El 16 de septiembre de 1823, Matamoros fue honrado como Benemrito de la Patria.

Sus restos fueron trasladados a la catedral metropolitana de la Ciudad de Mxico

ese mismo ao y permanecieron ah hasta 1925, ao en que fueron colocados en el
mausoleo de la Columna de la Independencia. El 30 de mayo de 2010 fueron exhumados
con honores mximos y llevados al Museo Nacional de Historia (Castillo de
Chapultepec) para su anlisis y autentificacin. En lo que hoy es el noreste de
Tamaulipas, se encuentra la Villa del Refugio o Congregacin de Nuestra Seora del
Refugio a la que el 28 de enero de 1826 por el decreto nmero 12 se le concede el
ttulo de villa y el nombre se le cambia a Matamoros, como recuerdo para Mariano
Matamoros.

El 23 de diciembre de 1813, Matamoros particip en un intento de toma de

Valladolid, que result un desastre para el Ejrcito Insurgente, porque las tropas
de Hermenegildo Galeana y de Nicols Bravo fueron repelidas en varias ocasiones.
Esa noche, los insurgentes se replegaron a las Lomas de Santa Mara, a las afueras
de la ciudad, donde las tropas de Agustn de Iturbide y Ciriaco del Llano
atravesaron la infantera insurgente y, tras causar un verdadero desastre,
abandonaron el campo, dejando a los insurgentes que, confundidos por las sombras de
la noche, se combatan entre s.
Morelos orden a Matamoros trasladarse con el resto del ejrcito insurgente a la
hacienda de Puruarn, situada cerca de Valladolid, el 5 de enero de 1814, lo que
result en otro desastre, pues, tras la derrota, otra vez por las fuerzas de
Iturbide, Matamoros intent escapar cruzando un vado cercano sobre el ro que baa
la hacienda de Puruarn.
Fue capturado por un soldado dragn del batalln de Infantera de Frontera llamado
Eusebio Rodrguez, que recibi del gobierno virreinal un premio de doscientos pesos
y un ascenso a teniente por tan importante captura.
Fue llevado preso a la crcel clerical de la Inquisicin en Valladolid (hoy
Morelia), Morelos ofreci, desde Coyuca, al virrey Flix Mara Calleja, mediante un
soldado espaol a quien liber, la vida de doscientos prisioneros espaoles a
cambio de la libertad de Matamoros, pero ni as lo pudo recuperar. Entregado a las
autoridades civiles y encontrado culpable de traicin a Fernando VII. Fue
ejecutado en el Portal del Ecce Homo (hoy Portal de Matamoros) de Valladolid el 3
de febrero de 1814, mientras las campanas de la Catedral tocaban agonas, lgubre
taido que fue secundado por todas las iglesias de la ciudad. Fueron necesarias dos
descargas del pelotn para acabar con su vida.