Gradient e Espacio K

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Gradiente Espacio K
Data · December 2012
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Gerardo Jaimes Miguel Martín-Landrove

PDVSA - Petróleos de Venezuela S.A. Physics & Mathematics in Biomedicine Conso…
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Mathematical Modelling of Tumor Growth and Its Parametrization Through Medical Images View
project
Segmentation of Multimodal Images with Cellular Automata View project
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Gradientes, Espacio K
Construcción de Imágenes
Gradiente de campo magnético.
Un gradiente se define como un corto periodo de tiempo (del orden de milisegundos)

dónde el campo magnético estático B0 se hace espacialmente no homogéneo en una
dirección específica.
La aplicación de esta inhomogeneidad controlada induce en los espines, desfases y
velocidades angulares según la posición y dirección del gradiente, según la secuencias
de pulsos utilizadas estas variaciones pueden recuperarse, por ejemplo:
En ausencia de inhomogeneidades, en una muestra con sólo un tipo de espin de I=1/2,
todos los núcleos precesarán a la misma frecuencia w0 cuando sean excitados por un
pulso de 90º
Sggasdgggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggfd
El efecto de los gradientes consiste en hacer que el campo efectivo que aprecia cada
elemento de muestra sea una función de la posición de dicho elemento con respecto al
eje z. Por ello tan sólo apreciará invariable el campo magnético el elemento que se
encuentre en la posición z=0, los espines en este elemento de área precesarán a la
frecuencia w0. Todos los demás se comportarán como si estuvieran en un campo
magnético estático Befectivo ¹ B0, por tanto todos ellos precesarán a frecuencias, distintas
de w0, que vendrán dadas por la expresión:
 r  B0   G  r
La consecuencia inmediata es que se produce un desfase de las componentes de la

magnetización transversal en función de z.
Gfgggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggg
Si ahora se quisiera detectar señal ésta no se obtendría. Sin embargo la información

sigue estando en el sistema. La forma de recuperarla consiste en emplear un segundo
gradiente igual que el anterior pero en sentido contrario. Se produce entonces el proceso
de refocalización.
Si tras este segundo gradiente la bobina detectora se activara, ésta detectaría la señal de
RMN. Cuando se tienen varios núcleos interaccionando mutuamente en la muestra
puede resultar útil refocalizar sólo la magnetización de interés y mantener
desfocalizadas el resto, esto constituye un método muy útil de selección de la
información contenida en el sistema de espines. Éste es el fundamento de los
experimentos de RMN de alta resolución de líquidos que emplean gradientes de campo.
Asfffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffff
Los gradientes según sea su

direccion pueden ser utilizados para
la exitacion selectiva de planos,
lineas o voxels, y en si en la
recostrucción de imágenes y tensor
de difusion, notese que para cada
plano la frecuencia r esta dada
según la posicion y el valor del
gradiente
 r  B0   G  r (1)
safasfasfasfasfafwaff
Desfase
Un gradiente de campo magnético hace que durante un cierto período de tiempo t el

campo magnético sea distinto de B0, esto hace que para cada elemento de área, descritos
en la sección anterior, se produzca un desfase en función de su posición en el eje z (en
el caso de emplear gradientes z, Gz), (Gzi,z,t) que se define como:
 G zi , Z i ,    G zi Z i S i    ij pij
i j
Donde Gzi representa la fuerza del gradiente en G/cm (suele ser del orden de 50 G/cm),
zi es la posición del elemento de area i, Si representa una función que depende de la
forma del gradiente, ti representa la duración del gradiente, gij es la constante
giromagnetica del núcleo j, y pij es el orden de coherencia del sistema del núcleo j en el
momento de aplicar el gradiente i.
Para que se detecte señal Ecuación de una secuencia que usa gradiente debe existir
refocalización de la señal. Solo se detectarán aquellas rutas que impliquen  = 0, es
decir:
G
i
zi Z i S i    ij pij  0
j
Para cada elemento de área zi=cte, si se emplean siempre gradientes de la misma forma
Si=cte y de la misma duración ti=cte, se tendrá que la condición de refocalización debe
satisfacer la ecuación:
 G 
i
zi
j
ij pij  0
Que es la Ecuación Fundamental de la RMN de gradientes.
Espacio K:
Consideremos unos spines nucleares en la posición r de la muestra, ocupando un

pequeño elemento de volumen dV si la densidad local de spin es r) entonces
rdV es la cantidad de espines en este elemento y la señal obtenida por RMN seria :
dS G, t    r dV exp ir t 
Sustituyendo la ecuación (1)
dS G, t    r dV expi B0   G  r t 
Para t = 0, dS(G,t) es real, se asume que en la practica el detector esta puesto en fase.
El desfase de la magnetización transversal provocado por el Gradiente, es más rápido

que el normal. La señal detectada es una mezcla de la señal de referencia asociada a
S t     r exp i  G  r t dr
W0 y las producidas por el gradiente Gr, el cual aporta mas amplitud. Entonces si W0
es muy pequeña e integrando.
Donde d(r) es el volumen de integración. La integral tiene la forma de Transformada
de Fourier, Haciendo el siguiente cambio, e introduciendo el concepto de k – vector o
espacio – k, dado por:
k  2  1  G t
En el formalismo de espacio – k y usando el concepto de transformada de Fourier y su

inversa tenemos:
S k     r exp i 2  k  r dr (5a)
 r    S k exp  i 2  k  r dk 5(b)
Esta es la relación fundamental para imágenes de “RMN” y Rayos “X”.
La figura muestra en una dimensión la

relación expresada en la ecuación 5a, por
conveniencia se uso coordenadas
cartesianas y el gradiente G en la dirección
“z”, esto es:
 
 
S kz         x, y, z exp i 2 kz z dz  dx dy
  
Fdhfdhfdhfdhdh
el espectro para esta señal es:

 
F S k z      x, y, z dx dy

Excitación Selectiva.
Bajo el efecto de gradientes y mediante pulsos de r.f con determinado espectro de
frecuencias es posible seleccionar de una gran muestra aquellos núcleos que presenten
las condiciones de resonancia impuestas por dichos gradientes y pulsos de r.f
El factor determinante de este hecho es el poder “jugar” con la amplitud y duración del
pulso de r.f, (ver figura) es posible combinar estas dos variables para obtener la
condición, de “resonancia” y hacer girar en 900 la magnetización, tomando en cuenta
que el ángulo esta dado por gB1T, de aquí el concepto de “SOFT AND HARD
PULSES”.
La figura muestra la precesión de la magnetización entorno al campo efectivo (B eff) aplicando pulsos
débiles o fuertes. Con la debida combinación de amplitud y duración del campo B 1 se puede lograr el
mismo efecto.
En buena aproximación podemos observar, que en ausencia de gradientes (figura a),

son excitados en su totalidad los espines de la muestra, cuando hay gradiente ya sea en
la dirección Z (figura b), o dirección y (figura c) como también en “x”, podemos
seleccionar planos paralelos a estos ejes, mediante la adecuada r.f. aplicada y el
gradiente asociado.
(a) (b) (c)
Dffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffff
Evolución de la magnetización durante la excitación selectiva:

En presencia de gradientes Gz, las ecuaciones de evolución de la magnetización
(ecuaciones de Bloch) en el sistema de laboratorio, están dadas por:
dM x
  M y Gz z
dt
dM y
  M z B1 t   M x Gz z 
dt
   M y B1 t 
dM z
dt
y en el sistema rotante tenemos:
dM x'
   M z ' By '    M z ' B1 t  sin  Gz z t  T 
dt
dM y '
  M z ' Bx'   M z ' B1 t  co s Gz z t  T 
dt
dM z '
dt

  M x ' By '  M y ' Bx' 
El pulso se enciende en t = -T y se apaga en t = T, en el encendido coinciden los dos

sistemas, entonces:
dM x'
   M 0 B1 t  sin Gz z t  T 
dt
dM y '
  M 0 B1 t  co s Gz z t  T 
dt
dM z '
0
dt
Si consideramos que Mx’ y My’ son la parte real e imaginaria de un numero M+

entonces podemos decir:
  M 0 B1 t  exp  i Gz z t  T 
dM 
dt
Integrando con respecto al tiempo:
T
M     M 0 exp  i  Gz z T   B1 t  exp  i  Gz z t dt
T
La integral es una transformada simple de Fourier o el espectro de la r.f. con una

duración desde -T hasta T . La escala de frecuencia de este espectro esta dada por Gzz.
Esta ecuación es muy útil al dar el estado de la magnetización, y la señal FID es
proporcional a la amplitud de la r.f, si queremos excitar un slice (rodaja) rectangular
entonces necesitaremos un espectro rectangular. Para los problemas de corrimiento de
fases existen varias técnicas de corrección de las mismas, las cuales no serán explicadas
en este trabajo.
Reconstrucción en dos Dimensiones

Si la magnetización en equilibrio de una muestra tridimensional es perturbada por la
excitación selectiva, la reconstrucción puede realizarse en las dos dimensiones del plano
del “slice” (rodaja). El elemento de volumen (o Voxel) tendrá su dimensión de
profundidad determinada por el espesor del “slice” (rodaja).
La reconstrucción requiere que se muestree el espacio - k y realizamos una
transformación del fourier. esto involucra la aplicación de gradientes para escoger el
slice o la rodaja. El muestreo del espacio k se ordena utilizando un arreglo de
(normalmente) 256x256 puntos. En dos dimensiones es usual utilizar arreglos en
coordenadas cartesianas y coordenadas polares, las primeras son conocidas como
Fourier Imaging (FI) las segundas como proyección reconstrucción (PR).
Fourier Imaging (FI).
Cuando el FID es muestreada en presencia de gradientes, los puntos de señal son

obtenidos a lo largo de una línea en el espacio k. En FI esta línea es orientada a lo largo
del eje cartesiano asociado al gradiente conocido como de lectura, para el cual se escoge
el eje “x”, y el eje “y” es llamado como eje de la phase. Entonces tenemos la señal.
  
S k x , k y        x, y, z  exp i 2  k x x  k y y dx dydz 
a/2
 a / 2     
Donde “a” es el espesor del slice, por conveniencia se ignora la integral exterior que
representa el proceso de promediar el slice. Luego:
 
S k x , k y      x, y exp i 2  k x x  k y y dx dy

Es claro que S(Kx,Ky) es la transformada de Fourier en dos dimensiones en función de
la densidad de spin (x,y). La reconstrucción de (x,y) requiere que se calcule la
Transformada inversa de Fourier de S(Kx,Ky).
 
 x , y     S k x , k y exp  i 2  k x x  k y y dk x dk y 

La obtención de la señal S(Kx,Ky) y la

transformada de Fourier es en esencia,
el método de FI.
La figura muestra la secuencia para la

reconstrucción de una imagen de FI
La intersección de los planos

generados
por gradientes da como
resultado un voxel, que con la
debida secuencia generan
espacio “K” en dos y tres
dimensiones.
Fffffffffffffffffffffffffffffffffffffff
Equivalencia ESPACIO K - IMAGEN.
Una vez llenado el espacio K, contiene un conjunto de ky(256) por Kx(256) valores
que constituyen los RAW DATA de la imagen. Con estos valores se genera la imagen a
través de las transformaciones matemáticas de Fourier que convierten el espacio K en
imagen y viceversa. El espacio K y la imagen contienen idéntica información en
diferente formato.
Fffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffff
Proyección Reconstrucción (PR):

Si el FID es adquirido en presencia de gradientes arbitrarios los puntos obtenidos están
a lo largo de la línea radial del espacio – K , en la practica se aplican gradientes en el eje
“x” y el eje “y” , Gx , Gy simultáneamente, ajustando su magnitudes y ángulos en un
sistema de coordenadas polares, tenemos:
  tan 1 G y / G x  
G  G x2  G y2 1/ 2
gdddg
 
S k ,       x, y exp i 2 k  r dx dy jfgjfjfj


  hfhgjgj
  x, y      S k , exp  i 2 k  r  k dk  d
0   
La integral interna es el filtro de perfil dado por:


 r   S k , exp  i 2 k  r  k dk
fgdfgdfgd

donde “r” es la componente radial a la dirección del gradiente, rf(r) pertenece a todos
los puntos que satisfacen:
r   x cos   y sin   dgsdgsgsdg
En la practica se hace un barrido angular, y cada posición es calculado  (r),

relacionándolo a cada posición “x” y “y” para construir la “matriz” de la imagen
La Figura muestra la secuencia de PR,
donde Gx y Gy son aplicados
simultáneamente como gradientes de
2
lectura, y los N puntos son adquiridos en
forma de un “raster polar”
En realidad es un proceso de interpolación y

transformación de sistemas de coordenadas
de polares a cartesianas, a este proceso se le
llama “Back – projection”.
Sdggggggggggggggggggggg
fffffffffffffffffffffffffffffffffffff
La figura muestra la reconstrucción de un objeto circular, (fx,fy), por PR. S(t,f) es la

data adquirida bajo la influencia de gradientes aplicados a un ángulo f en el sistema de
laboratorio, Pf(f) es la transformada unidimensional de Fourier que corresponde a la

proyección de la densidad de spines a lo largo del eje del gradiente. (f) es el filtro que
nos da la “back – projection”.
Imágenes Tridimensional.
El tratamiento matemático es igual para imágenes en dos dimensiones, donde tenemos.

 
  x, y, z      S k , , exp  i 2 k  r k 2 dk  d d Jljlhjlhjlhjlj
0 0   
Nótese que el elemento de volumen en coordenadas esféricas es k2 dk dd la

integral interna representa el filtro del perfil, r conteniendo la rampa k2 y esta
definido por:

  r   S k , , exp  i 2 k  r k 2 dk Hhhhhhhhhhhhhhh

Donde r es la componente radial en la dirección del gradiente, entonces
r   x sin co s  y sin sin   z co s  Gggggggggggggg
Tttttttttttttttttttttttttttttttttt
La figura muestra la secuencia FI y la secuencia de PR tridimensional, no se utiliza la

selección de “slice”.
Sistema cartesiano para el llenado del

espacio “k”, reconstrucción voxel por
voxel, cualquiera de los ejes se puede
definir como fases y/o lectura, hay un
retardo en la aplicación de los
gradientes.
ddfffffffffffffffffffffffffffffffff
Sistema Polar los gradientes son

aplicados simultáneamente,
realizándose un llenado espiral.
Wwwwwwwwwwwwwwwwwwwww
Uso de ECOS en experimentos de imágenes.
Sssssssssssssssssssssssssssssssssssss
Sssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssss
LLenado de la primera línea del
espacio K (Ky=+128).
En el primer TR de la secuencia
se aplica el valor Gy=+128 en el
gradiente de codificación de fase.
El primer eco obtenido (ECO
+128) se digitaliza en 256
valores y se deposita
ordenadamente en la línea mas
externa del espacio K.
Ffffffffffffffffffffff
Llenado de la línea Ky=+3.

En cada TR se va cambiando el valor
de Gy obteniéndose el eco y
llenándose secuencialmente las líneas
del espacio K. en la Fig se muestra el
espacio K llenado cuando se deposita
el ECO +3.
Sddddddddddddddddddddddddddddds
Sdsssssssssssssssssssssssssssssssss
Sdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsdsd
Propiedades del espacio K.
Tal como se obtienen los ecos y se ordenan los datos en el espacio K, implica que el
espacio K presenta una particular forma de simetría en relación con la disposición de
sus datos, de tal forma que los valores de un punto del espacio K, pueden ser
calculados a partir de los valores que se encuentran en el punto simétrico respecto al
origen.
Es decir, la intensidad de la señal de
un punto correspondiente a la parte
creciente del ECO obtenido mediante
un gradiente positivo de fase, es el
valor especular (simétrico respecto al
origen) del obtenido en la parte
decreciente del ECO obtenido en la
codificación negativa del mismo valor
del gradiente de fase
Sssssssssssssssssssssssssssssssssssss
Esta simetría del espacio K es utilizada en la práctica para reducir el tiempo de

obtención de las imágenes, bien llenando menos líneas (NEX FRACCIONADO), bien
digitalizando menos valores en el eco (ECO FRACCIONADO).
Opción NEX-FRACCIONADO
Tan sólo una parte de las líneas del espacio K se llenan mediante codificaciones del
gradiente de fase. El resto de datos se logran matemáticamente aprovechando la simetría
del espacio K.
sssssssssssssssssssss
ssssssssssssssssssss
Opción ECO FRACCIONADO. En cada fila del espacio K se digitaliza una señal de
ECO. Esta señal presenta una cierta simetría derecha-izquierda a lo largo de las filas ya
que la señal de eco tiene aproximadamente una forma simétrica respecto a su máximo
valor que corresponde a la parte central de la fila, lo que se conoce como "simetría de
lectura". Ello permite que aprovechando la simetría Hermitiana del espacio K, se pueda
calcular la mitad izquierda a partir de los valores de la mitad derecha.
ECO-FRACCIONADO
Aprovechando la simetría en la
señal del eco, el espacio K se
llena parcialmente mediante el
muestreo de un poco mas de la
mitad del eco en cada
codificación de fase. El resto del
espacio K se logra mediante
obtención matemática
El espacio “k” constituye unos de los pasos iniciales más importante en la generación de
imágenes por RMN. Dependiendo de la manipulación o llenado del mismo obtendremos
imágenes con ventajas y/o desventajas según la aplicación, contraste, definición
espacial, relación señal ruido, etc.
Existen una gran variedad de técnicas para el llenado del espacio “K”, tales como;
llenado secuencial estándar, llenado secuencial de scrolling, llenado concéntrico,
llenado segmentado, llenado zig-zag etc. En cualquiera de estos métodos e puede
observar que para generar una imagen, solo se necesita el llenado completo del espacio
“k”, para así aplicar la transformada de Fourier y la obtención o generación de la
imagen.
Espacio “q”. Espacio “Kq”.

Sensibilidad, Movimiento y Resolución.
En un experimento de RMN, la fuerza electromotriz medida en las bobinas de r.f., es la
superposición de la f.e.m. inducida por la magnetización oscilante, el movimiento
térmico aleatorio, y otros agentes como la electrónica e instrumentación del equipo.
La relación entre la f.e.m debido a la magnetización oscilante y el resto de señal es
conocida como la relación SEÑAL-RUIDO .
La Relación señal ruido juega un papel importante en la resolución de un experimento
de R.M.N.
La relación señal ruido proporciona una limitación fundamental a la resolución en la
microscopía de resonancia magnética, la señal disponible de cada elemento de volumen
disminuye como el tamaño del voxel.
Hay referencias especificas (Mansfield y Morris) de los experimentos de imágenes que
el tiempo de adquisición para un elemento de volumen (DX)3 esta dado por:
2
  2  T1  2.8 *10 15  1 6
t  0  a  
  T  f 7 / 2  x 
Ffffffffffff

 f   2
Donde f) es la relación señal ruido en R.M.N, “a” es el radio de las bobinas de r.f.
y “f” es la frecuencia del espectrómetro.
En el equilibrio térmico la magnetización longitudinal para los espines de constante
giromagnética ”g” con numero cuántico “I” en un campo magnético B0, esta
determinada por la relativa población en los subestados |m> por la relación o factor de
Boltzmann.
exp  mB0 / k BTs 

am 
2
I
Ffffffffffffff
 exp  mB
m I
0 / k BTs 
y la magnetización
gggggggg
M0  Ns  2 2I(I  1)B0 / 3k BTs
Donde “Ns” es el número de espines por unidad de volumen.

Usando la notación compleja M+ = M0 eiwot para calcular la f.e.m. inducida después del
pulso de 900 y aplicando la ley de Lenz´s, se encuentra que esta f.e.m. es proporcional al
tiempo de cambio del campo dentro de la bobina. Consecuentemente la amplitud es

proporcional a M0wo o g3I(I+1)B02. Es claro que esto da un buen resultado para campos
magnéticos grandes y constantes giromagneticas grandes, esto explica la alta
sensibilidad del hidrógeno comparado con otros núcleos.
Ahora bien si queremos calcular la f.e.m. en las bobinas receptoras, empleamos el
principio de reciprocidad. La cual muestra que la señal inducida “S” por un dipolo
magnético MdVs puesto en un elemento de volumen dVs de la bobina esta relacionado
con el campo magnético (B1/i) y la corriente que fluye a través de él.
S  ( / t )  B / i  Mdv
muestra
1 s
Gggggggghj
Esta ecuación predice un cambio de fase en la señal
S  0 K ( B1 / i) xy M 0Vs cos 0t Ghghghghgh
Donde (B1/i)xy es la componente transversal de (B1/i) en el centro de la bobina receptora

y K representa el resultado de integrar sobre todo el campo
Forma Analógica.
La f.e.m. del ruido que la señal contiene se calcula de la siguiente manera:
El ruido térmico por unidad de ancho de banda Df, esta determinado por la resistencia R
y la temperatura Tc de la bobina.
 t  (4K BTc fR )1/ 2 fffffff
Y la resistencia “R”de las bobinas receptoras:
Jjjjjjjjjjjjjjjjjjjjjj
R  (l / p)(r 00  (Tc ) / 2)1/ 2 Kkkkkkkkkk
Siendo “l” la longitud de la bobina, “p” es la circunferencia (área), mr y m0 son la

permeabilidad y r(Tc) es la resistividad a la temperatura Tc
Es claro que la geometría de la bobina receptora es una parte importante en la relación
señal ruido, se encuentra que las dimensiones optimas son 2a = L, para la bobina
estándar convencional, y para la “silla de montar” es importante la relación de 1200.
Ffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffff
Ahora se calcula la relación señal ruido para una muestra encerrada en una bobina ideal
(solenoide), sabemos que la relación de campo y corriente esta dada por:
 0Nt
(B1 / i)xy  Gggggggg
(4a  L2 )1/ 2
2
Siendo L >> a , y Nt el número de vueltas.
 0Nt
(B1 / i)xy  Gggggg
2L
Al combinar las ecuaciones anteriores tenemos que:
Vs B1 / i xy N s 2 I I  10

7/4 1/ 2 1/ 4
S0  P   1 
     Ghhg
t 5.05k BTs  k BTclf    r o  
Al utilizar la configuración estándar “2a = L “se encuentra (Hoult y Richards), que:
l  6.3Nt a y p  4.2 a / Nt Fgfgfgfgf
Sustituyendo obtenemos la relación general señal a ruido.
0Vs  0 /  xy 0 7 / 4 
1/ 2 1/ 4
S0 P   1 
     Fdfdfdfd
t 5.8a  k BTcfF   o  
Forma Digital.
La ecuación anterior aplica para el dominio del tiempo en la señal inicialmente
adquirida, ahora nos concentraremos para el proceso de la relación señal a ruido durante
la reconstrucción de la imagen.
Sabemos que en la forma digital la Fourier imagen (FI) y la proyección reconstrucción
(PR), están dadas por:
1 1
N 1 N 1
  i 2 ln    i 2mny   Dgdgg
 nx / NT , n y / NT    S lT , mT exp  N
2 2
x
 
1 1
l  N m N    N 
2 2
1 1
nx , n y   N , ....,  1
2 2
1
N 1
i 2 ln R
 nx / NT , n y / NT   ( / N p )
Np 2 fdfgfff
l 0
 1
mS (mT , l / N p ) exp( 
N
)
m N
2
nx cos   n y sen   nR
Supongamos que tenemos un cilindro, la densidad de espin esta dada por (fx,fy), que es
igual al valor constante r0 , donde incide la frecuencia fs y esta relacionada con las
dimensiones del gradiente (G)y el radio (R0) de la muestra, esta relación la mostramos
en la figura:
f s  (2 ) 1  G R0 Fgfgfdgfdgdgd
S(t,f) es la data inicial adquirida en

el dominio del tiempo, Pf (f) es la
transformada unidimensional de
Fourier, y corresponde a la
proyección del espin densidad a lo
largo del eje del gradiente, f(f) es
el filtro de transformación, se nota
que en todo el proceso se introduce
un ruido en la imagen
Ssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssss
Consideremos la proyección de la densidad de espin Pf(f) a lo largo del ángulo azimutal

f, en este punto en el espacio de frecuencia esta densidad es proporcional “chord” del
objeto:
 S (1  f 2 / f s2 )1/ 2  fs  f  fs 
P ( f )   0  Hjjkhkhk
0 en otra parte
donde
S0´  2 f s 0 ffffffffffffff
recordando

 r   S k , exp  i 2 k  r  k dk
ffgfgfgf

Sabiendo que
  (2 ) 1 f s1 S0´ Hghfh
Es muy útil para el calculo de la relación señal a ruido, ya que esta densidad esta
relacionada con la amplitud de la señal S0 la cual de origen al espacio “k”.
Ahora bien en “FI” calculamos la transformada de fourier en dos pasos;
S (t x , t y )  S´(t x , f y )  S´´( f x , t y ) Fhfhfh
como muestra la figura. Donde S´´(fx , fy) es equivalente a r0 para el ancho de fs ,y Ns

corresponde a los puntos de datos para todo el diámetro de la muestra.
N s  (2 ) 1  G 2R0 NT fdhfhffhfh
gjhjjggjgjgjgjgjgjggjgjg
La figura representa el dominio en tiempo y frecuencia de una imagen de Fourier (FI),

para un objeto circular, En el dominio del tiempo S(tx, Ty) tienen una amplitud S0 en el
origen. El S´(tx,fy) y S´´(fx,fy) son las sucesivas transformadas de Fourier“paso a
paso”La transformada inversa para S´(tx,fy) esta dada por
1
N s 1
2
S (0,0)  N 1  S´(0, n
1
y / NT ) Fdggfdgd
n y  N s
2
Los datos S (0, n / NT ) corresponden a la proyección de ladensidad de espin, y según :
S0´  2 f s 0
f y  ny ( NT ) 1 y f s  N s ( NT ) 1
evaluando en la sumatoria.
S0´  (4 /  ) NN s1 S0
y finalmente la imagen FI esta relacionada con S0 aplicando la segunda transformada

inversa.
1
N s 1
2
S (0,0)  N 1   ( FI )
1
0
n y  N s
2
donde:
0 ( FI )  NN s1 S0´ (4 /  ) N 2 N s2 S0
y para ruido aleatorio tenemos que:  f ( FI )  N y combinando las ecuaciones:
0 ( FI ) S  0 ( PR )
 (4 /  ) N  S 
1 1
 (4 /  ) NN s2  0   12 /  2
N 2 N s2  0 
 f ( FI ) t   f ( PR ) 
p
  t 
Filtro Smoothing.
Un proceso para reducir la amplitud del ruido en el dominio de frecuencia es el llamado
filtro Smoothing, el cual consta de convolucionar el espectro de la señal R.M.N por una
señal conocida como “apodización” . Tal filtro causa un ensanchamiento en el dominio

de la frecuencia por causa del proceso de convolución, por ejemplo un filtro
exponencial F(m), con un tiempo de decaimiento t causara un ensanchamiento de la
data por el FWHM (1/). Una aplicación digital donde =pT , y el filtro exp(-mT/pT)
= exp(-m/p) son muy usados, la cual dará una función ensanchadora (1/pT). Donde el
espacio del píxel en el dominio de la frecuencia es 1/NT, la cual corresponde a N/(p)
píxeles.
Efecto del filtro de apodizacion, exp(-t/pT) en el dominio del tiempo, con un coseno estimulado sumado a
un ruido.
Ahora consideramos dos regímenes de ensanchamiento, N/(p) < 1 y N/(p) > 1. Para
N/(p) < 1 el ensanchamiento es menor que la separación de un par de píxeles, en este
régimen se incrementa el ensanchamiento, Con la consecuente mejora de la señal ruido
y sin sacrificar la resolución. Para el régimen N/(p) > 1 la resolución se deteriora
fuertemente sin causar un significante beneficio en la reducción del ruido.
Ddddddddddddddddddddddddddddddddddddd
Nótese la dependencia de SFI(N/p) con (N/p) y la SPR(N/p) con (N/p)3/2 con el

crecimiento de N/p.
1/ 2
 1  p 2  p 2 p  
S FI N / p      2  e  N / p  2   
 2  N N N  
1/ 2
  p 3  p3 p2 p 
S PR N / p   6   e  N / p  6 3  6 2  3 
  N   N N N 
En la figura se nota que en cuanto “p” se acorta la relación señal ruido mejora
asintoticamente como (N/p)3/2 considerando que para FI mejora como (N/p).
En este limite asintótico la relación señal ruido es superior que la FI en un factor (1/)1/2
(N/)1/2. En este punto la resolución es proporcional al ancho de la función N/(p),
donde tenemos lo siguiente:
1
 0 FI   4 

 S    p 2  2
   N N s2  0   
2 
 f FI       t   2 N 
1
 0 PR   12  4  12

1

2  S0   6 p 
3 2
    
  3 

2
 N N N s  
 f PR         t   N 
p
Limite de resolución por T2.
En el transcurso de T2 la relajación tiene influencia en la resolución, esta influencia es

insignificante si el ancho de banda es mas largo que el ensanchamiento de T2 y mas
pequeño que un píxel, recordando que el decaimiento ocurre a lo largo del eje de lectura
en el espacio “k”, como exp(-m/p2), donde p2 = T2/T. El filtro requerido es exp[2m/p2-
2(m2+l2)1/2/p], siendo p=N/2, se obtiene que el smoothing es:
1

 12 N 1 1
N 1  2
 

 
1
S FI f   N 4 
2
 exp 2m / p2  12.8 m  l / N  

2 2 2

 m 0 l 0
 
Es claro que SFI(F) es dependiente de el ancho de banda ya que p2=T2f. El próximo

paso es ajustar el ancho de banda para una optima resolución en el limite de T2,
El volumen de la muestra esta tomada como un objeto circular de radio R0 y y una slice
de espesor z, escribiendo la resolución en el limite optimo, x=(2N/T)(2p/gG), se
obtiene:
1
1

1 1
 2 1 7 1 1 1
 z 2 f 8 N acc4 N 2 f 4 S FI f  2
1
x  38.3 a F   0
2 4 4
 
 f 
Ssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssss
Este resultado se puede optimizar minimizando f1/4SFI(Df)-1/2 buscando el ancho de

banda optimo, este mínimo ocurre para valores de f donde la separación de los puntos
en el dominio de frecuencia es aproximadamente el ancho de la línea de relajación,
1/T2
1
1
1 1
 2 1 7 1 1 1
xFI   16 a F   0
2 4 4  z 2 f 8 N acc4 N 4T2 4
 
 f 
1
1
1 1
 2 1 7 1 1 1
xPR   16 a F   0
2 4 4  z 2 f 8 N acc4 N p 4T2 4
 
 f 
Resolucion (mm) y Gradientes (Gcm-1)

Ancho de A 60 MHz A 400 MHz
T2 (ms) Banda (Hz)
(N=256) 100mm slice voxel 100mm slice voxel
500 163 16 29 3 9.6
100 815 23 38 4.7 13
50 1630 27 42 5.2 14
10 8150 42 56 7.6 18
sddddddddddddddddddddddddddddddddd
Limite de resolución por Difusión.
La distancia recorrida en un tiempo “t” para una molécula en un movimiento
Browniano con un coeficiente de difusión “D” esta dada por xdif=(2Dt)1/2 . esta
difusión de espine en presencia de un gradiente “G” causa una disminución de la
amplitud de la señal y un ensanchamiento en el ancho de banda. Esta atenuación de la
amplitud es aproximadamente exp(-g2G2Dt3/3) y de aquí fdif=0.6(g2G2D/3)1/3.
El limite de resolución por difusión puede ser calculado análogamente que para T2, de
alli:
x  2 / NT ´2 / G´
 2f dif ´2 / G´

 1.20  2G 2 D / 3  2 / G G / G´
1/ 3 1/ 3 Fdfsd

 1.78 xdif xopt
2

1/ 3
G / G´1/ 3
Espacio q.
La probabilidad Y(r´,t) de encontrar una partícula en la posición r´ en el tiempo t esta

dado por:
 r´, t´   r ,0Ps r | r´, t dr Fffffff
Ps r | r´,0   r´r  Dfgdgddg
donde (r´0) es la densidad de partículas (r). y Ps es la función de VAN HOVE, la

probabilidad de encontrar el scattering centrado en la posición r´ en el tiempo t.
Una aplicación de  es en auto - difusión. La descripción clásica de difusión es la ley de
FICK`s donde el flujo de partícula por unidad de área por unidad de tiempo es
proporcional a la magnitud del gradiente. De aquí.
J  D´Ps jkhjkhj
Donde J es el flujo de probabilidad, por ley de conservación y por el teorema de

continuidad tenemos:
´J  Ps / t
combinando obtenemos la ecuación conocida como segunda ley de FICK´s.
Ps / t  D´2 Ps
Donde “D” es el coeficiente de auto difusión.

Aplicando condiciones de contorno, Ps  0 y r´ infinito,
Ps r | r´, t   4Dt 
3/ 2

exp  r´r  / 4Dt
2

Tiempo=t
Tiempo=0
Desplazamiento de una partícula dese r hasta r´en un tiempo t

SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
Propagador Promedio.
Podemos introducir el concepto del “propagador promedio” esta da la probabilidad
promedio de una partícula que tiene un desplazamiento “R” en un tiempo t:
Ps R, t    Ps r | r´ R, t   r dr
En el caso de libre auto-difusión donde Ps es independiente de la posición inicial el

propagador promedio para todas las moléculas es:
Ps R, t   4Dt exp  R 2 / 4Dt

1/ 2
 
Ahora si a la difusión se le superpone un flujo de velocidad constante “v”, tenemos:
Ps R, t   4Dt 
3 / 2

exp  R  vt / 4Dt
2

Funcion probabilidad, flujo y difusión superpuestos.
La Aproximación del Pulso Estrecho.

Considerando el efecto de los pulsos de gradiente, se puede decir que el primer pulso
produce un corrimiento de fase (gg.r) a un espin colocado en la posición “r” al
momento de iniciar el pulso, Este corrimiento de fase es invertido por el pulso de 1800,
supongase que la molécula que contiene el espin se mueve durante el tiempo del
segundo pulso de gradiente a una posición “r´”, este corrimiento de fase fluye con el
pulso como (gg.(r´-r))
El tamaño de este corrimiento es el producto de dos vectores, del desplazamiento
dinámico (r´-r) y el vector gg.
A la señal total de la magnetización transversal se le suma el siguiente termino
exp[.(r´-r)], el cual es pesado por la probabilidad de un espin empezando en “r”
moviéndose a “r´”, esta probabilidad es idéntica a:
 r Ps r | r´,t 
Aproximación de pulso estrecho, la magnitud de g orientado en la dirección del gradiente
La señal del ECO esta definida como E(g) (amplitud del ECO).
E g     r   Ps r | r´,t , ) exp ig  r´r dr´dr
Al igual que en el “espacio k” podemos sustituir
q  2  g
1
entonces:
E q     r   Ps r | r´,t , ) exp i 2q  r´r dr´dr
sustituyendo r´= r + R.
E q    Ps R,  exp i 2q  R dR

Esta ecuación expresa la relación por medio de la transformada de Fourier entre E(q) y
Ps(R,), la adquisición de la señal en el espacio “q” permite hacer una imagen de la
probabilidad de encontrar el scattering centrado en la posición r´ en el tiempo t Ps(R,),
análogamente cuando la adquisición de la señal en el espacio “k” nos permite construir
una imagen de densidad de espines (r).
La figura muestra la secuencias de pulsos donde

se combinan gradientes G y g, ósea se esta
combinando el espacio “k” y el espacio “q”, la
secuencia “b” puede ser utilizada para medir auto
difusión en presencia de una velocidad dada.
La modulación de “k” y “q” espacio descrita esta dada por
E k , q     r exp i 2k  r  Ps r | r´,  exp i 2q  r´r dr´dr
S k , q     r E q, r exp i 2k  r dr
es de notar que la reconstrucción del espacio “Kq” representa (r)E(q,r).

Tensor Difusión e imágenes, IRM.

Recordando las moléculas del agua en un medio homogéneo, tienen un movimiento
Browniano.
Agua en un medio homogéneo, Movimiento molecular aleatorio, Esfera de Difusión
En un medio in-homogéneo, también tienen un movimiento Browniano, pero esta restringido a la

geometría del reservorio
En presencia de gradientes, el desfasaje de los espines nucleares es incoherente,

causando una atenuación importante en la señal. El movimiento de las moléculas es
orientado según la forma geométrica del reservorio. La señal decrece en relación de la
difusión en dirección del gradiente aplicado, como también de la duración y separación
entre pulsos.
Según la ley de Fick´, la densidad de flujo “J” de una concentración molecular “C”
esta dada por:
 
J   D C
    
C r ,0   r  r0 
C
t

  .J
C
t

  . DC  
   
  r  r0 .r  r0  
3
  1 
C r , t     exp 
 4Dt   4 Dt 
r  r0  .r  r0   6 Dt
Supongamos que un espin se mueve desde z1 a z2 entre los dos pulsos de gradiente G,
donde  <<  , las fases adquiridas durante los pulsos se muestran en las ecuaciones
 
1    Gz1 dt   G  z1 1    Gz1 dt   G  z1
0 0
    G  ( z1  z2 )
La magnetización o la suma de los momentos magnéticos individuales esta dado por

N
M
M0
  exp (i
j 0
j )
Forma de la secuencia de pulsos de gradientes
Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
Si P(z2,z1,)dz1 es la probabilidad de encontrar un espin en z1 después de un intervalo

de tiempo  estar en la posición z2 y z2 + dz2 la amplitud de la atenuación es:
  exp i G z  z  P z z1 ,  dz1dz 2

M

0 0
1 2 2
M 0  
Donde
  z 1  z 2 2 
Pz 2 z 1 , 
1
exp 

4D  4 D  
Recordamos
M
M0

 exp  G  D
2

 M 
ln    G 2 D
 M0 
Caso General de Difusión

Si consideramos que Mx y My como la parte real e imaginaria de la magnetización
Tenemos:
  
mr , t  M x r , t  iM y r , t 
Las ecuaciones de evolución de Bloch
m
 i  r . G t m   . D  m 
m 
  i 0 m 
t T2
Sustituimos
mr , t  r , t exp i0  1 / T2 t 
 
  
  i  r .G t    .D  
t
Parte real de la difusión


  
 r , t   M t  exp  ir .k t  
Donde tenemos nuevamente el espacio “k”
 
k t     G t  dt 
Entonces
dM
dt
  

 M t  . D  exp  ir .k t  
 T 
  M t  k t  D k t 
Y finalmente
  T 
M t   M 0 exp   k u D k udu 
Difusión Isotropica.
Para un Medio Isotropico “D” es una función escalar
TE  
M TE  M 0 exp TE / T2  .exp   D  k t  .k t dt 
 0 
M TE  M 0 e TE / T2 .e  bD

b   k t  . k t dt
TE
Imagen pesada por Difusión (DWI)

Técnica de Stejskal y Tanner
Secuencia de Espin ECO combinada con un gradiente bipolar.
2
b   2 G 2 3
3
Gradiente bipolar
Secuencia de Espin ECO combinada un par de pulsos de gradientes positivos
 
b   2 G 2 2    
 3
Gradiente monopolar intercalado
Sin gradientes, caso

estático.
Con gradientes, caso

desfase aleatorio
Medidas del coeficiente de Difusión
M 1  M 0 e b1 D ; M 2  M 0 e b2 D
ln M 1   (b  b ) D
 M 2  2 1
entonces
1 M 
D ln  2 
(b2  b1 )  M 1 
si b1 =0 , en ausencia de gradiente, entonces M1= M0 y
1  M 2 
D ln  
b M0 
Altos valores de “b” mas peso de Difusión.

Los gradientes de campo magnético ofrecen la posibilidad de diseñar nuevos
experimentos de RMN que permiten la obtención de información molecular de una
manera diferente a la convencionalmente utilizada para estudios estructurales o
dinámicos.
1
Pendiente (ADC)
Ln(M/M0)
0.1
0 b ( M/mm2) 1100
Asssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssss
¿Qué sucede si al aplicar un gradiente de reenfoque en una secuencia cualquiera, la

molécula a reenfocar tiene una posición en el eje z diferente respecto a la posición que
tenía cuando se aplicó el primer gradiente de desfase?.
La respuesta es sencilla, no se reenfocará y por tanto, no se detectará. Por lo tanto, se
pueden diseñar experimentos que nos permitan medir la probabilidad de que una
molécula tenga un movimiento de traslación en solución. Este se puede hacer mediante
la medida de los llamados “Coeficientes de difusión”.
Los coeficientes de difusión se obtienen estudiando la dependencia de la intensidad de
la señal de interés (Ag) en función de la intensidad de los gradientes en experimentos de
tipo espin eco.
Fddddddddddddddddddddddddddddddddd
Se adquieren diferentes espectros 1D utilizando gradientes de diferente intensidad,
manteniendo constantes la duración de los gradientes () y el tiempo de difusión () En
el caso de utilizar gradientes rectangulares,
Ag Ao exp [2g22 (/ 3)D
La dependencia de la intensidad
de la señal en función de la
intensidad de los gradientes da
una función exponencial
La dependencia de ln(A/Ao) da como

resultado una linea recta que permite
determinar el valor de la constante de
difusión D
ln(Ag/Ao) g2  (/ 3 D
Imágenes de tensor de Difusión
En presencia de gradientes, el desfasaje de los espines nucleares es incoherente,

causando una atenuación importante en la señal, el movimiento de las moléculas es
orientado según la forma geométrica del reservorio y la señal decrece en relación de la
difusión en dirección del gradiente aplicado, como también de la duración y separación
entre pulsos.
Principios de Imágenes por tensor de Difusión (DTI)
Difusión Tensor de
Anisotropica Difusión
Seis o mas
componente
s
Dddddddddddddddddddddddddddddddddd
Fdddddddddddddddddddddddddddddddd
Gggggggggggggggggggggggggggggg
Calculo del Tensor de Difusión
lnM / M0     2 g 2 2    / 3 D
TE
M TE   M 0  e T2 bxx Dxx  2 bxy Dxy  2 bxz Dxz b yy D yy  2 b yz D yz bzz Dzz

e
 
 M T  
ln  E
TE
   bxx D xx  2bxy D xy  2bxz D xz b yy D yy  2b yz D yz  bzz D zz
 
 M 0e
T2

ln I xx / I o    bxx D xx
ln I yy / I 0   b yy D yy
ln I zz / I 0    bzz D zz
ln I xy / I 0   bxx D xx  b yy D yy  2bxy D xy
ln I xz / I 0    bxx D xx  bzz D zz  2bxz D xz
ln I yz / I 0   b yy D yy  bzz D zz  2b yz D yz
Difusión Anisotropica
Se determina los autovalores: D1 , D2 , D3 y sus respectivos autovectores. Fracción
Anisotropica (FA) Coeficiente de difusión promedio (ADC).
Fffffffffffffffffffffffffffffffff
Aplicaciones de DTI
El uso de la técnica de difusión anisotropica permiten visualizar la dependencia
direccional con las estructuras, por ejemplo los tractos de materia blanca. Para
armar el Tensor, se requiere por lo menos seis direcciones de difusión mas un T2.
La disfusión anisotropica puede representarse por:
• Mapa de Fracción Anisotropica (FA).

• Mapa de dirección del tensor - código colores RGB.
Visualización del DTI
Código de color
Ffffffff
Ffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffff
Dddddddddddddddddddddddddd
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Data · December 2012

Gerardo Jaimes Miguel Martín-Landrove

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Segmentation of Multimodal Images with Cellular Automata View project

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Gradiente de campo magnético.

Un gradiente se define como un corto periodo de tiempo (del orden de milisegundos)

La consecuencia inmediata es que se produce un desfase de las componentes de la

Si ahora se quisiera detectar señal ésta no se obtendría. Sin embargo la información

Los gradientes según sea su

Un gradiente de campo magnético hace que durante un cierto período de tiempo t el

Que es la Ecuación Fundamental de la RMN de gradientes.

Consideremos unos spines nucleares en la posición r de la muestra, ocupando un

dS G, t    r dV exp ir t 

Sustituyendo la ecuación (1)

dS G, t    r dV expi B0   G  r t 

El desfase de la magnetización transversal provocado por el Gradiente, es más rápido

S t     r exp i  G  r t dr

En el formalismo de espacio – k y usando el concepto de transformada de Fourier y su

S k     r exp i 2  k  r dr (5a)

 r    S k exp  i 2  k  r dk 5(b)

Esta es la relación fundamental para imágenes de “RMN” y Rayos “X”.

La figura muestra en una dimensión la

el espectro para esta señal es:

En buena aproximación podemos observar, que en ausencia de gradientes (figura a),

Evolución de la magnetización durante la excitación selectiva:

y en el sistema rotante tenemos:

El pulso se enciende en t = -T y se apaga en t = T, en el encendido coinciden los dos

Si consideramos que Mx’ y My’ son la parte real e imaginaria de un numero M+

Integrando con respecto al tiempo:

La integral es una transformada simple de Fourier o el espectro de la r.f. con una

Reconstrucción en dos Dimensiones

Fourier Imaging (FI).

Cuando el FID es muestreada en presencia de gradientes, los puntos de señal son

La obtención de la señal S(Kx,Ky) y la

La figura muestra la secuencia para la

La intersección de los planos

Equivalencia ESPACIO K - IMAGEN.

Proyección Reconstrucción (PR):

La integral interna es el filtro de perfil dado por:

r   x cos   y sin   dgsdgsgsdg

En la practica se hace un barrido angular, y cada posición es calculado  (r),

En realidad es un proceso de interpolación y

La figura muestra la reconstrucción de un objeto circular, (fx,fy), por PR. S(t,f) es la

laboratorio, Pf(f) es la transformada unidimensional de Fourier que corresponde a la

Nótese que el elemento de volumen en coordenadas esféricas es k2 dk dd la

Donde r es la componente radial en la dirección del gradiente, entonces

r   x sin co s  y sin sin   z co s  Gggggggggggggg

La figura muestra la secuencia FI y la secuencia de PR tridimensional, no se utiliza la

Sistema cartesiano para el llenado del

Sistema Polar los gradientes son

Uso de ECOS en experimentos de imágenes.

Llenado de la línea Ky=+3.

Propiedades del espacio K.

Esta simetría del espacio K es utilizada en la práctica para reducir el tiempo de

Espacio “q”. Espacio “Kq”.

exp  mB0 / k BTs 

Donde “Ns” es el número de espines por unidad de volumen.

tiempo de cambio del campo dentro de la bobina. Consecuentemente la amplitud es

Esta ecuación predice un cambio de fase en la señal

S  0 K ( B1 / i) xy M 0Vs cos 0t Ghghghghgh

Donde (B1/i)xy es la componente transversal de (B1/i) en el centro de la bobina receptora