Taller Bioinformática Sesión 4-5

Dorys Lenith Viviescas Ortiz

1. En la base de datos de Protein Data Bank, escoja un complejo proteína- ligando.

a. Organismo: Bacillus thuringiensis subsp. Kurstaki
b. Método utilizado para la obtención de la estructura 3D: X-RAY DIFFRACTION

c. Nombre de la proteína y letra que identifique su cadena: Pesticidal Crystal

Protein Cry1ac- A, B, C, D
d. Longitud de la proteína: 581

e. Nombre del ligando: 1,3-Diaminopropane

f. Formula del ligando: C3 H10 N2 XFNJVJPLKCPIBV-UHFFFAOYSA-N
g. Estructura secundaria de la proteína:

h. Vista 3D del complejo:

2. Descargue el archivo pdb del complejo y analice las posibles interacciones utilizando PLIP.
3. Utilizando el software Pymol, muestre los residuos de su proteína y los átomos ligando
para a menos tres interacciones, las gráficas deben mostrar el nombre de los residuos, de
la proteica y el nombre de los átonos del ligando.
4. Utilizando el software de chiera obtenga los puentes de hidrógeno para el complejo,
indique si los resultados obtenidos son similares a aquellos suministrados por la
herramienta plip.