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Ingeniera de protenas
La Ingeniera de Protenas es una rama emergente de la ingeniera. Aplica conocimientos de
matemtica, economa y biologa molecular al diseo de protenas. Existen dos mtodos para el diseo
de protenas: el diseo racional (rational design) y la evolucin dirigida.
En el diseo racional se presupone un conocimiento detallado de la estructura y funcin de la protena,
en la que se introducen los cambios deseados. Es un mtodo sencillo y barato, aunque el conocimiento
necesario para aplicarlo no siempre est disponible.
En la evolucin dirigida se introducen mutaciones aleatorias en la protena bajo estudio y se
seleccionan slo aquellas variantes que presentan las propiedades deseadas. Varias rondas de mutacin
y seleccin dan lugar a una coleccin de protenas modificadas que presentan las caractersticas
deseadas. En este momento se aplica la tcnica de barajar ADN (DNA shuffling) consistente en mezclar
partes de las protenas ms exitosas en busca de una protena an mejor. Estas tcnicas estn inspiradas
en la evolucin natural y la reproduccin sexual respectivamente.
Es frecuente que los investigadores apliquen ambas tcnicas en el diseo de una protena dada. Primero
se aplica el diseo racional y se somete al producto a evolucin dirigida.
Hay varios factores que influyen en la sntesis de las protenas transgnicas. Uno de los ms
importantes es la frecuencia de uso de codones. La concentracin intracelular de cada ARN de
transferencia vara significativamente de un organismo a otro. La presencia en un gen eucariota de un
triplete poco usado en bacterias, o viceversa, disminuye drsticamente la sntesis de la protena, factor
que debe ser tenido en cuenta para elegir el husped ms conveniente. Adems, muchas protenas
sintetizadas en sistemas transgnicos no son capaces de plegarse correctamente y adquirir una
conformacin funcional, sino que precipitan en conglomerados insolubles. No se conocen los factores
que determinan el plegamiento de un pptido cuando es sintetizado en una clula extraa, aunque se
presume que son los mismos que en el resto de los seres vivos.
El punto crucial, sin embargo, no est relacionado con las tcnicas y consideraciones de orden prctico,
descriptas en los prrafos precedentes y necesarios para encarar experiencias de muta gnesis sitio-
dirigida, sino con las modificaciones a introducir en una protena para obtener la funcionalidad
biolgica buscada. En los ltimos aos se ha acuado el trmino ingeniera de protenas para definir el
conjunto de procedimientos moleculares aplicables al diseo y construccin de protenas con funciones
o propiedades predefinidas.
La ingeniera molecular de protenas se apoya en las leyes por las cuales una secuencia lineal de
aminocidos adquiere su estructura tridimensional, la que, a su turno, determina la funcin biolgica de
la protena. Junto con la cristalografa de rayos X, la muta gnesis sitio-dirigida es una de las
herramientas ms poderosas para disear protenas ms estables, ms activas, ms especficas, etc., y
sirve tanto para la investigacin bsica como para la aplicada.
La muta gnesis opera de manera ptima si se trabaja con protenas cuya estructura tridimensional sea
conocida de modo preciso, pues se tendr informacin detallada acerca de la posicin relativa de un
aminocido con respecto a otro, y podrn hacerse inferencias sobre la fijacin de ligados, el
plegamiento de la protena, su actividad biolgica, etc. Pero aun sin contar con evidencias mayores
sobre esas posiciones relativas de los aminocidos, es posible substituirlos para:
(i) Confirmar experimentalmente la funcionalidad inferida a partir de los datos estructurales y(ii)
mejorar o alterar esa funcionalidad. La mayor parte de los actuales estudios de muta gnesis encuadran
en el segundo propsito
S no se tienen datos estructurales, todava es posible construir un modelo, basado en conformaciones
conocidas de protenas homlogas; la exactitud del modelo, no obstante, depende de la similitud de las
secuencias en cuestin. En los ltimos aos se ha trabajado exitosamente en la muta gnesis de
aminocidos -que no variaron mucho a lo largo de la evolucin- relacionados con el sitio activo de
diferentes enzimas y con los sitios de fijacin de ligando.
Cuando se desconocen tanto la estructura tridimensional de una protena como la de sus eventuales
homlogas, an se puede obtener cierta informacin sobre la funcionalidad de determinados
aminocidos mediante experimentos de modificacin qumica. Consisten en alterar las cadenas
laterales de los aminocidos utilizando reactivos especficos, y luego establecer la ubicacin del residuo
afectado en la secuencia primaria de la protena. La funcionalidad del aminocido puede evaluarse
estudiando los efectos de la modificacin sobre parmetros como la afinidad por sustratos e
inhibidores, las velocidades absolutas y mecanismos de reaccin (para enzimas), la estabilidad de la
protena, su proteccin por ligandos, etc. Para que los datos sean de utilidad, es indispensable que la
modificacin sea especfica. Por lo general, los modificadores qumicos son molculas voluminosas
que se unen covalentemente a la cadena lateral del aminocido con el cual reaccionan; alteran la
funcin biolgica de la protena por efectos estricos, electrostticos, etc. As, se han documentado
numerosos casos de aminocidos, supuestamente esenciales segn los datos de las modificaciones
qumicas, cuya muta gnesis no tiene efecto alguno sobre la funcionalidad de la protena. De todos
modos, los modificadores qumicos constituyen una ayuda inapreciable en aquellas ocasiones en que no
es posible contar con informacin estructural, y seguirn emplendose para estudiar protenas cuya
conformacin tridimensional sea desconocida.