Visualizacin de resultados en simulaciones de tipo atomstico en el

campo de materiales / cristalografa.

Roberto Serrano Lpez, Santiago Cuesta Lpez
Universidad de Burgos.
Parque Cientco y Tecnolgico, Edicio I+D+i. Plaza Misael Bauelos s/n
Noviembre de 2013
ISBN: 978-84-695-9418-6
2
Captulo 1
Nociones bsicas de la estructura
atmica de los materiales
De forma previa a la introduccin a los programas especcos de visualizacin, resulta necesario realizar un
breve repaso a ciertas nociones bsicas sobre redes cristalinas que facilitarn a los alumnos la interaccin con
los propios mens, as como el signicado de alguno de los parmetros.
1.1. Estructuras cristalinas
Las estructuras cristalinas de la materia (en contraposicin a los estados amorfos) hacen referencia a una
forma de ordenamiento interno de los tomos con cierta periodicidad espacial, de manera que puede identi-
carse una unidad elemental o celda unidad (unit cell) que se repite en las tres direcciones hasta formar una
red. Estudiada de forma separada, la celda unidad es la menor porcin de material que mantiene las mismas
propiedades geomtricas que el resto de red. Esta celda se puede caracterizar por la longitud de sus aristas
(a, b, c) y el ngulo entre ellas (, , ).
De estudio de las posibles conguraciones tridimensionales, se han observado 14 tipos distintos de celdas
unitarias (redes de Bravais), que pueden agruparse a su vez en 7 sistemas cristalinos (Cuadro 1.1).
Los tipos ms habituales de celdas unitarias en metales son los BCC (Body Centered Cubic, Cbico Cen-
trado en en Cuerpo), FCC (Face Centered Cubic, Cbico Centrado en las Caras), y HCP (Hexagonal Closed-
Packed, Hexagonal Compacta) (Fig. 1.1).
1.1.1. Caractersticas propias de una red
Una de las caractersticas de cada tipo de cedilla es el parmetro de red (lattice parameter), es decir, la
distancia constante entre celdas de una red cristalina. As, en las cubicas se utiliza nicamente el parmetro a,
ya que la distancia es la misma para las tres direcciones (a=b=c). Mientras tanto en la hexagonal necesitamos
3
4 CAPTULO 1. NOCIONES BSICAS DE LA ESTRUCTURA ATMICA DE LOS MATERIALES
SISTEMA CRISTALINO DIMENSIONES REDES DE BRAVAIS
Cbico a = b = c Simple
= = = 90
o
Centrada en el cuerpo
Centrada en las caras
Tetragonal a = b = c Simple
= = = 90
o
Centrada en el cuerpo
Ortorrmbico a = b = c Simple
= = = 90
o
Centrada en el cuerpo
Centrada en las caras
Centrada en las bases
Rombodrico o trigonal a = b = c Simple
= = = 90
o
Hexagonal a = b = c Simple
= = 90
o
y = 120
o
Monoclnico a = b = c Simple
= = 90
o
y = 90
o
Centrada en las bases
Triclnico a = b = c Simple
= = = 90
o
Cuadro 1.1: Tipos de sistemas cristalinos y redes de Bravais.
Figura 1.1: Ejemplos esquemticos de las redes BCC (a), FCC (b), y HCP (c).
1.2. DEFECTOS EN REDES CRISTALINAS 5
Figura 1.2: Defectos puntuales (derecha) sobre una estructura perfecta (izquierda): intersticial (1), vacante (2)
y sustitucin (3).
a y c, ya que a=b. Tambin se consideran parmetros de red a los ngulos que denen las direcciones de los ejes
en cada caso. Puede establecerse una relacin puramente geomtrica radio atmico y el parmetro de red.
Por otro lado, puede denirse el nmero de coordinacin (CN, coordination number), que da una idea del
empaquetamiento propio de la red mediante el conteo de tomos vecinos. Este valor permite observar posibles
variaciones o movimientos que se produzcan respecto a las posiciones iniciales, por ejemplo, durante la ejecucin
de simulaciones a escala atmica. Otra caracterstica ser la fraccin ocupada por los tomos, supuestos como
esferas rgidas, en el conjunto de la celda. A este valor se denomina factor de empaquetamiento atmico (APF,
atomic packing factor)
APF =
N de atomos por celda Volumen de cada atomo
V olumende la celda
En el siguiente cuadro se resumen las caractersticas de las redes habituales en metales:
Red N at./celda Parmetro CN APF Ejemplos
BCC 2 a =
4r

2
8 0.68 Fe, Ti, Mo, Nb, Ta,
K, Na, V, Cr, Zr
FCC 4 a =
4r

3
12 0.74 Fe, Cu, Al, Au,
Ag, Pb, Ni, Pt
HCP 6 a = 2r 12 0.74 Ti, Mg, Zn, Be,
c = 1,663a Co,Zr, Cd
1.2. Defectos en redes cristalinas
Cualquier variacin en la estructura terica perfecta de la red implica la existencia de un defecto. Sea cual
sea su naturaleza, la presencia de defectos altera el equilibrio interno de la red perfecta, e implica la aparicin
de tensiones internas.
Los defectos puntuales son los que ocurren en posiciones determinadas de la red. As, podemos encontrar
tomo intersticiales, posiciones vacantes, y tomos sustitucionales (gura 1.2).
Por otro lado, existen defectos lineales del tipo dislocacin que pueden surgir tanto en la solidicacin del
material, como durante un proceso de deformacin plstica. En este caso, aparecen planos intercalados en el
seno de la estructura, pero en principio formados por los mismos tomos originales del mismo material. La
presencia de una plano adicional exige la aparicin de zonas comprimidas y zonas traccionadas en el entorno de
los lmites de la dislocacin.
Las dislocaciones, en general, pueden desplazarse en el interior del cristal, e incluso subdividirse y seguir
movindose (aumentando en nmero total de dislocaciones). El movimiento se produce sobre un plano especco,
y segn una direccin concreta, que de forma conjunta se comprenden como un sistema de deslizamiento,
existiendo un nmero determinado de sistemas de deslizamiento principales en cada tipo de estructura. Estos
sistemas plano-direccin sern los que preferentemente aparecern en cada estructura, y estn asociados a los
6 CAPTULO 1. NOCIONES BSICAS DE LA ESTRUCTURA ATMICA DE LOS MATERIALES
(a) Edge dislocation (b) Screw dislocation (c) Mixed dislocation
Figura 1.3: Tipos de dislocaciones.
Figura 1.4: Vector de Burgers para dislocaciones lineales y de tornillo.
que requieren un menor trabajo (es decir, energa) para ser activados. En particular, se reconocen 3 sistemas
preferenciales para la HCP; 12 sistemas para FCC; y entre 12 y 48 para BCC (dependiendo de la temperatura). El
conocido como vector de Burgers (

b , Burgers vector) permite caracterizar la disolcacin, sealando la magnitud
y direccin de sta (Fig. 1.4).
Pueden distinguirse adems, varios tipos de dislocaciones. La ms sencilla es la dislocacin en arista, lineal o
en cua (edge dislocation), en la que un tomo aparece desplazado linealmente de su posicin original en la red.
Su movimiento queda acotado al plano formado por el vector de Burgers y la lnea de dislocacin (los cuales
son perpendiculares). Por otra parte pueden aparecer dislocaciones de tornillo (screw dislocation) en las que el
vector de Burgers es paralelo a la lnea de dislocacin, producindose el movimiento en un plano tangencial.
La transicin entre ambos tipos es la denominada dilocacin mixta (mixed dislocation), cuyo vector de Burgers
puede ser resuelto mediante la suma vectorial de una componente lineal y otra de tipo tornillo (Fig. 1.3).
Otro posible defecto en el cristal es la ausencia completa de un plano en la red terica del cristal, denominn-
dose en este caso fallo de apilamiento (stacking fault). Aparece en este caso una interrupcin de la secuencia en
la direccin de planos de mximo empaquetamiento (closed-packed planes) correspondiente al cristal perfecto.
Deben de tenerse en cuenta, adems, que las condiciones ideales de la red tampoco se cumplen en los
contornos de los cristales. Aparecen as los denominados bordes de grano (grain boundaries) como los lmites
de cristalizacin que separan zonas ordenadas con diferentes direcciones en el espacio. Estos bordes de grano
poseen una vital importancia en la resistencia nal del material policristalino y su dureza. Deben de distinguirse
bordes de grano de bajo ngulo de desalinieamiento (low or small-angle grain boundary) y de alto ngulo (high-
angle grain boundary) (Fig. 1.5). Un tipo especial son los bordes gemelos (twin boundaries) en los que aparece
una simetra entorno a los mismos; stos pueden aparecer cuando los desplazamientos atmicos son producidos
por fuerzas tangenciales externas (mechanical twins), o bien debido a procesos de alineacin derivados de
tratamientos trmicos tras deformacin (annealing twins). Cuando el ngulo de desalineacin es paralelo al
propio borde, se habla de borde de giro (twist boundary), la cual puede describirse como un conjunto de
dislocaciones tipo tornillo. Y otro tipo particular de borde es el denominado de inclinacin (tilt boundary), que
surge como una simple alineacin de dislocaciones lineales.
1.3. MTODOS DE CARACTERIZACIN DE ESTRUCTURAS PARA SLIDOS CRISTALINOS 7
Figura 1.5: Bordes de grano de alto y bajo ngulo de desalineacin.
1.3. Mtodos de caracterizacin de estructuras para slidos crista-
linos
En un determinado momento resulta interesante conocer si una determinada zona de una muestra de material
cumple con determinadas caractersticas de una estructura terica, o si por el contrario sus tomos no siguen
un patrn que corresponda a algn tipo conocido (estructura localmente desordenada, defectos, supercies de
contorno). Pueden aplicarse en este caso varios anlisis especcos, como por ejemplo:
1. Filtrado de energas potenciales, como indicador para decidir si un tomo forma parte de una red perfecta
junto a sus vecinos o si (cuando la energa supera cierto lmite) se trata de defectos. Las limitaciones de
este mtodo han hecho que prcticamente ya no se utilice.
2. El parmetro de centrosimetra (CSP, CentroSymmetry Parameter), propiedad que cumplen ciertas es-
tructuras como FCC o BCC, puede ser aplicado para detectar cuando se dejan de cumplir localmente las
condiciones simtricas:
CSP =
N/2

i=1
| r
i
+r
i+N/2
|
2
Partiendo de un N prejado (8 para BCC y 12 para FCC), el valor de CSP ser en principio cercano al nulo
cuando el tomo forma parte de una estructura ordenada, y ser no-nulo en el caso de defectos. Ajustando
el valor del parmetro, podran distinguirse incluso entre el tipo de defecto en cada caso (apilamiento,
dislocacin parcial...).
3. El anlisis de orden de enlace (Bond Order analysis), utilizado para distinguir fracciones de material (por
ejemplo, entre fase slida y lquida) mediante un estudio matemtico de invariantes (Steinhardt order
parameters) que son caractersticas de cada estructura cristalina.
4. El anlisis de ngulos de enlace (Bond angle analysis), mediante el clculo de los ngulos formados entre
un tomo y sus vecinos, y su posterior comparacin con las estructuras ms importantes.
5. El anlisis tipo Voronoi (Voronoi analysis), que permite determinar en nmero de coordinacin de una
partcula mediante un mtodo puramente geomtrico, contando las caras del poliedro (producido median-
te la descomposicin de Voronoi) que rodea esa partcula. La disposicin de los vecinos es computada
mediante el recuento (en un vector compacto n
2
, n
3
, ..., n
6
), para cada un de ellos, del nmero de caras
8 CAPTULO 1. NOCIONES BSICAS DE LA ESTRUCTURA ATMICA DE LOS MATERIALES
Red Cuto distance N vecinos terico
BCC r
BCC
c
=
1
2

2 + 1

a 1,207a N=14
FCC r
FCC
c
=
1
2

2
2
+ 1

a 0,8536a N=12
HCP r
HCP
c
=
1
2

1 +

4+2x
2
3

a, con x =
c
/a
1,633
N=12
Cuadro 1.2: Cuto en CNA.
Figura 1.6: Evolucin de una estructura BCC a travs de CNA.
con tres, cuatro, cinco o seis vrtices/aristas. Este vector es caracterstico de cada tipo estructural: por
ejemplo, el poliedro de Vonoi correspondiente a la red FCC es equivalente al obtenido mediante un estudio
de celdas de Wigner-Seitz y comprende 12 caras de 4 vrtices cada una; esto es, el vector para FCC es (0,
12, 0, 0). Para una BCC, el vector es (0, 6, 0, 8). Sin embargo, este mtodo sin mejoras adicionales no es
capaz de distinguir entre estructuras FCC y HCP, dado que el vector es el mismo en ambos casos.
6. Un anlisis de vecinos comunes (CNA, Common Neighbor Analysis), que permite caracterizar una cierta
muestra de cristal de forma que obtenemos el tipo de estructura presente en su red. Para ello se estudian
los vecinos que cada uno de los tomos presentes en esta muestra posee, establecindose un parmetro de
distancia de corte (cuto distance) que es especco para cada tipo de estructura (Cuadro 1.2).
Comparando el nmero de tomos vecinos con el correspondiente al cuto especco de la estructura
perfecta, puede establecerse a qu tipo de entre BCC, FCC y HCP corresponde, o bien descartar estas
tres posibilidades. En la gura 1.6 se incluye un mnimo ejemplo que permite ilustrar cmo, bajo ciertas
condiciones de simulacin, una estructura perfecta BCC en situacin inicial, va evolucionando de manera
que en ciertos momentos existen zonas del cristal que cumplen con las condiciones de otros tipos de
estructura. Este tipo de estudios permite identicar transformaciones alotrpicas de un material, por
ejemplo cmo las que sufre el Fe: a bajas temperaturas, presenta estructura BCC, mientras que a altas,
cambia a una FCC con la consecuente variacin de su volumen.
En realidad, un CNA realiza una comparacin de diversos valores (el trinomio n
cn
, n
b
, n
lcb
formado
por: el nmero de tomos vecino que un determinado tomo y otro enlazado tienen en comn; el nmero
de enlaces entre vecinos comunes; y el nmero de enlaces en la cadena ms larga de enlaces conectando
vecinos comunes), respecto a los tericamente esperables para cada tipo de estructura (Cuadro 1.3).
7. El anlisis de vecinos comunes de tipo adaptativo (a-CNA, Adaptative Common Neighbor Analysis), es
una mejora del mtodo CNA que permite su utilizacin en sistemas multi-fase en los que no puede denirse
un cuto general. Se trata de denir un cuto para cada tomo, e independientemente de con qu tipo
de estructura se pretenda comparar.
En este caso, se genera en primer lugar una liste de los N
max
tomos ms cercanos ordenada por distancia
(donde N
max
indica el nmero mximo de tomos a tener en cuenta, segn el tipo de estructura que se
BCC FCC HCP
8 (666) 12 (421) 6 (421)
6 (444) 6 (422)
Cuadro 1.3: Trinomio n
cn
, n
b
, n
lcb
para las estructuras comunes.
1.3. MTODOS DE CARACTERIZACIN DE ESTRUCTURAS PARA SLIDOS CRISTALINOS 9
pretendan distinguir, Cuadro 1.3). La distancia media entre esos N
max
vecinos permite obtener una escala
de longitudes para uso local y, en denitiva, puede obtenerse un cuto local para ese tomo en cuestin
y que puede compararse con los diferentes cuto locales de referencia para cada una de las estructuras
posibles (FCC, BCC...). Aunque el coste de clculo es superior al estudio CNA estndar, tan slo se
incrementa en torno a un 25 % para las tres estructuras ms habituales.
8. Por ltimo, el anlisis de distancia entre vecinos (NDA, Neighbor Distance Analysis) se basa en el clculo,
usando las coordenadas de la partcula, de un identicador que resulta invariante tras ciertas transforma-
ciones y que puede ser fcilmente comparado. A diferencia del CSP, no requiere de la preexistencia de
ciertas condiciones de simetra o especial ordenacin de las partculas.
En este caso, se realiza la comparacin entre las distancias entre un determinado tomo y cada uno de
sus vecinos (confeccionando y ordenando la lista de stos), y se compara con los patrones correspondien-
tes a las estructuras tericas ajustados con un pequeo margen (debido a las posibles perturbaciones de
tipo trmico o deformaciones elsticas existentes en la muestra a analizar). El mayor coste computacional
de este mtodo hace que sea slo aconsejable en el caso de que existan estructuras que no hayan sido
identicadas mediante otro tipo de anlisis ms sencillo.
Muchos de estos tipos de anlisis estn habitualmente implementados en los propios paquetes de simulacin,
o bien en los programas especcos de visualizacin, con objeto de ser utilizados para identicar zonas que no
cumplen con los requisitos necesarios de las redes perfectas: defectos puntuales, dislocaciones, bordes de grano.
10 CAPTULO 1. NOCIONES BSICAS DE LA ESTRUCTURA ATMICA DE LOS MATERIALES
Captulo 2
The Open Visualization Tool
2.1. OVITO
The Open Visualization Tool (OVITO) es una herramienta de cdigo abierto desarrollada por el investigador
Dr. Alexander Stukowski. Su potencialidad reside en la sencillez de manejo y en las diferentes funciones y ltros
que permite realizar.
Su descarga puede hacerse de manera gratuita a travs de la pgina ocial de la herramienta (http://www.ovito.org/),
ofreciendo soporte para diferentes sistemas operativos (Windows, Linux y MacOS). Tras instalarlo, basta con
abrir la ventana principal del programa para poder empezar a cargar la informacin de que dispongamos como
salida de un programa de simulacin molecular. La pantalla queda repartida en cuatro ventanas grcas: top
(vista superior), front (vista frontal), left (vista lateral izquierda) y perspective (vista en perspectiva). No obs-
tante, cada una de estas ventanas puede personalizarse a una vista particular o preferida por el usuario. Basta
para ello con pulsar el botn derecho del ratn sobre alguno de los nombres de las ventanas para obtener alguna
de las vistas predenidas en View type (right, bottom, ortho,...).
11
12 CAPTULO 2. THE OPEN VISUALIZATION TOOL
2.2. Estructuras habituales de cristales perfectos
2.2.1. Ejercicio bsico: cristal de reducidas dimensiones
Para una explicacin prctica de las redes cristalinas, con objeto de que el alumno pueda visualizar la
organizacin espacial de las mismas, procederemos a cargar un archivo bsico de coordenadas. Para ello, en
la carpeta de trabajo se han dejado previstos varios archivos de entrada. Para cargar un archivo basta con
desplegar el men File> Open local le y mediante el explorador de archivos buscar en ejemplo que deseemos.
En este caso, seleccionaremos el archivo FCC_Al.cfg.
Al cargar, vemos cmo OVITO identica cada unos de las entradas del archivo como una partcula dife-
rente, presentndola como una esfera independiente del resto. La red cargada cumple con los requisitos de una
estructura tipo FCC. Debe de notarse que, debido a la propia conguracin habitualmente necesaria en los
programas de visualizacin, los ltimos planos de cada direccin no se representan, sino que se supone que se
repiten (condiciones de periodicidad).
Se trata de un cristal de aluminio, con un parmetro de red de 4.05 ngstrm (0.405 nm). Para empezar, el
alumno puede cambiar algunos parmetros bsicos de la visualizacin. Por ejemplo, por defecto OVITO suele
colocar un radio de visualizacin demasiado grande, que incluso a veces hace que los tomos se superpongan. En
el panel derecho, puede seleccionarse el sub-men Particle types, y seleccionando el tipo aluminio (Al ), puede
cambiarse tanto el color como el radio de visualizacin, por ejemplo un valor de 0.5. Esta operacin tambin
puede realizarse desde Particles. En este caso, aparecern en la parte inferior opciones para cambiar el tipo
(normal o plano) y la calidad del renderizado (alta, media, baja calidad o automtica), la forma del tomo
(esfrica o cuadrada), y el radio de las partculas por defecto.
Otra de las opciones sencillas es la representacin de los enlaces entre tomos de forma esquemtica. Mediante
lneas, se representan los segmentos tericos que unen cada pareja de tomos, y que constituyen las direcciones
sobre las que, en su caso, realizar los correspondientes clculos de ngulos. Para ello basta con entrar en Add
modication> Create Bonds, y automticamente el programa establecer estos enlaces.
2.2. ESTRUCTURAS HABITUALES DE CRISTALES PERFECTOS 13
Para calcular la distancia entre dos partculas, puede activarse el panel correspondiente a las utilidades ( ),
que permite activar el subpanel Inspect particles. Si pulsamos sobre las dos partculas que forman la arista
superior de la red (para hacer una seleccin mltiple, y obtener informacin de varias partculas debemos
pulsar simultneamente la tecla Ctrl mientras pulsamos las partculas con el ratn), podemos comprobar que el
resultado de la distancia coincide con el correspondiente parmetro de red (como no puede ser de otra forma).
El alumno puede cambiar de ventana activa entre las cuatro posibilidades, recuadrndose en cada caso la
seleccionada. La barra colocada en la parte inferior derecha dispone de botones que permiten diversas operaciones
para obtener vistas especcas:
Zoom, mediante el icono lupa
Mover la ventana, mediante el icono mano
Rotar la vista, con el icono rbita
Seleccionar el centro de rotacin, con el icono de echas
Extender el zoom a la escena, a travs de icono lupa con imgenes
Hacer zoom a los elementos seleccionados, con el icono lupa con recuadro
Cambiar el ngulo de visin, mediante el icono ngulo
14 CAPTULO 2. THE OPEN VISUALIZATION TOOL
Agrandar o reducir la ventana activa, con el icono ventana con echas
El resto de botones corresponden a funciones slo aplicables con mltiples escenas y animaciones, como se ver
ms adelante. El alumno puede ahora aprovechar las mencionadas funciones de visualizacin para girar o mover
alguna de las vistas. Se propone bajar el radio de las esferas hasta 0.35.
2.2.2. Cristal de mayores dimensiones
A continuacin, se propone identicar la estructura de un cristal formado por una gran cantidad de tomos.
En este caso la identicacin directa de la geometra de la estructura no resulta tan sencilla al observar la repre-
sentacin grca del mismo. En este caso, el alumno puede cargar otro de los ejemplos propuestos (FCC_Cu.cfg)
y repetir los pasos anteriores. En este caso, podr visualizar e identicar un cristal de cobre (Cu) con 108000
tomos bajo una estructura tipo FCC, y con un parmetro de red de 3.615 ngstrm.
Figura 2.1: Ejemplo de histograma pa-
ra la variable csym.
Si en este caso realizamos un estudio de tipo CSP (Centrosymmetry
parameter) partiendo de un valor N=12, obtendremos que para la ma-
yor parte de las partculas el valor de ste es inferior a 0.8, es decir, que
se encuentran en posiciones muy similares a las tericas correspondien-
tes a una estructura FCC. Para ello, tras solicitar Add modication...
en el panel derecho, seleccionaremos la casilla Centrosymmetry parame-
ter, e indicaremos Number of neighbors: 12. Al pulsar Intro, calcular
el valor de este parmetro para cada partcula, y lo guardar en una
variable que llamar Centrosymmetry. Podemos realizar un ltro para
ver cuntos tomos cumplen con un valor de esta variable inferior a 1,
mediante Add modication...> Expresion select, e indicando en la caja
de Boolean expresion:
Centrosymmetry<1
OVITO nos proporciona el nmero de partculas que cumplen con
esta condicin, respecto al total de las existentes en la caja de visuali-
zacin (en este caso, un 93 %). Esta misma conclusin puede obtenerse
con otro de los datos cargados directamente de la simulacin (csym),
en la cual ya habamos solicitado el clculo de este mismo valor (des-
de el propio paquete de simulacin atomstica). La ltima versin de
OVITO permite adems dibujar de forma rpida un histograma in-
cluyendo, por ejemplo, la distribucin de la poblacin de tomos en
funcin del valor de esta variable (csym). Si dibujamos este caso (Fi-
gura 2.1), veremos que el mayor porcentaje de tomos se encuentra
en un intervalo con valores del parmetro de centrosimetra inferior a
0.6 (para un valor inicial de N=12). Para ello basta con entrar en Add
modication...> Histogram, y seleccionar en Property alguna de estas dos variables (csym o Centrosymmetry).
Como comprobacin adicional, podemos calcular en Add modication...> Expression select el nmero de
tomos para los cuales la diferencia entre ambos valores (Centrosymmetry-csym) sea inferior a la milsima, por
ejemplo:
Boolean expresion: Centrosymmetry-csym<0.001
Podemos comprobar que el 99 % de las partculas cumplen con esta condicin, es decir, que los clculos
efectuados por OVITO comparados con los heredados del programa de simulacin son prcticamente iguales.
2.3. DETECCIN DE ZONAS DE DEFECTOS 15
Figura 2.2: Resultados de los estudios tipo Common neighbor analysis (CNA) y Bond-angle analysis.
Si intentamos este mismo protocolo, es decir el cmputo del parmetro de centrosimetra, pero partiendo de
un valor inicial N=8, estaremos buscando el porcentaje de tomos que responden a una conguracin similar
a la BCC terica (el alumno debe de notar que la diferencia es el valor N de partir para el anlisis: 12 es para
red FCC, y 8 para red BCC). Se anima al alumno a que realice esta comprobacin. En esta ocasin, menos de
1 % de los tomos responden a un parmetro de centrosimetra inferior a la unidad, por lo que el cristal en su
conjunto no responde a la estructura correspondiente a N=8 (BCC).
Si por otro lado realizamos un estudio CNA, OVITO nos colorear el 100 % de los tomos de la caja con
el color verde, que segn la leyenda corresponde precisamente a la red tipo FCC. Podemos escoger en este
momento la realizacin de un anlisis de tipo convencional (para lo cual debemos indicar el radio de corte
o cuto, seleccionando el elemento en el desplegable Presets...), bien de uno tipo adaptativo que no requiere
ningn dato adicional. Idntico resultado obtenemos con un estudio tipo Bond-angle analysis (Figura 2.2).
2.2.3. Autoevaluacin
Con objeto de asegurar la adecuada compresin de los conceptos previamente Se propone al alumno que
cargue en este caso el archivo W.cfg, y realice pruebas sobre el visualizador. En este caso se trata de un cristal
de tungsteno (W), con 54000 tomos. El objetivo en cualquier caso es el conocer que tipo de estructura posee
este cristal mediante el uso de las tcnicas anteriormente explicadas.
2.3. Deteccin de zonas de defectos
En muchos de las situaciones que un investigador puede imponer durante una simulacin, pueden surgir
zonas del cristal que no cumplan con una geometra asociada a las redes tericas. La aparicin de defectos
puntuales, dislocaciones o los lmites de un cristal pueden ser detectados mediante el uso (nico o simultneo)
de alguna de las tcnicas previamente descritas.
Para lograr que el alumno comprenda la utilidad de estas tcnicas, se propone la carga de un nuevo archivo
de coordenadas (Tilt_GB.cfg). Se trata de un borde de grano de tipo tilt, de manera que se representa la zona
de encuentro entre dos estructuras cristalinas del mismo material, pero con orientaciones de red enfrentadas con
un cierto ngulo de desalineacin. Sobre la geometra cargada, el alumno puede solicitar un estudio tipo CNA
sobre el total de partculas. Aunque las orientaciones de los cristales son distintas en la parte superior e inferior
de la muestra, los resultados muestran como ambas partes poseen una clara estructura tipo FCC.
16 CAPTULO 2. THE OPEN VISUALIZATION TOOL
Figura 2.3: Deteccin de un borde de
grano durante la simulacin de un hi-
lo superconductor (M. J. R. Sandim et
al, 2013, Supercond. Sci. Technol. 26
055008)
La parte coloreada como Other podemos encontrarla en tres zonas
de la caja total: en los bordes superior e inferior (que son contornos de
la simulacin), y en la zona central (precisamente en la frontera entre
ambos cristales denidos, es decir, un borde de grano). La parte central
ha quedado ntidamente excluida de las estructuras tipo FCC que s
se han coloreado para los ncleos de los cristales superior e inferior.
El resultado obtenido mediante un estudio Bond-angle matiza los
lmites del borde de grano, pero interpreta que alguno de los tomos
estn orientados segn conguracin BCC.
Este tipo de operaciones permite detectar zonas en las que no se
cumplen las condiciones de geometra correspondientes a una estruc-
tura de red terica. por ejemplo, son utilizados para observar la forma-
cin de dislocaciones en simulaciones de deformacin o impacto, o para
denir los bordes de grano en simulaciones de policristales de mayor
complejidad (Figura 2.3).
2.4. Renderizacin de imgenes y vdeos
Otra de las posibilidades visuales de OVITO es su facilidad para
generar imgenes renderizadas y construir vdeos a partir de secuencias
de simulacin. Esto resulta interesante cuando se pretende analizar la
evolucin temporal de una muestra durante la simulacin bajo ciertas
condiciones de ensayo. Por ejemplo, la formacin y evolucin de defec-
tos en pruebas mecnicas, cambios en la forma de los bordes de grano,
o el movimiento de defectos puntuales y su crecimiento o degeneracin.
Debe de tenerse en cuenta que OVITO permite no slo cargar un
nico paso de tiempo, es decir, un nico chero de coordenadas. Desde
el momento de carga, el programa detecta si existe una secuencia de
archivos ordenados mediante un contador secuencial (que no es otro
que la evolucin temporal de los pasos de tiempo que se han almacenado durante la simulacin).
As, una vez cargados, OVITO permite avanzar en el tiempo como si se tratara de una pelcula de animacin
presentando las diferentes instantneas guardadas.
Pero adems, el visualizador est diseado apra que los ltros o tipos de anlisis solicitados se realicen para
todas y cada una de las instantneas guardadas. Por ejemplo, podemos ver un estudio CNA en un determinado
paso de tiempo, pero luego avanzar en el tiempo y estudiar si la situacin es estable o si por el contrario hay
cambios en alguno de los tipos de red inicialmente detectados en en anlisis.
Un buen ejemplo es la formacin y movimiento de las dislocaciones. Para una mejor compresin, se pro-
pone a los alumnos realizar la carga de la secuencia de archivos proporcionada en la documentacin del curso
(Video_input.zip). Al descomprimir la carpeta, encontramos una serie de archivos dump.tensile_*.cfg.
Cada uno de ellos contiene las coordenadas de las partculas correspondientes a una secuencia de un ensayo
de compresin en aluminio realizado mediante Dinmica Molecular.
Al cargar desde OVITO el archivo dump.tensile_0.cfg, el programa detecta la existencia de una serie secuen-
cial que llega hasta dump.tensile_20000.cfg. Una vez abierto el archivo, podemos ver la evolucin del ensayo
en el tiempo haciendo avanzar la barra de tiempo que aparece en la parte inferior de las ventanas grcas.
Los botones de las echas del visualizador cobran ahora sentido real, con una funcionalidad similar a la de un
reproductor de msica o vdeo.
2.4. RENDERIZACIN DE IMGENES Y VDEOS 17
Como ejemplo, podemos realizar un estudio tipo CNA y comprobar as la aparicin de zonas que dejan
de cumplir las condiciones de la red inicial del aluminio (FCC). Al ejercer una compresin y obligar a cris-
tal a deformarse con una velocidad constante llegaremos a un momento en el que comenzarn a aparecer
dislocaciones, esto es, zonas de deformacin plstica no recuperable en las que alguno de los tomos se ha
desplazado de su posicin inicial hasta otra adyacente. El estudio CNA es capaz de indicarnos cules de los
tomos han pasado por esa fase de dislocacin, as cmo estas dislocaciones avanzan y aumentan con el tiempo.
Figura 2.4: Panel de renderiza-
cin.
Se propone al alumno realizar este tipo de anlisis y comprobar la evo-
lucin temporal. Si en cualquiera de los instantes de tiempo nos interesara
captar una instantnea de la situacin en ese punto (en un momento donde
se aprecia con mayor claridad el suceso que se pretende ilustrar de cara a una
publicacin o con nes docentes), podemos solicitar una imagen renderizada
de cualquiera de las ventanas grcas.
Activaremos la ventana grca, y pulsaremos sobre el icono . Se abrir
en este momento el panel de opciones de renderizacin (Figura 2.4).
En el panel podemos escoger renderizar, en primer lugar, una sola ima-
gen (Single frame). En Output image size podemos cambiar el tamao de
la imagen, en anchura y altura. Tambin puede escogerse el color de fondo
de la instantnea (Background color), el tipo de renderizador (Change rede-
rer...), y por ltimo el nombre y ubicacin del archivo de salida, en diferentes
formatos (Save to le/ Choose...).
Pero si lo que se pretende es obtener un video de una determinada se-
cuencia de tiempo, podemos escoger entre la animacin completa (Complete
animation) y un rango de tiempos en la secuencia (Range). Para el caso
de animaciones, adems, puede escogerse el salto de tiempo que solicitas
a OVITO que utilice para formar la pelcula, as como el nmero con el
que queremos nos nombre al primero de los archivos de salida (File number
base).
En este caso, cuando seleccionamos el archivo de salida (Save le/ Choo-
se...) podemos indicarle un formato de imagen (de manera que obtendremos
tantas imgenes renderizadas, con el tamao y colores indicados, segn el
rango de tiempos y el salto que le indiquemos, y adems nombradas secuen-
cialmente desde el nmero aportado en File number base).
Si por el contrario, indicamos a OVITO un formato de video entre los que
nos permite, nicamente generar un archivo de tipo pelcula o animacin,
que podremos utilizar igualmente en presentaciones cientcas, docencia, o
pginas web.