3.

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Andrés Hernández Ortega Cód. 164003510
Trabajo Final: Sistemática y Evolución
Tarea 1: (0.625/0.625)
Establecer el modelo de sustitución nucleotídica que mejor se ajusta a los datos (Basileuterus.phy), para esto escogemos la
herramienta de CIPRES: jModelTest2 on XSEDE.
-Según el criterio de AIC, ¿cuál es el mejor modelo para el set de datos?, ¿cuantos parámetros utiliza?

R/: El criterio
una medida
Figura 1.0 Mejor Modelo
estadístico, p
tal, el AIC pro
del modelo.
 Pegue la tabla con los resultados de AIC  El me
para los 10 primeros modelos model
 El nú
model
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

Figura 2.0 Listado de los 10 mejores modelos

Tarea 2 (0.5/0.625)
Utilizar la herramienta de CIPRES: RaxML-HPC2 on XSEDE para obtener la inferencia filogenética del árbol, usando máxima
verosimilitud y boostrap No se leen bien las letras y los soportes

Cesar Huila Quindío

Cauca Pasco Cajamarca

Bolívar

Figura 3.0 Árbol generado en Figtree v1.4.3 con los datos de RAxML_bipartitions.MLbasileuterus
Tarea 3 (0.5/0.625)
Utilizar la herramienta de CIPRES: herramienta MrBayes on XSEDE para obtener la inferencia filogenética del árbol, usando
inferencia Bayesiana y probabilidad posterior No se leen bien las letras y los soportes

Figura 4.0 Árbol generado en Figtree v1.4.3 con los datos de Bayes291A.con.tre
 Pegue las imágenes de Tracer donde están los estadísticos y estimados de los datos. (0.625/0.625)

Figura 5.0 Diagrama de Tracer con el archivo Bayes291A.run1.p

Figura 6.0 Diagrama de Tracer con el archivo Bayes291A.run2.p
Figura 7.0 Diagrama de Tracer con el archivo Bayes291A.run3.p
Figura 8.0 Diagrama de Tracer con el archivo Bayes291A.run4.p
Figura 9.0 Diagrama de Tracer con el archivo Combined
Cuestionario:
1. ¿Hay diferencias entre la inferencia filogenética del grupo Basileuterus utilizando ML y IB? (0.625/0.625)
Al comparar los 2 árboles, se puede observar que las relaciones filogenéticas son las mismas, pues une los taxones en
clados de las misma topología, por ejemplo presentan la misma politomia con respeto a los 4 taxones Basileuterus
tristriatus auricularis, debido que no se han esclarecido las relaciones filogenéticas de estos, por lo tanto ambos
arboles no están completamente resueltos; además los clados que se encuentran muy bien soportados en boostrap,
también están bien soportados en el árbol con probabilidad posterior, por consiguiente, aquellos clados que no presenten
valores significativos en boostrap, están poco soportados por probabilidad posterior.
2. ¿Cuántos clados forma el complejo Basileuterus tristiatus?, con que soportes de boostrap y probabilidad
posterior? (0.0/0.625)
El número de clados que forman el complejo de Basileuterus tristiatus son 12 (ver figura 10 – Pág.11) y poseen los
siguientes soportes de boostrap y probabilidad posterior (ver figura 11 – Pág. 11).
En realidad son DOS clados con soporte de 100 de boostrap y 1 de probabilidad posterior, el primer clado esta formado por dos
clados un clado con 4 individuos del Cesar y el segundo clado con 2 individuos del Huila

El segundo clado esta formado por dos clados, el primero con dos individuos de Bolívar y el segundo con dos individuos de Peru

3. ¿Estos clados reflejan la distribución geográfica de los individuos? ¿Hay congruencia? (0.4/0.625)
Si, los clados reflejan la distribución geográfica, debido a que las relaciones filogenéticas más cercanas están ligadas a la ubicación
cercana de los individuos. Entonces si hay congruencia, y la historia evolutiva de estos taxones se ha moldeado por el proceso de
distribución de los individuos al explorar nuevos áreas. Por lo que se podría inferir que el género Basileuterus, ha presentado
procesos de especiación peripátrica? Como se ve esto en el árbol?.
4. ¿Cuál sería su propuesta taxonómica para los individuos B_tris3 y B_tris15, teniendo en cuenta las relaciones que
presenta en los árboles y su distribución geográfica? (0.4/0.625)
Los individuos B_tris3 y B_tris15 inicialmente se encontraban en Perú, como un solo taxón, pero algunos individuos de esta área
geográfica (de este taxón), amplio su rango de distribución y se estableció en otra área geográfica, (Colombia). Durante dicho
proceso se expuso a cambios que pudieron consistir en desarrollo a estrés biótico o abiótico como llega a esta conclusión desde los
árboles, que influyeron en su evolución, pues se adaptaron a sus nuevas condiciones y así se fue generando la divergencia en dos
nuevos taxones (B_tris3 y B_tris15).

Es probable que estas muestras de Bolívar, sean una especie nueva, ya que están aisladas, seria bueno tener más muestras, y utilizar
más marcadores para mejorar la resolución de las relaciones
 Clado Valores
Color Boostrap Prob. posterior
100 0,9972
92-64-28 0,9952
99 0,9965
93 0,9861
100 1
100 1
98 1
100 1
52 0,6546
99 0,9022
55 0,6771
100 1
Figura 11.0 Clados señalados con respectivo color, seguido
de sus valores de boostrap y probabilidad posterior.
Figura 10.0 Clados que forman el complejo
Basileuterus tristriatus