La iglesia San Pedro de Andahuaylillas es el mayor atractivo para los
visitantes, pues debido a la calidad de sus obras de arte es considerada como la "Capilla Sixtina" de América. Fue construida por los Jesuitas a finales de siglo XVI y principios del XVII. Su estructura arquitectónica es la clásica de las iglesias de pueblos pequeños. Sus paredes son anchas, típicas de los edificios coloniales, hechas con ladrillos de barro secados al sol, una fachada adornada con murales y dos columnas de piedra proyectadas hacia la verja principal. Si bien su arquitectura es relativamente modesta, la decoración de sus interiores es lo más impresionante del recinto. Podemos citar en primer lugar un cuadro de la "Virgen de la Asunción", cuya autoría es del histórico pintor español Esteban Murillo. Se aprecian también murales atribuidos a Luis de Riaño (S. XVII) que representa la elección del hombre por la gloria. A este pintor se le atribuyen, además, las pinturas que decoran los zócalos y un notable óleo del arcángel San Miguel. La iglesia alberga, adicionalmente, una colección de lienzos de la Escuela Cusqueña jamás vista, que representa la vida de San Pedro (con impresionantes marcos en pan de oro), un majestuoso órgano, orfebrería de plata y un altar barroco. Dentro del recinto, se aprecian ambientes en donde hay restos de alguna construcción inca. Hacia fuera, en el lado occidental del patio delantero, hay tres cruces grandes esculpidas que representan la Trinidad, símbolo Santo de Catolicismo, es decir: Padre, Hijo y Espíritu Santo.