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Cinvestav-Zacatenco
2 de Julio de 2013
1 Predicción de genes
Introducción
Categorías de los programas de predicción de genes
Predicción de genes en procariotas
Determinación convencional de marcos abiertos de lectura
Predicción de genes usando Modelos de Markov y Modelos Ocultos de Markov
Evaluación del desempeño
Predicción de genes en eucariotas
Programas de predicción de genes ab initio
Programas basados en homología
Programas basados en consenso
Evaluación del desempeño
Introducción
Introducción
Esto se debe a que los organismos eucariotas son más complejos que
los procariotas, recordemos que estos últimos generalmente no tienen
intrones y están compuestos de una sola hebra de ADN que es
relativamente pequeña (de 0.5 a 10 Mbp)
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Evaluación del desempeño
Debido a que un codón de parada puede ocurrir por azar cada veinte
codones, un marco con más de 50 o 60 codones sin codones de parada
es sugerente para ser una región codificante.
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Otra caractersística son las islas CpG, que son regiones cerca del inicio
del gen con alta densidad de dinucleótidos CG.
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Figura : LDA vs QDA, los triángulos son características codificantes, los taches
son regiones no codificantes.
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Evaluación del desempeño
El enfoque por fuerza bruta busca todas las similitudes locales entre
las secuencias y entrega un exón candidato. El mejor subconjunto de
subcadenas que no se traslapan corresponde al mejor candidato a ser
un exón.
EXONCHAINING(G , n)
1 for i ← 1 to2n
2 si ← 0
3 for i ← 1 to 2n
4 if vértice vi en G corresponde al extremo derecho del intervalo I .
5 j ← índice del vértice del extremo izquierdo del intervalo I
6 w ← peso del intervalo I
7 si ← max(sj + w , si−1 )
8 else
9 si ← si−1
10 return s2 n
Si i no es la posición inicial.
Si i es la posición inicial.
S(i, j − 1, B) − σ
S(i, j, B) = max max(S(end(B 0 ), j − 1, B 0 ) + δ(gi , tj )
max(S(end(B 0 ), j, B 0 ) + σ
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