Procesamiento de Información en Sistemas Vivos

Procesamiento de informacin
en sistemas vivos
Nelson Alfonso Gmez Cruz
Laboratorio de Modelamiento y Simulacin
Escuela de Administracin
Universidad del Rosario
nelson.gomez@urosario.edu.co
Introduccin
La complejidad es un aspecto reciente en el mbito de la
ciencia y la ingeniera
Instituto Santa Fe, 1984
Ingeniera de sistemas complejos, 2006
Sin embargo, los avances no tienen precedente en

la historia de la ciencia
Procesamiento de informacin en sistemas vivos

Introduccin
Los sistemas vivos son los de mayor complejidad conocida
Imagen tomada de Theise & Kafatos, Complementarity in Biological Systems: A Complexity View, 2013

Introduccin
El procesamiento de informacin (computacin) es un
aspecto fundamental en el estudio de la complejidad
El computador como herramienta

Mtodos de simulacin
Complejidad computacional y algortmica
Computabilidad de sistemas y problemas
Computacin como marco de trabajo para explicar
sistemas complejos

Contenido
1. Interacciones entre biologa y ciencias de la
computacin
2. Un nuevo paradigma: la computacin
biolgica
3. El problema de la computabilidad
4. Hipercomputacin y sistemas vivos
Contenido
computacin
biolgica
Computacin y vida
1. Almacenamiento, manipulacin, integracin y anlisis de datos
biolgicos experimentales por medio de computadores
2. Simulacin y sntesis de sistemas biolgicos
3. Inspiracin en la biologa para construir nuevos algoritmos
(metaheursticas)
4. Inspiracin en la biologa para construir nuevos modelos y
arquitecturas de computacin
5. Uso de materiales biolgicos para computar
6. Estudio de la naturaleza computacional de los sistemas vivos

Computacin y vida
1. Biologa computacional
2. Vida artificial
3. Computacin bio-inspirada
4. Biomodelos y bioarquitecturas de computacin
5. Computacin con biomateriales
6. Computacin biolgica

Biologa computacional
Comprende:
Bioinformtica
Genmica y protemica
Biomecnica computacional, neurociencia computacional,

bioqumica computacional, fisiologa computacional,
inmunologa computacional
Ecoinformtica
Biologa (computacional) de sistemas
Posibilit realizacin del proyecto genoma humano en 2003

(dos aos antes de lo esperado)
Tambin permiti desarrollar la primer clula viva controlada
con ADN sinttico (artificial) en 2010 (C. Venter)
Vida artificial
Lo que ofrece:
Biologa de lo posible
Sntesis antes que anlisis
Enfoque productivo antes que histrico
Bottom-up antes que top-down (IA vs. VA)
Control local antes que global
Especificacin simple antes que compleja
Comportamientos emergentes antes que pre-especificados
Simulacin de poblaciones antes que de individuos.

Vida artificial
Incluye una variedad de subcampos:
Autmatas celulares
Sistemas de Lindenmayer
Embriologas artificiales
Qumicas artificiales
Desarrollo artificial
Algoritmos genticos
Modelamiento y simulacin basados en agentes
Autopoiesis artificial
Computacin qumica
Redes autocatalticas
Desarrollo de protoclulas
Modelos de reaccin-difusin

Vida artificial
Motiva nuevos campos cientficos e ingenieriles:
Biologa sinttica
Biologa de sistemas
Tecnologa viva
Ingeniera morfogentica
Software autoorganizante

Vida artificial
Surge en el contexto de las ciencias de la complejidad
(Langton, 1989)
Promueve activamente la ingeniera bio-inspirada como un

nuevo paradigma (Doursat, 2011)
Dos aspectos centrales son la emergencia y la autoorganizacin en sistemas vivos. Se ha denominado como la
ciencia de la emergencia (Heudin, 2006)

Computacin bio-inspirada
Computacin neuronal (redes inmunes artificiales)

Computacin evolutiva (algoritmos evolutivos)
Computacin inmune (sistemas inmunes artificiales)
Computacin colectiva (inteligencia de enjambres)

Biomodelos y bioarquitecturas
Computacin celular (Sipper, 1998)

Computacin con membranas (sistemas P)
Computacin con ADN in info
Autmatas celulares
La mayora de biomodelos son capaces de procesamiento

universal de informacin (en el sentido de la mquina
universal de Turing)

Biomodelos y bioarquitecturas
Computacin celular
redes neuronales
completamente conectadas
computacin
celular
redes neuronales
parcialmente conectadas
computacin
paralela
serial
computacin
distribuida
paralelo
computacin paralela de
memoria compartida
arquitectura serial de
propsito general
complejo
mquinas de
estados finitos
simple
(Sipper, 1998)
Computacin con bio-materiales
Computacin con molecular (ADN y ARN)

Computacin con bacterias
Computacin con clulas
Computacin con physarum

Computacin con bio-materiales

Computacin con moho de fango
2010
2012
Diseo de vas ferroviarias en Tokio
a.
b.
c.
d.
Tero et al. Rules for Biologically Inspired

Adaptive Network Design, 2010

Computacin y vida
Biologa
computacional
Biologa
Simulacin de
sistemas vivos
Computacin bio- Biomodelos y

inspirada
bio-arquitecturas
Computacin con
biomateriales
Computacin

Computacin biolgica
Computacin que lleva a cabo la vida en su entorno natural
es el tema de esta charla!

Computacin y vida
Biologa
computacional
Biologa
Computacin bio- Biomodelos y

inspirada
bio-arquitecturas
Simulacin de
sistemas vivos
Computacin con
biomateriales
Computacin
Computacin biolgica
En estos tiempos llenos de entusiasmo, nuestra tarea es
nada menos que descubrir una nueva y amplia nocin de
computacin, y entender el mundo que nos rodea en
trminos de procesamiento de informacin
(Kari & Rozenberg, 2008)

Computacin y vida
Debe distinguirse entre:
El soporte tecnolgico para la investigacin relacionada
con la vida
La computacin dirigida al modelamiento y la simulacin
de fenmenos biolgicos
La computacin inspirada por la vida
La computacin que puede implementarse en
materiales/sistemas biolgicos
La computacin que realizan los organismos vivos
naturalmente

Computacin y vida

Computacin y vida

Contenido
computacin
biolgica
Computacin biolgica
Es un campo de investigacin reciente que estudia el
procesamiento de informacin que llevan a cabo los sistemas
vivos en su medio natural.
Es solo el estudio de la computacin biolgica el que
preguntar, especficamente, si, cmo y por qu los
sistemas vivos pueden ser vistos como
fundamentalmente computacionales en naturaleza
(Mitchell, 2012)

Computacin biolgica y simulacin

La computacin biolgica es un proceso que ocurre en la
naturaleza misma, no meramente en simulaciones
computacionales de la naturaleza.
Sin embargo, es posible soportar el estudio de la
computacin biolgica en simulaciones, pero esa es otra
cosa!

Promesas de la computacin biolgica

Permitir entender la biologa de una manera ms
unificada
Har posible una comprensin ms general de lo que
significa computar

Races de la computacin biolgica
Vida artificial
Computacin natural
Biologa (sinttica, de sistemas)
Ciencias de la complejidad (CC)

14 problemas abiertos en vida artificial
Problema No. 10: Desarrollar una teora sobre el

procesamiento, el flujo y la generacin de informacin en
sistemas evolutivos

Computacin biolgica vs. natural

Computacin Natural
Computacin
inspirada por
la naturaleza
Sntesis de fenmenos
naturales en
computadores
Redes
Computacin Inteligencia
neuronales
evolutiva
de enjambre
Computacin con
nuevos materiales
naturales
Sistemas Geometra
Vida Computacin Computacin
inmunes
fractal
artificial con ADN
cuntica
artificiales
De Castro, Fundamentals of Natural Computing: An Overview, 2007

Computacin biolgica vs. natural

Computacin natural
Naturaleza como
inspiracin
Naturaleza como sustrato

de implementacin
Autmatas celulares
Computacin neuronal
Computacin evolutiva
Inteligencia de
enjambres
Computacin inmune
Computacin con
membranas
Vida artificial
Naturaleza como
computacin
Biologa sinttica
Computacin
molecular
Biologa de sistemas
Computacin
cuntica
Computacin en
clulas vivas
Redes
Genticas
Bioqumicas
De transporte
Computacin amorfa
Kari & Rozenberg, The Many Facets of Natural Computing, 2008

Races de la computacin biolgica
2009
2013

El rol de la informacin en la naturaleza

En los sistemas fsicos, la
informacin juega un rol
pasivo.
En los sistemas biolgicos, la

informacin juega un rol
activo.
Esto ltimo sugiere dinmica
dinmica de la informacin
(=computacin)
(2005)

Informacin y energa
Langton (1992) propone la tesis segn la cual la vida se ubica
en (o evoluciona hacia) un punto crtico en el que la dinmica
de la informacin obtiene el control sobre la dinmica de la
energa.
La vida y la computacin son fenmenos estrechamente

relacionados: se puede considerar a la vida como una forma
emergente de computacin creada al borde mismo del caos
(Emmeche, 1998)

Algunos rasgos de computacin biolgica

Interaccin entre los elementos del sistema y entre el sistema y
el entorno
Computacin distribuida y vastamente paralela
Mltiples mecanismos de procesamiento de informacin
Computacin multi-nivel
Potencial para sintetizar nuevos mecanismos de procesamiento
de informacin (evolucin/complejizacin de la computacin)
Evolucin como computacin (Mayfield, 2013)
Control auto-organizado
No hay proporcionalidad entre lo que entra y lo que sale
(procesamiento no trivial)
Tolerancia a fallos y otras auto-propiedades
Ejemplos de computacin biolgica

System/Process
Bacteria colonies
Bio-chemical reactions
Gene assembly in ciliates
Protein-protein interaction networks/bio-chemical networks
Biological transport networks
Information diffusion in the endocrine system
Defense adaptation and coordination in the immune system
Biological metabolism
Regulatory network of genes
Computation in living cells
Cellular assembly
Retina
Brain processes and neural networks
Development / genotype phenotype mapping
Information processing in swarm insects
Evolution, diversification and complexification of living beings
Scale
Bacterial
Molecular
Molecular
Molecular
Molecular
Molecular
Molecular
Molecular
Genetic
Cellular
Tissues
Organismic
Organismic
Organismic
Population
Evolutive
References
[1, 10, 11]
[30]
[29, 66]
[43]
[43]
[43]
[20, 35]
[59]
[9, 42, 43]
[3, 29]
[76]
[76]
[16]
[30, 77]
[22]
[47,57]
(Gmez- Cruz & Maldonado, 2013)

Computacin en ciliados
Existen hace ms de un billn de aos.
Hay miles de especies, muchas no caracterizadas an.
Sin embargo, poseen dos caractersticas comunes:
microncleo
macroncleo

Codifica copias funcionales de todos los
genes que regulan el crecimiento
vegetativo y la proliferacin celular
macroncleo
microncleo
Contiene versiones encriptadas del ADN

macronuclear y se emplea para el
intercambio sexual de ADN


Modelo formal para el reordenamiento de genes
Se denota al conjunto de todas las palabras circulares sobre .
Una palabra, denotada , es circular sii w es equivalente a w, esto
es, sii = y = para cualquier perturbacin de las letras
sobre .
Si + es un punto, entonces las recombinaciones guiadas por
son definidas as:
+ + (lineal/lineal)
(1)
+ (lineal/circular)
(2)
+ (circular/circular)
(3)

La expresin grfica para (1) es:
+ +

+

+

Computacin en bacterias
Comunicacin qumica colonias complejas (109-1012 individuos)
No almacenan en sus genes la informacin relevante para
construir los patrones coloniales
Adicionalmente, una bacteria puede reconocer solo pequeas
reas
Sin embargo, se comportan como organismos multicelulares
(diferenciacin celular, distribucin de tareas y mdulos que
funcionan como rganos reproductores)
Generan cooperativamente nueva informacin contextual
mediante la informacin almacenada en los individuos y la
informacin latente extrada del entorno
Esa informacin se procesa cognitivamente para modificar la
funcin o el comportamiento de la colonia
Ben-Jacob, 2009
Fortalezas cognitivas e ingenieriles de la colonia
Paenibacillus dendritiformis
Percepcin colectiva del nivel de nutrientes y de la dureza del entorno

Regulacin del genoma para ajustar secrecin de lubricacin y viscosidad
Ben-Jacob, 2009
Organizacin modular de la colonia
Paenibacillus vortex
Incluye dinmicas atraccin, repulsin, fusin y divisin de vrtices

Las interacciones se dan por quimiotaxis atractiva y vnculos fsicos entre
bacterias
Ben-Jacob, 2009
Aprendizaje de la experiencia
Tras el segundo ataque con antibiticos la colonia se expande ms rpido y su

patrn es ms complejo
Ben-Jacob, 2009
Inteligencia de enjambre
Ben-Jacob, 2009
Bacterias y la Mquina de Turing

La MT separa hardware y software
En las bacterias el hardware cambia dinmicamente de acuerdo
las informacin que entra, la informacin almacenada, el
procesamiento de la informacin (en distintas escalas), y la salida
deseada
Las salidas afectan el bienestar de los individuos, por tanto las
computaciones no son objetivas
Es un proceso interactivo que no separa entradas y salidas
Las bacterias asignan autnomamente prioridades distintas a las
entradas y las procesan de formas distintas para su beneficio (una
MT no computa para su beneficio)
Ben-Jacob, 2009
Para qu computa la vida?

Para desarrollarse (Kumar & Bentley, 2003)
Para mantener activamente su organizacin (Tsuda, Zauner,
Gunji & 2006)
Para interactuar con el entorno (Sol & Macia, 2011)
Para vivir!
Buena computacin significa adaptacin y evolucin.
Mala computacin conduce al riesgo, el peligro y la
extincin.

Contenido
computacin
biolgica
MT y computacin biolgica
La mquina de Turing es el modelo estndar de
computacin
Buena parte de las investigaciones activas en este campo
asumen implcita o explcitamente la MT como modelo de
computacin subyacente
Es la MT un buen modelo para expresar la computacin
biolgica?

MT y computacin biolgica
Un ejemplo: los ribosomas actan ms o menos como
una nanomquina de Turing:
Leen una cinta definida por el ARN mensajero
Crean una cadena de aminocidos de salida
Inician y terminan el proceso mediante la deteccin de
secuencias dadas
(Sol & Macia, 2011)

La Mquina de Turing
Fue un esfuerzo por formalizar la nocin de algoritmo
Computacin algortmica:
Se realiza en forma de una caja cerrada
Transformando una entrada finita (nmeros racionales o cadenas
finitas)
Determinada al inicio de la computacin
En una salida finita
Disponible al final de la computacin
En una cantidad de tiempo finito

La Mquina de Turing
La computacin que realiza la MT se caracteriza, entonces,
por:
Ser cerrada (nada entra ni sale durante la computacin)

Tener recursos finitos (tiempo y espacio)
Ser funcional (establece un mapeo entre entradas y salidas)
Su comportamiento es arreglado (definido por el algoritmo)

La Tesis de Church-Turing
Una mquina de Turing puede computar cualquier funcin
efectiva (parcialmente recursiva) sobre nmeros naturales (o
cadenas)
Fue introducida por Turing para rechazar el principio de
Hilbert (problema de decisin) de que todo teorema
formal matemtico se puede probar mediante inferencia
lgica
Turing NO tenia la pretensin de que su modelo sirviera
para establecer los fundamentos de las ciencias de la
computacin
Otras mquinas de Turing

Mquinas de eleccin (1936)
Mquina con orculo (1939)
Mquinas inorganizadas (1948)
todos estos modelos son ms expresivos que la mquina
automtica (MT)

El currculo de ACM
En la dcada de 1960 se usan las nociones de algoritmo y
mquina de Turing darle estatus cientfico, anlogo a la
fsica, a las ciencias de la computacin (computer science)

Modelos equivalentes a la MT
Funciones de Herbrand
Funciones recursivas de Gdel
Clculo de Church
.
.
.
Funciones parcialmente recursivas de Kleene

Sistemas de Post
Algoritmos de Markov
Gramticas libres de contexto de Chomsky
MT no determinsticas
MT multicinta
MT multipista

La Tesis de Turing
Permiti determinar los lmites de lo que la MT puede
computar
La mayora de funciones matemticas son, de hecho, no
computables (Syropoulos, 2008)

Los lmites de lo computable

Una [gran] parte de la comunidad de cientficos de la
computacin decidi que la mquina de Turing determina el
lmite absoluto para el poder de computacin, e ignor
modelos ms expresivos que los modelos clsicos de la MT y
sus equivalentes. Para esa gente, fue ms fcil vivir en el
universo computacional cerrado que inventar o incluso
aprender alguna cosa nueva y ms relevante
(Wegner, Eberbach & Burgin, 2012)

Hipercomputacin
La teora de la hipercomputacin se refiere a la posibilidad
terica y prctica de computar nmeros y funciones que la
MT es incapaz de computar
Otras denominaciones: computacin super-Turing

(Siegelman), super-algoritmos (Burgin), computacin noalgortmica, computacin no-recursiva

Algunos modelos de hipercomputacin
MT persistentes
Mquinas de Zeus
MT de tiempo infinito
MT inductivas
Mquinas de ensayo y error
MT acopladas
Sistemas P de tiempo infinito

Hipercomputacin
Trata de trascender las limitaciones de la MT tomando
ventaja de la teora de la relatividad y la teora cuntica
Implican realizar pasos infinitos de computacin en un
tiempo finito (super-Tareas)
Esto permitira, en principio resolver el problema de la
detencin de Turing
Estos modelos permanecen en el plano terico
Sin embargo no impedimentos fsicos o matemticos para
su futura implementacin
La hipercomputacin as comprendida permanece en el
marco de la tesis de Turing
Contenido
computacin
biolgica
La Tesis de Church-Turing
Una mquina de Turing puede computar cualquier funcin
efectiva (parcialmente recursiva) sobre nmeros naturales (o
cadenas)
Usualmente es reconocido que esta tesis aplica slo a la
computacin efectiva.
Lo que no es usualmente apreciado es que esta tesis aplica
SOLAMENTE a la computacin de funciones y no a otros
tipos de computacin

Un gran malentendido
Algoritmos y MT como base del currculo de ACM

Asimetra entre computacin terica y computacin
prctica

Tesis FUERTE de Church-Turing

1. Cualquier computacin efectiva puede ser realizada por
una MT
2. Cualquier cosa computable es computable por una
mquina de Turing
3. Una mquina de Turing puede hacer cualquier cosa que
un computador real pueda hacer
Las tres afirmaciones son falsas (Goldin & Wegner, 2008)
Una nocin ms general de computacin

Existen procedimientos y procesos que pueden categorizarse
como computables y que, sin embargo, pueden ser abiertos, no
terminantes que involucran varias entradas intercaladas con
salidas.
Estos procesos son no-algortmicos y no funcionales
Sistemas computacionales que no pueden describirse con la
MT:
Ej. Internet, robots que actan en entornos abiertos,
servicios web, sistemas operativos, procesadores de
texto
Se trata de sistemas interactivos antes que algortmicos!!!
Hipercomputacin

Hipercomputacin
Mejor: la hipercomputacin, adems de explorar la

posibilidad terica y prctica de computar nmeros y
funciones que la MT es incapaz de computar, est
relacionada con comportamientos y fenmenos que caen
fuera del inters de la MT (es decir, en otros marcos de
relevancia)

Hipercomputacin no clsica
Clsica
Hipercomputacin
No-Clsica
(Stepney, 2009)
Computacin interactiva
De acuerdo con la visin interactiva de la computacin:
La interaccin pasa durante la computacin
As, la computacin se entiende como un proceso
permanente antes que la transformacin, basada en
funciones, de una entrada en una salida
La tesis de Church-Turing (que es correcta) solo aplica a
funciones y, por tanto, excluye la computacin interactiva

Situacin actual
Wegner (1997, 1998) conjetur que la computacin
interactiva (CI) es ms expresiva que la computacin
algortmica.
Goldin et al. (2004) introducen las mquinas persistentes
de Turing para capturar la interaccin secuencial y as
prubar la conjetura de Wegner.
Goldin y Wegner (2008) muestran que la CI no secuencial
es ms expresiva que la secuencial.
Wegner, Eberbach y Burgin (2012) demuestran que la CI es
ms completa (computacionalmente) que la MT y, sin
embargo, no es un modelo completo.
Computacin interactiva y computacin biolgica

Interaccin!
La vida no computa funciones (matemticas)
El entorno (que puede incluir humanos u otros sistemas)
es una parte fundamental de la computacin.
Transito de sistemas cerrados (MT) a sistemas abiertos
Involucra la flecha del tiempo
Lo que importa es el proceso, no propiamente el resultado
Problemas como el de la detencin se hacen irrelevantes
en la CI y en la vida

Computacin interactiva y computacin biolgica

Es solo uno de los paradigmas para explicar la
(hiper)computacin biolgica
Otras alternativas puede estar relacionadas con la
emergencia, la auto-organizacin y la evolucin
La discusin sigue abierta!!!


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Algunos rasgos de computacin biolgica

Ejemplos de computacin biolgica

(Gmez- Cruz & Maldonado, 2013)

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Contiene versiones encriptadas del ADN

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