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Analisis Pps
Analisis Pps
Problemas
No hay diferencias evidentes entre
un modelo correcto y uno incorrecto
Geometría
Estructura
Programas de análisis
PROCHECK
WHATCHECK
Suite Biotech
PROSA
Fuentes de la información
X
Z score
RMS Z 1
N Z 2
Estadística – Valores correctos
RMS – Z =1.0
Estadística
-2 -1 0 1 2 Z
Formato
Nomenclatura
Resíduos o átomos no definidos
Puentes de hidrógeno
• Todos los puentes de hidrógeno e
interacciones electrostáticas deben estar
satisfechos
Optimización de estructuras
Dinámica molecular
Campo de fuerza
Expresión matemática que relaciona
la geometría molecular con la
energía del sistema
Longitud Angulo
Torsión
Simulated annealing
• Utiliza alta temperatura para mejorar la
exploración del espacio de
conformaciones
Dinámica molecular
Epot {xi}
Fi= ∂Epot/∂xi
vi (t+dt)=v(t)i+ai dt
xi (t+dt)=x(t)i+vi dt
NMR MD(water) 5 ns
“Cap” de agua alrededor del centro activo
Esfera de agua
de 25 Å de
radio
Potencial
armónico “anti-
fuga” en la
pared
Proteína fuera
del cap fija
Sistema periódico
Barnasa (pH=7)
+ contraiones +
agua
Periodic Boundary
Conditions
NPT (P=1 atm)
AMBER/OPLS