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Algortimo Pan Tompkins PDF
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Resumen Abstract
Introducción: en el presente documento se muestran Introduction: This paper shows the results obtained by
los resultados obtenidos al realizar la simulación del running a simulation of the algorithm proposed by Pan
algoritmo propuesto por Pan y Tompkins, ampliamente and Tompkins, widely used for the detection of qrs com-
utilizado para la detección de complejos qrs en señales plexes in electrocardiographic signals, on the Visual
electrocardiográficas, sobre la plataforma Visualdsp++ dsp++ platform of the adsp-bf533 digital signal processor
del procesador digital de señales adsp-bf533 de la marca from Analog Devices; which is an embedded system that
Analog Devices, el cual trata de un sistema embebido en makes the treatment of information in real time possible.
el que se posibilita el tratamiento de los datos en tiempo Methodology: For the simulation, we applied the algo-
real. Metodología: para el desarrollo de la simulación se rithm to 20 random signals from the Physionet database
aplicó el algoritmo a 20 señales descargadas de manera of the Massachusetts Institute of Technology. Results: The
aleatoria de la base de datos Physionet, del Massachusetts system detected 99 qrs intervals from a total of 96, the
Institute of Technology. Resultado: el sistema detectó 99 3 false positives where originated by noise, not from the
intervalos qrs de un total de 96 existentes, registrando electric signal from the heart, but from external electro-
tres desaciertos debido a la presencia de ruido cuyo ori- magnetic interference. Conclusions: It is now possible
gen no se sitúa en la señal eléctrica del corazón, sino en proceed to the implementation phase of the recognition
interferencias electromagnéticas externas. Conclusiones: algorithm on the adsp-bf533 processor hardware, this will
es posible pasar a la fase de implementación del algorit- provide a trustworthy identification of qrs complexes at
mo de reconocimiento, sobre el hardware del procesador better speeds than conventional computer equipment.
adsp-bf533, lo cual permitirá una identificación fiable de
complejos qrs, a velocidades mucho mayores que las al- Keywords: electrocardiogram, qrs interval, digital signal
canzadas por los equipos de cómputo convencionales. processing, embedded system, real time.
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Simulación del Algoritmo Pan-Tompkins para la detección de intervalos qrs en tiempo real
E
complejos qrs en tiempo real” (Escolá, 2009), se
l electrocardiograma contiene informa- presenta la implementación de un algoritmo que
ción importante que permite detectar permite identificar los intervalos qrs por medio
y corregir enfermedades cardiacas de de filtros, integradores y derivadores, que básica-
forma certera, una vez que los datos relevantes mente tratan de encontrar los cambios bruscos de
son individualizados por un cardiólogo exper- pendiente que caracterizan el inicio de las ondas
to. Una de las secciones más representativas de r, todo enfocado a la implementación en la adsp-
este tipo de señales es el intervalo qrs, el cual bf533 de Analog Devices. Finalmente cabe men-
representa la despolarización de los ventrícu- cionar que en “Mejoramiento del algoritmo clásico
los del corazón. Así pues, su detección correcta de detección de complejos qrs en señal electro-
y en tiempo real es sumamente importante en cardiográfica” (Vidal, 2010), se presenta el trabajo
los equipos electrocardiográficos con desfibri- de un grupo de ingenieros de la Universidad de
ladores automatizados, ya que la probabilidad Talca en Chile, los cuales realizaron mejoras al
de desfibrilación exitosa disminuye rápidamen- algoritmo clásico de detección de complejos qrs
te a medida que pasa el tiempo luego de una fi- Hamilton-Tompkins, usando el algoritmo de Hol-
brilación ventricular (González, 2008). Dado lo signer —basado en la medición de la tasa de cam-
anterior, es posible concluir que constituye un bio del ecg— e identificando cuando dicho valor
problema de investigación importante que re- es superior a un umbral definido. Sin embargo,
quiere atención y que es pertinente enfrentar este estudio llegó a la conclusión de que el algorit-
desde el procesamiento digital de señales. Esta mo propuesto aumenta la cantidad de falsos posi-
característica de urgencia, y por ende el reque- tivos detectados, disminuyendo su efectividad.
rimiento de altas velocidades de procesamiento, Así pues, para la identificación oportuna de
anulan la posibilidad de utilizar sistemas con- patologías cardiacas, que se evidencian en las
vencionales de cómputo para el tratamiento de variaciones presentadas por el intervalo qrs de la
este tipo de señales, con lo cual se abre la posibi- señal electrocardiográfica, fue necesario imple-
lidad de implementar sistemas embebidos con mentar algoritmos de reconocimiento con altas
capacidad de operación en tiempo real. tasas de aciertos —como el Pan-Tompkins— so-
Si bien en la actualidad son abundantes los bre sistemas embebidos que permitan el proce-
Volumen 10, Número 18 / julio-diciembre del 2012
documentos científicos existentes que abordan la samiento de los datos en tiempo real, como lo
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detección del qrs, son pocos los que hacen refe- hace la tarjeta de procesamiento digital de seña-
rencia a su identificación en sistemas embebidos les adsp-bf533 de la marca Analog Devices. Sin
que posibiliten el procesamiento en tiempo real. embargo, siempre será necesario agotar la eta-
Dentro de este conjunto de reducidos elementos pa inicial de simulación antes de proceder con
cabe destacar el trabajo “Metodología para im- la implementación, con el fin de validar el mé-
plementación de algoritmos sobre dsp orientados todo e identificar posibles puntos a mejorar de
al proceso de bioseñales” (Avendaño, 2004), en el manera que el sistema opere óptimamente. Por
cual se desarrolla la implementación de algorit- esta razón, el objetivo fundamental del presente
mos para la detección de complejos qrs en tiempo trabajo consiste en aplicar el algoritmo anterior-
real, orientados al procesador digital de señales mente mencionado a una serie de 20 señales ecg
tms320c6701 de la marca Texas Instruments, uti- con el fin de evaluar la confiabilidad del método
lizando para ello operaciones de submuestreo y y, de esta manera, establecer la posibilidad de
de transformada Wavelet. Asimismo, en “Análisis proceder con la etapa de implementación.
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Simulación del Algoritmo Pan-Tompkins para la detección de intervalos qrs en tiempo real
computacional. La función de transferencia dis- Así, la función de transferencia H hp (z) del fil-
creta de este filtro está dada por la ecuación (1). tro de paso alto se especifica en la expresión (5).
1 (1 − z )
−6 2
H( z ) = (1) + KS ] ] + OS ] (5)
32 (1 − z −1 )2
+ OS ]
]
(3) Cuadratura
]
La operación de cuadratura hace positivo el re-
sultado de los filtros descritos anteriormente y
En ecuación en diferencia, la relación entra-
enfatiza las grandes diferencias resultantes de
da-salida se encuentra especificada por (4).
los complejos qrs. Las pequeñas diferencias de-
\ Q \Q [ Q [ Q rivadas de las ondas p y t son suprimidas. Las
componentes de alta frecuencia en la señal re-
(4) lacionada con el complejo qrs, son acentuadas.
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Interrupt Whatchdog
controller timer
RTC
tes de la tarjeta son:
L1 instruction L1 data DMA PPI
DMA
external F
core bus SPI
ta 600 MHz.
DMA
External access bus bus
UART
DMA
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Start 1
int i,j,k=0;
/*float c[N];*/ for (i=4; i<=N-1; i++)
float fpb[N];
float fpa[N];
float der[N]; der[i]=((0,125)*((fpa[i]*2)+(fpa[i-1])-(fpa[i-3])-(fpa[i-4]*2)));
float cua[N];
float inte[N];
float temp=0;
float sum=0;
float prom=0;
int picos=0; for (i=0; i<=N-1; i++)
int v=30;
cua[i]=der[i]*der[i];
for (i=2;i<=3;i++)
c[i]=c[i-1]+0,0027; temp=cua[i-(v-j)]+temp;
c[j+i]=c[j+i-1]+0,0028;
for (i=0; i<=N-1; i++)
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inte[i]=(inte[i]/v);
out[i]=inte[i];
c[j+i]=c[j+i-1]+0,0027;
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c[j+i+k]=c[j+i+k-1]+0,0028; sum=inte[i]+sum;
c[j+i+k]=c[j+i+k-1]+0,0027; prom=(sum/N);
fpb[i]=((fpb[i-1]*2)-(fpb[i-2])+((0,03125)*(in[i]-(in[i-6]*2)+in[i-12])));
picos=picos;
(inte[i-1]<=prom)
fpa[i]=((fpb[i-16])-((0,03125)*(fpa[i-1]+fpb[i]-fpb[i-32])));
1 End
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Figura 7. Complejos qrs detectados de la Señal ecg de la Figura 11. Complejos qrs detectados de la Señal ecg de la
figura 6. Obsérvese que se detectan 5 de 5 intervalos qrs figura 10. Obsérvese que se detectan 6 de 6 intervalos qrs
Fuente: los autores Fuente: los autores
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Finalmente, con el objetivo de establecer la taza res sobre un total de 20 imágenes de la base de datos de
de detecciones del algoritmo desarrollado, se aplicó el Physionet, del Massachusetts Institute of Technology.
mismo procedimiento descrito en las figuras anterio- Los resultados obtenidos se resumen en la tabla 1.
Tabla 1. Resultados obtenidos al aplicar el algoritmo de Pan-Tompkins implementado en Visual dsp++ 5.0,
sobre un total de 20 señales de la base de datos Physionet
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