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AVENTURAS
DEL PENSAMIENTO

De la
ALQUIMIA COMPUTACIONAL
a la
QUÍMICA COMPUTACIONAL
CÉSAR OCTAVIO CONTRERAS-VEGA/MARCO ANT ONIO CHÁVEZ-ROJO/MARÍA ELENA FUENTES-MONTERO
RAMÓN OLIVAS-VARGAS/LUZ MARÍA RODRÍGUEZ VALDEZ/AMELIA VALDEZ-AGUIRRE
Facultad de Ciencias Químicas/Universidad Autónoma de Chihuahua

E l desarrollo de las com-

putadoras ha permitido el na-
cimiento de nuevas ramas de las
ciencias, una de ellas es la química
computacional. También han surgido
grupos de estudio e investigación que cul-
tivan dicho desarrollo tecnológico para incre-
mentar el cúmulo de conocimientos en esta dis-
ciplina. Sin embargo, la química computacional
exige dominio en una gran cantidad de áreas de
conocimiento en las que no muchos químicos ex-
perimentados o investigadores noveles ordina-
riamente son expertos. Este hecho suele provo-
car que el avance científico y académico de la
química computacional, en muchos casos, sea
mínimo. Se propone la creación de grupos
interdisciplinarios que trabajando en forma co-
ordinada, generen las condiciones necesarias
para acelerar el avance de esta nueva ciencia.
Hace algún tiempo, en el seno de la Real
Academia Sueca de Ciencias, se generó la si-
guiente definición de la química computacional:
“Segmento de la química teórica que tiene como

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objetivo la creación de programas computacionales
que calculen las propiedades de las moléculas (por
ejemplo: energía total, momento bipolar, frecuencias
vibracionales, etcétera), y además la aplicación de ta-
les programas al estudio de entidades químicas con-
cretas”. Los programas de la química computacional
están basados en diferentes métodos de la química
cuántica para resolver la ecuación de Schrödinger
(Leszczynsky, 1999).
Así pues, es posible afirmar que la química tradi-
cional o química electrónica es una ciencia que tiene
como objetos de estudio la composición, estructura y
propiedades de las sustancias, sus interacciones y los
efectos producidos sobre tales características, al com-
binarse con otras sustancias o al añadir o extraer ener-
gía de su entorno, en cualquiera de sus formas, me-
diante el empleo de programas computacionales.
En la larga vida de la química, sus estudiosos han
ido construyendo conceptos que de acuerdo con las
teorías de Thomas Kuhn han aparecido, han fructifi-
cado y han sido sustituidos por nuevas nociones que,
a su vez, tendrán una vida tan extensa como su capa-
cidad para explicar la realidad.
En efecto, conceptos como equivalente químico,
reactividad, acidez, basicidad, nuceofilidad, spin, et-
cétera, son descriptores de la materia que han surgido
en el devenir de la química y que a su vez, guardan
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relación con otros conceptos, formando un entramado
perfectamente organizado y sistémico.
Más aún, la historia de esta ciencia es en realidad la
narración del avenimiento, crecimiento, desarrollo y, en
ocasiones, desaparición de conceptos, tales como: ele-
mento, átomos, transmutación, flogisto, gases, combus-
tión, peso atómico, proporciones definidas, equivalente
químico, fórmula, electroquímica, radicales químicos,
sustitución química, valencia, periodicidad, grupo fun-
cional, estereoquímica, estructura molecular,
aromaticidad, estructura del átomo, radiactividad, elec-
trón, neutrón, positrón, deuterio, radicales libres,
nucleofilidad, basicidad, eliminación química, etcétera.
A la caducidad de los conceptos científicos debe-
mos añadir, entre otras características, su extensión y
su grado de abstracción.
Por otra parte, uno de los distintivos mayores de la
ciencia es la creación de modelos, es decir, descripcio-
nes relativamente sencillas –quizá parcialmente correc-
tas e incompletas– de uno o varios fenómenos. Los
modelos científicos son muy útiles porque permiten pre-
decir y entender fenómenos de índole tan diversa como
abstracto sea el modelo. Indudablemente, los modelos
matemáticos son el mejor ejemplo de paradigmas abs-
tractos y de amplia aplicación.
Los modelos científicos están integrados, fundamen-
talmente, por conceptos propios de la ciencia que cons-
tituyen, pero las llamadas ciencias exactas suelen em-
plear además modelos matemáticos que en unos cuan-
tos signos resumen proposiciones, relaciones, conclu-
siones, teorías y principios científicos.
Para fortuna de la química, muchos de sus princi-
pios y teorías han sido formalizados en modelos mate-
máticos, gracias a los trabajos, entre muchos otros cien-
tíficos, de Maxwell, L. de Broglie, W. Pauli, M. Dirac,
E. Schrödinger y W. Heisenberg, cuyas propuestas fue-
ron impulsadas por el análisis revolucionario y perturba-
dor de A. Einstein sobre los conceptos de espacio y tiem-
po, dados en 1905.
Es posible afirmar, de manera sencilla y sucinta, que
la mecánica cuántica es un conjunto de modelos mate-
máticos que describen características de los átomos, de
electrones y de otras entidades químicas; esta ciencia
es una explicación abstracta y amplia de la química.
Tan fecundo y trascendente ha sido el desarrollo de
la mecánica cuántica para el desarrollo de la química,
que ha dado lugar a la denominada química computacio-
nal, una ciencia que si bien tiene los mismos objetos de
estudio que la química que podemos llamar “tradicio-
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nal”, difiere de esta en sus métodos, en las técnicas, en
los principios teóricos y en los elementos operatorios
que emplea.
En efecto, en sus procesos de investigación para
generar o explicar fenómenos –tales como dilucidar
mecanismos de reacción, determinar estructuras ató-
micas o moleculares, relacionar propiedades físicas y
estructura de las sustancias, predecir reactividad de
las sustancias, definir los componentes de una sustan-
cia u otras características de las sustancias– la quími-
ca computacional puede omitir el empleo de reactivos,
instrumentos y equipo de laboratorio.
En suma, y de acuerdo con lo expresado hasta este
momento, tenemos dos ciencias: la química que pode-
mos llamar tradicional y la química computacional, que
tienen un mismo objeto de estudio, pero tienen diferen-
cias enormes.
Las actividades docentes y de
investigación en las ciencias químicas
Una de las mejores opciones para hacer docencia e
investigación química consiste en realizar prácticas y
experimentos de laboratorio. En el laboratorio tradicio-
nal solemos trabajar de la siguiente forma: los investi-
gadores o docentes proponen a sus alumnos o tesistas
que realicen un conjunto de actividades sistematizadas
por un marco teórico, que permitan el desarrollo de
fenómenos físicos, biológicos o químicos y que mediante
la manipulación de una o más variables y bajo condi-
ciones controladas, posibiliten la observación del efec-
to de dicha manipulación o de fenómenos relacionados
de forma directa o indirecta.
Si el efecto de la manipulación de variables es co-
nocido, el docente y el investigador han propuesto la
realización de una práctica de laboratorio; si el efecto
de manipulación es desconocido se puede afirmar que
se ha planteado la realización de un experimento de
laboratorio.
Todos los docentes e investigadores han sufrido de-
cepciones académicas al darse cuenta de que los alum-
nos o tesistas solo realizan sus actividades “siguiendo
la receta”, es decir, no se dan cuenta cabal o parcial
del sentido, significado u objetivo de las acciones que
ejecutan y trabajan como autómatas. Esos “estudian-
tes” se olvidan del marco teórico, de los supuestos cien-
tíficos, dejando de lado el verdadero trabajo de quími-
cos. En estos casos de trabajo “siguiendo la receta”,
no hay alguien que recuerde términos como estructura
química, radicales, reacciones ácido-base, reactividad,
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cinética, orbitales, etcétera.
Seguramente nadie se ofendería si se afirma que
tales estudiantes y tesistas trabajan en el laboratorio
como verdaderos alquimistas, con perdón de los alqui-
mistas.
¿Por qué se dice que trabajan como los
alquimistas?
Porque las actividades alquímicas estuvieron regidas
por conceptos generalmente muy alejados de la quími-
ca actual y frecuentemente muy relacionados con los
interrogantes espirituales del ser humano y en busca
del sentido del universo, de ahí que la alquimia adqui-
riera formas diferentes en diversas culturas (china, hin-
dú, griega) y en distintos momentos históricos. Obvia-
mente, los principios “teóricos” de los alquimistas esta-
ban muy alejados del marco estructural de la química
actual.
Es conveniente recordar algunos de esos concep-
tos que quizá hoy parecen indelebles o ridículos, pero
que en su época fueron determinantes en la marcha de
este sistema de ideas.
Uno de los máximos representantes de la alquimia
árabe fue Jabir Ibn Hayyan (¿721-815?), quien defen-
dió las ideas aristotélicas de los cuatro elementos cons-
titutivos de toda la materia (aire, fuego, tierra y agua y
sus correspondientes cualidades: caliente, húmedo, seco
y frío). En este punto es indispensable recordar que la
idea de los cuatro elementos, si bien no es original de
Aristóteles, sí fue consagrada por este gran pensador,
y que esta noción perduró por más de 20 siglos en la
historia de la ciencia.
La falta de un progreso mayor y significativo de la
alquimia durante los siglos en los que floreció no se
debió tanto a los fraudes cometidos sino al marco teó-
rico que la sustentaba. Hasta que no se abandonó la
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concepción aristotélica de la materia no pudo desarro-
llarse la química moderna (Bensaude y Stengers, 1997).
Su concepción de los cuatro elementos estaba ligada a
experiencias sensoriales cotidianas (referidas a las in-
terpretaciones de ciertas propiedades cualitativas: los
sólidos, los líquidos, el viento, el fuego y los objetos ca-
lientes, fríos, húmedos y secos) y daba soporte a la
teoría de la perfección de los metales, un objetivo cons-
tantemente buscado pero nunca conseguido. Además,
el lenguaje de la alquimia estaba asociado a aspectos
de carácter místico que propiciaban tanto la utilización
de la alegoría y la analogía como medios de expresión,
como el desarrollo de un vocabulario arcano y secreto,
ideado para impedir la entrada de intrusos y ocultar
información a los no iniciados (Crosland, 1988).
Como se puede apreciar, la diferencias de la alqui-
mia con una verdadera ciencia son muy profundas, sin
embargo, los siglos de búsqueda de la piedra filosofal,
el elíxir de la vida y otros objetivos de la alquimia, no
resultaron baldíos, y la química debe mucho a la vieja
alquimia.
Según lo anterior, se puede afirmar que quien “hace
química” siguiendo una receta o sin saber lo que real-
mente hace, trabaja guiado por principios que no son
de la química y constituyen, si acaso, un remedo de
esta ciencia.
Cabe preguntar, sin embargo, ¿cuándo nació la quí-
mica como ciencia? ¿Cuándo la alquimia dejó el paso a
la química?
Precisar fechas de este cambio es punto menos
que imposible. Sin embargo, hay otras respuestas a esas
dos preguntas. Una de las mejores es la propuesta por
Thomas Kuhn, quien afirma en su famosísimo y ya clá-
sico libro La estructura de las revoluciones científi-
cas:
[...] la muerte y el nacimiento de las ciencias [o
revoluciones científicas, como este autor las llama] se
presentan cuando un paradigama sustituye otro.
El paradigma, afirma el mismo autor, es un modelo
o ejemplo a seguir, por una comunidad científica, de los
problemas que tiene que resolver y del modo como se
van a dar las soluciones. Un paradigma comporta una
especial manera de entender el mundo, explicarlo y ma-
nipularlo. Como dice el autor, estos modelos son “rea-
lizaciones científicas universalmente reconocidas que,
durante cierto tiempo, proporcionan modelos de pro-
blemas y soluciones a una comunidad científica”. En
suma, se puede afirmar que la química, la química tra-
dicional, nació cuando los científicos acuñaron:
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• una base de afirmaciones teóricas y conceptuales,
• un cierto acuerdo entre los problemas urgentes a
resolver,
• unas técnicas de experimentación concretas,
• unos supuestos metafísicos que encuadran y diri-
gen la investigación y sobre los que no hay ningu-
na duda (aunque en muchos casos sean incom-
probables).
De acuerdo con los preceptos anteriores, el esta-
blecimiento de la química se consolidó cuando un gru-
po de estudiosos iniciaron la realización de sus investi-
gaciones basados en un paradigma compartido, acep-
tado plenamente, y por ello cohesionante, que les per-
mite proponer y alcanzar metas y objetivos en sus in-
vestigaciones.
Las comunidades científicas de cualquier área del
conocimiento excluyen a cualquier persona que no com-
parte los postulados y creencias del paradigma que vin-
cula a la colectividad. Obvio es decir que esta condi-
ción no tiene excepciones.
La inmensidad de la química
Los conceptos que se han acumulando y han construi-
do la química tradicional son muchos. Esta ciencia, en
su vastedad, cuenta con miles de conceptos, ha dado
cientos de miles de nombres de los compuestos. En
efecto, según algunos lingüistas, la cantidad de nom-
bres de los compuestos químicos iguala o supera el nú-
mero de palabras de uso corriente en el español: más
de cuatrocientas mil.
Tal magnitud hace de la química una ciencia de
estudio continuo, la transforma en un sistema abierto al
que continuamente están entrando nuevos conceptos y
conocimientos, mientras que otros se van descartando.
Esto da como resultado un crecimiento inimaginable
de esta ciencia, cuyo estudio requiere de un esfuerzo
constante.
En efecto, la vastedad de la química tiene muchos
aspectos. Consideremos brevemente una de los cien-
tos de reacciones que existen: la formación de un éster
por la interacción entre un ácido carboxílico y un alco-
hol, proceso catalizado por un ácido mineral. Sobre esta
transformación podemos plantearnos, entre otras, las
siguientes preguntas: ¿Cómo explicar esa reacción?,
¿por la estructura de sus reactantes?, ¿por los concep-
tos de termodinámica implícitos en los cambios que ahí
se presentan? ¿Escudriñando la cinética de la reac-
ción? ¿Examinando la estereoisomería de reactantes y
productos? ¿Considerando que sus reactantes son áci-
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dos y bases de Lewis? ¿Invocando la ley de acción de
masas? ¿Se considera que la reacción puede estimar-
se como una sustitución nucleofílica en carbonilo?
Ciertamente, alguna o algunas de las posibilidades
anteriores pueden explicar de manera suficiente o com-
plementaria la reacción mencionada, pero cualquiera
de ellas, y esto se dice aunque sea una perogrullada,
cualquiera de las explicaciones podría ser entendida o
refutada por una persona versada en química. Esto pa-
rece obvio, pero es algo que frecuentemente se olvida
por los que pretenden “hacer química”.
Sin embargo, y solo para comprender las dificulta-
des teóricas y metodológicas que implica la química,
supongamos que no solo se pretende explicar la reac-
ción de formación del éster, sino que se tiene la inten-
ción de diseñar una práctica de laboratorio en que se
demuestre la progresión de la reacción o su reversión.
Esto es difícil o imposible para quien pretenda hacerlo
sin recordar o saber química.
La química computacional, ¿nueva
solución o más complicaciones?
Para aumentar la angustia, imaginen que alguien solici-
ta que se explique la formación del éster, el tipo de
reacción que se efectúa y su reversión, así como los
cambios termodinámicos que tengan lugar, pero por
alguna razón se pide que tales explicaciones se reali-
cen, no en términos de la química tradicional, sino con
categorías de la física cuántica.
Y más aún, a quien es químico computacional le
solicitan que por medio de algún software de química
computacional, proponga una serie de actividades y
cálculos que prueben o rechacen los mecanismos de
reacción que aseveran que los haluros de acilo se
esterifican más fácilmente que los ácidos carboxílicos.
¿Genera acaso esto un nivel alto de angustia?
Al hacer la pregunta “¿Cómo se hace investiga-
ción y docencia con la química computacional?”, es
bien sabido que los amantes e impulsores de la química
computacional suelen decir que una de las enormes
ventajas de este instrumento de docencia e investiga-
ción estriba en que puede sustituir, o al menos comple-
mentar, horas o días de trabajo del llamado “laboratorio
húmedo” –el de la química tradicional–, de aquel que
emplea matraces, tubos de ensaye, pipetas, reactivos,
equipo instrumental y enseres semejantes. En suma,
los químicos computacionales pregonan que es posible
hacer docencia química, hacer investigación química,
es decir, afirman que se puede “hacer química” en las
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AVENTURAS DEL PENSAMIENTO
computadoras comunes mediante el uso de paquetes
computacionales.
En efecto, en sus procesos de investigación para
generar o explicar fenómenos –tales como dilucidar
mecanismos de reacción, determinar estructuras ató-
micas o moleculares, relacionar propiedades físicas y
estructura química de las sustancias, predecir
reactividad de las sustancias, definir los componentes
de una sustancia– la química computacional puede
omitir en buena medida el empleo de reactivos, instru-
mentos y equipo de laboratorio.
Recordando dos paquetes computacionales tan sen-
cillos y útiles como el Isis Draw y el ChemSketch, que
permiten dibujar estructuras químicas y obtener datos
de los compuestos químicos, tales como sus nombres
sistemáticos, su composición porcentual, las longitudes
de los enlaces de sus átomos, la magnitud de ángulos y
otras características, cabe preguntar lo siguiente:
¿quién, que no sepa algo de nomenclatura o de arre-
glos geométricos de los compuestos químicos, puede
establecer las verdaderas diferencias de los nombres
que para un mismo compuesto propongan ambos pa-
quetes computacionales o quién puede determinar la
verdadera importancia de las diferencias entre las mag-
nitudes ofrecidas por dichos instrumentos computacio-
nes? ¿Cómo podría alguien que no tiene conocimientos
mínimos de estereoquímica y de su enorme importan-
cia a nivel enzimático y biológico, determinar si, por
medio de un esquema, está proponiendo la estructura
(S) o (R) de un compuesto, la talidomida, por ejemplo?
¿Qué son los resultados del Gaussian o del
Spartan o del más sencillo o el más sofisticado de los
paquetes computacionales sin la interpretación quími-
ca? Solo números, gráficas o, a lo más, esquemas de
moléculas.
Evidentemente, de la misma forma en que no se
puede trabajar en laboratorio húmedo –valga la expre-
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AVENTURAS DEL PENSAMIENTO SynthesiS 45

la química tradicional, tal como lo hacían los alquimistas de

la antigüedad.
El bagaje teórico es vastísimo. Pocos son, en realidad,
los químicos computacionales; quizá en alguna comunidad
haya muchos, muchísimos, pero no es común encontrar
fácilmente a usuarios de la química computacional que ten-
gan dominio extenso y suficiente de química inorgánica, de
la química orgánica, de la termodinámica, de estereoiso-
mería, de matemáticas, de física cuántica y, por supuesto,
de química computacional.
Considerado lo anterior, parece –y no solo parece– que
los químicos computacionales están inmersos en un área
científica demasiado exigente para sus fuerzas y superior
a muchas formaciones académicas.
¿Qué hacer ante tamaña exigencia? ¿Existen solucio-
nes para un problema de ese tamaño? Al parecer existen
varias posibilidades:
1. La primera –y no por obvia debe ser callada– es que
los químicos computacionales tienen que estudiar,
quizá volver a estudiar, retomar aquellos temas que
el diseño de actividades computacionales requieran,
ya sean de matemáticas, fisicoquímica, química or-
gánica, etcétera.
sión– sin contar con un bagaje teórico, de la misma 2. Es necesario que los químicos computacionales se
manera en que no es posible diseñar una práctica alejen de la soberbia y reconozcan sus limitaciones
de laboratorio sin un marco teórico que guíe las intelectuales y académicas. La humildad y solo la
operaciones físicas, es imposible diseñar activida- humildad les permitirá trabajar con otros, formar
des de la química computacional o interpretar sus equipos, oír a otros investigadores y docentes que
resultados si no se cuenta con conocimientos de la tienen más y mayores conocimientos en temas de
propia química computacional y también de la quí- química, de matemáticas o de física cuántica. Los
mica tradicional o electrónica, como aquí se le ha químicos computacionales necesitan formar equipos
llamado. de trabajo, verdaderos equipos de trabajo, para “ha-
cer química”.
Tampoco en la química Es cierto que el trabajo en equipo, el verdadero
computacional el trabajo tiene trabajo en equipo, suele empañar el brillo personal y
sustituto abollar aureolas académicas y científicas, tan apre-
Es indispensable tender un puente entre los mode- ciadas en algunos lugares, pues es sabido que fre-
los matemáticos y los resultados de la química cuentemente, los blasones científicos y la gloria aca-
computacional y los modelos electrónicos de la quí- démica han llevado a algunos estudiosos a consti-
mica tradicional, tanto en el planteamiento de los tuirse en personajes intocables y al parecer infali-
problemas y en el diseño de estratagemas para rea- bles, es decir, científicos que por logros anteriores
lizar los cálculos que brinden la información nece- piensan que son irrebatibles en sus opiniones y que
saria como en la interpretación de resultados que creen también que la brillantez y bondad del trabajo
ofrezca la química computacional. de sus “subalternos” (así consideran a sus tesistas y
Quizá parezca atrevido llamar “alquimia colaboradores: “subalternos”) es de ellos, de los in-
computacional” a aquellos conjuntos de activida- tocables, mientras que los yerros y descalabros son
des realizadas con la ayuda de paquetes de sus “subordinados”. Formas de trabajo como las
computacionales sencillos o sofisticados y que no descritas no constituyen trabajo en equipo, son ac-
son guiadas –insistiendo– por marcos teóricos de ciones que se parecen más a las actividades de los

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alquimistas, quienes para no compartir sus conoci-
mientos y sus créditos con la comunidad o sus ayu-
dantes, inventaron códigos y símbolos que oculta-
ban el proceso y el verdadero sentido de sus traba-
jos.
Obviamente, tampoco trabaja en equipo aquel
científico que apoyado en su influencia académica o
política se apropia de la producción académica o cien-
tífica de otros –los llamados “subalternos” suelen
ser esos otros– y exhibe y publica tales frutos como
si fueran propios.
Trabajar en equipo requiere humildad y honesti-
dad. Esto cuesta, pero si se quiere superar los retos
que presenta la química computacional se tiene que
trabajar de esta manera.
3. Otra forma de rebasar las exigencias de la química
computacional estriba en la formación de redes
interinstitucionales de trabajo con investigadores y
docentes de otras instituciones académicas. Los ser-
vicios de la llamada Internet pueden jugar un papel
esencial en la conformación y comunicación entre
los integrantes de redes interinstitucionales de tra-
bajo.
4. Por otra parte, en algunas ocasiones la química
computacional se absorbe en optimizar sus propios
cálculos, en afinar sus propios métodos y en pulir
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AVENTURAS DEL PENSAMIENTO
sus propios procedimientos, y olvida su pro-
pósito final: explicar y transformar la reali-
dad en apoyo de la química y de la sociedad.
5. Finalmente, se debe empezar a formar a los
químicos computacionales desde los estudios
de licenciatura. Muchos investigadores se
han embarcado en la química computacional
contando con licenciatura en ingeniería quí-
mica, otros con licenciatura en química o en
física. Lo han hecho porque estiman que les
es posible convertirse en químicos compu-
tacionales, alentados en la formación aca-
démica y en la experiencia profesional, pero
es necesario, indispensable, diseñar e iniciar
la operación de planes de estudio orientados
a la formación de los futuros químicos com-
putacionales.
Bibliografía
STENGERS, V. e I. STENGERS: Historia de la química, Addison-
Wesley, 1997.
CROSLAND, M.P.: The Science of Matter. A Historical Survey,
H. Penguin Books, 1988.
KUHN, T.S.: La estructura de las revoluciones científicas, Fon-
do de Cultura Económica, 1980.
LESZCZYNSKY, J.: “Computational Chemistry. Reviews of
Current Trends”, World Scientific, vol. 4, 1999. S
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