Controlabilidad de Sistemas Biologicos

Dedicatoria
A mis se
nores padres, Sara y Jose,
grandes guerreros de corazon noble.
A mis hermanos,
Elisa, Diego y Nah
um,
mi motivo e inspiracion a lo largo de toda la vida.
A la persona que amo, Deyssel,

quien su comprension y amor me brindo siempre .
Agradecimientos
Este trabajo no habra sido posible sin el apoyo y supervision del Doctor Juan
Carlos Martnez Garca, que en todo momento me proporciono la informacion necesaria, otorgandome la posibilidad de realizar una estancia en el extranjero. De igual
manera agradezco profundamente a la Doctora Elena Alvarez-Buylla

Roces por la
posibilidad de integrarme al proyecto del estudio de raz desarrollado en la Universidad Autonoma de Mexico en el Instituto de Ecologa. Muchas gracias a los docentes
que fueron parte de mi formacion academica.
Gracias a las personas que hicieron posible mi estancia en el Centro de Regulacion Genomica de Barcelona, Catalu
na, en el Departamento Cell and Developmental
Biology: al lider del grupo Doctor Jerome Solon por aceptar mi visita, a mis amigos
Arturo DeAngelo y Natalia Czerniak por todo el apoyo que me brindaron. Agradezco
a CONACyT, instancia que me proporciono el apoyo economico durante mis 2 a
nos
de estudio.
Quisiera agradecer tambien a mis amigos del Departamento de Control Automatico que con su apoyo incondicional , dentro y fuera de la institucion, se convirtieron
en mi familia. Kristal, Mireya, Pineda, Angel,

Vctor, Marco y Pedro gracias fieles
compa
neros.
No puedo terminar sin agradecer infinitamente a toda mi familia, quienes fueron,
son y seran parte esencial en todos mis logros.
II
Indice general
Dedicatoria
Agradecimientos
II
Resumen
VI
Summary
VII
Introducci
on
1. Preliminares t
ecnicos
1.1. Introduccion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2. Modelos Booleanos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2.1. Redes de regulacion genetica . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.3. Producto semi-tensor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.4. Matriz de intercambio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.5. Matriz de expresion de logica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.5.1. Operadores logicos fundamentales . . . . . . . . . . . . . . . .
1.6. Dinamica de redes Booleanas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.6.1. Forma algebraica de la red . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2. Resultados existentes
10
2.1. Introduccion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10
2.2. Antecedentes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10
2.2.1. Morfogenesis floral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11
2.3. Atractores de la red de desarrollo floral de A. thaliana
. . . . . . . .
12
III

Indice
general
IV
2.3.1. Exploracion estocastica de la red . . . . . . . . . . . . . . . .

3. An
alisis y control de redes Booleanas
3.1. Introduccion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2. Controlabilidad de redes de control Booleanas . . . . . .
3.2.1. De la red Booleana a la red de control Booleana .
3.3. Control va secuencia libre . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3.1. Espacio de alcanzabilidad . . . . . . . . . . . . .
3.3.2. Matriz de controlabilidad . . . . . . . . . . . . . .
3.4. Ejemplo ilustrativo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.4.1. Descripcion formal de la red de control Booleana
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4. An
alisis de controlabilidad en la red Arabidopsis thaliana
4.1. Introduccion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2. Trayectorias entre atractores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2.1. Algoritmo de analisis de controlabilidad . . . . . . . . .
4.2.2. Trayectorias entre atractores: Modulo de desarrollo floral
4.3. Enfoque determinista: Simulacion del modulo de desarollo floral
4.3.1. Esquema de control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3.2. Simulacion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5. Interpretaci
on biol
ogica de los resultados.
5.1. Introduccion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2. Genes importantes en diferentes etapas en la formacion de la
5.3. El rol de AG dentro del atractor de estambres . . . . . . . .
5.3.1. Cuenca de atraccion : Atractor de estambres . . . . .
5.3.2. Resultados . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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flor
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14
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23
23
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26
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33
33
33
34
35
36
Conclusi
on final y perspectivas
38
A. Reglas l
ogicas que conforman la red
40
Bibliografa
42
Indice de figuras
2.1. Red de regulacion genetica que describre el destino celular en el IM y
el meristemo floral. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2. Desarrollo del modulo floral en Arabidopsis thaliana [3]. . . . . . . . .
2.3. Los diez atractores de la red de A. Thaliana. . . . . . . . . . . . . . .
2.4. Representacion esquematica de los atractores; IM y primordios . . . .
11
12
13
13
3.1. Red Booleana y red de control Booleana. . . . . . . . . . . . . . . . .
19
4.1.
4.2.
4.3.
4.4.
4.5.
. . . . .
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. . . . .
. . . . .
por se. . . . .
por se. . . . .
por se. . . . .
25
26
27
29
5.1. Grafica de transicion desde x0 hasta xd del estado B. . . . . . . . . .
37
Trayectorias entre atractores : Modulo de desarrollo floral. .

Etapa de seleccion de los controladores. . . . . . . . . . . . .
Esquema de control para la red de desarrollo floral. . . . . .
Presentacion de resultados. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Recuperacion de los 4 primordios principales y el controlador
cuencia libre : Caso I. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.6. Recuperacion de los 4 primordios principales y el controlador
cuencia libre : Caso II. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.7. Recuperacion de los 4 primordios principales y el controlador
cuencia libre : Caso III. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
30
31
32
Resumen
La red de regulacion genetica que describe el desarrollo floral en Arabidopsis thaliana es estudiada. Evidencia experimental sustenta la contruccion de esta red, y
herramientas matematicas como la teora basada en el algebra Booleana (producto
semi-tensor) permite explorar propiedades estructurales. Nociones de controlabilidad
y alcanzabilidad en el contexto de esta teora son aplicadas, y una representacion esquematica de las trayectorias permitidas entre los atractores va control de secuencia
libre es presentada. Finalmente, se proporciona una interpretacion biologica de los
resultados obtenidos.
VI
Summary
The Gene Regulatory Networks which describes the dynamic of flower development in Arabidopsis thaliana is studied. Experimental evidence supports the construction of this networks, and mathematical tools as the theory based on Boolean
algebra (semi-tensor product) helps to explore structural properties. Notions as controllability, reachability in the context of this theory are applied, and a schematic
representation of the allowed trajectories among attractors via free-sequence control
is presented. Finally, an biological interpretation of the obtained results is given.
VII
Introducci
on
El desarrollo es un proceso muy importante en todo organismo vivo, en el cual
una celula se convierte en un organismo multicelular. Durante el desarrollo, la celula
se divide en varias ocasiones para formar celulas del embrion. Todas las celulas tienen
el mismo genoma. Si todas ellas expresaran las mismas protenas, el adulto sera una
masa deforme de celulas identicas. Durante el desarrollo, por lo tanto, el descendiente
de la celula debe asumir diferentes destinos en una manera espacial organizada para
llegar a formar los diversos tejidos del organismo [1].
La activacion de protenas, expresion de genes, reacciones qumicas y bioqumicas, etc., que ocurren dentro del desarrollo, pueden ser descritas como una red de
regulacion genetica (GNR, por sus siglas en ingles), modelos que incluyen todas las
conexiones moleculares y bio-moleculares requeridas para una completa descripcion
de los patrones de expresion genetica [4].
El estudio de estas redes emergio como una oportunidad de describir de una manera mas profunda procesos biologicos, en 1960 Jacob y Monod mostraron que toda
celula contiene un n
umero de genes reguladores que pueden actuar como interruptores, los cuales pueden activarse o inhibirse los unos a los otros. Existen 2 tipos de
enfoques para el modelado de las redes de regulacion genetica; los continuos y los discretos. Ambos difieren en el alcance que tienen, sin embargo proporcionan resultados
cualitativos equivalentes cuando son aplicados a sistemas biologicos concretos. Por
lo tanto, esta equivalencia depende basicamente de la arquitectura y de las se
nales
de interconexion y no tanto de los detalles de la especificacion matematica de la red.
El caso mas sencillo de los modelos discretos para las GNRs, son las redes Booleanas introducidas por primera vez en 1969 por Kauffman [15]. En este tipo de
modelos, los nodos de la red presentan dos posibles estados en el tiempo t; 1 o 0
1
Introduccion
dependiendo del estado en el instante t 1 y de los elementos que regulan dicha

transicion. Las interacciones reguladoras que permiten los cambios en la activacion
de los genes son reglas logicas compuestas por operadores como OR, AND o NOT.
La construccion de las reglas logicas para modelar una red de regulacion genetica
puede ser obtenida a traves de evidencia experimental (patrones de expresion genetica, perdida y ganancia de fenotipos de funciones, ensayos de interaccion de protenas,
etc.) [2]. Una vez construida la red Booleana, su topologa proporciona dos elementos dinamicos importantes; las cuencas de atraccion y los atractores. Un atractor (o
estado estacionario) es un estado de equilibrio al cual el sistema evoluciona dada una
condicion inicial despues de un tiempo t. Todas aquellas configuraciones (condiciones
iniciales) que alcanzan un mismo atractor son llamados elementos de la cuenca de
atraccion de dicho atractor.
El presente trabajo se basa en el estudio de la red que describe la dinamica del
modulo de desarrollo floral en Arabidopsis thaliana en su u
ltima version [17]. Esta red cuenta con diez atractores que estan asociados a diferentes estados celulares
durante la formacion de la flor, cuatro de ellos a la etapa vegetal (etapa no repro
ductiva) y el resto a la etapa reproductiva. Alvarez-Buylla
et al. [3] demostraron que
perturbaciones estocasticas en la red son suficientes para recuperar la especificacion
y la secuencia temporal de los organos florales (primero la aparicion del primordio
de sepalos, luego petalos y finalmente los correspondientes a estambres y carpelos).
El estudio estocastico tiene su sustento biologico por que las fluctuaciones simulan el efecto de factores ambientales (humedad, exposicion al sol, etc.), el suministro
de nutrientes, entre otros, as como fluctuaciones intrnsecas de las concentraciones
de las especies biomoleculares involucradas. Toda esta variabilidad afecta los procesos que rigen el desarrollo de los organismos vivos. La motivacion de este trabajo
surge a partir de este resultado, al tratar de emular la especificacion y la secuencia
temporal de los organos florales pero en esta ocasion de manera determinista, para
encontrar propiedades entre los nodos de la red (jerarquas), trayectorias especificas
entre los atractores, etc., a traves de herramientas de analisis como la teora basada
en algebra Booleana introducida por D. Cheng en 2011 [7]. El producto semi-tensor
y nociones de alcanzabilidad y controlabilidad desarrolladas en el contexto de esta
teora permiten responder la inquietud que motiva a este trabajo.
Captulo 1
Preliminares t
ecnicos
1.1.
Introducci
on
A lo largo de este captulo se muestra como el estudio de los modelos Booleanos,

a partir de su introduccion por Kauffman en 1969 (en el contexto del modelado de
sistemas biomoleculares a nivel celular), permitieron la exploracion de fenomenos de
naturaleza biologica a traves de herramientas matematicas. La simplicidad que ofrecen los modelos Booleanos por ser de caracter binario fue una motivacion importante
para desarrollar hipotesis y teoras que se convertiran en todo un herramental de
analisis de los sistemas. El producto semi-tensor surge a partir de esta teora basada
en algebra Booleana [7] proporcionando propiedades, caractersticas y singularidades
asociadas a cada red.
1.2.
Modelos Booleanos
Los sistemas dinamicos presentes en la electronica, biologa, economa, etc., son

descritos mediante conjuntos de expresiones matematicas llamados modelos. Un modelo es aquello que se utiliza como un sustituto para alg
un sistema que se desea
entender, tambien se emplean para visualizar sistemas complejos, y explorar su comportamiento bajo condiciones de interes.[4]. En los modelos Booleanos o binarios, las
variables que lo conforman solo pueden tomar dos valores True o False, 1 o 0 respectivamente. El valor de cada uno de los elementos a lo largo del tiempo esta descrito
3
Captulo 1. Preliminares tecnicos
por reglas logicas conformadas por operadores NOT, AND y OR.
1.2.1.
Redes de regulaci
on g
enetica
Inspirada por el proyecto del Genoma Humano, la biologa de sistemas surgio.
Esta
ciencia estudia el comportamiento y las relaciones entre todas las celulas, protenas, ADN (acido desoxirribonucleico) y ARN (acido ribonucleico) en un sistema
biologico llamado red celular. Aquellas redes que tienen una regulacion genetica son
las mas activas ya que regulan el crecimiento, replicacion, y muerte de las celulas en
respuesta a los cambios en el ambiente.
Las GNRs, com
unmente encontradas bajo este nombre en la literatura, describen
dinamicas de sistemas complejos que van desde una replicacion celular hasta modulos
de desarrollo. Estas redes estan integradas por nodos que son asociados a protenas,
hormonas, genes, etc., los cuales pueden inhibirse o expresarse los unos a los otros.
El tipo de GNRs estudiadas a lo largo de este trabajo son de naturaleza Booleana
(1 o 0), cada gen en la red es representado por una variable Booleana x que toma
valores de x = 1, si el gen esta expresado, y el valor x = 0, si no esta expresado. El
estado de expresion de los genes de la red completa es representado por un vector
de variables Booleanas {x1 , x2 , . . . , xN }, donde xn es el estado de expresion de el nth
gen y N es el n
umero total de genes en la red. El estado de expresion de cada gen
cambia respecto al tiempo de acuerdo a la siguiente ecuacion dinamica:
xn (t + ) = Fn (xn1 (t), xn2 , . . . , xnk (t))
(1.1)
donde {xn1 , xn2 , . . . , xnk } son los reguladores del gen xn , Fn es una funcion Booleana
llamada tambien regla logica, que es construida de acuerdo a la accion combinatoria
de los reguladores. es una medida del tiempo de relajacion, es decir, el tiempo que
le toma a un gen cambiar su estado de expresion bajo el cambio de la expresion de
sus reguladores. Para modelos Booleanos, es com
un tomar = 1. Cabe mencionar
que cada gen tiene asociada su propia funcion Booleana.
1.3.
Producto semi-tensor
Esta
herramienta permite convertir la red Booleana en un sistema lineal discreto y
en el caso de la red de control Booleana en un sistema discreto bilineal. Basicamente,
permite calcular la multiplicacion de matrices que son incompatibles en dimensiones,
por lo tanto, es posible obtener la forma algebraica del sistema.
Definici
on 1.3.1 Sea A Mmn , B Mpq y = mcm(n, p) sea el mnimo
com
un m
ultiplo de n y p. El producto semi-tensor por derecha de A y B esta definido
como:
A n B = (A I n )(B I p )
(1.2)
A o B = (I n A)(I p B)
(1.3)
donde denota el producto de Kronecker, I es la matriz identidad.

El producto matricial que se emplea a lo largo de este trabajo es el producto
semi-tensor por derecha, por lo que se omitira el smbolo n en la mayora de los
casos.
1.4.
Matriz de intercambio
En el producto matricial a diferencia del producto escalar, la propiedad conmutativa no se conserva. El producto semi-tensor es una generalizacion del producto
matricial [6], por lo tanto este producto tampoco es conmutativo. Sin embargo surge
la matriz de intercambio como una herramienta alternativa para poder establecer
una propiedad seudo-conmutativa la cual permitira separar coeficientes de variables,
establecer el orden multiplicativo entre matrices, entre otras cosas.
Definici
on 1.4.1 Una matriz de intercambio W[m,n] es una matriz mn mn, definida como sigue, las filas y las columnas estan etiquetadas por un doble ndice (i, j),
las columnas estan organizadas por multi-ndices ordenados Id(i, j; m, n) y las filas
estan organizadas por multi-ndices ordenados Id(j, i; n, m). El elemento en la posicion [(I, J), (i, j)] es luego
(
w(IJ),(ij) =
1.5.
I,J
i,j
1,
I=i
y J =j
(1.4)
0, de otra manera
Matriz de expresi
on de l
ogica
Una variable logica x puede tomar dos valores 1 o 0, es decir, x D = {1, 0} =

{T, F }. Para obtener una expresion matricial, definimos T y F como vectores
T := 1
" #
1
F := 0
" #
0
(1.5)
Para describir la forma vectorial de una logica (entiendase por logicas basicas los
operadores NOT, AND, OR, etc.), primero se definen las siguientes notaciones
ki es la i-esima columna de la matriz identidad Ik
k = {ki | i = 1, 2, . . . , k}.
Para una notacion mas simple, sea := 2 . Luego
(" # " #)
1
0
= {21 , 22 } =
,
0
1
1.5.1.
Operadores l
ogicos fundamentales
Negaci
on
"
Mn =
0 1
1 0
h
i
= 2 2 1
(1.6)
Para verificar que la expresion matricial es correcta cuando una variable logica
x es expresada en forma vectorial, se tiene
x = Mn x
(1.7)
Es decir, cuando x = T ,
x = T 21
Mn x = 22 F,
(1.8)
x = F 22
Mn x = 21 T.
(1.9)
y para x = F
De manera similar se puede verificar para el resto de los operadores, sin embargo
este procedimiento se omitira.
Conjunci
on
h
i
Mc = 2 1 2 2 2
(1.10)
h
i
Md = 2 1 1 1 2
(1.11)
h
i
Mi = 2 1 2 1 1
(1.12)
Disyunci
on
Condicional
Bicondicional
Me = 2
i
1 2 2 1
(1.13)
Matriz de reducci
on de potencia
h
i
Mr = 1 4
(1.14)
Esta matriz es aplicable para los casos donde se tienen variables logicas elevadas a
alguna potencia, como se muestra en la siguiente proposicion
Proposici
on 1.5.1 Sea x . Entonces
x2 = Mr x
(1.15)
h
iT
x2 = t2 , t(1 t), (1 t)t, (1 t)2
(1.16)
h
i
Prueba Sea x = t, 1 t . Luego
Como t {0, 1}, es claro que t2 = t, (1 t)2 = (1 t), y t(1 t) = (1 t)t = 0.

Luego
h
iT
x2 = t, 0, 0, 1 t = Mr x
(1.17)
1.6.
Din
amica de redes Booleanas
Para introducir la forma algebraica de la red, la cual permitira simplificar y

englobar la dinamica completa en una expresion matricial, se comenzara por definir
una red Booleana de manera formal:
Definici
on 1.6.1 ([7]) Una red Booleana es un conjunto de nodos, x1 , x2 , . . . , xn ,
los cuales interact
uan entre ellos. En cada tiempo dado t = 0, 1, 2, . . . , un nodo tiene
solo uno de los dos diferentes valores :1 o 0. As, esta red puede ser descrita por un
sistema de ecuaciones
x1 (t + 1) = f1 (x1 (t), . . . , xn (t)),
x2 (t + 1) = f2 (x1 (t), . . . , xn (t)),

..
xn (t + 1) = fn (x1 (t), . . . , xn (t)),
(1.18)
donde fi , i = 1, 2, . . . , n, son funciones logicas
1.6.1.
Forma algebraica de la red
La siguiente tarea es convertir la dinamica de la red Booleana (1.18) en su forma

algebraica, siendo mas precisos, expresarla como un sistema lineal discreto convencional.
Aplicando el producto semi-tensor y empleando la forma vectorial xi (t) , se
define
x(t) = x1 (t)x2 (t) . . . xn (t) := nni=1 xi (t)
Ahora bien, empleando el siguiente teorema
(1.19)
Teorema 1.6.1 ([7]) Dada una funcion logica f (x1 , x2 , . . . , xr ) con variables logicas
x1 , x2 , . . . , xr , existe una u
nica matriz Mf de 2 2r , llamada matriz de estructura
de f , tal que
f (x1 , x2 , . . . , xr ) = Mf x1 x2 . . . xr
(1.20)
es decir, existen matrices de estructura, Mi = Mfi , i = 1, . . . , n, tales que
xi (t + 1) = Mi x(t),
i = 1, 2, . . . , n.
(1.21)
Multiplicando las expresiones en (1.21), se obtiene

x(t + 1) = M1 x(t)M2 x(t) . . . Mn x(t)
(1.22)
Finalmente, haciendo uso el siguiente teorema

Teorema 1.6.2 ([7]) Sea x = nni=1 xi , b = nni=1 ci = ni=1 fi (x1 , x2 , . . . , xn ). El sistema de ecuaciones logicas ci , i = 1, 2, . . . , n puede ser transformado en una ecuaci
on
lineal algebraica como
Lx = b
(1.23)
donde
L = M1 nnj=2 [(I2n Mj ) n ]
(1.24)
y
n =
n
Y
I2i1

I2 W[2,2ji ] Mr
(1.25)
i=1
Ahora (1.22) puede ser expresado a traves de

x(t + 1) = Lx(t)
(1.26)
donde L es llamada la matriz de transicion, y (1.26) la forma algebraica de la

red.
Captulo 2
Resultados existentes
2.1.
Introducci
on
En el captulo anterior se hizo referencia a los modelos Booleanos como una

alternativa para representar matematicamente procesos biologicos, qumicos, etc.,
sin embargo el interes del presente trabajo es realizar una exploracion de un sistema
en especfico ; el modulo de desarrollo floral en Arabidopsis thaliana [9].
2.2.
Antecedentes
En la biologa existen organismos que se encuentran en laboratorios, centros de

desarrollo, industrias, etc., que son objeto de estudio e interes alrededor del mundo. Estos organismos modelo establecen la pauta para el desarrollo de nuevas ideas,
hipotesis y ayudan a ampliar el conocimiento general del organismo. Por ejemplo,
para las bacterias tenemos a la Escherichia coli, en las levaduras a Saccharomyces
cerevisiae, mientras que para los gusanos a Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster en moscas, Mus musculus para ratones, Arabidopsis thaliana en plantas,
entre otros.
Arabidopsis thaliana es una especia crucfera (particularmente concentradas en
areas templadas y fras) nativas de Europa, Asia , y el noreste de Africa.

Es una peque
na planta entre los 10 y 30 centmetros con un ciclo de vida corto, en laboratorios
se puede completar este periodo en seis u ocho semanas. En 1842 fue bautizada con
10
Captulo 2. Resultados existentes
11
este nombre en honor al medico aleman Johannes Thal, descubridor de la planta en

las monta
nas de Harz, que estan situadas en el centro de Alemania.
2.2.1.
Morfog
enesis floral
En plantas, la morfogenesis ocurre durante todo el ciclo de vida en grupos de

celulas indiferenciadas llamados meristemos. Existen 2 tipos de meristemos que se
encuentran activos durante toda la vida de la planta, el de inflorescencia o shoot
apical meristem y el de raz o root apical meristem. La propuesta mas aceptada
para explicar la aparicion del meristemo es un mecanismo de interaccion qumica
que provoca un gradiente de hormonas de crecimiento (en particular auxinas) que
promueven la reproduccion de las celulas indiferenciadas [10]. La red estudiada en
este trabajo es la u
ltima version desarrollada por Alvarez-Buylla
et al. [3], la cual
describe la especificacion de los organos florales (Ver Apendice A).
Figura 2.1: Red de regulacion genetica que describre el destino celular en el IM y el

meristemo floral.
2.3.
12
Atractores de la red de desarrollo floral de A.

thaliana
Diez atractores han sido identificados, cuatro de ellos asociados al meristemo

inflorescente, y los seis restantes a los perfiles de expresion genica de los primordios
celulares de sepalos, petalos (PET1 y PET2), estambres (ST1 y ST2) y carpelos [Ver
Fig. 2.2].
(a)
(b)
(c)
Figura 2.2: Desarrollo del modulo floral en Arabidopsis thaliana [3].

La Fig. 2.2(a) hace referencia al meristemo inflorescente. El IM (por sus siglas
en ingles) se encuentra en el apice de una planta madura reproductiva. Se puede
observar 4 regiones dentro de el; I1, I2, I3 e I4, pertenecientes a los atractores de la
red. Los meristemos florales crecen en forma helicoidal a los costados del meristemo
inflorescente, el orden en que estos aparecen estan indicados con n
umeros; 1 para
el mas viejo y 5 para el mas joven. Ahora bien, en Fig. 2.2(b) se puede observar
que los meristemos florales mas viejos pueden subdividirse en 4 regiones, las cuales
se convertiran eventualmente en los organos florales. En cada meristemo floral, la
region mas alejada, la cual aparece primero, dara origen a el primordio de sepalos,
enseguida a petalos (PE) y finalmente los primordios asociados a estambres (ST)
y carpelos (CAR). Para el primordio de petalos y de estambres se cuenta con dos
posibles atractores PE1 y PE2, y ST1 y ST2 respectivamente, donde el gen UFO
puede estar o no expresado.
Con la ayuda del software libre R [16] y el toolbox BoolNet es posible obtener la
Fig. 2.3 que muestra los diez atractores de la red.
13
10
WUS
UFO
TFL1
SEP
PI
LFY
FUL
FT
EMF1
AP3
AP2
AP1
AG
Figura 2.3: Los diez atractores de la red de A. Thaliana.
5 1
4 1
3 1
6 2
Figura 2.4: Representacion esquematica de los atractores; IM y primordios
14
Los atractores numerados en la Fig. 2.3 se presentan de una manera mas esquematica en la Fig. 2.3; los cuatro atractores asociados al IM son etiquetados por
Ii , i = 1, 2, . . . , 4, notese que existen dos posibles configuraciones para PE y ST (1
y 2), esto debido a que el gen UFO puede estar o no expresado. En la Fig. 2.3 los
circulos en gris representan un gen activo, mientras que los blancos marcan inactividad.
2.3.1.
Exploraci
on estoc
astica de la red
Los siguientes enunciados son resultado de la exploracion estocastica desarrollada
por Alvarez-Buylla
et al. [3], enunciados que marcan la pauta para el analisis de
controlabilidad posterior:
1. Los atractores Ii (i = 1, . . . , 4) pertenecientes al meristemo inflorescente, estan
separados de los atractores de los primordios florales tal como se muestra en
2.2(a). Para una amplia gama de niveles de ruido el sistema nunca sale de los
atractores inflorescentes, sin embargo para magnitudes grandes el sistema pasa
de los atractores inflorescentes a el atractor de carpelos o estambres, sin pasar
por los atractores de sepalos y petalos.
2. En cada meristemo floral, la zona mas alejada del centro originara al primordio
de sepalos, posteriormente a petalos, y finalmente los primordios correspondientes a estambres y carpelos.
3. Para magnitudes peque
nas de ruido el sistema difcilmente transita entre las
cuencas florales. En cambio bajo magnitudes grandes de ruido, este directamente salta a una de las cuencas de atraccion mas grandes (ST1 o CAR).
Captulo 3
An
alisis y control de redes
Booleanas
3.1.
Introducci
on
La red que describe el desarrollo floral en Arabidopsis thaliana sometida a fluctuaciones estocasticas proporciona una informacion completa acerca de todo el proceso
de formacion de la flor, desde la aparicion del meristemo inflorescente hasta el surgimiento de estambres y carpelos. La pregunta que ahora aparece y se explorara a lo
largo del captulo, es la posibilidad de someter al sistema a una entrada exogena (en
la suposicion de que se tiene libre acceso a los nodos de la red) que altere la dinamica
de la red. Dicha entrada exogena o se
nal de control sera de naturaleza determinista,
es decir, a traves de secuencias Booleanas.
3.2.
Controlabilidad de redes de control Booleanas
El estudio de controlabilidad en las redes complejas siempre refleja un gran reto

debido a la magnitud de los calculos necesarios. Sin embargo, gracias al producto
semi-tensor es posible transformar la red Booleana en un sistema discreto lineal
gracias a su forma algebraica. Ahora bien, existe toda una teora similar para el
15
Captulo 3. Analisis y control de redes Booleanas
16
analisis de redes de control Booleanas que se explora a continuacion.
3.2.1.
De la red Booleana a la red de control Booleana
Para realizar el analisis de controlabilidad es necesario convertir la red Booleana

com
un en un red de control Booleana, haciendo la suposicion que es posible acceder
a la red a traves de uno o varios nodos (se
nales exogeneas).
De una manera mas formal, una red de control Booleana con n nodos de la red,
m entradas de control y p nodos de salida, presenta una dinamica descrita por:
x1 (t + 1) = f1 (x1 (t), . . . , xn (t), u1 (t), . . . , um (t), )
..
.
xn (t + 1) = fn (x1 (t), . . . , xn (t), u1 (t), . . . , um (t)),

yj = hj (x1 (t), . . . , xn (t)),
(3.1)
xi D
j = 1, . . . , p; yj D
donde fi : Dn+m D, i = 1, . . . , n y hi : Dn D, j = 1, . . . , p, son funciones logicas.

En este caso de estudio la salida del sistema no es de interes, por lo que a partir
de esta seccion se omitira.
Existen dos tipos de analisis de controlabilidad para las redes Booleanas ; va red
Booleana de entrada y va secuencia libre [7]. Sin embargo, en este trabajo solo se
abordara lo referente a la controlabilidad a traves de secuencias Booleanas ya que el
paisaje de atractores de la red no se ve afectado.
3.3.
Control va secuencia libre
Para la red de control (3.1), su forma algebraica esta descrita por

x(t + 1) = Lu(t)x(t)
(3.2)
Definici
on 3.3.1 Considere la red Booleana (3.1) y supongase que x0 , xd 2n son
dados. El sistema (3.1) se dice ser controlable de x0 a xd (por secuencia libre) en el
sth paso si es posible encontrar un control u(t) Dm , t = 0, 1, . . . , s 1, tal que el
17
estado inicial nni=1 xi (0) = x0 puede ser llevado al estado de destino nni=1 xi (s) = xd .
= LW[2n ,2m ] , luego (3.2)
Para emplear la definicion anterior, es necesario definir L
se puede expresar como
x(t + 1) = Lx(t)u(t)
(3.3)
Haciendo esto de manera repetitiva se tiene

s x(0)u(0)u(1) . . . u(s 1).
x(s) = L
3.3.1.
(3.4)
Espacio de alcanzabilidad
El siguiente teorema ayudara a encontrar la solucion para la expresion (3.4)

Teorema 3.3.1 xd es alcanzable de x0 en el sth paso por controles de secuencias
Booleanas de longitud s si y solo si
s x0 }
xd Col{L
(3.5)
Corolario 3.3.1 xd es alcanzable de x0 si y solo si

xd Col
(
[
)
i x0
L
(3.6)
i=1
Denotado por R(x0 ) = s0 Rs (x0 ) el espacio de alcanzabilidad de x0 en el tiempo s.

s x0 . Si, digamos, xd es
Nota (3.5) significa que xd es igual a una columna de L
s x0 , luego los controles deberan ser
igual a la kth columna de L
u(0)u(1) . . . u(s 1) = 2km s
(3.7)
cuales u
nicamente determinan ui , i = 0, 1, . . . , s 1.
Con el espacio de alcanzabilidad es posible establecer un analisis de controlabilidad, ya que al definir x0 y xd es posible encontrar tambien el control que permi-
18
tira dicha transicion. Sin embargo, existe una manera mas formal y compacta de
mostrar este resultado; la matriz de controlabilidad.
3.3.2.
Matriz de controlabilidad
Algebra
Booleana
Ahora, es importante introducir este tipo de algebra para simplificar algunos
calculos que posteriormente seran vitales para la obtencion de la matriz de controlabilidad.
1. Si a, b D, se define la adicion Booleana y el producto Booleano, respectivamente, como

a +B b = a b,
a B b = a b.
(3.8)
{D, +B , B } forman un algebra, llamada el algebra Booleana.

2. Sea A = (aij ), B = (bij ) Bmn . Se define
A +B B := (aij +B bij ).
(3.9)
3. Sea A Bmn y B Bnp . Se define A B B := C Bmp , donde

cij =
n
X
aik B bkj .
(3.10)
k=1
En particular , si A Bnn , luego

A(2) := A B A.
(3.11)
Una vez obtenida la matriz L del sistema (3.1), considerese la siguiente expresion
[19]
M = L n 12m
19
donde 1k = [1, 1, . . . , 1]T .

| {z }
k
Empleando el algebra Booleana, se tiene la siguiente condicion

Corolario 3.3.2 Se llama
MC :=
m+n
2X
M (p) B2n 2n
(3.12)
p=1
la matriz de controlabilidad y se escribe MC = (cij ). Luego:

1. 2i n es alcanzable desde 2j n si y solo si cij > 0 .
2. El sistema es controlable desde 2j n si y solo si Colj (MC )> 0
3. El sistema es controlable si y solo si MC > 0
Nota. MC > 0 denota que todas las entradas de la matriz son mayores que cero.
3.4.
Ejemplo ilustrativo
Para ilustrar los enunciados anteriores, considerese la siguiente red Booleana sencilla:
En la Fig.(3.1) en el inciso a) podemos observar el diagrama de la red Booleana,
b)
a)
u1
x1
x2
x1
x2
u2
x3
x3
Figura 3.1: Red Booleana y red de control Booleana.
20
mientras que en el inciso b) encontramos ya la red de control Booleana con la adicion

de las se
nales de entrada o controladores. Recordemos que el control va secuencia
libre no modifica el paisaje de atractores.
3.4.1.
Descripci
on formal de la red de control Booleana
Las reglas logicas que conforman la red son
x1 (t + 1) = (x2 (t) x3 (t)) u1 (t)
X
:
x2 (t + 1) = x1 (t) x3 (t)
x3 (t + 1) = (x1 (t) x2 (t)) u2 (t)
(3.13)
Realizando los calculos necesarios para obtener la matriz de transicion del sistema, es posible expresar la forma algebraica de la red por
x(t + 1) = Lu(t)x(t)
(3.14)
L = 8 [3 1 3 1 3 3 3 3 7 5 3 5 7 7 3 7
(3.15)
4 2 3 1 4 4 4 4 8 6 3 5 8 8 4 8]
(3.16)
donde
Ahora, considerando n = 3 (nodos de la red), m = 2 (entradas de control), se

calculara primeramente la matriz de controlabilidad y enseguida el espacio de alcanzabilidad, esto con la finalidad de discutir la equivalencia entre ambos metodos al
final de esta seccion. El n
umero de pasos a contemplar para el analisis es s = 4, de
acuerdo a (3.12):
MC :=
32
X
(L n 122 )(p)
p=1
Despues de un calculo computacional, se tiene
(3.17)
MC = (cij ) =
1
1 0 1 1 1 1 1
21
1 0 0 0 0 0 0
1 1 1 1 1 1 1
1 0 1 1 1 1 1
B88
1 0 1 1 1 1 1
1 0 0 0 0 0 0
1 0 1 1 1 1 1
1 0 1 1 1 1 1
(3.18)
Empleando el corolario (3.3.2), se puede afirmar lo siguiente:

El sistema es controlable desde x0 = 82 1 1 0 .

xd = 83 1 0 1 es alcanzable desde toda x0 dada.

Por ejemplo, xd = 85 0 1 1 es alcanzable desde x0 = 87 0 0 1 .

xd = 86 0 1 0 solo es alcanzable desde x0 = 82 1 1 0 .

Ahora bien, considerese la condicion inicial x0 = 84 1 0 0 , de acuerdo a la
expresion (3.18) las condiciones finales alcanzables posibles son xd = 81 , 83 , 84 , 85 , 87 , 88 .
Tomando en cuenta la misma x0 pero esta vez aplicando el corolario (3.3.1), se obtiene el espacio de alcanzabilidad
R(x0 ) =
0

0 1
83

7
0 1
8

4
0 0
8

8
0 0
8
1

1 1
8
1 1
85
(3.19)
22
lo cual corresponde a lo mismo obtenido a traves de la matriz de controlabilidad.

La ventaja del espacio de alcanzabilidad es que es posible calcular las secuencias de
control que permitiran transitar entre x0 y xd . Por ejemplo, si se desea obtener la
secuencia que permita ir de x0 = 84 a xd = 87 se emplea la ecuacion (3.7), obteniendo
un conjunto de 20 posibles secuencias. Por mencionar algunas :
U1 = {u1 (0) = 0, u2 (0) = 1; u1 (1) = 0, u2 (1) = 0; u1 (2) = 0, u2 (2) = 0; u1 (3) = 1, u2 (3) = 0; }
U2 = {u1 (0) = 0, u2 (0) = 0; u1 (1) = 0, u2 (1) = 0; u1 (2) = 0, u2 (2) = 0; u1 (3) = 1, u2 (3) = 0; }
U3 = {u1 (0) = 1, u2 (0) = 1; u1 (1) = 0, u2 (1) = 1; u1 (2) = 1, u2 (2) = 1; u1 (3) = 1, u2 (3) = 0; }

entre otras secuencias.
Captulo 4
An
alisis de controlabilidad en la
red Arabidopsis thaliana
4.1.
Introducci
on
Con las herramientas previamente proporcionadas, la exploracion de las propiedades estructurales que presenta la red que describe el desarrollo floral en Arabidopsis
thaliana es posible. Durante este captulo se presenta el estudio de controlabilidad de
la red en cuestion. Los nodos se convertiran en la entrada de acceso para modificar
la dinamica del sistema autonomo. Este analisis servira para establecer jerarquas
de los genes durante la especificacion de los organos florales, ademas de generar una
comparativa entre las dinamicas originadas de manera estocastica contra aquellas
que son de naturaleza determinista.
4.2.
Trayectorias entre atractores
El procedimiento propuesto en este trabajo para analizar la controlabilidad de

la red es sencillo. Como el objetivo principal es emular la morfogenesis floral, los
atractores de la red seran nuestras u
nicas condiciones iniciales (x0 ) y finales (xd ) de
interes.
Es importante mencionar que este analisis es agregando solo una entrada de
control, ya que de antemano desde la perspectiva biologica expresar o inhibir genes
23
Captulo 4. Analisis de controlabilidad en la red Arabidopsis thaliana
24
no es tan trivial. Ademas, se busca la mnima manipulacion de la red. Sin embargo,

este resultado se puede extender para 2 o mas se
nales de control.
4.2.1.
Algoritmo de an
alisis de controlabilidad
Considereando una red Booleana de n nodos y una vez obtenidos los p-atractores
de la red (AL), es posible establecer el siguiente algoritmo para el analisis de controlabilidad :
f o r i =1:n
Agregar una e n t r a d a de c o n t r o l en e l nodo i
f o r j =1:p
E s t a b l e c e r x0 := a t r a c t o r j
Obtener e l e s p a c i o de a l c a n z a b i l i d a d (RS)
i f elemento de RS == elemento de AL
Marcar una p o s i b l e t r a y e c t o r i a
end
j=j +1;
end
i=i +1;
end
Una vez finalizado el algoritmo, solo es necesario realizar un esquema con todas
las trayectorias posibles entre los atractores.
4.2.2.
25
Trayectorias entre atractores: M

odulo de desarrollo
floral
Ahora bien, el algoritmo previamente mostrado es aplicado sobre la red desarrollada por Alvarez-Buylla et al. [2], obteniendo el siguiente resultado
3
4
1
AG
AP1
AP3
EMF1
FT
1
2
LFY
TFL1
UFO
WUS
Figura 4.1: Trayectorias entre atractores : Modulo de desarrollo floral.
La Fig. 4.1 muestra las posibles trayectorias para moverse entre los atractores a
traves de un controlador de secuencia libre. A los nodos o genes de la red se les ha
asignado un color diferente, con la finalidad de visualizar dichas trayectorias de una
manera mas clara.
4.3.
26
Enfoque determinista: Simulaci

on del m
odulo
de desarollo floral
El analisis de controlabilidad era la u

ltima pieza que faltaba para emular los
resultados obtenidos a traves de la exploracion estocastica de la red. Recordemos que
el control de redes Booleanas va secuencia libre es un controlador en lazo abierto.
4.3.1.
Esquema de control
Se ha propuesto el esquema de control de la Fig. 4.3. Primero se tiene como

consigna la trayectoria deseada, en este caso la especificacion de los organos florales
en el orden : I1 , SE, PE1 o PE2 indistintamente, ST1 o ST2 indistintamente y
CAR. Posteriormente, hay que realizar el analisis de controlabilidad y obtener el
esquema de las posibles trayectorias, seleccionando aquellas vas que coinciden con
la trayectoria deseada. Es posible encontrar mas de una va entre dos atractores, por
lo que es necesario decidir a traves de que nodo introducir la secuencia libre.
3
4
1
2
1
AG
AP1
AP3
EMF1
FT
1
2
LFY
TFL1
UFO
WUS
(a)
(b)
Figura 4.2: Etapa de seleccion de los controladores.

Por ejemplo, en la Fig. 4.2(a) se observa que para ir del meristemo inflorescente
I1 al primordio de sepalos hay dos posibles maneras ; a traves del gen AP1 o FT.
Trayectoria
deseada
Anlisis
de
Controlabilidad
Secuencia
Nodo
GNR
Red de Control Booleana
um(s)
.
.
.
u2(s)
u1(s)
Figura 4.3: Esquema de control para la red de desarrollo floral.
Posibles
trayectorias
Seleccin de los
controladores
Esquema de control en lazo abierto
Trayectoria
deseada

27
4.3.2.
28
Simulaci
on
A continuacion se muestra lo obtenido por el esquema de control (4.3) sobre la

red . Para poder visualizar de una manera mas sencilla los resultados se sabe que
todo atractor tiene asociado un codigo binario que representa la activacion o no de
los genes involucrados, este codigo a su vez tiene su equivalente en decimal, es decir
Atractor
C
odigo binario
Equivalente en decimal
x0
1
2
3
4
I1
SEP
PE
ST
CAR
0000100000100
0110010101000
0111010111010
1011011111010
1010011111000
260
3240
3770 o 3768
5882 o 5880
5268
Notese que en el caso de petalos y estambres, un elemento del codigo binario (gen
UFO) se encuentra en negritas para indicar la posibilidad de estar o no expresado,
por esta razon en la columna de la derecha se muestran dos equivalentes decimales
(el primero para UFO= 1, y el segundo para UFO=0).
Es importante definir la longitud de las secuencias de control o n
umero de pasos
(s). Previamente se realizo una extensa b
usqueda de los espacios de alcanzabilidad
de cada uno de los atractores de interes variando este parametro y fue posible percatarse que dicho espacio esta en funcion de s, entre menor sea este valor, el espacio
de alcanzabilidad disminuye y visceversa. Sin embargo, existe un valor de s el cual
proporciona todo el espacio de alcanzabilidad posible. El valor encontrado fue s = 5.
La dinamica de la red es de naturaleza discreta por lo que las transiciones se dan
en intervalos de s = 1. En Fig. 4.4 se puede observar lo siguiente; en el eje de las
abscisas se tiene el intervalo de tiempo (s), en el de las ordenadas se han posicionado
cada uno de los primordios evidentemente en base a su equivalente decimal.
3
Stamens
Carpels
29
Petals
Sepals
I1
1
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
sthstep
Figura 4.4: Presentacion de resultados.
A continuacion se presentan 3 diferentes casos para la recuperacion de los primordios, empleando diferentes vas para lograrlo.
Caso I
Caso II
Caso III
Desde
Va
Hacia
Desde
Va
Hacia
Desde
Va
Hacia
I1
SEP
PE1
ST1
AP1
AP3
AG
EMF1
SEP
PE1
ST1
CAR
I1
SEP
PE1
ST1
AP1
AP3
WUS
EMF1
SEP
PE1
ST1
CAR
I1
SEP
PE1
ST1
AP1
AP3
TFL1
EMF1
SEP
PE1
ST1
CAR
El primer grafico muestra la dinamica de la red bajo la accion del controlador,

mientras que el segundo esta asociado a las secuencias Booleanas del controlador.
30
Stamens
Carpels
Petals
Sepals
I1
1
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
sthstep
u4(s)
u3(s)
u2(s)
u1(s)
(a) Din
amica de la red por control de secuencia libre: Caso I.
1
0
1
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
sthstep
1
0
1
0
1
0
(b) Entradas de control.
Figura 4.5: Recuperacion de los 4 primordios principales y el controlador por secuencia libre : Caso I.
31
Stamens
Carpels
Petals
Sepals
I1
1
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
sthstep
u4(s)
u3(s)
u2(s)
u1(s)
(a) Din
amica de la red por control de secuencia libre: Caso II.
1
0
1
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
sthstep
1
0
1
0
1
0
Figura 4.6: Recuperacion de los 4 primordios principales y el controlador por secuencia libre : Caso II.
32
Stamens
Carpels
Petals
Sepals
I1
1
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
sthstep
u4(s)
u3(s)
u2(s)
u1(s)
(a) Din
amica de la red por control de secuencia libre: Caso III.
1
0
1
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
sthstep
1
0
1
0
1
0
Figura 4.7: Recuperacion de los 4 primordios principales y el controlador por secuencia libre : Caso III.
Captulo 5
Interpretaci
on biol
ogica de los
resultados.
5.1.
Introducci
on
La exploracion matematica de una red basada en evidencia experimental sugiere

una interpretacion biologica de los resultados. Como se pudo observar en el captulo
anterior, a traves de secuencias Booleanas es posible recuperar los 4 primordios principales, comenzando en el meristemo inflorescente. Para proporcionar un sustento
biologico a los resultados se ha explorado la literatura para entender los roles de
genes como LFY, AG, ademas de emplear el esquema de control para realizar un
analisis dentro del atractor de estambres (ST).
5.2.
Genes importantes en diferentes etapas en la

formaci
on de la flor
En primera instancia se puede notar en la Fig. 4.1 que no existe ninguna trayectoria posible para regresar al meristemo inflorescente una vez que se ha iniciada la
especificacion de los organos reproductivos, lo cual tiene un sentido biologico, ya que
al pasar del meritemo inflorescente a la formacion de la flor, la planta esta completando su ciclo de vida hasta llegar a la madurez, proceso que no es reversible.
33
Captulo 5. Interpretacion biologica de los resultados.
34
Por otro lado, es evidente tambien a traves de la Fig. 4.1 que el gen LFY es una
de las vas que aparece con mas frecuencia para salir del meristemo inflorescente. De
acuerdo a este resultado se puede afirmar que este gen tiene un rol significativo para
migrar del IM a la formacion de la flor.
El gen LEAFY es necesario y suficiente para la iniciacion de las flores individuales.
Blazquez et al. [13] analizaron en detalle la expresion de LFY durante el ciclo de vida
de la planta, y encontraron que este gen esta extensamente expresado durante la
etapa vegetal. Concluyeron que LEAFY es un link directo entre el proceso global de
la induccion floral y los eventos asociados con la iniciacion de las flores individuales.
5.3.
El rol de AG dentro del atractor de estambres
La representacion esquematica de las trayectorias controladas entre los atractores en la Fig. 4.1 muestra que los genes AG, WUS y TFL1 juegan un rol importante durante la morfogenesis floral. Explicando brevemente la morfogenesis floral
en Arabidopsis thaliana, LEAFY (LFY) and APETALA1 (AP1) activan los genes
de identidad floral [8], es decir, estos genes pueden actuar como interruptores que
establecen el destino floral en los meristemos laterales [18]. LFY y AP1 trabajan
juntos para regular la expresion del gen AGAMOUS (AG), el cual es uno de los genes
reguladores en Arabidopsis.
AG codifica funciones tanto en la determinacion del meristemo floral, como en
el crecimiento y la especificacion de la identidad de los organos reproductivos [11].
Considerando este hecho, se establece un punto de partida para un analisis de controlabilidad mas especfico. Como se puede observar en Fig. 4.2(b), existen tres posibles
trayectorias para alcanzar el atractor ST, va AG, WUS y TFL1. Se ha elegido este
atractor en un inicio por su n
umero de elementos de la cuenca de atraccion, ya que
solo cuenta con 94 estados. Solo se tomaran aquellos elementos que tienen un periodo
de transicion s = 4 para lograr observar los cambios originados por el controlador.
5.3.1.
35
Cuenca de atracci
on : Atractor de estambres
A continuacion se muestran los diez estados con un periodo de transicion s = 4,

convirtiendo el codigo binario en decimal como se ha hecho anteriormente:
A)
0111010111100 => 3772
B)
0111011111100 => 3836
C)
0101100111001 => 2873
D)
0111100111001 => 3897
E)
0101110111001 => 3001
F)
0111110111001 => 4025
G)
0101101111001 => 2937
H)
0111101111001 => 3961
I)
0101111111001 => 3065
J)
0111111111001 => 4089
Cada elemento es tomado como condicion inicial x0 , luego se establece el siguiente

procedimiento:
1. Dada la condicion inicial x0 , el atractor ST es definido como condicion final xd .
2. Se define una entrada de control por secuencia libre va el gen AG.
3. Realizando el analisis de controlabilidad, se encuentra que hay mas de una
secuencia de control que lleve al sistema desde x0 hasta xd .
4. Seleccionar alguna de las secuencias y aplicarla a la red.
5. Finalmente, se comparan las transiciones entre x0 to xd , con el controlador y sin
el controlador (como x0 pertenece a la cuenca de atraccion, tarde o temprano
este elemento alcanzara el atractor ST).
5.3.2.
36
Resultados
Finalmente, se muestra la informacion obtenida. En la primera fila de cada tabla aparece la letra asociada a cada atractor, en la segunda los n
umeros 1 and 2, 1
corresponde a las trayectorias controladas y 2 a las trayectorias no controladas. El
resto de las filas muestran los estados de transicion hasta llegar a 5880, el cual es el
valor decimal para el atractor de estambres.
3772
6840
5816
5880
5880
5880
3772
2744
7864
5816
5880
5880
3836
6840
5816
5880
5880
5880
3836
2744
7864
5816
5880
5880
2873
7737
5816
5880
5880
5880
2873
3641
7865
5816
5880
5880
3897
7737
5816
5880
5880
5880
3897
3641
7865
5816
5880
5880
3001
7737
5816
5880
5880
5880
3001
3641
7865
5816
5880
5880
4025
7737
5816
5880
5880
5880
4025
3641
7865
5816
5880
5880
2937
7737
5816
5880
5880
5880
2937
3641
7865
5816
5880
5880
3961
7737
5816
5880
5880
5880
3961
3641
7865
5816
5880
5880
3065
7737
5816
5880
5880
5880
3065
3641
7865
5816
5880
5880
4089
7737
5816
5880
5880
5880
4089
3641
7865
5816
5880
5880
Estos resultados sugieren que durante que durante la formacion del primordio de
estambres, el gen AG juega un papel importante. La formacion del primordio ocurre
en un tiempo menor si es posible introducir la secuencia Booleana en este gen calculada por el algoritmo de control. Biologicamente, introducir secuencias deterministas
en genes especficos no es posible en la actualidad, sin embargo este tipo de analisis
matematicos abren la pauta para realizar pruebas experimentales.
37
1
2
xd
x0
sthstep
Figura 5.1: Grafica de transicion desde x0 hasta xd del estado B.

Toshiro Ito et al. [12] demostraron que el gen AG tiene un rol central en el desarrollo de los organos reproductivos (estambres y carpelos). Expresaron RNA de AG
en el centro de los primordios florales desde tiempo antes de la iniciacion de los
primordios de estambres y carpelos hasta finales del desarrollo floral. Mientras en
los inicios la expresion de AG act
ua en la especificacion de estambres y carpelos, el
rol, si es que lo hay, de la expresion continua hasta finales del desarrollo floral a
un
es desconocido. Ademas mostraron que AG controla la fase final del desarrollo de
estambres, incluyendo la morfogenesis de las anteras (parte terminal del estambre de
una flor) y la dehiscencia (apertura espontanea de una estructura vegetal, una vez
llegada su madurez, para liberar la semilla y esparcirla), al igual que la formacion
de los filamentos y la elongacion.
Resultados como [5], entre otros, proporcionan una explicacion a lo obtenidos por
el analisis de controlabilidad, es decir, el papel tan importante que tiene AG durante
la especificacion de estambres.
Conclusi
on final y perspectivas
Con la consigna de emular los resultados obtenidos en la exploracion estocastica
de la red que describe el destino floral en Arabidopsis thaliana, fue realizado un estudio estructural de dicha red a traves de herramientas matematicas y computacionales
como el producto semi-tensor. La recuperacion de los cuatro primordios principales
(sepalos, petalos, estambres y carpelos) con un enfoque determinista fue posible.
Se propuso un algoritmo para el analisis de controlabilidad. Las trayectorias ilustradas en la Fig. 4.1 son el resultado de dicho algoritmo y proporcionan informacion
del transito entre los atractores, en este caso a la formacion temporal de los primordios.
Las limitantes computacionales existentes, ademas del coste elevado de calculo,
no permitieron la obtencion de la matriz de controlabilidad, sin embargo se demostro que tanto el espacio de alcanzabilidad y esta matriz proporcionan la misma
informacion del sistema.
Un esquema de control en lazo abierto (Fig. 4.3) permitio simular la dinamica de
la red bajo el efecto de los controladores de secuencia libre. Se observo que pueden
existir mas de una va posible entre los atractores, por lo que se consideraron 3 casos diferentes obteniendo los 4 primordios principales. Los resultados en la Fig. 4.5,
4.6 y 4.7, muestran que va secuencias Booleanas aplicadas como se
nales exogenas a
ciertos nodos cumplen con el objetivo planteado inicialmente.
Se comparo informacion de la literatura con los resultados aqu obtenidos del rol
38
Conclusion final y perspectivas
39
que tienen LFY, AP1 y AG durante diferentes etapas del desarrollo floral.
Con este perspectiva de controlabilidad se busca realizar mas estudios en otros
organismos durante la etapa de desarrollo y brindar informacion como la mostrada
en este trabajo. A
un existe la propuesta abierta de llevar estos controladores al area
experimental, tal vez a traves de un nanocircuito que permita inhibir y expresar ciertos genes en tiempos especficos. Este idea parece bastante complicada, sin embargo
se ha mostrado que el control del crecimiento y la morfogenesis por redes moleculares y de se
nalizacion requieren tambien la regulacion coordinada de propiedades
mecanicas en celulas individuales [14]. Existe evidencia de que el estres mecanico
puede realimentar una se
nalizacion hormonal y de crecimiento, y puede tener un rol
central en el patron de desarrollo. Este hecho abre la pauta para que en un trabajo
futuro se induzcan estas acciones de control mecanicamente.
Ap
endice A
Reglas l
ogicas que conforman la
red
40
Apendice A. Reglas logicas que conforman la red
41
A continuacion se muestran las reglas logicas obtenidas a traves de evidencia ex

perimental en el trabajo de Alvarez-Buylla
et al. [17] que se empleo como objetivo
de analisis.
AG(t + 1) = (!EM F 1(t)&!T F L1(t)&!AP 2(t)) | (!EM F 1(t) & LF Y (t)&!AP 1(t)) |
(!EM F 1(t)&!AP 2(t) & LF Y (t)) |
(!EM F 1(t)&!T F L1(t) & LF Y (t) & (AG(t) & SEP (t))) |
(!EM F 1(t) & (LF Y (t) & W U S(t)))
AP 1(t + 1) = (!AG(t)&!T F L1(t)) | (F T (t) & LF Y (t)&!AG(t)) |
(F T (t)&!AG(t)&!P I(t)) | (LF Y (t)&!AG(t)&!P I(t)) |
(F T (t)&!AG(t)&!AP 3(t)) | (LF Y (t)&!AG(t)&!AP 3(t))
AP 2(t + 1) = !T F L1(t)
AP 3(t + 1) = (LF Y (t) & U F O(t)) | (P I(t) & SEP (t) & AP 3(t) & (AG(t)|AP 1(t)))
EM F 1(t + 1) = !LF Y (t)
F T (t + 1) = !EM F 1(t)
F U L(t + 1) = !AP 1(t)&!T F L1(t)
LF Y (t + 1) = !EM F 1(t) | !T F L1(t)
P I(t + 1) = (LF Y (t) & (AG(t)|AP 3(t))) | (P I(t) & SEP (t) & AP 3(t) & (AG(t)|AP 1(t)))
SEP (t + 1) = LF Y (t)
T F L1(t + 1) = !AP 1(t) & (EM F 1(t)&!LF Y (t))
U F O(t + 1) = U F O(t)
W U S, (t + 1) = W U S & (!AG(t)|!SEP (t))
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Dedicatoria

A la persona que amo, Deyssel,

manera agradezco profundamente a la Doctora Elena Alvarez-Buylla

en mi familia. Kristal, Mireya, Pineda, Angel,

1.2. Modelos Booleanos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

1.2.1. Redes de regulacion genetica . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

1.3. Producto semi-tensor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

1.4. Matriz de intercambio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

1.5. Matriz de expresion de logica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

1.5.1. Operadores logicos fundamentales . . . . . . . . . . . . . . . .

1.6. Dinamica de redes Booleanas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

1.6.1. Forma algebraica de la red . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

2.2.1. Morfogenesis floral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

2.3. Atractores de la red de desarrollo floral de A. thaliana

2.3.1. Exploracion estocastica de la red . . . . . . . . . . . . . . . .

3.1. Red Booleana y red de control Booleana. . . . . . . . . . . . . . . . .

5.1. Grafica de transicion desde x0 hasta xd del estado B. . . . . . . . . .

Trayectorias entre atractores : Modulo de desarrollo floral. .

dependiendo del estado en el instante t 1 y de los elementos que regulan dicha

A lo largo de este captulo se muestra como el estudio de los modelos Booleanos,

Los sistemas dinamicos presentes en la electronica, biologa, economa, etc., son

Captulo 1. Preliminares tecnicos

por reglas logicas conformadas por operadores NOT, AND y OR.

Inspirada por el proyecto del Genoma Humano, la biologa de sistemas surgio.

Captulo 1. Preliminares tecnicos

donde denota el producto de Kronecker, I es la matriz identidad.

Captulo 1. Preliminares tecnicos

Una variable logica x puede tomar dos valores 1 o 0, es decir, x D = {1, 0} =

Captulo 1. Preliminares tecnicos

Captulo 1. Preliminares tecnicos

Como t {0, 1}, es claro que t2 = t, (1 t)2 = (1 t), y t(1 t) = (1 t)t = 0.

Para introducir la forma algebraica de la red, la cual permitira simplificar y

x1 (t + 1) = f1 (x1 (t), . . . , xn (t)),

x2 (t + 1) = f2 (x1 (t), . . . , xn (t)),

xn (t + 1) = fn (x1 (t), . . . , xn (t)),

donde fi , i = 1, 2, . . . , n, son funciones logicas

Forma algebraica de la red

La siguiente tarea es convertir la dinamica de la red Booleana (1.18) en su forma

Captulo 1. Preliminares tecnicos

Multiplicando las expresiones en (1.21), se obtiene

Finalmente, haciendo uso el siguiente teorema

Ahora (1.22) puede ser expresado a traves de

donde L es llamada la matriz de transicion, y (1.26) la forma algebraica de la

En el captulo anterior se hizo referencia a los modelos Booleanos como una

En la biologa existen organismos que se encuentran en laboratorios, centros de

areas templadas y fras) nativas de Europa, Asia , y el noreste de Africa.

Captulo 2. Resultados existentes

este nombre en honor al medico aleman Johannes Thal, descubridor de la planta en

En plantas, la morfogenesis ocurre durante todo el ciclo de vida en grupos de

Figura 2.1: Red de regulacion genetica que describre el destino celular en el IM y el

Captulo 2. Resultados existentes

Atractores de la red de desarrollo floral de A.

Diez atractores han sido identificados, cuatro de ellos asociados al meristemo

Figura 2.2: Desarrollo del modulo floral en Arabidopsis thaliana [3].

Captulo 2. Resultados existentes

Figura 2.3: Los diez atractores de la red de A. Thaliana.

Figura 2.4: Representacion esquematica de los atractores; IM y primordios

Captulo 2. Resultados existentes

Los siguientes enunciados son resultado de la exploracion estocastica desarrollada

Controlabilidad de redes de control Booleanas

El estudio de controlabilidad en las redes complejas siempre refleja un gran reto

Captulo 3. Analisis y control de redes Booleanas

analisis de redes de control Booleanas que se explora a continuacion.