MUESTREO MICROORGANISMOS

Técnica 22. Densidad y biomasa de bacterias fluviales

Técnica 23. Biomasa de hongos

Técnica 24. Comunidad microbiana: métodos moleculares de estudio de la biodiversidad

Técnica 24a. toma, procesado y conservación de muestras

Técnica 24b. Extracción, purificación y conservación del DNA

Técnica 24c. Amplificación del DNA (PCR)

Técnica 24d. Separación del DNA por DGGE

Técnica 24e. Clonación

Técnica 24f. Secuenciación y asignación filogenética

Técnica 25. Evaluación de la diversidad de los hongos acuáticos

1 Bacterias
Densidad y biomasa de bacterias fluviales:

Figura 1. hilo y asa de siembra

Figura 2. Espátula de Digralsky

 Figura 3. Placa de Petri

Tinción DAPI

Microautoradiografia (MAR):

Hibridación in situ con marcador fluoresente (FISH):

Caculo de la densidad bacteriana:

𝑛° 𝑏𝑎𝑐𝑡𝑒𝑟𝑖𝑎𝑠 𝑛(𝐴⁄𝑎𝑡)𝑑(𝑉𝑚⁄𝑉𝑓)
2
=
𝑐𝑚 𝑆

Parámetros
𝑛 Número total de bacterias contadas por el filtro
𝐴 Área de filtración (un poco menor que la total del filtro y calculada a partir de la columna de
filtración)
𝑎𝑡 Área del filtro contada (equivalente al número total de campos contados por superficie contada del
campo)
𝑑 Factor de dilución
𝑉𝑚 Volumen total de la muestra
𝑉𝑓 Volumen de la submuestra teñida
𝑆 Superficie de la submuestra del campo

2 Hongos
Análisis de ergosterol

Tasa de esporulación: La tasa de esporulación de hifomicetos informa sobre las actividades reproductoras
de los hongos en hojas en descomposición
3 Biodiversidad
Análisis de ADN

Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)

Separación electroforética:

 Electroforesis en gel con gradiente químico desnaturalizante (DGGE)

 Electroforesis en gel con gradiente de temperatura (TGGE)

Polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (RFLP)

polimorfismos en la longitud de fragmentos amplificados (AFLP)