El 17 de abril de 1996 inició su campaña por la presidencia del Partido de la
Revolución Democrática (PRD) contendiendo con Heberto Castillo y Amalia García.
Ocupó el cargo de presidente del PRD del 2 de agosto de 1996 al 10 de abril de 1999. Durante su gestión el partido tuvo el mayor incremento de presencia en la política nacional desde su fundación. Se convirtió en la segunda fuerza política de la Cámara de Diputados con 125 de los 500 curules de la LVII Legislatura bajo su control tras las elecciones legislativas de 1997. Ese año, en las elecciones del Distrito Federal, el PRD logra colocar a Cuauhtémoc Cárdenas Solórzano como primer jefe de Gobierno de la capital con el 48% de los sufragios a su favor y consigue la mayoría absoluta en la Asamblea Legislativa, siendo el primer triunfo relevante del partido desde su creación.4950