones son abortivas,
es decir, paran la transcripción al detectar
que se ha iniciado en un sitio erróneo.

Recordatorio de Wuolah: Podría ser peor.

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

Elongación
En esta etapa se producen múltiples interacciones entre el RNA, el DNA y las proteínas. Al
tener uniones débiles al DNA y uniones fuertes al DNA, el movimiento de la RNA polimerasa
a través de la cadena se da por compresión y expansión, como un gusano.

Retroceso del complejo

Es un proceso que reconoce cuando una región no ha hibridado con la cadena de DNA.
Cuando esto sucede, es que ha habido un error en la transcripción, y por ello corta el enlace
fosfodiéster del fragmento de a hebra que no ha hibridado.

Se da por unas proteínas llamadas GreA y

GreB, que estimulan la actividad de rotura
del extremo 3’ del tránscrito. Pueden
hacerlo de dos maneras

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
- Catalizan la separación hidrolítica
de nucleótidos del extremo 3’ del
tránscrito.

- Estimulan a la RNA polimerasa,

que también tiene la capacidad de
romper ese extremo.

Esta edición se puede dar por:

- Edición pirofosforolítica: eliminación del nucleótido incorporado erróneamente.

- Edición hidrolítica: mecanismo de retroceso por el que se elimina una pequeña

secuencia que contiene un error. Actividad estimulada por factores Gre

Terminación
No dependiente de Rho
En este caso no requiere ningún factor proteico.
Para la terminación, se tiene que crear un complejo
de RNA en forma de horquilla, que es bastante
estable, y es capaz de ser reconocida por la RNA
polimerasa. Después de la horquilla hay varios
residuos de uracilo, que también reconoce para
soltarse.

Dependiente de Rho
En esta forma de terminación también aparecen
horquillas, pero a diferencia de las anteriores, son
mucho más lábiles. Además, interviene una proteína denominada rho, que funciona como una
helicasa, es decir, tiene una región de ruptura de hélices (entre el DNA que se copia y el
RNA que se sintetiza).

¡Sube una stories con tus apuntes y menciónanos! @Wuolah_apuntes

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-1765096

Es un hexámero que interacciona con el RNA

monocatenario recién formado. Necesita energía
para desplazarse por la cadena de RNA hasta la
terminación, por lo que tiene actividad ATPasa.

Existe un proceso que se llama antiterminación.

Hay señales que permiten al DNA que se salte la

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
señal de terminación, que forman un complejo
entre sí. Las proteínas que lo forman son Nus A,
Nus B, Nus G, S10…

Mapa genético de E. coli

Los genes que codifican para proteínas implicadas en la síntesis o degradación del RNA están
dispersados en el genoma. Hay genes que se expresan asociados en forma de operones.