Tópicos selectos de biotecnología II

Semestre septiembre 2020-Febrero 2021

Parte de informática del segundo departamental
Valor: 15 % de parcial

Instrucciones: conteste lo solicitado

Al mandar a secuenciar una muestra de frutos de chile al departamento de secuenciación,
nos mandan la secuencia mostrada, y nos dicen que al parecer está relacionada con una
flavonoid-3',5'-hydroxylase (F3'5'H).
Usted deberá comprobar si de acuerdo a la base de datos del NCBI, la secuencia
realmente está relacionada con lo que comenta el departamento de secuenciación.
Mostar evidencia y explicar respuesta. Valor 3 puntos
Comparar simultáneamente esta secuencia con otras 4 secuencias, cada una de las cuales
deberá ser de una especia diferente y decir si la secuencia problema tiene 5´UTR, región
codificante completa y 3´UTR.Mostar evidencia y explicar respuesta. Valor 6 puntos
Diseñar un par de primers (oligos) que amplifiquen a todas (o a la mayoría) las secuencias
comparadas (la problema y las 4 obtenidas de NCBI) y que tengan en los extremos sitios
de corte para la enzima de restricción HindIII. Mostar evidencia y explicar respuesta. Valor
6 puntos
Nota 1: deberá tener su correo institucional abierto en todo momento, solo para que se
observe al momento de hacer la captura de pantalla con las evidencias.
Nota 2: cuando compare simultáneamente la secuencia problema con las 4 obtenidas por
usted, en el alineamiento todas las secuencias deberán tener como nombre inicial las dos
iniciales de su apellido.
Nota 3: no puede usar ninguna secuencia de Capsicum annumm del NCBI para su
comparación.
>FJ705845.1 Capsicum annuum flavonoid-3',5'-hydroxylase (F3'5'H) mRNA,
partial cds
ATGGTGTTACTACTTGCTATCGAGTTGTGCGTAGCCGCTATAATATTTATCATAGTACATATTATTATTT
CAAAATTAATAGCCATCGGACAGGGGCGGGATCGGCTTTCGCTCCCGCCAGGTCCGATGGGGTGGCCGGT
GATTGGAGCGCTTCCACTTTTAGGTGGCATGCCACACGTGTCACTTGCAAAAATGGCCAAAAAATATGGA
CCTATTATGTATTTAAAAGTTGGCACTTGTGGTATGGTTGTTGCTTCTACTCCTAATGCAGCTAAAGCTT
TCTTGAAAACACTTGATATTAATTTCTCCAATCGTCCAACTAATGCAGGTGCCACACATTTGGCCTACAA
TGCCCAAGACATGGTTTTTGCACCCTATGGACCACGTTGGAAGTTGTTAAGAAAATTGAGCAACTTACAC
ATGCTAGGTGGTAAAGCCTTAGAAGATTGGGCTAATGTTCGTGCCAATGAGCTAGGCCACATGCTAAAAT
CGATGTTCGACGCGAGCCGGGAGGGCGAGCGCGTTGTGGTGGCGGATATGTTGACATTCGCGATGGCGAA
CATGATAGGTCAGGTGATATTAAGTAAGAGAGTGTTCGCGGAAAAAGGGGAAGAGGTGAACGAATTTAAG
AACATGGTCGTGGAACTGATGACTACAGCGGGATATTTTAATATTGGAGATTTTATTCCTCAACTAGCTT
GGATGGATTTACAAGGAATTGAAAGAGGGATGAAAAAATTACACAAAAAATTTGATGATTTATTGACAAA
AATGTTTGATGAACATAAAGCAACTAGCAACATTGAAAGAAAAGGAAAACCTGATTTTCTTGATATTGTT
ATGGCAAATAGGGACAATTCTGAAGGTGAAAGGCTCAACACAGCCAATATCAAAGCACTTTTGCTGAATT
TGTTTACTGCTGGTACAGACACTTCATCTAGCGCAATAGAATGGGCACTTGCAGAAATGATGAAAAATTC
AACAATTTTGAAAAAAGCACAACAAGAAACGGACCAAATTATTGGAAAAAATAGACGTTTAATTGAATCT
GATATTCCCAATCTACCTTATTTACGTGCAATTTGGCAAGAAACATTTCGAAAACACCCTTCACCACCA

¡Suerte!