La electrodeposición selectiva se basa en la
Respecto a la Fotolitografía, la técnica se basa
en la unión de los nucleótidos protegidos por un
agente químico fotodegradable sobre un soporte
de vidrio que posee determinados grupos
reactivos. Mediante una máscara que se sitúa
sobre el chip se logra enfocar un haz de luz hacia
unas posiciones determinadas, degradando al
agente químico protector en dichas zonas y
dejándolo intacto en las zonas protegidas por la
máscara. Posteriormente se añade un medio que
contiene uno de los cuatro nucleótidos que se
unirá, mediante enlace covalente, al soporte con
los grupos reactivos que hayan quedado
desprotegidos. Cada grupo añadido lleva una
molécula receptora fotodegradable. Este proceso
se va repitiendo con los diferentes nucleótidos y
máscaras hasta generar unos oligonucleótidos con
las secuencias de interés. La pionera en el empleo
de esta técnica fue Affymetrix y en el primer chip
que construyó alcanzó una densidad de 106
sondas por cm2. En la actualidad, el Genechip®
comercializado por esta compañía consigue una
densidad de más de 9.000 sondas de una longitud
de 30 bases en 1,6 cm2.
La técnica de Polipirrolización está basada en la
copolimerización de un grupo pirrol y los
oligonucleótidos que portan parte del pirrol en su
extremo 5’. Las secuencias de oligonucleótidos
modificados con pirrol se inmovilizan
electroquímicamente en lugares específicos
mediante el encendido secuencial de los
diferentes electrodos9.
9
Càmpas, M.; Katakis, I. (2004). DNA biochip arraying, detection and amplification strategies. Trends in analytical
chemistry Vol. 23 (1): 49-62.
10
Bubble Jet Technologies Applied to DNA Chips, Canon (http://www.canon.com/technology/detail/bj/dna_chips).
inmovilización de sondas de ADN sobre
nanopartículas de biorreconocimiento en
electrodos de resolución fotolitográfica. Estas
nanopartículas consisten en pequeñas esferas de
oro modificadas con oligonucleótidos.
El posicionamiento electrónico, técnica
desarrollada por Nanogen, está basada en la
concentración electroforética de oligonucleótidos
biotilinizados sobre un gel de agarosa modificado
con estreptavidina. Este gel puede direccionarse
electrónicamente sobre un array con propiedades
de electrodo. La incorporación de campos
eléctricos permite controlar la deposición de las
sondas, así como incrementar la concentración de
las muestras sobre estas últimas, aumentando
por tanto la efectividad de la hibridación. Existen
diversos métodos basados en este tipo de técnica,
que combinan los avances producidos en la
investigación con microarrays con los derivados
de la microfluídica.
Algunas de las técnicas anteriormente descritas
están confinadas para su uso en laboratorio por
diferentes motivos. Tal es el caso de la
polipirrolización, que si bien presenta ciertas
ventajas como su bajo coste, existen una serie de
factores que hacen inviable su empleo a escala
industrial, como son su escasa reproducibilidad de
la deposición de sondas, así como el tiempo
necesario para fabricar un array.
Las tecnologías líderes en el mercado son la
impresión por chorro de tinta o ink-jetting, la
fotolitografía, pin deposition y el posicionamiento
electrónico. Además, en los últimos años se ha
desarrollado toda una serie de variantes de estas
tecnologías orientadas a mejorar el control sobre
el tamaño y la morfología de la muestra de ADN
depositada sobre el array. Este es el caso de la
tecnología Bubble Jet Printing Technology de
Canon10 que es capaz de crear un array de alta
densidad con unos puntos de tamaño uniforme y
forma regular.
La siguiente tabla recoge las principales
tecnologías líderes en el mercado en fabricación
de microarrays, sus principales características,
ventajas y desventajas, así como las aplicaciones
a las que van dirigidas.
14

PRINCIPALES TECNOLOGÍAS DE FABRICACIÓN DE MICROARRAYS DE ADN

Empresa Técnica Sonda Densidad Detección Ventajas Desventajas Aplicación

Muestras de
Perfiles de expresión,
Synteni/Incyte Ink-jetting ADN de 500 2.780 Fluorescenci
Bajo coste Baja densidad identificación génica, diagnóstico,
Pharmaceuticals en vidrio nt puntos/ a
análisis de polimorfismos
Fragmentos cm2 Radioisotópi
de PCR ca
Oligos de 5nt 1.024 puntos Perfiles de expresión,
Deposición de
Muestras de en 1,15 cm2 Fluorescencia identificación génica, diagnóstico,
Hyseq pins en Bajo coste Baja densidad
ADN de 500- 64 puntos en Radioisotópica análisis de polimorfismos,
membrana
2.000 nt 0,6 cm2 secuenciación

Fotolitografía
Perfiles de expresión,
con Oligos de 9.000 puntos Alto coste
Affymetrix Fluorescencia Alta densidad diagnóstico, análisis de
nucleótidos 25 nt en 1,6 cm2 Síntesis in situ
polimorfismos
activados

Deposición de
pines en Perfiles de expresión,
Pequeños
Clinical Micro electrodos o 36 dianas en Baja densidad identificación génica, diagnóstico,
fragmentos de Impedancia Bajo coste
Sensors fotolitografía un chip Alto coste secuenciación, análisis de
ADN/ARN
con oligos polimorfismos
activados

Perfiles de expresión,
Posicionamiento 99 puntos identificación génica, diagnóstico,
Nanogen Oligos de 20 nt Fluorescencia Alta densidad Alto coste
electrónico en 2 mm2 identificación de STR (short
tandem repeat)

Tabla 2. Principales tecnologías de fabricación de microarrays.

Fuente: Campàs, M.; Katakis, I. (2004). DNA biochip arraying, detection and amplification strategies.
Trends in Analytical Chemistry. Vol. 23(1): 49-62.
 APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS Y BIOCHIPS EN SALUD HUMANA

2.1.1. Técnicas de detección limita el desarrollo de nuevas plataformas de

de la hibridación biochips. Los métodos de detección en los cuales
en microarrays de ADN no se necesita el marcaje de la diana están
tomando relevancia en nuevas aplicaciones de los

La detección de la hibridación es un paso clave
para revelar qué sondas se han unido a sus
dianas complementarias procedentes de la
muestra. Determinadas técnicas de detección de
la hibridación del ADN requieren del marcaje
previo de la sonda a la molécula diana, por lo que
la detección de la hibridación es un proceso que
biochips, ya que permiten una mayor sensibilidad,
reducción de la muestra necesaria y simplificación
del proceso de preparación de la muestra 11.
La siguiente tabla muestra las diferentes técnicas de
detección de la hibridación en los microarrays de
ADN con su transductor y marcaje correspondiente:

TÉCNICAS DE DETECCIÓN DE LA
HIBRIDACIÓN EN MICROARRAYS
DE ADN

Técnicas Transductor Marcaje

Fluorescencia

Óptico

Fluoróforos

Piezoeléctrico

Piezoeléctrico

No necesario

Cronopotenciometría
Voltametría
Impedancia

Electroquímico

Complejos catiónicos
Compuestos redox

Cronoamperometría

Electroquímico

Enzimas redox

Capacitancia

Electroquímico

No necesario

Colorimetría

Óptico

Enzimas

Resonancia de plasmones en superficie

Óptico

No necesario

15
 APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS Y BIOCHIPS EN SALUD HUMANA

Quimioluminiscencia electroquímica
amplificación de por sus extremos.
la señal de Para detectar la
Óptico
hibridación que señal, se procede
Quelato rutenio emplea a añadir
oligonucleótidos marcadores
Tabla 3. Técnicas de detección de la hibridación en
microarrays de ADN. circularizados. fluorescentes
Fuente: Campàs, M.; Katakis, I. (2004). DNA biochip Mediante dos complementarios
arraying, detection and amplification strategies. Trends in pasos
SondaAdición dianaAdición sonda 2ADN ligasa sucesivos para su
analytical chemistry. Vol. 23(1)1: 49-62.
con sondas de hibridación con los
hibridación, se múltiples sitios
consigue obtener repetidos en la
una secuencia de secuencia de ADN
ADN inmovilizado elongada. Este
en el soporte método de
capaz de hibridar amplificación es
con un ADN rápido,
Eliminación diana Adición ADN ADN polimerasa
circular. técnicamente
circular
Posteriormente, sencillo, y capaz
la acción conjunta de detectar
del ADN mutaciones en
polimerasa12 y el presencia de una
molde de ADN gran cantidad de
circular ADN original. Esta
desplazándose a técnica cuenta con
lo largo del la desventaja de
fragmento de requerir una gran
ADN inmovilizado cantidad de
11
López, M.; Mallorquín, P.; Vega, M. (2002). genera copias del muestra de ADN
Informe de Vigilancia Tecnológica Microarrays y ADN original de partida (100
Biochips de ADN. Genoma España. unidas entre sí nanogramos).

2.1.2. Siste requiere, la técnica de

mas PCR se ha venido

de empleando de manera
habitual en la
ampl
amplificación y
ificac
marcaje fluorescente
ión
de muestras de ADN, e
de la incluso se ha integrado
señal en sensores y
de microarrays para
hibri minimizar el tiempo de
dació ensayo necesario.
n del Además de la técnica
ADN de PCR, existe toda
una serie de métodos
El análisis de ADN por de amplificación de la
medio de microarrays señal que pueden ser
requiere de la incorporados en el
amplificación de la sistema de detección:
muestra y/o de la – La Amplificación
señal para alcanzar por círculo
una sensibilidad rodante o Rolling
apropiada, si bien es Circle Amplification
cierto que la mayoría es una técnica de
de los sistemas de A
amplificación realizan
dición oligos marcados Eliminación AD
ambas tareas. A
pesar del tiempo que Fig. 1. Amplificación por

16
 APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS Y BIOCHIPS EN SALUD HUMANA

ó
círculo rodante. n
Fuente: Campàs, M., Katakis, I. (2004). DNA biochip A
arraying, detection and amplification strategies. Trends in d
i
analytical chemistry. Vol. 23(1): 49-62.
c
i
ó
n

d
e

s
o C
12
Las ADN polimerasas son las enzimas que realizan la n u
replicación del ADN. d a
a n
– La amplificación s t
hibridaciones
mediante ADN i
simultáneas. Este f
ramificado es
tipo de ADN i
otro de los Lisado de célula para
c
requiere ciertas obtener ARNm
métodos a
características como c
empleados para
son su i
aumentar la señal
ó
homogeneidad,
de la hibridación, n
uniformidad, y el
que en este caso
control de la H
emplea ADN i d
composición y e
ramificado13 o b
tamaño de la r l
hiperpolimérico,
longitud de sus i
que debido a sus d
fragmentos. A
ramificaciones a
R
c
puede realizar i
N
m

S
C M
u
é a
s
l r
u t
c
l r
a
a a
d
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o
o
r
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S s q
o u
n i
d d
m
a e
i
s o
s l
o u
n m
d i
a n
s i
s
c
e
A n
D t
N e
r
a
m
Fig. 2. Amplificación por ADN ramificado.
i
Fuente: Genospectra (http://www.genospectra.com).
f
i
c mediante
a
– La amplificación de nanopartículas
d
o la señal de dendríticas está
hibridación basada en el uso

17
 APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS Y BIOCHIPS EN SALUD HUMANA

de nanopartículas
de oro activadas oligonucleótidos
con nucleótidos, que hibridan con
como las la diana una vez
empleadas en los que ésta ha
métodos hibridado con la
piezoeléctricos. sonda
Estas inmovilizada.
nanopartículas Empleando el
contienen tamaño apropiado
fragmentos de de partícula se
pueden conseguir
sensibilidades de
detección muy
elevadas.

13
bDNA (branched DNA o ADN ramificado): el ADN
ramificado contiene múltiples cadenas ramificadas
en forma de árbol y cada una de estas ramas
constituye un sitio de hibridización con una sonda
marcada con una enzima, que reacciona con un
sustrato que permite la demostración colorimétrica o
quimioluminiscente.

18
 Nanopartícula
unida a ADN diana
oligonucleótido

Fig. 3. Amplificación mediante nanopartículas dendríticas.

Fuente: Fritzsche, W. & Taton, A. (2003) Metal nanoparticles as labels for heterogeneous, chip-based DNA detection.
Nanotechnology 14, R63-R73.

– El método de amplificación de la Tiramida o

marcaje indirecto que consigue una
TSA (Tyramide Signal Amplification) consiste en
amplificación de la señal hasta 100 veces
una combinación de tres pasos que comienzan
mayor que las técnicas directas de marcaje con
en el marcaje de la molécula diana con un
fluorescencia, sin incrementar el ruido de
anticuerpo unido a peroxidasa o estreptavidina.
fondo. A pesar de ser una técnica laboriosa, la
Tras la hibridación a la sonda, se añaden
amplificación con Tiramida compite con las
múltiples derivados de tiramida marcados con
tecnologías actuales de amplificación por PCR14.
biotina o agentes fluorescentes, que son
Sin embargo, los análisis comparativos son
activados por la enzima peroxidasa, liberando
complicados debido a la variabilidad existente
finalmente radicales de tiramida que emiten
en la eficiencia del marcaje15.
una señal detectable. Este es un método de

Peroxidasa
H2O2

Estreptavidina
Biotina

ADN

Fig. 4. Amplificación de la Tiramida.

Fuente: Tyramide Signal Amplification (TSA) Technology, Molecular Probes, Invitrogen detection technologies
(http://probes.invitrogen.com/lit/catalog/2/sections/4021.html).

– La amplificación de la señal por medio de

donde la sonda está inmovilizada. Existen dos
liposomas funcionalizados se puede emplear
formas de conseguir la transferencia de
en las técnicas de detección electroquímica de
electrones, mediante la activación de los
la hibridación. Este sistema está basado en la
oligonucleótidos cargados negativamente, o
inhibición de la transferencia de electrones
bien mediante la funcionalización de los
entre la sonda y la superficie del electrodo
liposomas con biotina.

14
Càmpas, M.; Katakis, I. (2004). DNA biochip arraying, detection and amplification strategies. Trends in analytical
chemistry Vol. 23 (1): 49-62.
15
Tyramide Signal Amplification (TSA) Technology, Molecular Probes, Invitrogen detection technologies
(http://probes.invitrogen.com/handbook/sections/0602.html).

1.1. Tipos de microarrays de ADN


Los microarrays de ADN surgieron de la necesidad
de analizar la ingente cantidad de información
surgida de los grandes proyectos de secuenciación
de genomas desarrollados en los últimos años16. Por
tanto, las principales aplicaciones de los microarrays
de ADN se centraron inicialmente en el análisis de la
expresión génica y el diagnóstico genético, basados
en la búsqueda de mutaciones o polimorfismos de
un solo nucleótido o SNP17. Los nuevos desarrollos
tecnológicos han permitido ampliar estas
aplicaciones hacia nuevas áreas de interés como la
farmacogenómica, así como la integración de los
microarrays de ADN en el proceso de
descubrimiento e identificación de fármacos.
• El área de diagnóstico molecular mediante
microarrays de ADN posee entre sus principales
aplicaciones el cribado genético de mutaciones
o polimorfismos relacionadas con enfermedades
mediante técnicas de resecuenciación del ADN.
Por otra parte, la identificación de
microorganismos patógenos (virus, bacterias,
hongos o protozoos) mediante microarrays de
oligos que contengan secuencias de ARN
ribosomal de dichos microorganismos es de
utilidad en el diagnóstico de patologías
infecciosas. Asimismo, tanto los análisis de
SNPs como de expresión génica mediante
microarrays de ADN permitirían identificar los
mecanismos implicados en la resistencia de
patógenos a ciertos agentes antimicrobianos18.
Por último, el uso de microarrays de ADN para
el análisis de los perfiles de expresión génica en
procesos tumorales, ha posibilitado elaborar
para ciertos tipos de cáncer una clasificación de
los tumores que ha permitido un diagnóstico y
pronóstico más preciso que el obtenido
mediante otras técnicas moleculares.
• Las estrategias de farmacogenética y
farmacogenómica19 constituyen otras de las
áreas de aplicación de los microarrays de ADN.
La combinación de los datos obtenidos a partir
de la identificación de SNPs, junto con la
información obtenida del estudio de perfiles de
expresión génica, permite establecer una
correlación entre el genotipo y el fenotipo de un
determinado individuo. El resultado de esta
combinación está resultando de enorme
importancia para la identificación de genes que
puedan constituir nuevas dianas terapéuticas.
• El proceso de descubrimiento y desarrollo
de fármacos se ha beneficiado del uso de
herramientas genómicas de alto rendimiento
como los microarrays de ADN, que hacen
posible el análisis de la expresión génica en
miles de muestras simultáneamente. El diseño
y estratificación de los ensayos clínicos en
función del genotipo es otra de las aplicaciones
que los microarrays de ADN han aportado a la
industria farmacéutica.

16
The Sanger Institute: Human Genome Project (http://www.sanger.ac.uk/HGP).
The Institute for Genomic Research, TIGR (http://www.tigr.org/tdb).
17
SNP: Single Nucleotide Polymorphism.
18
Doménech-Sánchez, A. & Vila, J. (2004). Fundamento, tipos y aplicaciones de los arrays de ADN en la microbiología
médica. Enferm. Infecc. Microbiol. Clin. 22(1):46-54.
Bryant, P. A., et al. (2004). Chips with everything: DNA microarrays in infectious diseases. Lancet Infect. Dis. 4:100-111.
19
Farmacogenética: disciplina que se ocupa de estudiar las diferentes respuestas de los individuos frente a los fármacos
basándose en los patrones de variabilidad genética de cada paciente.
Farmacogenómica: término más amplio que persigue buscar genes candidatos de respuesta a determinados fármacos o
personalizar medicamentos empleando herramientas genómicas.
 APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS DE ADN EN SALUD HUMANA

Áre Aplicaciones Técnicas

as
Cribado genético Resecuenciación

Detección de secuencias de ADN

Identificación de patógenos
procedentes de patógenos
Diagnóst
ico Resistencia a fármacos de Genotipado de SNPs
molecula microorganismos infecciosos Análisis de la expresión génica
r
Diagnóstico y pronóstico oncológico Análisis de la expresión génica

Farmacogenética y
Farmacogenómica Respuesta a fármacos Genotipado de SNPs
Análisis de la expresión génica
Identificación de genes Genotipado de SNPs
Diagnóstico predictivo Genotipado de SNPs
Resecuenciación

Descubrimiento y
desarrollo de fármacos Diseño y estratificación de ensayos
Genotipado de SNPs
clínicos
Cribado de fármacos Análisis de la expresión génica

Tabla 4. Aplicaciones de los microarrays de ADN en salud humana.

Fuente: Elaboración propia.

A continuación se describen las principales técnicas genómicas que emplean los diferentes microarrays de ADN
en función del objetivo que se persiga:

2.2.1. Resecuenciación génica fragmento de ADN a analizar se divide en

fragmentos de entre 200 y 600 nucleótidos, y
El descubrimiento de genes o la identificación
posteriormente se marca e hibrida con las sondas
mediante secuenciación de determinadas
inmovilizadas. Al detectar la localización de la
secuencias de ADN, requiere arrays con sondas
hibridación mediante técnicas de análisis y
que incluyan todas las posibles combinaciones de
procesamiento de las señales, se puede identificar
nucleótidos para una determinada longitud. El
la secuencia total del fragmento de ADN.

La resecuenciación es una las últimas

pone en contacto con las sondas inmovilizadas en
aplicaciones de los microarrays de ADN, que
el microarray. Los fragmentos de ADN que
permite la identificación de mutaciones y SNPs en
contengan una secuencia complementaria
el genoma a partir de una secuencia conocida.
hibridarán únicamente con una de las cuatro
Para cada base nucleotídica de una secuencia se
sondas, dando lugar a una señal fluorescente20.
diseñan cuatro sondas que difieren entre sí en un
La principal ventaja de esta técnica consiste en
nucleótido (A,T,G,C) generalmente en su posición
que permite conocer la secuencia de fragmentos
central. Posteriormente se marca el ADN de la
de ADN de hasta 30 Kb de longitud.
muestra mediante reactivos fluorescentes, y se
Fig. 5. Resecuenciación mediante microarrays de ADN.
Fuente: Cutler, DJ, et al. (2001). High-throughput variation detection and genotyping using microarrays.
Genome Res. 11(11):1913-25.

2.2.2. Análisis de la expresión niveles de proteínas que se producen durante un

génica
La expresión génica es el proceso por medio del
cual la información codificada en el ADN se
transforma en las proteínas necesarias para el
desarrollo y funcionamiento de la célula. Este
proceso tiene lugar por medio de una molécula
intermediaria que transmite la información
genética denominada ARN mensajero (ARNm).
Una de las principales aplicaciones de los
microarrays de ADN es la determinación del perfil
de expresión, es decir la cuantificación relativa de
los ARN transcritos, mediante la comparación de
los ARNm aislados de dos muestras diferentes.
Por tanto, los microarrays de ADN proporcionan
indirectamente información de los distintos
estado patológico o en una determinada situación
metabólica.
El análisis de la expresión génica mediante
microarrays de ADN requiere realizar previamente
la copia del ARNm a ADN complementario
mediante un proceso de transcripción inversa.
Este ADN copia (ADNc) posee una mayor
estabilidad que el ARNm y además permite la
adición de marcadores para su detección21. Las
moléculas marcadas de ANDc se hibridan a
microarrays que contienen sondas de ADN
específicas para genes concretos. La señal que
emite el ADNc será indicativa de la presencia de
expresión génica, que también puede ser
cuantificada.

20
CustomSeq™ Resequencing Arrays, Affymetrix (http://www.affymetrix.com/products/arrays/specific/custom_seq.affx).
21
López, M.; Mallorquín, P.; Vega, M. (2001). Informe Sectorial de Vigilancia Tecnológica sobre Microarrays y Biochips de
ADN. Genoma España.
 Tejido sano
Tejido enfermo Interpretación
Muestra A
Muestra B
A>B

B>A

A=B

Extracción
ARNm

Combinación
A B
de ambas señales
fluorescentes
ADNc marcado
con sondas
fluorescentes

Hibridación con ADN Emisión

inmovilizado de fluorescencia
Incidencia luz
fluorescente

Fig. 6. Análisis de la expresión génica mediante microarrays de ADN.

Fuente: Institute for Mikrobiology and Genetics, Georg-August-University of Göttingen, Functional Genomics Group.
(http://wwwuser.gwdg.de/~aehrenr/arrays/c_arrays.html).

El perfil de expresión génica de una célula
proporciona información sobre su fenotipo y su
respuesta al medio (estado metabólico, ciclo
celular, respuesta a condiciones de estrés,
presencia de toxinas o microorganismos
patógenos). La medida de la expresión génica es
una importante herramienta para estudiar los
mecanismos de regulación, rutas bioquímicas y
funciones celulares.
Las aplicaciones de los microarrays de expresión
génica son diversas, y actualmente el número de
productos dirigidos a la industria farmacéutica se
ha multiplicado considerablemente (ver Anexo I).
No obstante, una de las aplicaciones más
atrayentes es el empleo de microarrays de
expresión génica en clínica. La empresa
holandesa Agendia22 ha desarrollado microarrays
de expresión génica que permiten predecir el
riesgo de sufrir metástasis en pacientes con cáncer
de mama, así como arrays de expresión que
facilitan la identificación de tumores primarios. La
empresa californiana Genomic Health23 posee
entre sus productos un microarray de expresión
génica que cuantifica la probabilidad de recurrencia
en pacientes con cáncer de mama, e incluso
proporciona información acerca de las terapias más
efectivas para el paciente.

Aplicaciones de los microarrays de expresión génica

Identificación de genes involucrados en procesos patológicos, fisiológicos y de desarrollo.

Caracterización de tumores.

Estudio de procesos de regulación génica.

Diagnóstico mediante la identificación de patrones de expresión relacionados con diferentes estados patológicos.

Identificación de dianas terapéuticas en el proceso de desarrollo de fármacos mediante la comparación de los genes expresados en
tejido normal y tejido enfermo.

22
MammaPrint®, CupPrint™ (Agendia, BV; http://www.agendia.com).
23
Oncotype DX™ (Genomic Health, Inc.; http://www.genomichealth.com/oncotype/hcphome.aspx).
2.2.3. Genotipado de SNPs
y de experimentos de secuenciación de
fragmentos concretos de ADN. En la actualidad
Menos del 0,1% del genoma humano presenta
varias compañías biotecnológicas disponen de
variaciones entre los distintos individuos, siendo
tests farmacogenómicos que permiten la
las formas más frecuentes de variación los SNPs o
identificación de polimorfismos relacionados con el
polimorfismos de una sola base24, que consisten
metabolismo de fármacos. Los principales tests
en sustituciones de una base por otra. La mayoría
toxicogenómicos se centran en el genotipado de
de los SNPs conocidos hasta hace unos años
genes de enzimas de la familia del citocromo
habían sido identificados a partir de proyectos de
p450, relacionada con la toxicidad de un gran
secuenciación como el Proyecto Genoma Humano,
número de fármacos25.

Fig. 7. Microarray de análisis farmacogenómico AmpliChip CYP450. Fuente: Roche Group, AmpliChip CYP450 Test
(http://www.roche-diagnostics.com/products_services/amplichip_cyp450.html).

2.2.4. Hibridación genómica Un ejemplo de este tipo de microarrays de

comparada
Los microarrays de hibridación genómica
comparada (CGH Arrays) son herramientas de
análisis genómico de escaneado global que se
emplean para detectar la presencia de ganancias
(duplicación o amplificación) o pérdidas (deleción
o nulisomía) de segmentos del genoma. Su
aplicación en el campo de la oncología incluye la
detección de nuevas amplificaciones genómicas
asociadas a tumores humanos y murinos, la
definición en detalle de regiones comúnmente
amplificadas (amplicones), y la detección de
deleciones asociadas a tumores.
hibridación genómica comparada es el
Genosensor System de la compañía Vysis26 que
permite establecer correlaciones entre el número
de copias de un gen y una determinada
enfermedad. Éste es un sistema que por el
momento sólo se emplea en investigación en
laboratorios y aún no se ha empleado con fines
diagnósticos. En la actualidad, el Centro
Nacional de Investigaciones Oncológicas
(CNIO) está poniendo en marcha una plataforma
para la producción de microarrays de hibridación
genómica comparada que posean una cobertura
completa de los genomas humano y murino27.

24
Las diferencias entre las secuencias de ADN de los diferentes individuos y especies se deben primordialmente a
mutaciones que alteran una de las cuatro letras del código ACGT. Tales cambios de una sola letra de posición variable son
los SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Además, se conocen otros sistemas de reordenamiento genético, tales como
inserciones o deleciones de fragmentos de ADN.
25
Prometheus Laboratories Inc., PRO-PredictRx TPMT (http://www.prometheuslabs.com).
Roche Diagnostics, con tecnología de Affymetrix (http://www.roche-diagnostics.com).
GE Healthcare, CodeLink P450 Bioarrays (http://www.gehealthcare.com).
Jurilab, DrugMEtTM Genotyping Test (http://www.jurilab.com).
Roche Group, AmpliChip CYP450 Test (http://www.roche-diagnostics.com).
TM Bioscience Corp., Tag-ItTM Mutation Detection Kits (http://www.tmbioscience.com).
26
Vysis (http://www.vysis.com).
27
CNIO, Investigación de Transferencia en Cáncer: del Laboratorio a la Clínica
(http://www.cnio.es/es/news/transferencia.htm).
2. Microarrays de proteínas
Los microarrays y biochips de ADN se han
contenida en el proteoma. El proteoma es el
consolidado como una herramienta fundamental
conjunto de proteínas expresadas por un tejido o
para el análisis de la expresión génica a nivel
por una célula en un momento determinado. Por
genómico. Sin embargo, la determinación de la
tanto, la proteómica es la disciplina que estudia
cantidad de ARNm mediante microarrays de ADN
globalmente la expresión génica a nivel de las
no proporciona la información suficiente sobre las
proteínas, aglutinando proteómica comparativa,
proteínas que se traducen a partir de esta
funcional y estructural.
molécula. Esto es debido a que las proteínas
sufren toda una serie de modificaciones post-
Los microarrays de proteínas son de gran
traduccionales a lo largo de su proceso de
utilidad en el análisis proteómico funcional, y
síntesis, que consisten fundamentalmente en
consisten en chips de proteínas inmovilizadas en
procesamientos proteolíticos, glicosilaciones 28, y
una posición concreta sobre una superficie sólida,
formación de complejos proteicos. Por otra parte,
dispuestas de forma similar a como se disponen
las proteínas han de plegarse correctamente con
las sondas en los microarrays de ADN. A la hora
el fin de ser totalmente funcionales.
de construir un microarray de proteínas es muy
importante plantearse una serie de cuestiones
Para completar el estudio de las funciones de las
previas, al igual que sucedía con el diseño del
proteínas se ha de recurrir a la información
microarray de ADN:

Factores de relevancia en el diseño de microarray de proteínas

Naturaleza de la superficie sobre la cual inmovilizar (soporte).

Proteínas a inmovilizar.

Método de inmovilización.

Formato del microarray.

Agente de captura (en el caso de microarray de detección).

Método de detección a emplear.

28
Glicosilación: proceso químico por el que se añaden cadenas de azúcares a una proteína.
 Cada una de estas cuestiones lleva asociada una tecnología concreta, que al combinarse permiten la
generación de microarrays de proteínas. En la siguiente figura se muestran las tecnologías asociadas a
los microarrays de proteínas:

Tecnología de Moléculas de
Superficies Detección Aplicaciones
producción captura

Unión Proteínas fusión

Impresión por contacto
no covalente Fluorescencia
Electrostática Anticuerpos Diagnóstico
Reconocimiento
molecular
Hidrofóbica

Aptómeros
Cribado de fármacos
Unión covalente
Litografía Affibodies
Radioactividad

Espectrometría de
masas
Fig. 8. Tecnologías implicadas en la producción de microarrays.
Fuente: Ojos, T. & Bachmann, J. (2003). Business Briefing: Future Drug Discovery. 1-4.