La genmica y sus aplicaciones

Orgenes de la Gentica

La Gentica, que es una rama del conocimiento muy joven, sus comienzos
empricos datan de hace unos 7000 aos cuando se inci la domesticacin de las
plantas, se podria decir que realmente empezo cuando Gregor Mendel (nacido el
22 de julio de 1822 en Heinzendford, Austria), un modesto fraile agustino,
presenta en 1865 su trabajo de investigacin a la Sociedad de Historia Natural de
Brn, con el ttulo de "Hibridos en plantas".

Primera Ley de Mendel

Las Unidades Hereditarias
(genes) se dan por pares (alelos)
en los individuos.
Los alelos segregan (se
separan) para formar gametos.
Algunos alelos ocultan el efecto
de otros (dominan)

La Doble Hlice

Rosalin Franklin en 1953, obtuvo datos precisos

de difraccin de Rayos X de ADN y sugiri que la
estrucctura del ADN era algn tipo de hlice

En 1953, Watson (izquierda) y Francis Crick

(derecha) describieron la estructura en doble
hlice de la molcula de ADN. En 1962 Watson
y Crick recibieron el Premio Nobel de Medicina
por su trabajo.

Deseamos sugerir una estructura para el cido desoxirribonucleico (ADN). Esta

estructura tiene caractersticas novedosas que son de considerable inters desde
el punto de vista biolgico.

Genoma

Cromosomas

Clula

Los genes contienen

las instrucciones
para fabricar
protenas

Protenas

Las protenas llevan a

cabo la mayora de las
funciones de un ser
vivo

Qu es el genoma?
El genoma es el conjunto de informacin
hereditaria que define y determina como
funcionan cada organismos viviente.
Conjunto de todos los genes de un organismo.
El depsito de sta informacin es el cido
Desoxiribonucleico o ADN.
El genoma esta organizado en cromosomas.

El genoma contiene toda la informacin

de cmo funciona un organismo
AGCTAGCTGATTTCGTACCTTCCGATCGGATCGATTTGATCAAAGTCTGGC
CGCGCTAGCGCTTAATATAGGCTAGTCGTAGGATCGTTGCTAGCTAGCTGG
AGCTAGCTGATTTCGTACCTTCCGATCGGATCGATTTGATCAAAGTCTGGC
CGCGCTAGCGCTTAATATAGGCTAGTCGTAGGATCGTTGCTAGCTAGCTGG
AGCTAGCTGATTTCGTACCTTCCGATCGGATCGATTTGATCAAAGTCTGGC
CGCGCTAGCGCTTAATATAGGCTAGTCGTAGGATCGTTGCTAGCTAGCTGG
AGCTAGCTGATTTCGTACCTTCCGATCGGATCGATTTGATCAAAGTCTGGC
CGCGCTAGCGCTTAATATAGGCTAGTCGTAGGATCGTTGCTAGCTAGCTGG
AGCTAGCTGATTTCGTACCTTCCGATCGGATCGATTTGATCAAAGTCTGGC
CGCGCTAGCGCTTAATATAGGCTAGTCGTAGGATCGTTGCTAGCTAGCTGG
GCTAGCTAGCTGGGCTAGCTAGCTGGTT

La genmica se dedica a identificar los genes presentes

en los cromosomas y determinar cual es su funcin

El genoma es como una receta de cocina

que contiene las instrucciones de cmo
funciona un organismo
TGGGTATTGATCGTCAGTCAGTCGTCATGAATGAGAGATCG
GAGCCTACTTGIncubar los frijoles en agua durante al
menos una nocheTTTGACTAGTCAATGG Tirar el agua
AGCCCTGATGCTACocer los frijoles en olla express con
ajo, cebolla, chile picado y sal hasta que se ablanden
GCTAGCCATG Machacar mientras se fren lentamente
con aceiteGGCTAGTCGTAGGATCGTTGCTAGCTATAGCT
GGGCTAGCTAGCTGGGTATTGATCGTCAGTCAGTCGTACC

La genmica descifra esas instrucciones

Organismo

Tamao del
genoma

Nmero de genes
estimado

Maz

2000-2500
millones

50,000

Humano

3000 millones

30,000

Ratn

2600 millones

30,000

Frjol

637 millones

40,000

Arabidopsis

120 millones

28,000

Mosca de la fruta

137 millones

13,000

Levadura

12 millones

6,000

Bacteria (E.coli)

4.6 millones

3200

En 1977 Federick Sanger Publica su Tcnica

de Secuenciacin de ADN
3

DNA Templado

3
PRIMER

3
ddNTPs
+
dNTPs
+
DNAPolimerasa

5
3
SINTESIS DE LA CADENA
COMPLEMENTARIA

Sanger, capitaliz la habilidad de las polimerasas para

incorporar
desoxinucletidos,
as
como
didesoxinucletidos a la cadena en crecimiento.

Frederick Sanger recibi

el Premio Nobel de
Qumica en 1958 y en
1980

LECTURA
DETERMINACIN
DE LAS BASES

MANUAL

Gel de Poliacrilamida
Radioisotopo S35 o P32
Film de Rayos X
Lectura Manual

AUTOMATIZADA
Tecnologia del Capilar

LI-CO 4300

SEMI-AUTOMATICA
Gel de Poliacrilamida
Qumicos Fluorescentes
CCD cmara
Uso de software
El MegaBACE 4000 de la
empresa
Amerhsam
Phermacia
procesa 384
muestras simultaneamente y
genera 2.8 million de bases
por da

El ABI 3730xl de la
marca
Applied
Biosystems realiza 40
(96 capilares) corridad
por da y detecta 1 920
000 bases por da

El ABI 377 Apliedd Biosystems

Laser

Sequencing
Analysis

CCD camara

Data Collection
Capilares

Data Collection

PROYECTO DEL GENOMA HUMANO (HGP)

Inicia oficialmente en junio de 1991 por el Instituto Nacional de Salud de U.S.
Es un proyecto comparado al apolo XI (Primer hombre en la luna)
Participan 6 pases (U.S. Inglaterra, Francia, Canada, Alemania y Japn)
La Meta: Secuenciar 3.2 x 109 bases durante los prximos 15 aos
Equivale a leer durante 9.5 aos en voz alta
James Watson
En 1996 se funda el National Human Genoma Research
Institute (NHGRI) con la intencin de secuenciar, utilizando
metodologa de gran escala, el Genoma Humano
Involucra a las Universidades y Centros de Investigacin ms
reconocidos de los Estados Unidos, como:
Institute for Genomic Research, Rockville,MD
Baylor College of Medicine, Houston,TX
Whiteheat
Institute
for
Biomedical
Research,
Cambridge, MA
Stanford Universty, Stanford, CA
University of Washington, Seattle, WA
Washington University, St Louis, MO
Colabora el Instituto Sanger
Se dividen el trabajo por cromosomas
Utiliza sistemas Robotizados y Bioinformticos ms adelantados
La meta se piensa cumplir para el 2005 con una probabilidad de
error de 0.01% por base

Francis S. Collins

PROYECTO DEL GENOMA HUMANO (HGP)

En 1992 J. C. Venter funda
The Institute for Genomic Research (TIGR)
Y en 1998 funda Celera asociado con ABI
Dice que va a secuenciar el genoma humano en 3 aos.
ABI proporciona un poco ms de 300 secuenciadores de 96 capilares
para este proyecto.Costo 200 millones de dlares
Se interesa principalmente en zonas codificantes del DNA.
El tamao del genoma es de 3 000 millones de bases.
Solamente el 3% del genoma es codificante.
Son aprximadamente 80 000 genes potenciales.
Su intencin es patentar genes.
Celera significa velocidad.

John Craig Venter

La Clave del Exito: las estrategias shot gun

Velocidad de secuenciadores ==> reduccin de costos

Poder computacional

Una vez identificada la utilidad de un gen, se puede patentar

La utilidad de los genes de la enorme cantidad de

Microorganismos, animales y plantas nativos de Mxico
tiene un enorme valor $$$$$$$$$

Importancia de la genmica en Mxico

Mxico tiene el 10% de la diversidad biolgica del planeta

Es nmero 1 en reptiles, 3 en plantas y anfibios, y 4 en

animales
La biodiversidad a nivel regional es excepcional Mxico,
Colombia y Costa Rica poseen ms del 25% de la
biodiversidad mundial.

IMPORTANCIA DE LA GENOMICA EN MEXICO

Mxico adems de tener una enorme riqueza en biodiversidad es el centro de origen,
diversidad y domesticacin de un gran nmero de las especies agrcola de mayor importancia
econmica.
Maz
Chile
Frijol
Jitomate
Tomate
Cacahuate
Girasol
Calabaza
Aguacate
Agave

Y muchas ms

Institute Director Yang Huanming

DNA sequencing is where a developing country can compete

in big science that can yield powerful new technologies.

Laboratorio Nacional de Genmica para la Biodiversidad

(LANGEBIO)

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TIFF (LZW) decompressor
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Langebio inici sus labores

en mayo del 2005
Dos secuenciadores ABI3700 de 96 capilares totalmente
automatizados
Dos secuenciadores MegaBACE4000 de 384 capilares
Dos secuenciadores basado en amplificacin mltiple en paralelo
(454)
Un secuenciador de alta capacidad SOLID de ABI (20 Gb por
corrida)
Robot picador de colonias Genetix (4000 colonias por hora)
Robot para impresin de microarreglos (Virtek)
Lector confocal de microarreglos (Virtek)
Robot para preparacin de reacciones de secuenciacin

Capacidad y usos de los distintos secuenciadores

1) Secuenciadores tipo Sanger (ABI3700 y MegaBACE4000). Pueden
procesar entre 96 y 384 muestras generando de 800 a 1000 pares de bases
de alta calidad por muestra en 4 h. Se usan para secuenciar molculas
especficas y como base de proyectos genmicos.
2) Secuenciadores en paralelo en nanoesfras 454. Procesan Un milln de
molculas generando 400 bases por muestra dando un total de 400 Mb en
8 h. En una corrida se pueden secuenciar hasta 5 genomas bacterianos con
una cobertura 20X. Tiene algunos errores cuando hay hileras de ms de 7
bases idnticas (GTCTGGGGGGGGTTCTGCTT)
3) Secuenciadores tipo SOLID o Solexa. Tienen una capacidad de secuenciar
hasta 100 millones de molculas generando 35 bases por molcula. Muy
til para re-secuenciar genomas ya conocidos, por ejemplo humanos,
arabidopsis, arroz y maz entre otros. Ensamblado de novo de genomas an
muy complejo pero se est trabajando para resolverlo.

Secuenciacin del genoma codificante del maz

y uso del genoma para identificar genes de
tolerancia a sequa

El genoma del maz palomero toluqueo es el ms

pequeo de los 350 genotipos analizados

Genome
(Mb) B73%

Landrace
Zapalote Chico
Tepezintle
B73
Tuxpeo 1
Tuxpeo 2
Chalqueo
Bolita
Palomero 1

3200
2900
2700
2500
2300
2300
2200
1950

100%
90%
84%
78%
71%
71%
68%
60%

LABORATORIO NACIONAL DE GENOMICA

PARA LA BIODIVERSIDAD

Validacin de genes funcionales por transcripcin

Cinvestav

Se secuenci el equivalente a 4.7 veces el genoma completo del maz palomero

Se identificaron 54 203 genes en el maz palomero
# Genes con evidencia transcripcional por 454: 42,664 (78%)
# Genes funcionales adicionales por ESTs: 4,436
Total: 47,100 Genes validados por transcripcin (87%)
Adicionalmente tenemos 183,015 Contigs que aparentemente
no tienen genes pero que son transcripcionalmente activos.

ANLISIS DE LA RESPUESTA A NIVEL FISIOLGICO Y DE EXPRESIN GNICA

BAJO SEQUA EN TRES MATERIALES CRIOLLOS MEXICANOS DE MAZ
Cinvestav

OBJETIVO
Identificar las respuestas fisiolgicas y gnicas entre tres variedades de
maz bajo condiciones de sequa e identificar aquellos genes asociados a su
respuesta por sequa.
Se usaron dos razas tolerantes a la sequa (Cajete Criollo y Michoacn 21,
y una susceptible (85-2)

CONTROL

Cy3

TEST

Cy5

Cy3

+ Cy5

17 das de estrs (Inducidos)

85-2

Cajete criollo

17 das de estrs (Reprimidos)

85-2

Cajete criollo

143

106

611
Michoacn 21
Michoacn 21

Cajete criollo

Michoacan 21

85-2

FOTOSINTESIS
85-2

Cajete criollo

Michoacan 21

FOTOSINTESIS
85-2

Cajete criollo

Michoacan 21

Factores de transcripcin inducidos por sequa en

variedades tolerantes a la sequa
12 comunes a las variedades tolerantes y susceptibles a la sequa
5 comunes a las variedades tolerantes a la sequa

3 especficos para la Cajete Criollo y 5 para la Michoacn 21

Pozas Cuatro Cinegas Pools

Una de las zonas ms ricas en biodiversidad del mundo,

equiparable a las islas Galapagos. Datos geolgicos
sugieren que las pozas son remantes de un mar muy
antiguo

Cuatro Cinegas: a living laboratory to

understand bacterial evolution
Cerca de 170 pozas con muchas especies endmicas incluyendo peces,
caracoles y tortugas, adems de una gran riqueza en
microorganismos. Galapagos: islands isolated by water
4C is a reversed Galapagos: Ponds isolated by sand and mountains
El agua es oligotrfica con concentraciones extremadamente bajas
de fsforo. No soporta el crecimiento de algas, pero es rica en
bacterias fotosintticas.
Secuenciando el genoma de bacterias de las pozas podemos definir
si efectivamente las bacterias de las pozas son de origen marino.

Metagenomic analysis using 20 universally present genes in Bacillus

sp. shows that Bacillus coahuilensis is indeed closest to marine
Bacillus but basal to all
Phylogenomics analysis

Bacillus from the

Gulf of Mexico

Agradecimientos
Maz
June Simpson
Octavio Martnez
Corina Hayano
Alfredo Herrera
JeanPphilippe Vielle
Grupo de secuenciacin
y microarreglos
Alkamidas
Jos Lpez Bucio UMSNH
Jorge Molina
Alfonso Hernndez UMSNH

Formas alternas de fsforo

Damar Lpez

Financiamiento
SAGARPA
CONACyT
SEP
CONCyTEG
HHMI