En su lugar, de la pennsula lleg el nombramiento del eclesistico Francisco

Xavier de Lizana y Beaumont, oriundo de Logroo, La Rioja. Llevaba siendo arzobispo

de Mxico desde 1802, y tambin haba servido en el obispado de Teruel, Aragn. La
Junta se haba preocupado por el alcance que los reaccionarios (en la figura de
Bataller, Aguirre y Catani) haban conseguido, por lo que la principal misin de
Lizana en el virreinato fue restar poder e importancia a quienes derrocaron al
virrey Iturrigaray. Guillermo Aguirre y Viana falleci el 3 de agosto de 1809,
privando a los golpistas de uno de sus principales cabecillas. Catani y Bataller
fueron asignados a misiones especiales para intentar destruir las conspiraciones
que se haban dado en las provincias de la Nueva Espaa.
En diciembre de 1809, se descubri en Valladolid una conspiracin para independizar
a la Nueva Espaa, encabezada por el hacendado Jos Mariano Michelena. Una vez que
todos los implicados en la Conjura de Valladolid fueron detenidos, el virrey dej
pasar un tiempo prudencial y les puso en libertad al iniciar el mes de marzo de
1810. Catani, enemigo del arzobispo, inform a la pennsula lo sucedido y pidi, en
consecuencia, la remocin de Lizana del cargo de virrey. En septiembre, arrib a la
Nueva Espaa el sustituto de Lizana, Francisco Xavier Venegas de Saavedra. Por esas
fechas se gestaba en Quertaro, una conspiracin, con los mismo fines que la de
Valladolid, encabezada por el corregidor Miguel Domnguez y su esposa Josefa Ortiz
de Domnguez, el sacerdote Miguel Hidalgo, prroco de Dolores; los militares
Ignacio Allende, Juan Aldama y Mariano Abasolo. Al ser descubierta esta conjura,
inici la Guerra de Independencia de Mxico con el Grito de Dolores.