En 1578 el Virrey Toledo dispuso la eliminación de los eclesiásticos regulares y seculares del cargo

de Rector de San Marcos pero poco después (1581) adoptó una actitud de equilibrio. Quedaron
eliminados los eclesiásticos regulares y los frailes de las diferentes órdenes, pero no los
eclesiásticos seculares y los clérigos, quienes podían ser elegidos en forma alterna con los seglares
o civiles. De este modo, un año se elegía a un rector laico y otro año a uno eclesiástico. Esta
alternacia de redtores quedó confirmada por una cédula de 13 de mayo de 1590, fechada en
Aranjuez. Ambos rectores serían elegidos de entre los doctores de la misma universidad. Ningún
oidor,fiscal o alcalde de Corte de Audiencia