Funciones avanzadas del programa VMD

Damaris Molina 1; Tatiana Alexandra Delgado1

1
Departamento de Ciencias Químicas, Facultad de Ciencias Naturales, Universidad ICESI.
Fecha de realización: 29 de septiembre de 2020
Fecha de Entrega: 06 octubre de 2020
Resultados y discusión
A. Visualización de múltiples proteínas con VMD
1.1 En esta primera parte se realiza la visualización de diferentes proteínas, se manipula la
ventana VMD OpenGL Display para observar las cuatro proteínas a la vez. Distanciadas entre
sí, como se observa en la Figura 1. En el comando de VMD Main, cada molécula tiene un ID,
con cuatro estados (T, A, D y F: Top, Active, Drawn y Fixed), nombre de la molécula, número
de marcos (frames), número de átomos y datos volumétricos. Como se observa en el cuadro de
la derecha, al que se le sustituyo los números por nombre para evitar confusión, en lo que
respecta a las opciones se puede ver que T, al activarlo, aparecerá esa proteína únicamente y
centralizada, A controla que la proteína sea afectada por diferentes comandos, D aparece y
desaparece al visualizar la trayectoria ,F se encuentra desactivado y esto permite que todas las
proteínas sean manipuladas a la vez.

Figura 1 Las cuatro acuaporinas visualizadas por VMD

1.2 Alineación de proteínas usando measure fit y Multiseq

Se creará representaciones diferentes para cada una de las proteínas (NewCartoon,Coloring
Method y la opción ColorID) cada una con un color diferente , seguido a esto con la opción
measure fit se alinearon estas proteínas usando comandos especiales transcritos. El resultado del
proceso se muestra en la Figura 2 alineando solo dos proteínas.

Figura 2 Alineamiento de 2 acuaporinas por medio del comando measure fit

Otra opción es usar Multiseq, con lo que se abrirá la ventana untitled multiseq, mostrando las
secuencias de las 4 proteínas cargadas en VMD como se muestra en la Figura 3 en la que se
alinean todas las proteínas respectivamente. Para verlo, se escoge 4 proteínas de estudio, se usa
Tools →Stamp Structural Alignment.Se abre la ventana que dice alinear All Structures.Como se
muestra en la Figura 4. Además, untitled multiseq muestra cambios en el reordenamiento de las
secuencias de las proteínas, esto hace que el color de las proteínas cambie de forma que todas
están indistinguibles, por lo que se devuelve a las representaciones anteriores

Figure 3 Alineamiento de todas las proteínas a través del comando Multiseq

1.3 Color de las estructuras de acuerdo con el valor Q res.

Este valor es la contribución que hace cada aminoácido al valor Q del alineamiento. Para
asignar el color, se dirige a View→ Coloring →Qres en la ventana de untitled multiseq. En el
que las regiones de color azul son regiones estructuralmente conservadas. Las de color rojo no
tienen correspondencias en estructuras próximas a ella, como se muestra en la Figura 4

Figure 4 Almacenamiento de los cuatros proteínas por su similitud estructural

2. Visualización y análisis preliminar de la dinámica molecular de un sistema solvente-
proteína
2.1 Cambio de Trayectoria en un marco de 0-99
Se abre pulling.dcd necesario para visualizar una dinámica molecular en el que se conoce la
topología (o información estructural) y trayectoria (información de cambio en el tiempo),la
ventana de VMD OpenGL Display, carga la simulación .Se observa que la trayectoria consiste
en 100 marcos , para visualizar la trayectoria se tiene varias opciones, la opción de loop que
hace que la simulación al llegar al final vuelve y empieza desde el inicio., once hace que corra
una vez y la opción Rock hace que la simulación llegue al final, se devuelve (como un
búmeran).

A B

Figura 5 Estructura de proteína de simulación marco 0 (A) y marco 99 (B)

Se puede hacer una serie de análisis, pero solo se realiza dos de estos. El primero es determinar
cómo cambia la distancia entre los dos extremos a lo largo de la trayectoria (el fijo y el que está
siendo halado). Se dirige a Selected atoms se indica index 770 1242. Esto corresponde a los Ca
de los residuos Lys 48 y Gly 76. Con los comandos Mouse→ Labels→ Bonds. Se selecciona
las dos secciones y aparecerá un valor de distancia. Como se muestra en la ilustración 1

Ilustración 1 Distancia entre residuos

2.2 Analizado una trayectoria es RMSD

Para esto se dirige a Extensions →Analysis →RMSD Trajectory Tool. Se activa la opción Plot
→ Align para alinear todas las estructuras con respecto a la estructura inicial y excluir de este
cálculo los cambios debido a traslación y rotación. Se da un cambio debido a este alineamiento.
Como se observa en la Figura 6 el eje X corresponde marco y el eje Y a los Bonds, Otra
representación se da en el comando RMSD Trajectory → RMSD, aparece una representación
como se muestra en la Figura 7
 Fígura 6 Cambio de distancia entre Ca de Lys 48 y Ca Gly 76 a través del tiempo

Resistencia de la proteina en la que se muestra los momentos donde la proteina requiere mayor
fuerza para desdoblarse en la figura 6 se visualiza picos en algunos rangos

Figura 7 Cambio de RMSD a través del tiempo

Discusión
La dinámica molecular se define como un método computacional que permite el estudio de
átomo y moléculas, gracias a que conforman un sistema e interaccionan lo que visualizar su
dinámica. Además, se observa la trayectoria que esta esta dada por diferentes ecuaciones del
movimiento de newton, fuerza obtenida de los potenciales interatomicos o campos de fuerza de
mecanica molecular1 Su importancia radica en que permite visualizar el comportamiento de esta
dinamica en tiempos casi impresidibles a nivel físico, se aplica para el análisis de prácticamente
cualquier sistema fisicoquímico de interés, siempre y cuando se disponga de una configuración
inicial adecuada. Como por ejemplo estudio de cambios de fase, solubilidad de moléculas,
viscosidad de líquidos, pegamentos, permite establecer la conformación de menor energía de
proteínas, ADN y moléculas pequeñas (optimización de geometría), en el campo de la
farmacología posibilita el estudio del comportamiento de un ligando importante en el diseño de
nuevos fármacos. En general, superando ciertos aspectos técnicos, su uso es poco limitado,
resultando un método de simulación molecular muy versátil 2Algunos de los programas mas
empleados son AMBER,CHARMM,NAMD, GROMACS,OpenMM etc
El alineamiento estructural consiste en la forma y conformasion tridimensional de las
estrusturas alineadas , como entrada tiene la informacion de las cordenadas en 3D de las
proteinas y como salida superposicion de las estructuras, RMSD se define como la desviacion
de estructuras alineadas , en secuencias diferentes se tiene en cuenta las secuancias de
backbone(N-Cα-C),estructuras secundarias etc 3Se usa para encontrar relaciones evolutivas
entre las proteinas que no se detectan por secuencia , comparacion de modelos proteicos o
estructuras en el tiempo, es importante un “patrón oro” para evaluar alineamientos en la
predicción de estructura de proteínas basada en homología 4
Es importante diferenciar entre alineamiento estructural y de secuencias, la primera consiste en
el alinemiento de cordenadas ,se requiere de cristolografia de rayos x ,RMN, importan backbone
o Cα, con entrada de cordenadas atomicas y salida de RMSD en la salida para alinear por otro
lado esta el alineamiento por secuencias , se tiene en cuenta los aminoacidos , solo se requiere
la secuencia ,el orden de los aminoacidos si importa, la entrada es la secuencia de los
aminoacidos y la salida la matriz de alinemiento de las estructuras 5
Se uso VMM como programa que maneja la dinamina molecular con el fin de estudiar
propiedades de macromoléculas, debido a que este permite Visualizar y alinear múltiples
estructuras proteicas y analizar la dinámica molecular de un sistema solvente-proteína. Como se
muestra en la Figura 1 se tienen 4 acuaporinas de diferentes especies a las que se les realiza en
análisis ya mencionado, las acuaporinas se definen como moléculas grandes que forman
tetrámeros, suceso que se conoce gracias a la cristalización y a estudios de dinámica molecular
de lo que se sabe que las moléculas de agua pasan en paquetes de 10 a través de la membrana,
por acción de los restos hidrofílicos. El punto más estrecho del poro central de la proteína se
encuentra entre dos asparraguinas y es de 3 angstrom, mientras que el tamaño del agua es de
2,8. La proteína cuenta con 6 hélices alfa que atraviesan la membrana y están conectados por
loops, y los dos extremos de la proteína se encuentran en el lado del citoplasma 6
En este proceso se realizó la alineación de proteínas usando measure fit y Multiseq como se
muestra en las Figuras 2 y 3, proceso importante para distinguir entre las acuaporinas ya que
estas tienen similitud en sus estructuras, por lo que es necesario juntarlas para lo cual la función
de alinearlas es un factor importante 7 Una de las cosas a resaltar ,es que la función measure fit
permite alinear estructura de átomos semejantes por lo que en la Figura 2 solo se alinearon dos
proteínas con estos requisitos. En contraste, la función Multiseq permite alinearlas todas sin
restricción alguna. Seguido a esto, se da un respectivo color a las estructuras de acuerdo con el
valor Q res como se muestra en la figura 4, la importancia de este proceso radica en que el QH
es un valor de la homología estructural, entre más cercano a uno, más similares son entre sí,
tanto estructural como en secuencia. Si el valor de Q es bajo (0.1-0.3), es porque las estructuras
no se alinean bien, es decir, pocos átomos C están superpuestos 8 El valor de RMSD es el
promedio de la distancia entre los átomos de las estructuras, entre más cerca de cero más
alineadas son las dos estructuras, cambio estructural en el tiempo, estos dos valores tienen en
cuenta la estructura inicial mostrando así que tanto cambia la estructura, El color azul son
regiones estructuralmente conservadas y las de color rojo no tienen correspondencias en
estructuras próximas a ella, como se muestra en la Figura 4
El otro proceso que se puede evidenciar con este programa es visualización y análisis preliminar
de la dinámica molecular de un sistema solvente-proteína. En este caso la ubiquitina
interacciona con moléculas de agua aproximadamente 8510 moléculas de agua 9 La figura 5 en
los apartados A y B muestra el cambio de la trayectoria en un marco de 0-99, en la imagen ese
movimiento se evidencia con la intensidad de los colores menor en 0 que en 99, al hablar de
simulación se habla de los marcos estos permiten visualizar los tiempos de cambio de esa
trayectoria. A nivel de residuos es posible analizar la distancia entre ciertos residuos para ver la
interacción, en otras palabras la trayectoria, como se realizó al tomar los Cα de los residuos Lys
48 y Gly 76 como se muestra en la ilustración 1, el valor que arroja es de 24,66.
Finalmente, con la Figura 6 se muestra cómo cambian la resistencia de la proteina en el tiempo,
en lo que se muestra que se requiere mayor fuerza en los picos más altos, lo que permite
distinguir, que fragmentos y en qué momento la proteina se desdobla y esfuerzo que se muestra
por la altura de los picos, diferenciando así el movimiento que esta realiza. Se coge un residuo
fijo y se mide la distancia de estos, avaluando así ese movimiento, en el rango de 75-85 la
proteina tiende a estar plegada y por ende vuelve a su estado principal de estabilidad, por lo que
se pronuncia este pico de forma más drástica. Así, la Figura 7 en base al RMSD 10 a través del
tiempo evalúa un cambio en la estructura de la proteina, al trascurrir el tiempo que ocasiona que
ocurra un cambio de la estructura y se estabilice en momentos, ella busca estar enrollada en el
intervalo de 37,5-67.5 tiempo óptimo de estabilidad, confirmando lo ya expresado en lo de la
figura 6
Bibliografía:
1.Lozano-Aponte, Jorge, & Scior, Thomas. (2014). ¿Qué sabe Ud. Acerca de... Dinámica
Molecular Revista mexicana de ciencias farmacéuticas, 45(1), ¿86-88? Recuperado en 04 de
octubre de 2020, de http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1870-
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2.Allen MP. Introducción a la Simulación de Dinámica Molecular. En: Materia blanda

computacional: De polímeros sintéticos a proteínas, Notas de conferencias, Attig N, Binder K,
Grubm-ller H, Kremer K, editores, John von Neumann Institute for Computing, J-lich, NIC
Series, Vol. 23; 2004. p. 1-28

3. Flores, O., Rendón, J. L., Martínez, M., Guerra, G., Sierra, E., & Pardo, J. P. (2008). Las
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4.Zhang, Y., & Skolnick, J. (2005). The protein structure prediction problem could be solved
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United States of America. https://doi.org/10.1073/pnas.0407152101
5.Schmidtke, P. (2011). Protein-ligand binding sites Identification , characterization and
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6. López Gastón, O. (2008). Acuaporinas. Med. Intensiva.

7. Theorical and Computational Biophysics Group. VMD Turtorial: Working with multiple
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Consultado por última vez: 2020.
8. Theorical and Computational Biophysics Group. VMD Turtorial: Comparing Structures and
Sequences with Multiseq. https://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-
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9. Theorical and Computational Biophysics Group. VMD Turtorial: Trajectories and Movie
Making. https://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorialhtml/node7.html Consultado
por última vez: 2020.
10. Theorical and Computational Biophysics Group. VMD Turtorial: Data Analysis in VMD.
https://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorialhtml/node7.html Consultado por última
vez: 2020. 5. Arango, C. y Aponte, R. Guía de laboratorio: Práctica 10 Introducción a los
programas de modelamiento macromolecular NAMD y VMD