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Bioquímica. Los organismos presentan similitudes y diferencias químicas que establecen una
correlación de parentesco entre sí. Por ejemplo, la secuencia de aminoácidos en las cadenas a y b de
las hemoglobinas de distintas especies de primates muestra considerables similitudes y también
diferencias específicas; así que la hemoglobina humana es muy parecida a la del chimpancé (se
diferencia por 12 aminoácidos) y menos similar a la de otros monos menos avanzados, lo que indica su
relación evolutiva. Otro ejemplo son las hormonas de vertebrados que son tan parecidas, que a
menudo pueden intercambiarse, constituyendo, por lo tanto, pruebas de similitudes fundamentales
endocrinas entre los vertebrados.
Genética. Con las modernas técnicas en biología molecular es posible estudiar la evolución en el nivel
más íntimo en que se produce: el DNA. En analogía a las pruebas bioquímicas, existe una correlación
entre las secuencias de nucleótidos de los genes en especies emparentadas, la diversificación de la
secuencia de aminoácidos es el resultado de los cambios en las bases del DNA a través del tiempo. Las
mutaciones pueden producir efectos, grandes o pequeños, eventualmente benéficos, pero
predominantemente nocivos, básicamente aquellos que determinan cambios marcados. El número y
estructura de los cromosomas es similar en especies relacionadas y pueden estudiarse mediante
técnicas citológicas.
El DNA contiene información sobre la historia evolutiva del organismo, debido a que los genes cambian
por las mutaciones. Dado que la evolución tiene lugar paso a paso, el número de sustituciones en el
DNA refleja la duración del período evolutivo correspondiente.
Si comparamos dos organismos, como el hombre y el chimpancé, y observamos que el número de
diferencias de su DNA es menor que el que hay entre cualquiera de ellos y el orangután, podemos
concluir que la divergencia entre estas dos especies es más reciente que entre ellas y el orangután. Es
decir, el número de diferencias en las cadenas de DNA o de proteínas es proporcional a la distancia
evolutiva existente entre las especies correspondientes.