Se da el regreso de Histieo quien se pone en contacto con los jonios,
prepara la resistencia a los persas. Al descubrirse sus planes, no lo aceptan los jonios y marcha a Bizancio con naves lesbias. Los jonios acuden a Lade en ayuda de Mileto, los persas se ponen en contacto con los tiranos jonios derrocados, que intentan convencer, sin xito, a sus conciudadanos; los jonios se preparan para la batalla, comienza la desercin de los jonios, lo que propicia la victoria persa. Dionisio, el general griego, huye a Fenicia y luego a Sicilia, hacindose pirata, luego ocurre la toma de Mileto, esclavizacin y deportacin. Como reaccin griega ante la toma de Mileto ocurre el duelo en Atenas y multa a Frnico por haber recordado este hecho en una tragedia. Los samios y algunos milesios marchan a Sicilia y hay problemas para asentarse en ella. Histieo cae prisionero y es empalado en Sardes. Los persas someten con facilidad el resto de Jonia, realizando tambin conquistas en la zona del Helesponto. Ocurre una digresin sobre la tirana de Milcades de Atenas y sus descendientes, Estesgoras y Milcades, en el Quersoneso y se da la reorganizacin de Jonia. Entramos a la primera Guerra Mdica en la que Mardonio, designado general de Jonia dirige la primera expedicin contra Eretria y Atenas; fracasa por la tormenta en Atos; su ejrcito de tierra se retira a Asia tras enfrentarse a los tracios brigos. Daro toma las medidas concernientes y desbarata los planes de Tasos, enva heraldos a toda Grecia dndose la sumisin voluntaria de muchas ciudades. Acontece una acusacin contra los eginetas por parte de Atenas, que convence a Esparta. Clemenes y Demarato se convierten en reyes, de esta manera comienza la diarqua; se da un enfrentamiento entre Clemenes y Demarato, refugindose este ltimo en la corte de Daro; Leotquidas es nombrado rey, Clemenes y Leotquidas contra Egina, Clemenes debe huir al ser descubierto su complot contra Demarato; regresa, se vuelve loco y se suicida; digresin sobre la campaa de Clemenes contra Argos; los espartanos tienen una versin sobre la locura de Clemenes; los eginetas reclaman sus rehenes, entregados a Atenas, incluyendo la historia de Glauco narrada por Leotquidas a los atenienses. Acontece la guerra entre Egina y Atenas. Se da la segunda expedicin persa contra Eretria y Atenas.Daro
destituye a Mardonio, nombrando a Datis y Artafrenes.
La expedicin se pone en marcha: ocurre la toma de Naxos; respeto a Delos y sesmo en esta isla Caristo. Sucede el ataque y toma de Eretria. Los persas se dirigen hacia Maratn, guiados por Hipias; los atenienses salen a su encuentro. Los espartanos piden ayuda por medio de Filpides. Hipias tiene un sueo premonitorio. Los plateos acuden en ayuda de los atenienses, de esta manera se da el origen de su amistad. Milcades consigue que se decidan a atacar a los persas. Ocurre la batalla de Maratn, donde los atenienses flaquean por el centro, pero sus dos poderosas alas envuelven a los medos. Los persas, al ver que se dirigan a la carrera, se prepararon para aguantarlos y lo consideraban una locura -y completamente funesta- de los atenienses, pues vean que eran pocos y que ellos se lanzaban a la carrera sin tener caballera ni arqueros. Tales eran, pues, las conjeturas de los brbaros. Pero los atenienses, cuando compactos entablaron combate con los brbaros, lucharon de forma digna de elogio. Intentona fallida de los persas de llegar a Atenas por mar antes que los atenienses. Bajas de cada bando y prodigio acaecido a Epidelo, que qued ciego sin ser herido. Se da la retirada persa, llevando a los eretrios esclavizados, que Daro instala en Arderica. Despus de la batalla de Maratn llegan los espartanos a Atenas, y contemplan el campo de batalla. Herdoto defiende a los alcmenidas frente a la acusacin de haber ayudado a los persas, basndose en su aversin al rgimen tirnico; historia de la familia (enriquecimiento de Alcmen; nacimiento de Clstenes). Milcades marcha contra Paros, es acusado por retirarse sin conquistarla, es absuelto por el pueblo de la pena de muerte, pero muere debido a la gangrena. Digresin sobre la toma de Lemnos por Milcades a consecuencia de una antigua afrenta y de un orculo de Delfos.