“Las mutaciones en las proteínas pueden causar un daño en su correcta funcionalidad.

”
Introducción

Las proteínas son los componentes fundamentales de los seres humanos ya que cumplen diversas
funciones en el organismo, que van desde formar estructuras, transportar, almacenar o hasta
catalizar procesos bioquímicos. Son macromoléculas, asociaciones de más de 100 moléculas
simples, llamadas aminoácidos, los cuales se componen de un grupo amino (NH3), un grupo
carboxilo (COOH) y un radical, o también llamado una cadena lateral, la cual le proporciona la
identidad a cada uno. Estos aminoácidos se unen a través de enlaces peptídicos, que se caracterizan
por la unión de extremos amino iniciales con extremos carboxilo terminales de otros aminoácidos,
liberando agua. Las cadenas largas de aminoácidos formadas por los enlaces mencionados hace
referencia a estructuras de orden único, o, estructuras primarias de las proteínas, las cuales pueden
ser diversas dependiendo de los aminoácidos que las conformen. Estas estructuras dan vía libre a
modificaciones espontáneas, o plegamientos (termodinámicamente favorables), por medio de
puentes de hidrógeno, interacciones que se generan entre los aminoácidos que las conforman,
dando lugar a estos plegamientos como estructuras secundarias, que se clasifican en dos tipos, la
forma de una α-hélice o la forma de una β-hoja. Finalmente, estas cadenas también pueden
presentar más plegamientos por medio de otras interacciones como los puentes de disulfuro,
interacciones hidrofóbicas o fuerzas de Van der Waals, brindando una forma tridimensional a las
proteínas, lo cual se llama estructura terciaria. También, las proteínas pueden adquirir una
estructura más, la cuaternaria, la cual se basa en la interacción o unión entre dos o más proteínas.

Para que las proteínas estén presentes en el entorno celular y puedan cumplir su papel funcional en
los organismos, deben ser sintetizadas por medio de la transcripción del ADN, donde se realiza una
copia de varios codones, aquellas secuencias de 3 nucleótidos, moléculas que conforman el ADN, y
luego su posterior traducción en el ribosoma, donde los codones se codifican como aminoácidos
convirtiendo la copia en una proteína. Desde luego, la síntesis de proteínas no es perfecta y pueden
ocurrir errores en cualquiera de los procesos nombrados anteriormente, producto de un cambio en
los genes que conforman el ADN. Ese cambio da lugar a una copia de codones defectuosa, con una
alteración en el ordenamiento de tripletes de nucleótidos, que por consiguiente al ser traducido,
esa modificación en algún triplete se verá reflejado en un cambio en la estructura primaria de las
proteínas. A esta situación se le conoce como mutación. Este tipo de cambios pueden generar
problemas en la estructura de las proteínas, seguidamente a las células, para terminar quizás en un
problema para el organismo. En el peor de los casos, debido a la alteración de ese único aminoácido,
causando un mal o incorrecto plegamiento de las estructuras secundaria y terciaria, la proteína
podría tener fallos en su papel funcional en el organismo. Como ejemplo de esto, está el caso de la
anemia falciforme, en la que un cambio del aminoácido ácido glutámico por Valina en la cadena
beta de esta proteína lleva a que este residuo hidrofóbico pueda interactuar con aminoácidos
hidrofóbicos que forman un bolsillo en la cadena beta de otras unidades de hemoglobina
provocando la formación de agregados insolubles de esta proteína (Strasser 1999).
De lo anterior se deduce que la sustitución de un aminoácido por otro en la cadena polipeptídica
puede alterar la estructura tridimensional de la proteína, al no formarse alguno de los enlaces
citados, y modificar, en consecuencia, los plegamientos, tanto en el nivel secundario como en el
terciario. Resulta evidente, pues, la enorme importancia que tiene la estructura primaria en la
adquisición de la correcta estructura espacial de la proteína.

En la búsqueda de información de más mutaciones, se encontró que varias causan un impacto en

las proteínas, generando enfermedades. Por tanto, si es correcto afirmar que la función de una
proteína depende de su estructura. A continuación, se evidenciará lo anterior de acuerdo a las
bases de datos de diferentes servidores, que predicen las consecuencias de una mutación para
entender la relación que existe entre las mutaciones en las proteínas y las enfermedades.

Argumentación

Por medio de varios servidores como Mutation asessor, PROVEAN, SusPect, OMIM, NCBI y Protein
Bank, que brindan una base de datos sobre mutaciones en las proteínas y el impacto que estas
mutación genera, se analizó la mutación Prolina 293 por Alanina en la proteína α-Galactosidasa A,
una enzima activa en los lisosomas de las células que se encarga de descomponer una molécula
llamada Globotriaosilceramida, que consta de tres azúcares unidos a una sustancia grasa. (Instituto
Valenciano de Microbiología). La información de los servidores proporcionó que la mutación que se
centraba en el cambio del aminoácido Prolina 293, que se encuentra ubicado en una secuencia
desordenada y a la vez limita con un estructura β-hoja, por el aminoácido Alanina, es deletérea, es
decir, causa un gran impacto en la función de la proteína (Ver figuras 1 ,2 y 3). A pesar de que el
programa Swiss pdb viewer, en el cual se realizó la representación de la mutación no mostró un
cambio significante en la estructura (Ver figuras 4, 5, 6 y 7), de hecho, se seguía conservando el
único puente de hidrógeno que formaba la Prolina con Fenilalanina 295. Y además el cambio de la
energía de Gibbs fue mínimo (Ver figuras 8 y 9), dando a entender que los plegamientos que causó
la mutación seguían siendo termodinámicamente favorables. Los datos que nos muestra la
literatura dictan que varios tipos de mutación en la proteína α-Galactosidasa A causan una
enfermedad llamada Fabry, incluyendo la mutación mencionada anteriormente (Elstein D et. al
2010), la cual se genera por mutaciones en un gen del ADN que contiene instrucciones para la
fabricación de la enzima α-Galactosidasa A. Dichas mutaciones alteran la estructura y función de la
enzima. Como resultado, Globotriaosilceramida se acumula dentro de las células de todo el cuerpo,
particularmente en las células de los vasos sanguíneos de la piel y las células de los riñones, del
corazón y del sistema nervioso. La acumulación progresiva de esta sustancia dentro de las células,
lleva al daño de las mismas, y de los órganos, resultando en las señales y síntomas característicos
de la enfermedad de Fabry (GARD 2018). La prolina contiene un grupo amínico secundario, llamado
imina, en lugar de un grupo amínico primario. Por esta razón, la prolina se llama iminoácido. Dado
que el grupo R de tres carbonos de la prolina se fusiona con el grupo α-nitrógeno, este compuesto
tiene una estructura de anillo rígido rotativo restringido. Como resultado, los residuos de prolina en
un polipéptido introducen restricciones en el plegado de las cadenas. (Bhagavan y Chung-Eun 2011).
En cambio de la Alanina no se dice mucho, ya que es (referencia de la alanina)
Son estas diferencias entre los aminoácidos que nos evidencian el gran impacto que puede causar,
generando otro tipo de comportamiento en la región de la proteína donde se ubica. Pero también
un claro ejemplo y muy cercano es la mutación P293T (Prolina 293 por Treonina). La Prolina-293
ocurre justo antes de la cadena β8 del barril de la terminal N β/α y está enterrada en una porción
central de la enzima a cierta distancia del sitio activo. Las prolinas a menudo proporcionan rigidez a
la proteína que promueve el plegado adecuado, como ya se mencionó anteriormente. Se debe
tolerar una sustitución de treonina en esta posición, pero probablemente habrá un costo para la
dinámica de plegamiento de la proteína. Cualquier proteína que se forme debe tener actividad
enzimática, pero puede haber poca o ninguna enzima estable. (Shabbeer J, et al 2005). La identidad
de un aminoácido particular puede cumplir una función esencialmente estructural, una función
catalítica o una función de reconocimiento molecular (Jiménez y Merchant 2003), y en este caso, la
prolina, como se pudo ver, cumple una función meramente estructural, donde se le suma un factor
importante también como el lugar donde se ubica, cercano al sitio activo (Ver figura 8).

Se puede determinar entonces que La diversidad de funciones de las proteínas proviene, en última
instancia, de la interacción concertada de los aminoácidos asociados en un orden especificado por
los genes. La proposición de C. Anfinsen, en el sentido de que la secuencia de aminoácidos de una
proteína determina su estructura y su función, constituye un punto de partida, aun perfectamente
vigente, para conceptualizar a estas macromoléculas. (Jiménez y Merchant 2003).

Falta 1- definición de alanina

3- conexión con el contra argumento

4- conclusión final

5- terminar de organizar los anexos y la bibliografía

La visión que se tiene de las mutaciones en los organismos a lo largo del tiempo y los efectos que
pueden tener en el desarrollo de las funciones celulares propone que los cambios que puedan
presentarse en el ADN logran ser perceptibles o imperceptibles en términos del fenotipo (Berretti
2017). En el caso de la mutación deletérea mencionada anteriormente (α-Galactosidasa A) se
expresa en el organismo siendo perceptible desde el punto de vista fenotípico, sin embargo, existen
mutaciones en las que el genotipo es alterado y este cambio no conlleva a la aparición de
alteraciones fenotípicas, siendo sólo perceptible desde el punto de vista genotípico.
Lo anterior puede soportarse con la existencia de las mutaciones neutras que se caracterizan por
tener un cambio en algún codón del ARNm y por consiguiente observamos que un aminoácido
nuevo reemplazará al que originalmente debía ocupar esa posición, pero esto no es suficiente para
realizar un cambio que conlleve a la modificación o disfunción de la proteína que va a ser sintetizada
de dicho ARNm mutante (Jenkins 1985). Esto puede deberse a que el aminoácido que fue
reemplazado puede tener propiedades similares al que reemplaza como (Arg)(Lys) que son
aminoácidos básicos o la mutación puede presentarse en una región de la proteína donde no es
esencial la secuencia exacta de aminoácidos para mantener su función (Campbell et al 2007).
En mutaciones concretas que ocurren en la síntesis de las proteínas, por su impacto en la estructura
proteica, estas pueden ser consideradas como promotoras de algunas enfermedades, (tal es el caso
de la mutación P293A en α-Galactosidasa), sin embargo no todas causan una expresión en el
fenotipo que conduzcan al desarrollo de una complicación del organismo que ha sido afectado por
la enfermedad (Kimura 1968).

Por otro lado, después de la sustitución presentada anteriormente en la α-Galactosidasa, se

analizaron cuidadosamente una gran variedad de sustituciones de aminoácidos pertenecientes a
esta proteína en las bases de datos, y los resultados arrojaron que hay un alto grado de polimorfismo
enzimático. Esto quiere decir que la enzima es capaz de mantener su capacidad catalítica, a pesar
de que sus secuencias y/o composición de aminoácidos se modificaron (Campbell et al 2007). Para
explicar esto, se infiere que esta proteína polimórfica está compuesta de mutaciones neutrales, con
el fin de ejemplificar esto, se hizo el mismo procedimiento descrito anteriormente en la mutación
P293A, la cual, demuestra que un solo cambio en un aminoácido la hace perjudicial para el individuo,
no obstante, la mutación que se analizará a continuación está clasificada como neutral, por lo tanto
no afectará la función de la proteína.
La mutación de interés es la E398K, en otras palabras, la sustitución de Ácido Glutámico (Glu) por
Lisina (Lys) en la posición 398, dicha sustitución se da en la estructura de una β-hoja proyectada
hacia el medio exterior. En esta sustitución no se observan cambios radicales en la estructura ni en
la energía libre de la proteína lo cual es esencial para determinar si habrá algún cambio en la función
proteica (Jiménez 2005). Se evidencia que la mutación no produce cambios visibles en la α-
Galactosidasa, ya que según la estructura vista en Swiss Pdb Viewer, se forman dos nuevos puentes
de Hidrógeno y se mantiene estable la energía libre; de manera análoga, se consultó su nivel de
impacto, el cual correspondió a 10 en la escala de 0 a 100 en SuSPect (donde 0 es neutro y 100
Perjudicial), y un valor de 0.122 en la predicción de PROVEAN (donde las variaciones superiores a -
2.5 se consideran neutrales). Ambas bases de datos coincidiendo de una u otra manera en que la
mutación es neutra y tiene nivel de impacto bajo en la α-Galactosidasa, no obstante, la base de
datos Mutation Assessor le otorga a esta mutación un nivel de impacto en la funcionalidad de nivel
medio.
Con el objetivo de analizar gráficamente a la proteína se utilizó el software Swiss-Pdb Viewer, en el
cual se hizo ilustración de tipo Cable, la cual usamos debido a que en esta se destacan las cadenas
laterales y su proximidad relativa, también es útil para predecir qué aminoácido podría estar
relacionado con la actividad de la proteína, especialmente si la proteína es una enzima, como en el
caso de la α-Galactosidasa. Del mismo modo, se utilizó la representación en cintas de la zona donde
está ubicada la mutación E398K, lo cual es una forma sencilla que permite visualizar estructuras
secundarias, como hélices α y láminas β.

Conclusión

Se concluye que la función de las proteínas depende de su estructura, pero no siempre las
mutaciones de las proteínas puede causar un daño es su funcionalidad por tal no causa
enfermedades mucho menos deletéreas.
Para finalizar, y teniendo en cuenta lo mencionado hasta ahora, se debe tener precaución
al analizar las mutaciones neutrales, puesto a que no se visualice una ventaja o desventaja
de la sustitución de un aminoácido no significa que no existe. Un ejemplo de eso es un
posible cambio que pudiese suceder en los factores ambientales que afecten al organismo
en un futuro puedan hacer a una mutación “neutral”, ventajosa o perjudicial.

Bibliografía

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geneticas-fabry-enfermedad-de-angioqueratoma-corporal-difuso-deficiencia-de-alpha-
galactosidasa-a-fabry-disease-angiokeratoma-corporis-diffusum-alpha-galactosidase-a-deficiency-
gen-gla 24 Julio 2019.

Elstein D, Altarescu G, Beck M (2010) Fabry Disease. Springer, Netherlands. Pág. 44, Fig. 1.2.

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https://rarediseases.info.nih.gov/diseases/6400/fabry-disease 24 Julio 2019.

N.V. Bhagavan, Chung-Eun Ha (2011) Essentials of Medical Biochemistry: With Clinical Cases.
Academic Press, London.

Clinical Biochemistry and Hematology

Ida M. Washington, Gerald Van Hoosier, in The Laboratory Rabbit, Guinea Pig, Hamster, and Other
Rodents, 2012
Fabry disease: Identification of 50 novel a-galactosidase A mutations causing the classic phenotype
and three-dimensional structural analysis of 29 missense mutations

Junaid Shabbeer,1 Makiko Yasuda,1 Stacy D. Benson2 and Robert J. Desnick1*

1 Department of Human Genetics, Mount Sinai School of Medicine of New York University, New
York, NY 10029, USA

2 Department of Chemistry, Oklahoma State University, Stillwater, OK 74078, USA

Date received (in revised form): 16th December 2005

Jiménez L. Felipe, Merchant H. (2003) Biología celular y molecular. Pearson, México.

https://books.google.com.co/books?id=nHA5DwAAQBAJ&printsec=frontcover&dq=Berretti+muta
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419&sa=X&ved=0ahUKEwj1qb7A8uLjAhUSuVkKHSaPB9wQ6AEIKTAA#v=onepage&q=Berretti%20
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https://books.google.com.co/books?id=QcU0yde9PtkC&pg=PA328&dq=mutaciones+silenciosas&h
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419&sa=X&ved=0ahUKEwjh1OHe7eLjAhUprlkKHddfCm4Q6AEIQDAE#v=onepage&q=mutaciones%
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https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1016/0014-5793%2884%2981411-8).

https://hera.ugr.es/tesisugr/15473077.pdf
Anexos:

Figura 1. Representación del aminoácido Prolina 293 (color verde) de la proteína α-Galactosidasa A por medio
del programa Swiss pdb viewer, donde se puede apreciar el puente de hidrógeno que forma con el aminoácido
Fenilalanina 295.

Figura 2. Representación tridimensional de las estructuras donde se ubica el aminoácido Prolina 293.
Figura 3. Representación de la mutación del aminoácido Prolina 293 de la proteína α-Galactosidasa A por el
aminoácido Alanina (color verde), por medio del programa Swiss pdb viewer, donde se puede apreciar el
puente de hidrógeno que se conservó con el aminoácido Fenilalanina 295.

Figura 4. Representación tridimensional de las estructuras después del cambio del aminoácido, donde no se
muestra ningún cambio.

Figura 1. Análisis de la mutación P293A por Mutattion Assesor, donde se observa que la mutación P293A es
de grado Alto.
 Figura 2. Análisis de la
mutación P293A por
PROVEAN, donde se observa
que la mutación P293A es
Perjudicial.

Figura 3. Análisis de la mutación P293A por SusPect, donde se observa un alto puntaje para enfermedad.

Figura 5. Energía de Gibbs (-33.475) del aminoácido Prolina 293.

Figura 6. Energía de Gibbs (-28.404) del aminoácido Alanina 293.
Figura 7. Representación del aminoácido Glutamato 398 (color verde) de la proteína α-Galactosidasa A por
medio del programa Swiss pdb viewer.

Figura 8. Representación tridimensional de la estructura donde se ubica el aminoácido Glutamato 398.

Figura 9. Representación de la mutación del aminoácido Glutamato 398 (color verde) de la proteína α-
Galactosidasa A por Lisina, por medio del programa Swiss pdb viewer, donde se puede apreciar la formación
de dos puentes de hidrógeno con la estructura β-hoja.

Figura 10. Representación tridimensional de la estructura que hace parte de la región de la proteína donde se
realizó el cambio del aminoácido, mostrando ningún cambio.

Figura 11. Energía de Gibbs del aminoácido Glutamato 398.

Figura 12. Energía de Gibbs del aminoácido Lisina 398.