TEXTO ILUSTRADO ODE Biologia Molecular e Ingenieria Genética (CTL Kee M Meu aK TOC UCKKI CHET) José Luque Angel Herraez eo.TEXTO ILUSTRADO DE Biologia Molecular e Ingenieria Genética Conceptos, Técnicas y Aplicaciones en Ciencias de la Salud José Luque Cabrera Catedrético de Universidad Angel Herréez Sanchez Profesor Titular de Universidad Departamento de Bioquimica y Biologfa Molecular Universidad de Alcala Alcala de Henares. Madrid ELSEVIER SCIENCE ‘Madrid - Barcelona - Amsterdam - Boston - Filadelfia Londres - Orlando - Sydney - Tokio - Toronto,Es una publicacién © MMI Elsevier Espafa, S.A. Velazquez, 24-5.° Deha 28001 - Madrid, Espaia An Elsevier Science Imprint Fotocopiar es un delito (Art. 270 C.P.) Para que existan libros es necesario el trabajo de un importante colectivo (autores, traductores, dibujantes, correctores, impresores, editores...). EI principal beneficiario de este esfuerzo es el lector ‘que aprovecha su contenido. Quien fotocopia un libro, en las eircunstancias previstas por la ley, delinque y contribuye a la «no» existencia de nuevas ediciones. Ademés, a corto plazo. encarece cl precio de los ya existentes. Este libro esté legalmente protegido por los derechos de propiedad intelectual. Cualquier uso, fuera de los limites establecidos por la legiskacién vigente, sin el consentimiento del editor, es ilegal. Esto se aplica en particular a la reproduceiGn, fotocopia, traduccién. grabacidn o cualquier otro sistema de recuperacién de almacenaje de informacién. ISBN: 84-8174-505-7 Depésito legal: M-47839-2002 Impreso en Espatia por: Grifieas Marte, S.A.Prdlogo En la Presentacién de este libro, que tengo ol honor de prologar, los autores afirman que pretenden ceunir os con- ‘ceptos actuales de la Biologia Molecular y las modernas metodologias de la Ingenierfa Genética con vistas a su aplicacién a fa Patologia Molecular, humana’y animal, en sus diversos aspectos: etiologia, fisiopatologia, diagnéstico, pronéstico, terapéutica y prevencién de las enfermedades, y promocién de la salud. Y pretenden hacerlo desde una perspectiva pluridisciplinar e integradora dirigida, fundamentalmente, a los estudiantes que cursan las licenciaturas de Farmaci Medicina, Odontologia y Veterinaria, y las orientaciones biosanitarias de Biologia, Bloquimica y Quimica. Se trata, sin du- {da, de una empresa tan oportuna y ambiciosa, como comploja y dificil. Pero, a la vista del resultado alcanzado, puede afiimarse quo el éxito ha sido total. La elaboracion de un texto de las caractersticas mencionadas es oportuna y necesaria. En los titimos decenios, la Biologia ha experimentado un proceso de progresiva ‘molecularizacién’” que ha conducido a un nuevo paradigma biolé- gico que trata de entender lo que se ha denominado ‘la logique du vivant” (F. Jacob, 1970) o “the molecular logic ot the living state” (A. L. Lehninger, "Biochemisty’, 1970): las bases moleculares subyacentes a los procesos biolégicos. El reciente desciframiento del genoma de dlversos organismos, y muy especialmente del genoma humano, constituye una etapa fundamental que ha de hallar su continuidad en el no menos importante estudio de los proteomas. Siguiendo los pasos de la Biologia, la Medicina y la Veterinaria estan experimentando un proceso de “molecularizacién™ creciente que hha hecho emerger la que se ha llamado Patologia Molecular. Hoy en dia, el nivel molecular no es s6l0 un nivel de i vestigacién biomédica, sino también un nivel de actuacién diagnéstica, prondstica y terapéutica. Por ello, es imprescin- dible preparar adecuadamente a los futuros profesionales de la salud, ya que sélo si disponemos de protesionales ‘competentes podremos hacer frente con éxito a los rotas dol futuro, El ejercclo profesional de los aos venideros exigira ‘competencia para abordar a nivel molecular los problemas de la salud, Por ello, har falta profesionales que posean los Conceptos y los elementos de lenguaje molecular necesarios para comprender las bases moleculares de la salud y la en- ‘ermedad. Profesionales capaces de adquirr constantemente la informacién bioquimica necesaria para mantener su com- petencia, y capaces de aplicar dicha informacién a la solucién de los problemas que les concierman; profesionales con ‘capacidad de autoaprendizaje para poder susttur los conceptos caducos por los nuevos, haciendo uso de todas las posi- blidades que las modemas tecnologias de la informacién pondrén a su alcance. Para la formacién basica de tales pro- fesionales tienen gran valor los textos que resumen los nuevos elementos concepiuales de las diversas areas de la Biolo- gfa junto a las correspondientes téonicas y metodologias; ya que permiten que el estudiante adquiera una base sdlida ® partir de la cual podra ampliar los conocimientos acuciendo, luego, a las monografias especializadas, a las revisiones ©, incluso, a los articulos originales. Por todo allo, y por abarcar un campo hasta ahora insuficientemente cubierto, con- sideramos que la obra de José Luque y Angel Herréez responde a una necesidad urgente e importante. ‘Ahora bien, como hemos indicado, la empresa no era nada facil. Y no lo era por su cardcter de obra basica, dirigi- dda a estudiantes de varias licenciaturas y, por tanto, con formacién versa, y por su pretension de seguir un tratamiento pya eae) ans ps ones) “Tambor ass tic) fetomeratas (oniucdn) Copis de1 NA fom ol | Mis scones TRADUCCION [FRANSCRIPCION] ribonuclestidos (NTPs) ———=—__p [pp sermm sen Sep iam aa ae smomse patio comenlo trancenpiasas | SaiRs [FRADUCCION| Se iealva ce crore (coma erp por RNAS y ‘a min pe Fon RNA Ts rts om ence eet Sines Sie sesso Ca Zaina encima: epation sides neem Ica [un RSA componente da ribo2 INTRODUCCION Y ASPECTOS GENERALES EN EUCARIOTAS. Francis Crick intradujo el término “Dogma central de la genética molecular” para describir, incluso antes de Cconocerse su importancia real en los seres vivos, el flujo de la informacién genética y la ullizacién celular de dicha informacion. En conereto, la transmision de la Informacién contenida en la secuencia del DNA a las oéiulas y organismos descendientes mediante la replicacién, y su expresién en biomoléculas funcionales mediante los procesos de transcripcion y traduccién. Comprende, pues, el Conjunto de relaciones generales existentes entre el DNA, el RNA y las proteinas, Debe resaltarse que la representacién abreviada DNA > RNA — Proteina no indica la transformacién de una molécula en otra, tal como se indica normalmente en las rutas metabélicas, sino que cada elemento en la secuencia ‘porta la informacién necesaria para la sintesis del siguiente. En este sentido, es importante el concepto de plantilla 0 ‘molde molecular: aunque cada paso esta calalizado por una enzima, los sustratos (nuclestides, aminodcidos) no son ‘seleccionados por ella, sino que vienen especificados por la intervencién del molde, en conereto por su secuencia de nuclestides. El progreso en el conocimiento de los procesos de transmisién de la informacién genética obligé a la ampliacién de este esquema basico original para acomodar otros procesos que también ocurren, al menos en algunos organismos particulares, como es el caso de algunos virus: Siaess do una moléoula de FRNA como duplicado de un RNA eromosémco, Catalizade [por RNA replcasas Seda en ‘algunos virus, como el del ‘mastica del abaco, licack replicacion de! RNA ve ae replicacién plicac transmision de Ta { ) _tonsaioaon | (>) informacién genética (dogma central de la DNA RNA —Haduscion_ Proteina i ~__ Senet moleesley ) transcripcion inversa Formacin de DNA span dt RNA cromotiico, Calzada oa wanes inves. Por dh en los earevins 4.2 EL DNA COMO MATERIAL GENETICO: PASADO, PRESENTE Y FUTURO El conacimiento de la estructura de las Acidos nucleicos se inicia en el siglo XIX con el aislamiento en el nicleo celular de una nucleina formada por una parte dcida (hoy, DNA) y una parte basica (proteina), asi como con el estudio parcial de las propiedades de la nucleina y de su relacién con la herencia celular. Sin embargo, la estructura stlo se conocié a mediados del siglo XX, al mostrarse que el DNA era el componente cromosémico depositatio de la informacion genética. Cabe destacar en este sentido, como antecedentes clave, los experimentos de Oswald T. Avery, olin MacLeod y Maclyn McCarty, en 1944, y de Alfred D. Hershey y Martha Chase, en 1952, que constituyen un hito en el conocimiento del material genético a escala molecular. ‘Tras estas aportaciones iniciales, el verdadero inicio de la Biologia Molecular moderna lo constituyé la propuesta de estructura en doble hélice para el DNA, formulada, en 1953, por James D. Watson y Francis Crick. A partir de este ‘momento, casi todo el esfuerzo realizado se centra en el estudio del DNA genémico, desde el punto de vista estructural ¥ funcional, en procariotas y eucariotas, con una atencién especial a mamiferos en general y humanos en particular. Los ‘avances logrados, tanto tedricos como técnicos y aplicados, han sido enormes. A ello ha contribuido la aparicién de la Ingenieria genética, como principal area derivada de la biologia molecular. Queda pendiente para un futuro préximo la conclusion del Proyecto Genoma Humano (gendmica funcional), el andlisis de las funciones de cada gen (genémica funcional) y la diseccién de la estructura y funcién de las prote!nas (proteémica). Como expresién de estos nuevos ‘conocimientos, ha surgido una gran variedad de campos de actividad en las Ciencias de la Salud (Medicina, Farmacia y Veterinaria), tales como anticuerpos monoctonales, métodos inmunoquimicas, biochips para el diagndstico, clonacién ‘molecular y clonacién animal, farmacogenes, ingenieria de proteinas, proteinas recombinantes de interés diagnostico y terapéutico, sondas de hibridacién, terapia celular y terapia génica, transferencia de genes, vectores, virus, etc. Nuestto ‘objetivo no es descriir los aspectos concretos de estos campos, sino sélo poner de manifiesto las bases molecuiares ‘que les sirven de soporte, como punto de partida para un estudio detenido de cada campo en su correspondiente area ) . 01 4 10 100 1000 Peso ota del DNA (pg) Por otro lado, no existe correlacién alguna entre el tamario det genoma de distintas especies y el nimero de ‘cromosomas que fo componen. Por ejemplo, mientras que el genoma humano diploide (6,6 10" pb) esté repartido en 46 cromosomas (23 pares, n=23), las células de ratén, con un genoma menor (3 10° pb), poseen menor numero de ‘cromosomas (40); pot el contrario, en las células de cebolla un genoma 2 veces mayor que el humano (1,5 10" pb) ‘est contenido en solo 16 cromosomas. De forma similar, la mosca de la fruta, con un genoma (1,7 - 10° pb) mucho mayor que el de la levadura (1,6 - 10" pb), posee un niimero muy inferior de cromosomas (8 frente a 32). «4 304 ‘evi nematodes ae e (© Dicyostatum ‘Numero de cromosomas (2n) w4 ° Dreeophila 0 108 10 10° ‘Tamario del genoma (pb) Esta ausencia de correlacién entre cantidad de material genético y complejidad del organismo sugiere que el tamafio de los genomas de organismos superiores es muy superior al necesario y, por tanto, que una gran parte es 10 ccodificante, es decir, no esta organizado en genes, nunca traduce su informacién a un producto génico (RNA 0 proteina). Esta hipétesis ha sido confirmada al estudiar con detalle el genoma. Par ejemplo, se ha encontrado que los ‘genes tienen una longitud media de alrededor de 1.000 pb. Asumiendo esta cia, el genoma humano haploide podria ‘contener, en teoria, unos 3,3 millones de genos (pues cada aminodcido esta codificado por 3 nucleétides) y, sin OO ——————————————————————————8 INTRODUCCION Y ASPECTOS GENERALES EN EUCARIOTAS. embargo, se estima hoy en dia que sblo contiene unos 100.000, de modo que la proporcion codiicante s6lo alcanza alrededor det 3% de! DNA total. ‘Aungue la funcién de los genes esté bien establecida para una pequefia fraccién del total presente en el genoma humano, la Inexistencia de una correlacién entre cantidad total de DNA en el genoma y grado de complajidad del ‘organismo superior puso de manifiesto la necesidad de estudiar con mayor precision la organizacién estructural, a nivel ‘molecular, tanto del genoma (tema 10) como de los genes (tema 19). Los hechos més caracteristicas en relacion con la ‘complejidad del genoma nuclear son la presencia de grandes reglones que no codifican producto génico lguno (DNA ‘no codificanta) y la existencia de secuencias de DNA que se repiten un numero mas 0 menos elevado de veces (DNA repetitive). Como se estudiara con detenimiento posteriommente, hay que unir a ello la existencia de una enorme diversidad de secuencias (polimorfismo, tema 26) en distintas regiones del DNA, tanto sencilas como repetitivas, codificantes 0 no, 1.3.3 Magnitud y caracteristicas del genoma mitocondrial El genoma de organulos (mitocondrias en animales, mitocondrias y cloroplastos en plantas) es, posiblemente, un vestigo del cromosoma de bacterias arcalcas que accedieron al ctoplasma de eucariotas primitivos, para dar lugar tras la evolucion a dichos organulos. Se cree que la mitoconcria (organulo que aporta el 90% de la energia que necesian las células) surgié al acumularse el oxigeno en la atmésfera terrestre. Posiblemente, la mitocondria y el ndicleo de la célula eucerota se crearon a la vez, al Incorporarse por endoctosis células procarotas aerdbicas al interior do la cdlula ‘eucaritica anaerdbica y fusionarse ambas. Con el tiempo, la mayoria de los genes procaridticos. (genes protomitecondrales) se integraron en el genom nuclear, con lo que el eucariota primtivo anaerébico ya podia vir en una atmésfera aerdbica, rica en oxigeno; sdlo una pequefia fraccién de! genoma procaridtico primigenio permanecio en la mitocondra Las células animales poseen un niimero muy variable de mitocondrias, dependiendo del tejido. Cada mitocondria posee varias copias de un Unico cromosoma, situadss en la matriz mitocondrial y ancladas a la membrana interna. En ‘consecuencie, el nlmero de copias de DNA mitocondrial (mDNA) en una céluia oscla entre 200 y 100.000. El ‘eromosoma mitocondrial es bicatenari y circular, como el de procariolas, aunque de tamafo muy inferior: 16.569 pb en hhumanos, con una longitud de 5 yim y una masa molecular de 10 MDa; esto supone unas 3.000 veces menos que la tongitud del cromosoma nuclear més pequefio. Teniendo en cuenta el nimero de copias totale (2 del genoma nuclear y ‘mittiples, y muy variables, del mitocondrial), se puede calcular que el DNA mitocondrial total supone, dependiendo del telido, entre un 0,05 y un 20% del DNA toial de la celula, Finalmente, el cromosoma de cloroplastos es igualmenta Dicatenaro y circular, pro de mayor tamafo que el mitocondal. ‘diferencia del DNA nuclear, do gran compojitad, con rogiones codicantes y no codicantes, el {DNA os en su ‘asi tolaidad codiicante y no repeitv, En concreto, el cromosoma ritocondrial humano contiene un total de 37 genes: 2 para rRNA, 22 para tRNA y 13 para proteinas que forman parte de los complejos enziméticos respiratorios I, II, IV y V. Estas suponen solo el 5% de las proteinas mitoconériales, mientras que el resto estan codificades por DNA nuclear. meTema 2 Componentes fundamentales de los acidos nucleicos 24 Componente acido: Fosfatos.. 241.1 Monofosfates... 242 Difosfatos... 24.3 Taifosfatos. . 2.14 Tipos de enlaces fostaio. 22 23 Bases nitrogenadas mas frecuentes: 2 tipos.. 2 232 _Otras bases de interés biolégico y ciinico. 1B 23.3 Propiedades fisicoqulmicas de las bases purinicas y Pirie. 4 23.3.1 Existencia de dipoles. 14 2.33.2 Hidrofobicidad 14 233.3. Disposicion coplanar de los enlaces de cada anillo. (EN y CH 6). 14 2.33.4 Tautomeria o isomeria dinémica 14 2.3.35 Caracter basico... 16 233.6 Absorcién de la luz en el ultravioleta 7 Los acidos nucieicos (DNA y RNA) estan constituides por la unién de numerosos nucleotides, de 4 tips. Como introduccién a su estudio, se consideran algunos aspectos de interés para cad uno de los componentes estructurales de dichas unidades, los nucleétidos: Fosfato(s) Nucledtido: +. Aziicar Nucleésido Base nitrogenada ms 2.1 COMPONENTE ACIDO: FOSFATOS 2.1.1 Monofosfatos El osfato inorganico (P), mezcla de las especies quimicas resultantes de la disociacién de la moléoula de acido fosfoico, aparece como anién a pH acido, como dianion a pH fisiolégico y como trianién a pH alcalino. En la célula, el fosfato se encuentra en forma libre (P,) 0 formando parte de numerosos compuestos organicos (R-P), por ejemplo, ios udedtides.40 COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS “Tres eaulibrios de dsoincii en nein dt pH Acido fostérico: Gaon 2 oth or? wothon BE" oho ortofsfirice)! §— Ho—F—on "== oho == noSt—o" == “oro HPO, bu 1H & & —————osfato inorgénico (P;) ——— alcohol R-O! (> mezcla de las 3 formas iénicas del 4c. fosférico, on diferente proprcion segin el pH) Dos equlibvis de disociacién en fancién del pt: or R-o8P-07s= R081 a bu — fosfato orginico (R-P)—~ (Compuesto orgénico fosftado) 2.1.2 Difosfatos El difosfato © pirofosfato (PP)) se presenta a pH fsiolégico como trianién (una de las 4 formas iénicas del écido plrofostérico). Es estable en disolucion a pH neutro 0 alcalino; sin embargo, dentro de la célula es inestable por accion de las pirofosfatasas, formande 2 P;. Aparece combinado fundamentalmente en nucledsides-difosfato (por ejemplo, ADP), oto Castro equlibvios de dsoiacin en fms dl pl: (+ merc de as 4 formas ibnicas dt. pirofostric, ‘en diferente proporién seine pl) oo ° erie OO oud on 2) ~pirfosfato orginico (R-PP)— ‘(Compuesto orgnieo pirofosfatado) 2.41.3 Trifosfatos El trifosfato (PPP,) se presenta a pH fisiolégico como tetraanién. No aparece en forma libre, sino formando parte, ‘esencialmente, de nucledsidos-trifesfato (por ejemplo, ATP). acide trifostorieo oa Hto-f ou ——trifostato orginico (R-PPP) —— TealeesCOMPONENTE NEUTRO: AZUCARES "1 2.1.4 Tipos de enlaces fosfato Pueden distinguirse cinco tipes de enlaces fosfato que van a formar parte de los nuclestides. Obsérvese le estructura y nombre de todos ellos, asi como la diferencia entre enlace éster y anhidtido en los nuclestides aifosfatados: ytifostatados. SOLO CON ENLACES ESTER, (ON ENLACES TER Y ANHIORIDO; — q ° fonoéten, fstunhidido 7 R-o-lLo-n 4 R-O-F0-fo fosfoéster fosfodiéster: Caan: (osforonosster, un éster dable con Tafa fosfato, monofosfaio): ‘dos moléculas (irofostao, difesfeanbidrido) Sepa tetelansi ad ‘ferences fosfotser, oanhitrido — ffanbirido ° ° ° NIA. ~ 9 g bP OF 0 oo & é ake (citosfoanidr os fosfomonoéseres en sites diferentes de una (itosfoanhirido) misma molécula 2.2 COMPONENTE NEUTRO: AZUCARES El aziicar (inicialmente llamado ose) siempre es una pentosa (5 tomos de carbone), bien la D-ibosa 0 la D-desoxiribosa. La ribosa (nombre derivado de osa del Rockefeller Institute of Biochemistry, 1908) interviene en rudleésidos y nucledtidos bajo su forma mas estable, f-D-ribofuranosa, 1 @ i No=¢ ton = or] HOF o ONG —HOFTL_o oH x ix I 4 f wabon Me ncbon 9 o> KE F ( wy L H A 4 H hong He ‘non cuz0n fon nar cn on forma tincal, ‘forma cictica, (Proyeccién de HAWORTH) B-D-2-desoxirribofuranosa cncaemosieiden “Song f-b-ibofuranosa (@-desoiribosa) (ryecn de FISHER) om SA) RIBOSA) Semel oa [ cchertstemettn, ws yy OH HOCH: 6, " La formula representada como ejemplo puede extenderse a otras muchas moléculas de interés bioquimico: D-glucosa, D-galactosa, 3-desoxi-D-vibosa, etc.12 COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS 2.3 COMPONENTE BASICO: BASES NITROGENADAS ‘Son moléculas heterocialicas, con més de un tomo de nitrégeno, formadas por un anillo Unico (pirimidina) o por dos anilos condensados (purina). Obsérvense en los ejemplos de bases que intervienen en los dcidos nucleicos ta ‘numeracién de los étonos del helerocicio y la posicién de los susituyentes externos. 2.3.1 Bases nitrogenadas mas frecuentes: 2 tipos Férmulas y nomenclatura de BASES PIRIMIDINICAS Ni r Hy Z m mM 3 4 Wy (oy H H Ne icles citosina timina LJ a (Coxo-Laminopiinidig) —@24-dixo-Smeipirimiing) Sy7_ Pieinidina (G-metiracilo) Sistema de numeracion vl (QUB) de os tomes dl anil piriniina. N (Ait pin: = entdo hora) Formulas y nomenclatura de BASES PURINICAS (0 PURICAS) we) \ es y Pisimiina imiderol ry ‘ nicleo oy purina q adenine guanine (6-aminoprina) €@-amio-6onoparina Sistema de numeracién (UB) de los ‘toms dl nil purin aston eto enor: oil dz ss tre) amy | -0 |, mode de i 6 A resumen, i posiion de los e a z sustituyentes presenter aya enada una dels 5 7 x bases nitrogenadas es T aa [5COMPONENTE BASICO: BASES NITROGENADAS. 413 2.3.2 Otras bases de interés biolégico y clinico Existen otras bases purinicas y pirimidinicas, en general poco frecuentes, que surgen por modificacién de las bases principales A, G, C y U 0 de alguno de sus anélogos (hipoxantina, H). Son de origen natural o sintético, Interienen en procesos como ta metiiacién del DNA en la célula y muestran distintas propiedades (antibisticas, antivircas, antitumorales, ete). oatural, DNA bacteriano) (siti, etotdxiea) G6 soo obo &y, xanioa Aida rico cst ) (2,6-dioxopurina) —_(2,6,8-trioxopurina) (,3,7-trimetilxantina) itty poy ‘cons ‘eat wy en ny 9H BAN ao op! "hI S IL 26 OLD fer nycmtn Sy Moy NSW Shun HC-0* HyC-CH, 7 esmetiguanina scivi ACY penicori, rcv Wen (paturad) ©-Gcidroxictoximei)guanina) _ (949,4-dhidroxibutguanins) "GIL > -Axlogos sitticos usados en taps atv nS can 3 yo N N, sunna ® ye ; By CS IC poe 7S Ban“ Syo Nh Tet Han SN ‘H,C-O 3CH,OH Hycen-cH,on maigaina ganccovi, CV idyOrcrion (rats RNA) 0413-2 propoieteuaina lob BY (0423-bshidenimatpclbuilevria) rey een 2 cmon Cc) j ri oe] omy oy ¥ y y ctusing | Smetciosin —_—_Shidoxinetlctosina (cane, DNA vercbraon) (rata DNA bata) ° ° 9 ° ws |e ny ON Au) a) a A J AS OW} OW ow oy ° u ¥ " t y asia | ‘iownclo aiisrounctoS-beomounilo_s-tvracilo (ratral, RNA) (natural) into) (smn > anitumoral)14 COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS 2.3.3. Propiedades fisicoquimicas de las bases purinicas y pirimidinicas 2.3.3.1 Existencia de dipolos ‘Todas las bases poseen atomos electronegativos de © (excepto adenina), en posicién exociclica o extranuclear, y de N, tanto exocicticos como en el anillo, nucleares. Como consecuencia, son abundantes los enlaces polares, lo que les permite interaccionar entre si mediante puentes de hidrdgeno, que poseen una importancia capital en la estructura secundaria de los dcidos nucleicas, en especial del DNA. 2.33.2 Hidrofobicidad La naturaleza aromatica de fos anillos hace que las bases tengan un marcado cardcter apolar, sean hidrofébicas y poco solubles en agua al pH celular, cercano a la neutralidad. A pH acido 0 alcalino adquieren carga y se hacen més solubles en agua, Como ya se estudiard, las interacciones hidrofébicas de apilamiento, que tienen lugar enire bases 7 NH Destposde | R a me ce tautomerias | EEC ce c encrales ; forma amina & forma ceto forma enol forma imina primaria Son muchos los compuestos organtioos que existen como mezclas de 2 0 més de estas formas tautomérica interconvertbies y en equllbrio. Entre los compuestos heterociclicos son de especial importancia las tautomerias en la ‘bases purinicas y pirimidinicas, on las cuales la migracién del H tiene lugar desde un tomo de N nuclear hacia otro ‘tomo extranuclear, y viceversa: Tautomeria Tautomeria lactame-lactima imina-amina primaria + Dostiposae [ if NH ie tautomerias | « eA 5 py enlasbases | HY iN N “Ny is nitrogenadas 1 tactama factima ; forma amina (efomacer, | | («fom cnet, ocuos ising ipimana’ Sat mciary Nowa) (Nt nucle vet) neste caso, ef grupo ceto forma pate de wh ‘onlace aids cfeies, 0 aciama. Al migrar cl ‘tomo de H desde el N nuclear a O grupo cot, se conviore en el tautbmero cima Psa tautomers afecta 9G, nica purina oxo-sustituds, ya 1383 pirimidinas, CUyT, grupo exocicico es wna mina, aque al tecbir el duomo de H desde 'N nuclear se converte en wn ‘grupo amina primaria, Esta fautomeriaafecta ala nica pirimidina smino-sustiuida, Cy @ as2 purinas, Ay G.COMPONENTE BASICO: BASES NITROGENADAS. 15 En consecuencia, las tautomerias de las beses ntragenadas son las siguientes: Wh at La tautomeria de A es iy Oe imina-amina primaria. na 1 \ A SN 1 \ “Los tqutémers imine nomban ie u Fovienlounastericosobciaiemade SN ~N Noe base amina imina — Ty U muestran tautomeria oop doble lactams-lactima ~~ lactima doble — On ~— vy og Js, J = Sy lactima doble Gy C muestran tautomerias imina-amina primatia y lactama-lactima, Los taut6meros imina se nombran pponiendo un asterisco sobre Ia Tactama y letra de la beso, rina lactima e imina Desde el punto de vista quimico, en las bases libres las formas tautoméricas lactima (enol) @ imina son menos estables, y por ello son unas 10,000 veces menos abundantes que sus correspondientes tautomeros lactama (cet0) y ‘mina, con lo que el equilbrio se encuentra desplazado hacia la lzqulerda.16 COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS 2.3.3.5 Caracter basico ‘Todas las bases nilrogenadas son bases débiles, pues sus atomos de N, tanto nucleares como extranucleares, se pueden protonar, con valores de pk, comprendidos entre 9 y 10. Como elemplo representatvo, obsérvese la ionizacion de la adenine: uo a ron cic gy os = oH ocx oO as, ors (vatido samba => para G, C, T, U) ‘Sin embargo, este cardcler basico, propio de los anillos purina y pirimidina, se ve disminuido por la presencia de algunos sustituyentes. En conereto, el grupo -OH de los enoles (y lactimas) es ligeramente acide y puede disociarse: Ht eee ow AN Cas ‘Como consecuencia, las bases nitrogenadas que poseen grupos lactama (ceto) pueden actuar como acidos, @ través de sus tautémeros lactima (enol), con lo cual se ve reducido el cardcter basico propio de los anilos, en mayor medida cuanto mayor sea el nimero de grupos -OH. Véanse los ejemplos siguientes: a) Aes la Unica base que no tiene grupo ceto/enol y, por tanto, no muestra ningén cardcter acido y es la mas basica de todas. b) En Gy G, el nico grupo OH aporta un caracter acido muy débil, por lo que siguen comportandose como bases: NH NH Nt (vido también <) tewongre ry“) design O © a maa Ye)“ ‘ (forma lectama) (forma lactima) (forma lactima ionizada) ©) En Ty U, la presencia de dos grupos OH compensa en mayor grado el cardcter basico: 9 | . cH eee , y I ‘autogeria oe isociacjén aH + a A (forma (forma (forma lactima lactama doble) lactima doble) doble ionizada) > nveledsidos purinicos Base “eee <= ps pitimidinicn E> nuclessidos pirimidinicos Nucledsido: union covalente (N-heterdsido) ribosa => rbonucledsidos Acar desoxirribosa => desoxirribonucledsidosNUCLEOSIDOS Y NUCLEOTIDOS 1 Caracteristicas generales La union covalente (enlace N-glicosidico) entre la base y el azticar (ribosa o desoxirribasa) se establece entre el ©-1" (carbono anomérica) del azucar y el N-1 del anilo plrimidinico o el N-9 del anillo purinico, con pérdida de una ‘molécula de agua, OH (OH 3.1.2 Tipos de nucleésidos ete distinguirse entre nucle6sidos constituyentes de dcidos nucleices y otros nucledsidos de interés biolégioo y clinico. Su descripcién siempre se hace en funcién de fa naturaleza quimica de la base y del aziicar: 3.1.24 Nucleésidos que forman parte de acidos nucleicos honacle ribomcltnidon (se cnsuentancnctNA)y | “ewNay | desoxritonucessido desoxirribonucledsidos (sc encuentran cn el DNA) [esoxieribonucledsido (en DNA) (@0 DNA) timidina (oerise eo RNA, kcepconalmete 2, }2"-desoxitimidina (cologuial: tnidina) eden -BD- eon eon Seema wire ‘inion | (ocho NA) La distincién entre ribonucledsidos y desoximibonucledsides estriba, obviamente, en la presencia de ribosa © desoxirribosa en la molécula,ESTRUCTURA DE NUCLEOSIDOS 31.2.2 Otros nucleésidos de interés bioldgico y clinico 2 ‘Ademés de los componentes de nuclestides y dcidos nucleicos, existen en la naturaleza olros nucleésides en forma libre o combinada. Algunos de ellos son significativos por su localizacién o accién bioquimica, e incluso por sus aplicaciones clinicas. Deben citarse los siguientes: ‘COMPONENTES ESTRUCTURALES (poe Gemplo, en RNAS) on on ij inosina (1) 9.(B-D-ibofuranesi) hipoxantina ANTIBIOTICS: op psendouridina (y) \ SUB-D sbofuanes waco "AGENTES ANTIVIRALES V ANTICANCERIGENOS Hogi ay | bu co ina ||]|_ arabinasitadenina ae ilalnilamido) (Arad) fone " jena, (1"--D-arabinofuranosil) eS 1-8 pti — on arabinosileitosina (AraC) 1{0-B arabinfirmsi)NUCLEOSIDOS Y NUCLEOTIDOS ‘COMPONENTES DE COENZIMAS [por ye Cori Soi pico: A, yD Sauce Me= ‘cai ane Grn cei) P=-cH-cHCON, Gente propia ccobalamina S*-desoxiadenosina HOH |ESTRUCTURA DE NUCLEOTIDOS. 23 3.4.2.3 Andlogos de nucledsidos, inhibidores de la transcriptasa inversa ‘Se emplean para combatic los retrovirus de la inmunodeficiencia humana (VIH-1 y VIH-2), causantes del SIDA. En realidad actian como proférmacos, ya que la célula anfitiona los convierte en los correspondientes desoxinuclebsidos- 85-tllostato, que son los verdaderos férmacos, pues compiten con los desoxirribonuclestides normales, impidiendo que Ja tanscriptasa Inverse, propia del virus, sintetice e! DNA complementario al RNA virico. ANTIRRETROVIRALES age — cian a Bsructura a a 3 a Bi : wl " sot wor, ok 3arido- 23-didesoxi- 2 3-didesor Giipley | 2°3"Aidesoxi- citidina inosina ‘timidina Nombre AZT aT aac 31e mucledtidos purinicos , Base ntgogenada i ane Vv ribosa (> ribonuclestidos roasted Cf ae) EDD Antcar << -desoxirribosa >> desoxirribonuclestidos 321 Caracteristicas generales Launién, de cardcter covalente (fosfomonoéster), se establece entre uno o varios grupos fosfato y sendos grupos (OH del aziicar del nucledsido. La importancia de los nucledtidos es excepcional, principaimente porque son los monémeros constituyentes de los ‘cidos nucleicos y, por tanto, los productos normales de su hidrdlisis. Al mismo tiempo, porque aparecen en forma libre fen distintas localizaciones subcelulares, formando parte de moléculas de gran interés bioquimico (especialmente coenzimas), Para estudiar los nucleétidos se emplean distintos eriterios de clasificacién, atendiendo a: Caracteristicas estructurales, criterlo utiizado normalmente: E|ndmero y posicién en el azicar de los grupos fosfato: nuctedsidos-monofosfato, -bisfostato y -trisfosfato, Eltipo de azticar: ribonuctestidos y 2'-desoxirribonudledtidos. El ipo de base nitrogenada: nucledtidos purinicos y pirimidinicos. Cardcter lineal o ciclioo (determinado por el fosfato).24 NUCLEOSIDOS Y NUCLEOTIDOS + Otras caracteristicas, alas que s6lo se alude ocasionalmente: Sere eens ER riose icon — EET] mio e re wd a on 3.2.2 Nucleétidos sencillos ‘Se consideran nuclaétides sencilos los que presontan fosfato(s) en una sola posicién del azticar; esto incluye tanto los que tienen un Unico fosfato (monofosfates) como los que tienen dos o tres fosfetos que estén unidos entre si (ifosfates trfostatos). Se muestran como ejemplos los correspondientes a aden Nucledsidos-Monofostato: " Nilcledsides-Difosfato: (@ nomalmenteen3 05% rarmenteen2) | (Pconeetvo,nomatnente or 5) Ny Nib AN Eaae yen tr eres” fe] CL > Sy: 5 0 % gy ON’ y aame | O-fofoce io | aapr y "AMP ok ADP HOH OH En forma libre y como monémeros Sélo en forma libre; tienen funcién energstica consttuyentes de los dcidos nucleicos a ‘Sato en forma fibre. ‘Son los mas importantes por su flncién encrgética y/o ccoenzimitica, Ademés, son preeursores en la biosintesis de écidos nucleicos: aATP "ATP. Los nucleétidos que forman parte de los cidos nucleicos son siempre NMPs con un fosfato en posicion 5’. Su ‘estructura y nomenclatura se estudian de forma dotallada a continuacién. Los nucledtidos con 2 6 3 fosfatos consecutives en 5° (dfesfatos o NDP y trfosfatos o NTPs, rospectivamente), dada su importante funcién bioquimica, son objeto de estudio en cursos de Bioquimica General. Finalmente, otfos nucledtidos, con fosfatos en multiples: posiciones del aziicar, se estudian posteriormente como nuclebtides ciclices 0 complejos (pag. 28).ESTRUCTURA DE NUCLEOTIDOS 25 3.2.2.4 Nomenclatura Los nucledtidos se nombran segin dos criterios: a) Como ésteres fosfato del nucleésido. Por ¢): adenosina-monofosfato, guanosina-difosfato, uridina-tifosfato, tc. (abreviados, respectivamente, como AMP, GDP, UTP). 'b) Como dcidos, sustituyendo la terminacién del nombre de la base por el sufljo -llco. Este criterio sélo se utliza rormalmente para les nucledsidos-monofosfato. Por ej.: acido adenilico, Acido guantlico, Acido uridlico, etc. (‘espectivamente, para AMP, GMP y UMP). En el caso de nucledsidos-difosfato y -tifostato, se emplearian los nombres: Giadenitico,triadenilico, diguanilico, etc. (para ADP, ATP y GDP). Si se quiere tener en cuenta que los restos fosfato estan ionizados a pH fisiol6gico, se uiiza el sufijo ato: adenitato, quanilato, urdiato, ete. Correspondencia entre los nombres de bases, nucleésidos v nuclestid abreviatura comin: A G v T c base: adenina —guanina—_uracilo timina ——_citosina nucleésido: | adenosina guanosina _uridina imidina —_citidina nuclestido: . uridilato, _timidilato, _citidilato, (nucledsido~ ico fe. uridilico 4c. timidtlico 4c. citidilico monofosfato, NMP) UMP oTMP 0 CMP Bajo ambos criterios, para indicar de forma més detallada la estructura, se especifica el numero y la posicién de los fostatos. Pore} adenosina-S'-monotosfato Acido 5'-adentico S-AMP adenosina-3'-monofostato ‘cido 3'-adentlico 3-AMP ‘adenosina-5'-fosfato ‘Acido -diadenilico 5-ADP adenosina-5'-tifesfato ‘Acido 8'triadentfica S-ATP ‘Cuando no se especifica el nimero, implickamente se asume que el fosfato ocupa la posicién 5'. En este sentido, los dos ditimos ejemplos se nombran simplemente como ADP y ATP. Estos sistemas de nomenclatura se aplican tanto @ desoxiribonucledtidos como a ribonucleétides. Légicamente, para los primeros debe anteponerse el prefijo desoxi- 0 su forma abreviada, la letra d. Por ejemplo: desoxttimidina manofosfato, dTMP, desoxitimidiiato, 5- CL » caer fe K cme | Ato te 9 ox}, 3 oof we bn 0 Ht '-fosfato ciclico de adenosina 3',5’-fosfato ciclico de guanosina (AMP ciclico, cAMP) (GMP ciclico, eGMP) 32.5 Nucledtidos complejos Finalmente, se engloban en este apartado aquellos nucledtidos, no components de los dcidas nucieicos y con funciones diversas, que estructuralmento differen de los nucleétides sencilos en uno o varios de los siguientes espectos: + Vatios grupos fosfato esteriicados en posiciones mtiples del ezticar (bis-y tis-fosfatos, CoA, NADP"), + Presencia de dos nucledsidos, unidos entre si por un “puente” de grupos fosfato (FAD, NAD", Ap,A); éstos entran dentro de a categoria de dinuclestidos, + Presencia de otras bases ritrogenadas (FMN, FAD, NAD’, NADP’. ‘+ Presencia de azicares distintos de la ribofuranosa (FMN, FAD). ‘+ Grupos funcionales adicionales (CoA), BISFOSFATOS DINUCLEOSIDO POLIFOSFATOS Adenosina-3”,5"-bisfosfato, 9 Nuclesido-S—of Nucldsido hn (do 2.6,yencralente) jem $. indenosina isto, ‘ABA30 NUCLEOSIDOS ¥ NUCLEOTIDOS ‘COENZIMAS REDOX ‘Mononucledtido de flavina, FMN: Dinucledtido de flavina y adenina, FAD: nton u-t-0n or o=ho (ibosa + avina = rboflavina = Vitamin B ,, procursora de FMIN y FAD) Dinucledtido de nicotinamida y adenin Fosfato del dinuclestido de nicotinamida y adenina, NADP*: (icoinato = niaina,vtarina precursora de les eoenzimas NAD y NADH) Cocnzima A (CoA 0 CoA-SH): (coenzima de acetilacisn: transportador universal de grupos acetlo) Nh want lg nhl Srmeraptctlamina —Pealnima de. pantoco ‘ paniotnico| pantiinaTema 4 Estructura primaria de acidos nucleicos 441 Aspectos generales. 4.4.1 Niveles estructurales.. 42 Estructura primaria... 43° Formas de representacién lineal. 43.1 Formula completa — 432 Representaciones esquematicas.. 43.3. Representaciones abreviadas. : 44 Dos tipos de acidos nucleicos segin su composicién 45 _Propiedades fisicoquimicas de los Acidos nucleicos, 4.5.1 Propledades en disalucion 452 Reactividad. vv 453 Hidrlisis quimica de acidos nucteicos... 45.3.4 Hidrdlisis acida...... 453.2 Hidrlisis alealina 4.54 Absorcion en el ultravioleta. 44 ASPECTOS GENERALES ‘Tradicionalmente se considera que los cidos nuctoicos forman parte de los nucleoproteidos, el grupo més Importante de heteroproteidos o “proteinas conjugadas’, entre los que también se incluyen glicoproteidos y lipoproteidos 1y,€n ocasiones, también fosfoproteidos y cromo- 0 metaloproieidos. Efectivamente, los nucleoproteidos resultan de la Interaccion, mediante enlaces electrostaticos fuertes, de los residuos basioos (cationicos) de ciertas proteinas (histonas, Protaminas) y los grupos fosfato (aniénicos) del acido nucleico. El estudio detenido de estas asociaciones Rudecprotelcas se haré una vez conocida la estructura de los cidos nudleicos a todos sus niveles. Por su composicién quimica elemental (C, H, O, N y P), derivada de la presencia exclusiva de nucledtides en su estructura, jos acidos nucleicos se diferencian de las proteinas, esencialmente, en su mayor contenido de fosforo (10%) yen la ausencia total de azute. Funcom ‘en ndcleo celular J enTa zona nucleoide| dentro dela | Depostario y wanemisor de a (varios cromosomas), del citoso! capsida informacién genética, ‘en matriz mitocondrialy | (uncromosomay | (sdloen organizada en genes que ‘en estroma de varios plésmidos) | algunos tipos | codifican productos génicos loroplasios de virus) (proteinas o RNAs) fen nucleo celular ‘en cllosol “dentro de la_| Interviene en la transmision de (emporaimente), cépsida | Ia informacion desde el DNA en ctosol,, {en otros ipos | hasta los productos génicos ‘en matriz mitocondrial y de virus) enestroma de clovoplasios32 ESTRUCTURA PRIMARIA DE ACIDOS NUCLEICOS Existen dos tipos de acidas nucleicos, denominados ribonucieico o RNA y desoxirribonucleico o DNA, que differen en los nucledtidos componentes. Antes de describir su estructura, recordemos brevemente que ambos acidos ‘nucleicos se encuentran en todo tipo de células, tanto procariotas como eucariotas; como excepcién, los virus contienen séla DNA 0 sélo RNA, En todos los casos, sus diversas funclones en la transmisién y expresi6n de a Informacién genética vienen determinadas por su localizacién subcolular y su estructura de orden superior (conformacién tridimensional). 4.1.4 Niveles estructurales Desde un punto de vista estructural, en los cidos nucleicos se pueden considerar varios niveles, similares on cierto mado 2 los descrtos tradicionalmente para proteinas: ‘+ Estructura primaria, descrita por Ia uni6n de numerosos nuciedsidos mediante enlaces fosfodiéster, dando lugar 2 un polimera lineal. El arden de los nucle6sidos (0 sus bases) en la cadena define la secuencia del écido nucieico. + Estructura secundaria, con la que se inicia el andlisis espacial do la molécula, correspondiente a la conformacién local, es decir, la disposicién relativa de nucledtides que estan proximos en la secuencia. Para el DNA este nivel ‘estructural viene definide por la asociacion de dos cadenas polinucleotidicas a través de las bases nitrogenadas que ssobresalen del esqueleto az(icar-osfato. En el RNA sélo se presenta en determinadas regiones de la molécula. + Estructuras de orden superior: Se englaban bajo este término genérico todas aquellas estructures tridimensionsles que surgen a partir de las niveles primario y secundario. En eucariotes son complejas, variables y ‘en ocasiones escasamente conocidas. En el caso del DNA pueden inciuirse aqul las estructuras resultantes de! superenrollamiento y de la asociacién con proteinas basicas para formar la cromatina. Sin embargo, y a diferencia de lo que ocurre en proteinas, en general la estructura adoptada a este nivel no viene determinada por las de los riveles inferiotes, En el caso de algunos RNAS (especialmente los tRNAs) se observa un plegamiento tridimensional bien definido, equiparable a la estructura terciaria de las proteinas. Aun en este caso, no se observa una estructura cuaternaria, ya que dicho plegamiento solo afecta a una molécula y no a varias asociadas entre si, como en las proteinas. 4.2 ESTRUCTURA PRIMARIA La estructura primaria, comin para DNAs y RNAs, consiste en la presencia de cadenas, generaimente targas, de ‘cardcter macromolecular, formadas por la unién de nucleésidos mediante enlaces covalentes 3'-5'tosfodiéster. Por tanto, la unidad monomética es el nuclestido, o nucledside-monofosfato (generalmente contempiado como 5-NMP).. Los cides nuctoicas son, por tanto, pollmeras de nucledtidos 0 polinucleétides, con un esqueleto lineal {formado por unidades alternas de fosfato y pentosa (parle constante de la secuencia), del cual sobresaien lateralmente las bases (parte vatiable, que define la secuencia), unidas al azicar respectiva por enlaces N-glicosidicos. Por converio, la secuencia siempre se indica en direccién 5' > 3', es decir, con el extremo 6" terminal (5-P) ala Tequierda y el extremo 3" terminal (3-OH) a la derecha. 9 ° z a: 5*..-P-0ba-P-osa-P-osa-P-osa-...3” Dentro de este nivel estructural se estudiaran a continuacién las distintas formas de representacién, las diferencias ‘en composicién quimica de los dos tipas de dcidos nucleicos y sus propiedades fisicoquimicas mas representativas. 4.3 FORMAS DE REPRESENTACION LINEAL Pueden emplearse hasta 6 niveles, de simpliicacién creclente. En general, se hace uso de la letra inicial de tas, bases, en mayisculas, para representar a éstas o a sus nucle6sidos. El cido nucleico propuesto como ejemplo es un RNA (azicar: tlbosa y bases: A, G, U y C), poto las representaciones son igualmente validas para un DNA (azicar: desoxirribosa y bases: A, G, Ty C). 4.3.1 Férmula completa Por razones de espacio y fundamentalmente didécticas, es aconsejable comenzar con una representacién vertical del esqueleto del Acide nucieico (natacién 1 en le figura), que permite apreciar con detalle los enlaces fosfodiéster entre rucledsidos consecutives (uniones azicar-fosfato) y la situacién perpendicular al esqueleto de los enlaces Nglicosidicos (uniones azicar-base). Para mantener la orientacién 5° —> yal extremo 3-OH en la Inferior. 0 sitda ol extremo 5°P en la parte superiorDOS TIPOS DE ACIDOS NUCLEICOS SEGUN SU COMPOSICION 33 [jemple un tetranucleido Represetacones equcmiticns Esqueletocovalene lineal de mucedsidos ‘unis por enlaces fosfodidtr, com las bases Dacia fers, ae 3 z. © acue exqueleto (emepolary (piel onan) yar). 43.2 Representaciones esquematicas Como peculiaridad de esta representacion, el anillo furandsloo del azucar se simplifica mediante un solo trazo vetical, cuyo extremo superior corresponde al C-1" y el inferior al C-5' (notacién 2 en la figura). En una forma atin més simple se omiten los fosfatos intermedios y la numeracion de los aziicares (notacién 3). 43.3 Representaciones abreviadas La simpificacién se puede aumentar indicando cada nucledsido mediante la letra inicial de su base nitrogenada (lo Sica variable en la secuencia), El polinuclestido queda as! reducido a una sucesién de letras mayisculas intercaladas con letras p mindscules (notacién 4). El extremo 5'P (a la izquierda) viene representado por una letra p seguida por la letra del primer nucledsido. El extremo 3'-OH, a la derecha, viene dado por la letra del ultimo nucledsido. Los ‘udeésidos intermedios llevan la p a izquierda y derecha, correspondientes a las posiciones &' y 3',respectivamente, En la descripcién colidiana de secuencias de cides nucieicos se suprimen las letras p inlermedias, con fo que la ‘epresentacion se reduce @ una secuencia de letras precedida por una letra p para el fosfato en ol extremo S° (otacin 6), 0 se asume la presencia del fosfato en 5" y se omite incluso esa primera p (notacién 6). 44 DOS TIPOS DE ACIDOS NUCLEICOS SEGUN SU COMPOSICION ‘cide aio: [_ Acido ribonucleico (RNA) __ | Acido desoxirribonucleico (DNA) Monsmeros: Ribonuclestidos Desoxirribonuclestidos 2 rae ‘rlazando Tox nonbrieror enlace Tosfodxte) + |e Ribosa F-Desonieribors q ‘Adenina, A (6-aminopurina) 3 Purina 2 | ames Guanina, G (2-amino-6-oxopurina) b Citosina, C 2-oxo-4-aminopirimidina) E | Pirimiainas é Uracilo, U Q.4-dioxopirimidina) | Timina, T (S-metiluracilo)34 ESTRUCTURA PRIMARIA DE ACIDOS NUCLEICOS ‘Sagan la notacion de f6rmula completa, la representacion de ambos dcidos nucieicos es la siguiente: PERNA ; DNA 4.5 PROPIEDADES FISICOQUIMICAS DE LOS ACIDOS NUCLEICOS ‘Los acidos nucleicos presentan propiedades importantes en relacién con sus funciones de almacenamiento, ‘ransmisién (replicacion) y expresion (transcripcion y traduccién) de la informacién genética. Se comentan aqui brevemente algunas de ollas, relacionadas con la estructura, y el resto se iran estudiando a medida que surja su aplicacion al propio estudio de estas moléculas (por ejemplo, Ia renaturaizacion de un DNA desnaturalizado se ‘analizaré como fundamento de la hibridacién). 4.5.1 Propiedades en disolucién Las cadenas polinucleotidicas de DNA y RNA son hidrofilicas, debido a la posibilidad de formacién de enlaces de hidrSgeno con el agua por parte de los numerosos grupos fosfato y -OH libres del azticar a lo largo del esqueleto, Por otto lado, a pH fisickigico los grupos fosfato (pK, préximo a 6) se ionizan casi por completo, haciendo que las moléculas de DNA y RNA se comporten como acidos y tengan numerosas cargas negativas. Debido a este cardcter ppolianiénico, los dcidos nuclelcos se encuentran casi siempre neutralizados por interaccién iénica con las cargas positivas de otras moléculas. Concretamente, el DNA del genoma nuclear eucariético se encuentra unido a histonas, protelnas ricas en Arg y Lys, cargadas positivamente a pH fistol6gico, dando lugar a nucleoproteides; la importancia de ‘sia asociacién se consideraré posteriormente (pg. 84). En los espermatozoides, el papel de las histonas es desempefiado por pequetias proteinas ricas en Arg, lamadas protaminas y también con fuerte carga positva, En otras ‘ocasiones, el DNA se une a pollaminas (principalmente espermina y espermidina, asi llamadas por haber sido I Tortuga 27 279 220 213 | 108 103105 | 33 Salman 297 21 208 moa] v2 102 102 | 443 Erizo de mar we m1 7 wa] 12 102 102 | 185 leactoras: Escherichia cot 247 236 260 256 | 105 102 103 | 094 Staphylococcus aureus} 308 292 210 190) 105 nt tor | 1.50 Ghlostidium peringend 368 363 140 128] 102 109 104 | 273 bay Brucala abortus 210 211 290 289] 00 400 © 400 | O73 ‘Sarcina ite 138 124 371 37.1 | 108 1100 102 | 035 Fago $174 (monofiar) | 243 327 24,1 185 | 074 190 095 | 1.34 Fagogt74,forma | 26.3 264 «22,9 223] 100 100 4.00 | 48 replicativa (bier) 5.1.1 Algunas relaciones entre bases son iguales en todas las especies ‘Appesar de que la composicién varia entre especies, en todas ellas se cumplen clertas relaciones entre las bases, {ormuladas como las tres primeras reglas de Chargaff, que se exponen a continuacién. 5.1.1.1 Relacién entre bases En practicamente todas las especies, el contenido de A se aproxima al de T, y el contenido de G al de C: Ax T + Razon AT TIA = 1 Gec > Razin GiC= C/G = 1 Esta observacion fue esencial para que Watson y Crick postulasen los pares AT y GC, que definen le ‘complementariedad de bases en el DNA de doble hebra. Hay que destacar que esta regia no se cumple para las pocas especies cuyo material genético esté formado por RNA o DNA de hebra sencila (comparense en Ia tabla los ejemplos del virus $174, en sus formas de hebra sencila y de doble hebra). 5.1.1.2 _ Relacién entre purinas y pirimidinas Como consecuencia de lo anterior, el contenido de bases purinicas (A + G) se aproxima al de bases pirimidinicas (T+ ),es decir, hay un 50% de purinas y un 50% de pirimidinas: AMG = THC 50% -» Razin (A+G)/(T+C) a1 > — Razén_purinas//pirimidinas = 1MODELO DE WATSON Y CRICK: FORMA B DEL DNA 39 5.1.1.3 Relacién entre aminobases y oxobases Al observarse que A/T = GIG = 1, también se ha de cumplir (por razones estrictamente matematicas) que (A*C) / (TG) = 1. Por tanto, puede concluirse, como relacién adicional (sin un significado especial), que: 6-aminopurinas (A) + 4-aminopirimidinas (C) = 6-oxopurinas (G) + 4-oxopirimidinas (T) 5.1.2 Otras relaciones son diferentes segun la especie tres relaciones entre bases no se maniienen constantes entre especies; de entre ellas, resulta Util la denominada raz6n de asimettia: AtT Gc ‘que, ademés de tener un valor diferente para cada especie, no se aproxima a la unidad como las razones anteriores {Ver tabla). Por ejemplo, en animales la razon de asimetria es siempre superior a uno; lo mismo ocurre en plantas ‘superiors y hongos. Por contraste, en bacterias y virus los valores son mucho més veriados, superiores o infeiores a la vnidad, La razén de asimetria puede también calcularse directamente a partir del contenido en G+C, pardmetro habitual en otros tipos de estudio, como la desnaturalizacién del DNA: WALT _ (AID, _ 100-4(G4O) az6n de asimetia = Ce GHC) AGC) De acuerdo con el, los animales, plantas superiors y hongos muesran un exceso de AsT (50-65%) sobre GC (50.25%), mientras que en bacleriasy vius se apreca la gran varablidad en G+C (75-25%), 02s 04s ows sas g ALT GC ——— a m7 wo 3 20%GHC aimalos En resumen, con estos estudios se ha observado que los DNAs de especies evolutivamente relacionadas tienen ‘na raz6n de asimetria similar, mientras que las especies muy alejadas tionden a tenor una raz6n diferente. A pesar de ser ésta la menos conocida de las reglas de Chargaff, el hecho de que permita distinguir entre especies hace que pueda ublzarse como criterio en las relaciones evolutivas y las ciasificaciones taxonémicas de los organismos. 5.2 MODELO DE WATSON Y CRICK: FORMA B DEL DNA £1 modelo tridimensional, como estructura de referencia para las propiedades del DNA. fue postulado por James Watson y Francis Crick en 1953. Corresponde a la actualmento denominada forma B del DNA, la mas comin en las ‘Bilas y la més estable de todas las que puede adoptar un DNA bajo condiciones fisioldgicas. Este modelo se bas6 tania en las observaciones por rayos X como en las reglas de Chargaffy, por tanto, esté de acuerdo con ellos, asi como ‘on ottos estudias realizados modiante un gran nimero y variedad de técnicas. Simulténeamente se propuso la adeaiacion del modelo a la funcionalidad de la molécula de DNA para la conservacién y transmision de la informacion genética (pq, 49), Presenta las siguientes caraceristicas basicas: 5.2.1 Complementariedad de las bases nitrogenadas La estructura quimica de las bases permite la formacién de enlaces por puente de hidrégeno (dos étomos lectronegativos, como N y O, comparten un tomo de hidrégeno). En concreto, dos nucleétidas pueden interaccionar e forma especifica mediante dichos enlaces y so habla de “bases complementarias", “pares de bases” 0 “apareamiento de bases”.40 ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL B-DNA Para una mejor comprensién de la complementariedad, es conveniente establecer unos eriterios previos en cuanto ‘ala escritura de los nuclestidos en cada pareja de bases. Se trata con ello, simplemente, de faciltar la descripcién de ‘unas estructuras relativaente complejas: Férmulasde | Formulas con la base girada 180° vane se eet Sito, (eta "Saal finde deca ert athe dente Suc omain pan Eats “ tte ame ett ‘ ~ Aceptor de u 0 A “ Cdeeptor de 1) "1 0) bi xr Dowactor den T/U terse Aceplor det en en G 3 se Dar det o acne c Aes de fata disposi, con abate _Exta disoscn, con a base Sigue siendo fobreclaviea i enomina lj el area se denomina contri aut ‘conformacion sin tonformacibn antiMODELO DE WATSON Y CRICK: FORMA B DEL DNA. a Al representar un par de bases, se emplea la fSrmula de tipo 2 para el nucleéido situado a la iquierds, y lade tipo 3 para el stud ala derecha (ambas conformacin ann) _y Timina (o Urailo) pueden formar 2 enlaces por pucnte de hidrgeno: del rupo C-OenC-4deT con H del grupo NH en C6 de A. HenN-3deT. con_Nelde A. ‘Guanina y Citosina pueden formar 3 enlaces por puente de hidrOgeno: del grupo NH; en C-4deC con del grupo C=Oen C-6 de G NB dec con Hen N-l deG. del grspo C=O enC-2deC con _H de grupo amino en C-2 de G Las interacciones Optimas se forman entre G y C (tres enlaces de hidrégeno) y entre A y T, 0 bien Ay U (dos. enlaces de hidrégeno). El par G=C establece asi una interaccion més fuerte que el par A=T (en el DNA) o el par (en el RNA), Obsérvese que siempre se forma un enlace de hidrégeno entre los dos atomos de N nucleares, mientras {ve os restantes se forman entre un grupo amino exociclico y un grupo earbonila ‘Son también posibles otros apareamientos entre bases, denominados “de tipo Hoogsteen’, que aparecen menos ‘recuentemente y no forman parte del B-DNA. Por ejemplo, en el RNA (pag. 73), en las triples helices de DNA © RNA (089.60) y en la interaccién codén-anticodén (pag. 296). 5.2.1.1 Consecuencias de la complementariedad Gracias a la complementariedad descrite, dos cadenas polinucleotidicas se pueden asociar siempre y cuando {odas sus bases sean complementarias. Este apareamiento completo de las dos cadenas da lugar a un acide nucleico de doble hebra o doble cadena, estructura habitual del DNA. Esio quiere decir que siempre que en un DNA exista A, 6,CoTenuna cadena, se encontrardn T, C, Gy A, respectivamente, en la otra Es importante destacar que la complementariedad entre las dos hebras del DNA es fundamental para su papel ‘como portador de la informacién genética. Por un lado, porque se reduce la posibiidad de que las bases se modifiquen uimicamente, Por oo, porque se facta la carreccién de mutaciones y de errores producidos durante la repicacién del DNA. Finalmente, porque la informacion esta en cierto modo duplicada, aunque las secuencias de ambas hebras son dierentes entre si (p49. 44). ‘Ademas, la existencia de la complementariedad explica las reglas de Chargaff (pég. 38), y justifica dos ceracteristicas estrucurales importantes, la heliidad y el antiparalelismo, que se estudian mas adelante.