Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva ( 2014), 64, 60-65 DOI 10.1099 / ijs.0.

054098-0

dentisani Streptococcus sp. nov., un nuevo miembro del grupo

mitis
Anny Camelo-Castillo, 3 Alfonso Benı 'tez-Pa'ez, 3 Pedro Ferre-Belda,
Rau' l Cabrera-Rubio y Alex Mira

Correspondencia Laboratorio microbioma oral, Genómica y el Departamento de Salud - Centro de Investigación en Salud Pública
Alex Mira (CSISP-FISABIO), Valencia, España
mira_ale@gva.es

Se realizaron estudios genómicos, taxonómicos y bioquímicos en dos cepas de un- haemolíticos que les enseñó a ser agrupado
con los principales miembros de la Streptococcus mitis
grupo. Estas cepas Gram-mancha-positivos se aislaron de las superficies del diente de los seres humanos libres de caries y

mostraron la forma esférica clásica de especies de estreptococos que crecen en cadenas. El análisis de secuencias de gen 16S y 23S

rRNA concatenado y Soda genes mostraron que estas cepas pertenecían al grupo mitis, pero ambos de ellos agrupados en una nueva

rama filogenética. Los genomas de estos dos aislados se secuenciaron, y de todo el genoma de identidad de nucleótidos promedio

(ANI) demostraron que estas cepas difieren significativamente de cualquier especie de estreptococos, que muestra los valores de ANI

bajo 91% incluso cuando se compara con la especie filogenéticamente más próximos, tales como Streptococcus oralis y S. mitis. Bioquímicamente,

los dos aislados también mostraron distinta características metabólicas en relación con las especies estrechamente relacionadas,

como un- actividad galactosidasa. A partir de los resultados del presente estudio, el nombre dentisani Streptococcus sp. nov. se

propone para acomodar estas nuevas cepas, que han sido depositados en colecciones abiertas en la Colección Española de Cultivos

Tipo (CECT) y Collection Leibniz Institute DSMZ-Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares (DSMZ), siendo identificado

respectivamente como dentisani Streptococcus Str. 7746 ( 5 CECT 8313 5 DSM 27089) y dentisani Streptococcus Str. 7747 T ( 5 CECT

8312 T 5 DSM 27088 T).

el género Estreptococo comprende un gran número de especies, algunas de
ellas identificada como patógenos humanos y animales domésticos. No
obstante, las especies del género
Estreptococo también tienen efectos positivos sobre la salud humana, y algunos de
ellos han comenzado a utilizarse como probióticos en los trastornos del intestino
humano (Hempel et al., 2012). Hoy en día, más de 70 especies se clasifican como
miembros del género
Estreptococo pero la identificación de los aislamientos es todavía ambigua dada
la baja especificidad de los métodos de tipificación tradicionales (Jensen et al., 1999;
Kikuchi et al., 1995). En particular, la identificación de especies estrechamente
relacionadas que pertenece al grupo mitis de un- hemolítica o estreptococos
viridans puede resultar difícil incluso utilizando el enfoque de la hibridación
clásica de ADN-ADN (Kikuchi et al., 1995).
3 Estos autores contribuyeron igualmente a este estudio.
abreviaturas: ANI, promedio de identidad de nucleótidos; Anib, ANI obtiene usando EXPLOSIÓN; Anim,
ANI obtiene usando MUMmer. Los números de acceso GenBank / EMBL / DDBJ para
el proyecto
secuencias del genoma de dentisani Streptococcus Str. 7746 y Str. 7747 T son
CAUJ01000001-CAUJ01000008 y CAUK01000001- CAUK01000006, respectivamente.
Aquellos por secuencias de genes de ARNr the16S de las dos cepas son HG315101 y
HG1315102, respectivamente; los de las secuencias del gen 23S rRNA son HG315103 y
HG315104, respectivamente.
Una figura complementario está disponible con la versión en línea de este documento.
Este grupo de organismos estreptocócicos se han generalizado en la
cavidad oral humana y asociado con el estado saludable (Belda-Ferre et al. 2012)
en oposición a los miembros de los estreptococos mutans, que se sabe que
son acidogénica y se ha demostrado estar implicado en la caries dental y la
caries dental (Loesche et al., 1975). Dado el alto grado de similitud a nivel de
genética y fisiológica observada en los miembros del grupo mitis, diferentes
enfoques moleculares se han desarrollado o mejorado con el fin de
identificar de manera eficiente los aislados clínicos (Kilian et al., 2008). Entre
ellos, estudios filogenéticos del gen 16S rRNA (Bentley et al., 1991) siguen
siendo ampliamente utilizados para establecer las relaciones genéticas
dentro del género Estreptococo.
Sin embargo, el estudio de otros marcadores moleculares ha sido propuesta como
una alternativa al análisis de genes 16S rRNA o para ser utilizado de una manera
combinada para mejorar la identificación de especies. Esos marcadores incluyen
análisis de rnpB
(Tapp et al., 2003), tuf ( Picard et al., 2004), rpoB
(Drancourt et al., 2004) y en particular Soda ( Poyart
et al., 1998) los genes. Enfoques para determinar las secuencias de tales marcadores
definitivamente han mejorado la identificación de especies y las limitaciones de
estreptococos en términos de uso y el coste están siendo superar rápidamente con
enfoques de secuenciación de nueva generación (Innings et al., 2005). secuenciación
masiva y paralela ha permitido a los investigadores para obtener secuencias de todo
el genoma de bacterias en pocos días después de refinado

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procesamiento de la información. Por lo tanto, las comparaciones de todo el
genoma de aislados microbiológicas de relevancia clínica o biotecnológico
tienden a ser la mejor manera para determinar su posición filogenética en un
grupo específico de microorganismos, en sustitución de los enfoques clásicos,
tales como ADN de ADN de hibridación (Konstantinidis y Tiedje, 2005a; Richter &
Rossello' -Mo' ra, 2009). Como consecuencia, durante el presente estudio
taxonómico hemos realizado wholegenome secuenciación de dos aislamientos a
partir de superficies de los dientes humanos libres de caries. En este manuscrito,
presentamos fenotípica y las comparaciones genéticas de los genes 16S rRNA,
23S rRNA genes y Soda genes, así como análisis genómico de nivel de conjunto,
que nos han llevado a proponer una nueva especie del género Estreptococo.
la placa dental supragingival de individuos adultos que nunca habían sufrido
de caries dental se obtuvo con excavadoras de cuchara estériles desde
vestibular y lingual superficies de los dientes. muestras de biofilm oral se
resuspendieron en solución salina tamponada con fosfato estéril (0.137M
NaCl, 0,003 m KCl, 0,010 M Na 2 HPO 4, 0,018 M KH 2 correos 4, pH 7,5) y
desglosados ​por breve agitación en vórtex y pipeteo repetido. Pequeñas
alícuotas de la suspensión de células fueron luego se extendió uniformemente
sobre Brain-Heart Infusion (BHI), Blood Agar chocolate (CBA), Luria-Bertani
(LB) y caldo de soja tríptico (TSB) placas (de acuerdo con DSMZ fórmulas
medios para
Estreptococo sp. culturas; www.dsmz.de) bajo condiciones aeróbicas a 37 u C.
Cada colonia individual aislado fue objeto de cribado a gran escala para
detectar la inhibición del crecimiento de las especies cariogénicas Streptococcus
mutans UA159. Se seleccionaron dos colonias aisladas de diferentes
individuos para su posterior análisis dada su capacidad para formar halos de
inhibición en placas de BHI donde S. mutans UA159 había sido difundida
previamente utilizando hisopos estériles. Los aislados con actividad
antimicrobiana en S. mutans se purificaron mediante varios pases sobre
placas BHI y fueron enviados a la Type Culture Collection español (CECT),
donde se almacenaron y se identificaron como dentisani Streptococcus sp.
nov. Str. 7746 ( 5 CECT 8313) y S. dentisani Str. 7747 T ( 5 CECT 8312 T). Se
solicitó un segundo depósito a la Colección DSMZ-alemán Leibniz Instituto de
Microorganismos y Cultivos Celulares (DSMZ) donde S. dentisani Str. 7746 y
S. dentisani Str. 7747 T cepas fueron identificadas como DSM 27089 y DSM
27088 T, respectivamente. Los rasgos bioquímicos se determinaron con el
API 20 Strep y API 50 CHL tiras (bioMe'rieux) según las instrucciones del
fabricante.
S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T cepas se cultivaron durante la
noche en placas de BHI para preparar el inóculo de células en el medio de
suspensión API con la densidad óptica apropiada demandada por este
procedimiento. En la tira API20, primeras lecturas se obtuvieron después de 4 h
de incubación a 37 u C en una atmósfera humidificada, y la segunda lectura
(cuando se requiera) se obtuvo después de 24 h. En el kit API50 CH, las
lecturas se obtuvieron a las 24 y 48 h después de la incubación. Pruebas
positivas y negativas se evaluaron de acuerdo con el código de color indicado
por el sistema API. A efectos de comparación, Streptococcus mitis ATCC 49456 T,
Streptococcus oralis ATCC 35037 T, Streptococcus sanguinis ATCC 10556 T,
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caracterización de dentisani Streptococcus
Streptococcus salivarius ATCC 7073 T y infantis Streptococcus JCM 10157 T
se obtuvieron de la DSMZ (Braunschweig, Alemania).
Bajo examen microscópico después de la tinción de Gram, tanto
S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T células muestran tinción
Gram-positivas y forma esférica, que crece en cadenas cortas (de dos a seis
células por cadena). S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T formado
punta de alfiler colonias blancas en placas de BHI a 37 u C en condiciones
aerobias después de 48 h de incubación con un tamaño de la colonia media de
1,5 mm de diámetro. En Columbia sangre placas (CB), el CECT 8313 y CECT
8312 T cepas mostraron un- hemólisis después de 48 h de incubación a 37 u C en
condiciones aerobias. Después de las pruebas de diferentes medios de
comunicación, S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T células crecieron
más rápidamente en medios BHI suplementado con 1% de glucosa en un rango
de temperatura entre 34 u C a 40 u C en condiciones aerobias, pero normal de
crecimiento también se alcanzó bajo anaerobiosis. Su pH óptimo osciló entre 6,0
y 7,5, y se logró el crecimiento hasta que esta se redujo a pH 5,5. Los rasgos
bioquímicos para S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T
y cinco cepas de tipo de especies relacionadas se determinaron utilizando
dos conjuntos de reactivos disponibles comercialmente. rasgos bioquímicos
diferenciales entre todas las cepas ensayadas se enumeran en la Tabla 1.
En la base de este perfil bioquímico, que comprende un total de 56 rasgos
metabólicos, un dendrograma se obtuvo (Tabla 1, en la parte superior) en
la que el S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T agrupados, de
acuerdo con los análisis filogenéticos y genómicos. Al mismo tiempo,
ambas cepas se agruparon con especies del grupo mitis del género Estreptococo,
reforzando su relación evolutiva con estos otros miembros-orales derivada
del género Estreptococo. Notablemente,
S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T metabolizar la lactosa claramente
como la mayoría de los otros estreptococos mitis, y en el mundo que parecen ser
capaces de utilizar varios sacáridos como fuentes de carbono. Además, la
actividad de un- galactosidasa se presenta como un rasgo específico de S.
dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747, un rasgo que se confirmó a nivel
genético mediante la detección del gen correspondiente en el
S. dentisani genoma. Por otro lado, la actividad de fosfatasa alcalina es uno de los
rasgos metabólicos para que S. dentisani se asemeja S. oralis. Aunque las pruebas
API indicaron incapacidad de fermentar la glucosa, se realizó una prueba
independiente usando medio de GP (pH 7,8) con 1% de glucosa como la única
fuente de carbono, que contiene rojo de fenol como indicador de pH. Después de
24 h, ambas cepas de S. dentisani fueron capaces de fermentar la glucosa, como
se indica por un cambio de color.
El ADN genómico de S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani
Str. 7747 T se purificó a partir de cultivos durante la noche en medios BHI
usando un kit MasterPure DNA Extraction (MCD85201; Epicenter).
Inicialmente, aproximadamente el 5 metro g de ADN genómico fue
fragmentado y se sometió a secuenciación singleended utilizando un GS
FLX instrumento 454 pirosecuenciación (Roche). secuenciación adicional
se realizó con la química de titanio siguiendo el protocolo par-fines, de
acuerdo con las instrucciones del fabricante. Mala calidad
61
A. Camelo-Castillo y otros

Tabla 1. rasgos bioquímicos de S. dentisani sp. nov. Str. 7746 y Str. 7747 T mediante la aplicación JSpecies v1.2.1 (ra Richter & Rossello' Mo', 2009). Para
la comparación, se utilizaron 65 completo y 72 proyectos de genomas [del
Proyecto del microbioma humano (HMP)] de especies del género Estreptococo disponible
Cepas: 1, Str. 7746; 2, Str. 7747 T; 3, S. mitis ATCC49465 T; 4, S. oralis
en el GenBank.
ATCC35037 T; 5, S. sanguinis ATCC 10556 T; 6, S. infantis JCM 10157 T;
7, S. salivarius ATCC 7073 T. C, rasgo incluido en el API 50 CH tira;
S, rasgo incluido en la tira Strep API 20. 2, Reacción negativa; +, Reacción positiva; (+), Después de la secuenciación y de novo reunión de S. dentisani Str. 7746 y S.
La reacción débilmente positiva. Sólo los rasgos para los cuales no se incluyen son las dentisani Str. 7747 T genomas, se obtienen los proyectos de genomas de 1 981
diferencias entre las cepas. 087 nt y 1 884 389 nt, respectivamente. El contenido de ADN G + C para
ambas cepas se calculó que era 40,8% en moles, siendo muy similar a otros
Rasgo 1 2 3 4 5 6 7 valores de contenido de DNA G + C de las especies que pertenecen al grupo
mitis del género Streptococcus ( Kawamura et al.,
La amígdala (C) 222222+
Arbutina (C) 222222+
La inulina (C, S) 2 2 2 2 (+) 2 2 1998). Los valores Anib y Anim resultantes de
Lactosa (C, S) + + + + (+) + 2
La maltosa (C) 2 + + + + (+) +
La rafinosa (C, S) (+) (+) + 2 2 2 (+) Tabla 2. Análisis medio identidad de nucleótidos entre
Ribosa (C, S) 22+2222 dentisani Streptococcus sp. nov. y especies del género
El almidón (C, S) 2 2 2 2 2 2 (+) Estreptococo para los que las secuencias completas están disponibles
La trehalosa (C, S) 2 2 2 + (+) 2 +
un- Galactosidasa (S) (+) (+) 2 2 2 2 2 Cepas: 1, Str. 7746; 2, Str. 7747. valores Anib corresponden a análisis ANI usando el EXPLOSIÓN herramienta

La fosfatasa alcalina (S) + (+) 2 + 2 2 2 para la alineación de la secuencia mientras que Anim representan valores obtenidos con la

VP-reacción (S) 222222+ herramienta MUMmer. Cuando varios valores de ANI se obtuvieron de diferentes cepas que

segundo- Glucosidasa (C, S) 2 2 2 2 (+) 2 (+) pertenecen a una misma especie, se informa el valor medio ANI.

La celobiosa (C) 222222+

La fructosa (C) (+) (+) + + + + 2
La galactosa (C) 2 (+) + + + + 2 Colar para la comparación Anib (%) Anim (%)
Gentiobiosa (C) 222222+
La glucosa (C) * 22++++2 1 2 1 2

ácido hipúrico (S) 22222+2

dentisani Streptococcus Str. 7746 100 94 100 94
Manosa (C) 2 (+) (+) + + + 2
dentisani Streptococcus Str. 7747 T 94 100 94 100
Metilo segundo- RE- xilopiranósido (C) 22++++2
Streptococcus oralis 91 91 92 92
Streptococcus mitis 87 87 90 90
Sacarosa (C) 2 (+) + + + + 2
pseudopneumoniae Streptococcus 86 86 88 88
steotococos neumonia 85 85 88 88
* Aunque tiras API dieron un resultado negativo, ambas cepas aparecieron para fermentar glucosa en
infantis Streptococcus 81 81 86 86
una prueba diferente después de 24 h de incubación, así como la S. salivarius tipo de cepa. Todos
peroris Streptococcus 81 81 86 86
los rasgos se basan en el uso de los metabolitos mencionados como fuente de carbono a excepción
oligofermentans Streptococcus 75 75 88 88
de los descritos como ácido hipúrico y fosfatasa alcalina.
cristatus Streptococcus 75 75 89 89
Streptococcus sanguinis 75 75 87 88
Streptococcus gordonii 75 74 88 88
australis Streptococcus 74 75 87 88
parasanguinis Streptococcus 74 74 87 87
lee se filtraron y recortado. de novo genoma de montaje fue asistido por
Streptococcus intermedius 73 73 86 86
Newbler (454 Life Sciences). Ocho y seis andamios de ADN se obtuvieron,
Streptococcus constellatus 73 73 86 86
respectivamente, para S. dentisani
anginosus Streptococcus 73 73 86 86
Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T con tamaños entre 2000 y 1 100 000 nt.
Streptococcus salivarius 72 72 87 86
Esos andamios se presentaron al Archivo de nucleótidos Europea (ENA) Streptococcus infantarius 71 71 86 86
en el EMBL-EBI través de su plataforma Webin para el acceso público. Streptococcus suis 71 71 85 85
pasteurianus Streptococcus 71 71 85 86
Streptococcus equinus 71 71 86 86
Para más estudios para aclarar la relación de S. dentisani
Streptococcus pyogenes 71 70 86 86
Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T con especies estrechamente
Streptococcus gallolyticus 71 71 86 86
relacionadas, como S. oralis y S. mitis y para definir su grado de identidad a
Streptococcus dysgalactiae 70 70 86 86
nivel de ADN, se realizó un análisis promedio de identidad de nucleótidos
Streptococcus mutans 70 70 85 85
(ANI) (Konstantinidis y Tiedje, 2005a) a través de comparaciones de todo el downei Streptococcus 70 70 86 87
genoma. Los valores Anib y Anim (Konstantinidis y Tiedje, 2005a), basados Streptococcus agalactiae 70 70 85 85
​en BLAST ( Altschul et al., 1990) y MUMmer (Kurtz Streptococcus uberis 70 70 87 86
Streptococcus equi 70 70 85 85
et al., Comparaciones 2004), respectivamente, se calcularon

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comparaciones con más de 130 genomas completos o de tiro de especies
del género Estreptococo se enumeran en la Tabla 2. Los valores de ANI de
aproximadamente 94-96% se han establecido para representar el límite
para que circunscribe taxonómicamente especies procarióticas
(Konstantinidis y Tiedje, 2005a). Al mismo tiempo, esos valores se han
demostrado para reflejar el rango de hibridación ADN-ADN de
aproximadamente 70% clásicamente adoptado como el límite para las
especies procariotas novedosos (Goris et al., 2007; Konstantinidis y Tiedje,
2005a, b; Richter y Rossello' -Mo' ra, 2009). A nivel mundial, se obtuvieron
altos valores Anib y Anim cuando S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str.
7747 T
genomas fueron alineadas con genomas de especies que pertenecen al grupo
mitis. Por lo tanto, las relaciones dan a conocer a partir de 16S y 23S rRNAs y Soda
genes están soportados por una identidad de secuencia a nivel genómico entre
diferentes especies del género Estreptococo utilizado para este análisis
comparativo. En particular, S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T
mostraron los valores más altos de ANI en comparación con S. oralis
(Tabla 2). No obstante, los valores de ANI obtenidos a partir de todas las
comparaciones fueron muy por debajo del límite para que circunscribe nuevas
especies de procariotas (Goris et al., 2007; ra Richter & Rossello' -Mo', 2009),
incluso con comparaciones más conservadores
como que realizaron utilizando el
alineador MUMmer. Sin embargo, S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str.
7747 T mostró un valor de ANI de 94% entre sí y por lo tanto, proponemos
que estos dos microbiana oral aísla aquí caracterizado son diferentes
cepas de
S. dentisani sp. nov.
los Soda, 16S y 23S genes fueron identificados en las secuencias del genoma y
se extrajeron para el análisis. los FASTA- secuencias de ADN con formato de la
superóxido dismutasa de Mn-dependiente ( Soda), genes de genes 16S y 23S
ARNr de varias especies del género Estreptococo fueron obtenidos de
GenBank mediante el acceso a los siguientes registros: NC_004116.1 ( Streptococcus
agalactiae 2603V / R), NC_012891.1 ( S. dysgalactiae subsp. equisimilis SGG
124), NC_002737.1 ( S. pyogenes M1 GAS), NZ_AENS00000000.1 ( S.
pseudoporcinus
SPIN 20026), NZ_AEUU00000000.2 ( S. porcinus Jelinkova
176), NC_012004.1 ( S. uberis 0140J cepa), NC_015558.1 ( S. parauberis KCTC
11537), NC_012471.1 ( S. equi subsp. equi
4047), NC_009442.1 ( S. suis cepa 05ZYH33), NC_015678.1 ( S.
parasanguinis ATCC 15912 T), NZ_AEQR00000000.1 ( S. australis ATCC
700641 T), NZ_AFNN01000000 ( S. infantis
SK1076), NZ_AEVF00000000.1 ( S. peroris ATCC 700780 T),
NZ_AEEP00000000.1 ( Estreptococo taxón oral de 071 cepa 73H25AP),
NC_015291.1 ( S. oralis Uo5), NC_003028.3 ( S. pneumoniae TIGR4),
NC_013853.1 ( S. mitis cepa B6), NC_
009.785,1 ( S. gordonii Challis), NC_009009.1 ( S. sanguinis SK36 cepa),
NZ_AEVC00000000.1 ( S. cristatus ATCC 51100 T),
NZ_AEKN00000000.1 ( S. downei F0415), NC_004350.2 ( S. mutans UA159
cepa), NZ_AFIM00000000.1 ( S. anginosus
SK52 T), NC_006449.1 ( S. thermophilus cepa CNRZ1066),
NZ_ACLO01000000 ( S. salivarius SK126), NZ_AEVI00000000.1 ( S.
vestibular ATCC 49124 T), NC_015215.1 ( S. gallolyticus
ATCC BAA-2069), NC_015600.1 ( S. pasteurianus ATCC
43144), NZ_AEEL00000000.1 ( S. bovis ATCC 700338),
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caracterización de dentisani Streptococcus
NZ_AEVB00000000.1 ( S. equinus ATCC 9812 T), NZ_ ABJK00000000.2 ( S.
infantarius ATCC BAA-102 T) y NZ_AEUV00000000.2 ( S. criceti HS-6).
Alineación de secuencias múltiples se realizó mediante algoritmos de
refinamiento iterativas implementadas en MAFFT y herramientas ProbCons
(interés et al., 2005; Katoh et al., 2002). Los 16S y 23S rRNA genes múltiples
alineaciones se concatenan previamente por un enfoque filogenético.
modelos de sustitución de ADN se analizaron utilizando el jerárquica
probabilidad cálculo prueba de razón después de
extensas pruebas modelo de sustitución (Guindon et al., 2010; Posada, 2008;
Stamatakis, 2006). La topología del árbol se calculó usando el vecino más
cercano Interchange (NNI) método y rama longitudes fueron apoyados por los
resultados de máxima verosimilitud. árboles de formato Newick se visualizaron
y se editan con la función ETE basado en Python (Huerta-Cepas et al.,
2010).
posición filogenética de la S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T fue
estudiada en profundidad mediante la reconstrucción de árboles sobre la base de
dos marcadores moleculares relevantes tales como Mndependent gen de la
superóxido dismutasa y las secuencias de longitud completa de genes 16S rRNA.
Después de estos análisis, ambas cepas fueron siempre agrupados juntos y
separados por distancias genéticas cortos entre ellos, lo que indica que podrían
pertenecer a una sola especie (Fig. 1). Simultáneamente, también se agrupan
con especies del grupo mitis del género Estreptococo como S. mitis, S. oralis, S.
pneumoniae
y S. peroris ( Figura 1). Aunque las relaciones cercanas se representan a
nivel de gen rRNA (Fig. 1a), los resultados globales indican que S. dentisani
Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T parece representar una nueva especie
del género
Estreptococo muy estrechamente relacionado con S. oralis y que pertenece al
grupo de los estreptococos mitis el origen oral viridans. Dado el bajo grado de
variabilidad en el 16S rRNA dentro del grupo mitis, un árbol adicional fue
reconstruido con las secuencias concatenadas de genes 16S y 23S ARNr de
longitud completa (Fig. S1, disponibles en IJSEM en línea), que contiene más
de dos veces el número de sitios informativos. Este árbol mostró prácticamente
las mismas relaciones filogenéticas, con cepas 7746 y 7747 T agrupación juntos
y S. oralis, S. mitis, S. pneumoniae y S. peroris como los familiares más
cercanos.
Los miembros del grupo de los estreptococos mitis son bien conocidos por la
diversidad genética intraespecífica significativa (Kilian et al.,
2008). Por lo tanto, se requieren pruebas de coherencia significativa entre
las cepas de evidencia sólida de una nueva especie dentro del grupo. En
este informe, muestran la coherencia en tres niveles: (i) filogenéticos (rRNA
y Soda filogenias de genes muestran una agrupación distinta con distancias
rama más pequeñas en las dos cepas); (Ii) metabólica (un dendrograma
basado en 56 rasgos metabólicos coloca las dos cepas en un grupo aparte
de otras especies probado); y (iii) genómicas (valores ANI entre las dos
cepas indican que están más estrechamente relacionados entre sí que a
cualquier otra especie del género Estreptococo). La brecha existente entre
observó S. dentisani cepas y otros estreptococos secuenciado además
demuestra que las cepas 7746 y 7747 T
pertenecen a la misma especie, ya que es precisamente este vacío o
discontinuidad entre los aislados que da apoyo a la
63
A. Camelo-Castillo y otros

(un) 1.39
Lactobacillus casei BL23
Streptococcus suis 05ZYH33
1,18E-06

0,0841
Streptococcus equi 4047

1
0,00375
Streptococcus uberis 0140J
Streptococcus parauberis KCTC 11537
0,0176 0.0151 0,0272

0,0095

0,0105
0,0145
porcinus Streptococcus Jelinkova 176
0.00198
0,0159
pseudoporcinus Streptococcus 20026 SPIN
1.39 0,0125
Streptococcus pyogenes GAS M1
0,0138

0.0191
0,0211
Streptococcus agalactiae 2603V / R
0,017
Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis SGG 124
0,0313
0,074
downei Streptococcus F0415
0,0193
0,0728
Streptococcus mutans UA159
0.0765
0.009322e-07
anginosus Streptococcus SK52 T
0,0315
0.00546
Streptococcus gordonii Challis
0,0131
0,0218
cristatus Streptococcus ATCC 51100 T
0,0253
0,0236
oligofermentans Streptococcus AS 1.3089 T
0,0334
0,0153 0,0134
parasanguinis Streptococcus ATCC 903
Streptococcus sanguinis SK36
australis Streptococcus ATCC 700641 T
0.00837
0,0155

7e-08
0,0254
infantis Streptococcus SK1076
0,00121
0.000807
0.00299
dentisani Streptococcus Str. 7747
0,00164
dentisani Streptococcus Str. 7746
0,0147
0,031
peroris Streptococcus ATCC 700780 T
0,015

Streptococcus oralis Uo5

0.00703 0.000803

5.3E-07
Streptococcus mitis B6
0.000795
0.003380.00574

steotococos neumonia 670-6B

0.44
0.00198
Streptococcus gallolyticus ATCC BAA-2069
0,0104

0.00116 0 0
Streptococcus bovis ATCC 700338
0,0233 pasteurianus Streptococcus ATCC 43144
0.00335
0.00542
Streptococcus equinus ATCC 9812
0.00928 0.00439
Streptococcus infantarius ATCC BAA-102 T
16S rDNA 0.000411
vestibular Streptococcus ATCC 49124 T
0,0358

0.00117
3e-08
Streptococcus salivarius SK126
0,0032
Streptococcus thermophilus CNRZ1066

(segundo) 1.65
Lactobacillus casei BL23
0,126
parasanguinis Streptococcus ATCC 15912
0,0194 cristatus Streptococcus ATCC 51100 T
1 0.0545
0,0663
oligofermentans Streptococcus AS 1.3089 T
0,0277 0,0197
Streptococcus mitis B6
0,0187
1.65 0,0156
steotococos neumonia TIGR4
0,0472
0,0547
peroris Streptococcus ATCC 700780 T
0,0136 0.00995 Streptococcus oralis Uo5
0,0223
0,0251
dentisani Streptococcus Str. 7747
0.00992
0.000104 0.00488
dentisani Streptococcus Str. 7746
0.14
Streptococcus sanguinis SK36
0,0381
0,218
Streptococcus intermedius JTH08
0,0177
0,0638
Streptococcus gordonii Challis
0,129
Streptococcus suis ST3
0,0618 0,0523

0,121
0,106
criceti Streptococcus HS-6 T
0,101
downei Streptococcus F0415
0,0743
Streptococcus thermophilus CNRZ1066
0,158 0,109
1e-08
Streptococcus salivarius SK126
0,0247
1e-08
Streptococcus salivarius CCHSS3
0,182
Streptococcus mutans UA159
0,0261
0,0225 0.21
Streptococcus agalactiae 2603V / R
0.0668 0,214
Streptococcus pyogenes GAS M1
0,0534

0.64
0.2
Streptococcus parauberis NCFD2020
0,0411
0,034
0.13
Streptococcus uberis 0140J
0,0266
Streptococcus gallolyticus ATCC 43143
0,183
0,0162
pasteurianus Streptococcus ATCC 43144
0,134
Soda 0,0659
Streptococcus infantarius CJ18
0,0715
0,0153
Streptococcus equinus ATCC 9812
0.0913
0.00626
Streptococcus bovis ATCC 700338

Figura 1. colocación filogenético de S. dentisani sp. nov. Str. 7746 y Str. 7747 T. ( a) Filogenia basado en la secuencia del gen 16S rRNA de longitud completa. (B) Filogenia
basado en el análisis de secuencia del gen de la superóxido dismutasa dependiente de Mn césped A. Valores a barras de escala corresponden a las distancias genéticas
basadas en el número de sustituciones de nucleótidos por sitio.

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64 Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva 64
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Oct 2017 01:32:55

existencia de especies como entidades biológicas (Caro Quintero y
Konstantinidis, 2012)
Descripción de dentisani Streptococcus sp. nov.
dentisani Streptococcus ( den.ti.sa 9 ni. L. masc. norte. antros diente;
L. adj. sanus saludable; NL gen. norte. dentisani de un diente sano, perteneciente a
los seres humanos libres de caries, de la cual se aislaron los organismos).
Las células son no esporulante, no móvil, tinción de Gram-positivas y cocos
catalasa-negativa que crece en colonias de aproximadamente 1,5 mm de
diámetro y que crecen en cadenas cortas. anaerobios facultativos. un- Hemolítica
en placas de agar de sangre Columbia. Las características bioquímicas de las
especies se listan en la Tabla 1. El contenido de G + C del ADN es de
aproximadamente 40,8% en moles. La cepa tipo es Str. 7747 T ( 5 CECT 8312 T 5 DSM fenotípicas, resultados de hibridación de ADN-ADN, y los resultados con un sistema
27088 T). Las cepas se aislaron de las superficies del diente libres de caries
humanos.
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sesenta y cinco