Apuntes

Ángulos diédricos promedio calculados en función del tiempo de la mecánica

molecular y la simulación dinámica a 300 K. La curva (A) es para el oligómero de
doce unidades con el grupo de cabeza COOH, y la curva (B) es para el grupo de
cabeza amida que se muestra en la figura 1 (A )

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2940022/
mol new "1abc.pdb" waitfor all

set fp [ open "phi-psi.dat" w ]

set sel [ atomselect $mol "alpha" ]
set n [ molinfo $mol get numframes ]
for {set i 0 } { $i < $n } { incr i } {
$sel frame $i
$sel update
puts $fp "\# frame: $i"
set a [ $sel num ]
for {set j 0 } { $j < $a } { incr j } {
 puts $fp "[expr $j + 1] [lindex [$sel get {resname phi psi}] $j]"
}
}
$sel delete
close $fp
exit
Secondary structure calculation program - copyright by David Keith Smith, 1989
2DXL.atm
HYDROLASE MOL_ID: 1; MOL_ID: 1;
Sequence length - 1626
A A K K
hydrogen bonding Ooi's
strk chain/ l amino u & S structure bridge dihedral angles
donor acceptor donor acceptor N N
num seq.no t acids t S + patterns partners phi psi omega alpha kappa
tco to/energy fr/energy to/energy fr/energy 8 14
1 A 1 MET M e 0 0 999.9 123.3 172.5 999.9 999.9
999.9 0 .0 242 -2.1 0 .0 0 .0 9 38
2 A 2 LEU L E E AA - 241 0 -129.1 120.1 -178.7 -174.5 999.9
169.0 0 .0 43 -3.3 0 .0 44 -1.1 11 43
3 A 3 LEU L E E AAb - 240 44 -116.7 133.3 170.7 -151.1 18.7
160.3 240 -3.2 240 -2.6 0 .0 5 -.7 12 57
4 A 4 ALA A E E AAb - 239 45 -98.4 115.0 -174.0 -166.1 22.9
157.6 44 -2.3 46 -2.7 0 .0 6 -.6 13 61
5 A 5 HIS H E E AAb + 238 46 -113.9 111.2 176.0 163.3 15.5
155.4 238 -3.5 238 -2.5 3 -.7 0 .0 12 74
6 A 6 ILE I E E A b - 0 47 -118.5 165.3 -174.2 -171.0 11.8
143.3 46 -3.1 48 -1.7 4 -.6 0 .0 17 78
7 A 7 SER S + 0 0 -152.5 158.5 166.2 24.5 49.7
168.3 0 .0 215 -1.5 0 .0 0 .0 17 76
8 A 8 ASP D + 0 0 54.9 54.3 -179.7 167.0 51.6
28.6 0 .0 216 -.5 0 .0 0 .0 16 78
9 A 9 THR T - 0 0 -69.5 -32.1 175.2 -161.9 22.4
38.4 0 .0 0 .0 0 .0 0 .0 14 79

set sel [atomselect top all]

# Determine the symmetry
 set result [measure symmetry $sel]
# Create array 'symm' containing the results
array set symm $result
# Print selected elements of the array
puts $symm(pointgroup)
puts $symm(order)
puts $symm(elements)
puts $symm(axes)
# Set atoms of selection to ideally symmetric coordinates
$sel set {x y z} $symm(ideal)

Ángulos diedros

Los ángulos diedros miden el ángulo entre cuatro átomos.

Haga clic aquí para ver los resultados de la simulación de estado oscuro.

Haga clic aquí para ver los resultados de la simulación de estado de luz.

Haga clic aquí para ampliar

El cálculo de los ángulos diedros es muy similar a la medida de la distancia. Primero cargamos el
.psf y el .dcd en VMD.

En la ventana que muestra la proteína, haga zoom sobre la región de interés, presione "4" en su
teclado y seleccione los cuatro átomos dentro de los cuales le gustaría calcular el ángulo diedro.
Luego, abra la "etiqueta" de la ventana de VMD, seleccione el diedro, haga clic en el diedro
creado, haga clic en la pestaña "Gráfico" y finalmente guarde los datos calculados.
http://2009.igem.org/Team:EPF-Lausanne/Analysis_methods
http://www.rcsb.org/structure/2WXC

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022283609005762?via%3Dihub

https://books.google.com.pe/books?id=TRD112Ay7IUC&pg=PA323&lpg=PA323&dq=2-
oxoglutarato+reductasa+(OGDH)+e+coli&source=bl&ots=-m2I-
hGnfn&sig=ACfU3U1ss861MJjntvQu7C09buc1qESh5Q&hl=es&sa=X&ved=2ahUKEwih3rTyt-
TiAhVFmlkKHZI-A9QQ6AEwAHoECAgQAQ#v=onepage&q=2-
oxoglutarato%20reductasa%20(OGDH)%20e%20coli&f=false

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2268148/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20816989

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3988381/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22216970

Referencia

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identification of downhill protein folding. Science. 2002;298:2191–2195.
14. Oliva FY, Muñoz VA. A simple thermodynamic test to discriminate between two-state
and downhill folding. J Am Chem Soc. 2004;126:8596–8597.

https://www.academia.edu/9325829/Efecto_termodin%C3%A1mico_en_la_desnaturalizaci%C3%
B3n_de_las_prote%C3%ADnas

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2225910

https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja01074a013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4620440/

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3116658/

https://es.wikipedia.org/wiki/Precipitaci%C3%B3n_salina

https://en.wikipedia.org/wiki/Denaturation_(biochemistry)
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/adts.201800163

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4817497/

https://link.springer.com/article/10.1007/BF02699110

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/adts.201800163