ree vg PRINCIPIOS DE < “= = a ee < 24 si ae) C= s y DAVID L..NELSON MICHAEL M. COX % wixiv Indice de materias, a ins, re Indice general Prologo Vo 1 Fundamentos de bioquimica 1 | ESTRUCTURAY CATALISIS 45 2 Hagia 47 3 Aminodcidos, péptides y proteinas 75 4 Estructura tridimensional de las protefnas 116 ‘5 Funcién de las proteinas. 187 8 Emimas 190 7 Glicidos y gucobiologia 238 8 Nucleétidos y dcidos nucleicos 273 9 Tocnologias de ia informacion basadas fen el DNA. 306 10 Lipidos 343 ‘11 Membranas blolégicas y transporte 369 42 Biosefalizacién 424 ENERGETICA Y METABOLISMO 481 Princpios de bioenergética 489 Glucdlisis, gluconeogéness y ruta de las pentosasfosfato 521 Principios de regulacién metabéli slucosa y glucdgeno 560 El ciclo del dcido ctico 601 Catabolismo de los Scidos grasos 631 Oxidacién de aminodcidos y produccién de urea 656 Fosforilacin oxidativayfotofostorilacién 690 Biosintesis de glicidos en plantas ybacterias 751 2A Biosintesis de lpidos 787 22 Biosintesis de aminodeidos, nuclestidos _—_-ymoléculas relacionadas 833 | 23. Integraci y regulacién hormonal del | metabolismo de los mamiferos. 881 | LAS RUTAS DE LA INFORMACION 921 24 Genes y cromosomas 923 _ 25 Metabolismo del DNA 948 26 Metabolismo del RNA 995 27 Metabolismo de as proteinas 1034 28 Regulacién de la expresién génica 1081 Apéndice A Abreviaturas comunes en I cientifia bioqulmicaA-1 Apéndice 8 Soluciones abreviadas de los problemas Sat Glosario GA Procedencia de las ilustraciones Plt indice alfabstico 1-1 iteratura 1 Fundamentos de bioquimica 1 41.4 Fundamentos colulares. 3 Las células son las unidades estructurales y funcionales de todos los organismos vivos 3 Las dimensiones celulares estn limitadas por la capacidiad de difusién del oxigeno 4 Los seres vivos se clasifican en tres dominios 4 Escherichia coli es ia eélula procariética mejor estudiada 5 Las células eucarioticas poseen diversos orgnilos memibranosos que pueden aislarse para su estudio 6 El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto yesaltamente dindmico 9 Las células construyen estructuras supramoleculares 10 Los estudios in vitro podrian no detectar interacciones importantes entre moléculas 11 41.2 Fundamentos quimicos 12 Tas biomoléculas son compuestos de carbono con una diversidad de grupos funcionales 13 Las macromoléculas son los principales constituyentes de las células 16 Recuadro 1-1 Peso molecular, masa molecular y las unidades ‘que deben utilizarse 15 La estructura tridimensional se deseribe en términos de configuracién y conformacion 16 Recuadro 1-2 Louls Pasteur y la actividad dptica: in vino, veritas 19 Tas interacciones entre las biomoléculas son esterevespecificas 20 13 Fundamentos fisicos 21 Los organismos vivos existen en un estado estacionario dindmico y no se encuentran nunca en equilibrio consuentomo 21 Los organismnos transforman energia y materia 22 Bl flujo de electrones proporciona energia para los organismos 22 Crear y mantener e] orden requiere trabajo y energia 23 El acoplamiento energético conecta las reacciones biologicas 23 Recuadro 1-3 Entropia: las ventajas do estar desorganizado 24 Keay AG? miden la tendencia de una reaccién para transcurrir espontineamente 26 Los enzimas facilitan las secuencias de reacciones quimicas 26 El metabolismo est regulado para conseguir equilibrio yeconomia 27 1.4 Fundamentos genéticos 28 La continuidad genética reside en las moléculas de DNA 29 La estructura del DNA hace posible su replicacion, y reparacion con fidelidad casi perfecta 29 La secuencia lineal del DNA codifica protefnas ‘con estructuras tridimensionales 29 1.5 Fundamentos evolutvos 31 Los cambios en las instrueciones hereditarias hacen posible laevolucion 31 as primeras biomoléculas aparecieron por evoluci6n quimiea 32 La evolucisn quimica puede simularse en el laboratorio 32 Los primeros genes y catalizadores podrian haber sido moléculas de RNA 0 precursores relacionados 32. La evoluciGn biologica empez6 hace mas de tres mil quinientos millones de afios 34La primera célula fue probablemente quimioheterétrofa 34 Las células eucaridticas evolucionaron a partir de las procaridticas a través de diversas fases 35 1a anatomfa molecular revela relaciones evolutivas 86 La gen6mica fincional permite declucir la correspondencia entre genes y procesos celulares especificos 38 La comparacién de genomas tendré una importancia cada vez mayor en la biologa y medicina humanas 38 | ESTRUCTURAY CATALISIS 45 2 Elagua 47 2.1 Interacciones débites en los sistemas acuosos 47 Los puentes de hidrégeno confieren al agua sus propiedades extraordinarias 47 El agua forma puentes de hidrégeno con Jos solutos olares 49 El agua interacciona electrostaticamente con los solutos, cargados 50 Laentropia aumenta cuando se disuelve una sustancia, cristalina 51 Los gases apolares se disuelven mal en el agua 52 Los compuestos apolares fuerzan cambios desfavorables energéticamente en la estructura del agua 52 Las interacciones de van cler Waals son atracciones interatémicas débiles 54 Las interacciones débiles son cruciales para la estructura yfuncién de las macromoléculas 54 Los solutos afectan a las propledades coligativas de las disoluciones acuosas 56 Recuadro 2-1 Respuesta tdctil en plantas: un fenémeno osmético 59 2.2 lonizacién del agua, deldos débiles y bases déblles 60 El agua pura esté ligeramente ionizada 60 La ionizacién del agua se expresa mediante una constante de equilibrio 61 La escala de pH representa las concentraciones de H* yOu 61 Recuadro 2-2 El producto iénico del agua: dos problemas itustrativos 62 Las ticidos y bases débiles tienen constantes de disociacién caracteristicas 63 Las curvas de titulacién proporcionan el pk, de los dcidos débiles 64 2.3, Tamponamientos contra cambios do pH on ls sistemas blolégicos 65 Los tampones son mezclas de dcidos débiles y sus bases conjugadas 66 Una expresién sencilla relaciona pH, pK; y coneentracién de tampén 66 ‘Los dcidos 0 bases débiles tarnponan céhulas y tejidos contra cambios de pH 67 Recuadro 2-3 Resolucién de problemas con la ecuacién de Henderson-Hasselbalch 67 Recuadro 2-4 Sangre, pulmones y tampén: el sistema tampén del bicarbonato 69 2.4 El agua como reactvo 6 2.5 La adecuacin del ambiente acuoso a los organismos vos 70 Indice de materias xv 3 Aminodcidos, péptidos y proteinas 75 3.1 Aminoéeidos. 75 Los aminodcitos tienen caractersticas estructurales comunes 76 Los resichios aminodcidos de las proteinas son estereoisimeros. 77 Los aminofcidos se pueden clasificar segtin su grupo R78 Los aminodcidos no esténdar tienen también importantes funciones 80 Los aminofcidos pueden actuar como Scidos y bases. 81 Recuadro 3-1 Absorcién de Ia luz por las moléculas: ley de LambortBeer 82 Los aminodeidos tienen curvas de titulacion caracteristicas 82 La curva de titulaci6n predice la carga eléctrica de los aminodcidos 84 [Los aminoseidos difieren en sus propiedades éecido-base 84 3.2 Péptides y proteinas 85 Los péptidos son cadenas de aminodcidos 85 Los péptidos pueden distinguirse por su comportamiento de ionizacion 86 Existen péptidos y polipéptidos biolégicamente actives de uma gran variedad de tamafios 86 Los polipéptidos tienen una composicidn de aminodcidos caracteristica 87 Algunas proteinas contienen grupos quiimicos diferentes alos aminoécidos $8 Existen varios niveles de estructura de las proteinas 88 3.3 Tabajar con proteinas 99 Las protetnas se pueden separar y purificar 89 Las proteinas pueden separarse y caracterizarse por electroforesis 92 Es posible cuantificar las protefnas no aisladas 94 3.4 Estructura covalente de las proteinas 96 La funcion de una protefna depende de su secuencia de aminodeidos 96 Se ha determinado la secuencia de aminofcidos de millones de proteinas 96 Los polipépticos cortos se secuencian utilizando Procedimientos autorndticos 97 ‘Las proteinas grandes deben secuerciarse a partir de fragmentos més pequenios 99 Las secuencias de aminodcidos se pueden deducir también mediante otros métodos 100 Recuadro 3-2 Investigacion de tas proteinas mediante Inespectrometria de masas 102 Pueden sintetizarse quimicamente péptidos y protemas ‘pequefias 104 Ta secuencia de aminodcidos proporciona informacién Dioquimica importante 106 3.5 Secuencias de proteinas y evolucién 106 Las secuencias de proteina permiten deducir la historia dela vidaen la Tierra 107 4 Estructura tridimensional de las proteinas 116 4.1 Vision goneral sobre ln estructura protelea_116 La conformacién de una proteina esta estabilizada prineipalmente por interacciones débiles 117 Blenlace peptidico es plano rigido 118xvi Indice de materias 42 Estructura secundaria de las protoinas 120 La hélice a es una estructura secundaria habitual en proteinas 120 La secuencia dle aminodcidos afecta a la estabilidad dela hélice a 121 Recuadro 4-1 Cémo distingulr dextrégiro de lovigiro 122 La.conformacién B organiza las cadenas polipeptidicas en forma de hoja 123 Los giros son frecuentes en las proteinas 123 Las estructuras secundarias comunes tienen angulos de enlace y un contenido de aminodcidos caracteristico 124 4.3 structures tereiaia y euatemaria de las proteinas 125 Tas proteinas fibrosas estan adaptadas a una funcién estructural 126 Recuadro 4-2 La ondulacién permanente es un elemplo de Ingenieria bioquimica 127 En las protesnas globulares la diversidad estructural refleja la diversiad funcional 129 Recuadto 4-3 Razones para que los marineres, exploradores y estudiantes universitarios consuman frutay verduras fescas 130, La mioglobina proporeioné las primeras claves acerca de la complejidad de las estructuras proteicas globulares 132 as proteinas globulares tienen estructuras terciarias diversas 134 Recuadro 4-4 Métodos para determina la estructura tridimensional dena proteina 136 Bl andlisis de numerosas protesnas globulares revela patrones estructurales communes 139 ‘Los motivos proteicos constituyen la base de la clasficacién estructural de las protefnas 141 Las estructuras cuatemnarias de las protefnas comprenden desde diimeros sencillos hasta grandes complejos 144 Bxisten limites al tamao de las proteinas 146 4.4 Desnaturalizacin y plegamiento de proteinas 147 La pérdida de la estructura conduce a la pérdida de funcion 147 La secuencla de aminodcidos determina la estructura terciaria 148, Los polipéptidos se pliegan répidamente y segtin un proceso de varias etapas 148 Recuadro 4-5 Muerte por un plegamiento incorrecte: las enfermedades priénicas 150 ‘Algunas proteinas sufren un plegamiento asistido 151 5 Funcién de las protefnas 157 5 Union reversible proteina-ligando: proteinas de unién a oxigeno 158 EL oxigeno puede estar unido a un grupo prostético hemo. 158 La mioglobina tiene un tinico sitio de fjacién para eloxigeno 159 Las interacciones proteina-ligando se pueden deseribir cuantitativamente 160 Laestructura proteica afecta al modo de union del igando 162 Bl oxigeno es transportado en la sangre por la rmioglobina 162, Las subunidades de la hemoglobina son similares estructuralmente alamioglobina 163 La hermoglobina experimenta un cambio estructural al unirse aloxigeno 164 Lahemoglobina une oxigeno de manera cooperativa 164 La unién cooperativa de ligando puede ser deserita cuantitativamente 167 Bxisten dos modelos que explican los mecanismos de la ‘unin cooperativa 167 Recuadro 5-1 Monéxido de carbono: un asesino silencioso 168 La hemoglobina tarmbién transporta H* y C03 170 La uni6n de oxigeno a la hemoglobina est regulada por el 2,-bisfosfoglicerato 171 La. anemia falciforme es una enfermedad molecular de la hhemoglobina 172, 5.2 Interacclones complementaras entre protefnas y ligandos: el sistema inmunitaro y las inmunoglobulinas 174 ‘La respuesta inmunitaria es el resultado de Ia aecién ide uma serie de eélulas y protefnas especializadas 175 Las células distinguen lo propio de lo ajeno exponiendo péptidas en su superficie 176 Los anticuerpos poseen dos sitios idénticos de unién antigen 178 Los anticuerpos se unen fuertemente al ant{geno de una manera especifica 180 Las interacciones antigeno-anticuerpo son la base de diversos pprocesos anatiticos importantes 180 ‘5.3 Interacclones protelcas moduladas por energia quimica: ‘actina, miosina y motores moleculares 182 Las principales proteinas del mtisculo son Ja actina ylamiosina 182 Otras proteinas adicionales organizan los filamentos delgado y grueso en estructuras ordenadas 184 Los filamentos gruesos de miosina se deslizan a lo largo de los flamentos delgados de actina 185 6 Enzimas 190 6.1 Introduccién a los enzimas 191 La mayorfa de enzimas son proteinas 191 Los enzimas se clasifican segtin las reacciones que catalizan 192, 6.2 06mo funcionan los enzimas? 193 ‘Los enaimas alteran las velocidades de reaccién pero no los equilibrios 193 Las velocidades de reacciGn y lo equilibrios tienen definiciones termodinamicas precisas 195 Unos pocos principios explican el poder catalitico y la especificidad de los enzimas 196 Las interacciones débiles entre enzima y sustrato ‘son 6ptimas en el estado de transicion 197 Los enzimas ulilizan la energia de fijacién para proporeionar especificidad de reaccion y catalisis 198 Grupos cataliticos especificos contribuyen alacatilisis 200 6.3 La cinética enzimética como método para comprender el mecanismo 202 La concentracién del sustrato afecta a la velocidad de las, reacciones catalizadas por enaimas 202, a relacion entre concentracidn de sustrato y velocidad de reaccion se puede expresar de manera cuantitativa 204 Para comparat las actividades enzimdticas se wtilizan los parametros cinéticos 205 Recuadro 6-1 Transformaciones de la ecuacién de Michaelis-Menten: grfica de dobles reciprocos 206, ‘Muchos enzimas catalizan reacciones en las que intervienen dos 0 mas sustratos 207 La cinética en el estado pre-estacionario puede aportar pruebas sobre pasos especificos de la reaccin 208‘Los enzimas estén sujetos a inhibicién reversible irreversible 209 Recuadro 6-2 Pruebas cinéticas para determinar los mecanismos de inhibicién 210 El pH afectaa la actividad enzimética 212 6.4 Ejemplos de reacciones enuiméticas 213 En el mecanismo de la quimotripsina se produce la acilacion ¥ desacilacién de un residuo de Ser 213 En la hexoquinasa se produce un encaje inducido durante laumion del sustrato 218 Elmecanismo de reaccién de la enolasa requiere la presencia de iones metilicos 219 Recuadro 6-3 Pruebas de la complementariedad entre el enzima yee estado de transiclén 220 Ellisozima utiliza dos reacciones de desplazamiento nnucleofflico sueesivas 222 6.5 Enzimas reguladores 225 ‘Los enaimas alostéricos experimentan cambios conformacio- nales en respuesta a la union del modulador 225 En muchas rutas las etapas reguladoras estén catalizadas por enzimas alostéricas 226 Las propiedades cinéticas de los enzimas alostéricos difleren del comportamiento de Michaelis-Menten 227 Algunos enzimas reguladores experimentan modificaciones covalentes reversibles 228 Los grupos fosforilo afectan a la estructura y la actividad catalitica de las proteinas 228 Las fosforilaciones miltiples permaiten un exquisito control dela regulacion 230 Algunos enzimas y otras proteinas son regulados mediante la rotura proteolitica de un precursor ervimitico 231 Algunos enzimas reguladores utilizan varios mecanismos de regulacién 232 7 Glicidos y glucobiologia 238 7A Monosacéridos y disacéridos 238 Las dos familias de monosacdiidos: aldosas y cetosas 239 ‘Los monosacaridos tienen centros asimétricos 239 Los monosacéridos comunes tienen estructura ciclica 240 Los organismos contienen numerosos derivados de las hhexosas 243 ‘Los monosacaridos son agentes reductores 244 Los disacaridos contienen un enlace glucosfdico 245 7.2 Polisacéridos 247 Algunos homopolisacéridos son formas de almacenamiento de combustible 247 Algunos polisacdridos tienen funcién estructural 248, Factores estéricos y los puentes de hidrégeno contribuyen al plegamiento de los homopolisacaridos 250 Las paredes celulares de algas y bacterias contienen heteropolisacdridos estructurales 252 ‘Los glucosaminoglucanos son heteropotisacaridos de la matrig extracelular 253 7.3 Glucoconjugades: proteoglucanes, glucoproteinas y dueolipides 255 ‘Los proteoglucanos son macromoléculas de la superficie celular y de la matriz extracelular que contienen glucosaminoghicanos 256 Las glucoproteinas contienen oligosacaridos unidos covalentemente 258 Los glucolipidos y los lipopolisacéridos son componentes delamembrana 260 Indice de materias it 74 Los ghieidos como moléculas portadoras de informacién: cel cédigo de los azicares 261 ‘Las lectinas son proteinas que leen el c6digo de los azticares € intervienen en muchos procesos biol6gicos 262 Las interacciones lectina-glicido son muy fuertes y muy. especifieas 264 7.5 Andlisis de ghicidos 267 8 Nucle6tidos y dcidos nucleicos 273 8.1 Algunos conceptos bésicos 273. {Los nucleétidos y dcidos nucleicos estan formados por bases ypentosas caracteristicas 273 Los mucleétidos sucesivos de os éeidas nucleicos estén, lunidos por enlaces fosfodiéster 276 Las propiedades de las bases de los nuclestidos influyen en la estructura tridimensional de los dcidos nucleicos. 278 8.2 Estructura de los deldos nucleloos. 279 ELDNA almacena informacién genética 280 Las moléculas de DNA tienen diferente composicién de bases 281 ELDNA estuna doble hélice 282 ELDNA adopta diferentes formas tridimensionales 283 ‘Algunas secuencins de DNA adoptan estructuras no habituales 285 Los RNA mensajeres codifican las cadenas polipeptidicas 287 Muchos RNA tienen estructuras tridimensionales complejas 288 8.3 Quimica de os éldos nucleices 291 ELDNA yel RNA de doble hélice pueden desnaturalizarse 291 Los dcidos nucleicos de especies diferentes pueden formar ‘brides. 292 Los nucleétidos y los écidos nucleicos experimentan transformaciones no enzimaticas 293. Algunas bases del DNA estén melladas 296 Bs posible determinar la secuencia de largas cadenas de DNA 296 La sintesis quimica de DNA ha sido automatizada 298 8.4 Otrasfunciones de los nucestidas 300 ‘Los nucleétidos transportan energia quimica cen las células 300 ‘Los nuclestidos de adenina forman parte de muchos ceaentigaions ‘muy ats velo ee oh a Mucstra 5 peroxisome sobrenadante ena, Eigse frotenae Slee acu Gragmentoe tment deo est ce eto T acionaioato seviplsmtin, ‘Componente an wale mandeno evens i svete, smecromoeeian j desplastos contienen pigmentos fotosintéticos. El aislamiento de ‘un orginulo enriquecido en un cierto enzima suele ser el pri- ‘mer paso en la purificacién de dicho enzima El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto yes altamente dindmico La microscopia electronica permite observar distintos tipos de fMlamentos de proteina que se entrecruzan en la célula euca. ridtica y forman una trama tridimensional ¢ interconectadla, el cltoesqueleto, Existen tres clases principales de flamentos itoplasmaticos ~1os filamentos de actina, los mierotabulos ¥ los fMlamentos intermedtios (Fig.1-9)- que differen en anchura (entre 6 ¥ 22 nm), composicién y funcién especifica. Todos cellos proporcionan estructura y organizacién al citoplasma ¥ mantienen la forma de la céhula, Los filamentos de actin y los icrottibulos eolaboran también en el movimiento de los org nnulos o en el movimiento celular global Cada tipo de componente citoesqueléticn estat compuesto por subunidades simples de proteina que polimerizan para for- mar filamentos de grosor uniforme. Estos flamentos no son esiructuras permanentes, sino que estén en constante fetun- cién entre su forma monomérica y su forma estructurada en f Iamentos. Su localizactén celular no ests fijaca rigidamente, sino que varfa en gran medida durante la mitosis, la citoquime- 1.1 Fundamentos celulares 8 sis, el desplazamiento ameboide o a causa de los cambios en la forma de la cétula, La regulacién de la formacién, disgregacin ¥¥ localizacién de los diversos tipos de filamentos corre a cargo de otras proteinas encargadas de unir o entrelazar los filamen- tos 0 de desplazar organulos citoplasmsticos. De este breve repaso de la estructura celular podemos ex- traer Ia idea general le que la célula eucaridtica est formada, OF una trama de fibras estructurales v un complejo sistema, de compartimientos limitados por membranas (Fig. 1-7). Los fllamentos se desagregan para reestructurarse en otro lugar distinto. Las vesfculas membranosas brotan de un orgénulo v se fusionan con otro, Los orgémulos se mneven por el cito- plasma alo largo de Mamentos cle proteina gracias a la enera de motores proteicos, El sistema endomembranoso segreea procesos metabiilicas espeeificas y aporta las superficies en Jas que tienen lugar clertas reaceiones enzimuiticas, La exoel- tosis y la endocitosis, mecanisios de transporte (hacia el exterior y el interior de las eéulas, respectivamente) que inv pilican fusion y fsion le membranas, permiten la eomunicacion, centre el citoplasina y su medio externo mediante la seerecion de sustancias producidas en la célula y la captaesén ce materi les extracelulares, ‘A pesar de su complejidad, la organizacién del citoplasma est lejos de ser un producto del azar. El movimiento y la pos cidn de los onganulos y de los elementos del citoesqueleto es- Microtubules (a) FIGURA 1-9. Los tres tipos de flamentos citoplasmatics. Los pane- les superiores muestran células epiteliales fotografiadas después de ‘un tratamiento con anticuerpes que se unen a y tien especificamen- te (a) filamentos de actina que dan lugar a “fibras de estés",(b) mi crotibulos que inadian desde el centro de la célulay (€ filamentos imermedios que se extienden por tod el citoplasma. Los anticuerpos ) {que reconacen espeecificamente actina, tubulina © proteinas de fil ‘mento intetmedio se fijan covalentemente a un compuesto fluores ccente. Cuando se visuaiza fa eélula al microscopio de fluorescencia, sélo son vsibles las estructuas tfidas. Los panelesinferioces mucs- tran cada tipo de flamento al microscopio eleetrénico de transmisién G,b) ode barrido ().10 Capitulo Fundamentos de bloquimica ‘tan sometidos a una estrecha regulacién y en el transcurso de Ja vida de la eéinla eueariética se producen importantes reor- sanizaciones finamente orquestadas, como la mitosis. Las interacciones entre citoesqueleto y orgénulas son reversibles, de tipo no covalente y estén sujetas a regulaci6n en respuesta a diversas sefiales intra- y extracelulares, (@) Algunos de los aminodcidos de las proteinas 200 00 wi-c-H HAA OH bit, 1408 Alena Sina Las células construyen estructuras supramoleculares Las macromoléculas y sus subunidades monoméricas son de tamafio muy diferente (Fig, 1-10), Una molécula de alanina mide menos de 0,5 nm, La hemoglobina, protefna transporta- dora de oxigeno en los eritrocitos (gl6bulos rojos), contiene ccorea de 600 subunidades de aminoscido formanco cuatro lar- ‘gas cadenas que se pliegan de forma globular y se asocian en cestructuras de 6,5 nm de diémetro, Las protefnas son, a su ‘vez, mucho menores que los ribosomas (euyo dimetro es de aproximadamente 20 nm), orgénulos de tamatio muy inferior al de las mitocondtrias, que miden aproximadamente 1000 nm de didmetro, Existe, pues, una gran diferencia entre las biomolé- coulas simples y las estructuras celulares que pueden obser- varse al microscopio 6ptico. La Figura 1-11 ilustra la jerarquia, estructural en la organizacién celular FIGURA 1-10 Los compuestos orginicos a partir de los cuales se forman la mayorta de los componentes celulares: el ABC de la bio- ‘quimica. (a) Seis de los 20 aminoscidos a parte de ls cuales se cons ttuyen todas las proteinas (las cadenas laterales se destacan en rosa); (6) las cinco bases nitrogenadkas, dos azicares de cinco earbonos y el {cido fostérico a partir de los cuales se construyen todos los écidos ruceicos;(@) cinco componente de ipidos de membrana y (@) 0-ghu- cosa, el azticar de cual se dervan la mayor parte de los glicidos. Ob- sérvese que el acido fosfGrico es un componente tanta de los cidos ‘nucleicos como de ls Iipios de membrana, {0 Aigpaaen companion des ipsaoe oo" cron ou, baton H, buon te ier | & - ot, cH, !N—cu,cH,o1 és um hy Colina “ on, du, on @) Asioar principal = a cHLOK ch wh On da, | OHH Palmitato HO ow HO On aoGivcoen |12 Fundamentos colulares AL Nivel 4: Nivel 3: Nivel 2: ‘Nivel 1: Unidades La eélula Complejos _-Macromoléculas_-monomérieas sus orginulos supramoleculares Pared celular |) -FIGURA 1-11 Jerarquia estructural en la organizacién molecular de fas células. En esta célula vegetal, ef ndcleo es un organi que cone ‘iene diversostipos de complejos supramoleculares, entre ellos los ‘cromosomas. Los cromosomas estén formados por macromoléculas ‘Las subunidades monoméricas de proteinas, dcidos nuclei- ‘e08 y polisacéricos se unen mediante enlaces covalentes. Sin ‘embargo, en complejos supramoleculares, las macromoléculas ‘se mantienen unidas mediante interacciones no covalentes mucho més débiles, individualmente, que los enlaces covalen- ‘te5-. Entre las interacciones no covalentes se cuentan los enla- ‘ees de hidrogeno (entre grupos polares), las interacciones ‘6nicas (entre grupos cargados), las interacciones hidrof6bicas (nite grupos no polares en solucién acuosa) y las interaccio- ‘nes de van der Waals, todas ellas de energia bastante menor ‘que la de los enlaces covalentes (Tabla 1-1). En el Capitulo 2 se sdeseribe la naturaleza de estas interacciones no covalentes. Los ‘complejos supramoleculares se estabilizan gracias al gran ri- ‘mero de interacciones no covalentes que se establecen en ellos _y que son las responsables de sus estructuras tinieas. Los estudios in vitro podrian no detectar interacciones importantes entre moléculas no de los métodos para entender un proceso biol6gico con- ‘iste en el estudio de las moléculas purificadas in vitro (en el interior del tubo de ensayo), evitando la interferencia con otras, -moléculas presentes en la célula intacta ~es decir, in vivo-. -Apesar de que esta metodologia ha resultado muy ttl, debe- ‘mos recordar que el interior de una célula es muy diferente del ‘entorno que pueda haber en un tubo de ensayo, Los eompo- _nentes “interferentes” que se eliminan mediante purificacién ‘plieden resultar eriticos para la funci6n biolégiea o para la re- -gulacion de la actividad de la moléeula purificada. Por ejemplo, Jos estudios in vitro de enzimas puros se evan a cabo normal- ‘mente a concentraciones muy bajas y en soluciones acuosas en » er Nuclestidos Aicares yop ‘de DNA y muchas proteinas diferentes. Cada tipa de macromolécula se construye a partir de subunidades simples, como por ejemplo el DNA, que est4 formado por nucledtidos (desoxieibonuclestidos en realidad) agitacién constante. Bn la célula, el enzima se encuentra di- suelto 0 suspendldo en un citosol de textura parecida an gel y acompafiado de nulles de proteinas diferentes, algunas de las cuales se unen al enzima y varian su actividad. Algunos enzi- ‘mas forman parte de coraplejos multienzimaticos en los que los TABLA 1-1 Energias de enlace en biomoléculas comunes, Energia de Energia de ‘sociacion disociacién Tipo de del eniace* Tipo de del enlace* enlace _(ki/mol) enlace _(ki/mol) Enlaces simples Enlaces dobles oH 470 c=0 712 HoH 435 CaN 615 Po 419 c=c eit c+H 414 P=0 502 N-H 389 co 352 Enlaces triples co 348 c=c 816 SH 339 N=N 930 CN 293 c-s 260 No 222 S-S 214 "Cunt masa ene acer pra oso ota) ene, ms ee12 Capitulo Fundamentos de bioquimica reactivos son canalizados de un entzima a otro sin que lleguen a tener contacto con el disolvente. La difusién se halla dismi- nuda en el denso citosol y la composicién del mismo varia en ‘sus distintas regiones. Resumiendo, una moléeula determinaca puede actuar de modo muy diferente en la eélula que in vitro. Uno de los retos de la bloquimica es comprender la influencia en a funcién de enzimas y otras biomoléculas ~comprender la funcidn tanto in vivo como in vitro, RESUMEN 1.1 Fundamentos celulares ‘Todas las células estén rodeadas por tna membrana plasmatica, poseen un citosol que contiene ‘metabolites, coenzimas, iones inorginicos y enzimas ¥ poseen un conjunto de genes contenidos en tun rucleoide (procariotas) o un micleo (eucariotas). Los fotétrofos utilizan la uz del sol para realizar trabajo; los quimidtrofos oxidan combustibles ‘mediante la transfereneia de electrones a buenos aceptores electrénicos: compuestos inorginicos, compuestos orginicos u oxigeno molecular. Las células bacterianas contienen un citosol, ‘un nucleoide y plasmidos, Las eélulas eucaristicas tienen un micleo y estén multicompartimentadas, ‘eon ciettos procesos confinados en organulos especificos, os cuales pueden ser separados ‘¥ estudiados de modo aislado, ‘= Las proteinas del citoesqueleto se asoeian formando largos filamentos que confieren forma y rigilez alas e6hulas y son el soporte para el movimiento de los ongénulos a través de la célula. ® Los complejos supramoleculares se mantienen eestables mediante interacciones no covalentes y dan lugar a estructuras de diversos tamafios, algunas de ellas visibles al microscopio dptico. Interacciones ‘importantes en el medio celular pueden perderse a causa de la eliminacién de moléculas indivicuales de estos complejos para su estudio in vitro, 1.2 Fundamentos quimicos La bioquimica tiene como objetivo explicar en términos quimi- cos las estrcturas y funciones biolégicas, Uno de los enfoques ue se han mostrado més productivos para la comprensién de Jos fenémenos biol6gicos parte de la purifieacién, a partir de or- 4ganismos vivos, de componentes quimicos individuales, como pueden ser las proteinas, para caracterizar sus propiedades estrticturales y quimicas. A finales de siglo xvmt los quimicos llegnron a la concusién de que la composicién de la materia viva era sorprendentemente diferente de la del mmdo inanimado. Antoine Lavoisier (1743-1794) observé la relativa simplicidad. quimica ce! “mundo mineral” en contraste con la complejidad de Jos “mundos animal y vegetal; se sabia que estos tltimos esta- ban formados por compuestos ticos en carbono, oxigeno, trdgeno y f6sforo, Durante la primera mitad del siglo xx, investigaciones Dioquimicas paralelas acerca de la degradacién de glucosa en Jevaduras y en células musculares de animales permitieron eb- ‘Servar grandes similitudes quimicas entre estos dos tipos de ceélulas, aparentemente muy diferentes: la degradacion de la sleosa en levadura y en células musculares tiene lugar a tra- vés de los mismos diez. intermediarios quimicos, Exhaustivos eestucios posteriores confirmaron Ia universalidad de esta ob- servaci6n, resumida por Jacques Monod: “Lo que es cierto para B. coli es cierto para el elefante”, La nocién actual de que los todos organismos tienen un origen evolutivo comin se basa, ‘en parte en esta universalidad dle los intermediarios y las trans- formaciones quimicas. ‘Tan s6lo alrededor de 30 de los més de 90 elementos qui- 'micns presentes en la naturaleza son esenciales para los seres vivos. La mayoria de los elementos de la materia viva tienen un _iimero atémico relativamente bajo; s6lo cinco de ellos tienen lun namero atémico superior al del selenio, 34 (Fig, 1-12). Los ‘cuatro elementos més abundantes en los onganismos vivos, en ‘erminos de porcentaje sobre el nimero total de étomos, son el hhidrégeno, ei oxigeno, el nitrégeno y el carbon, que en con- Junto representan més del 99% ce la masa de la mayoria de las ‘células, Son los elementos mds ligeros capaces de formar uno, dos, tres y cuatro enlaces covalentes, respectivamente, en ge- neral, los elementos més ligeros forman los enlaces mas fuer- F,] _ISURA 1-12 Los elementos exencales = . Lt] paral vida ya salud de fos animales. Oligoclementan s [Re] tosetementos principales en naranjl son components estuctrales decals y |e “ar | _teldosy deben estar presentes en la deta en rea fsPas fae] canta de gramos diavos Las noceidaden 02 '6e "4s [88] || de oligoelementos en ama) son mucho 5 renore: ene cto del hombre son * suficientes unos pocos miligramos al da de Fe, Cuy Zn, € incluso menos de los demas elementos, Las necesidades elementales de Bele {as plantas y los microorganismos son muy similares a las aqui presentodas,tes. Los oligoclementos (Fig. 1-12) representan una fraccién ‘mintiscula det peso del cuerpo humano, pero todos ellos son esenciales Dara la vida, generalmente porte resuiltan impres- ‘cindibles para la funcidn de protefnas especificas, inclidos los cenzimas. La capacidad transportadora de oxigeno de la molé- cla de hemoglobina, por ejemplo, depende totalmente de cua- to iones hierro que constituyen sso el 0;3% de stt masa, Las biomoléculas son compuestos de carbono con una diversidad de grupos funcionales ‘La quimica de los organismos vivos se organiza alrededor del ccarbono, que representa mis de la mitad del peso seco de las células. El carbono puede formar enlaces simples con étomos de hidrégeno y tanto enlaces simples como dobles con los tomes de axigeno y de nitrogeno (Fig. 1-13). La capucidad de Jos dtontos dle carbono para formar enlaces simples carbono- carbono de gran estabilidad es crucial en la biologia. Cada ‘tomo de carbono puede formar enlaces simples con hasta ‘euatro atomos de carbono diferentes. Dos dtomos de cattono pueden compartir también dos (0 tres) pares de electrones, dando lugar a enlaces earbono-carbono dobles (o triples). ‘Los cuatro enlaces simples que puede formar un stomo de cearbono se distrbuyen tetracdricamente, con un dnguilo de 1095? abn C+ A on aay entries Sew , kid hex CO. +-N: —> ‘ON ean: > enh — a ei FIGURA 1-13 Versatilidad de enlace del earbono, £1 carbone puede formar enlaces covalentes simples, dobles y triples en roo), en partie cular con otros stomos de carbono. Los enlaces triples son muy poco frecuentes en biomoléculas, 1.2 Fundamentos quimicos 13 ) FIGURA 1-14 Geometria de los enlaces del carbono. (a) Los itomos de carbono presentan la distribucién tetragchica caracteristica de sus ‘cuatro enlaces simples. (0) Los enlaces simples carbono-cathono Presentan libertad de rotacién, que aqut se muestra para e! etano (CH.—CHs). (© Los enlaces dobles son més cortos y no permiten fa ti- bre rotaciin. Los dos carbonos unidos por el enlace doble y los dtomos ddenominados A, B,X e¥ estén situados en el mismo plano rigid. entre ellos (Fig. 1-14) y una longitud media de 0,154 nm, Bxiste libertad de rotacion alrededor de cada enlace simple earbono- ‘earbon0 a no ser que ambos étomos de carbono estén unidos a ‘grupos muy voluminosos 0 cargados, en cuyo caso la rotacién uede estar restringida. Un enlace doble carbono-carbono es mas corto (mide aproximadamente 0,134 nm) y rigilo, ¥ per- mite una rotacidn cast nula alrededor de su eje, Los atomos de carbono enlazavies covalentemente en las, ‘biomoléculas pueden formar cadenas lineales, ramificadas y estructuras circulares. A esos esquelotos de earbono se les aafaden grupos de otros toms, Uamados grupos funeiona- Jes, que conficren propiedades quimicas especfficas ala mole ccula, Es probable que la versatilidad de enlace del earbono fuera una de las causas principales de la seleceién de los come uestos dle earbono para formar parte de la maquinaria mole- ‘cular de las células durante el origen y la evolucién de los Seres vivos, Ningtin otro elemento quimico puede formar mo- Jéculas con formas y tamatios tan diferentes 0 con tanta varie- dad de grupos funcionales. Puede considerarse que la mayor parte de las biemoléculas son derivados de los hidrocarburos, con dtomos de hidrégeno reemplazados por grupos funcionales para dar lugar a las dife- rentes familias de compuestos orgénicos. Las mis comunes ‘son los alcobioles, con tno o més grupos hidroxilo, las aminas, ‘con grupos amino, los aldehidos ¥ las cetonas, con grupos car Loni, y los dcidos carboxilicos, con grapos carboxilo unidos (Pig. 1-15), Muchas biomoléculas son polifancionales y conti. 1nen dos o mis tipos de grupos funcionales (Fig. 1-16), cada tno ‘con propiedaies quimicas y reaetivicad propias. La “personali- {axt” quimica de cada compuesto viene determinada por la qui ‘mica de sus grupos funcionales y su disposicién tridimensional.4 Copiulo 1 Fundamentos de biequimica H stats or ae Biilo Amida ee nu EAE = —d Hi Inideat Carbonilo R'—G—R? ‘Sulthidrilo: (eto) obo Dinalfre nas Hidroxilo R—O—H ‘Ticéster_ RL (ales) FAGURA1-18.Agunos grupos foncionaes comtesdeletondeke trae gee = etna «| BLO = fg, a coro en oa ao lango ded ett, sla para representar un funy cuter, Puss er on Simple como un oro de egeno par texan x rip cron, Anbiio RGIOSE Ridden 8 Coane eon dos ccs, ee suryents en una oll veerples arbre) elise tSeupernce Tet mado ac foxaty Las células contienen un conjunto universal de moléculas pequefias En la fase acuosa de una célula (citosol) se encuentran di- sueltas de 100 a 200 pequefias moléculas orgénicas diferentes, Gf, ~100 a ~500), que son los metabolitos centrales de las ru- tas principales presentes en la practica totalidad de las célu- Jas -Ios metabolites y rutas que se han conservado a lo largo de la evolucién-. (En el Recuadro 1-1 se encuentra una expli- cacion de las diversas maneras de referirse al peso molecular de una sustancia.) En este conjunto de moléculas se incluyen Jos aminodeidos, nuclestides, azitcares y sus derivados fosfori lados y ciertos dcides mono-di-y tricarboxflicos. Las molécu- Jas son polares 0 cargadas, solubles en agua y se encuentran cen concentraciones que van desde micromolar a milimolar. Se mantienen dentro de la eélula porque la membrana plasm- tica es impermeable ¢ ellas ~eunque algunos transportadores ‘especificos de membrana pueden catalizar el movimiento de clertas moléculas hacia el interior o el exterior de ls eéluls 0 entre compartimientos de las células eucariéticas-. La presen-1.2. Fundamentos quimicos 15 ste ati ‘odster amido amido TE OH ee Cte GR cee Fcc REC 09-0-0- é bc 8 | a — HG ste hed ia 5-8 App or akc 6 Om cana Mmas scene A “0-Px0 ta (Gate abv. Co es pra de ry Acetil-coenzima A oe {grupos acetilo en algunas reacciones enzimaticas. cia universal del mismo conjunto de compuestos en las céhi- las vivas es una manifestacion de la universalidad del disefio metabélico y refleja la conservacion evolutiva de las rutas me- tabélicas que se desarrollaron en las eélulas primitivas. Existen otras biomoléculas de pequeria masa molecular ue son especiticas para ciertos tipos de células u organismos. Por ejemplo, las plantas vasculares contienen, ademas de los metabolitos ya comentados de carécter universal, otras molé- culas denominadas metabolitos secundarios, que juegan un papel especifico en la vida de la planta. Entre estos metaboli- tos se incluyen compuestos que proporcionan a las plantas su aroma caracterfstico y otros como la morfina, quinina, nicotina ¥ cafefna, Bl conjunto de pequefias moléculas de una célula determinada ha recibido el nombre de metaboloma de la cé- lula, sugiriendo un paralelismo con el término “genoma” (defi- nido anteriormente y que se comentard més ampliamente en la Seccién 1.4). Si supiéramos la composicién del metaboloma de una cétula, seriamos capaces de predecir qué enzimas y ru- tas metabélicas son activos en su interior. Las macromoléculas son los principales constituyentes de las células Gran parte de las moléculas bloldgicas son macromoléeulas, polimeros de alta masa molecular consteuidos a partir de pre- cursores relativamente simples, Las proteinas, los acidos n= cleicos y los polisacéridos son el resultado de la polimerizacién, de subunidades relativamente pequeiias de masa molecular relativa igual 0 inferior a 500, Bl miimero de unidades polime- rizadas puede variar entre decenas y millones. La sintesis de macromoléculas es una de las actividacles celulares que mis cenergfa consume. Las macromolseulas pueden formar luego es- CUADRO 1-4 .BIOQUIMICA PRACTICA. Peso molecular, masa molecular y las unidades que deben utilizarse Existen dos maneras comunes y equivalentes de definir la ‘masa molecular y ambas se uilizan en este texto. La primera, es el peso molecular, 0 masa molecular relativa, represen- tados por el simbolo M,. El peso molecular de una sustancia, se define como la relacidn entre la masa de una moléeula de esta sustancia y la duodécima parte de la masa del earbono- 12 (!%C). Al definirse como una relacion entre dos valores con Jas mismas unidades, M,no tiene dimensiones -no tiene. lunidades asociadas~. La segunda es la masa molecular, representada por m. Esta es simplemente la masa de una molécula, ola masa molecular dlivdida por el niimero de Avo- gadro. La masa molecular, m, se expresa en daltons (abre- vvindo Da). Un dalton equivale a una duodécima parte de la ‘masa del carbono-12; un kilodalton (kDa) equivale a 1000, daltons y un megadalton (MDa) a un millén de daltons, Gonsidérese, por ejemplo, una molécula de masa 1000 veces la del agua. De esta motécula podemos decir lo si- guiente: M, = 18.000 0 m = 18,000 daltons. Tambien la po- demos deseribir como “una molécula de 18 kDa", Sin embargo, la expresién M, = 18,000 daltons es incorrecta. tra unidad que sirve para describir la masa de un tinico ‘tomo o una tiniea molécula es la unidad de masa atémica (anteriormente denominada uma, abreviatura que ahora ha sido cambiada por u). Una unidad de masa atémica (11) se define como la duodécima parte de la masa de un tomo de carbono-12. Puesto que la masa de un dtomo de earbono-12. medida experimentalmente es de 1,926 x 10-** g, 1 u 1,6006 > 10-™ g, La unidad de masa avémica resulta ade~ cuada para describir, por ejemplo, la masa de un pico abser- vado por espectrometria de masas (véase Recuadro 3-2) $s16 Capitulo Fundamentos de bioquimica ‘tructuras supramoleculares, dando lugar a unidades funciona- les tales como los ribosomas. En la Tabla 1-2 se muestran las principales clases de biomoléculas de la bacteria B coli Las proteinas, largos polimeros de aminodcidos, constitu- yen, excluyendo el agua, la fraccion celular mis importante, Al- ‘unas proteinas tienen propiedades cataliticas y actiian como ‘enaimas, otras sirven como elementos estructurales, receptares de sefales o transportadores que acarrean sustancias especifi- ‘eas hacia o desde el interior de las eélulas. Las proteinas son ‘uizé las biomoléculas mas versitiles. Los éeidos nueleicos, DNAy RNA, son polimeros de nucletidos, Almacenan y trans. rmiten la informacién genética y algunas moléculas de RNA de- sempefian papeles estructurales y cataliticas en complejos ‘supramoleculares, Los polisacarides, polimeros de azticares ‘simples como la glucosa, tienen dos funciones:sirven como alma- ccén de combustibles energéticos y como elementns estructura- ‘es extracehulares que proporcionan sitios dle Hjacién especiticos ‘para determinadas proteinas. Los polimeros ms cortos de azt- cares (oligosacaridos) actiian como sefales especticas cuando ‘se presentan unidos a protefnas o ipkdos de la superficie celular. Los lipidos, derivados grasos 0 aceitosos de hidrocarburos, sirven como componentes estructurales de las membranas, re serva de combustible rico en enerpla, pigmentes y sefiales in- ‘racelulares. En proteinas, deidos nucleicos y polisacaridos el ‘nimero de subunidades monoméricas es muy grande: la masa ‘molecular relativa de las proteinas oscila entre 5000 y mis de millon, es de hasta varios miles ce millones en éeidos nuclei- ‘cos ¥ del orden de millones en polisacaritlos como el almidén. Las moléculas individuales de lipido son mucho més pequefias (Gf, 750 a 1500) y no se consideran macromoléeulas. Pero la asociacién no covalente de un gran ntimero de moléculas de It pido produce la formacién de estructuras de gran tamaiio, Las ‘membranas celulares se constrayen a partir de enormes agrega- dos no covalentes de moléculas de lipidos y de proteinas. lias proteinas y los écidos nucleieos son moléeulas in- formativas: cada proteina y cada dcido nucleico posee una secuencia caracteristica rica en informacidn, Algunos oligosa- ccéridos de estructura ramificada ¥ formados por seis 0 mis azticares diferentes son también moléculas portadoras de informacién y actiian en la superficie celular externa como Puntos altamente especificos de reconocimiento en muchos procesos celulares (como se descrihiré en el Capitulo 7). La estructura tridimensional se describe en términos de configuracién y conformacién Los enlaces covalentes y los grupos funcionales de las biomo- Jéculas son de importancia central para su funcién, al igual que Jadistribuetén de los 4tomos dle una biomolécula en el espacio tridimensional (su estereoquimica). Los eompuestos de car- bono existen normalmente como estereoisémeros, molécti- Jas que contienen fos mismos enlaces quimicos pero con una estereoquimica diferente, es decir, con diferente configura- i6n o relacion espacial entre sus étomos constituyentes. Las interacciones entre las biomoléculas son invariablemente es- tereoespecificas, lo que implica que las moléculas que inter- actian deben tener tna estereoquimiea concreta, La Figura 1-17 muestra tres formas de ilustrar la estruc- tura estereoquimica de moléculas simples. El diagrama en @ (by © FIGURA 1-17 Representacién de moléculas, Tees maneras de repre: sentar la estructura del aminodcido alanina. (a) Férmula estructural en perspectiva: el simboto (=) representa un enlace en el que el ‘tomo del extrema mis ancho se prayecta hacia el exterior del plano dl papel y hacia el lector; el simbolo (e-) representa enlaces que es- tn dirigidos hacia la parte posterior del plano del papel. b) Modelo de bolas y varillas, donde se observan las longitudes relativas de los ‘enlaces y los dngulos de enlace, () Modelo espacial leno, en el que ‘cada Stomo se presenta con su radia de van der Waals.wo0e, Na None no0c”” “Scoo 1 coon Acido maleico (cis) Acido fumérico (trans) @ ar ‘eis Retinal ) perspectivaexpesifia la estereoqutmica de forma no arbigua, ‘pero los dngulos y ls distancias de enlace se representan me {or con modelos de bolas y varillas. En los modelos espacal- ‘mente llenos el radio de cada stoma es proporcional asi radio de van der Waals los contornos cel modelo definen el espacio coeupadio por la maléeula, La configuracién es el resultado de la presencia de (1) en- laces dobles, alrededor de los cuales no existe libertad de rota- cin, 0 2) centros quirales, arededor de los cuales los grupos sustituyentes se disponen sestin una secnencia especiica, La caracteristica que identifica a los isémeros configuracionales es que no pueden ser interconvertides sin romper temporal- mente uno o mis enlaces covalentes. La Figura 1-18a muestra Jas configuraciones del dcido maleic y de suisémero, el cido fumacieo. Estos eompuestos son isémeros geométricos © cis-trans; differen en la disposteién de sus grupos sustituyen- tes con respecto al doble enlace que no posee capaeidad de rotaci6n (del latin es, “a este lado" tos grupos se eneventran enel mismo lndo del enlace doble; trans, “al otro lado" los strupos se hallan en lados opuestos). El cido maleico es eisé- mero cs ¥ el cido fumarico s el trans; cada uno de ellos es tun compuesto bien definido que puede ser aislado y purif- cado, teniendo cada uno de ellos sus propias caracteristicas aquimicas. Un sitio de unién (por ejemplo, en un enim) que sea complementario para una de estas moléculas no lo serd para la otra, lo cual explica por qué estas dos compuestos tie- 1.2. Fundamentos quimicos 17 FIGURA 1-18 Configuraciones de isSmeros geométricas. (a) Los sé ‘eros como el cdo maleico y el écido fumdrice no pueden inter: converte sin a rotura de enlaces covalentes, proceso que consume ‘mucha energia,(b) En la retina de los vertebrados,e! paso inicial del proceso de deteccién de la luz es la absorcion de la luz visible por parte del 11-cs-retinal. La energa de la luz absorbids (aproximada- ‘mente 250 K/mol) convierte el 11-cis-etinal en todo-trans-retinal, lo {que produce variaciones elécricas en las células de la retina que dan, lagar al impulso nervioso. (Observese que en fos modelos de bolas y varillas de los rtinales se omiten los étomos de hidrégeno.) ‘Todo-trans-Retinal rnen papeles biolégicos diferentes a pesar de ser quimicamente ‘muy parecidos, En el segundo tipo de isomeria configuracional, los cun- tro sustituyentes diferentes unidos a un dtomo de earbono te- traédrico pueden ordenarse en el espacio de dos maneras diferentes (tener dos configuraciones, Fig, 1-19), danclo lugar a dos estereoismeros con propiedades quimicas similares 0 idénticas, pero que difieren en algunas propiedades lisicas v biol6gicas. Se dice que un tomo de carbono con cuatro susti- tuuyentes diferentes es asimétrico y los carbonos asimétricos se denominan centros quirales (del griego chiros, “mano”). ‘Una molécula con un solo carbono quiral puede tener dos es- ‘tereoisémeros, mientras que puede haber 2" estereoiscmeros cuando les carbons quirales son dos o més (n). Algunos este- reoisémeros son imagenes especulares tno del otro; son los lamados enantiémeros (Fig. 1-19). Las parejas de estereo- Ssdmeros que no son imégenes especulares entre si se denosi- nan diastereémeros (Fig. 1-20). ‘Tal como observ6 Louis Pasteur (Recuadro 1-2), los enan- 1iémeros tienen propiedad quimnicas casi idénticas pero se di {erencian en una propiedad fisica caracteristica, su interaccién, ‘con la luz polarizada. En soluciones separadas, Ios des enan- tidmeros rotan el plaxo de la luz polarizada en direcciones ‘opuestas, pero soluciones equimolares de Jos dos enanticre- ros (mezelas racémieas) no provocan rotacién éntica. Los compuestos sin centros quirales no rotan la luz polarizada,18 Coprulo 1 Fundamentos de bioquimica soperronerse ala imagen ‘specular del original w nantiomeros (imagenes espoeulares) FIGURA 1-19 Asimetria molecular: moléculas quirales y aquirales. (@) Cuando un stomo de carbono tiene cuatro susttuyentes diferentes (4,8, X,Y), éstos pueden dlisponerse de dos maneras diferentes, que ddan lugar a dos moléculas no supeeponibles,siendo cada una de elias la imagen especular de la otra (enantiémeros). Estos stomos de car- bona asiméticos se denominan dtomos quirales 0 centros qurales. {) Cuando alrededor del tomo de carbono teraédrico se disponen “inicamente tes susttuyentescliferentes (es decir, hay dos susituyentes iquales), solamente es posible una configuracin espacial y la molé ‘ula es simética 0 aquiral. En este caso Ia molécula puede superpo- nerse asu imagen especular la molécula de laizquierd, rotande en sentido contari a las agujas del reloj (cuando se mira hacia abajo porel ee vertical que une A y C), da lugar ala molécula del espejo. Dacia la importancia de la estereoquimica en las reaccio- nes entre biomoléculas (como se vers mas ailelante), el bio- 4quimico debe poder denominar y representar la estructura de las biomoléculas de modo que su estereoquimica quede defi- nida sin ambigitedad. El sistema de nomenclatura RS es el més Lit para compuestos con mas de un centro quiral, En este sis- tema se asigna una prioridad a cada uno de los grupos unidos @ un carbono quiral. La prioridad para algunos sustituyentes ‘communes es la siguiente, —OCH, > —OH > —NH, > COOH > —cHO> —CH,OH > —CH, >t Segiin el sistema RS, el atomo quiral ha de mirarse de ‘modo que el grupo de prioridad més baja (4 en el diagrama de Ja pagina siguiente) quede situado en direecién opuesta al ob- servador. Sila prioridad de los otros tres grupos (1 a 3) distni- nuye segtin el sentido de las agujas del reloj, 12 configuracién ‘sera (R) (del latin rectus, “derecha") y si va en contra del sen- Enantiomeros (imagenes especulares) Cs a-¢-u @-c-n 1 CH CH, QO al | a m-c-u O€ an 6—m mele we m OF ry &y OF om, Diasveroomeros (imagenes no especulares) FIGURA 1-20 Dos tipos de estereoisémeros. Hay cuatro butanos di- ‘erenies 2,3-bisustituidos in=2 carbonos asiméticos, por consiguiente 2" 4 estereoismeros). Cala uno de ellos se muestra en un recua- «dro.como una fécmula en perspectiva y como un modelo de bolas y varias, el cual se ha rotado para permit que el lector vea todos los -rupos. Algunas pares de estereoisémeros son imsgenes especulares ‘uno del otra siendo por tanto enantiémeros. Qos pares no son im genes especulares yreciben el nombre de diasteredmeros.RECUAD, Louis Pasteur y la actividad éptica: in vino, veritas Louis Pasteur fue, en 1843, el primera en en- contrar tuna explicacién correcta para el fend meno de la actividad 6ptica. Investigando sobre el sediment cristalino que se acumulaba en fos barriles de vino (una forma del dcido tar- tirieo denominada dcido paratartérico, también conocido como fcido racémien, del latin race- ‘mus “racimo de uva"). Utiliz6 unas pinzas muy fins para separar dos tipos de cristales cuya forma era idéntica pero de los que cada uno de ellos era la imagen especular del otro. Ambos poseian todas las propiedades quimicas del vido tartarico pero, al disolverlos, uno de ellos ‘nacla rotar la luz polarizada hacia la izquierda (levOgiro) y el ‘otro hacia la derecha (dextrdgiro). Pasteur describise inter~ prel6 el experimento de este modo: Lowi Pasteur 1822-1895 En los cuerpos isoméricos, los elementos y las proporcio- nes en las que estin combinados son los mismos, tan s6l0 la disposiein de ios dtomos es diferente... Sabemos, por un lado, que las disposiciones moleculares de os cos ack dos tartéricos son asimétricas y, por el otro, que estas dis posiciones son absolutamente Idénticas, a excepcién de ‘que exhiben asimetria en direcciones opuestas. Se en- ‘cuentran los ditomos del éeido dextro agrupados en forma do una espiral dextrogira, situados en el dpice de un te- ‘raedro irregular, o bien ordenados segtin ésta 0 aquella disposicidn asimétrica? No lo sabemos.* EMeleTU Vor Wse 1.2. Fundamentos quimicos 19 ry ‘Ahora podemos dar una respuesta. Los es- ‘dios cristalograficos con rayos X confirmaron en 1951 que las formas lev6gira y dextrogira del fcido tartérico son entre ellasimfgenes especu- lares y permitieron establecer la configuracion absoluta de cada una de ellas (Fig. 1). Se ha uti- lizado la misma metodologia para demostrar que, aunque el aminodcido alanina existe en dos formas enantioméricas (denomtinadas » y 1), en las proteinas la alanina se presenta s6lo en una de las formas (el ismero 1; véase Capi- tulo3). HOOC?, , {COOH —-HOOC! | SCOOH Sa oe 4 iH H H dn YP Vit Acido (2R,3R)-tartérieo Acido (28,38)-tartérico eee ‘evtgio) FIGURA 1 Pasteur separ cristales de dos estereoisémerns del cido tartérico y demostré que las disoluciones de fos dos compuestos por separado daban lugar a mismo grado de rotacin de luz polari- zada pero en direcciones opuestas, Mis tarde se demost6 que las formas dextogiray levogiza de Pasteur correspondian a las formas Jsoméricas (RR) y (5,9) aqut mostradas. Enel texto se describe el sistema de nomenclatura RS. “Ptraido de la conferencta de Pasteur en la Société Chimique de Paris en 1887, citada en Dubos, R (1976) Louis Pasteur: Fee Lance (of Science, p. 95, Charles Scribner’ Sons, New York tido de las agujas del reloj Ia configuractén sera (S) (del latin sinister, “izquierda”). De esta manera cada carbono quiral es llamado (R) 0 (5) y la presencia de esas designaciones en el nombre del compuesto proporciona una descripeién inequi- ‘voea de la estereoquitnica de carla centro quiral HE ®) ‘sh En el Capitulo 8 se deseribe otro sistema de nomenclatura, el sistema byt, Una moléeula con un solo centro quiral (como el sliceraldeh ido) recibe un nombre no ambiguo con cualquiera de los dos sistemas, BE sa ete” le or, CH,OH HOH, sGtorslahde =n bdo Elconcepto de conformacién molecular describe la dis- pposicién espacial de los grupos sustituyentes que tienen liber- tad para adoptar diferentes posiciones en el espacio sin necesidad de romper enlaces, gracias a su libertad de rotacién, Ast, en el etano, un hidrocarburo seneillo, existe libertad casi total de rotaci6n alrededor del enlace simple carbono-carbono. Por lo tanto, son posibles muchas conformaciones diferentes & interconvertibles de la molécuila de etano, segin el grado de rotacidn del enlace (Fig. 1-21). Dos conformaciones son de es- pecial interés: la extendida, ms estable que las dems y por tanto la predominante, y ls forma eclipsada, la menos estable. No es posible aslar ninguna de estas dos formas conformacio- nales puesto que se hallan en equilibrio y son interconverti-20 Capituio 1 Fundamentos de bioquimica Brera poteneial (ka/mal) 0 60 120 180 240 300 960 “Angulo de tors (grados) FIGURA 1-21 Conformaciones. Et tano tiene muchas canformacio- res posibles al exist libertad de rotacién alrededor del enlace simple carbono-carbono. En el modelo de bolas y villas, cuando el étomo ‘de carbono anterior (desde ef punto de vista del lector y sus tres dito ‘mos de hide6geno rotan con relacién al étomo de carbono posterior, la energia potencial de la molécula aumenta hasta un maximo en la ‘canformacién completamente eclipsada (ngulos de torsion de ©, 120, etc) y disminuye hasta el minimo en la conformacin comple- tamente extendida (ingulos de torsin de 60°, 180°, et). Las diferen- Cias de energia son lo suficieniemente pequetias como para permitir le ripidainterconversién de las dos formas, por fo que resulta impo ble aislar las formas eclipsada y extendida, Dies. Sin embargo, cuando se reemplazan uno 0 més étomos de hidrégeno de cada uno de los carbonos con grupos funcionales ‘voluminosos o cargados eléctricamente, la ibertad de rotacién alrededor del enlace carbono-carbono queda restringida. Ello limita el numero de conformaciones estables de los derivados del etna, Las interacciones entre las biomoléculas son estereoespecificas Las interacciones biologicas entre moléculas son estereoespe- cificas: su “encaje" debe ser correcto estereoquimicamente. La estructura tridimensional de las biomoléculas grandes y peque- ‘as es de importancia primordial en sus interacciones biolégi- eas: un reactive con su enzima, una hormona con su receptor de membrana celular, un antigeno con su anticuerpo especitico son ejemplos de ello (Fig, 1-22). Hl estudio de la estereoqut: mica biomolecular mediante métodas fisicos precisos const tuye una parte importante de la modema investigacién sobre estructura celular y funcién bioquimica, Las moléculas quirales de los organismos vivos se en- cuentran generalmente presentes en s6lo una de sus formas guirales. Por ejemplo, los aminodcidos estan presentes en las Droteinas s6lo como isémeros t; la glucosa, tan s6lo en forma de su isémero p. (En el Capitulo 9 se describen las convencio- hes para denominar Jos estereoisémeros de los amminasicid las correspondientes a los glicides se deseriben en el Capi- tulo 7; el sistema RS, descrito anteriormente, es el mais itil para algunas biomoléculas.) En cambio, cnando un cormpuesto que posee un dtomo de earbono asimétrica se sintetiza quirni- FIGURA 1-22. Encaje complementario de una macromolécula y una ‘molécula pequefia. La figura muestra un segmento de RNA de la Bid reguladora TAR del genoma del virus de fa inmunodeficiencia ‘humana (en gris) undo a una molécula de argininamida (en colon, ‘epresentando un residuo de una proteina que se une a esta region, La argininamida se ajusta a una cavidad de la supericie del RNA y se ‘manliene en esta orientacin mediante varias interacciones no cova- lentes con éte. Esta representacida de la molécula de RNA esta gene: rada con el programa informatico GRASP, que puede calcular la forma de la superficie externa de una macromolécula, definida por los radios de van der Waals de todos los étomos de la molécula 0 por el “volumen de exclusin del solvente, més alli de! cual no puede penetrar una molécula de agua ‘camente en el laboratorio, la reaccidn suele producir todas las formas quirales posibles, formando, por ejemplo, una mezela de formas b y 1. En las ostulas vivas se produce una sola forma ‘quiral gracias a que los enzimas que sintetizan los compuestos uirales son también, a su vez, moléeulas quirales, La estereoespecificidad, o capacidad de distinguir entre estereoisomeros, es una propiedad de los enzimas y otras pro- teinas y un rasgo caracteristico de la légica molecular de las células vivas. Si el sitio de unidn en una proteina es comple- mentario para un isémero de un compuesto quiral, no seré complementario para el otro isémero, En la Figura 1-23 se :niestran dos notables ejemplos de la capacidad de los siste- mas biologicos para distinguir estereoisémeres, RESUMEN 1.2 Fundamentos quimicos Gracias a su versatilidad de enlace, el tomo de carbono puede producir una amplia variedad de cesqueletos carbono-carbono con diversidad de grupos funcionales; estos grupos son los que contfieren su. personalidad biolégica y quimica a las biomoléculas, Las céhulas vivas contienen un conjunto casi universal compuesto por unos centenares de moléculas de baja ‘masa molecular; las interconversiones de esias ‘moléculas en las rutas metabolicas centrales se han, cconservado a lo largo de la evolucién. '& Las protefnas y los acidos nucleicos son polimeros lineales de subunidades monoméricas simples; sus13 Fundamentosfiscos 24 fs oH, receptoressersriales del gut y lfato humans, % ‘i {@) Das estereoluSmeros dea carvona: a eanona Ss 0 No ‘(aislada del aceite de menta) pose la fragancia I ‘caracteristica de la menta; la(S}-catvona (de aceite i oe dl semis de alarvea) hele a alcaroves, E ae -partamo, el edulcorante comercializado con el ie 4 Be nombre de NutaSwet, se dstngueficlmente 2 Hy desu estereisGmuro amargo a psa de que sus arson (Stearvona conformaciones difieren tan sélo en uno de los cates) @ Saleareves) dos somos de carbono quires. — r ia 8 0 Te Jt CO Ne, O_o ae cay Ee Se ote, cay oe" Se Soc, § ‘i # gu te ¢ Ae, on, uo Seu He Set edn ub dn C c Hq H ‘-Aapartlfenilalanil met ter ‘-Asporti-fenilalanil metiléster ‘aspartamo) (dale) ‘amareo) (by) secuencias contienen la informacién para definir su estructura tridimensional y sus funciones biolégicas, La iinica manera de cambiar la configuracién molecular es mediante ia rotura de enlaces covalentes. Si un dtomo de earbono tiene cuatro sustituyentes diferentes (un carbono quiral), éstos pueden ordenarse de das modos diferentes, _generando estereoisimeros con propiedades diferentes. Sélo uno de los estereoisémeros es biolégicamente activa. La conformacion molecular es Ia posicién de los dtomos en el espacio resultante de Ja rotacién alrededor dle enlaces simples y sin que ‘mplique la rotura dle enlaces eovalentes, De modo précticamente invariable, las interacciones entre moléculas bioldgicas son estereoespecificas: requieren el encaje complementario entre las moléculas que interacttian, 1.3 Fundamentos fisicos Las células y organismos deben realizar trabajo para mante- nerse vivas y reproducirse. Las reacciones sintéticas celulares, rrequieren aporte de energ{a cel mismo modo que los procesos sintéticos industriales, También se consume energi en el mo- vimiento de una bacteria, en el destello de una luciérnaga 0 en Ja descarga eléctrica de una anguila. Ademds, el almacenaje ¥ Ja expresion de la informacién tienen un caste energético, sin cel cual las estructuras rieas en informacién perderian inevita- blemente su orden y, por ende, su significado, Las células han desarrollado, a Jo largo de la evolucién, 'mecanismos muy eficientes para el acoplamiento de la enersia, ‘obtenida de la luz solar o de los combustibles con muchos pro= ‘cesos celulares que consumen energia. Uno de los objetivos de Ja bioquimica es la comprensién, en vérminos quimicos y cuan- titativos, de los mecanismos de extraccién, canalizacién y con- sumo de Ia energia en las células vivas. Podemos considerar Jas conversiones de la energia celular en el contexto de las le- vyes de la termodinamica. Los organismas vivos existen en un estado estacionario dindmico y no se encuentran ‘nunca en equilibrio con su entorno ‘Las moléeulas ¥ Ios iones contenidos en un organismo vivo difie- ren en cuanto a tipo y concentracién de los que se encuentran en su entorno, Un Paramecium en una charea, un eritrocito enel torrente sanguineo humano o un manzano en wn jardin, son ejemplos de organismos que tienen una composicién dife- rente a la de su entorno y que, una vez maduros, mantienen {en una primera aproximacion) una composicién constante a ‘pesar de que su entorno cambie constantemente. A pesar de que la composicién quimica caracteristica de tn, ‘organismo varia poco a lo largo del tierapo, la poblacién de mo- Jéculas de una cétula u organismo se encuentra bien lejos de ser estatica. Continuamente se sintetizan y se degradan pequeftas ‘moléculas, macromoléculas y complejos supramoleculares me- diante reacciones quimicas que necesitan de un Mujo constante de masa y enengfa a través del sistema, Las moléculas de hemo- globina que estén transportando en este momento oxieno destle nuestros pulmones a nuestro cerebro se sintetizaron el ‘mes pasado; dentro de un mes se habréin degradado y habran sido reemplazadas por nuevas moiéculas de hemoglobina. La ‘glucosa que ingerimos en la ultima comida se eneventra ahora22 Capitulo Fundamentos de bioquimica circulando por nuestro torrente sanguineo; antes de que ter mine el dia estas mismas moléculas de glucosa se habran convertido en didxido de carbono o grasa y habrdin sido reem- plazadas por un suministro fresco de glucosa, de modo que nuestra concentracién de glucosa en sangre se manteniga mas ‘menos constante a lo largo del dia, La cantidad de hemoglobina y glucosa en sangre permanece practicamente constante por- ‘que la velocidad de sintesis o ingestion de cada una de ellas ‘compensa con exactitud la velocidad de su degradacién, con- ‘sumo o conversion en algiin otro producto. La constancia en la cconcentracign es e! resultado de un estado estacionario dénd- ‘mico, un estado estacionario que se encuentra lejos del equil- brio. El mantenimiento de este estado estacionario requiere ¢l porte constante de energia; cuando la célula ya no es capaz de generar energia, muere e inicia su degradacién hacia el equili- brio con su entorno, A continuacidn veremos qué es lo que se conoce exactamente como “estado estacionario” y “equilibrio”. Los organismos transforman energia y materia de su entorno Para las reacciones quimicas que tienen ugar en solucién, po- ‘demos definir un sistema como el conjunto de los reactivos y productos presentes, el disolvente que los eontiene y la atmos- fera circundante o, dicho de otro modo, todo aquetlo que esté incluido en una regiGn definida del espacio. El conjunto del sistema y su entorno configura el universo. Si el sistema no intercambia materia ni energia con su entomo, se denomina ‘aislado. Si el sistema intercambia energia pero no materia ‘con su entorno es un sistema cerrado; si intercambia materia ‘y energia, es un sistema abierto. ‘Un organismo vivo es un sistema abierto que intercambia materia y energia con su entorno. Los organismos vives ex- traen energia de su entomo de dos maneras: (1) captan com Dustibles quimicos (como por ejermpio ghucosa) del entorno y cextraen energia de su oxidacion (véase Recuadro 1-3, Caso 2); ‘0 (2) absorben energia de la luz solar. Laprimera ley de la termodindiaica, desarrollada a partir de la fisica ¥ de la quimica pero plenamente vilida para sistemas biol6gicos, describe el principio de conservacion de la enersia: ‘en cualquier proceso fisico 0 quémico ta cantidad de ener- ‘gia. total del universo permanece constante, aunque su “forme: puede variar: Las eélulas son consumados transductores ‘de energia, capaces de interconvertir enerpia quimica, electro- ‘magnética, mecéniea y osmdtica con gran eficiencia (Fig 1-24). El flujo de electrones proporciona energia para los organismos Practicamente todos los organismos vivos derivan su energia, directa o indirectamente, de Ia energia radiante de la luz solar ‘que proviene de las reacclones de fusin termonuclear que se ‘producen en el sol. Las células fotosinteticas absorben Ia ener- sia luminosa del sol y Ja utilizan para dirjair los electrones desde el agua al diéxido de carbono, dando lugar 4 compues tos ricos en enerafa tales como glucosa (GgHh20,), almidén y sacarosa, ¥ Uberando O; a la atmésfera: i 6CO, + 6H,0 ——> CoHaa0e + 602 (reduecién del CO. por aceién de Ia energia luminosa) La células y los organismos no fotosintéticos obtienen eneraia para sus necesidades mediante la oxidaci6n de los productos r- ‘cos en energfa de la fotosintesis, ransportando electrones hacia, nergia potencial Mae irae reeves Luz solar ‘Transdueciones Trabajo celular: do energia i para realizar trabajo © ‘Aumento en ot desorden entropfa) del entorno ‘compuestos més simples. jas moléeulas de combustible iniciales: CO,, NH, H,0, HPOF @ Desoenso en el desorden (entropia) del sistema Rewesiee ee ‘para dar Iugar a maeromoléculas ‘Heas en informacion: DNA, RNA, proteinas © FIGURA 1-24. Algunas interconversiones de energia en los organis- mos vivos. Durante la transcucciones metabolicas de energi, el de- ‘orden del sistema y de sv entorno fentropfa) aumenta a la vez que la ‘energia potoncial de las moléculasnutrientes complejas dismiuye, {a) Los organismos vivos extraen energia de su entorno, (b) converter tia pane de ella en formas ile para product trabajo; () devuelven ‘una parte al entorno en forma de calor y () iberan moléculas como productos finales menos orgarizadas que el combustible orignal, au frentando la entropia del universo, Como consecuencia de todas es tas transformaciones (e) aumenta el orden (isminuye el desorden) en cel sisema mediante la formacién de macromoléculas complejas. I Capitulo 13 hace un tratamiento cuantitativo de la entropic“€1.04 atmosférico para formar agua, didxido de carbono y otros productos finales, que son recicladas en el medio ambiente: CeHy.05 + Oz —+ 6CO, + 6H,O + enengia (reaccién de oxidacion dea glucose que produce energia) Pricticamente todas las transducciones enengéticas de las c&- ulas pueden entenderse como un flujo de electrones desde ‘una molécula a otra, en un proceso “cuesta abajo” desde po- ‘enciales electroquimicos superiores a inferiores; siendo ast, ‘esto es formalmente andlogo al flujo de electrones en un cir ‘euito eléctrico alimentado por una baterfa eléctrica. Todas las reacciones que implican un flujo de electrones son renecio- nes de oxidacién-reduecién: un reactivo se oxida (pierde electrones) y otro se reduce (gana electrones). Crear y mantener el orden requiere trabajo y energia E]DNA, el RNA y las protefnas son macromoléculas informati= ‘vas. Ademas de usar eneraia quimica para formar los enlaces ccovalentes entre las subunidades de estos polimeros, las célu- Jas deben invertir energia para ordenar las subunidades en su. secuencia correcta. Es extremadamente improbable que los aminodcidos de una mezcia se condensen esponténeamente ‘para formar una proteina de secuencia tinica. Blo implicaria un ‘aumento del orden en una poblactén de moléculas, lo que con- ‘trastaria con la segunda ley de la termodinémica segin la cual Ja tendencia de cualquier proceso naturales la de incrementar eldesorden del universo: ia entropia total del universo esta ‘en consiante crecimiento. Para dar lugar ala sintesis de ria cromoléculas a partir de sus subunidades monoméricas debe ‘suministrarse energfa libre al sistema, en este caso, la célula. El desorden de los componentes de un sistema quimico ‘se expresa como entropfa, 5 (Recuadtro 1-3). Cualquier va- riacién en el grado de desorden de un sistema equivale a uma va~ riacién de entropfa, AS, que, con- vencionalmente, adopta valores ositivos cuando aumenta el de- sorden. J. Willard Gibbs, que desa- rrollé la teoria de las variaciones ‘enengéticas durante las reacciones quimicas, demostré que el eon- tenido en energia libre, G, ie cualquier sistema cerrado puede definirse a partir de tres magnitue des; entalpia, Hf, que refleja el niimero ¥ el tipo de enlaces; en- tropia, 8; yla temperatura absoluta, 7 (en grados Kelvin). La definicion de energia libre es: @ = H — TS. Si una reaccién quitnica tiene lugar a temperatura constante, la variacién de ‘energia libre, AG, viene determinada por la variacién de en- talpia, AH, que refleja el tipo y la cantidad de enlaces quimicos e interacciones no covalentes que se rompen y forman, y la va- rlacién de entropla, AS, que describe el cambio en el grado de desorden del sistema: J. Willard Gibbs, 1839-1903 AG=AH-TAS 1.3 Fundamentos fisicos 23 EH, : Noky a? mn tf of OPO Of Oat gw yeh Re ow As HO @®-P-@-Riboua—Adenina FIGURA 1-25. Adenosina trfosfato (ATP), La eliminaci6n del fosfato terminal de ATP (en rosa} mediante rotura de un enlace fosfoanh- dido es altamente exergénica y se acopla a muchas reacciones en- dorgSnicas en la c6lula (como en el ejemplo de la Figura 1-26b). {Un proceso tienda oeurir esponténeamente slo st AG es negativa. No obstante, la funcién celular depende principal- mente de moléeuias tales como protelnas y dcidos nucleicos, para las que la energa libre de formuacion es postiva: son me nos estables y més ordenadas que una mezela de sus eompo- nentes monomérioos. Para levat aeabo estas reacciones que requicren energia (endergénicas), la célula las acopla.a otras que desprenden energia libre (reacciones exergénicas), de modo que el proceso sea globalmente exergénico: la suma de Jas variaciones de energia libre es negativa. La fuente habitual de energia libre en las reacciones biolégicas acopladas es la -energia liberada por la hidrdlisis de enlaces fosfoanhidride ta- Jes como los que se encuentran en la moléeula de adenosina (rifosfato (ATP; Fig. 1-25, véase también Fig. 1-15). Aqui, cada @rrepresenca un grupo fstorio: ‘Auminoscidos — polimero AG es positiva (endergénica) —@B-O——D+D aGyes negativa (energie) Cuando estas reacciones estén acopladas, a suma de AG; y AG, es negativa (el proceso global es exergénico). Mediante esta estrategia, la célula puede sintetizar y mantener los pali- ‘eros ricos en informactén esenciales para la vida, El acoplamiento energético conecta las reacciones biolégicas La cuestion central de la bioenergética es el modo mediante el ‘cual ia energfa obtenida de a uz 0 det metabolismo de los eom- Dbustbles se acopla ala energfa requerida por las reacciones ‘celulaes, Para comprender el acoplamiento de la energia eins teuctivo considerar un ejemplo mecdnico simple camo el mos- trado en la Figura 1-26a, Un objeto situado en la parte superior «de un plano inclinado posee una cierta cantidad de energia po- tencial como resultado de su elevacitn, Tiende a deslzarse por 1 plano, perdiendo su energia potencial al acercarse al suelo. Si al objeto desiizante se le acopla, mediante un mecanisto de ‘cuerda y poten, un objeto ms pequefio, el movimiento espon- ‘neo hacia abajo del mas grande puede hacer eleyar al mas pequeio, realizindose trabajo. La cantidad de energia trans- formable en trabajo es a variacién en energia libre, AG; este24 Capitulo 1 Fundamentos de bioquimica RECUADRO 1-3 BIOQUIMICA PRACTICA Entropia: las ventajas de estar desorganizado [Bl término entropia, que lterslmente significa “cambio en et interior’, fue utilizado por primera vea en 1851 por Rudolf ‘Clausius, uno de los autores que formularon la segunda ley die la termodinémica, La definieién cuaruitativa rigurosa de Js entropia implica consideraciones estalistions v probabsis- ‘leas. No obstante, se puede lustrar st naturaleza do forma ccualitativa con tres ejemplos sencillos, ada uno de los cua- Jes rmestra un aspecta de Ia entropia. Los rasyes clave que deseriben la entropia son azary desorten, que se manihies- {an en formas diversas, Caso 1: La tetera y fa distribucién aleatoria del calor Sabemos que el vapor que se genera a partir del agua en ebullicion puede realizar trabajo dtil. Pero supongamos ‘que apagamos el fogon debajo de una tetera llena de agua 100 °6 (el *sistema") en la cocina (el “entorno”) y la deja- ‘mos enfriar. A medida que se enta, no se produce trabajo, pero el ealor pasaré de la tetera al entorno, elevando la tem- peratura del entorno (la cocina) em uns cantidad infinitest- malmente pequefia hasta aleanzar e] equilibrie completo. En este momento toxdas las partes de la tetera y de la co- ina estaran exactamente a ls misma erperatura, La ener- sia lbre que en un momento estaba concentrada en la tetera tle asta caliente a 100°C, potenciatmente capaz de reali- ‘ar Lrabajo, ha desaparecivio. Su equivalene en enengia ca- lorica esté ain presente en la tetera + cocina, es decir, el “universo”, pero se hua disteibuido por completo aleatoria- ‘mente en todo el misiao. Bsta enorgia ya no sirve para rea lizar trabajo porque no hay diferencial de temperatura dentro dela cocins. Ademis, el aumento de entropia de la cocina (elentomo) es irreversible, Sabemos por experiencia que Pl calor nunca vuelve alrés espanineamente desde la co- cia a In tetera para valver a elevar Ja temperatura del agua 100°C, Caso 2: Oxidacién de la glucosa ‘La entropia es un estado no sélo de ln energfa sino tambien dde la materia. Los organismos aerdbicos (helerstrofos) ex- ‘raen ener bre de la glicosa obtenida de su entorno a ‘raves de la oxidaci6n de la glucosa con Os, también obte- ido del entomo. Los productos finales de este metabo- lismo oxidative, COy y HO, son devueltos al entorno, En este proceso cl entoro experiment un increment de en- ‘ropfa, mientras que el propio orgariismo permanece en es tado estacionario y no experimenta ningfin cambio en sit ‘orden intemo. Aunque parte de la entropia surge dé la disi- pavidn de calor, a entropia también proviene de otro tipo dde desorden, ilustrado por la ecuacion de la oxidacin de ha dlucosa: GqHz204 + 60; —+ 6002 + 6HLO que podemos representar de manera esquematica como Tmolécalas 22 moleulas a le a *Poo ox, (gael 1° a 1,0. Crucosa (Gatco) a eB et 8 ido) Los élomos contenidos en una molécula de glucosa mas 6 moléculas de oxigeno, un total de’7 moléeulas, se dispersan ‘mis al azar por la reacci6n de oxidacién y estin ahora pre- sentes en un total de 12 moléculas (600, + 6H¢0), ‘Siempre que una reaccién quimica transcurre de modo que hay un aumento en el ndmero de moléeulas, @ cuando ‘una sustancia lida se convierte en productas liquids o g- se0808, que permuiten mus libertad para el movimiento ro lecular que un sélido, hay un incremento en el desorden ‘molecular y, par tanto, le entropta. Caso 3: Informacién y ontropia El siguiente fragmento de Julio César; Acto IV, Escena 3, 23 declantlo por Bruto cuando se da cuenta de que se ha de en- {rentar al ejército de Marco Antonio. Bs un ordenamiento no al azar yrico en informariin de 125 letras de alabeto ingles valor serd slempre ligeramente inferior ala cantidad teériea de fenergia lberada, tid cuenta de que una parte de la energin se cisipa en forma de calor de frieeién. Guanto mayor sea la levacisn del objeto grande, mayor sex el cambio energéticn al deslizarse hacia abalo (AG) y mayor sera la cantidad le tra bajo que puede realizar {a0ual es cl equivalente de este proveso en reaceianes quit cas? Bn sistemas cerrads, las reacciones quimicas se pre- dducen espontineamente hasta que se alcanza el equilibrio, Cuando el sistema esta en equilibria, a veloetdad de forma «ld de producto es exactamente igual ala velocidad en que el producto se convierte en reactivo, Aqui no ay un cambio nto en la concentraciGn de reactives y productos ¥ se aleariza im estad estacionario. La variacién de energia que se pro- duce cuando el sistema evoliciona desde su estado inicial al {de equilibrio, sin variaciones en la presién y la temperatura, viene dada por la variacién de enengia libre, AG. La magnitud e AG depende de la reaceién quimica en particulary de lo le- os que el sistema se eneuentre inicialmente del equilibrio, ‘Cada uno de 10s compuestos implicades en una reaccién qu mica contiene una elerta cantidad de energia potencial, uarda relacién con el ndmero y el tipo de enlaces. En lasThere is a tide in the alfairs of men, Which, taken at the flood, leads on to fortune; Onitted, all the voyage of theie life Is bound in shallows andl in miseries, ‘Tiene muchos significados esconclidos aclemss de lo que ex- Presa abiertamente. Refleja unos hechos, pero también se hace eco de las ideas desarrolladas en el drama sobre el con- flicto, la ambicion y las exigencias del lideraego. Es muy rica en informacién. Pero si las 125 letras que forman esta cita se distribuye- an totalmente al azar, de modo caéstico, como se muestra en el cuadro siguiente, no tendrian ningtin significado. Ast, las 125 letras no aportarfan ninguna informacién, o muy ‘Poca, pero serian muy ricas en entropfa, Tales consideracio- ‘es confirman que la informacién es una forma de enersfa y se la ha denominado “entropfa negativa”. De hecho, la rama de las matematicas denominada teorfa de ia informacién, que s basica para la égica de programacién de los ordenadores, ‘estd muy relacionada con la teoria termodindmica. Los orga. nismtos vivos son estructuras muy ordenadas, no al azar, in- Tensamente ricas en informacién pero pobres en entropia, “Eos rege nuance hy ura meer gue, apie er earn onde an ote: pe se earch, 10d vaje dea via va on edi de sy nanos Suacsrve Daas, Esta af SA, Baca. Se reacclones que ocurren esponténeamente, los productos tie- ‘nen menos energia libre que los reactivos, de manera que la re- accién libera una cantidad de energia libre que esta disponible ‘para realizar trabajo. Estas reaeciones se denominan exerséni- as y la disminucion de energia libre de reactivos a productos Se expresa con un valor negativo, Las reacciones endergénicas Fequieren una aportacién de energia y sus valores de AG son Positives, Solo una parte de la energia liberada en las reaccio- nes bioquimicas exergénicas se puede utilizar para producir trabajo. En los sistemas vivos parte de la energia se disipa en forma de calor o se pierde inerementando la entropia, 1.3 Fundamentos fisicos 25 (a) Kjemplo meesnico ao>0 sG<0 eae ly ‘leva ano BEndergénico (b) Rjemplo quimico Renccién 2 ADP SAPP, Reaccién. Energia libre, G Coordenada de reaccion ‘Acoplamiento energético en procesos quimicos y mex inicos. (a) EI movimiento descendente de un objeto libera enerpla Potencial capaz de producir trabajo mecéinico, La energia potencal Wiberada por el movimiento descendente espontineo, un proceso exer ‘6nico (rosa, puede acoplarse af movimiento endergSnico ascenden- te de otro objeto (azul. (b) En la reaccién 1 Ia formacién de glucosa 6 fosfato a pantir de glucosa y fosfato inorganico (P) ca lugar a un pro- «ducto con una enerua superior a la de los reactivos. La AG es postiva ara esta reaccidn endergénica. En la reacciéin 2, la rotura exergénica de adenosina trifosfato (ATP) puede hacer posible una reaccién ender- j6nica cuando ambas estén acopladas. La reacciin exergénica tiene luna variacién de energia libre (AG;) grande y negativa, mientras que €n la reaccidn endexgénica la variacién de energia libre (AG) es mis Pequefa y de valor postvo. La tercerareaccién representa la suma de. las reacciones 1 y 2, y la variacién en su energia libre AG, es la summa aritmétiea de AG; y AG. Dado que el valor de AG; es negativo, la re accin global es exergénica y espontinea. En los organismos vivos una reaccién exergénica se puede acoplar a una endergénica para hacer posibles clertas reaccio- Nes que de otro modo serian desfavorables. La Figura 1-26 ‘lustra este principio para la conversién de glucosa en glucosa 6 fosfato, el primer paso de la oxidacion de glucosa, El camino ‘mais simple para producir glucossa 6-fosfato es: Reaccién 1: Glueosa + P, —> glucosa 6-fosfato (endergénica; AG, es positiva) (Pes la abreviatura para el fosfato inorgiinico HPO3~. No des- cribiremos ahora en detalle, sino més adelante, la estructura26 Copitula1_Fundamentos de bioquimica de estos compuestos.) Esta reacclén no ocurre esponténes- ‘mente porque AG es positiva. Una segunda reaccién muy exergénica puede tener lugar on todas las célnlas: Reaccion 2: ATP+ ADP +P, (exergénica; AG: es negativa) Estas dos reacciones comparten un intermediario comin, P, que se consume en la reaccién 1 y se produce en la reacci6n 2, Las dos reacciones pueden, por tanto, acoplarse en la forma de una tercera reaccién que se puede escribir como la summa de las reaceiones 1 y 2, omitiendo el intermediario comin, Pj de los dos lados de la ecuacién: Reaccién 3: Glueosa + ATP —> glueosa 6-fosfato + ADP Puesto que se libera mas energfa en la reaccion 2 que la con- sumida en la reaccién 1, la variacion de energta libre en la reac- cion 3, AGs, es negativa, lo que hace posible que la sintesis de slucosa 6-fosfato transcurra a través de la reacci6n 3 El acoplamiento de reacciones exergénicas con otras en- ergénicas a través de un intermediario compartide es basico ‘para los intercambios energéticos en los sistemas vivos. La hi- drolisis del ATP (reaccién 2 en la Fig, 1-26b) es la reacelén exergéniica que proporciona la energia para la mayoria de pro- ‘0e808 enderGnicos en las células. De hecho, el ATP es el prin- cipal transportador de energia quimica en la célula Keq y AG? miden la tendencia de una reaccién para transcurrir esponténeamente La tendencia de una reaccién quimica para legar a su final puede expresarse en forma de una constante de equilibrio. Para la reaccion 9A +B — +00 + aD Ja constante de equilbro, Lag Dal Koa TRB onde Au] ee a concentracién de A, [Ba es la concontracién eB, ete, cuando ol sistema ha legato at equilibria. Un valor elevado de Ky indica que la reaccin tiene lugar hasta que los reativos se han converte casi en productos Gibbs demosiré que la AG de una reaccidn quimica cual- aquiera es funcién de ia warincién de energie Ubre estén- dar, AG (una constante caracteristica de cada reaccién cespeeifica) y de un término que expresa la concentraci6n ini- cial de reactivos y productos: Kg, viene dada por ag =A + RT OT a) donde (Aj es la concentracin inci de A y asf sucesivamente, esa constante de los gases y Tes la temperatura absolut, Cuando una reaccién ha aleanzado el equilibrio no per- siste ninguna fuerza que la induzca air en una direccién w otra y no puede realizar trabajo: AG = 0, En esta situacién eon- eta, [Al] = [Avg et. para todos los reactivos y productos, y Lows _ (C.D. TAP IBF TAP Bl” Sustituyendo AG por Oy [Cy'IDIMAJB3" por Keg en la Beus- 1-1, obtenemos la relacién, AG = -RT In Kg de la que deducimos que AG" es tan s6lo una manera altema- tiva a K., para expresar la direecin de una reacolén. Gracias a poder medir X., experimentalmente disponemos de un modo de determinar AG*, la constante termodinamica caracte- ristica de cada reaccién. ‘AG y AG se expresan ambas en joules por mol (0 calorias por mol). Cuando K, >> 1, AG* es grande y negativa; cuando Kg << 1, AG? es grande y positiva. Es posible deducir con un simple vistazo a una tabla de valores de Ko de AG* cuales son las reacciones que tenderén a producirse y cules no, Hay que decir que las constantes termodindmicas como AG" muestran dénde se halla el punto de equilibro final de la reaccién, pero nada nos dicen acerca de la velocidad con que se alearwa (véase Capitulo 6) Los enzimas facilitan las secuencias de reacciones quimicas ‘Todas las macromoléculas biolégicas son mucho més inesta- bles termodinémicamente que sus subunidades monométicas, aunque sean, no obstante, estables cinéticamente: su degra dacién no catatizada ocurre tan lentamente que, en la escala de tiempo aplicable a los organismos, estas moléculas son es- tables. Si practicamente todas las reacciones quimicas celula- res tienen lugar a una velocidad significativa es gracias a la presencia de enzimas ~biocatalizadores que provocan un gran incremento en la velocidad de reacciones quimicas espectficas sin consumirse en el proceso, La trayectoria de una reaccidn entre reactivo(s) y produc to(s) transcurre de manera précticamente invariable a través de una barrera energética, denominada harrera de activacion (Fig 1-27), que debe ser superada para que tenga lugar la re- accién. La rotura y formacién de enlaces implica generalmente xy de manera previa la distorsién de los enlaces existentes, lo que genera un estado de transicién de mayor energia libre que reactivos 0 productos. Bl punto mas alto en un diagrama de coordenadas de reaccién representa el estado de transicin, ¥ la diferencia de energfa entre un reactivo en su estado fun- damental y en su estado de transicién se denomina energia. de activacién, AG. Los enzimas catalizan reacciones pro- porciorando un entorno més confortable para el estado de transicién: una superficie complementaria a su estereoqui- ‘mica, polaridad o carga, La uni6n de un enzima al estado de transiciGn es exorgonica y la energfa liberada por esa uni6n re- duce la energia de activacion de la reaccién, incrementando de modo muy importante su velocidad, Una contribucién adictonal a la. catilisis oeurre cuando dos 0 mas reactivos se unen a la superficie del enzima en sitios ccercanos y en una orientacién estereaspecifica que favorece la reaccién, Gracias a esta disposiciOn se increment en varios B) FIGURA 1-27 Variaciones energéticas durante una reaceidn qui ‘mica. En la conversion de fos reactivs (A) en productos (B) debe sal- varse una elevada barrera de activacién, que representa el estado de transici6n a pesar de que los productos son mis estables que les reac: tivos, tal come indica la gran variacién negativa de energia libre (AG) La ener necesaria para superar la barera de activacién es la energia de activacién (AG) . Los enzimas catalizan las reacciones disminu- yen la barrera de activaci6n. Se unen fuertemente a fos intermedi ios del estado de transicion y la eneraia de enlace de esta interaecién reduce la energia de activacién desde AG*yoex; hasta AG'cx (ODsE vese que la energfa de activacin no estérelacionada con la variacién dea energia libre de la reaccién, AG.) 1.3 Fundamentos fisicos 27 Nutrientes Otro tipo de almavenados trabajo celular Comida Biomoléculas ingerida ‘complejas Fotones ‘Trabajo solares ‘mecinico ‘Trabajo oamético co, Ng "Ny se FIGURA 1-28 Papel central del ATP en el metabolismo. El ATP es el intermediario quimico comtin que conecta los procesos que liberan ‘energla con aquellos que la requieren. Su papel en la célula es ans logo al del dinero en las relaciones comerciales: se “gana/produce” Con eacciones exergénicas y se “gasta/consume” en las endergéni Soras convirtiéndolas en moléculas progresivamente mayores yanas complejas, Estas ruts sintéticas requieren invariable- mente un aporte de energia y en conjunto se denominan ana- bolismo. La compleja red de reacciones catalizadas por enzimas constituye ¢! metabolisme celular. EL ATP es el prin- cipal nexo de unién (el intermediario compartido) entre los ‘componentes anabslicos y catabélicos de esta red (Pig. 1-28), Las rutas de reacciones catalizadas enzimiticamente que ac- ‘tian sobre los principales constituyentes de las eélulas ~protet- nas, grasas, azticares y dcidos nucleicos— son casi idénticas en todos los organismos vivos, El metabolismo esta regulado para conseguir equilibrio y economia Las células vivas no son sélo capaces de sintetizar simulténea- mente miles de clases diferentes de moléculas sino que ade- més son capaces de hacerlo en las proporciones precisas que28 Capitulo Fundamentos de bloquimica son necesarias para la célula en cualquier situacién, Cuando, por ejemplo, se produce un crecimiento celular ripido, deben sintetizarse grandes cantidades de precursores de protetnas y 4eidos nucleicos, mientras que en condiciones de no creci miento la necesidad de estos precursores se encuentra muy reducida, Los enzimas clave de cada ruta metabélica estan re- uladas de manera que cada tipo de moléeula precursora se sintetiza en la cantidad adecuada a las necesidades circuns- tanciales de la célula. Considérese la ruta de B coté que concluce a la sintesis del aminodeido isoleucina. La ruta consta de cinco reacciones, catalizadas cada una por un enaima diferente (las letras A a F tepresentan los intermediarios de la ruta): @ a“) pe +p — BF ‘Treonina | Isoleucina ‘Si una célula empieza a producir més isoleucina de la necesa- tia para la sintesis provelca, la isoleucina no utilizada se acu mula y este ineremento en la concentraci6n inkibe la actividad catalitica del primer enzima de la ruta, con lo que se frena in- ‘megiatamente la produccién de isoleucina. Rsta retroinhibi- ‘cién mantiene el equilibrio entre produecion y utilizacién de da intermediario metabolico. A pesar de que el concepto de ruta discreta es titl para la organizacién y la comprensién del metabolismo, constituye ‘una simplificacién. En la célula existen miles de intermediarios metabélicos, muchos de los cuales forman parte de més de luna ruta. El metabolismo estaria mejor representado por una red de rutas interconectadas © interdependientes. La variacisn, en la concentracion de cualquier metabolito afectaria a otras rrutas, dando inicio a un efecto en cadena que influiria en el Nyjo de materiales a través de otros sectores de la economia de la célula. La comprensién de estas complejas interacciones centre intermediarios y rutas en vérminos cuantitativos es una tarea ingente, pero hoy existen nuevas aproximaciones expe- imentales (véase Capitulo 15) que han empezado a ofrecer uevos puntos de vista sobre la regulacidn del metabolismo. Las eélulas regulan tambien Ia sintesis de sus propios ca- talizadores, los enzimas, en respuesta a la variacion en las ne ccesidades de un producto metabalico (véase Capitulo 28). Laa expresion de los genes (a traduceién de la informacién del DNA en proteinas celulares actives) y la sintesis de los enzi- ‘mas son otros niveles le control metabdlico, Todos ellos deben incluirse al describir el control global del metabolism, Ofrecer luna visi6n completa del modo en que fa eélula regu su activi- dad es una tarea ingente que no ha hecho més que empezar. RESUMEN 1.3 Fundamentos fisicos w Las células vivas son sistemas abiertos que {ntercambian materia y energia con su entorno, cextrayendo y canalizando energia para mantenerse en un estado estacionario dindmica distante del ‘equilibrio. La energia se obtiene de la Iuz solar a de los combustibles, convirtiendo la energia de ‘un flujo electrénico en energia de los enlaces aquimicas del ATP, mw La tendencia de una reaceién quitnica para Legar al equilibrio puede expresarse como Ja variacion en su. eneraia libre, AG, que tiene cos componentes: variacion de entalpfa, AH, y variacién de entropia, AS. Estas variables se relacionan entre ells por la ecuacion AG = AM =T.AS, = Cuando la AG de una reaccién es negativa, la reaccién es exergénica y tiende a Hegar a su fix; cuando AG es ‘positiva, la reaccidn es endergdnica y tiende a avanzar en la direcci6n opuesta, Cuando dos reacciones se sumnan para dar lngar a una tereera reacei6n, la AG de Ia reaccion global es la suma de las AG de las reacciones indlividuales. De esta forma se produce eLacoplamiento de reacciones. La conversiGn de ATP en P, y ADP es altamente exergénica (AG negativa y de valor elevado) y ‘muchas reacciones velulares endergénicas son posibles gracias al acoplamiento a esta reaccién a través de intermediarios comune La variacida de energia libre estandar de una eaccion, AG”, es una constante fisca relacionada con la constante de equilibrio mediante la ecuacién. ae La mayor parte de las reacciones celulares tiene lugar avelocidades titles porque existen enzimas que las catalizan. Los enzimas actiian en parte estabilizandio eLestado de transicién, reduciendo la enengia de activacion, AG", e incrementando la velocidad de reaccién en muchos Grdenes de magnitud. La actividad catalitica de los enzimas en las eéhulas est regulada, 1m El metabolism es la suma de muchas secuencias de reacciones interconectadas en las que se interconvier- ten metabolites celulares. Cada secuencia est regulada de manera que produzca lo que la célula necesita en cada momento y consuma s6lo la energia 1.4 Fundamentos genéticos Posiblemente, la propiedad mas notable de las células y orga- nisms vivos es sit capacidad para reproducirse con fidelidad ‘asi perfeeta a lo largo de incontables generaciones. Esta con- ‘inuidadd cle rasgos heredacios implica que, alo largo de allones de aos, la estructura de las moléculas que contienen la infor- rmacién genética ha debido permanecer constante. Muy pocas Iuellas histéricas de la civilizacicn (Fig, 1-29) han lograclo so brevivir un millar de afios. Pero existen prucbas convincentes dde que las instrucefones genéticas de los organismos vivos ‘han permunecido practicamente inalteradas durante periodos ‘mucio més largos; muchas bacterias tienen aproximadamente el mismo tamano, forma y estructura interna, ¥ contienen et@ >) FIGURA 1-29 Dos escrturas antiguas. a) tl prisma de Senaquerib, srabado aproximadamente en 700 a. C., describe algunos hechos his- {Wricos aczecidos durante el reinado dol rey Senaquerib en earacienes de la lengua asta. El prisma contiene aproximadamente 20.000 ca- racteres, pesa 50 kx y ha sobrevivide pricticamente iniacto durante 2700 afios. (b) La molécula dnica de DNA de la bacteria E.coli, ob: servada durante el proceso de fitrado hacla el exterior de la célla lie sada, es centenares de veces mis larga que la célula misma y ‘ontiene codificada toda la informacion necesavia para especificar la estructura y las funciones de la célula. EI DNA bacteriane contiene aproximadamente 10 millones de caracteres (nuclei, pasa ma nos de 10-'° gy slo ha suffido cambios menores durante los dtimos millones de aFos. (Los puntos amarillos y las manchas oscuras de la _micrografa elecinica colvizada som artefactos dela preparacin) mismo tipo de moléculas precursoras y enzimas, que las que vi vieron hace cuatro mil millones de ailos. Eldescubrimiento de la naturaleza quimica ¥la estructura Lridimensional del material genético, el deido desoxirribo- nucleieo © DNA, se cuenta entre Tos hites fundamentales de Ja biologi del siglo xx. La secuencia de sus subunidades mo- noméricas, los mcledtidos (0 mas exactamente, los desoxirrl- ‘bonueledtidos) de este polimero lineal, lleva codifieadas las instrucciones para formar todos los demas componentos eel lates y actia ademas como molde para la produccion de molé- coulas idénticas de DNA que setén distribuidas a la progenie al Aividitse la célula. La contimuicad en la existencia de una es- pecie biol6gica exige que su informacién genética se mantenga ceslable, se exprese correctamente en forma de productos gé- nieos y se reproduzea con im minimo de errores, La correc= cin y efectividad en el almacenamiento, la expresién ¥ la reproduceién del mensaje genético define a las especies, las distingue de las demas y asegura su continuidad, La continuidad genética reside en las moléculas de DNA ELDNA es un polimero organico largo y delgado que tiene la rara propiedad de estar construldo a escala atémica en una di- ‘mensi6n (anchura) ya escala humana en la otra Clongitud). Un espermatozoide 0 un dvulo humanos, que transportan la informacién hereditaria acumulada a to largo de niles de ra 1.4 Fundamentos genéticos 29 ones de afios de evolucién, transmiten esta erencla en forma de moléculas de DNA en las que el mensaje genético esta codificado en la secuencia lineal de las subunidades de rnucledtido unidas covatentemente, Cuando hablamos de las propiedades de una especie qui- mica solemos deseribir el comportamiento medio de un mtimero muy grande de moléculas idénticas, La prediccién del compor= tamiento de una molécula individual en ima eantidad de, por ejemplo, un picomol de un compuesto (en torn a6 10"! mo- Jéculas) resulta difieil, pero es ms sencillo predecir el compor- tamiento medio de las moléculas gracias al gran mrimero de elias que es posible analizar al mismo tiempo. En este aspecto, 1 DNA celular es una excepeién notable. 1 DNA de una cela de £. coli es una zinica molécula que contiene 4,64 millones de pares de muclestidos y constituye todo su material genético, Esta molécula tiniea debe replicarse perfeetamente en todos sus detalles para que E coli genere una progenie idéntica me dliante la division celular; en este exso no es, por tanto, posible ‘pensar en un comportamiento medio, 6 estadistieo. Lo mista ‘ocurre en todas las demas células. Unt espermatozoide humana porta al 6vulo que fecunda una sola moléeula de DNA en cada Juno de los 23 cromosomas diferentes, que se combinan con una sola molécula de DNA en cada uno de los eromosomas corres- pondientes del évulo. £1 resultado de esta union es faeilmente predecibie: un embridn que contiene la totalidad do sus 35.000 _genes, formado por3 mil millones de pares de mucledtidos, ein {actos juni hazaita quimica ineretbe! La estructura del DNA hace posible su replicacién y reparacién con fidelidad casi perfecta [La capacidad de las cétulas vivas dle preservar su material gené- tico y duplicarlo para su transmision a la seneracion siguiente cesel resultado de Ja complementariedad estructural entre las ddos mitades de la molécula de DNA (Fig. 1-30). La unidlad bé- sica del DNA es un polimero lineal formado por cuatro subuni ddades monomérieas diferentes, los desoxirribonuclestidos, oritenadlos en una secuenca lineal precisa, Bn esta secuencia Ii- neal se encuentra codiicada la informacion genética. Dos de es: tas cadenas poliméricas se enrollan una sobre Ia otra para formar la doble hlice de DNA, en la que cada subunidad mono- rérica de una cadena queda especficamente apareada con una subunidad complementaria de la cadena opuesta, Antes de pro- ducirse la divisién celular las dos eadenas de DNA se separan y aactian como molde para la sintesis de otra cadena complemen- taria nueva, con lo que se generan dos moléculas de doble hé- lice idénticas, una para cada eélula hija. Suna cactena resultase danada, la continuidad de la informacion queda asegurada por 4a informacion presente en la cadena complementatia, que ae: ‘tuaté como molde para la reparacién de la les La secuencia lineal de! DNA codifica proteinas con estructuras tridimensionales {La informacién est codiffcada en el DNA en su secuencia lineal (nonodimensional) de unidades desoxirribonucieotidieas, nero la expresién de esta informacion da como resultado una cella, ‘tridimensional. La transicién entre una y tres dimensiones ocu-30 Capitulo 1 Fundamentos de bioquimica Cadena 1 Cadena 2 vieja eva, Cadena 1 Cadena 2 ‘nueva vieja FIGURA 1-30 Complementariedad entre las dos cadenas del DNA. ELDNA es un polimero lineal de cuatro subunidades, fos desoxiribo- nuclestidos desoxiadenilato (A), desoxiguanilato(C), desoxiciidilato (Cy desoxitimidilato (7, unidos covalentemente. Cada uno de los nuclestidos, gracias a su precisa estructura tridimensional, posee la ‘capacidad inrinseca de asociarse muy especificamente, pero no de ‘mado covalente, con otro de los nuclestdes: A se asocia siempre con ‘su complementarioT y G siempre con C. En la molécula de DNA de doble cadena, la secuencia completa de nuclestidos de una hebra es omplementaria ala secuencia de la otra hebra. Las dos cadenas del DNA, unidas por muchos puentes de hidrégeno (ineas verticales azu- Jes) entre fos pares de nuclestidos complementarios, se enrollan una sobre la otra para formar la doble hélice del DNA. En la replicacién del DIA, las dos cadenas se separany se sintetizan dos eadenas nue- ‘as, cada una con una secuencia complementaria a la de una de las ‘cadenas originales. El resultado son dos moléculas de DNA en doble hélice, cada una de ellas idéntca al DNA cviginal ‘ee en dos fases. Una secuencia lineal de desoxirribonuclestidos del DNA codifica (a través de un intermediario, el RNA) la pro- ‘duecién de una proteina con otra-secuencia lineal, en este caso de aminodcides (Fig, 1-1). La proteina se pliega adoptando tuna estructura tridimensional particular, determinada por su Secuencia de aminoacidos y estabilizada prineipalmente por interacciones no covalentes. Aunque la forma final de la protet nna plegada viene dictada por su secuencia de aminoacidos, ¢1 proceso de plegamiento recibe la asistencia de “chaperonas mo- leculares", que catalizan el proceso impidiendo vias incorrectas de plegamiento. La adopeién de una estructura tridimensional precisa, 0 conformacién nativa, es cructal para la funcidn de laproteina. Una vez la protefna ha adoptando su conformacién nativa, puede asociarse de modo no covalente con otras proteinas, © ‘bien con dcidos nucleicos o lipidos, para formar complejos su- pramoleculares como eromosomas, ribosomas y membranas, Gen 1 Gen 2 Gen 3 = ss 2 we =< <= == p eq > > ze =x a Zea == = ‘Transeripeidn de la secuencia de DNA. fen una secuencia de RNA. ae ‘raduccén (ene ibosoma) do a stevencia de RNA en secuencia dde proteina y plogumiento de Ia protefna para adopiar su conformacién nativa eS Proteina 1 Proteina 2 Proteina 3 cS Formacién de un complejo supramoleular FIGURA 1-31 Del DNA al RNA y alas proteinas. Las secuenciasli- reales de desaxiribonuclestidos en el DNA, distribuidas en genes, se transcriben en moléculas de dcido ribonucleico (RNA) cuyas secuen- as de ribonucledtidos fe son complementarias. Las secuencias de RNA se taducen en cadenas lineales de proteina, que se pliegan para adoptar sus conformaciones trimensionales nativas, a menudo con 4a ayuda de las chaperonas moleculares. Las proteinas se asocian a ‘veces con otras protefnas para formar complejos supramoleculares, ‘estabilizados por interacciones débiles.Cada molécula de estos complejos posee sitios de unién es- peefficas y de alta afinidad para las demas y puede formar es- ponténeamente complejos funcionales en el medio celular. ‘A pesar de que las secuencias proteieas contienen toda la informacién necesaria para el plegamiento en el estado nativo, este plegamiento solo puede producirse en el entorno ade- cuado. El automontaje requiere, pues, una informacién co- recta (proporcionada por la Secuencia del DNA) y un entorno ‘adecuado (el interior celular), por lo que la secuencia de DNA no es capaz, por si sola de dictar la formacién de una eétula Como dijo Rudolph Virchow, el patélogo e investigadar pru- siano del siglo xix, “Omnis cellula e cellula": toda eéhula pro- viene de otza célula. RESUMEN 1.4 Fundamentos genéticos im La informacién genética esta codificada en la secuen- ia lineal de cuatro desoxirribonnclestidos en el DNA. La molécula de DNA en doble hélice contiene un ‘molde interno que permite su propia replicacién y reparacidn. ww La secuencia lineal de aminodcidos de una proteina, codlificada en ef DNA del gen de esa proteina, da lugar una estructura tridimensional proteica que es ‘exclusiva para esa proteina, Giertas macromoléculas individuales con afinidad espeeifica para con otras macromoléculas forman ‘complejos supramolecuilares, 1.5 Fundamentos evolutivos 34 1.5 Fundamentos evolutivos ‘Nada tiene sentido en biologia si no es a la luz de la evolucion —Theodosiuss Dobzhansty, The American Biology Teacher, ‘marzo 1973 Los grandes progresos de la bioquimica ¥ la biologia molecular desde que Dobzhansky hizo esta contundente generalizacién ‘han confirmado su validez. E] alto gracio de simiitud entre las ‘vias metabélicas y las seeuencias génieas de organismos de to- dos los phyla es un robusto argumento a favor de la hipsvesis {de que todos los organismos modemos comparten un progeni- tor evolutivo comin y derivaron a partir de él a través de una larga serie de pequenios cambios (mutaciones) que conferian, en cada caso, una ventaja selectiva a un organismo dado en un nicho ecoldgico concreto, Los cambios en las instrucciones hereditarias hacen posible la evolucién A pesar de la fidelidad casi perfecta de la replicacién genética, Ciertos errores muy poco frecuentes que no han sido repara- dos durante la replicacion del DNA producen variaciones en la secuencia nucleotidica del DNA, dando lugar a una mutacién ig. 1-82) que cambia las instruceiones para alguno de los componentes celulares. Una reparacién ineorrecta de una le- siGn en una de las eadenas de DNA tiene el mismo efecto. Las ‘mutaciones en el DNA que se transmite a los descendientes FIGURA 1-32. Papel de las mutaciones en la evolucidn. La acumulacién gradual de mutaciones a lo largo de un periodo prolongado de tiempo da como resultado nuevas especies bioldgieas, cada una de ‘lla con una secuencia de DNA tiica. En |i parte superior se muestra un segmento corto de un gen de un hipotética organisa progenitor. Con el paso del tiempo, los cambios en la secuencia nucleotidica (rmutaciones,indicadas por cajas coloreadas, que afectan a un solo rucledido en cada acasin, genetan una progenie con secuencias de DNA dlferentes. Esta progenie mutante también sufre ‘mutaciones ocasionalmentey da lugar unos descendientes que tienen uno 0 mis rucleétidos diferentes en relacién con la secuencia progenitora. Una nueva especie ‘aparece cuando dos lineas han divergide tanto en su acerva genético que ya no pueden aparearse32 Capitulo 1 Fundamentos de bioquimica pueden ser daftinas o incluso letales para el organismo; pue- den, por ejemplo, provocar la sintesis de un enzima defectuoso ‘neapaz de catalizar una reaccion metabslica esencial, Sin em- Dargo, una mutacién da lugar ocasionalmente a un organismo ‘mejor preparado para sobrevivir en su entorno natural, El en- Zima mutante podiria, en este caso, haber adquirido una espe- cificidad ligeramente diferente que lo convierte en capaz de utilizar cierto compuesto que la eélula era incapaz. de metabo- lizar antes de producirse la mutacién, Si una poblacion de eé- Iulas se encontrase en un entorno en el que este compuesto fuera el tinico o el més abundante de los nutrientes disponi- bles, la célula mutante tendria ventajas selectivas sobre las otras células no mutantes (de tipo silvestre -wild type) de Ja poblacidn. La eélula mutante y su progenie sobrevivirfan y prosperarian en el nuevo entorno mientras que las ¢élulas del tipo silvestre no dispondrfan de nutrientes y perecerian. A veces, se produce la duplicacién de un gen entero. La, segunda copia es superflua, con lo que las tmutaciones que se roduzean en este segundo gen no serén nocivas; ésta cons- tituye otra forma de evolucién celular, puesto que implica la produccion de un nuevo gen con una nueva funcién al tiempo ‘que se retienen el gen y la funcién originales. Asi, las moléculas de DNA de los organismos modemos son como documentos historicos llenos de datos que hablan del largo viaje desde las primeras células a los organismos actuales. Sin embargo, los datos hist6ricos contenidos en el DNA no son completos; alo Jargo de la evolucion se han borraco muchas de las mutaciones, ose ha escrito sobre ellas, A pesar de ello, las moléculas de DNA ‘son la mejor fuente de historia biol6gica disponible, ‘Varios miles de millones de aftos de seleceiOn adaptativa, han conducido al refinamiento de los sistemas celulares, ha- ‘léndolos eapaces de obtener el maximo provecho de las pro- piedacies fisicas y quimicas de las materias primas moleculares para llevar a cabo las actividades basicas de transformacién de Ja energfa y de autorreplicacion de las células vivas. Las varia- clones genéticas producidas al azar entre individuos de una poblacién, combinadas con la seleccién natural (supervivencia y reproduceién de los individuos mejor adaptados en un am= biente selectivo y cambiante), han dado como resultado la ‘evolucién de una enorme variedad de organismas Las primeras biomoléculas aparecieron por evolucién quimica Hasta aqui hemos pasado por alto el primer capftalo de la his: toria de la evohucion: la aparicion de la primera célula viva. Las ‘compuestos orgénicos, entre los que se incluyen biomaléculas bésicas tales como aminodcidos y glicidos, se encuentran pre sentes tinicamente en muy pequefias cantidades en la corteza terrestre, el mar y 1a atmdsfera. {Cémo adquirieron los pri meros organismos vivos sus sillares estructurales orgénicos caracteristicos? En 1922, el bioquimico Aleksardr.1. Oparin ropuso tna teoria para el origen de la vida en la Tierra, pos- tulando que la atmésfera fue en un principio muy diferente de Ja actual, Rica en metano, amonfaco y agua, pricticamente exenta de oxiseno, se trataba de una atmésfera reduetora. Se- gun la teoria de Oparin, la energia eléctrica de las descargas de los relmpagos o la energia calorifica desprendida durante la actividad volcdnica hicieron que el amontaco, el metano, el vapor de agua y otros componentes de la atmnésfera primigenia reaccionaran, dando lugar 2 compuestos organicos simples. Estos compuestos se Nabrian disuelto en Jos mares primitivos, que asi se fueron enriqueciendo a lo largo de muchos milenios con una gran variedad de compuestos organicos simples. En esta disolicién caliente (la “sopa primordial") algunas molé- cculas orgénieas habrian mostrado una tendencia superior a la de las dems a asociarse en complejos superiores. A lo largo de millones de aitos, éstos egaron a asociarse espontiénea- mente para formar membranas y catalizadores (enzimas) que se reunjeron para dar higar a los precursores de las primeras e6lulas. Durante muchos afios, los puntos de vista de Oparin se consideraron especulativos ¢ indemostrables, hasta que se llevé a cabo un experimento sorprendente empleando un uti- laje muy simple. La evolucién quimica puede simularse en el laboratorio El experimento eldsico acerca del origen abidtica de las biomo- léculas organicas fue realizado en 1953 por Stanley Miller en el laboratorio de Harold Urey. Miller sometié mezelas gaseosas de NH, CH, vapor de agua y Hy a descargas eléctricas product- das entre un par de clectrodos durante periodos iguales o sn- periores a una semana y a continuacién analiz6 el eantenido del recipiente de reaccién cerrado (Fig. 1-33). La fase gaseosa de la mezcla resultante contenta CO y COz ademas de los ga- ses iniciales. La fase acuosa contenia una mezela de compues- tos organicos entre los que se incluian algunos aminodcidos, hidroxiscidos, aldehidos y clanuro de hicrégeno (HEN). Este experimento demostrd la posibilidad de produccién abiotica de biomoléculas en tiempos relativamente cortos v en condi ciones relativainente suaves. Experimentos més refinados han probado que muchos de Jos componentes quimicos de las células vivas se pueden formar ‘bajo estas condiciones. Los polimeros de RNA pueden actuar ‘como catalizadores en clertas reacciones biol6gicas importadas (como se trata en los Capitulos 26 y 27), por lo que es posible que el RNA jugara un papel crucial en la evolucién prebiotica gracias a su doble capacidad como catalizador y como deposita- vio de la informacion, Los primeros genes y catalizadores podrian haber sido moléculas de RNA o precursores relacionados En Jos organismos modernos, los Acidos nucleicas codifican la informacién genética que especifica la estructura de los enzi- ‘mas, mientras que los enzimas poseen la capacidad de catali- zar los procesos de replicacion y reparacién de los dcidos nucleicos, La mutua dependencia de estas dos clases de blomo- Jéculas hace que surja una duda desconcertante {Quién apare- 16 primero, el DNA o las proteinas? La respuesta podria bien ser: ningun de ellos. El desca- brimiento de que las moléculas de RNA o una molécula similar pueden actuar como catalizudores de su propio proceso deFIGURA 1-33 Produccién abidtica de biomoléculas. Aparato de descargas eléctricas del tipo tilizado por Miller y Urey en los expe- -imentos en que demostraran la formacién abistica de compuestos ‘orginicos en condiciones atmoséricas primitivas. Después de some- ‘ter el contenido gaseoso del sistema a descargas eléctricas se reco- _seron los productos por condensacién. Entre esos productos se “encontraron biomoléculas tales como los aminascidos. formacidn sugiere que el RNA pudo haber sido a la vez el pri- ‘mer gen y el primer eatalizador bioldgico. Ast (Fig. 1-34), una, de las primeras etapas de la evolucisn bio¥igica habia sido la formacién al azar, en la sopa primordial, de una molécula de RNA capacitada para catalizar la formacién de otras moléeu- las de RNA con la misma secuencia -una molécula de RNA, utorreplicante y autoperpetuante-. La concentracign de mo- IKeulas de RNA autorreplicantes se incrementaria exponencial- ‘mente al formarse dos moléculas a partir de una, cuatro a partir de dos, ete. Bs de presumir que la fidelidad de la reproduecién, istaba mucho de ser perfecta, de modo que el proceso permi- tirfa Ia generacion de variantes de la molécula de RNA, algunas de las cuales serian probablemente mas eficaces en su autorre- plicacién. En la competencia por la utlizacsn de los nuclest: dos, las secuencias autorreplicantes mas eficientes saldrian mas bemeficidas las menos desaparecersan del medio De acuerdo con la hipotesis del “mundo de RNA”, la divi- sion de funciones entre el DNA (almacenamiento de a infor- macién genética) y las proteinas (catélisis) se prosujo en una etapa més tardia. Con anterioridad se desarrollaron nuevas, variantes de moiéeulas de RNA autorreplicantes que posefan Ja capacidad adicional de eatalizar la condensacién de araino- feitos en forma de péptidos. Ocasionalmente los péptidos ast formados habrian sido capaces de potenciar la capacidad auto- 1.5 Fundamentos evolutives 33 rreplicativa del RNA y el conjunto RNA-péptido podria haber ssuftido variaciones secuenciales que generarian moléculas ain is eficientes. El reciente ¢ importante descubrimiento de que en la maquinaria de las células modernas encargada de la sintesis de proteinas (ribosomas) son moléeulas de RNA, y no de proteina, las que catalizan la formacion del enlace peptidico ‘casa con la hipétesis del mundo de RNA. Gierto tiempo después de la evolucién de este primitive sistema de sintesis de protefnas, aparecieron moléculas de [DNA con secuencias complementarias a las de RNA autoree: plicante, que reemplazaron a estas iltimas en la funcién de ‘conserva la informacion “genética”, mientras que las moléculas {de RNA evolucionaron para actuar en la sintesis de protefnas, (Enel Capitulo 8 se explica por qué es el DNA una molécula ‘mis estable que el RNA y, por tanto, un mejor depositario de la informaci6n hereditaria.) Las proteinas demostraron ser ea talizadores versétiles y asumieron con el tiempo esta funeién. Los compuestos lipidicos de esta sopa primordial pudieron {ormar capas relativamente impermeables capaces de envolver a grupos de moléculas autorreplicantes. La concentracién de proteinas y acidos nucleieos en el interior de estos comparti ientos ipfdicos favoreci6 las interacciones moleculares nece- sarias para los procesos de autorreplicacién, Creacin de la sopa prebistia, mucledtidos incluidos, ‘a partir de componentes de Ia atmésfora primitiva FIGURA 1-34 Posible stuacién en un “mundo de RNA".34 Capitulo _Fundamentos de biog La evolucién biolégica empez6 hace més de tres mil quinientos millones de afios La Tierra se formé hace aproximadamente 4500 millones de aos y la primera prueba concluyente de la existencia de vida data de hace unos 3500 millones de afios, En 1996, varios cien- tificos que trabajaban en Groenlandia no encontraron fosiles pero sf pruebas quimicas de formas de vida de una antigiiedad de unos 3850 millones de anos, formas ce carhono incrustadas fen rocas que parecen tener un origen bioldgico claro. En algun Ihgur de la Tierra y durante los primeros mil millones de afios, aparecié el primer organisino simple, capaz de repliear su pro- pia estructura a partir de un anolde (¢RNA?) que fue el primer ‘material genético. Dado que en los tiempos del amanecer de la ‘ida la atmésfera terrestre carecia pricticamente de oxigeno y ademas existian pocos organismos que pudieran consumir los Ccompuestos orgénicos formadios mediante procesos naturales, éstos eran relativamente estables, Sumada esta estabilidad a eones de tiempo, lo improbable acaba volviéndose inevitable: Jos compuestos organicos se incorporaron a las eélulas en evo- lucién para producir catalizadores autorreplicativos cada vez mas efectivos. La evolucién bioligica habia empezado. La primera célula fue probablemente quimioheterdtrofa Las primeras células que aparecieron en la compleja mezcla de Ccampuestos orginicos que era la sopa primordial de los tiem- pos prebidticos fueron quimioheterstrofas con casi total segu- ridad (Fig. 1-5). Los compuestos organicos que necesitaban. se sintetizaron originalmente a partir de componentes de la at- mésfera primitiva de la Tierra como el CO, e! COs, €l Ny y el CH, gracias ala accién no biol6gica de la actividad volednica y de las tormentas eléctricas. Los heterdtrofos primitives acqui- ricron gradualmente la capacidad de obtener eneraia a partir de ciertos compuestos presentes en su medio ambiente y de usar esta enengia para la sintesis de un niimero gradualmente reciente de sus propias moléculas precursoras, gracias a 10 ue fueron convistiéndose en menos dependientes del sumi- nistro externo de estas moléculas. Un acontecimiento evolu- tivo muy significativo fue el desarrollo de pigmentos capaces de captar la liz visible del sol y usar su energfa en la reduecién 0 “fijacién” del CO, para producir compuestas orginicos mas complejos. Es probable que el dacor de electrones original para estos procesos fotosintéticos fuera cl H.S, que genera azufre elemental o sulfato (S0}~) como productos secunda- ios, aunque en algtin momento las células desarrollaron la capacidad enzimatica de utilizar HO como dador de electro- ines en las reacciones fotosintéticas, lo que implicaba la elimi- nacién de 03 como producto de desecho. Las cianobacterias ‘son los modernos descendientes de estos primitivos producto- res fotosintéticos de oxigeno. Dado que la atmésfera de la Tierra précticamente no con- tenia oxigeno en las primeras fases de la evolucién bioldgica, las e¢hulas primitivas eran anaerdbicas, Los quimioheter6ir0- fos podfan oxidar compuestos organicos a CO, sin transferir electrones al O» sino a aceptores tales como el S07”, dando HS como producto, Con la aparieién de las bacterias fotosin- teticas productoras de Og, la atmésfera fue enriqiteciéndose progresivamente en oxigeno un poderoso oxidante y un ve- ‘eno mortal para los orginismas anaenSbicos-. Respondiendo la presi6n evolutiva del llsmado “holocausto del oxigeno”, al- ‘unos linajes de microorganismios dieron lugar a los organismos aerdbicas que obtentan su energia mediante el transporte de electrones destle moléculas de combustible hacia el oxigeno. Gracias a que las transferencias de electrones desde moléculas orgénicas al O. desprenden mucha energia, los organismos 2e- robicos disfrutaron de ventajas energéticas sobre los anacrdbi- os cuando ambos competian en un ambiente que contenia oxigeno. Esta ventaja dio como resultado el predominio de los ‘organismos aerobicos en ambientes ricos en Ox Las bacterias actuales habitan en la practica totalidad de nichos ecolégicos de la biosferay el conjunto de bacterias es ca- ‘paz de usar casi todos 1s tipos de compuestos orginicos como fuente de carbono y energla Las bacterias Fotosintéticas tanto de aguas dulces como saladas captan la energia solar yla utile an en la formacién de ghicidos y otros compuestos celulares, Jos cuales, por su parte, son utlizados como alimento por otras ormas de vida. El proceso evolutivo contintia y, en el caso de las bacterias de reproduccién répida, en una escala de tiempo ‘que pricticamente nos permite observarlo en el laboratorio. Millones de anos: FIGURA 1-35 Hitos principals en la evolucién dela vida en la Tierra.Las células eucariéticas evolucionaron a partir de las procaridticas a través de diversas fases A partir ce hace aproximadamente 1600 millones de afos, el re- sistro fésil empieza a mostrar prucbas de la existencia de orga- nismos mayores y mas complejos, probablemente las primeras ceétulas eucariéticas (Fig. 1-35). No es posible dedueir detalles acerea de los pasos evolutivos entre procariotas y eucariotas \inicamente a partir del registro f6sil, pero de la comparacién morfol6gica y bioquimica de los organismos modernos se de- duce la probable existencia de una secuencia de acontecimien- tos congruente con los datos aportados por los fesiles. ‘Alo largo del proceso que dio lugar a los encariotas a par- tir de los procariotas debieron de producirse tres cambios prin- cipales. En primer lugar, al ir adquiriendo las células mayor cantidad de DNA, se perfeccionaron los mecanismos neces rios para su plegamiento en complejos diseretos con prot nas especificas y para su division equitativa entre eéhulas hijas durante la division celular. Fueron necesarias proteinas es- pecializadas para la estabilizacién del DNA plegado y para la segregacién de los complejos proteina-DNA resultantes (cro- ‘mosomas) durante la division celular. En segundo lugar, al aumentar el tamatio de las células, se desarroll6 un sistema de membranas intracelulares que incluye tuna membrana do- ble que rodea al DNA. Esta membrana segrega el proceso nu clear de sintesis de RNA a partir de un molde de DNA det 1.5. Fundamentos evolutivos 35 proceso citoplasmatico de la sintesis de protesnas en los ribo- somas. Finalmente, las células eucaridticas primitivas, inea- ppaces de llevar a cabo la fotosintesis 0 de usar metabolismo aerébico, conjugaron sus ventajas con las de las bacterias ae- rObicas 0 fotosintéticas para formar asociaciones endosim- bistieas que se convirtieron en permanentes (Pig. 1-36), Algunas bacterias aersbicas evolucionaron para dar lugar a las mitocondrias de los eucariotas modernos y algunas cianobacte- rias fotosintéticas se convirtieron en plastidos, como por ejem- plo los cloroplastos de las algas verdes, probables ancestros de las modernas céhilas vegetales. Kn la Tabla 1-9 se comaparan las ceéhulas procariéticas y euearisticas. En alguna fase posterior de la evolucién, los organismnos unicelulares dlescubrieron las ventajas de la asociacion, que les permitié adquirir mayor movilidad, eflciencia y éxito repro- ductivo que sus competidores unicelulares. El proceso de evo~ ucién de estos organismos organizados en grupos dio Ingar a asociaciones permanentes entre céhulas individnales y, final- ‘mente, a In especializacién en el seno de la colonia, es decir, a Ja difereneincién celular, Las ventajas de la especializacion celular impulsaron la evolucién de organismos cada ver mis complejas y altamente diferenciados, en los que ciertas eélulas Hevaban a cabo las Tunciones sensoriales, otras las funciones digestivas,fotosinté- ticas reproductoras y asf sucesivamente. Muchos cle los or- ganismos multicelulares modemos contienen centenares de Bl sistema simbistico ahora puede lavar a eabo un ‘atabolismn aerdbico. Bl metabolismo “La bacteria queda _Algunos gonos bocterianos anaerébioo es atrapada en tin ‘migran hacia el mueleo fnefciente parquelos __eueariotn ancestral los endosimbiontes ‘combustibles no se Fecmulipicnen — acterinoo econvierten foxidan completamente, swinterior ; 8 leo Eueariota no X fotosintético Bucariota anserdbico Bucariota aerdbico _.\t ‘ancestral Genoma Chooplasto anf Geno aces wal Cianobacteria Eucariota Bacteria aordbien fosinttiea 1a canobacteria fotosintético atrapada se El metabeliame nerdbicn 1a enorgia do a uz se ‘navlerte en am (Con el tiempo, algunos 3 efieiente porgoe el fendosimbionte ye genes clanabacteranos ‘combustible es oxidado ‘multislicaTa neva, hnasta CO, ‘Alula produce ATP FIGURA 1-36 Fvolucién de los eucariotas mediante endosimbiosis. La célula eucaridtica original, un anaerabio, asimilé bacteras pie- pura endosimbidticas (amarillo) que poseian la capacidad de Wevar a ‘abo catabolism aerébico y se convirtieron, con el paso del tiempo, utiicande la eneraia ela iz solar ‘en mitocondrias. Cuando las cianobacterias fotosintéticas (verde) se Cconvirieron también en endosimbisticas de algunos eucariotas aeré bicos, estas células se convirtieron en los precursores fotosinéticos de las algas verdes y plantas modemas.36 Capito Fundamentos de bioquimica Caracterstica Célula proceribtics Célula eucaristica Tamafo Generalmente pequefia (1-10 jum) Generalmente grande (5-100 mn) Genoma DNA con proteinas no histonas; DNA complejado con proteins histonas genoma en el nucleaide, Y'no histonas en los cromosomas; cromosomas no rodeado de membrana en el nicleo con envoltura nuclear Divisin celular Fision 0 gemacién; no hay mitosis Mitosis con huso mitético; centrilos en muchos casos Orgénulos unidos a membrana —_Ausentes Mitocondrias, loroplastes (en plantas y algunas algas),reticulo endoplasmatico, complejo de Golg,lisosomas (en animales), eto. Nuticin ‘Absorlén; algo de fotosintesis -Absorcisn, ingestion; fotosintesis Metabolismo energético ‘Sin mitocondiias; enzimes ‘oxidativos unidos a la membrana plasmétic; yan vaiaclén de modelos metabstions Citoesqueleto No hay Movimiento intracelular No hay en algunas especies Enzimas oxidativos empaquetados en mitocondrias; ‘modeto més unificado de metabolismo axidativo Complejo, con microtibulos, flamentos intermedios, filamentos de actina Corriente citoplasmatica, endocitoss,fagocitosis, mitosis, transporte de vesiculas Fuente; rpdiea de Hea, CP, Robes. & Wetman, FH. (109) Boe Arma, 5 8.20, Mas aN, ny LOU MO. tipos celulares distintos, estando cada uno de ellos especia- lizado en alguna funcion necesaria para el organismo en si ‘onjunto. Los mecanisunos fundamentals que aparecieron ini- cialmente han seguido un proceso de refinamiento y mejora a Jo largo de la evolucion. En e! movimiento de los cilios de Pa: rameciun ¥ de los fagelos de Chlamydomonas subyacen las rmismas estructuras y mecanismios empleados en las altarnente diferenciadas estulas espermiiticas de los vertebrados. La anatomia molecular revela relaciones evolutivas Carolus Linnaeus, naturaista del siglo xvnt, observ las simnili- tudes y diferencias anatomicas entre organismos vivos y di- sei6 un mareo de referencia para valorar el grado de relacion entre especies diferentes, Charles Darwin, en el siglo 21x, nos proporcioné una hipétesis unificadora para explicar la filo nia de los organistnos modernos ~el origen de las diferentes especies a partir de un ancestro comtin-. La investigacién bio- ‘quimica del siglo xx revelé la anatomia molecular de las cél- las de especies diferentes ~las secuencias de subunidades ‘monoméricas y las estructuras tridimensionales de moléculas de deidos nucleicos y proteinas—. Los bioquimicos disponen hoy de un creciente repertorio de datos con el que analizar las relaciones evolutivas y refinar la teoria de la evolucién, Se ha determinado la seeuencia completa del genoma (la informaciin genética completa de un organistuo) de numerossas ‘eubacterias y de varias arquebacterias; de los microorganisms ‘eucaridticos Saacharomyces cenevisine y Plasmodium sp, de las plantas Arabidopsis Uudiane y arroz; ¥ también de los animales multicelulares Caenorhabditis elegans (un gusano), Drosophila melanogaster (la mosca del vingare), ol ratén, a rata y Homo sapions (nosotros) (Tabla 1-4). Constantemente se aftaden secuentclas a esta lista, La disponibilidad de estas secutencias y la postbilidad de llevar a eabo comparaciones de- talladas y cuantitativas entre especies permitira profundizar 1 el proceso evolutive. Hasta ahora, la flogenia molecular de- rivada de las secuencias génicas es congruente con la flogenia clasiea basada en estructuras macrosedpieas y en muchos ea 508 es mas precisa. La unidad de la vida a nivel molecular es evidente a pesar de la continua divergencia de los organismos a nivel anatémico; las estructuras y los mecanismos moleculares son extraordinariamente sinilares entre los organismos mas simples los mis complejos. Es a nivel de las secuencias donde Carolus Linnaeus, 1701-1778 Charles Darwin, 1809-18821.5 Fundamentos evolutivos 37 TABLA 1-4 Algunos organismos con genomas secuenciados por completo Tamano del genoma (en millones Onganismo de pares de nucledtidos) Inte biol6gico Mycoplasma pneumoniae 08 Produce neumonia Treponema palidum ie Produce la sifiis Borrelia burgdorfen 13 Produce la enfermedad de Lyme Helicobacter pylon ar Produce dlceras géstricas Methanococcus jannaschit Ar {rece a 85°C! Haemophilus influenzae 18 Cause la gripe bacteriana Methanobacterium thermo- 18 Miembro de los Archaea autotrophicum Archaeoglobus fulgidus 22 Metandgeno a alta ‘temperatura ‘Synechocystis sp. 36 Cianobacteria Bacilus subtilis 42 Bacteria comtn de! suelo Escherichia col 46 ‘Algunas cepas producen sindrome de choque téxico Saccharomyces cerevisiae 121 Eucarota unicelular Prasmodium falciparum 23 Produce la malaria humana Caenorhabditis elegans 971 Gusano mutticeluiar Anopheles gambiae 278 Yector de la malaria ‘Mus musculus domesticus 2,5 x 108 Ratén de laboratorio ‘Homo sapiens 29 x 108 Ser humano estas similitudes se aprecian mejor, ya sea en las del DNA que codifica las protesnas o en Ins de las protesnas mismas, Cuando dos genes comparten secuencias muy similares (ensu DNA oen las proteinas codificadas), se dice que sus se ‘euencias san homélogas y que laé provetnas que codifican son ‘homélogos. $i una mnisyma especie contiene dos genes homé- Jogos, estos dos genes y sus productos proteicos se denominan arélogos. Se piensa que los gencs parilogos han apareeido por duplicacton génica seguida de cambios graduales en las secuencias de cada una de las dos copias (Fig, 1-37). General- ‘mente, las proteinas pardlogas son similares no tinicamente en secuencia sino también en estructura tridimensional, aunque ces habitual que hayan adquirido funciones diferentes a lo largo de su evolucion. Dos genes (0 proteinas) homélogos de especies diferentes se denominan ortélogos. Es frecuente observar que los orté- logos tienen la misma funcién en ambos organismos, por 10 que cuando se encuentra que una secuencia génica recién se. ‘cuenciada es altamente ortéloga con un sen de otra especie se presume que el gen codifica una protesna con la misma funcion en las dos especies. De este modo resulta posible deduct a fun: cién de los productos génicos a partir de Ta secuenia genémica, sin necesidad de caracterizacién biogulmica alguna de la pro- ‘teina codiiicada. Un genoma anotade contiene, acemis de la secuencia del DNA, una descripcidn de la probable funeién de cada producto génico deducida a partir de las comparaciones ‘con otras secuencias gensémicas con funciones proteicas esta- Dlecidas. En principio, la identificaci6n de las rutas (conjuntos de eninas) codiffcaris en un genoma permite deducirdirecta- ‘mente las capacidades metabdlicas de un organist, Las diferencias secuenciales entre genes homélogos pue- den utilizarse como una primera aproximacién para medir el arado de divergencia evolutiva entre dos especies, es decir, el ‘tempo transcurrido desde que su precursor evolutivo comtin dio lugar a dos lineas con diferente destino evolutivo, A mayor ruimero de diferencias secuenciales, mayor serd el tiempo transcurrido desde la divergencia, Es posible construir una fi- logenia (o érbol evolutive) donde la distancia evolutiva entre dos especies cualquiera se represente por su proximidad en el ‘rbol (se muestra un ejemplo en la Fig. 1-4), Al progresar la evolucién van apareciendo nuevas estruc- turas, procesos © mecanismos reguladores que reflejan los ‘cambios en los genomas de los organismos en evolucisn. El ge- ‘noma de un eucariota simple tal como la levadura deberia po- seer genes relacionados con la formacién de la membrana nuclear, no presentes en los procariotas. El de un insecto con- tendra genes que codifiquen protefnas implicadas en la espe- cificacién de los segmentos corporales caracteristicas de los insectos, unos genes que no se esperan en el genioma de leva- dura, Bl genoma de todos los vertebradas debe contener genes que especifiquen el desarrollo de la columna vertebral y los ma- iferos deben poser en exclusiva aquellos genes necesarios para el desarrollo de la placenta Y asi sucesivamente. La corn- paracion de genomas completos de diferentes especies de cada ‘Phylum puede permitir la identificacion de genes eriticos para Jos cambios evolutivos en el plan corporal y el desarrollo,38 Captulo 1 Fundamentos de bloquimica Especie A Bapecie B @ Motaciones en muchos genes dan lugar Gent ala evolucién de una nueva capoci, Gen tt Fandiin 1 Foncién Los genes homélogos 1» 1* on @ ta duplicacin génica genera ortélogos y ciieanprotesnas con la ‘una eopiasuperftia del gen 1 ‘ema fnchn en especies diferentes FIGURA1-37 Generacin de dversiad genética por mutacin y duplicacion Gent de genes.) Un er dante la epicacion del genoma dea especie A Copia del gon 1 Funcién 1 Funeidn 1 @ tas matacones one gon 1 dan Juju a parison del gon 2 El gen 2codifien una proteina com una fnion nara y diferente. Gent Gen 2 Faneién 1 Funcion 2 Los genes 1y 2 homélogos son ardlogos, relacionados secuencialmente Dero que eodifican proteinas de funcion diferente dentro de la misma especie. La genémica funcional permite deducit la correspondencia entre genes y procesos Celulares especificos (Cuando la tarea de la secuenciacion del genome y de la anota- cidn de cadia uno de los genes ha concluido, Ios investigadares fen genética molecular pueden agrupar genes de acuerdo con los procesos en los que intervienen (sintesis del DNA, sintesis proteica, generacién de ATP, etc.) y dedueir qué fraccién del ‘genoma est dedicada a cada una de las actividades celulares. El conjunto mas numeroso de genes de £. coli, A, thaliana y H. sapiens es el de los genes de funcién todavia desconocida ¥ representa més dle] 40% en cada una de esas especies. Los ‘transportadores de iones y pequefias moléculas a través de las ‘membranas plasmaticas suponen una importante proporeién de genes en las tres especies, mayor en la bacteria v Ia planta que en el mamifero (10% de los 4269 genes de B, colt, ~8% de los 25.706 genes de A. thaliana y ~4% de los ~35,000 genes de HZ. sapiens). Los genes que codifican las proteinas y el RNA ‘necesarios para la sintesis proteica representan entre el 3% y el 4% del genoma de £, colt, pero en las eéinlas més complejas de A, thaliana son necesarios mas genes para dirigi as proteinas a su localizacién celular final que para la propia sfntesis pro- telca (aproximadamente el 6% y el 2% de los genes, respecti- vamente). En general, cuanto mas complejo es el organismo, mayor es la proporcidn de su genoma que codlilica genes impli: cados en la regulacién de procesos celulares y menor la pro- poreién de los dedicados a los procesos basics, como por ejemplo la generacién de ATP y la sintesis de proteinas.

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