El proceso consiste primero en aislar y multiplicar (clonar)
grandes segmentos de los genes para obtener material suficiente para trabajar. Esos segmentos clonados forman una biblioteca genómica y se suministran a los laboratorios secuenciadores. Los segmentos largos que se traslapan se descomponen en tramos más cortos usando una técnica de cizallamiento aleatorio en la que se hace pasar la muestra por una aguja, donde las fuerzas de cizalla la rompen. Originalmente se empalmaban usando una enzima nucleasa, pero la técnica de cizalla da más aleatoriedad. (Las nucleasas degradan los ácidos nucleicos. Éstas pueden actuar sobre hebras individuales, sobre hebras dobles o sobre ambas. Una nucleasa puede degradar desde un extremo —una exonucleasa— o comenzar en la parte media —una endonucleasa.)