Es necesario para un monitoreo de especies, tener claros los objetivos propuestos
y la metodología que se va a emplear; una vez recolectada la información debe ser organizada; analizada, descrita y comparada con los anteriores estudios; allí entran los diferentes índices de especies, donde se evalúa la rareza de la especie, la cantidad de ellas por área, los niveles taxonómicos para establecer la diversidad “real” del ecosistema.
Algunos errores que se pueden cometer en la medición de la biodiversidad es la
toma de muestras al azar, sin un límite de campo pues no se tomarían en cuenta la mayoría de las especies; otro error es la cantidad y calidad de los datos. Muestras muy pequeñas o estudios de muy poca duración, e incluso el uso de trampas o cebos poco efectivos generan datos pobres y difíciles de usar.
Colombia es un país megadiverso dado que alberga una gran cantidad de
ecosistemas, a pesar de ello los estudios realizados en el país no han abarcado toda la diversidad ecosistemica del territorio; por ello entidades como Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, el IDEAM, el INVEMAR entre otros se encargan realizará inventarios, monitoreos y estudios sobre conservación y uso sostenible de los ecosistemas; también la universidades e institutos de ciencias desde el año 1995 iniciaron la recolección biológica del territorio para crear un centro de información que a partir del 2010 sea libre y para todos los colombianos; este sistema es el l SIB permite consultar el catálogo y las cifras de la biodiversidad en Colombia, así como las diferentes publicaciones relacionadas con el tema.