ETAPA 1.

FORMULACIÓN DEL PROBLEMA

El fenómeno que se busca o es el crecimiento de varias colonias de bacterias, que comparten un

mismo ambiente, a medida que se expanden con el tiempo para ocuparlo. El comportamiento
invasivo de las bacterias, se basa en la posibilidad de invadir el espacio cercano cuando se cumplen
ciertas condiciones químicas y biológicas, por ejemplo, la presencia o no de un agente al cual
infectar.

Al estar presentes en un espacio, las bacterias inician su crecimiento y expansión desde un punto
que puede considerarse una semilla para la proliferación y extender su cubrimiento a medida que
una partícula infectable se acerca a ella. EL movimiento de las partículas en el espacio se puede
considerar un movimiento browniano, en el que las partículas tienen un rango de movimiento
posible y avanzan aleatoriamente en cualquier dirección. Este tipo de movimiento puede observarse
en partículas de polen en una gota de agua y se explica con una metáfora sencilla:

Considere un gran balón de 10 metros de diámetro. Imagine este balón en un

estadio de fútbol o cualquier otra área llena de gente. El balón es tan grande que
permanece por encima de la muchedumbre. Las personas aciertan a golpear el
balón en diferentes momentos y direcciones de manera completamente aleatoria.
Por ello, el balón no sigue una trayectoria. Ahora, considere una fuerza ejercida
durante un cierto tiempo; podemos imaginar 20 personas empujando para la
derecha y 21 para la izquierda y que cada persona está ejerciendo cantidades de
fuerza equivalentes. En este caso las fuerzas ejercidas por el lado izquierdo y por el
lado derecho no están equilibradas, favoreciendo al lado izquierdo, por lo que el
balón se moverá ligeramente hacia la izquierda. Esta desproporción siempre existe,
y es lo que causa el movimiento aleatorio. Si observáramos la situación desde arriba,
de modo que no pudiéramos ver a las personas, veríamos el gran balón como un
objeto animado por movimientos erráticos.

Para este modelo, se plantea observar los patrones de crecimiento de tres semillas de
bacterias en un ambiente con partículas que se mueven siguiendo un movimiento
browniano en un espacio limitado.

ETAPA 2. PLANTEAMI ENTO DE OBJETIVOS Y PLANIFICACIÓN DE TAR EAS PARA

ALCANZARLOS

El objetivo de la simulación es observar los patrones formados por el crecimiento de tres semillas
de bacterias en un espacio limitado, para evidenciar que el crecimiento bacteriano sigue caminos
que forman fractales durante su desarrollo.

Un fractal, para los propósitos de esta simulación, puede definirse como una estructura geométrica
demasiado irregular para ser descrita en términos geométricos tradicionales, cuyo proceso de
creación, al ser irreversible y aleatorio forma patrones fácilmente observables.

1. Generar patrones observables de crecimiento bacteriano usando la simulación

 2. Observar el tiempo requerido por las tres colonias de bacterias para infectar la totalidad de
las partículas en el espacio creado

Es necesario desarrollar el análisis bajo diversos escenarios de cantidad de partículas y de ubicación

de las semillas bacterianas iniciales para garantizar la fiabilidad del modelo con respecto al escenario
real, en el cual, existe una vasta cantidad de variaciones para estos aspectos.

Para llevar a cabo la simulación, es suficiente contar con un equipo de cómputo con procesador I3
o superior que soporte y tenga instalado el software de simulación NetLogo, en el que se creará el
modelo.

ETAPA 3. DISEÑO DEL MODELO CONCEPTUAL

El modelo de simulación parte de los conceptos de crecimiento bacteriano explicados en los

apartados anteriores. El sistema funcionará siguiendo los siguientes pasos lógicos:

1. Se crean las semillas de crecimiento bacteriano en tres puntos con coordenadas x, y

aleatorias en el espacio de simulación
2. El usuario introduce al sistema la cantidad de partículas que estarán en el espacio de
simulación
3. Se crean las partículas definidas por el usuario con coordenadas x, y aleatorias en el espacio
4. Las partículas inician su movimiento, dando un paso a la vez hacia cualquier dirección
5. Si la partícula encuentra una semilla en cualquiera de las 8 celdas contiguas a sí misma, la
semilla crece tomando su lugar y la partícula muere
6. El movimiento continúa hasta que no quedan partículas en el sistema

ETAPA 4. TOMA DE DATOS

Para el modelo de simulación propuesto, no es necesario tomar datos en sistemas reales, puesto
que, con la modelación del comportamiento general de los agentes, es posible desarrollar la
simulación. Lo anterior se debe a que el fenómeno simulado corresponde a un evento de la
naturaleza que tiene, en algunas de sus características, elementos puramente aleatorios.

ETAPA 5. ELABORACIÓN DE LA SIMULACIÓN

La simulación se lleva a cabo utilizando el software NetLogo, el cual permite crear agentes con
comportamientos variados que se interrelacionan entre sí. Para el caso de esta simulación
específicamente, el apartado visual y la interfaz de Netlogo son especialmente útiles.

A continuación, se presenta el código utilizado para desarrollar la simulación, así como una captura
de pantalla de la interfaz para el usuario.

Código
globals [tiempo]

to configurar
 clear-all
;; Crea la primera semilla en el centro del mundo
ask patch random-xcor random-ycor [Set pcolor red]
;; crea una segunda semilla en una posición aleatoria
ask patch random-xcor random-ycor [set pcolor blue]
;; crea una tercera semilla en una posición aleatoria
ask patch random-xcor random-ycor [set pcolor white]
;; crea las particulas 1
crt num-particulas [
set color green
set shape "X"
setxy random-xcor random-ycor
set size 5
]
reset-ticks
end

to iniciar
ask turtles [
;;Las particulas se mueven con relación al angulo especificado
rt random angulo
lt random angulo
fd 1
;;Si las particulas encuentran una semilla de color en su camino, la semilla se expande y la particula
muere
if any? neighbors with [ pcolor = red ] [
set pcolor red ;; Cambia la semilla a color rojo
die ;; La particula muere
]
if any? neighbors with [ pcolor = blue ] [
set pcolor blue ;; Cambia la semilla a color azul
die ;; La particula muere
]
if any? neighbors with [ pcolor = white ] [
set pcolor white ;; Cambia la semilla a color blanco
die ;; La particula muere
]
]

if count turtles = 0 [set tiempo ticks

stop]

tick
end
Pantalla de interfaz

ETAPA 6. VERIFICAR EL MODELO

Realizando una revisión del funcionamiento del modelo, se puede afirmar que el resultado obtenido
es satisfactorio respecto a las expectativas y objetivos propuestos. Luego de verificar el código y
hacer pruebas bajo diversos escenarios (cambiar ángulos, cantidad de variables, posiciones iniciales
de las semillas) el modelo de simulación se comporta como debe, es decir, se encuentra listo para
su utilización.

ETAPA 7. VALIDAR EL MODELO

Luego de las pruebas iniciales, se pueden observar patrones que se crean en forma de fractales, lo que
coincide con lo esperado según las teorías de crecimiento bacteriano. Adicionalmente, el modelo se
detiene al no tener más partículas a las que las semillas bacterianas puedan infectar, lo que no permite
un ciclo infinito de iteraciones sin sentido.

Por lo anterior, se puede afirmar que el modelo es válido para la realización de experimentos

ETAPA 8. DISEÑAR LOS EXPERIMENTOS

Para obtener resultados que ilustren el comportamiento en diferentes escenarios, se proponen los
siguientes experimentos:
Tabla 1 Experimentos

ESCENARIO N° DE PARTÍCULAS N° DE REPETICIONES

1 500 20
2 750 20
3 1000 20

Con el objetivo de analizar cómo se crean los patrones de crecimiento y cuál es el tiempo que las
partículas en el entorno tardan para ser totalmente eliminadas por las tres colonias bacterianas.

ETAPA 9. REALIZAR LA SIMULACIÓN Y ANALIZAR LOS DATOS

Para el escenario 1 en el que se realizó la simulación con 500 partículas en el entorno se obtuvieron los
siguientes resultados:

INTERVALO FRECUENCIA
40000 - 49000 2
49000 - 58000 1
58000 - 67000 6
67000 - 76000 9
76000 - 85000 4
85000 - 94000 6
94000 - 103000 2

FRECUENCIAS
10
9
9
8
7
6 6
6
5
4
4
3
2 2
2
1
1
0
40000 - 49000 49000 - 58000 58000 - 67000 67000 - 76000 76000 - 85000 85000 - 94000 94000 - 103000

La tabla y gráfica anteriores presentan la distribución de la duración de la simulación (en ticks) para que
las tres colonias de bacterias eliminen una población de 500 partículas en el entorno. Los fractales
resultados de esta simulación se presentan a resumidos en tres ejemplos a continuación:
 Ilustración 1 Fractales creados con 500 partículas en el sistema

Para el escenario 2 en el que se realizó la simulación con 750 partículas en el entorno se obtuvieron los
siguientes resultados:

MARCA FRECUENCIA
45000 - 53000 4
53000 - 61000 8
61000 - 69000 7
69000 - 77000 4
77000 - 85000 2
85000 - 93000 0
93000 - 101000 4

FRECUENCIAS
9
8
8
7
7
6
5
4 4 4
4
3
2
2
1
0
0
45000 - 53000 53000 - 61000 61000 - 69000 69000 - 77000 77000 - 85000 85000 - 93000 93000 -
101000

La tabla y gráfica anteriores presentan la distribución de la duración de la simulación (en ticks) para que
las tres colonias de bacterias eliminen una población de 750 partículas en el entorno. Los fractales
resultados de esta simulación se presentan a resumidos en tres ejemplos a continuación:
 Ilustración 2 Fractales generados con 750 partículas en el sistema

Para el escenario 3 en el que se realizó la simulación con 1000 partículas en el entorno se obtuvieron los
siguientes resultados:

MARCA FRECUENCIA
36000 - 41000 4
41000 - 46000 2
46000 - 51000 4
51000 - 56000 5
56000 - 61000 6
61000 - 66000 5
66000 - 71000 4

FRECUENCIAS
7
6
6
5 5
5
4 4 4
4

3
2
2

0
36000 - 41000 41000 - 46000 46000 - 51000 51000 - 56000 56000 - 61000 61000 - 66000 66000 - 71000

La tabla y gráfica anteriores presentan la distribución de la duración de la simulación (en ticks) para que
las tres colonias de bacterias eliminen una población de 100 partículas en el entorno. Los fractales
resultados de esta simulación se presentan a resumidos en tres ejemplos a continuación:
 Ilustración 3 Fractales generados con 1000 partículas en el sistema

ETAPA 10. REALIZAR MÁS SIMULACIONES

El número de simulaciones, o más acertadamente, el número de repeticiones de la simulación se
exponen en la Tabla 1 que presenta los experimentos propuestos.

ETAPA 11. INFORMES Y DOCUMENTACIÓN

La documentación y los datos relativos al resultado de la simulación se pueden encontrar en el archivo

Excel adjunto a este documento

ETAPA 12. IMPLEMENTACIÓN

El modelo de simulación demuestra que posibilita la observación del comportamiento de crecimiento de

colonias de bacterias en un entorno con partículas que se mueven aleatoriamente. Este modelo puede
ser extendido e implementado según las necesidades el usuario, cambiando las configuraciones iniciales
en el código, ya sea para agregar más semillas o para cambiar el comportamiento en el movimiento de
las partículas