EvolMol DNA

Tema 8.
Evolucin de secuencias de DNA

1. Tasa de mutacin espontnea
2. Estimacin de las tasas de sustitucin de nucletidos.
Evolucion Molecular
http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/
Universidad de Granada
Jos L. Oliver
http://www.ugr.es/~oliver/
4 transiciones ()
8 transversiones ()
Proporcin esperada Transiciones/Transversiones = 1/2
DESDE
ATCTAGATCTAGTGCATAGCATGCA
|*|||*||*|||||*|||*|||*||
HASTA
ACCTAAATTTAGTGAATATCATCCA
Desde/Hasta
--
AT
AC
AG
TA
--
TC
TG
CA
CT
--
CG
GA
GT
GC
--
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Evolucion Molecular
G A (en 1)
T G (en 1)
Se excluye
Se excluye
Se excluye
Jos L. Oliver
Las transiciones suponen el 59.3%, frente al 33% (4/12) esperado

C y G son los nucletidos ms mutables (la mutacion C G es
la ms frecuente, salvo en las islas CpG)
La mayora de las mutaciones son hacia A o T
Mutacin de base en el genoma: aumento de A+T
Pero los genes son ricos en G+C !!
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Transition/Transversion ratio = 15.7 !!
Genes funcionales:
Gen 1
Consenso
Gen 2
Gen 3
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
ATCTAGATCTAGTGCATAGCATGCA
|*|||*||*|||||*|||*|||*||
ACCTAAATTTAGTGAATATCATCCA
p = nd / n
Evolucion Molecular
nd nmero de posiciones
con nucletidos diferentes
probabilidad = 1/3
No vale Poisson
Jos L. Oliver
Mtodo de Jukes y Cantor
=1
=1
=1
=1
K = -3/4 ln(1 - 4/3 p)
siendo p = nd / n
Si la distancia entre ambas secuencias es baja, K es una buena estima

de la divergencia.
Pero para distancias mayores, K sigue subestimando la divergencia
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Mtodo de Kimura con 2 parmetros (K2P)
=1
=1
=1
=1
R+P+Q=1
K = - ln [(1 2P Q) 1 2Q]
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Mtodo de Tamura
El contenido en G+C () de las secuencias puede ser 0.5
Mtodo de Tamura y Nei

Toma en cuenta tanto el sesgo en G+C como en la proporcin
de transiciones / transversiones
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Modelo general de sustitucin de nucletidos (12 parmetros)
PERO no da estimas mejores que los de 6 parmetros
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Comparacin de los diferentes mtodos

En principio, se podra pensar que los mtodos con ms
parmetros sern mejores, ya que son ms realistas
Pero en la prctica no es as debido a que hay que estimar ms
parmetros menos estadstica ms errores de muestreo (las
secuencias son finitas...)
Otro problema es que la frmula de los mtodos con ms
parmetros a menudo es inaplicable (logaritmos con argumento
negativo, etc.)
Ejemplo: estimas de K entre la -globina de conejo y ratn

Posicin del
codn
JC
0.64
0.64
0.68
II
0.42
0.42
0.52
III
III
0.88
0.92
Inaplicable
Evolucion Molecular
K2P
GIN (6 parmetros)
Divergencia
II
Jos L. Oliver
Divergencia
II
I
III
II: Valores bajos
Correccin poco importante (8.5 9.3)
III:
altos
Evolucion Molecular
muy
(36.8 87.9)
Jos L. Oliver
Secuencia
ancestral
Simulacin
mutaciones
...n veces
Alineamientos
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Simulacin
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Las distancias ms sofisticadas

(con ms parmetros) son
imprescindibles para estimar
correctamente la longitud de las
ramas en una filogenia, pero
importan menos para estimar la
topologia (orden de
ramificacin) correcta
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Tasa de sustitucin
K
Tasa de sustitucin de nucletidos:
r = K / 2T
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
-globina
SS > NS
Mayor dispersin en SS
The amount of nucleotide divergence

at synonymous and nonsynonymous
sites of the -globin gene as a
function of time since divergence.
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Histona H4
Gen:
55 sustituciones
SS > NS
Protena:
2 sustituciones
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Humanos vs. roedores (ratn o rata)
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Humanos vs. roedores (ratn o rata)
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Variacin en distintas regiones de los genes
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Divergencia en exones vs. intrones
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Variacin de NS en el gen de la insulina
NS
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Tasa evolutiva en el genoma mitocondrial de mamferos

Tasa de sustitucin de nucletidos muy alta: SS diez
veces mayor que en el ncleo
Causas:
Alta concentracin de radicales superxido O2 Replicacin poco fiel
Saturacin rpida: linealidad hasta slo 10 MA Reloj
rpido
Filogenias entre
especies prximas:
primates, etc.
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Tasa evolutiva en orgnulos de plantas
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Tasa evolutiva en virus
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver
Tasa evolutiva en el virus de la gripe
Evolucion Molecular
Jos L. Oliver

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Tema 8.

Evolucin de secuencias de DNA

Proporcin esperada Transiciones/Transversiones = 1/2

Las transiciones suponen el 59.3%, frente al 33% (4/12) esperado

Transition/Transversion ratio = 15.7 !!

Mtodo de Jukes y Cantor

K = -3/4 ln(1 - 4/3 p)

Si la distancia entre ambas secuencias es baja, K es una buena estima

Mtodo de Kimura con 2 parmetros (K2P)

Mtodo de Tamura y Nei

Modelo general de sustitucin de nucletidos (12 parmetros)

PERO no da estimas mejores que los de 6 parmetros

Comparacin de los diferentes mtodos

Ejemplo: estimas de K entre la -globina de conejo y ratn

II: Valores bajos

Correccin poco importante (8.5 9.3)

Las distancias ms sofisticadas

The amount of nucleotide divergence

Humanos vs. roedores (ratn o rata)

Humanos vs. roedores (ratn o rata)

Variacin en distintas regiones de los genes

Divergencia en exones vs. intrones

Variacin de NS en el gen de la insulina

Tasa evolutiva en el genoma mitocondrial de mamferos

Tasa evolutiva en orgnulos de plantas

Tasa evolutiva en virus

Tasa evolutiva en el virus de la gripe

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