10 de marzo de 1951 fue fundado el Deportivo Samarios, precursor del actual Unión
Magdalena. En esa temporada,5 Samarios logró la mayor goleada en la historia del Fútbol Colombiano, un 12-1 sobre Universidad Nacional.6 La temporada siguiente fue la última de Samarios, ocupando el puesto 11 del campeonato.7 En las temporadas 19538 y 19549 el Unión Magdalena estuvo en las posiciones intermedias del campeonato. Para 1954 el Unión se retiró faltando una fecha para concluir el torneo, siendo este el precedente de la desafiliación del equipo en 1955.1011 En 1956 el equipo regresó al Profesionalismo ocupando el último lugar del torneo (casilla 13 con ocho puntos),12 a pesar de haber contratado 32 jugadores para afrontar el torneo.13 Al año siguiente, el equipo cambió 22 jugadores y ocupó el séptimo lugar del torneo14 antes de desafiliarse nuevamente de la División Mayor del Fútbol Colombiano en 1958.15 El año siguiente Unión regresó al campeonato,16 y durante las temporadas siguientes no tuvo buenos resultados. Cabe resaltar que el club samario no tomó parte de los campeonatos en 196117 y 19621819
El Título: 1968[editar]
Campeonato Colombiano 1968 - 1º Título
Réplica Trofeo 1968
El Unión Magdalena contaba con una mezcla de jugadores, la
mayoría samarios y paraguayos, de cara al campeonato de 1968. El Torneo Apertura fue todo un éxito para los dirigidos por el director técnico guaraní Vicente Sánchez, al acumular 38 puntos y clasificar a la final del año y a la Copa Libertadores de América. Con los resultados que llevaron al equipo a la parte media de la tabla, en el Torneo Finalización, el técnico fue cambiado y llegó Antonio Julio de La Hoz, que dejó al Unión en la casilla 10 con 23 unidades.2021 La gran final del año tuvo al Deportivo Cali como local contra el Unión en el partido de ida. Un gol de Aurelio Palacios le dio el triunfo al 'Ciclón' en Cali. La vuelta jugada en el Estadio Eduardo Santos tenía al Deportivo Cali con ventaja de 0-2, pero Raúl Peñaranda (66') y Ramón Rodríguez (86'), marcaron los goles del empate final 2-222que le dio al Unión Magdalena su primer y hasta el momento único título en el Fútbol Profesional Colombiano.2324 Durante la celebración por el título samario, falleció un hincha atropellado, y cuentan que se convirtió en la "Maldición de la Celebración" por ello el Unión Magdalena no ha vuelto a quedar campeón.