Ontologas

Una ontologa es una especificacin formal y

explcita de la conceptualizacin compartida
de un dominio de inters
 Traduccin

Forma de organizar y representar el conocimiento

Con un lenguaje controlado

En un rea especfica
Constituyen representaciones formalizadas del
conocimiento, que incluyen adems del significado de
los trminos, las relaciones lgicas que los conectan
Garantizan:

_Interoperatibilidad de bases de datos

_La posibilidad de un lenguaje comn que favorezca la comunicacin
entre los cientficos dentro de determinada disciplina
_Sientan las bases para la creacin de sistemas de gestin del
conocimiento y de la Informacin
Una ontologa forma un grafo (en principio
acclico) dirigido, desde conceptos ms genricos
a conceptos ms especficos (jerarqua)
Formado por:

_Trminos (nodos)
_Relaciones (aristas)
Principales relaciones: _es parte de
_es un
 GO Gene Ontology

Es un esfuerzo de colaboracin para hacer frente

a la necesidad de descripciones coherentes de
productos en los diferentes repositorios.

Representa el conocimiento acerca de atributos

funcionales de los genes de una manera
estructurada
 GO Gene Ontology
Est formada en realidad por tres ontologas:
_Procesos biolgicos (serie de eventos
comnmente conocidos)
Ej: Divisin celular
_Componente celular (donde acta)
Ej: Citoplasma
_Funcin molecular (qu actividad desempea)
Ej: Receptor de insulina
 GO Gene Ontology

Los trminos de la ontologa pueden tener ms de

un padre

La ubicacin de un trmino en el grafo y sus

relaciones constituyen una definicin (controlada)
 GO Gene Ontology

Los trminos de la ontologa son independientes

de la especie.

Salvo muy abajo en la ontologa puede volverse

ms especfico para algn grupo de organismos
Estructura de la
ontologa
Paraqu sirve la GO
 Paraqu sirve la GO

Los resultados de un anlisis de agrupamientos se pueden describir a

partir de las anotaciones ontolgicas de las instancias agrupadas
(metadata).

El anlisis ontolgico es relativamente insensible a cambios en la

anotacin: dos instancias con anotaciones cercanas en el grafo se
reconocern como instancias similares, an cuando las anotaciones no
sean idnticas.

La extraccin de conocimiento se transforma en un proceso ms

fcilmente tratable por una computadora
 GO Gene Ontology

Permite hacer inferencias a lo largo de un

gran numero de genes sin analizarlos uno por
uno.