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Por el lado paterno, Túpac Amaru II descendía de Túpac Amaru I, el último Inca de
Vilcabamba, decapitado por el virrey Francisco de Toledo en 1572.
studió en el colegio de indios nobles San Francisco de Borja del Cusco, donde tuvo
maestros jesuitas. Heredó los cacicazgos de Surimana, Pampamarca y Tungasuca, y a
los 22 años se casó con Micaela Bastidas Puyucawa, con quien tuvo tres hijos:
Hipólito, Mariano y Fernando.
Asímismo, protestó contra las reformas fiscales que implantó el visitador Antonio de
Areche (aumento de tributos, alcabalas y aduanas) desde 1778.
En 1780 lideró una gran rebelión anticolonial donde ganó la batalla de Sangarará y
estuvo a punto de tomar el Cusco. Sin embargo, las fuerzas enviadas por el virrey
Agustín de Jáuregui lo derrotaron en la batalla de Checacupe, y lo capturaron en
Langui.