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T E S I S D O C T O R A L
INTERACCIONES ELCTRICAS
EN MACROMOLCULAS
DE INTERS BIOLGICO
Diego Vallejo
Esta tesis para optar al ttulo de Doctor de la
Facultad de Ciencias Exactas de la Universidad
Nacional de La Plata, ha sido realizada en el
Instituto de Fsica de Lquidos y Sistemas Biol-
gicos (CONICET-UNLP-CIC) bajo la direccin
del Dr. J. Ral Grigera.
El presente trabajo fue nanciado parcialmente
mediante el sistema de Becas, otorgadas en
concurso por los siguientes organismos:
1) la Comisin de Investigaciones Cientcas de
la provincia de Buenos Aires (CIC),
2) el Consejo Nacional de Investigaciones Cien-
tcas y Tcnicas, (CONICET) y cuando falt el
dinero,
3) por m mismo. Esto comprendi tanto la
provisin de recursos monetarios para proveer a
la manutencin de mi familia, as como de tiempo
de CPU.
Agradecimientos
No poda ser de otro modo. No existe la creacin en soledad: nadie enva si
nadie recibe.
Mi esposa, Gabriela Pennini, tiene mucho que ver con lo que me falta y con
lo que me sobra. Ella debe ser mencionada en primer lugar. Y a veces en ltimo
tambin.
A Marcelo Costabel porque l tuvo un rol clave tanto en la decisin de terminar
mi tesis como en el tema y en el proceso que lo hizo posible. Esto es ser Co-
Director. Hay injusticias, y hay dolores que no mellan el espritu ni la alegra
de la gente que vale la pena.
A Augusto Melgarejo porque se puede construir una nueva historia, y se puede
creer en ella.
A Fernando Vericat por los consejos atinados, las discusiones sobre temas trmi-
cos, y la generosidad.
A Gabriel Fabricius porque la obsesin a pesar de tener su lado malo (para uno
mismo sobre todo) tambin educa y rinde sus frutos.
A Eitel Peltzer por el tiempo de CPU y el apoyo moral.
A Eduardo Howard por las largas conversaciones sin tiempo, las visitas, la nave-
gacin, y las ayudas biolgicas.
A Manuel Carlevaro porque nadie ms que l podra hacer ese aporte sustancioso
que pone clido el ambiente.
A Danilo Renzi por que el trabajo cotidiano nos coloca en otra dimensin.
A Luis Pugnaloni por su inteligencia y su decisin.
A Susana Kalko quien me cont cmo haba que hacer para leer un paper de biolo-
ga estructural y fue muy generosa con esto de los pptidos... y adems canta
hermosamente!
4
A Rosa Vicente que resuelve en forma contundente los problemas.
A Dolores Sols porque de sus manos salieron obras maestras.
A Mnica Seglie y Silvia Fasano las chicas de sistemas del Iysib, porque ponen
garra todos los das, por el mismo precio.
A Vctor Kuz el nio explorador siempre dispuesto!
A Rubn Hernndez quien salv la vida de una persona a fuerza de querer.
A Ernesto Caarena una persona que hace mejores los lugares donde est y a las
personas que estn con l.
A Nstor Snchez Fornillo por el GMX, por Star Trek, y porque no engaa a nadie
y lo queremos igual!
A Cristina Donnamara por su modo de pelearla desde su trinchera.
A Eduardo Tolosa quien me present a la Vax y a la Dinmica Molecular.
A Viviana Bolzicco por las charlas y su ejemplo de compromiso.
A Roberto Lindon Colombo el grupo-dependiente en soledad
A J. Ral Grigera Se aprende mucho con observar y escuchar.
A Ins Mogilner por su don de creacin y juventud.
A Viviana Zimmerman que generosamente me envi su hermossimo estilo de
tesis.
A Roberto Romero porque siempre supo que fue posible algo mejor.
A Martha y Csar los que tuvieron siempre que ver con todo esto.
Palabras iniciales
Educar es el impacto de una vida sobre otra vida
Horacio Sosa Carb
Existe una clase de preguntas que se hacen en esos momentos claves de la histo-
ria personal que se llaman hitos. Momentos de cambio, crticos, de angustia, que
marcan un antes y un despus y en los cuales convergen, se concentran grandes
perodos de tiempo, como si el cambio que se efecta hubiera demorado para for-
malizarse hasta que no poda aguantar ms y sobreviene como una consecuencia
lgica, superadora y tranquilizante, el hito.
Como un noviazgo que culmina en la unin o la ruptura, esos momentos tienen
una resonancia social. Resonancia que fsicamente signica vibrar cuando otro me
toca con su vibracin. Vibrar juntos y vibrar en armona.
Este es un hito. Hoy se cierra un perodo, si se quiere de cierta adolescencia, de
cierto sufrimiento. Hoy es la ceremonia de iniciacin. Hoy el joven americano que
fue a cazar el jabal a la selva, y se rapt una mujer vuelve a la tribu luego de pasar
mil vicisitudes, con algo de piel y de alma curtida pero denitivamente convertido
en adulto.
Vuelve pues a la universidad que dej como auxiliar docente y becario, ahora
ocupando otro rol. Vuelve y no puede dejar de hacerse esas preguntas:
Qu sentido tiene este tipo de tareas?
A quin le sirve esto?
A quin le afecta, para bien o para mal, algo de lo que aqu se hace?
* * *
Dicen los que saben, que la alienacin es un concepto fundamental en el for-
malismo clsico marxista. Este concepto caracteriza, en la organizacin del trabajo
6
posrevolucin industrial, al trabajador proletario por oposicin al anterior trabaja-
dor artesano. Veamos una cita de Van der Huck:
Ahora bien, recordemos que para Marx la alienacin del trabajo asala-
riado es fundamentalmente un extraamiento del obrero frente al pro-
ducto de su trabajo y frente al proceso de trabajo, y esto lo mismo para
el trabajo manual como para el trabajo intelectual: La burguesa ha
despojado de su halo a toda ocupacin hasta ahora enaltecida y vista
con admiracin reverente. Ha reconvertido al mdico, al abogado, al
sacerdote, al poeta, al hombre de ciencia, en sus trabajadores asalaria-
dos

De hecho, el producto del trabajo asalariado se enfrenta al obrero

(o al trabajador intelectual) como un ser extrao a l y lo domina: [...]
La nica forma como la gente puede obtener su libertad para hacer
descubrimientos, o salvar vidas, o iluminar poticamente el mundo, es
trabajando para el capital... y usando sus habilidades creativas para
ayudar al capital a acumular ms capital

. Aqu ms que en ninguna

otra parte podramos decir: nadie sabe para quin trabaja

.
Estamos hablando de una suma de divorcios que se acumulan sobre el trabaja-
dor: el que lo separa de la retribucin justa, el que lo aleja de las decisiones y el que
lo vuelve un desconocido para con el producto nal de su trabajo.
Un sistema compartimentado es til para que algunos tomen las decisiones y
que nadie sea responsable.
En la ptica cristiana del trabajo tambin aparece este concepto de alienacin
asociado a la prdida de la dignidad del trabajador, citando al anterior Papa de la
Iglesia Catlica, Karol Woytila, en un mensaje del 19 de marzo de 1982, durante su
visita al complejo industrial Solvay (Esta empresa auspiciaba en la dcada de 1920
los congresos cientcos donde triunf la llamada interpretacin de Copenhage de
la Mecnica Cuntica):
Al consolidarse luego la organizacin cientca del trabajo y las con-
siguientes cadenas de montaje, se ha acentuado an ms el estado de
alienacin del hombre y su imposibilidad de participar responsable-
mente en el trabajo que realiza.

Marshal Berman, Meloda desencadenada en El malpensante, No.20, febrero 1 marzo 15 del 2000,
pp.3846

Marshal Berman, op.cit.

Felipe Van der Huck, Trabajo y alienacin: el cambio en las formas y la permanencia de un sistema
en Trabajo XXI, revista virtual que edita el Grupo de Estudios de Sociologa del Trabajo de la
Universidad del Valle en Cali (Colombia) http://www.galeon.com/grupogest/articulos/art0008.htm
7
Este concepto desarrollado para analizar problemas de trabajadores obreros, o
manuales, fue luego aplicado a los llamados ocinistas y posteriormente tambin
a los trabajadores cientcos, no obstante su resistencia a ser considerados como
tales.
Escuchemos, desde el ahora lejano ao de la imaginacin al poder de 1968, a
Oscar Varsavsky, polifactico cientco argentino, fallecido en 1976, en su confe-
rencia Facultad de Ciencias en un pas Sudamericano, dada en Venezuela:
Lo que obtuvimos, pues, fue una alienacin, un extraamiento de to-
dos esos jvenes que habamos preparado con tanto cuidado, luchando
durante aos para conseguirles fondos, para crear el Consejo de investi-
gaciones Cientcas y Tcnicas que dio y da becas, subsidios, comple-
mentos de sueldo... con un criterio an ms cienticista que el nuestro.
Toda esa gente, an quedndose en el pas, cortaba sus lazos con l y
[...] se ocupaban slo de temas que interesaban a los Estados Unidos
o a Europa. Cuestiones de ciencia aplicada que interesaran al pas no
se investigaban. Problemas de ciencia pura que pudieran tener alguna
ramicacin beneciosa para el pas, no se vean. [...]
No es cierto que estos conceptos aplican a
diario a las situaciones que uno ve en nuestro
pas? No vemos comnmente becarios, investi-
gadores, que a pesar de sus serias dudas, y hasta
convicciones acerca de la inutilidad de su labor,
persisten (por obvia necesidad de supervivencia)
olvidados (a juzgar por las apariencias) del impul-
so original que los llev a iniciar la carrera cient-
ca? No compartimos la mesa en los congresos
cientcos, con Profesores y Doctores... que opi-
nan de sobremesa que la funcin fundamental del
Sistema Cientco Argentino es mantener vivo al
Sistema Cientco Argentino. (Esto no es privi-
legio de los cientcos, como ejemplo, la Direc-
cin de Vialidad de una provincia argentina lleg
a consumir su presupuesto en sueldos y por tanto
no poda cumplir tareas especcas de la misma
#
)
* * *
#
Duros conceptos del Consejo Empresario sobre Vialidad Provincial. . Publicado en el sitio web:
http://www.valorlocal.com.ar/ despachos.asp? cod_des=360, fecha 27 de julio de 2005.
8
Cuando una pareja ejecuta el acto sencillo de colocarun ladrillo sobre la mezcla
hmeda an de concreto de una pared a medio hacer, piensa con ansiedad, con
esperanza y con alegra en la casa terminada: as colocan su accin en un lugar
trascendente.
Conoc algunas personas capaces de parar la pelota, detenerse y reexionar
sobre su trabajo cientco. Son personas que pueden colocar su tarea en un marco
ms amplio de signicacin, donde cada pieza del accionar cotidiano adquiere su
sentido ltimo. Por ello son personas capaces de entusiasmarse una y otra vez con
el esfuerzo, a veces difcil, a veces frustrante, no lineal, retorcido y paradojal de la
tarea. Se trata del nico lugar desde el cual el trabajo tiene sentido. El lugar que le
corresponde por derecho propio tambin al trabajo cientco.
Hombres enamorados de su tarea, de su proyecto, y en su monogamia laboral
(nica y gran diferencia con los otros hombres) subordinan a ella el resto de su vida,
y son capaces de entusiasmar a los dems.
* * *
9
[...] mis cantos son, para los unos, sonidos, para los otros, intencin.
Jos Hernndez. El gaucho Martn Fierro
Neutra no es nuestra vida, neutra no es nuestra tarea, neutro no es el producto
de nuestro trabajo. Hace ya muchos aos que se han abandonado las ideas sobre la
supuesta neutralidad de la ciencia, de las actividades cientcas y de los objetos por
ella manipulados.
A cada paso que damos la realidad incmoda nos salta al encuentro. Un objeto
tan inocuo como un cido palmtico colocado en un buscador de internet nos infor-
ma que fue parte del proceso de fabricacin de napalm durante la Segunda Guerra
Mundial.
* * *
As como un funcionario famosamente dijo en el ao 1976 que el mercado
decidira si debamos producir acero o caramelos parece que en el mundo de los
cienticistas, el mercado decidir si investigamos en tal o cual tema acadmico.
* * *
Ha llegado el da. Adis a las torres de marl. El momento est ya denido.
No debemos, ni queremos, ni podemos excusarnos mirando para el costado. Es
el momento de comenzar la construccin de un nuevo proyecto. Algo que tiene
impacto, que es relevante. Nosotros mismos. Algo que sirva. El impacto de una
vida sobre otra vida.
La Plata, 11 de octubre de 2005,
en el 120 aniversario del Nacimiento de la Dra Alicia Moreau de Justo,
luchadora incansable por los Derechos Humanos.
Diego Vallejo.
Resumen
Se presenta el estudio de dos sistemas de inters biofsico a nivel molecular
mediante tcnicas computacionales. Se pone de maniesto la relevancia de las in-
teracciones elctricas. Se proponen mecanismos de interaccin molecular relevantes
para la funcin biolgica de una protena.
En el captulo I se describe la motivacin por este tipo de estudios en las aplica-
ciones de diseo de frmacos y se menciona la teora relacionada.
El captulo II reere la tcnica de resolucin numrica de la Ecuacin de Poisson
Boltzmann tambin llamada Modelo Macroscpicomicroscpico Electrost-
tico.
En el III se describe la tcnica de simulacin por Dinmica Molecular (DM), con
un apndice sobre la tcnica de Dinmica Browniana (DB).
En el IV se presentan los resultados de simulacin por DB de un sistema de Clo-
ruro de Sodio en Agua.
En el V se presenta el estudio de la interaccin de la protena transportadora de
Acil Coenzima A (ACBP) con una membrana biolgica. Y por ltimo,
en el VI se presentan los resultados de la simulacin por DM de la ACBP en su
interaccin con un ligando: el Palmitoil unido a una Coenzima A.
ndice general
Agradecimientos 3
Palabras Iniciales 5
Resumen 10
ndice general 11
Cxrrrtio I: Introduccin 14
I.1 Inters aplicado: La obtencin de nuevos medicamentos . . . . . . . 14
I.2 Inters Bsico: La comprensin de los mecanismos macromoleculares 17
Cxrrrtio II: Tcnica 1: Electrosttica de Macromolculas 19
II.1 Porqu preocuparse por la Electrosttica . . . . . . . . . . . . . . . 19
II.2 La Ecuacin de Poisson . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
II.3 La ecuacin de Poisson-Boltzmann . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
II.4 Solucin del Problema Electrosttico . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
II.5 Clculo de las Energas Electrostticas . . . . . . . . . . . . . . . . 28
II.6 Lmite de validez de PoissonBoltzmann . . . . . . . . . . . . . . . 30
Cxrrrtio III: Tcnica 2: Dinmica Molecular 31
III.1 Fsica Clsica aplicada a la Biologa . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
III.2 Descripcin Breve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
III.3 El potencial interatmico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
III.4 Programa de Dinmica Molecular . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
III.5 FASE I: Inicializacin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
III.6 FASE II: Ejecucin de Dinmica Molecular . . . . . . . . . . . . . 38
III.7 Evaluacin de la Energa Potencial . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
12
III.8 FASE III: Anlisis de los resultados . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
III.9 Exposicin Sinttica de la Tcnica de Dinmica Browniana o Lan-
gevin (BD) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Cxrrrtio IV: Sal y Agua 49
IV.1 Introduccin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
IV.2 Tratamiento Terico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
IV.3 Simulaciones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
IV.4 Cdigo FORTRAN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
IV.5 Resultados: Campo elctrico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
IV.6 Resultados: Fuerza Elctrica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
IV.7 Conclusiones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Cxrrrtio V: La Protena Transportadora de Acil Coenzima A y la Bica-
pa Lipdica 60
V.1 Introduccin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
V.2 Porqu el ACBP? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
V.3 Procedimiento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
V.4 Resultados . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
V.5 Rol de los residuos Bsicos en la Orientacin del complejo ACBP
Bicapa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
V.6 Rol de los residuos hidrofbicos en la Interaccin ACBPBicapa . . 71
V.7 Discusin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Cxrrrtio VI: La Protena Transportadora de Acil CoA y el Palmitato
CoA 74
VI.1 Introduccin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
VI.2 Estructura de Resonancia Magntica Nuclear . . . . . . . . . . . . 76
VI.3 Simulaciones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
VI.4 Validacin del Modelo y Resultados . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
VI.5 Anlisis Histrico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
VI.6 Area expuesta al solvente . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
VI.7 Tercera Validacin del Modelo: Radio de giro y Radio Hidrodinmico.103
13
VI.8 Cuarta Validacin: Estudio de los Puentes de Hidrgeno . . . . . . 106
VI.9 Estudio del Desplazamiento Cuadrtico Medio (RMSD) . . . . . . 107
VI.10Conclusiones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
VI.11Pasos futuros . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Cxrrrtio VII: Conclusiones 117
Bibliografa 123
CAPTULO I
Introduccin
Recuerde: Las simulaciones son cciones que aspiran a emular la rea-
lidad. Los grcos atractivos y las cifras alentadoras no garantizan
buena ciencia.
Peter Steinbach [Steinbach, 2004]
I.1 Ixrra rs xrircxuo: Lx oarrxcr ox ur xtrvos mrurcxmrxros
Encontrar medicinas efectivas y aptas para uso humano es un proceso complejo, la-
borioso y costoso. Durante gran parte del siglo XX, la industria farmacutica mun-
dial obtuvo medicamentos consistentes en drogas sintticas

o descubiertas en pro-
ductos naturales, en su mayora vegetales [Paladini 1996]. Mencionaremos algunos
ejemplos que ilustren la magnitud del esfuerzo invertido en estos desarrollos

.
I.1.1 Sntesis Qumica. Una opcin consiste en la bsqueda sistemtica en fa-
milias de compuestos obtenidos por sntesis qumica. Segn datos de la compaa
Merck (farmacutica norteamericana), para lograr un medicamento apto para uso
humano, necesita, en promedio, examinar ms de 10.000 compuestos sintticos, lo
que equivale a doce aos de trabajo a un costo de 300 millones de dlares [Paladini
1996].

Denominaremos medicamento, frmaco o droga a una substancia utilizada con objetivos terapu-
ticos, es decir, con propiedades tiles para tratar enfermedades, y no a un producto adictivo tomado
con nes intoxicantes

Interesa notar que la industria farmacutica moviliz 364.000 millones de dlares en el 2001
(http://www.imshealth.com) mientras que atiende slo al 36 % de la poblacin mundial [Paladini
1996]
I.1 Inters aplicado: La obtencin de nuevos medicamentos 15
I.1.2 Productos Naturales. Otro procedimiento usual consiste en la bsqueda
sistemtica de productos naturales. Como ejemplo, el Instituto Nacional del Can-
cer de los Estados Unidos encontr, luego de treinta y dos aos de trabajo (de 1950
a 1982) y de examinar ms de 35.000 compuestos vegetales, slo una sustancia: el
taxol, aislada de la corteza del rbol Taxus brevifolia, apta para consumo humano
y con propiedades anticancerosas [Paladini 1996]. Este mtodo se acelera mediante
indicios obtenidos por medio del estudio de la llamada medicina popular o me-
dicina folklrica, recientemente reivindicada por la Organizacin Mundial de la
Salud [OMS, 2002], y que han dado lugar a nuevas disciplinas de estudio: la etno-
botnica y la etnofarmacologa.
En sntesis, hasta 1950 los procedimientos accesibles a los qumicos para bus-
car drogas estaban limitados por el escaso conocimiento de los mecanismos mole-
culares de accin de los frmacos. Se utilizaban reacciones qumicas para producir
compuestos poco explorados con la esperanza de que algunos tuvieran propiedades
interesantes.
En la actualidad la bsqueda de nuevas drogas se caracteriza por planicar en
detalle las estructuras a sintetizar. Entre los procedimentos novedosos se menciona-
rn la qumica combinatoria y el diseo racional.
I.1.3 Procedimiento Combinatorio. Es un conjunto de procedimientos que per-
miten sintetizar rpida, eciente y simultneamente una gran cantidad de compues-
tos orgnicos diferentes entre s llamados colecciones o bibliotecas. No se trata
propiamente de una nueva tcnica, sino de un modo de sistematizar mtodos cono-
cidos.
Mientras que la sntesis qumica tradicional da lugar a un nico producto, la qu-
mica combinatoria genera una gran cantidad de substancias, que luego sern eva-
luadas para encontrar agentes con potencial efecto biolgico. Esto podra justicar
su ulterior estudio en orden a desarrollar de un nuevo frmaco [Mata 1997].
I.1.4 Diseo Racional de Drogas. En este procedimiento se intenta optimizar el
proceso de identicacin o sntesis de frmacoscandidatos a medicamentos, utili-
zando la informacin estructuraldinmica del ligando y del receptor. Se emplean
herramientas computacionales que implementan algoritmos basados en conceptos
bioqumicos y biofsicos descriptivos de las interacciones moleculares. Algunos de
estos procedimientos y tecnologas se presentan en esta tesis.
I.1.5 Utilizacin de la informacin estructural. Muchas drogas estn constitui-
das a nivel molecular por pequeas molculas llamadas ligandos que interactan
con las supercies de los complejos macromoleculares. La anidad y la especici-
dad de este tipo de uniones estn determinadas en gran medida por los patrones de
I.1 Inters aplicado: La obtencin de nuevos medicamentos 16
las supercies involucradas, su semejanza qumica y su complementaridad estructu-
ral. Asimismo estn caracterizadas por uniones no covalentes que son de naturaleza
electrosttica. La comprensin de los sistemas biolgicos ligandoreceptor nos per-
mite avanzar hacia aplicaciones del diseo eciente de estas pequeas molculas
frmacos, altamente especcas y de baja o nula toxicidad [Bueler, 2005]
Estos frmacos ejercen su efecto al interactuar con las molculas receptoras
dentro de nuestros cuerpos y as alterar su actividad en un modo benecioso para
nuestra salud. En algunos casos, los agonistas estimulan la actividad de su receptor,
mientras que en el caso de los antagonistas trabajan bloqueando la actividad de la
molculadestino [Wellcome, 2002].
Una fuente de informacin estructural la proveen experiencias de Cristalografa
de Rayos X o experimentos de Resonancia Nuclear Magntica (ver captulos V y
VI).
Esta informacin es procesada mediante herramientas computacionales (entre
ellas mencionamos las tcnicas basadas en Modelos Electrostticos del continuo
con detalle atmico (captulo II) y las tcnicas temporales como Dinmica Molecu-
lar (captulo III).
En caso de no poseer esta informacin inicial, una alternativa es invertir el pro-
ceso: se genera la informacin de estructura directamente in-silico, es decir, compu-
tacionalmente, debiendo validarse el modelo posteriormente contra datos obtenidos
por mtodos experimentales (ver seccin V.3.1).
Estas herramientas permiten bsicamente extraer informacin til mediante la
aplicacin de las leyes fsicas y qumicas a dichos datos de entrada.
Se dispone asimismo de grandes bases de datos que contienen estructuras de
compuestos qumicos. Mediante la computadora se seleccionan compuestos por a-
nidad con el receptor. Si no se encuentra un compuesto de este modo, se utiliza otro
conjunto de herramientas que permiten construir al estilo mecnico molculas de
gran probabilidad de interaccin con el receptor. La idea es estrechar lo mximo el
foco de bsqueda para minimizar el costoso tiempo de laboratorio.
Como ejemplos podemos mencionar el frmaco Zanamivir

(nombre comercial
en Argentina Relenza), primer frmaco desarrollado para tratar la gripe por el
procedimiento de diseo racional. Este fue desarrollado eligiendo molculas que
interacten con la neuroamidasa, una enzima producida por el virus de la gripe
como paso del proceso que ocurre en la clula infectada.
Muchas de las drogas recientes que tratan las infecciones por VIH (por ej. Ri-
tonivir, Indinavir) fueron diseadas para interactuar con la proteasa viral, la enzima
que divide las protenas virales y les permite ensamblarse adecuadamente.

http://www.fda.gov/cder/consumerinfo/druginfo/relenza.htm
I.2 Inters Bsico: La comprensin de los mecanismos macromoleculares 17
Otra droga bien conocida producida por diseo basado en el ligando es el Viagra.
Se intent producir una molcula semejante al cGMP, un ligando que se une a una
enzima llamada fosfodiesterasa. Por medio del bloqueo de su actividad, se esperaba
que este frmaco relaje el msculo cadaco suave vascular y por lo tanto disminuya
los sntomas de la angina. En las pruebas clnicas el efecto de la droga sobre la
angina no fue alentador. Sin embargo algunos pacientes masculinos desarrollaron
erecciones. El resto es historia conocida.
I.2 Ixrra rs B xsrco: Lx comrarxsr ox ur ios mrcxxrsmos mxcaomoir-
ctixars
No hay nada ms prctico que una buena teora
Kurt Lewin, 1940
Para investigar los procesos biomoleculares se necesita entender con claridad
el rol de las interacciones moleculares y en particular el rol de las interacciones
elctricas y sus propiedades en el nivel macro y microscpico [Baker, 2004].
Actualmente vivimos un proceso de muchsima rapidez de determinacin de es-
tructuras de protenas y biopolmeros en general, via diferentes tipos de mtodos
genmicos. Asimismo los roles especcos de estas macromolculas en el concier-
to de las rutas metablicas celulares y los conjuntos supramoleculares se obtienen
mediante diferentes tcnicas experimentales.
Un gran desafo es la integracin de esta informacin en modelos fsicos para el
diseo de frmacos. Esto requiere poner en juego la capacidad de evaluar las dife-
rentes contribuciones energticas tanto intra e inter moleculares. Entre los distintos
tipos de interacciones moleculares, las fuerzas elctricas son de importancia central
debido a su largo alcance, y la relevancia que posee la carga de los aminocidos y
los cidos nucleicos.
Dada la naturaleza ubicua de las interacciones electrostticas en los sistemas
biomacromoleculares, se ha trabajado fuertemente en el desarrollo de mtodos com-
putacionales para el esclarecimiento de los mecanismos y procesos en los cuales
subyace una componente electrosttica.
Los mtodos computacionales para esto pueden ser clasicados bsicamente en
dos categoras:
1. aquellos que modelan al sistema con solvente explcito que tratan al siste-
ma con completo detalle molecular, (captulo III, y
I.2 Inters Bsico: La comprensin de los mecanismos macromoleculares 18
2. y los de solvente implcito, que incorporan las inuencias del solvente en
un tratamiento promedio o continuo (captulo II)
En la presente tesis se utilizarn ambos tipos de mtodos. Esto implica una deci-
sin cuidadosa basndose en el tipo de informacin que se desea obtener y el tipo de
sistema que se desea representar computacionalmente. Se deber para ello hacer un
balance entre la necesidad de informacin detallada que puede proveer el mtodo
explcito, contra el costo computacional que un mtodo implcito permite ahorrar,
(obviamente a expensas de la calidad de la informacin) al integrar sobre los nu-
merosos grados de libertad del solvente, y as obtener datos de inters del sistema
biolgico.
CAPTULO II
Tcnica 1: Electrosttica de
Macromolculas
II.1 Poat r raroctrxasr roa ix Eircraosr xrrcx
En los ltimos aos ha habido un inters renovado por la Electrosttica en la bio-
loga [Honig, 1995] [Uhbdman, 1999] [Juer, 1991], debido a tres factores bsica-
mente:
1. el rol muy importante que juegan dichas interacciones en la caracterizacin
de las propiedades estructurales y funcionales de las macromolculas,
2. los avances en la resolucin numrica de las ecuaciones bsicas que gobiernan
estos fenmenos, y
3. el incremento del poder de clculo que hizo factible crear herramientas compu-
tacionales que implementen los algoritmos numricos en tiempos de clculo
razonables.
La relevancia de estas interacciones es particularmente notable para las mol-
culas con carga neta no nula, como es el caso del ADN y otros polielectrolitos.
Asimismo, en el caso de las protenas han sido reconocidos efectos funcionales de
importancia producidos por los dipolos correlacionados de las hlices alfa [Hol,
1978] [Berendsen, 1986]. La interaccin electrosttica entre partculas coloidales
y macromolculas a menudo desempea un rol crucial en la estabilidad de estos
sistemas [Harries, 1998] [Israelachvili, 1992].
En problemas que involucran la presencia de una membrana biolgica tambin
ocurre este fenmeno. Muchas de las propiedades estructurales de las membranas
II.1 Porqu preocuparse por la Electrosttica 20
(rigidez, estabilidad, transicin lateral de fase y dinmica) dependen sustancialmen-
te de las interacciones electrostticas [Andelman, 1995] [Verwey, 1948] [Israelach-
vili, 1992].
II.1.1 Dicultad de los clculos. La presencia del solvente acuoso, con una gran
diferencia en polarizabilidad respecto de la de una macromolcula, o dicho macros-
cpicamente, la diferencia de valores de permitividad en los dominios biolgicos
de inters a nivel molecular, aparta considerablemente el comportamiento de las
interacciones del Coulombiano puro, bsicamente debido a la presencia del campo
de reaccin del medio. Esta inuencia sobre una carga en solucin es el trmino
determinante de sus propiedades de solubilidad como fue tempranamente advertido
por Born [Born, 1920].
Asimismo, la presencia de sal en el medio, o sea, de iones mviles en agua,
introduce tambin otros efectos que no pueden ser tenidos en cuenta mediante in-
teracciones Coulombianas puras.
II.1.2 Tratamientos con completo detalle atmico. Los tratamientos puramen-
te microscpicos, tales como Dinmica Molecular (DM) (tcnica expuesta en el
captulo III) o Monte Carlo (MC), representan el sistema con detalle atmico. Esto
quiere decir que no existen fronteras dielctricas denidas, ni tampoco las funciones
espacialesdato que caracterizan el sistema, tales como la permitividad, la presin,
la temperatura. En este marco dichas funciones se calculan a partir de parmetros
atmicos, entre otros: distribuciones moleculares de carga, polarizabilidades, masas
atmicas y uctuaciones. Estas tcnicas computacionales de simulacin con detalle
atmico han tenido en los ltimos aos un importantsimo progreso (tanto algort-
mico como en potencia de clculo) en orden a simular macromolculas y lquidos.
Sin embargo, an subsisten dicultades al momento de representar adecuada-
mente el solvente salino-acuoso. Como ejemplo, para simular un sistema molecular
a concentracin siolgica de ClNa en agua (0.10.15 Molar), necesitamos del or-
den de 10
4
molculas de agua, para contar con apenas 100 molculas de Cloruro de
Sodio. Vale decir que estaremos invirtiendo el 99 % de la capacidad computacional
instalada en representar al solvente, en vez de ocuparnos en nuestra molcula y la
nube inica de inters.
Esto impone importantes limitaciones al tipo de experimentos computacionales
que se pueden llevar a cabo mediante estos modelos.
II.1.3 Descripciones Alternativas. Frente a esta dicultad se han propuesto di-
versas simplicaciones
Dinmica Browniana (BD, tambin llamada dinmica de Langevin, ver seccin
III.9 en la pgina 45). Este tipo de tcnica elimina los grados de libertad no
II.2 La Ecuacin de Poisson 21
interesantes reteniendo un formalismo temporal, es decir que nos devuelve
trayectorias del sistema de inters al estilo de la DM, aunque la ley que rige la
evolucin temporal del sistema ya no es newtoniana determinista, sino que se
trata de una evolucin estocstica (un mismo estado inicial puede conducir a
diferentes conguraciones nales). En esta tesis hemos utilizado esta tcnica
en el captulo IV.
Modelo Mixto Macroscpico-microscpico Electrosttico Este modelo no con-
templa el tiempo como variable del problema ya que trata nicamente con
promedios estadsticos de las funciones espacialesdato del problema. Se
comienza desde una descripcin continua del sistema: este tpicamente con-
siste en una o ms macromolculas rodeadas de solvente (usualmente agua y
sal). La regin del espacio que ocupa la macromolcula se supone una cavi-
dad de baja permitividad. El solvente se representa como un medio de elevada
permitividad, que puede contener un electrolito. A esta descripcin se le agre-
ga algn detalle atmico: cargas y posiciones de los tomos que se suponen
jas en sus posiciones dadas experimentalmente (por cristalografa de rayos
X o NMR) o dadas por modelos computacionales (provenientes de DM o
MC). Finalmente se resuelve el problema electrosttico por medios compu-
tacionales. Describiremos en mayor detalle a continuacin esta tcnica.
II.2 Lx Ectxcr ox ur Porssox
La Electrosttica Clsica, en su aproximacin del continuo, est regida por la Ecua-
cin de Poisson [Ten Eyck, 2005]:
[(r)(r)] = (r) (1)
donde (r) es el potencial electrosttico, (r) la permitividad relativa del medio (o
constante dielctrica), (r) es la densidad de carga en el punto dado por el vector
posicin r y es el operador vectorial diferencial =

x
i +

y
j +

z
k. Las
funciones (r) y (r) son datos del problema.
Estas magnitudes en general no son constantes en r, (ntese esto especialmente
para la constante dielctrica). Dado que el operador es bsicamente una deriva-
da con respecto a la posicin, la ecuacin (1) expresa la manera en que el potencial
vara en el espacio. Solamente al encontrar una solucin, (o sea, una funcin es-
calar que reemplazada en la ecuacin (1), la satisfaga), se podr conocer el valor
del potencial.
II.2 La Ecuacin de Poisson 22
II.2.1 Ley de Coulomb. Para los casos particulares en los cuales podemos supo-
ner que la permitividad vale constante e igual a uno, = 1, la ecuacin (1) tiene por
solucin a la Ley de Coulomb:
(r) =
_
(r

)
1
r r

dr

(2)
II.2.2 La permitividad. En el caso de un sistema compuesto por una macromo-
lcula y agua, la utilizacin de la ley de Coulomb resulta en una descripcin poco
adecuada, debido a que la funcin (r) toma valores muy diferentes en la molcula y
en el agua. Esto se debe a que esta funcin es la que tiene en cuenta (en este contexto
clsico) los efectos de la polarizabilidad de un medio. Dicha polarizabilidad es una
medida de la respuesta de un sistema a la aplicacin de un campo elctrico [Gilson,
2000].
Si pensamos a nuestro sistema ahora microscpicamente, cuando existe un cam-
po elctrico no nulo en un sistema, las molculas que constituyen el mismo sufren
un leve reordenamiento de modo tal de contrarrestar el campo elctrico neto. Este
reordenamiento ocurre a nivel electrnico y tambin a nivel de la conformacin de
la molcula. No todas las molculas pueden reordenarse en la misma medida: en el
caso del agua (y de muchos solventes polares) la redistribucin incluye su habilidad
para reorientar la molcula entera, que posee un momento dipolar permanente. Esto
resulta en una mayor efectividad para contrarrestar el campo, que macroscpica-
mente corresponde a una permitividad alta (en nuestro caso de alrededor de 80). Por
otro lado en el caso del interior de una macromolcula biolgica como una prote-
na, existe una contribucin mayoritaria de la polarizacin electrnica, con algunas
porciones particulares de reordenamiento de cadenas laterales. Estudios de DM son
compatibles con una constante dielctrica en el rango 24 [Simonson, 1994] [Roux,
1999].
II.2.3 Solucin. La notacin vectorial compacta de la ecuacin (1) puede inducir
errneamente a una aparente simplicidad. Slo se conocen muy pocos casos en que
esta ecuacin tiene solucin analtica exacta, por ejemplo, cuando la geometra y
distribuciones de carga del problema tienen simetra esfrica o cilndrica.
La funcin solucin se puede escribir como
= [r; (r), (r)] (3)
donde la notacin quiere indicar que depende de las funciones espacialesdato
(r) y (r).
Esta solucin debe cumplir en toda frontera dielctrica las condiciones de a)
continuidad del potencial (r) y b) continuidad de la componente normal del vector
Desplazamiento elctrico (r)/n (n es el vector normal).
II.2 La Ecuacin de Poisson 23
Sin embargo, en el caso de las macromolculas, que tienen forma arbitraria, el
problema analtico es insoluble, y se debe recurrir a mtodos numricos.
II.2.4 Diferencias Finitas. En este mtodo se transforma una porcin del espacio
continuo en una matriz discreta, compuesta de puntos que estn espaciados una
determinada cantidad h entre primeros vecinos.
Las derivadas se aproximan por cocientes de diferencias:

x
=
1
h
[
i, j,k

i1, j,k
] (4)
donde
i, j,k
representa al potencial evaluado en el punto i, j, k. Las funciones
dato ((r) y (r)) son asignadas sobre redes cbicas convenientes. Este proceso
realizado sobre la ecuacin (1) conduce a una ecuacin en diferencias nitas:
h
2

i, j,k
=
i1/2, j,k
(
i, j,k

i1, j,k
) +
i+1/2, j,k
(
i, j,k

i+1, j,k
) +

i, j1/2,k
(
i, j,k

i, j1,k
) +
i, j+1/2,k
(
i, j,k

i, j+1,k
) +

i, j,k1/2
(
i, j,k

i, j,k1
) +
i, j,k+1/2
(
i, j,k

i, j,k+1
) (5)
II.2.5 Distribucin de Carga. Como fue discutido en la seccin II.1.3, tomare-
mos un conjunto de coordenadas atmicas obtenidas mediante cristalografa y cons-
truimos la densidad de carga, correspondiente a un conjunto de N cargas puntuales,
en los sitios atmicos:
(r) =
N

l=1
q
l
(r r
l
) (6)
Esta distribucin de cargas puntuales, se descompone en suma de cargas frac-
cionales y se asignan a los 8 sitios ms cercanos del reticulado de acuerdo con algn
criterio. Uno de los ms sencillos es el llamado trilineal:

i jk
= q
l
(1 a)(1 b)(1 c) (7)
donde q
l
es la carga que est en la vecindad del sitio y a, b, c son las coordenadas
fraccionales (en unidades de h) del punto donde est la carga, con respecto al sitio
i jk. Si se suman las 8 cargas asignadas se recupera el valor de la carga original (ver
en la gura 1 un esquema bidimensional).
II.2 La Ecuacin de Poisson 24
q=0.7e
0.23e
0.09e 0.13e
0.25e
Figura 1: Mtodo de distribucin lineal de cargas atmicas en 2D
II.2.6 Asignacin de la funcin (r) al reticulado. Los valores
i1/2, j1/2,k1/2
se obtienen mediante la evaluacin de la funcin (r) en los puntos intermedios de
la red. Segn lo dicho en la seccin II.2.2 tomamos un valor de 2 para los puntos
internos al espacio ocupado por la protena o la bicapa lipdica, y de 78.54 a los
puntos ubicados en la zona del solvente.
En este punto es importante notar que la palabra interno remite a la deni-
cin de la frontera dielctrica entre soluto y solvente, que requiere algo de cuidado.
Existen en general dos posibilidades que se ilustran en la gura 2:
Molecular: El dominio del problema se divide en dos regiones. El volumen asigna-
do al solvente se dene como la unin de los volmenes accesibles a esferas
del tamao de una molcula de agua (radio 0.14 nm) que no ingresen al es-
pacio reservado a tomos explcitos (de la o las macromolculas), o sea, que
lo ms cerca que se puede estar es cuando la esfera rodante es tangente a las
esferas de Van der Waals de los tomos de protena. A este volumen se le asig-
na
solvente
= 78,54. Al complemento de este volumen se le asigna
soluto
= 2
(gura 2 caso A).
Van der Waals: Es similar al anterior, haciendo tender el radio de la esfera rodante
a cero. El lugar geomtrico de la frontera se aplasta sobre las supercies de
Van der Waals externas de los tomos de la macromolcula (gura 2 caso B)
II.2.7 Condiciones de Frontera. Aqu tenemos varias posibilidades:
II.3 La ecuacin de Poisson-Boltzmann 25
B A
Figura 2: Denicin de supercie. A: Molecular, B: Van der Waals [Baker, 2004].
Cero: Esta es la condicin tradicional de potencial nulo a distancias muy alejadas
del sistema de inters. Traducido esto al lenguaje de diferencias, signica
hacer cero el potencial en las caras de la caja. Esta condicin es en general
inaceptable e induce a errores importantes.
Debye-Hckel: Se representa a la macromolcula como una esfera. La carga y
el radio se toman respectivamente iguales a la carga total y el radio medio
de la protena. Esta condicin es buena si el borde de la molcula est lo
sucientemente alejado de las caras de la caja. En el captulo V se utiliz esta
condicin de borde.
II.3 Lx rctxcr ox ur Porssox-Boirzmxxx
El comportamiento de las macromolculas en solucin, depende fuertemente no
slo de la presencia del agua, sino del hecho de estar inmersas en solucin salina.
Este aspecto no despreciable, debido al carcter de largo alcance de las fuerzas
electrostticas, hace que tengamos que tener en cuenta la manera en que las cargas
de los iones de sal se distribuyen en la solucin. Esto puede describirse mediante
II.3 La ecuacin de Poisson-Boltzmann 26
la Ecuacin de Poisson-Boltzmann, la que puede derivarse mediante una aproxima-
cin de campo medio al problema mecnico estadstico completo del gas Coulom-
biano via el formalismo de la funcin de Green [Coalson, 1997] [Coalson, 1992].
Veamos una justicacin ms intuitiva de esto. Utilizamos la teora de Debye-
Hckel [Debye, 1923] suponiendo que la densidad de iones n
i
de tipo i por unidad
de volumen en una dada regin del espacio es
n
i
= n
0
i
e
q
i
(r)/kT
(8)
donde n
0
i
es la densidad de iones en el seno de la solucin, q
i
es la carga del ion
i, (r) es el potencial electrosttico en esa regin del espacio, k es la constante de
Boltzmann y T es la temperatura.
Esta es una distribucin de Boltzmann que representa la existencia de una nube
de carga opuesta alrededor de un in cualquiera dado.
Por lo tanto la densidad de carga debida a esta densidad numrica n
i
, ser
i
=
q
i
.n
i
, y la suma sobre i ser la neta debida a la presencia de sal en el agua.
Incluyendo este efecto en la ecuacin (1), obtenemos la ecuacin de Poisson-
Boltzmann:
[(r)(r)] =
m
(r) +
s
(r) (9)
donde
m
(r) es la densidad de carga debida a las posiciones jas de todas las cargas
dentro de la macromolcula y

s
(r) =

i
q
i
n
0
i
e
q
i
(r)/kT
(10)
es la debida a la presencia de sal en el agua, y tiene en cuenta la redistribucin
estadstica ya mencionada.
Supondremos que estamos en presencia de una sal ClNa de concentracin x
Molar. Los cationes tienen carga +1e y los aniones, 1e. Esto se conoce como una
sal uniunivalente.

s
(r) =
Na+
+
Cl
= ex exp
_

e(r)
kT
_
ex exp
_
e(r)
kT
_
= 2ex sinh
_
e(r)
kT
_
Por lo tanto, la ecuacin (9) se convierte en este caso en la ecuacin conocida como
Ecuacin No lineal de Poisson-Boltzmann:
[(r)(r)] =
m
(r) 2ex sinh
_
e(r)
kT
_
(11)
En el caso de que el campo sea lo sucientemente pequeo (la densidad de carga
de la molcula y la intensidad inica de la solucin sucientemente bajas), podemos
II.4 Solucin del Problema Electrosttico 27
+ -
+
+
-
-
-
+
-
+
=2.0
=2.0
=78.54
+ -
+
-
+
-
+ -
Figura 3: Macromolcula y membrana en una representacin en 2D
aproximar el seno hiperblico por el valor de su argumento, y mediante algunas
manipulaciones sencillas queda:
[(r)(r)] =
m
(r) (r)
2
(r) (12)
donde es la longitud de apantallamiento inversa de Debye, denida como

2
=
2Ie
2
(r)kT
con I =
1
2

i
n
i
(q
i
/e)
2
(13)
aqu I es la intensidad o fuerza inica .
En la gura 3, podemos ver un esquema simplicado de los elementos que cons-
tituyen este modelo de Modelo de PoissonBoltzmann.
II.4 Soitcr ox uri Paoairmx Eircraosr xrrco
Una vez especicados los parmetros que denen el problema, se emplea, para
la obtencin de la solucin, un algoritmo iterativo de enfocado

. Este consiste en

focusing en ingls
II.5 Clculo de las Energas Electrostticas 28
A B
Figura 4: El sistema se coloca en una red gruesa (A), y luego se utilizan los datos
para especicar condiciones de borde para la red na (B)
partir de una aproximacin inicial en una red de resolucin gruesa, de mayores
dimensiones que el reticulado que comprende el dominio de inters. Luego se rena
el clculo, utilizando la anterior solucin como un punto de partida para reiniciar
el proceso. Esto acelera el proceso iterativo que supone resolver la ecuacin (5)
(vase la gura 4). La salida de esta etapa consiste en los valores del potencial en
los puntos discretos de la red.
II.5 C xictio ur ixs Exraorxs Eircraosr xrrcxs
II.5.1 El Potencial. Veamos los factores que contribuyen al potencial electrost-
tico. Consideremos dos cargas en una cavidad de baja constante dielctrica, rodeada
por un solvente de alta constante dielctrica [Accelrys, 2003].
Las molculas de solvente y los iones respondern al campo generado por cada
carga en el soluto. Esta respuesta (bsicamente reorientacin dipolar y polarizacin
electrnica) crear un campo que acta en la posicin de las cargas originales: el
campo de reaccin [Bottcher, 1973] que ya hemos mencionado en la seccin II.1.1.
La intensidad de este campo est determinada por la magnitud de la carga, su dis-
tancia a la frontera dielctrica, la forma de tal frontera y las constantes dielctricas
del interior y exterior. Todas las cargas del sistema estn expuestas a este campo de
reaccin incluyendo a la carga fuente original. Por lo tanto, el campo externo
ext
en la posicin de una carga puntual ser la suma de la interaccin de cada carga con
su propio campo de reaccin
reacc
ms el campo de reaccin de las otras cargas
II.6 Clculo de las Energas Electrostticas 29

cruz
, ms el campo directo (coulombiano) de interaccin con las otras cargas
coul
.

ext
=
coul
+
reacc
+
cruz
(14)
A esto se le debe sumar el campo generado por la carga en su propia posicin
propio
que es innito.

total
=
ext
+
propio
(15)
Este es el potencial que devuelve la solucin numrica de la ecuacin 11 o 12. La
tcnica de distribuir las cargas en un reticulado elimina las singularidades pero crea
artefactos numricos que dependen en la posicin de la red y el lugar especco
que ocupa la macromolcula. Veremos en la prxima seccin cmo eliminarlos.
II.5.2 Energa Electrosttica Total. La Energa Electrosttica

Total del sistema

viene dada por:
G
E
=
1
2

q
i

ext
i
=
1
2

q
i
(
total
i

propio
i
) (16)
Lamentablemente esta no es una cantidad que se obtenga mediante la resolucin
numrica ya mencionada en la seccin II.5.1. Lo que se puede obtener es
G
e+c
E
=
1
2

q
i

total
i
(17)
donde los superndices e+c, quieren decir que en esta energa la contribucin
coulmbica propia an no fue eliminada.
En las aplicaciones donde interesa calcular variaciones de energa, esta energa
propia se cancela naturalmente. Un ejemplo es cuando se computa la energa de
solvatacin de un sistema mediante dos clculos con idnticas asignaciones en el
reticulado y la misma constante dielctrica de la cavidad interna. En un clculo se
utiliza la cte dielctrica del solvente (78.54 para el agua) y en el otro se iguala a 1.0
(vaco). Al restar
G
E
(
s
,
solvente
: 1
solv
80) = G
E
(
s
, 80) G
E
(
s
, 1) (18)
obtenemos el cambio en la Energa Electrosttica al transferir el sistema del vaco
al solvente, o sea obtenemos la componente electrosttica de la energa de solvata-
cin. en esta ecuacin, G
E
(
s
, ) es la energa electrosttica total de un soluto de cte

s
en un solvente de constante .

Es usual denominar Energa Libre Electrosttica a esta cantidad. Sin embargo no resulta claro que la
misma contenga las contribuciones entrpicas, por lo que esta denominacin puede ser cuestionable.
II.6 Lmite de validez de PoissonBoltzmann 30
Al utilizar la misma asignacin, todas las cargas se distribuyen de la misma ma-
nera en los puntos del reticulado, y el potencial
propio
ser idntico, y se cancelar
al restar. Por tanto podemos calcular la diferencia del siguiente modo:
G
E
(
solvente
: 1
solv
80) = G
e+c
E
(
s
, 80) G
e+c
E
(
s
, 1) (19)
II.6 Lrmrrr ur vxirurz ur PorssoxBoirzmxxx
II.6.1 Aproximaciones que subyacen a la Teora de PB. En sntesis, son las
siguientes [Andelman, 1995]:
Las cargas inicas estn distribuidas en una nube, y pueden ser representa-
das por funciones de variacin suave.
No se tiene en cuenta el tamao del in .
No se tiene en cuenta toda otra interaccin entre los iones y las molculas de
agua (entre otras, ni las fuerzas de Van der Waals ni las de hidratacin)
Se ignoran las correlaciones carga-carga. Se reemplazan los observables f-
sicos tales como la distribucin de carga, por promedios trmicos, y en este
sentido, se acercan a una teora de campo medio.
O sea, esta aproximacin dejar de valer para densidades de carga superciales
sucientemente altas, para distancias cercanas a los iones explcitos o para part-
culas que tienen tamaos comparables con la longitud de apantallamiento de Deb-
ye [Debye, 1923] [Harries, 1998]
II.6.2 Fuerza dielctrica de frontera. Asimismo el modelo no incluye fuerzas
de frontera dielctricas

, que se han revelado importantes para el estudio de los

comportamientos difusivos en algunos sistemas biolgicos [Nadler, 2003]. Tales
efectos son importantes en la difusin de especies cargadas en espacios connados
tales como canales inicos pero no tiene un impacto signicativo para interaccin
protena ligando, a relativamente bajas concentraciones donde en gran parte estos
efectos se cancelan [Songyuhua, 2004].

en ingls: dielectric boundary forces

CAPTULO III
Tcnica 2: Dinmica Molecular
Describiremos la tcnica de la Dinmica Molecular, mediante la cual obtuvimos
los resultados del captulo VI, utilizando el paquete de simulacin GROMACS [van
der Spoel, 2004] [Berendsen, 1995] [Lindahl, 2001]. Agregaremos una somera des-
cripcin de la tcnica de Dinmica Browniana que fue utilizada en el captulo
IV, en su implementacin del paquete de simulacin GROMOS [Van Gunsteren,
1987] [Van Gunsteren, 1996].
III.1 Frsrcx Ci xsrcx xrircxux x ix Broioorx
III.1.1 Validez de la aproximacin clsica. Una pregunta central previa a todo
tratamiento de este tipo es:
Supuesto que la Mecnica Cuntica es el mejor formalismo para
la descripcin de un sistema biolgico a nivel molecular, cundo es
razonable aplicarle las leyes de la Mecnica Clsica?
Esbozamos un argumento simplicado [Steinbach, 2004]: En Mecnica Clsica
una partcula puede poseer cualquier energa de entre un continuo de valores, pero,
en el Dominio Cuntico, la energa est cuanticada es decir, que el sistema slo
puede aceptar determinados valores de la energa separados por saltos discretos. A
temperaturas muy bajas estos saltos son mayores que la energa trmica disponible
y el sistema estar connado a uno o varios de los estados de menor energa. En este
caso esperamos que el carcter Cuntico del paisaje de energa se haga evidente en
el comportamiento del sistema. Si, en cambio, incrementamos la temperatura, ms
y ms estados se vuelven trmicamente accesibles, y el sistema tiende a parecerse a
uno que se comporte clsicamente.
III.2 Descripcin Breve 32
Consideremos un oscilador armnico (este sistema ideal puede razonablemen-
te ser un modelo de una porcin de un sistema biolgico). Los niveles cunticos
de energa estn separados por la cantidad E = h f donde h es la constante de
Planck, y f es la frecuencia de oscilacin. El comportamiento tender al clsico si
k
B
T > hf , donde k
B
es la constante de Boltzmann, y k
B
T = 0,6 kcal/mol a 300
K. En el lmite resulta f 6,25/ps o t 1 ps. Por lo tanto el tratamiento clsico
resulta vlido para tiempos caractersticos del orden de 1 ps o ms a temperaturas
siolgicas.
III.2 Drscarrcr ox Barvr
La Dinmica Molecular genera la posicin y la velocidad de cada partcula del sis-
tema en cada instante de tiempo. Mediante la Mecnica Estadstica podemos pasar
de esta informacin microscpica a la obtencin de magnitudes macroscpicas ob-
servables [Allen, 1987] [Gutierrez, 2001].
Sea un sistema compuesto por N partculas, dentro de un volumen V y con una
energa ja E. Las posiciones y velocidades denen un espacio de fases de 6N
dimensiones. Obtener la posicin y la velocidad de cada una de las partculas, en
cada instante, signica obtener la trayectoria de un punto en el espacio de las fases
en funcin del tiempo.
Llamemos O al valor instntaneo de un cierto observable. El promedio de esta
cantidad, denominado (O)
obs
est dado por
(O)
obs
= (O)
temporal
=
1

=1
O(()) (1)
donde representa un tiempo (un ndice que seala cada paso de dinmica mo-
lecular) y
f
es el tiempo total total de la corrida. Suponiendo que el sistema es
ergdico, podemos igualar directamente este promedio temporal con el promedio
usual sobre un conjunto de la Mecnica Estadstica.
(O)
observable
= (O)
temporal
= (O)
conjunto
(2)
Por medio del formalismo de la simulacin lo que se hace es generar una sucesin
de diferentes estados (puntos) del espacio de fases, compatibles con las condicio-
nes externas macroscpicas (N, V, E) en este caso), sobre los cuales se toman los
promedios.
La eleccin del conjunto bajo el cual llevar a cabo la simulacin est dictada
fundamentalmente por el tipo de problema a tratar. Los promedios estadsticos pue-
den llevar a pequeas diferencias en los diferentes conjuntos, pero stas desaparecen
III.3 El potencial interatmico 33
en el lmite termodinmico, que se alcanza incluso con unos pocos cientos de par-
tculas [Allen, 1987]. Sin embargo la eleccin del conjunto s inuye al momento
de calcular las uctuaciones cuadrticas medias de las magnitudes termodinmi-
cas. Estas permiten calcular, por ejemplo, la capacidad calorca o el mdulo de
elasticidad [Allen, 1987].
Los experimentos tpicos de Dinmica Molecular se realizan el conjunto micro-
cannico (N, V, E). Mediante algoritmos que acoplan adecuadamente el sistema a
un bao trmico o a un bao de presin [Berendsen, 1984] [Nose, 1984] [Hoo-
ver, 1985] [Nose, 1983], se pueden realizar simulaciones en el cannico (N, V, T)
o en el conjunto isotrmico-isobrico (N, P, T) a presin y temperatura constante,
respectivamente.
III.3 Ei rorrxcrxi rxrraxr omrco
Un punto de importancia central es la eleccin del potencial interatmico del siste-
ma a simular. De la delidad con que ste represente las interacciones reales entre
las partculas depender la calidad de los resultados: un proceso de renamiento
del potencial, que le incorpore mayor detalle en la representacin de la interaccin
debera por tanto mejorar la calidad de la simulacin. Sin embargo, hay que ser cui-
dadoso en este punto ya que la adicin de un trmino realista puede no mejorar los
resultados. Esto se debe a que el potencial es an incompleto y el proceso de ajuste
realiza una compensacin de errores debidos a la carencia de ciertos trminos.
Por otro lado mientras mayor sea la complejidad funcional del potencial, mayor
tambin ser el tiempo de computacin requerido. Si lo que se busca es slo investi-
gar ciertos aspectos de un modelo terico, lo mejor ser emplear un potencial lo ms
simple posible que reproduzca la esencia de ese modelo. Diferente es la situacin
si lo que se desea es acercar el mundo ideal de la simulacin al mundo real de un
sistema biolgico: entonces el potencial deber contener el mximo de informacin
posible de modo de reproducir los resultados no slo cualitativamente, sino tambin
cuantitativamente.
Cuando se desea resolver la ecuacin de Schrdinger para un sistema de N par-
tculas interactuantes, se deben utilizar mtodos desarrollados especcamente para
esta tarea: por ejemplo los ab-initio o primeros principios, como el Mtodo de Car
Parrinello [Car, 1985], que combina DM con teora del funcional de la densidad.
Sin embargo, el costo computacional de esto es alto, limitando las posibilidades a
sistemas cuyo tamao mximo sea del orden de cientos de partculas. En esos casos
(sistemas del orden de O(10
4
)O(10
6
) de partculas), por el contrario, se recurre t-
picamente a las simulaciones clsicas con potenciales empricos y semiempricos.
III.4 El potencial interatmico 34
En esta tesis se trabajar con este ltimo tipo de simulaciones.
III.3.1 El Potencial Campos de Fuerza. La denicin de un campo de fuerzas
comporta la eleccin de una forma funcional y un conjunto de parmetros. Los
campos de fuerzas se parametrizan para reproducir propiedades estructurales. A
pesar de ser utilizados para predecir otras propiedades, como por ejemplo, energas
relativas, o propiedades espectroscpicas, no necesariamente estas propiedades no
incluidas en la parametrizacin sern descriptas correctamente. Se debe tener en
cuenta que los diferentes parmetros se ajustan en conjunto, o sea que no pueden
ser modicados independientemente.
Las funciones U(r) pueden ser subdivididas en tres tipos de interacciones:
U(r) =

pares
(
C
12
r
12

C
6
r
6
)
.,,.
DispersionRepulsion
+

pares
q
i
q
j
r
.,,.
Coulomb
+

ligados
1
2
k
r
(r r
0
)
2
.,,.
enlace
+

ligados
1
2
k

.(
0
)
2
.,,.
angular
+

dih.imp
k

(
0
)
2
.,,.
dihedros impropios
+

dih. prop.
k

(1 + cos(n
0
))
2
.,,.
dihedros propios
(3)
No ligadas Utilizaremos aqu un trmino Coulombiano, ms un trmino 612 de
Lennard Jones. Se calculan basados en listas de vecinos que se actualizan
generalmente a intervalos regulares (ver seccin III.7.3).
Ligadas Aqu estn los trminos que dan forma a la molcula. Se ja la longitud
del enlace covalente, los ngulos entre tres tomos ligados, los dihedros im-
propios que logran dar la forma plana a grupos de tomos y los dihedros
propios que regulan las torsiones de sucesin de 4 tomos ligados. Se calculan
basados en listas jas.
Especiales Aqu entran los trminos que restringen posiciones, distancias, o ngu-
los entre tomos. Se calculan basados en listas jas.
Estos trminos se ilustran en la gura 1 (en pg. 35 )
III.5 FASE I: Inicializacin 35
Interacciones
No Ligadas
+ -
Van der Waals
V
r
r
V
Electrosttica
Interacciones
Ligadas
ngulos
V
l

V
Ligaduras
Dihedros Propios

V
Dihedros Impropios
l
0

0
V

Figura 1: T ramrxos ur txx rtxcr ox rxraorx rorrxcrxi [Srrrxaxcn, 2004]

III.4 Paooaxmx ur Drx xmrcx Moirctixa
Tpicamente el estudio mediante DM tiene tres fases:
FASE I: Inicializacin: Se especican las condiciones
iniciales. Se describe el sistema a simular.
FASE II: Ejecucin de la Dinmica Molecular: Se inte-
gran numricamente las ecuaciones de movimiento
que gobiernan el sistema.
FASE III: Anlisis de los resultados Se evalan las pro-
piedades fsicas tomando como dato la informacin
de la trayectoria del sistema, que es la salida de la
etapa anterior.
III.5 FASE I: Ixrcrxirzxcr ox
III.5.1 Topologa. Una vez denido el modelo, es decir, el conjunto estadstico y
el potencial de interaccin entre otros, se describe el sistema en cuestin. Se especi-
ca sobre cules tomos y combinaciones de tomos se deben aplicar las diferentes
III.5 FASE I: Inicializacin 36
contribuciones a la funcin de energa potencial. Debe conocer cules son los va-
lores de los parmetros de las formas funcionales, (por ejemplo: cargas parciales,
radios atmicos, longitudes de enlaces, ngulos dihedros, y dems parmetros liga-
dos del potencial). En lo que respecta a parmetros de estado, se prescriben segn
corresponda la temperatura, el volumen, la presin, la densidad, etc. La topologa
propiamente dicha no comprende la especicacin de los atributos dinmicos (posi-
cin, velocidad, ... ). Por lo tanto, salvo excepciones (como experiencias realizadas
en la Universidad de La Plata [Maran, 1998]) se puede decir que la DM realiza
simulaciones a topologa constante.
III.5.2 Condiciones iniciales y condiciones de borde. La especicacin de las
condiciones iniciales para la posicin y la velocidad de cada partcula puede reali-
zarse en una variedad de formas, dependiendo de las caractersticas del sistema a
simular. En el caso de una protena se suelen tomar las posiciones iniciales como
sus posiciones cristalogrcas. Para el caso de estructuras no resueltas experimen-
talmente (sea por difraccin de Rayos X o por Resonancia Magntica Nuclear), se
pueden generar las coordenadas iniciales por medios computacionales (un ejem-
plo en esta tesis es el caso de las membranas biolgicas [Tieleman, 1996] [Pandit,
2002]). Estos datos pueden ser propios, o pueden obtenerse de bases de datos tales
como el Protein Data Bank [Berman, 2000].
Las velocidades iniciales se especican generalmente asignndoles a cada par-
tcula una velocidad escogida al azar de una distribucin de Maxwell-Boltzmann a
la temperatura deseada:
P(v
i
) =
m
i
2kT
exp
_

m
i
v
2
i
2kT
_
(4)
donde k es la constante de Boltzmann, T la temperatura, v
i
la velocidad y m
i
la masa
de la partcula i-sima.
En la gura 2 vemos el grco de una distribucin maxwelliana del mdulo de
las velocidades.
Para obtener esto se generan los nmeros distribuidos normalmente sumando
doce nmeros al azar distribuidos uniformemente en el intervalo [0;1], y restando
el nmero 6.0 de su suma. El resultado se multiplica por la desviacin estndar de
la distribucin:

kT/m
i
. La correcta eleccin de las condiciones de borde es otro
aspecto que debe considerarse en la simulacin.
III.5.3 Condiciones Peridicas de Contorno. Una manera usual de minimizar
los efectos de la frontera en una simulacin nita de una porcin de un sistema
extenso es utilizar las Condiciones Peridicas de Contorno (PBC). Los tomos del
sistema a simular son colocados en una caja polidrica que llena el espacio (o sea
III.5 FASE I: Inicializacin 37
Figura 2: Uxx ursraratcr ox Mxxwriirxxx orxraxux mrurxxrr x tmraos xirxroaros
que el espacio normal de tres dimensiones puede ser particionado en estas cajas,
todas copias trasladadas de una original). En la gura 3 vemos una representacin
bidimensional. De este modo se eliminan las fronteras del sistema simulado al pre-
cio de reemplazarlas por una periodicidad inexistente en el sistema original. Esta
dicultad no aparece en el estudio de sistemas cristalinos, por ejemplo slidos, don-
de dicha periodicidad existe naturalmente.
Por el contrario, si se desea simular sistemas no peridicos tales como lquidos
Rc
Figura 3: Coxurcroxrs rrar ourcxs ur coxroaxo rx 2D
III.6 FASE II: Ejecucin de Dinmica Molecular 38
o soluciones, se deber tener en cuenta la aparicin de errores debido a la imposi-
cin de una periodicidad extraa. Una manera de evaluar estos errores es estudiar el
efecto de la variacin del tamao del sistema (generalmente caracterizado por el n-
mero de partculas N). Usualmente estos efectos son menores que las simulaciones
sin PBC.
Hay varias opciones para la forma de la caja, tales que llenen el espacio. A lo
largo de esta tesis utilizaremos las cajas cbicas, que son las de mayor sencillez
aunque no las de menor costo computacional.
III.6 FASE II: Esrctcr ox ur Drx xmrcx Moirctixa
III.6.1 Algoritmo. Una parte central de todo programa de DM lo constituye el
algoritmo de integracin. Dadas las posiciones y velocidades iniciales a un tiempo
inicial t
0
, la tarea del algoritmo es entregar las posiciones y velocidades al tiempo
t
0
+ t.
En lo que sigue revisaremos el formalismo bsico de la DM en el conjunto mi-
crocannico. En este caso las variables termodinmicas que se mantienen constantes
son el nmero de partculas N, el volumen V y la energa interna E.
La dinmica de este sistema est gobernada por las ecuaciones de Newton
m
i
d
2
r
i
dt
2
= V, i = 1, 2, . . . , N (5)
con la convencin usual de smbolos. Estas son un conjunto de ecuaciones diferen-
ciales ordinarias acopladas, no lineales, de segundo orden. Ellas deben ser resueltas
numricamente.
Cuando las fuerzas entre las partculas son conservativas el Hamiltoniano 1 es
una constante de movimiento y la energa total se conserva:
E = K + V (6)
Notemos que generalmente en Dinmica Molecular el impulso tambin es una can-
tidad conservada cuando las paredes del recipiente son reemplazadas por condicio-
nes de borde peridicas (PBC). Esto signica que existe una ligadura adicional, que
se reejar en las propiedades termodinmicas calculadas en la simulacin. Sin em-
bargo, tales efectos son despreciables para sistemas de ms de cien partculas [Lado,
1981] [Wallace, 1983].
Existen numerosos algoritmos para integrar las ecuaciones de Newton. Todos
ellos convierten las ecuaciones diferenciales en ecuaciones en diferencias nitas.
III.6 FASE II: Ejecucin de Dinmica Molecular 39
t
0 1 2
x x
v
Figura 4: Aiooarrmo Lrxr-Faoo
En DM la eleccin del algoritmo es (nuevamente) un compromiso entre el grado
de precisin requerido y el costo computacional. Utilizamos aqu el algoritmo leap-
frog [Hockney, 1974] (ver la gura 4) que es equivalente al algoritmo de Verlet.
Para deducirlo, partimos del desarrollo en serie de Taylor de r(t),
r(t + t) = r(t) + v(t)t +
1
2
a(t)(t)
2
+ . . . (7)
donde la aceleracin es a(t) = F(t)/m. Del mismo modo,
r(t t) = r(t) v(t)t +
1
2
a(t)(t)
2
+ . . . (8)
Sumando ambos desarrollos, obtenemos
r(t + t) + r(t t) = 2r(t) + a(t)(t)
2
+ O((t)
4
) (9)
As, la nueva posicin r buscada, en el tiempo t + t, viene dada por
r(t + t) 2r(t) r(t t)a(t)(t)
2
(10)
El error estimado que contiene la nueva posicin r es del orden de t
4
, donde t es
el paso de tiempo (o paso de integracin) en la simulacin de DM. Ntese que para
evaluar la nueva posicin r(t +t) slo necesitamos conocer la posicin anterior (en
t t) y la aceleracin en el tiempo t; no se necesita la velocidad.
Sin embargo, sta la podemos calcular a partir de
r(t + t) r(t t) = 2v(t)t + O((t)
3
) (11)
III.7 Evaluacin de la Energa Potencial 40
de donde
v(t) =
r(t + t) r(t t)
2t
+ O((t)
2
) (12)
Como se ve, el error en la velocidad es del orden t
2
.
Veamos en el siguiente cuadro la forma general de un algoritmo de Dinmica
Molecular:
1. Se leen los parmetros que especican las condicio-
nes de la corrida: Temperatura inicial, el nmero de
partculas, la densidad, el intervalo de integracin t,
tiempo total de simulacin, . . .
2. Se inicializa el sistema, esto es, se asignan las posi-
ciones y las velocidades iniciales de todas las partcu-
las del sistema. Se leen los parmetros del potencial
V(r).
Deben repetirse los siguientes pasos, hasta llegar al
ltimo paso:
3. Se calculan las fuerzas sobre todas los tomos no liga-
dos, F
i
= V/r
i
, F
i
=
_
j
F
i j
ms las fuerzas debidas
a todas las interacciones ligadas, que pueden depen-
der de 1, 2, 3 o 4 tomos. Se calculan las restriccio-
nes, o fuerzas externas si las hubiera. Se calculan las
energas cinticas y el tensor de presiones.
4. El movimiento en el instante de cada tomo se obtiene
resolviendo numricamente las ecuaciones de New-
ton.
5. Si corresponde se imprimen las posiciones, velocida-
des, fuerzas, energias, presiones.
III.7 Evxitxcr ox ur ix Exraorx Porrxcrxi
La evaluacin de la energa potencial y las fuerzas es la parte ms costosa, en trmi-
nos de tiempo de computacin en una simulacin. De hecho, el tiempo que se ocupa
en integrar las ecuaciones es casi despreciable al lado de ste. Para un sistema de
N partculas, evaluar en forma directa la interaccin de dos cuerpos requiere O(N
2
)
III.7 Evaluacin de la Energa Potencial 41
de operaciones, mientras que evaluar la parte de tres cuerpos requiere en princi-
pio O(N
3
) de operaciones. De all la necesidad de elaborar tcnicas que permitan
ahorrar tiempo en esta tarea.
III.7.1 Radio de Corte para el potencial. Supongamos que tenemos un sistema
de N partculas interactuando a travs de un potencial de pares con PBC y necesi-
tamos evaluar la energa potencial y la fuerza sobre una cierta partcula i. Repre-
sentemos esta situacin por medio de una supercelda consistente en la caja de
simulacin rodeada por sus imgenes, como se muestra en la Figura 3 de la pgina
37. La fuerza sobre la partcula i corresponde a la suma sobre sus N 1 vecinos
de la caja. Pero, debido a las PBC, deberamos tambin sumar sobre sus imgenes.
Una manera de hacer esto es mediante la convencin de mnima imagen: a partir de
la partcula i se construye una caja imaginaria de igual dimensin y forma que la
caja de simulacin, y se suma slo sobre las partculas dentro de ella. En todo caso
el alcance del potencial debe ser menor que la mitad de la longitud de la caja (ya
que de lo contrario una partcula interactuara ms de una vez con el resto). Esto
ltimo permite dar una idea de las dimensiones mnimas de la caja de simulacin
(y por tanto del nmero de partculas) a emplear en relacin al potencial usado.
La contribucin principal a la energa y a las fuerzas sobre una partcula provienen
de sus vecinos ms cercanos. Una aproximacin consiste en utilizar potenciales de
corto alcance, introduciendo un corte (cuto), R
c
, ms all del cual el potencial es
nulo. Para asegurar que las fuerzas y la energa potencial tiendan suavemente a cero
en r = R
c
se puede usar una funcin de encendido que elimine la discontinuidad
en la derivada del potencial (o sea la fuerza).
De este modo, la suma ya no se realiza sobre los N 1 vecinos, sino que queda
restringida a los que estn dentro de la esfera de inuencia del potencial de radio
R
c
, como se muestra en la Figura 3.
El programa GROMACS utiliza la convencin de la imagen ms cercana:
al calcular las interacciones de corto alcance se tendr en cuenta solamente
la imagen ms cercana de todas las correspondientes a una partcula.
En el caso de las interacciones electrostticas de largo alcance, esto no siem-
pre es lo sucientemente exacto, y por tanto se utilizan otros mtodos de
clculo como Campo de Reaccin, Sumas de Ewald o PME (ver seccin
III.7.2)
III.7.2 Problema del potencial Coulombiano. La solucin anterior introduce se-
rios articios en las simulaciones que posean partculas con carga no nula. Esto es
debido a que el potencial coulombiano es de largo alcance y no puede representarse
adecuadamente por ningn potencial truncado.
III.7 Evaluacin de la Energa Potencial 42
Se debe evaluar la contribucin a la energa del potencial coulombiano:
V = k

nx

ny

nz

j
q
i
q
j
/r
i j,n
(13)
donde (nx, ny, nz) = n es el ndice del vector de la caja, y en la suma deben omitirse
los trminos i = j cuando (nx, ny, nz) = (0, 0, 0). r
i j,n
es la distancia real entre las
partculas y no la de mnima imagen. Esta suma es condicionalmente convergente y
de modo muy lento.
Se han propuesto varias alternativas para este clculo:
Sumas de Ewald: Fue introducida primero en slidos cristalinos [Ewald, 1921].
Bsicamente la idea es convertir la suma lentamente convergente de la ecua-
cin (13) en combinaciones de sumas en el espacio recproco y en el espa-
cio real. Lamentablemente el costo computacional de la suma en el espacio
recproco se incrementa como O(N
2
), lo cual es inaceptable para sistemas
grandes.
Campo de Reaccin: [Schreiber, 1992] En este mtodo se asume que cualquier
molcula est rodeada por una cavidad esfrica de radio nito. Dentro de la
cavidad las interacciones electrostticas se calculan explcitamente. Fuera de
la cavidad el sistema es reemplazado por un dielctrico continuo. Cualquier
dipolo neto que ocurra dentro de la cavidad induce una polarizacin en el die-
lctrico, la cual a su vez interacta con la partcula dada. El modelo permite
reemplazar la suma innita de Coulomb por una suma nita ms un trmino
de Campo de Reaccin. Una gran ventaja es que no impone ninguna periodi-
cidad extraa al sistema.
PME: (particle mesh ewald) Apareci en la dcada del 90. Es ms eciente que
el tradicional algoritmo de Ewald. Fue propuesto por Darden para mejorar la
eciencia de la suma en el espacio recproco. En vez de directamente sumar
sobre vectores de onda, las cargas se asignan a un reticulado mediante una
interpolacin. Se le aplica una transformacin rpida de Fourier, y la energa
recproca es obtenida mediante una suma nica en el espacio k. El potencial
en los puntos del reticulado se calcula mediante la transformada inversa y
mediante los factores de interpolacin obtenemos las fuerzas en cada tomo
[Darden, 1993]. Este algoritmo es O(N log(N)) lo cual es mucho mejor que el
Ewald. Se debe hacer notar que este tipo de tcnicas introduce (al igual que
las PBC) una periodicidad inexistente en el sistema original (para lquidos o
soluciones). No se ha evaluado an propiamente el impacto que pueda tener
esta forma de sumar el campo sobre el sistema simulado, especcamente el
efecto que pueda tener el carcter de periodicidad que introduce (problema
que tambin posee el mtodo original de Ewald).
III.8 FASE III: Anlisis de los resultados 43
III.7.3 Lista de vecinos . El tiempo de computacin que hemos ahorrado provie-
ne de que la evaluacin de la energa y la fuerza no se hace para N 1 partculas,
sino para un nmero mucho menor. Sin embargo, para saber cuales partculas son
las que estn a distancia mayor del corte, y por tanto no contribuyen ni a la energa
ni a la fuerza, debemos examinar, en cada paso de computacin, la distancia entre
todos los pares de partculas. El tiempo de esta operacin es proporcional a N
2
.
Para reducir este tiempo, Verlet ide un sistema de lista de vecinos de cada
partcula, que se renueva cada cierto nmero de pasos. El mtodo supone que los
vecinos con los cuales interacta la partcula i, o sea aquellos que estn dentro de la
esfera de radio R
c
(ver Figura 3) no varan mucho entre paso y paso de integracin.
A lo sumo cada cierto nmero de pasos, digamos 30 por ejemplo, algunas partculas
entran y otras salen, quedando a distancias menores que R
c
. Lo que propuso Verlet
fue hacer una lista, para cada partcula, de todos los vecinos que estn dentro de su
esfera de radio R
c
, y as en vez de examinar la distancia de la partcula i con todas
las N 1 restantes, se examinan esas distancias slo con las partculas de su lista.
Esta lista se contruye cada cierto nmero de pasos. El ahorro con este mtodo es
signicativo para sistemas de entre 500 a 5000 partculas, para los cuales el tiempo
por paso de simulacin baja prcticamente a la mitad [Verlet, 1967].
III.8 FASE III: Ax xirsrs ur ios arstirxuos
Este se realiza comnmente tomando promedios temporales sobre las diferentes
conguraciones. Los valores medios as obtenidos, considerados durante un tiempo
sucientemente largo, representan promedios termodinmicos suponiendo un com-
portamiento ergdico del sistema.
En el caso de la presente tesis se estudian propiedades microscpicas de inters
tales como: distancia entre tomos, supercie expuesta al solvente, desvos cuadr-
ticos medios.
III.8.1 Area Expuesta al Solvente. La herramienta o_sxs (parte del paquete
GROMACS), calcula el rea expuesta al solvente mediante el procedimiento de
permitir rodar una esfera de 0.14nm sobre la supercie generada por las esferas
de van der Waals del conjunto de tomos del sistema. Esta herramienta asimismo
permite discriminar entre las reas por residuo, o entre las expuestas hidroflicas e
hidrofbicas. Mediante un trabajo de programacin adicional se extrae la informa-
cin en ventanas mviles de determinado nmero de pasos de simulacin a n de
seguir su evolucin temporal.
III.8 FASE III: Anlisis de los resultados 44
III.8.2 Radio de Giro. Se dene tradicionalmente en Fsica para un objeto slido
de masa M con respecto a un eje O como la distancia a la cual hay que colocar una
partcula de la misma masa M respecto del mismo eje O para que tenga el mismo
momento de Inercia que el objeto original. Mide el grado de dispersin promedio
que tiene la distribucin de masa respecto del eje.
Aqu se modica levemente la denicin reemplazando la distancia al eje por
la distancia al Centro de Masa. As, resulta una medida de la compacidad de una
estructura macromolecular. A mayor radio de giro, menos compacta la estructura
es. Esta magnitud es utilizada en la ciencia de polmeros, y est dada por
R
g
=
_
_
N
i=1
r
i
r
CM

2
m
i
_
N
i=1
m
i
(14)
donde m
i
es la masa de la partcula i-sima, r
i
es la posicin de la misma y r
CM
es
la posicin del centro de masa del sistema.
Interesa notar que esta cantidad se puede obtener por mtodos experimentales
tales como Cristalografa de Rayos X, Dispersin a pequeos ngulos (SAS) [Ca-
sadio, 1999].
III.8.3 Distancias Interatmicas. Para analizar las distancias entre tomos se
utiliz la herramienta o_ursr del gromacs, combinada con scripts realizados local-
mente, para estudiar la evolucin temporal de las mismas y compararlos con la
estructura de NMR de referencia.
III.8.4 Desplazamiento Cuadrtico Medio. Se utiliz la herramienta o_ams para
calcular esta caracterstica. Esta compara dos estructuras mediante el cmputo de
la RMSD. La RMSD de un grupo de tomos en una molcula en el tiempo t con
respecto a una estructura de referencia (tpicamente en un tiempo t
0
se obtiene ajus-
tando mediante cuadrados mnimos la estructura en t a la misma en t
0
. Luego se
calcula la cantidad:
RMSD(t, t
0
) =

_
1
M
N

i=1
m
i
r
i
(t) r
i
(t
0
)
2
(15)
donde M =
_
N
i=1
m
i
es la masa total, y r
i
(t) es la posicin de la misma en el tiempo t.
Generalmente se elije un subconjunto conveniente de los grados de libertad de una
estructura para su ajuste. Si se trata de una protena se pueden elegir los carbonos-,
o el esqueleto de la misma.
III.8.5 Estudio de Puentes de Hidrgeno. Se utiliz la herramienta o_naoxu
que devuelve el nmero de puentes en funcin del tiempo, las distribuciones de
longitudes y ngulos de los puentes, y las autocorrelaciones.
III.9 Exposicin Sinttica de la Tcnica de Dinmica Browniana o Langevin (BD) 45
X
Y

H
r
Figura 5: Carrraro rxax urrramrxxa ix rxrsrrxcrx ur tx rtrxrr ur nrua oorxo (vra cxrrrtio
8 uri mxxtxi ur GROMACS 3.2 [vxx ura Srori, 2004] )
El criterio utilizado para determinar si una terna de tomos del tipo X(donor)
HY(aceptor) es efectivamente un puente de hidrgeno es geomtrico (ver gura 5).
Conviene notar que esta denicin equivale para agua lquida normal (a T=298K y
p=.1 MPa) al criterio denominado energtico [Kalinichev 1994 pg. 305].
1. Distancia XY <3.5 y
2. Angulo HXY <60 grados.
Ftxcr ox ur AtroCoaarixcr ox C
HB
(t): Esta funcin es independiente de la his-
toria del sistema ya que opera mediante un mecanismo de clculo de ventanas
temporales mviles y expresa la probabilidad de que un par de molculas elegidas
al azar estn unidas en el tiempo t
0
+t supuesto que estn unidas en t
0
. Formalmente
se obtiene por la ecuacin:
C
HB
(t) =
(h(0).h(t))
h
2
(16)
donde h(t) = h(t) (h), los signos (. . .) indican promedio sobre todos los posibles
pares y la funcin h
i j
(t) vale 1 si el par i j de tomos estn unidos en el tiempo
t, y 0 si no lo estn. Como todas las funciones de autocorrelacin, se cumple que
C
HB
(0) = 1 y C
HB
(t) 0 si t .
III.9 Exrosrcr ox Srxr rrrcx ur ix T rcxrcx ur Drx xmrcx Baowxrxxx o
Lxxorvrx (BD)
Describiremos esta tcnica segn las referencias [Van Gunsteren, 1978] [Shin Yun
Yu, 1988] [Van Gunsteren, 1988]. Se recomienda sobre el tema ver el captulo 9
de [Allen, 1987].
III.9 Exposicin Sinttica de la Tcnica de Dinmica Browniana o Langevin (BD) 46
III.9.1 Introduccin. La dinmica estocstica (BD o SD) constituye un mtodo
computacional para obtener un conjunto cannico [Hess, 2002]. En la BD, se in-
corpora una fuerza de roce proporcional a la velocidad a la fuerza conservativa. La
friccin remueve energa cintica del sistema. Mientras tanto aparece una fuerza es-
tocstica que aporta energa cintica al sistema. Para generar un conjunto cannico,
ambas fuerzas deben obedecer el teorema uctuacindisipacin [Allen, 1987].
En general una dinmica de Langevin aparece a partir de un sistema clsico,
al remover grados de libertad. Los grados de libertad que son eliminados ejercen,
fuerzas conservativas y de roce sobre el resto del sistema. Todas las dems fuerzas
se considerarn que contribuyen como una fuerza al azar. El ejemplo clsico es una
partcula coloidal en un solvente, cuando consideramos slo los grados de libertad
de la partcula coloidal, estaremos haciendo un modelo de Langevin. Las fuerzas
de roce y la fuerza al azar sern causadas por las colisiones de las molculas del
solvente contra la partcula coloidal.
Nota sobre la nomenclatura: En muchos trabajos de la literatura se denomina
Dinmica de Langevin o estocstica a la formulacin general que describiremos a
continuacin, y se reserva el nombre Dinmica Browniana para el lmite de fric-
cin sucientemente grande, cuando las correlaciones en la velocidad decaen en un
perodo en el cual los cambios en la fuerza son despreciables. Tal sistema se deno-
mina sobreamortiguado. En este caso el sistema se regir por un conjunto acoplado
de ecuaciones diferenciales de primer orden. En esta tesis, la denominaremos in-
distintamente Dinmica Browniana (DB), Estocstica (SD) o de Langevin [Turq,
1977].
III.9.2 Motivacin. Al modelar sistemas macromoleculares mediante DM, se pre-
sentan limitaciones prcticas debidas a la capacidad computacional disponible. Esto
impulsa la bsqueda de mtodos que permitan reducir al mximo el nmero de gra-
dos de libertad, reteniendo no obstante la descripcin signicativa del fenmeno de
inters. Dos modos usuales de hacer esto son:
La Dinmica restringida: Consiste en restringir los grados de libertad de alta fre-
cuencia de movimiento, y as eliminarlos directamente de la dinmica. De
este modo se puede incrementar el paso de simulacin.
Dinmica Estocstica (SD): Se ignoran los grados de libertad menos relevantes
y su inuencia en el resto del sistema se aproxima por una combinacin de
interacciones de fuerza media, fuerzas estocsticas y fuerzas de roce.
Cuando se simula una macromolcula en solucin el foco de inters no est en
los detalles de movimiento de las molculas de solvente. Sin embargo el nmero de
tomos del solvente suele ser un orden de magnitud mayor que el de tomos de so-
III.9 Exposicin Sinttica de la Tcnica de Dinmica Browniana o Langevin (BD) 47
luto. Se desea por tanto eliminar esos grados de libertad no interesantes, reteniendo
su efecto sobre el soluto. Esta inuencia se puede dividir en tres tipos:
1. La interaccin promedio entre tomos de soluto est afectada por la presencia
del solvente.
2. Los tomos de soluto experimentan una fuerza de friccin debida al solvente.
3. Aparece una fuerza aleatoria sobre los tomos de soluto debida a las colisio-
nes de ellos con los tomos de solvente.
Sea el ndice que corre sobre los tomos de solvente y i el ndice que corre
sobre los tomos de soluto. Sea V
m
(x
i
) la funcin energa potencial media entre
tomos de soluto o potencial de fuerza media (donde x
i
representa las coordenadas
x,y o z de los tomos del sistema). Esta incorpora los efectos del solvente mediante
un promedio sobre las coordenadas . Por tanto:
V
m
(x
i
) = (V(x
i
, x

))

(17)
Los otros efectos se tienen en cuenta modicando las ecuaciones del movimien-
to de Newton (5) de la pgina 38. Esto resulta en una dinmica diferente, regida
por la ecuacin de Langevin que regula la evolucin del sistema cuyos resultados se
reportan en el captulo IV de esta tesis:
m
i
d
2
r
i
(t)
dt
2
= F
i
(x
i
) m
i

i
dr
i
(t)
dt
+ R
i
, i = 1, 2, . . . , N
p
(18)
donde
i
es el coeciente de roce atmico, F
i
es la fuerza sistemtica que se deriva
del potencial V
m
(x
i
), N
p
es el nmero de tomos de soluto, y R
i
es la fuerza
aleatoria, que se supone una variable aleatoria distribuida normalmente con media
cero, sin correlacin con con las velocidades previas, ni con la fuerza sistemtica. El
ancho de la distribucin gausiana est relacionado con el coeciente
i
, por medio
de:
_
R
i
(0)R
j
(t)
_
= 2m
i

i
kT
re f

i j
(t) (19)
donde k es la constante de Boltzmann, T
re f
es la temperatura de referencia del bao
de solvente,
i j
es la delta de Kroenecker y (t) es la delta de Dirac.
La eleccin de los coecientes
i
ms apropiados depender en general del tipo
de sistema considerado. Para pequeos solutos tales como butano o decano,
i
podr
ser tomado igual para todos los tomos de soluto, y puede ser determinado a partir
de la constante de difusin molecular D
mol
mediante las relaciones:
D
mol
=
kT
re f
M
mol
(20)
III.9 Exposicin Sinttica de la Tcnica de Dinmica Browniana o Langevin (BD) 48
donde M es la masa molecular y tomamos
i
=
mol
. Los valores para D
mol
pueden
ser obtenidos a partir de tres fuentes:
1. experimentalmente,
2. por medio de una simulacin mediante DM del lquido apropiado,
3. o suponiendo vlida la ley de Stokes:
= 6R
s
/m (21)
donde R
s
denota el radio de Stokes para un tomo y es la viscosidad del solvente.
En una macromolcula, como una protena, no todos los tomos del soluto es-
tarn en contacto con el solvente. En este caso
i
deber depender del grado de
interaccin tomo i de soluto con el solvente. Una opcin es suponer que
i
es pro-
porcional al rea expuesta al solvente del tomo i-simo.
Al igual que las ecuaciones de Newton en la DM, la ecuacin (18) se integra
mediante un algoritmo numrico tipo leapfrog. Utilizamos el esquema de tercer
orden de Van Gunsteren y Berendsen [Van Gunsteren, 1988]. En el lmite de friccin
despreciable, este esquema converge al algoritmo de integracin tipo leapfrog para
DM.
La utilizacin de una tcnica de Dinmica Estocstica como una aproximacin
a la DM ntegra de un soluto en presencia de un solvente, resulta en una reduccin
del tiempo de clculo en un factor 230 [Shin Yun Yu, 1988].
CAPTULO IV
Sal y Agua
IV.1 Ixraoutccr ox
IV.1.1 Teora de DebyeHckel. En el tratamiento de la interaccin elctrica
en soluciones electrolticas se observ un hito en el modelo pionero de Debye
Hckel [Debye, 1923]. No obstante sus limitaciones (se cumple estrictamente slo
en el caso de bajas concentraciones), ha tenido un xito considerable. Avances pos-
teriores en este campo [Blum, 1975] [Grigera, 1976] han conducido a mejoras que
sin embargo, preservan las principales predicciones de la teora original.

De acuerdo con esta teora las interacciones elctricas sufren una modicacin
de acuerdo con la concentracin y composicin salina del medio circundante a un
sistema biolgico, contribuyendo fuertemente a su estabilidad [Mahler, 1969] [Tan-
ford, 1961]. Esta predice que existe una distancia crtica ms all de la cual, no acta
interaccin elctrica. Los tratamientos ms elaborados, por ejemplo la Aproxima-
cin Esfrica Media (MSA) [Blum, 1975], muestran la relacin de esta distancia
caracterstica con el tamao nito de los iones, en mayor acuerdo con la evidencia
experimental [Triolo, 1976].
Otro aspecto de importancia al analizar las fuerzas elctricas en soluciones elec-
trolticas es el comportamiento dinmico de las cargas. Este aspecto no puede obte-
nerse mediante la aplicacin de la teora de DebyeHckel, ni tampoco de ningn
mtodo de equilibrio, ni de ningn mtodo que incorpore los efectos dinmicos en
un promedio estadstico tal como el mtodo descripto en el captulo II.

Ptaircxuo como raxaxso oarorxxi axso ix arrrarxcrx: Vxiirso D. F. . Garorax J. R. Frequency

eect on the charge screening in electrolyte solutions. Charge uctuation and spatial oscillations
studied by Brownian Dynamics simulation. J. Cnrm. Pn.s. 101, 9049(1994).
IV.2 Tratamiento Terico 50
IV.1.2 Efectos dinmicos. Ya en el siglo XIX, Maxwell predijo que cuando apa-
recen en escena campos que oscilan en funcin del tiempo, existir una frecuencia
caracterstica
M
por debajo de la cual el sistema se comporta bsicamente segn la
teora de Debye, pero por sobre la cual el sistema cambiar del rgimen dielctrico
hacia uno conductor [Maxwell, 1954], como veremos. Esto equivale a considerar a
la solucin electroltica como un ltro pasaaltos de la electrnica convencional.
Al analizar las fuerzas intermoleculares en soluciones de macromolculas para
las cuales los co-solutos son los iones, vemos que una macromolcula puede te-
ner grupos cargados que se muevan a diferentes frecuencias, algunas de las cuales
pueden superar las frecuencias caractersticas de la solucin. La posibilidad que el
apantallamiento de carga sea eliminado a altas frecuencias, produciendo un ltro de
las interacciones, tendra por tanto, importantsimas consecuencias en la cintica de
una gran variedad de procesos.
Dado que los tratamientos dinmicos generalmente consideran un campo ex-
terno oscilante o cargas uctuantes, debemos considerar la validez de tales resulta-
dos a un sistema en el cual las cargas vibran en lugar de uctuar en magnitud.
En este captulo se presentan varias simulaciones por Dinmica Browniana (ver
seccin III.9) que estudian el apantallamiento del campo elctrico en casos de uc-
tuaciones de posicin y de magnitud de carga.
IV.2 Taxrxmrrxro Tr oarco
Consideremos una solucin de permitividad

y conductividad

en la cual hay
una carga q. La divergencia del desplazamiento elctrico es
D = 4[q(r) + (r, t)], (1)
donde (r) es la delta de Dirac, y es la densidad de carga de la solucin. El primer
trmino representa la contribucin de la carga q y el segundo, la de la nube inica,
tratada como un continuo.
Sabemos que la densidad de corriente J est relacionada al campo elctrico E
por la ley de Ohm:
J =

E (2)
y aplicando la ecuacin de continuidad obtenemos
(

E) =

t
(3)
IV.2 Tratamiento Terico 51
Suponiendo un campo oscilante E(r, t) = E
0
(r). exp (it)

t
= [

E
0
(r). exp (it)] (4)
obtenemos
= (

/i)E (5)
Aplicando la ecuacin 1, y la relacin D =

E obtenemos,
D = 4[q(r) (

/i)E], (6)
pero por otro lado
D =

E (7)
Denamos el desplazamiento elctrico generalizado D como el desplazamiento
debido slo a las cargas puntuales explcitas
D = 4q(r) (8)
De la 6 y la 7, tenemos
4q(r) = [

(4

/i)E] (9)
De donde tenemos
D =

E (10)
aqu denimos

(4

/i) como la permitividad dielctrica generalizada

[Bottcher, 1978].
El campo elctrico generado por una carga q() en un medio conductor como
una solucin electroltica, ser
E = T
_
1

_
q()
4r
2
(11)
El rol de

es el de una permitividad efectiva que muestra la dependencia de la

frecuencia an en ausencia de relajacin de la permitividad y la conductividad.
En tal caso (en el que la permitividad y la conductividad son constantes en todo el
dominio de las frecuencias tenemos:

=
0
+ i4
0
/) (12)
IV.4 Simulaciones 52
Vemos que 1/

1/
0
si 0 (caso dielctrico puro). Tender a si 0
y 0 (rgimen conductor). Finalmente si nuevamente ocurrir que
1/

1/
0
rgimen dielctrico an en un medio conductor.
Esta teora, consecuentemente, predice (y los experimentos lo conrman [Grige-
ra, 1976]) que para una carga uctuante o un campo externo uctuante, desaparece-
r el apantallamiento de las interacciones coulombianas, siempre que la frecuencia
sea lo sucientemente alta.
Si el efecto de las cargas uctuantes, es reproducido por oscilaciones espaciales
esto tendra importantes consecuencias para el anlisis de las interacciones elctri-
cas en macromolculas. Las interacciones de las cargas sern ltradas de acuerdo
con las frecuencias de sus movimientos.
Cabe notar que no slo la teora predice este fenmeno sino que tambin se ha
encontrado en el IFLYSIB, evidencia experimental de este efecto [Grigera, 1989].
En la citada referencia aparecen las ecuaciones (11) y (12).
IV.3 Srmtixcroxrs
Se opt por el mtodo de dinmica browniana para evitar el costo computacional
de simular explcitamente el solvente acuoso (se encontrar la descripcin en la
seccin III.9 de la pgina 45).
La interaccin directa inin fue tomada de la utilizada en [Wood, 1987] y
[Turq, 1977] para el NaCl:
U

(r) =
q

r
+
C

12
r
12
, (13)
donde los ndices y corren sobre las especies inicas Na, Cl, q

es la carga inica
es la permitividad del solvente que fue tomada 78,54 y C

12
= (e
2
/12)(r

), con e
la carga electrnica, y r

el radio inico de Pauling de la especie

IV.3.1 Conguracin Inicial de la Simulacin. Se incluyeron 216 iones en una
celda cbica del tamao apropiado para obtener la concentracin requerida. El radio
de corte fue siempre elegido como la mitad de la longitud de un lado de la caja. Para
0.5 mol/l, por ejemplo el lado de la caja fue de 7.05 nm.
IV.3.2 Criterio de Equilibrio. Se utilizaron los dos criterios clsicos: a) la cons-
tancia de la energa potencial, y b) la regularidad de la funcin de distribucin radial
de a pares g

. De acuerdo con estos criterios el equilibrio se alcanza luego de los

40 ps de simulacin.
IV.5 Resultados: Campo elctrico 53
IV.4 C ouroo FORTRAN
Se utiliz bsicamente el paquete de simulacin GROMOS87 [Van Gunsteren, 1987].
En el mismo se realizaron varias modicaciones del programa PROSD.F, agregn-
dole las condiciones de contorno peridicas,
IV.4.1 Clculo del Campo Elctrico. Se desarroll un programa de anlisis del
campo elctrico PROER.F cuyos datos de entrada son bsicamente las trayectorias
de dinmica molecular producidas por PROSD.F y recalcula el campo elctrico.
Para realizar esto se dise un algoritmo basado en la idea del Teorema de Gauss.
1. Se selecciona un in central arbitrario de referencia
2. Se construye una sucesin de esferas concntricas cen-
tradas en el mismo, de radios equiespaciados.
3. Para cada esfera se seleccionaron 200 puntos regularmen-
te distribuidos en la supercie.
4. Para cada punto se calcula el campo elctrico debido a
los iones internos a la esfera.
5. Se promedia sobre los 200 puntos.
6. Se tabula as funcin E
r
(r) que muestra la componente
radial del campo elctrico en funcin de la distancia.
7. Luego de todo esto se promedia sobre todas las congu-
raciones disponibles en la trayectoria.
IV.4.2 Clculo de las Fuerzas. Para las cargas oscilantes espacialmente, se cal-
cularon las fuerzas seleccionando un par de iones. A uno de ellos se le aplic una
restriccin en la posicin y el otro fue lentamente arrastrado hacia afuera. La fuer-
za sobre el par fue obtenida como la suma de todas las contribuciones de los iones
dentro de la esfera centrada en el in jo con un radio igual a la distancia inin.
Las posiciones de los iones fueron controladas mediante un potencial armnico.
IV.5 Rrstirxuos: Cxmro ri rcrarco
La gura 1 muestra el campo elctrico (en adelante nos referiremos as a la compo-
nente radial, la otra desaparece prcticamente en el promedio.) Vemos que el campo
est fuertemente apantallado para r >
D
= 1/
D
donde
D
es la recproca de la lon-
gitud de Debye, para la dada concentracin. Para este caso tenemos un valor terico
de aproximadamente
D
= 0,4nm.
IV.5 Resultados: Campo elctrico 54
E (r)
r
4.0 6.0 8.0 10.0 12.0 14.0 16.0 18.0
-0.20
-0.15
-0.10
-0.05
0.00
0.05
r [A]

D
E ion central
r
E total
r
Figura 1: Cxmro ri rcrarco rx rtxcr ox ur ix ursrxxcrx. Lx irxrx oatrsx mtrsrax ri cxmro
raoutcruo roa tx r ox rx soitcr ox, rx rtriraaro.
D
urxorx ix ioxorrtu ur Dra.r coaarsrox-
urrxrr x ix soitcr ox srmtixux. Lx irxrx rrxx mtrsrax ri vxioa rr oarco uri cxmro ri rcrarco
raoutcruo roa tx r ox xrsixuo rx tx mruro ur
0
= 78,54
IV.5.1 Fluctuacin de Carga. Se reemplaz la carga de uno de los iones en la
solucin por la expresin
q(t) = q
0
cos(t) (14)
donde q
0
es la carga original del in. La frecuencia fue elegida igual a 1/10t,
donde t es el paso temporal de simulacin. Esto equivale a una frecuencia de 314
THz. La frecuencia experimental de Maxwell para una solucion acuosa al 0,5 mol/l
de NaCl es aproximadamente 76 MHz. Esto implica que la simulacin fue llevada
a cabo en el rgimen dielctrico.
La conguracin obtenida para la solucin regular fue utilizada como congu-
racin inicial para las simulaciones con carga uctuante. Se le aplic un golpe
trmico al sistema (una elevacin de temperatura destinada a la decorrelacin del
estado del sistema) y se realiz una corrida de equilibracin de 50 ps que fue luego
descartada. Luego se corrieron las simulaciones de produccin. De estas ltimas
trayectorias se volvi a calcular el campo elctrico. En la gura 2 se ve el campo
elctrico alrededor de un in de carga uctuante. La curva del campo calculado se
acerca a la curva r
2
y el apantallamiento disminuye. Ya no existe la separacin
alrededor del punto r =
D
. Este desapantallamiento que est en acuerdo con la
prediccin terica, es sin embargo un caso articial dado que la carga cambia en
valor y en signo, comportamiento lejano a la realidad.
IV.6 Resultados: Fuerza Elctrica 55
E (r)
r
r [A]
4 6 8 10 12 14 16 18
-0.20
-0.15
-0.10
-0.05
0.00
0.05
E
r
in central
E
r
total
Figura 2: Cxmro ri rcrarco ur txx cxaox oscrixxrr q(t) = q
0
cos(t) (irxrx oatrsx) rx ix
mrsmx soitcr ox tr ix rrotax 1 comrxaxux cox ix cxaox xrsixux (irxrx rrxx).
IV.5.2 Oscilaciones en la Posicin. En la siguiente fase consideramos el caso de
las uctuaciones espaciales, para modelar un caso ms cercano al fsico. Se aplic
una restriccin de la forma
r(t) = r
0
+ r
A
cos(t) (15)
donde la frecuencia fue elegida igual al caso anterior, r
0
es la posicin del in
en la conguracin inicial, y la amplitud del movimiento est dada por el vector
r
A
= (0, 0, 1). El resultado se muestra en la gura 3. Nuevamente el apantallamien-
to desaparece en este caso, obtenindose una situacin similar al caso de la carga
uctuante.
IV.6 Rrstirxuos: Ftrazx Ei rcrarcx
Las caractersticas del campo elctrico obtenidas por simulacin estn de acuerdo
con las predicciones tericas [Maxwell, 1954]. Sin embargo aparecen interrogan-
tes relacionados con las fuerzas. Una carga mvil (o uctuante) perder su nube
inica de carga opuesta (predicha por Debye), eliminando as el efecto de apantalla-
miento (siempre que la frecuencia del movimiento sea mayor que la caracterstica
de Debye). Por otro lado, las otras cargas tambin tendrn su propia nube inica
que conservarn o no de acuerdo con el criterio ya mencionado. Surge entonces
la pregunta acerca de cul ser la interaccin entre una carga mvil muy rpida,
IV.6 Resultados: Fuerza Elctrica 56
E (r)
r
-0.15
-0.10
-0.05
0.00
0.05
E
r
in central
E
r
total
r [A]
4 6 8 10 12 14 16 18
-0.20
Figura 3: Iurm rrotax 2 rxax txx cxaox movr rxuosr cox ix ir. r(t) = r
0
+ r
A
cos(t) cox
ix mrsmx rarctrxcrx.
desapantallada con un in libre que difunde en la solucin. Cuando dos cargas uc-
tan o se mueven rpido, tendrn ambas su propia frecuencia. Esto puede presentar
efectos de resonancia cuando las frecuencias son iguales.
Hemos explorado tres casos:
a) Dos cargas libres.
b) Una carga vibrante y la otra ja.
c) Dos cargas vibrantes a la misma frecuencia.
IV.6.1 Dos cargas libres. Los resultados se ilustran en la gura 4 Aqu vemos
que la fuerza es cero si r < 0,7nm. Esto se debe a que no existen iones a menos de
esa distancia para el clculo de las fuerzas.
IV.6.2 Una carga ja y otra oscilante. En este caso, donde una de las dos car-
gas vibra a una frecuencia superior a la frecuencia de Maxwell, obtenemos el
resultado que se muestra en la gura 5.
IV.6.3 Distancias. Esrturo ur ixs ursrxxcrxs. En este caso, comenzamos de la
misma conguracin hemos corrido en paralelo dos simulaciones.
a) con un in i oscilante y otro j en difusin libre.
b) la otra con los mismos iones i y j, pero ambos en difusin libre. Esta corrida
fue denominada de referencia o ref.
IV.6 Resultados: Fuerza Elctrica 57
5 10 15 20 25 30
-0.03
-0.00
-0.01
-0.02
r [A]
F(r)
Figura 4: Ftrazx ri rcrarcx rxrar uos roxrs rx rtxcr ox ur ix ursrxxcrx. Lx irxrx iirxx
mtrsrax ix rtrazx rxrar roxrs . ix irxrx otroxxux ix coaarsroxurrxrr rtrazx Cotiomarxxx
rtax. A ursrxxcrxs mrxoars tr 0,7 xm xo ntao roxrs rxax cxictixa ix rtrazx.
-0.1
-0.05
0
0 5 10 15 20 25 30
F(r)
r /A
Figura 5: Ftrazx ri rcrarcx rrrcrrvx rxrar uos roxrs rx rtxcr ox ur ix ursrxxcrx rxax txx
soitcr ox 0.5 moi/i, raovrxrrxrr ur ix srmtixcr ox (irxrx iirxx) comrxaxux cox ix ix coaars-
roxurrxrr rtrazx Cotiomarxxx rtax (irxrx rtxrrxux). N orrsr ix urrrarxcrx rx ix rscxix
comrxaxux cox ix rrotax 4
IV.7 Conclusiones 58
-0.4
-0.3
-0.2
-0.1
0
0 100 200 300 400 500
d
i
j
-
d
i
j
r
e
f
/
n
m
t/ps
Figura 6: Drrrarxcrx ur ursrxxcrx r oxr ox rxax tx srsrrmx cox urrtsr ox iraar . txx cxaox
oscrixxrr, vs. tx srsrrmx ur arrrarxcrx. Lxs coxrrotaxcroxrs rxrcrxirs sox ru rxrrcxs.
Extrajimos las posiciones relativas de ambas trayectorias, y calculamos las dis-
tancias d
i j
. Obtuvimos la funcin diferencia de distancias d
i j
d
re f
i j
. No es esperable
que esta funcin sea nula ya que las trayectorias fueron obtenidas en condiciones
diferentes (aunque iguales conguraciones iniciales).
Un resultado tpico de tales experimentos se puede observar en la gura 6. A
medida que pasa el tiempo, se observa que la funcin d
i j
(t) decrece comparada
con d
re f
i j
(t). Esto es compatible con el argumento fundamental de este captulo: El
apantallamiento blinda las interacciones electrostticas, pero el proceso de des-
apantallamiento hace que se recupere la interaccin: en el caso de los dos iones de
cargas opuestas, reaparece una atraccin neta.
IV.6.4 Dos iones a la misma frecuencia. Este caso no present diferencias cua-
litativas con la situacin previa, es decir, que la fuerza entre los iones se comporta
bsicamente como el caso de interaccin coulombiana pura en un medio de permi-
tividad dielctrica dada.
IV.7 Coxcitsroxrs
Las simulaciones realizadas nos dan informacin detallada del campo elctrico
y reproducen datos obtenidos experimentalmente en nuestro laboratorio [Grigera,
1989].
IV.7 Conclusiones 59
Resulta de inters el hecho de que una carga uctuante en magnitud y en signo,
produzca una situacin similar que el caso de la oscilacin en posicin. Esto nos
permitira utilizar una herramienta adicional para el estudio computacional de estos
sistemas.
Hemos visto argumentos favorables a las suposiciones de que este efecto di-
nmico tendra gran importancia en variados tipos de sistemas particularmente en
aquellos en los cuales la cintica depende de las interacciones elctricas. Para gran-
des molculas tales como anticuerpos, enzimas u otras macromolculas activas, po-
dra actuar este ltro de las interacciones de largo alcance de acuerdo con la fre-
cuencia.
CAPTULO V
La Protena Transportadora de Acil
Coenzima A y la Bicapa Lipdica
V.1 Ixraoutccr ox
V.1.1 Descripcin. Las Protenas transportadoras de Acil Coenzima A

(ACBP,
por sus siglas en ingls: Acyl CoA Binding Proteins) constituyen una familia de
protenas de 86 a 103 residuos con secuencias altamente conservadas [van Aalten,
2001] [Faergeman, 1997]. Se conocen ms de 30 secuencias de un amplio rango
de especies y datos genmicos de secuencia, tales como Caenorhabditis elegans.
Estos datos sugieren la existencia de otras protenas que puedan contener dominios
tipo ACBP [Kragelund, 1999]. Los steres de cadena larga de Acil CoA constitu-
yen importantes intermediarios en la sntesis de lpidos y la degradacin de cidos
grasos. Adems de esta funcin de limpieza, se ha acumulado un gran cuerpo de evi-
dencia indicando que los steres de cadena larga de Acil CoA tambin tienen una
funcin importante en la regulacin del metabolismo intermedio y la regulacin
gentica [Faergeman, 1997] [van Aalten, 2002]. En el Trypanosoma Brucei, se ha
observado que el ACBP es un importante componente de la biosntesis del glicosil-
fosfatidilinositol (GPI) [Milne, 2000] donante de miristoilCoA para las reacciones
de remodelado de cidos grasos [Masterson, 1990]. Las ACBPs tpicamente ligan
steres de Acil CoA saturados e insaturados C
14
C
22
con estequeometra 1:1 y un
alto grado de anidad (K
d
= 2 10nM) [Faergeman, 1997]. Los steres de Acil
CoA de cadena larga son molculas anpticas que se pueden encontrar tanto en
solucin como en en las bicapas lipdicas e inhibir un gran nmero de funciones

Taxaxso x sra rxvrxuo x rtaircxa axso ri rrrtio: Eircraosrxrrc Exrao. Lxxuscxrr Srtu. roa xx
Ac.i CoA Brxurxo Paorrrx-Mrmaaxxr Comrirx, x Jotaxxi or Moirctixa Gaxrnrcs xxu Mour-
iirxo.
V.2 Introduccin 61
Figura 1: ACBP. Esratcrtax Tarurmrxsroxxi ur ACBP raovrxrrxrr ur Gi xxutix Hxaur-
arxxx ur Aamxuriio oarrxrux roa Rx.os X [Cosrxari, 2005].
celulares y enzimas a bajas concentraciones [Faergeman, 1997]. La funcin de las
enzimas de Acil CoA de cadena larga como intermediarios en el metabolismo de los
lpidos y como reguladores de las seales en la clula requiere mantener un reser-
vorio de Acil CoA ligado a una protena transportadora para rpida disponibilidad.
La principal molcula que cumple este rol en la clula eucariota es el ACBP [van
Aalten, 2002].
V.1.2 Estructura. Los estudios de NMR han determinado la estructura de ACBP
bovino recombinante (bovACBP) y de ACBP de hgado bovino ligado con Palmitato-
Coenzima A(cdigo acceso pdb: 1ACA), ACBPPlyCoA) [Andersen, 1992] [Kra-
gelund, 1993]. Consiste en cuatro hlices en forma de cuenco (ver gura 1) con
un sitio (donde se liga el PlyCoA) altamente expuesto. El ligando se une por me-
dio de interacciones especcas con residuos en la protena. Interesa notar que esta
unin se verica a travs de un considerable nmero de cargas positivas conserva-
das (fundamentalmente las Lys32 y la Lys54, ver gura 2) que interactan con el
grupo fosfato en la porcin de la adenosina3fosfato. Asimismo es notable que la
cadena Acil est entre las supercies hidrofbicas

del CoA y la protena.

el trmino efecto hidrofbico, acuado por Walter Kauzmann [Kauzmann 1959], se reere al
hecho de la existencia de una repulsin entre molculas no polares, o tipo aceite (hidrocarburos
por ejemplo) y las molculas de agua. Esto promueve la formacin de agregados intermoleculares
en presencia del agua, y favorece energticamente ciertos modos de plegamiento de las protenas.
V.2 Introduccin 62
Figura 2: Cxaoxs rosrrrvxs ur ixs L.s32 . L.s54 tr sr coxsravxx rx ixs srctrxcrxs rao-
rrrcxs [vxx Axirrx, 2001]
V.2 Porqu el ACBP? 63
Figura 3: Roi uri ACBP rx ix roamxcr ox uri arrosrroaro ur rsrrars ur AcriCox [Fxraor-
mxx, 1997].
V.2 Poat r ri ACBP?
Se ha acumulado considerable evidencia que muestra que, adems del componente
difusional, el intestino, el corazn, el tejido adiposo y el hgado expresan un sistema
de transporte especco y saturable para los cidos grasos de Cadena larga (LCFAs,
por sus siglas en ingls), de entre los cuales, el ACBP juega un rol preponderante
especcamente en el caso del Palmitato Coenzima A (ver seccin VI.1.2).
Construir y validar los modelos moleculares de los portadores de los cidos
grasos es de suma importancia: estos modelos pueden ayudarnos a entender los
mecanismos de recepcin de los LCFAs. Tanto la recepcin celular aumentada o
disminuida ms all de ciertos umbrales han resultado estar relacionadas con en-
fermedades tales como la diabetes tipo II [Hjelte, 1990] o sindromes de hepatitis
fulminantes [Odaib, 1998] [Stahl, 2002].
V.2.1 Objetivos. A la fecha, slo se ha determinado la estructura de dos dife-
rentes ACBPs, junto con la posicin de sus Sitios Activos [van Aalten, 2001]. No
obstante, no se han entendido completamente las funciones siolgicas ni los me-
canismos de accin del ACBP. Estudios in vitro indican que la ACBP afecta las
actividades de las protenas tanto en estado soluble, como aquellas que estn unidas
a membranas. Ms an, muchas observaciones establecen claramente que la ACBP
V.3 Procedimiento 64
interacta con las membranas, sin develar an el mecanismo de interaccin [Chao,
2002].
El trabajo presentado en el presente captulo intenta estudiar el modo en que la
protena ACBP se une con la membrana lipdica, cules son los residuos involucra-
dos en la interaccin, cul el rol de la interaccin electrosttica, tanto cualitativa-
mente como cuantitativamente.
Se pospone para el captulo VI el estudio de la interaccin del ACBP con su
ligando, el PalmitoilCoenzima A.
Se hizo uso de la experiencia de nuestro grupo en la realizacin de este tipo de
clculos para estudiar sistemas biomacromoleculares [Costabel, 1998] [Costabel,
2001].
V.3 Paocrurmrrxro
V.3.1 Coordenadas Atmicas. Utilizamos el mtodo descripto en el Captulo
II. Las coordenadas atmicas de la protena ACBP fueron obtenidas mediante la
cristalografa de Rayos X realizada en colaboracin entre grupos de investigadores
argentinos [Costabel, 2005]. Los modelos de Membranas biolgicas provienen de
simulaciones de Dinmica Molecular en equilibrio. En dichos modelos constan los
tipos de tomos, las posiciones y las cajas que las contienen. Las tomamos de dos
fuentes:
0 %PS: una membrana neutra (carga elctrica Q
0
= 0): Dipalmitoilfosfatidilcolina
(DPPC) obtenida en el grupo de Tieleman [Tieleman, 1996].
100 %PS: una membrana aninica: Dipalmitoilfosfatidilserina (DPPS) diseada
en el laboratorio de Berkowitz [Pandit, 2002]. Su carga elctrica total es
Q
100
= 128e (donde e es la carga del electrn). Se procedi a alterar esta
ltima membrana anulando parcialmente la carga. Con este proceso modela-
mos tres casos de membranas mixtas:
50 %PS: Una bicapa 1:1 PC/PS, carga Q
50
= 64e
33 %PS: una 2:1 PC/PS, Q
33
= 42e, y por ltimo
25 %PS: una 3:1 PC/PS, Q
25
= 32e.
Esto fue realizado con el objeto de representar el efecto de variacin de carga en
nuestro sistema.
V.3 Procedimiento 65
V.3.2 Parmetros. Se le asign un radio y una carga parcial a cada tomo en
su centro geomtrico mediante la aplicacin web pdb2pqr [Dolinsky, 2004]. Esta
convierte archivos estndar PDB[Berman, 2000] al formato PQR(los archivos PQR
son idnticos a los PDB salvo que los campos occupancy y B-factor han sido
reemplazados por los datos de carga y radio atmicos). Asimismo, el programa
implementa un algoritmo para 1) resolver conictos estricos y 2) optimizar la red
de puentes de hidrgeno que circunda la protena [Nielsen, 1999] [Hooft, 1996]. Se
le asign el conjunto de cargas PARSE [Sitko, 1994].
Se coloc el conjunto de tomos del sistema ACBPmembrana en un reticula-
do tridimensional de mayores dimensiones, de tal modo que cualquier tomo del
sistema est a una distancia mayor que 1,3
D
de la frontera del reticulado, donde

D
= 10 es la longitud de Debye a concentracin siolgica de sal (150 mM).
Se tuvo cuidado en no desplazar la posicin del sistema en los clculos. Esto
hace que se cancelen exactamente los trminos de autoenerga electrosttica que
aparecen necesariamente al distribuir una carga puntual en 8 vrtices discretos de
un reticulado (ver seccin II.5.2).
Se utilizaron condiciones de frontera de DebyeHckel. Esto es, en la frontera
del reticulado se impone el valor del potencial previsto por el modelo de Debye
Hckel para una nica esfera con una carga puntual. El radio de la esfera se iguala
al radio promedio de la biomolcula, y la carga se toma igual a la carga total del
sistema.
Se represent la presencia de iones Na+ y Cl- a 150 mM, mediante la inclusin
de dos especies inicas de carga +1 y -1.
Este trabajo se realiz mediante el paquete APBS [Baker, 2001] que implementa
el algoritmo PMG[Holst, 1993] [Holst, 1995] para resolver la Ecuacin de Poisson
Boltzmann (12) (ver pg. 27).
V.3.3 Diferencia de Energa Libre Electrosttica. Como fue descripto en la sec-
cin II.5 el potencial electrosttico, solucin de la Ecuacin de PoissonBoltzmann
se puede utilizar para determinar la Energa Electrosttica Total de un sistema. De-
nimos la Energa Libre Electrosttica de Interaccin dE como la diferencia entre la
Energa del sistema cuando la membrana y la protena estn cerca con respecto a la
situacin en la cual estn a distancia innita una de otra. Por lo tanto, para hallarla
se deben realizar tres clculos:
1. Energa E(pm) de la protena y la membrana, ambas dentro del reticulado
2. Energa E(p) de la protena aislada, en la misma posicin que antes.
3. Energa E(m) de la membrana, idem.
V.3 Procedimiento 66
r

Figura 4: Vxarxairs arirvxxrrs tr cxaxcrrarzxx ix rosrcr ox arixrrvx raorrrxxmrmaaxxx

Por lo tanto,
dE = E(pm) E(p) E(m) (1)
Esta Energa obviamente cambia con la posicin relativa del ACBP y la Membrana.
Por lo tanto
dE = dE(x, y, r, , , ) (2)
donde r es la distancia mnima ACBPMembrana (medida entre supercies de Van
der Waals), , , son los Angulos de Euler que utilizamos para describir cualquier
rotacin de la protena respecto de una posicin inicial. Veamos esto en la gura
4. Suponemos que la conguracin preferida por el sistema se hallar cuando dE
tenga un mnimo. Esto implica descartar toda otra contribucin a la Energa de
Ligadura.
V.3.4 Muestreo del Paisaje de Energa Libre Electrosttica. Para determinar
el mnimo global de energa, desarrollamos un programa denominado ESUP.f en
estndar ansi fortran 77. Este automatiza la generacin de los archivos PQR conte-
niendo conguraciones del sistema membranaprotena que muestrean a intervalos
regulares las cuatro variables de inters. Estos archivos son los datos de entrada para
el programa APBS [Baker, 2001].
V.4 Resultados 67
Este proceso combinado se complet mediante la elaboracin de programas rea-
lizados en lenguaje de script de la BASH

y en el lenguaje de script del programa

Gnuplot [Williams, 2004] que en su conjunto controlan el proceso computacional.
V.4 Rrstirxuos
Mediante el mtodo ya descripto buscamos caracterizar las interacciones no espe-
ccas para la asociacin ACBPmembrana.
V.4.1 Exploracin inicial de dE. Para determinar si la ACBP tiene una posicin
preferencial relativa en su interaccin con una membrana biolgica, se analiz un
espectro extenso de posiciones, con el mtodo ESUP+APBS (descrito en la seccin
V.3.4). Para valores de distancia jos se estudi la cantidad dE en funcin de los
ngulos de Euler.
Para todas las curvas analizadas se encontr que la variacin en x, y y , no
correspondan a regiones relevantes del dominio de la funcin dE de modo tal que
aproximadamente
dE(x, y, r, , , ) dE(r, , ) (3)
Para r jo, obtenemos una funcin de dos variables. Los ngulos se muestrearon a
intervalos de 45

. A n de representarla del modo ms sencillo decidimos llevar los

dos ngulos sobre un mismo eje horizontal (del mismo modo que una matriz bidi-
mensional puede escribirse ordenadamente como un vector). En la gura 5 vemos
una curva tpica.
Encontramos que para diferentes distancias se hallaba un mnimo de dE en la
regin central de dicho grco ( 180).
V.4.2 Variacin de la Carga de la Membrana. Estudiamos diferentes tipos de
membrana mediante los modelos descriptos en la seccin V.3.1.
Para la posicin del mnimo de la seccin anterior obtuvimos la curva que mues-
tra cmo vara la Energa de Interaccin dE con el porcentaje molar de PS en un
sistema a 0.1M NaCl. (ver gura 6). Encontramos que la interaccin es ms efectiva
con las membranas aninicas.
Es interesante ver que sta ajusta con una funcin cuadrtica simple dE =
dE(100 %PS ).x
2
donde x es la fraccin PS:PC (0.25, 0.33, 0.50, 1.00). Esto equi-
vale, por ejemplo, a que la asociacin ACBPmembrana es 1.7 veces ms intensa
en el caso 33 %PS, que en el caso 25 %PS.

una excelente shell del sistema operativo Linux

V.4 Resultados 68
-55
-50
-45
-40
-35
-30
-25
3
1
5
2
7
0
2
2
5
1
8
0
1
3
5
0
9
0
0
4
5
0
0
0
d
E

/
k
J
.
m
o
l
-
1
, Angulos de Euler /grados
0
4
5
0
9
0
1
3
5
0
0
0
0
4
5
0
9
0
1
3
5
0
0
0
0
4
5
0
9
0
1
3
5
0
0
0
0
4
5
0
9
0
1
3
5
0
0
0
0
4
5
0
9
0
1
3
5
0
0
0
0
4
5
0
9
0
1
3
5
0
0
0
0
4
5
0
9
0
1
3
5
0
0
0
0
4
5
0
9
0

Figura 5: Vxarxcr ox ur dE cox ios xxotios ur Etira.

-400
-350
-300
-250
-200
-150
-100
-50
0
20 30 40 50 60 70 80 90 100
d
E
n
e
r
g
i
a

/
J
.
m
o
l
-
1
% de PS en la membrana
dE calculado
dE = dE
o
(x/100)
2
Figura 6: Vxarxcr ox ur dE cox ri roacrxrxsr ur rosrxrrurisrarxx (PS) rx ix mrmaaxxx.
Astsrr Ctxua xrrco.
V.5 Resultados 69
-51
-50
-49
-48
-47
-46
-45
-44
-43
0 1 2 3 4 5 6 7
d
E
(
r
)
/
k
J
.
m
o
l
-
1
Distancia r/A
dE(r)
Figura 7: Vxarxcr ox ur dE cox r, rxax ri mrxrmo nxiixuo rxax ix coxrrotaxcr ox ur xxotios
ur Etira (, , )=(315,135,135)
V.4.3 Variacin con la distancia. Con los datos precedentes y para la congura-
cin angular de mnimo, calculamos el valor de dE en funcin de la distancia medi-
da entre supercies de van der Waals del ACBP y de la membrana. El resultado en
conjunto muestra que las interacciones son lo sucientemente fuertes para inducir
una preferencia del ACBP hacia membranas intracelulares (PS:PC 1:3 = 33 %PS)
que contienen fosfolpidos cidos, con un mnimo denido en r. En la gura 7 se
muestra el citado caso de asociacin con la PS:PC 1:3 aninica. La interaccin ex-
perimenta una posicin preferencial para r = 3.
Estos resultados en conjunto sugieren que las interacciones electrostticas jue-
gan un rol signicativo en la asociacin preferencial del ACBP con membranas de
carga global negativa.
Al inspeccionar la conguracin de mnima dE encontramos que los residuos
hidrofbicos en las porciones entre las hlices 2 y 3 interactan directamente con
la membrana (ver gura 8).
V.5 Rol de los residuos Bsicos en la Orientacin del complejo ACBPBicapa 70
Figura 8: Mrxrmo uri Srsrrmx ACBP-mrmaaxxx, cxictixuo roa ESUP.r+APBS
V.5 Roi ur ios arsrutos B xsrcos rx ix Oarrxrxcr ox uri comrirso
ACBPBrcxrx
Como ya fue descripto en la seccin V.1.2, la forma global de la protena revela una
estructura tipo cuenco que contiene una regin hidrofbica de ligadura en el fondo
del cuenco, y una regin hidroflica en el borde del mismo. No obstante que las
cuatro hlices estn involucradas en la unin con el ligando slo las hlices 1,
2 y 4 son importantes para la estabilidad global de la protena [Chao, 2002].
Se inspeccionaron las posiciones preferenciales para cada distancia (ver seccin
V.4.3), de modo visual mediante los programas RASMOL [Sayle, 1998] y VMD
[Humphrey, 1996].
Se encontr que los residuos Lys18 y Lys50 podran jugar un rol crtico a la hora
de determinar la energa de interaccin. Este efecto favorecera la posicin estrat-
gica de los residuos Met46 y Leu47 (ver propiedades de los veinte aminocidos
naturales en la pgina 122 del Apndice). que, dada la evidencia, proponemos que
se hunden en la membrana para estabilizar el complejo.
Los clculos previos soportan las siguientes conclusiones:
V.7 Rol de los residuos hidrofbicos en la Interaccin ACBPBicapa 71
1. La energa electrosttica promueve la unin entre el ACBP y la Membrana
#
.
2. No todas las orientaciones del ACBP estn permitidas energticamente.
3. Las posiciones permitidas adoptadas por el ACBP, son tales que los residuos
hidrofbicos, es decir, aquellos que estn en la porcin entre la hlice 2 y 3
apuntan a la membrana, en la aproximacin a la unin.
V.6 Roi ur ios arsrutos nruaor oarcos rx ix Ixrraxccr ox ACBP
Brcxrx
Es sabido que los residuos hidrofbicos pueden jugar un rol destacado en la inter-
accin protenaprotena o protenamembrana.
Basados en nuestros datos, proponemos que las interacciones hidrofbicas estn
intermediadas por los residuos expuestos en la porcin interactuante ya descripta
del ACBP, particularmente Metionina 46 y Leucina 47, los cuales son, asimis-
mo, esenciales para la unin fuerte con los fosfolpidos. De este modo la anidad
del ACBP por las membranas biolgicas estara determinada no slo por las in-
teracciones electrostticas como fue supuesto inicialmente, sino que tambin por
interacciones hidrofbicas.
En su conjunto, los resultados indican que la unin ACBPfosfolpido, no obs-
tante ser disparada o iniciada por un mecanismo de llave electrosttica, es estabili-
zada por un mecanismo hidrofbico. Este tipo de mecanismos combinados fueron
propuestos en la literatura para algunos otros sistemas biolgicos en trabajos de mo-
delado computacional [Diraviyam, 2003], y en estudios experimentales como el de
la insercin en membrana de dominio T de la toxina de la difteria via Fluorescencia
y CD [Chenal, 2002].
V.6.1 El sitio Activo. Hemos encontrado que el sitio activo de la protena, per-
manece abierto al solvente mientras se est uniendo con la membrana. Esto sugiere
que el ACBP podra utilizar esta geometra particular para favorecer la unin con
el ligando (que est contenido en la membrana), an encontrndose unido electro
hidrofbicamente a la bicapa lipdica.
Proponemos as que la interaccin electrosttica orientante del ACBP podra
dar cuenta de la alta eciencia que posee para unirse con el ligando PalmitoilCoA.
#
Este tipo de resultado permite conjeturar la existencia de puentes de hidrgeno que estabilicen la
unin. Sin embargo se requiere una tcnica con completo detalle atmico para poder evaluar esto ya
que, por ejemplo, este modelo no considera la presencia de agua explcita.
V.7 Discusin 72
V.7 Drsctsr ox
No obstante que muchas clulas de mamferos contienen al menos tres familias de
protenas solubles intracelulares que ligan LCFACoAs (ver la seccin VI.1.1) slo
la ACBP se une especcamente con los LCFACoAs [Faergeman, 1997].
La bicapa lipdica es una componente estructural esencial a nivel celular. Para
los estudios biofsicos, se utilizan membranas soportadas o libres como un modelo
controlado de una membrana in vivo. Una clase importante de fenmenos la cons-
tituye la interaccin de membranas con surfactantes
j
presentes en fase acuosa. Los
tiosteres de cadena larga de Acil CoA grasos (LCFACoA) representan una clase
bioqumicamente importante de surfactante.
Los LCFACoA son derivados activados de los cidos grasos que sirven como
intermediarios en el metabolismo y la biosntesis de los lpidos. Son molculas an-
flicas con un cido graso de cadena larga de carcter hidrofbico, y una cabeza
constituida por una Coenzima A, hidrofbica.
Estudiamos el posible mecanismo estructural para el reconocimiento y la unin
del ACBP a un Acil-CoA inserto en la membrana biolgica.
El trabajo expuesto en este captulo se basa en la resolucin cristalogrca de la
estructura del HgACBP (ACBP proveniente de Glndula Harderiana de Armadillo)
realizada en nuestro pas por Costabel y colaboradores [Costabel, 2005] que mues-
tra que la estructura de HgACBP es muy similar a la bovACBP, atendiendo a su
estructura tridimensional. Por otro lado, sus patrones electrostticos resultan muy
diferentes [Vallejo, 2003].
Asimismo, hemos mostrado que la asociacin ACBPmembrana est mediati-
zada, al menos en parte, por interacciones electrostticas. El mtodo FPDB nos per-
mite calcular las interacciones protenafosfolpido basados en un modelo continuo
con detalle atmico. Las fuerzas electrostticas pueden traducir estas interacciones
no especcas en trminos cuantitativos, mensurables y as proveer un mtodo efec-
tivo para evaluar su importancia dentro del cuadro general de una interaccin entre
protena y membrana.
No se pretende aqu describir toda la complejidad de una unin entre una prote-
na y una membrana reales. El modelo FPDB no incluye trminos energticos tales
j
Los surfactantes o tensoactivos son sustancias que inuyen por medio de la tensin supercial en
la supercie de contacto entre dos fases, (p.ej. dos lquidos insolubles uno en otro), debido a su
estructura atmica. Son molculas anflicas. Al contacto con el agua las molculas individuales
se orientan de tal modo que la parte hidrofbica sobresale del nivel del agua encarndose al aire
o bien se juntan con las partes hidrfugas de otras molculas formando burbujas en que las partes
hidrfugas quedan en el centro, y los restos solubles en agua quedan entonces en la periferia disueltos
en el agua. Estas estructuras se denominan micelas [Wikipedia, 2005a].
V.7 Discusin 73
como la Energa de desolvatacin de la supercie de unin de protena y membrana.
Sin embargo existe una vasta experiencia en el mbito acadmico en el sentido de
que la electrosttica del continuo puede realizar predicciones de inters en el nivel
molecular [Honig, 1986].
Este modelo predice una orientacin como la ms favorable para el complejo
ACBPmembrana. Es de inters notar que esto ocurre para una membrana neutra
tanto como para una aninica, resultando un efecto magnicado en este ltimo caso.
Basados en los clculos hemos propuesto mecanismos por los cuales las inter-
acciones electrostticas contribuyen a la asociacin. El procedimiento de minimizar
la diferencia de Energa nos permite predecir modelos plausibles para los estados
del Complejo. Estos clculos muestran que en los tipos de membranas considerados
aqu, para la posicin ms favorable, este proceso de unin se lleva a cabo, expo-
niendo los residuos Met46 y Leu47 y apuntndolos a la supercie de la membrana.
Nuestra evidencia computacional nos permite predecir que la interaccin ACBP
membrana guarda un notable paralelismo con la que se da entre la Protena trans-
portadora de cidos grasos (FABP) de hgado.
Dado nuestro desconocimiento experimental para decidir (si existiese) cul se-
ra la posicin preferencial de aproximacin del ACBP a la membrana, encontramos
interesante que las interacciones electrostticas permitan predecir dicha congura-
cin.
La unin entre protenas y pptidos a interfaces aninicas de membranas es un
rea de considerable inters. Esta puede involucrar cambios conformacionales en
relacin estrecha con el proceso de insercin en la membrana.
Es de sumo inters, asimismo, poner este tipo de tcnica de relativamente poco
costo computacional entre las herramientas de uso corriente de los experimenta-
listas en este rea. Esto puede conducir a un diseo eciente de los experimentos
relevantes.
CAPTULO VI
La Protena Transportadora de Acil
CoA y el PalmitatoCoA
VI.1 Ixraoutccr ox
Figura 1: Rtrx mrrxa oircx ur ios Acruos
Gaxsos ur cxurxx ixaox [Srxni, 2002].
VI.1.1 La ruta de los cidos grasos. Los cidos gra-
sos de cadena larga (LCFAs por sus siglas en ingls)
no son slo importantes metabolitos sino que contribu-
yen a un sinnmero de funciones celulares que incluyen
la activacin de las isoformas de la protena kinasa C
(PKC en ingls) y los factores de transcripcin nuclear
tales como los receptores activados por el proliferador
de la peroxisoma (PPAPs, por sus siglas en ingls) Para
cumplir estas funciones los LCFA tienen que atravesar
primero la membrana plasmtica, un proceso que puede
ocurrir via difusin simple o ser mediado por protenas

.
El mecanismo se ilustra en la gura 1. Los Acidos
grasos pueden unirse directamente a los FATP (protenas
portadoras de Acidos Grasos) y ser transportadas direc-
tamente dentro de la clulas. Alternativamente los LCFA
pueden unirse primero al CD36 (Translocasa de Acidos
Grasos) que los orienta hacia los dmeros FATP. Los LC-
FA intracelulares se unen por medio de una unin ster
con la CoA por medio de la Acil CoA Sintetasa de cade-
na larga (sigla en ingls: LACS), previniendo su prdida, mientras que las FABPs y

Taxaxso x sra rxvrxuo x rtaircxa axso ri rrrtio: Moirctixa D.xxmrcs Srtu. or rnr rxrraxcrrox
arrwrrx Ac.i CoA Brxurxo Paorrrx xxu Pximrro.iCorxz.mr A.
VI.1 Introduccin 75
Figura 2: Esratcrtax ur Pximrrxro, roamx roxrzxux uri xcruo Pximrrrco [Loursn, 2003].
ACBPs actan como un buer en el citoplasma para contener los LCFAs incorpo-
rados.
Se ha acumulado considerable evidencia que muestra que, adems del compo-
nente difusional, el intestino, el corazn, el tejido adiposo y el hgado expresan un
sistema de transporte especco y saturable para los LCFAs.
VI.1.2 El cido palmtico. Se trata de uno de los cidos grasos saturados ms
comunes tanto en el reino animal como en el vegetal. Es un slido blanco que funde
a 63.1

C. Su frmula qumica es CH
3
(CH
2
)
14
COOH. Tambin se lo suele llamar
cido hexadecanoico. En la gura 2 vemos su estructura. Es el primer cido graso
producido durante la lipognesis y del mismo se derivan cidos de cadenas ms
largas

[Wikipedia, 2005b].
VI.1.3 Coenzima A. La Coenzima A (CoA, CoASH, o HSCoA) es un derivado
de la mercaptoetilamina, pantotenato y adenosn-trifosfato. Desempea un rol
importante en el metabolismo de la oxidacin de los cidos grasos y el ciclo del
cido ctrico. Su funcin principal es el transporte de grupos Acilo tales como el
Acil o los tiosteres. Se denomina AcilCoA a una molcula de Coenzima A que
lleva unido un grupo Acil. A menudo se la denomina CoASH or HSCoA a causa
de estar unida a un grupo SH (suldrilo) cuando no est en unin con un Acilo
[Wikipedia, 2005b].
El AcilCoA es una molcula de gran importancia en s misma. Es el precursor
del HMGCoA, componente vital en la sntesis del Colesterol y la sntesis de Ce-
tonas. Asimismo contribuye el grupo acetilo a la acetilcolina: la adicin del grupo
acetilo a la colina, una reaccin catalizada por la Colina acetiltransferasa. Su tarea

Este cido tiene historia: sus derivados se utilizaron durante la Segunda Guerra Mundial para pro-
ducir napalm
VI.2 Estructura de Resonancia Magntica Nuclear 76
principal es el transporte de los tomos de carbono dentro del grupo acetil al ciclo
del cido ctrico para ser oxidados en orden a la produccin de energa.
La Coenzima A desempea un rol central en el balance entre el metabolismo de
los carbohidratos y el de los lpidos. El primero necesita la presencia de CoA para
que el ciclo del Acido Ctrico contine, y el segundo necesita una gran cantidad de
CoA para romper las cadenas de cidos grasos durante la oxidacin . Esta oxida-
cin slo puede tener lugar en la mitocondria. Para entrar en ella se requiere que los
cidos grasos estn activados, es decir que tengan una CoA unida.
Los lpidos slo pueden proveer energa mediante la ruptura de sus enlaces, en
unidades de menor tamao, y nuestras clulas tiene slo un modo de hacer esto:
romper los lpidos en una inmensa multitud de molculas de AcilCoA, cada una
de las cuales necesita su propia molcula de CoA.
Por otro lado el CoA slo puede provenir de ciertos procesos: el metabolismo
de los carbohidratos obtiene el CoA de su propio ciclo del Acido Ctrico donde
es constantemente reciclado. Sin embargo, durante el metabolismo de los lpidos,
dado que el ciclo del Acido Ctrico est detenido (como ocurre por ejemplo durante
los perodos de hambre), todo el CoA est atrapado en ese grupo de molculas de
AcilCoA. La nica manera de liberar suciente CoA es combinar molculas de
AcilCoA de a pares, creando cetonas y liberando un CoA. Esta es la razn por la
cual los compuestos cetnicos se producen en perodos de hambre o en dietas bajas
en carbohidratos.
VI.1.4 El ACBP. La ACBP (ver introduccin en el captulo V) liga preferente-
mente steres de AcilCoA de cadena media y larga con una muy alta anidad, en
particular, con preferencia por los steres C
16
C
22
de Acil CoA. Por otro lado, el
ACBP muestra baja anidad por los cidos grasos, las Acilcarnitinas, el coleste-
rol y los nucletidos. Mediante microcalorimetra isotrmica se determinaron los
valores de Kd para la unin Acido Palmtico-CoA con ACBPs bovinas y de levadu-
ras. 0,6x10
10
M y 0,5x10
10
M por titulacin microcalorimtrica directa e indirec-
ta [Rasmussen, 1994] [Knudsen, 1994]. Existe un importante cuerpo de evidencia
acerca de la capacidad de la ACBP para unir con alta anidad estos steres, y por
lo tanto desempear el rol de su portador intracelular de tal modo de mantenerlos
disponibles para su liberacin rpida en caso de ser necesario [Faergeman, 1997].
VI.2 Esratcrtax ur Rrsoxxxcrx Mxox rrrcx Ntcirxa
En 2003, Lerche y colaboradores [Lerche, 2003] publicaron una estructura rena-
da del complejo ACBPAcido palmiticoCoenzima A (frmula C
21
H
36
N
7
O
16
P
3
S,
sigla ACBPPlyCoA), obtenida mediante Resonancia Magntica Nuclar (RMN),
VI.2 Estructura de Resonancia Magntica Nuclear 77
Figura 3: Ei PximrrxroCoExzrmx A, cox ix xomrxcixrtax xr omrcx.
VI.3 Simulaciones 78
disponible bajo el cdigo 1xvi en el Protein Data Bank [Berman, 2000]. Este archi-
vo contiene 20 diferentes estructuras compatibles con los datos de RMN. Es notable
la similitud que presentan todas las estructuras de la protena. En la gura 3 vemos
una estructura del palmitato estericado con Coenzima A, extractada de los mismos
datos de RMN.
VI.2.1 Valor de las estructuras de RMN. Los resultados de RMN proveen in-
formacin sobre distancias interatmicas para una molcula en solucin. A partir
de dicha informacin se puede inferir (mediante algoritmos computacionales apro-
piados) la estructura tridimensional de la macromolcula compatible con las res-
tricciones experimentales (y tambin con ciertos criterios de calidad de estructuras
proteicas). La solucin de este problema en general no es nica. Por lo tanto tendre-
mos un conjunto de estructuras que suelen interpretarse como representativas de la
molcula.
Al provenir los datos de RMN de una solucin dinmicamente viva del siste-
ma de inters resultan un dato crucial a la hora de contrastar la bondad de un mode-
lo. Analizaremos por tanto los resultados de la simulacin por Dinmica Molecular
comparndolos con estos datos experimentales. Veamos un grco plano donde se
representa la estructura nmero 20 de RMN, donde se destacan las interacciones
ligando-protena, en la gura 4 y en la gura 5 vemos un diagrama de estructura
secundaria donde en puntos grises guran las interacciones con el ligando. En la
gura 6 vemos una imagen tridimensional.
VI.3 Srmtixcroxrs
VI.3.1 Muestra en Equilibrio de ACBP. Se parti de la estructura cristalogrca
obtenida por Costabel y colaboradores [Costabel, 2005]. De ella se seleccion un
monmero (86 residuos). Se seleccion el campo de fuerzas Gaomos96 43x1 [Van
Gunsteren, 1996]. Se conserv la protonacin idntica a la realizada por el ser-
ver de PDB2PQR, en particular, la Histidina 30, se proton el Nitrgeno 1. La
carga total del ACBP es nula. Se realizaron 19 pasos de minimizacin en energa
en vaco con cuto simple, donde la Energa potencial descendi de 5,4x10
3
a
8,03x10
3
kJ/mol. Se coloc la protena en una caja rectangular de dimensiones
4.958x5.426x5.190 nm. Se hidrat la estructura en esa caja con 4184 molculas de
agua SPC [Berendsen, 1981]. No se agregaron contraiones. Se minimiz nuevamen-
te en energa (ahora con agua) donde ahora la energa potencial baj de 1,2x10
5
a 2,4x10
5
. Se cambi el modelo de agua SPC al SPC/E [Berendsen, 1987]. No se
realiz Dinmica con restriccin de posiciones. Finalmente, se realizo una corrida
de 400 ps reasignando velocidades al inicio. La estructura nal se deposit en el
VI.3 Simulaciones 79
Figura 4: Dxros ur RMN: Ixrraxccr ox rxrar ri Pximrrxro-CoExzrmx A . ix ACBP. Grxr-
axuo mrurxxrr PDBstm [Lxskowskr, 2005] . Lrorior [Wxiixcr, 1995]
.
VI.3 Simulaciones 80
1nvl
H1

H2

H3
SQAE FDKAAEEVKHLKTKPADEEML F I YSHYKQATVGD I NTERPGMLDFKGKAKWDAWNE
5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60

H4
LKGT SKEDAMKAY I DKVEELKKKYG I
65 70 75 80 85
Residue interactions:- with ligand
Interaccin del residuo con el ligando
Figura 5: Dxros ur RMN: Esratcrtax Srctxuxarx. Los rtxros soaar ios c ouroos ur txx
irrax ur ios Amrxo xcruos arrarsrxrxx ix rxrraxccr ox ur urcno arsruto cox ri iroxxuo Pi.
CoA [Lxskowskr, 2005].
Figura 6: Dxros ur RMN: Esratcrtax rarurmrxsroxxi uri mourio xao 20 uri comrirso
ACBPrximrrxro-CoExzrmx A [Lracnr, 2003] (orxraxuo mrurxxrr PDBstm [Lxskowskr,
2005], MoiScarrr [Kaxtirs, 1991] . Rxsrra3D [Mraarr, 1997]).
VI.3 Simulaciones 81
archivo mu_xcar1M_2.oao.
VI.3.2 Muestra en Equilibrio de PlyCoA. Se parti de la estructura del Palmitato-
Coenzima A de datos de RMN depositaods en el pdb bajo el cdigo 1xvi [Lerche,
2003] del protein data bank [Berman, 2000]. Del mismo se obtuvo el archivo ri.-
cox.rua, por edicin manual. Se seleccion el primer modelo. Para construir la to-
pologa se procedi a estudiar el campo de fuerzas buscando estructuras similares.
En una modicacin del campo rrG43x1 original [Van Gunsteren, 1996], que con-
dujo al rrG43x2x

, se identic una estructura tipo lpido que contena cadenas

hidrocarbonadas semejantes a las del palmitato. Se realiz el modelo de bloques de
la gura 7. Este trabajo se hizo manualmente, por comparacin visual con estruc-
turas pertenecientes al campo de fuerza elegido. As se asignaron cargas parciales,
parmetros de enlaces, ngulos, diedros propios e impropios. Esto garantiza la com-
patibilidad del modelo de ligando con los parmetros estndar del resto del sistema
(la protena).
Se gener un archivo de coordenadas iniciales ri.cox.oao, para los tomos del
ligando, extractados manualmente de los datos de RMN. Se realizaron 15 pasos de
minimizacin en energa en vaco. Se gener una caja de dimensiones 2.92 x 2.96 x
3.08 nm. Se la solvat, adicionando en el espacio vaco en la caja, 843 molculas de
agua SPC[Berendsen, 1981]. Debido a la carga negativa de la CoA, se reemplazaron
cuatro molculas de agua por contraiones Na+ para lograr electroneutralidad. Se
volvi a minimizar mediante 2000 pasos, el sistema combinado de plyCoA, agua
y contraiones. Se cambi el agua al modelo SPC/E [Berendsen, 1987]. Se realiz
una corrida de Dinmica de este sistema, durante 1.25 ns. La estructura nal se
almacen en el archivo mu_ri.cox_3.oao.
VI.3.3 DM de ACBP+PlyCoA. Una vez generadas las muestras en equilibrio de
ACBP, y de PlyCoA, se procedi a ensamblar el sistema combinado. Se utiliz
para ello la herramienta grca VMD [Humphrey, 1996].
Se cargaron en ella los archivos mu_xcar1M_2.oao y mu_ri.cox_3.oao. Se pro-
cedi a transladar y rotar convenientemente la molcula de PlyCoa. Luego se sal-
varon los archivos iniciales en un archivo de formato PDB, apto para iniciar la
simulacin (ver gura 8). La distancia PlyCoaACBP es de 1.0 nm, medida de
tomo a tomo ms cercano.
Se coloc el ligando en el lugar que el mismo ocupara en la membrana, de
acuerdo con los resultados del Captulo V (ver gura 8).
La topologa fue simplemente concatenada entre las topologas que describen el
ACBP en agua, y al plycoa+agua+Na+ manualmente con algn cuidado. Se le retir

ver http://www.gromacs.org/topologies/force_elds.php
VI.3 Simulaciones 82
Figura 7: Mouo ur rixaoaxcr ox uri mourio ur PximrroriCorxzrmx A: sr xsrmri o ri coxrr-
xruo ur cxux aiotr x txx rsratcrtax rxrsrrxrr urxrao uri cxmro ur rtrazxs Gaomos43x1.
VI.3 Simulaciones 83
Figura 8: Esratcrtax rxrcrxi ur ix ACBPPi.CoANx+ rxax ix rsrctcr ox ur DM. Lx
ACBP raovrrxr ur ix rsratcrtax carsrxiooa xrrcx ur ix raorrrxx rx ix Gi xxutix nxa-
urarxxx ur xamxuriio [Cosrxari, 2005], mrrxraxs tr ri Pi.CoA raovrrxr ur uxros ur
RMN [Lracnr, 2003].
VI.4 Validacin del Modelo y Resultados 84
-3.7
-3.6
-3.5
-3.4
-3.3
-3.2
-3.1
-3
15 20 25 30 35 40 45
E
n
e
r
g
i
a

P
o
t
e
n
c
i
a
l

x

1
0
5

k
J
/
m
o
l
t/ns
E Pot. ACBP-PlyCoA
Figura 9: Exraorx Porrxcrxi como carrraro ur rtriraaro rx rtxcr ox uri rrrmro.
todo el solvente al sistema, conservando sin embargo los contraiones. Se minimiz
la estructura combinada sin agua, en vaco, con 101 pasos del mtodo estndar de
descenso rpido. Se coloc el sistema en una caja rectangular de dimensiones
4.57 x 6.64 x 7.23 nm. Se solvat el sistema agregndole 6830 molculas de agua.
Se minimiz nuevamente con 2000 pasos de descenso rpido. Se realiz una corrida
de equilibracin nal de DM de 200 ps que fue descartada. Se logr as la estructura
mu_ACP_2.oao que fue la inicial para las corridas de produccin.
VI.3.4 Equilibrio. Se monitore la energa potencial como criterio de equilibrio.
Esta energa se estacion en 3,3x10
5
kJ/mol con variaciones de 0,01x10
5
kJ/mol,
o sea de 0,3 %. En la gura 9 vemos una curva tpica.
VI.4 Vxiruxcr ox uri Mourio . Rrstirxuos
Se utiliz VMD para inspeccionar las trayectorias visualmente. Esto permiti apre-
ciar visualmente que el ligando se aproxima a la protena dentro del primer ns
(= 10
9
seg) de simulacin.
VI.4.1 Distancias ACBP-PlyCoA entre centros de Masa.. Para investigar con
ms detalle este acercamiento se utiliz la herramienta o_ursr de GROMACS [Lin-
dahl, 2001] para analizar las distancias ACBPPlyCoA entre Centros de Masa de
ambas molculas en funcin del tiempo. En la gura 10 vemos una curva tpica. As
se pudo constatar cuantitativamente la aproximacin de ambas molculas.
VI.4 Validacin del Modelo y Resultados 85
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
d
i
s
t
a
n
c
i
a
/
n
m
t/ns
Figura 10: Drsrxxcrx ACBPPi.CoA, rxrar ios crxraos ur mxsx
VI.4.2 Primera Validacin: Distancias interatmicas de RMN. A los efectos
de la comparacin se debe recordar que el origen del ACBP no es el mismo en el
experimento de RMN y en la DM: en el primer caso es el ACBP de origen Bovino,
mientras que en las simulaciones reemplazamos el ACBP Bovino de RMN por el
ACBP de glndula harderiana de armadillo obtenido por cristalografa de rayos X
en nuestro pas [Costabel, 2005].
Notemos que en la gura 4 de la pgina 79 se aprecian los puentes de hidr-
geno (lnea punteada) que constituyen la unin entre ACBP y el Ply-CoA. Result
entonces natural comparar la unin que se forma en la simulacin entre el ACBP y
el PlyCoA con la informacin sobre la unin que se obtiene de los datos de RMN
(que como dijimos en la seccin VI.2.1, son compatibles con mltiples estructuras).
Para realizar esto se analiz la distribucin de las distancias entre los 7 pares de
tomos que forman puentes de hidrgeno en la estructura de RMN. Por ejemplo,
se calcul la distancia PCOA.AN6Tyr73.OH (esta notacin representa la distancia
entre el nitrgeno AN6 del Ply-CoA, al OH de la Tyr73 del ACBP). En la gura 4
que representa el modelo nro. 20 de RMN constatamos que esa distancia es 0.281
nm, siendo distinta en otros modelos.
Dado que (como puede comprobarse por inspeccin directa de la gura 4) esto
VI.5 Anlisis Histrico 86
no nos informa de la posicin de la cola hidrocarbonada del cido palmtico, se
decidi incluir un par atmico adicional para tal registro. Se realiz una bsqueda de
distancias entre pares de tomos de NMR sobre los 20 modelos, para detectar cules
de ellas se mantenan aproximadamente constantes. Se detect que el carbono CG
del PlyCoA (el extremo del Acido Palmtico) est coordinado con el Oxgeno de la
Phe49. Se procedi a agregar este par a la lista de pares provenientes de puentes de
hidrgeno.
Se calcul as para los veinte modelos de RMN la estadstica sencilla de las
distancias interatmicas. En la tabla 1 se puede observar el resultado. Un anlisis
Par de tomos DISTANCIA nm
ACBPPlyCoA Media (A) Mx (B) Mn (C) Rango (C)-(B)
1. Tyr73.OHPCoA.AN6 0.30 0.36 0.27 0.09
2. Tyr73.OHPCoA.AN1 0.30 0.31 0.28 0.03
3. Lys32.NZPCoA.AO7 0.43 0.78 0.23 0.55
4. Lys54.NZPCoA.AO7 0.41 0.72 0.23 0.49
5. Lys13.NZPCoA.AO5 0.28 0.44 0.24 0.20
6. Lys13.OPCoA.PS1 0.61 0.80 0.27 0.54
7. Leu15.OPCoA.PS1 0.60 0.86 0.30 0.55
8. Phe49.OPCoA.CG 0.41 0.73 0.28 0.44
Cuadro 1: Datos de RMN: Distancias interatmicas. (A): Promedio, (B): Mxima,
(C): Mnima, (C)-(B): Rango. (Estadstica sobre las 20 estructuras).
somero de los datos anteriores muestra que hay porciones del ligando que perma-
necen a distancia relativamente ja con respecto al ACBP. Por ejemplo los tomos
Nitrgeno AN6 y AN1 del doble anillo de la Coenzima A, permanecen a 0.3 nm
de distancia del Oxgeno de la Tirosina. Por otro lado el resto del ligando presenta
variaciones de distancia grandes, de aproximadamente 0.5 nm.
Estas distancias aparecen en lnea punteada como referencia en las guras 11,
12, 13 y 14 que muestran los datos de simulacin por dinmica molecular. En esas
guras se representan las evoluciones temporales de las distancias correspondientes
en el modelo computacional, a lo largo de 45 ns de tiempo (esto representa aproxi-
madamente dos meses de tiempo de CPU en gromacs).
VI.5 Ax xirsrs Hrsr oarco
VI.5 Anlisis Histrico 87
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
D
i
s
t
a
n
c
i
a

/

n
m
t /ns
B DM: 2. Tyr73.OH - PlyCoA.AN1
RMN: Dist. Media (.290 nm)
RMN: Dist. Maxima
RMN: Dist. Minima
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
D
i
s
t
a
n
c
i
a

/

n
m
A DM: 1. Tyr73.OH-PlyCoA.AN6
RMN: Dist. Media (.299 nm)
RMN: Dist. Maxima
RMN: Dist. Minima
Figura 11: Drsrxxcrx ACBPPi.CoA. Vra rrxro rx stasrccr ox: VI.4.1
VI.5 Anlisis Histrico 88
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
D
i
s
t
a
n
c
i
a

/

n
m
t /ns
B DM: 4. Lys54.NZ - PlyCoA.AO7
RMN: Dist. Media (.405 nm)
RMN: Dist Maxima
RMN: Dist Minima
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
D
i
s
t
a
n
c
i
a

/

n
m
A DM: 3. Lys32.NZ-PlyCoA.AO7
RMN: Dist. Media (.433 nm)
RMN: Dist Maxima
RMN: Dist. Minima
Figura 12: Drsrxxcrx ACBPPi.CoA. Vra rrxro rx stasrccr ox: VI.4.1
VI.5 Anlisis Histrico 89
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
D
i
s
t
a
n
c
i
a

/

n
m
t /ns
B DM: 6. Lys13.O - PlyCoA.PS1
RMN: Dist. Media (.613 nm)
RMN: Dist Maxima
RMN: Dist Minima
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
D
i
s
t
a
n
c
i
a

/

n
m
A DM: 5. Lys13.NZ - PlyCoA.AO5
RMN: Dist. Media (.284 nm)
RMN: Dist Maxima
RMN: Dist Minima
Figura 13: Drsrxxcrx ACBPPi.CoA. Vra rrxro rx stasrccr ox: VI.4.1
VI.5 Anlisis Histrico 90
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
D
i
s
t
a
n
c
i
a

/

n
m
t /ns
B DM: 8. Phe49.O - PlyCoA.CG
RMN: Dist. Media (.411 nm)
RMN: Dist Maxima
RMN: Dist Minima
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
D
i
s
t
a
n
c
i
a

/

n
m
A DM: 7. Leu15.O - PlyCoA.PS1
RMN: Dist. Media (.596 nm)
RMN: Dist Maxima
RMN: Dist Minima
Figura 14: Drsrxxcrx ACBPPi.CoA. Vra rrxro rx stasrccr ox: VI.4.1
VI.5 Anlisis Histrico 91
Figura 15: Drsrxxcrx ACBPPi.CoA. A ios 557 rs . x ios 965 sr xrarcrx ix rxsracr ox
uri cxaaoxo CG rx ri srrro ur RMN
VI.5.1 Descripcin de lo observado. El sistema parte de una distancia de 3
nm entre centros de masa y rpidamente (esto es en tiempos de simulacin y para
objetos como una protena y su ligando) en 600 ps llega el carbono CG (ver gura 3
en la pgina 77), a la zona compatible con los datos de RMN (aproximadamente
0.7nm ) Esto es, recorre 2.1 nm en ese tiempo lo que equivale a una velocidad de
2,1x10
9
nm/600x10
12
s = 3,5m/s.
La primera impresin al estudiar las 8 distancias interatmicas es que todas
convergen en promedio a sus respectivos valores de RMN. Pasemos ahora a estudiar
el caso de cada par de tomos.
VI.5.2 Ingreso del Carbono CG. El primer hito notable es la introduccin del
carbono CG (ver la pgina 77) en la zona de compatibilidad RMN a los t=557 ps,
llegando al promedio de los valores RMN a los 965 ps (ver gura 15). Esto es
compatible con la evidencia experimental acerca de la particin del Acil-CoA en
las membranas que comienza por la introduccin de la zona no polar (la cadena
de carbonos del cido palmtico en la membrana pgina 1 de [Faergeman, 1997]).
Veamos un grco del complejo a los 965 ps, en la gura 16. En ella se representa
VI.6 Anlisis Histrico 92
la interaccin de los residuos Lys50, Leu47, y Phe49 con la cola de carbonos del
ligando. Notablemente estos residuos son los que orientan fuertemente al ACBP en
la direccin de la membrana (ver el estudio realizado por el mtodo electrosttico
en el captulo V).
VI.5.3 Posicin del Azufre PS1. Entre los t=3 a los 5 ns ingresa el azufre (ver
pgina 77) en la zona de compatibilidad RMN (ver gura 14 A) y 13 B). Este azufre
se posiciona de tal modo que va formando y rompiendo puentes de hidrgeno con
el oxgeno de la Lys13, y el oxgeno de la Leu15. Por ejemplo, veamos el momento
de la simulacin t=3926 ps. Un detalle de las distancias se ve en las guras 17 A y
B). Se observ que durante los 45 ns de simulacin el azufre PS1 permaneci en el
lugar dado por los datos de RMN.
VI.5.4 Posicin del Oxgeno AO5. A los t=8800ps de evolucin del sistema,
se posiciona el Oxgeno AO5 del CoA (ver gura de la pgina 77), cerca del Ni-
trgeno Zeta de la Lisina 13 (en la gura 18 vemos la evolucin de la distancia
entre dichos tomos). Veamos el esquema Ligplot [Wallace, 1995] de esta fase del
sistema en la gura 19. El algoritmo LIGPLOT detecta en esta fase de la simula-
cin los puentes de hidrgeno entre los pares: Lys18.NZCoA.AO3*, Lys18.NZ
CoA.AO2*, Lys50.NZCoA.AO5*. Notemos que el grco reconoce la importan-
cia de la Lys13 como parte de la interaccin. En lo que sigue se encontrarn ms
argumentos en favor de la importancia de estos residuos en la interaccin.
VI.5.5 Divergencias del Modelo. En el tiempo de simulacin no se reproduce la
situacin que nos muestran los datos de RMN en los siguientes aspectos:
1. A los t=11 ns, el carbono CG se aleja de su posicin esperada, quedando a
una distancia de 1.52.0 nm del Oxgeno de la Phe49 (ver gura 14).
2. Los tomos AN6, AN1 parecen acercarse pero no llegan a la distancia expe-
rimental (gura 11).
3. El tomo AO7 se acerca y luego diverge de la distancia con el tomo Lys32.NZ.
Sin embargo la distancia con respecto a la Lys54.NZ se logra satisfactoria-
mente (gura 12). Cabe mencionar que las Lys32 y Lys54 se conservan en
las secuencias de 16 especies de ACBP.
An as, esto es compatible con la idea de que no se ha alcanzado an el equilibrio
en la unin de la protena con el ligando.
VI.6 Anlisis Histrico 93
CF
CG
CE
CD
CC
CB
CA
C9
C8
C7
C6
C5
C4
C3
C2
C1
OP2
PS1
PC2
PC3
PN4
PC5
PO5
PC6
PC7
PN8
PC9
PO9
PC10
PO10
PC11
PC14
PC13
PC12
AO6
AP2
AO5
AO4
AO3
AP1
AO2
AO1
AO5*
AC5*
AP3*
AO9
AO8
AO7
AO3*
AC3*
AC2* AO2*
AC4*
AO4*
AC1*
AN7
AC8
AC5
AC6
AN6
AN1
AC2
AN3
AC4
AN9
Phe 49(A)
Leu 47(A)
Lys 50(A)
Pco 87(B)
Figura 16: Ga xrrco rstrm xrrco LIGPLOT [Wxiixcr, 1995] rxurcxxuo ix rxrraxccr ox rrrr-
cx tr xrxarcr x ios 965 rs ur srmtixcr ox.
VI.6 Anlisis Histrico 94
Figura 17: Drrxiir uri raocrso ur rxoarso . rtrsrx rx rosrcr ox uri xztrar, x ios 3926 rs
ur srmtixcr ox.
Figura 18: Fxsr rxoarso uri AO5, r=8800rs
VI.6 Anlisis Histrico 95
2.97
2.86
3.02
CF
CG
CE
CD
CC
CB
CA
C9
C8
C7
C6
C5
C4
C3
C2
C1
OP2
PS1
PC2
PC3
PN4
PC5
PO5
PC6
PC7
PN8
PC9
PO9
PC10
PO10
PC11
PC14
PC13
PC12
AO6
AP2
AO5
AO4
AO3
AP1
AO2
AO1
AO5*
AC5*
AP3*
AO9
AO8
AO7
AO3*
AC3*
AC2*
AO2*
AC4*
AO4*
AC1*
AN7
AC8
AC5
AC6
AN6
AN1
AC2
AN3
AC4
AN9
C
O
CE
NZ
CD
CG
CB
CA
N
C
O
CE
NZ
CD
CG
CB
CA
N
Met 24(A)
Val 12(A)
Lys 13(A)
Ala 53(A)
Tyr 28(A) Leu 25(A)
Phe 49(A)
Lys 54(A)
Pco 87(B)
Lys 50(A)
Lys 18(A)
Figura 19: Estrmx Lrorior ur ix rxsr uri rxoarso uri AO5, r=8800rs.
VI.6 Area expuesta al solvente 96
Figura 20: Drsmrxtcr ox uri xarx rxrtrsrx xi soivrxrr. Ex irxrx oatrsx ri xarx nruaor oarcx
. rx irxrx rtxrrxux ix nruaorrircx.
VI.6 Aarx rxrtrsrx xi soivrxrr
Se estudi la variacin del rea expuesta al solvente del sistema. Aqu se conside-
ra al conjunto del ACBP ms el ligando. Est claro que si ambos se aproximan,
debern sufrir una deshidratacin en las zonas de sus supercies que terminen en
contacto. Por lo tanto el rea expuesta deber naturalmente descender. Para el clcu-
lo se utiliz la herramienta o_sxs estndar del paquete Gromacs (ver pgina 43).
En la gura 20 vemos un grco tpico. Se constatan diferentes aspectos de la
unin:
1. El rea hidrofbica y el rea hidroflica disminuyen como era esperable para
dos molculas que se unen (ver en el apndice, en la pgina 122 una tabla
bsica de hidrofobicidad de aminocidos). El efecto es inicialmente mayor en
el caso del rea de residuos hidrofbicos. En la gura 21 se observa la dismi-
nucin del rea hidrofbica en relacin con la hidroflica. A n de cuanticar
se decidi comparar el momento inicial de simulacin con el t=7000 ps. Nu-
mricamente el rea Hidrofbica expuesta al solvente pas de 38 a 31 nm
2
,
resultando en una disminucin absoluta de 7 nm
2
, mientras que su contrapar-
tida hidroflica pas de 30,51 a 26,64, resultando en una disminucin de 3,9
nm
2
. Inicialmente el rea hidrofbica era un 25 % mayor que la hidroflica
VI.6 Area expuesta al solvente 97
Figura 21: Rrixcr ox xarx nruaor oarcx/ xarx nruaorrircx vs rrrmro.
mientras que a t=7 ns, esa relacin baj al 17 %.
2. La disminucin del rea total sin embargo, contina hasta los 10 ns aproxi-
madamente como puede verse en la gura 22.
Esto sugiere que la unin protenaligando resulta favorecida (en los momentos
iniciales al menos) por la interaccin hidrofbica. La combinacin de reas hidro-
fbicas ayuda fuertemente a la aproximacin en los primeros momentos del recono-
cimiento. Sin embargo este efecto deja posteriormente de tener un rol protagnico
para compartirlo con otros fenmenos que tienen que ver con cambios de la confor-
macin de la macromolcula.
VI.6.1 Segunda Validacin del Modelo: Estudio del rea por Residuo. Para
medir la evolucin del rea expuesta en funcin del tiempo discriminada por re-
siduo, se procedi a utilizar ventanas temporales de 100 ps, y promediar el rea
expuesta para los tiempos de 1 a 100 ps, asignando el promedio a t=0ns; para la
ventana 1000-1100 ps se asign el promedio a t=1ns, y as sucesivamente hasta
llegar a la ventana temporal 9000-9100 ps (9ns). Luego se utiliz un algoritmo de
ltrado semiautomtico para detectar los residuos que tienen una tendencia signi-
cativa de variacin del rea expuesta en funcin del tiempo.
Con este criterio se clasicaron los residuos del ACBP, junto con la molcula
del ligando, en grupos:
VI.6 Area expuesta al solvente 98
Figura 22: Aarx rorxi rx rtxcr ox uri rrrmro. Sr oasravx ursmrxtcr ox m xs xii x uri irmrrr
ur t = 5xs
Gatro 0: Pi.CoA. Se observa una brusca disminucin de 5.7 nm
2
durante los
primeros 7 ns (ver gura 23).
Gatro I: Rrsrutos tr Atmrxrxx st xarx. Se estudi luego el aumento del
Figura 23: Drsmrxtcr ox uri xarx rxrtrsrx uri Pi.CoA
VI.6 Area expuesta al solvente 99
0
0.5
1
1.5
2
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
A
/
n
m
2
t/ns
Leu61
Thr64
Asp68
Lys83
Figura 24: Atmrxro uri xarx rxrtrsrx xi soivrxrr ur ios arsrutos 61, 64, 68 . 83 rx ri
raocrso ur txr ox cox ri iroxxuo.
rea de los 4 residuos 61, 64, 68, 83. Los valores iniciales de reas expuestas son
consistentes con el carcter Hidrfbico de la Leu61 (A
61
0,4nm
2
) y el carcter
Hidroflico de la Lys83 y la Asp68 (A
83
1nm
2
y A
68
0,6nm
2
de tal modo que
A
61
< A
83
, A
68
). Este hecho (que ocurre, como era esperable para otros residuos,
ver Grupo III en la pgina 100) constituye otra corroboracin acerca de la bondad
del modelo implementado en la simulacin.
Su comportamiento es muy similar, ajustndoseles una recta mediante el algorit-
mo de ajuste no lineal Marquardt-Levenberg implementado en Gnuplot [Williams,
2004]. Vemos los resultados de la pendiente de la recta de ajuste en el cuadro 2. Se
Residuo Pendiente Recta de Ajuste
Leu61 0.053 0.005 (10 %)
Thr64 0.054 0.008 (15 %)
Asp68 0.021 0.008 (39 %)
Lys83 0.034 0.008 (23 %)
Cuadro 2: Residuos que Aumentan el rea expuesta al Solvente
observa que las pendientes son muy similares. La gura 24 da la evolucin tempo-
ral. Estos aminocidos estn ubicados en la hlice 1, y en el loop entre la tercera
y la cuarta (leu61). Es destacable que todos estos residuos que aumentan su rea
VI.6 Area expuesta al solvente 100
Figura 25: Drsmrxtcr ox uri xarx rxrtrsrx uri Pi.CoA
expuesta estn en el lado opuesto a la zona de unin con el ligando. Esto sugiere
un cambio de conformacin que ser discutido en las conclusiones (en la pgina
113).
Gatro II: Rrsrutos ur xarx Vxarxair. Los residuos 46, 47 y 49 tienen un com-
portamiento notable: su rea expuesta baja en t=2ns, y luego vuelve a subir a su
valor anterior, como se observa en la gura 25. Estos aminocidos son hidrofbi-
cos, estando sin embargo fuertemente expuestos al solvente, justamente en la zona
donde se liga inicialmente el PlyCoA. Asimismo la Met49 fue implicada en el me-
canismo de unin del ACBP con la Membrana, donde los clculos electrostticos
indican que deben estos residuos estar apuntando a la membrana a una distancia de
0.3nm (ver en el captulo anterior seccin V.5 en la pgina 70). Es tambin notable
que baje inicialmente la Leu47 y luego lo hagan la Met46 y la Phe49. Esto nos
lleva a sugerir que los tres residuos actan como una carnada hidrofbica para
atraer al ligando.
Luego de la unin inicial el ligando deber moverse por la supercie del ACBP
hasta llegar a su lugar denitivo en la posicin que muestra la experiencia de RMN.
Se propondr una hiptesis sobre este tema en la seccin VI.7.
Gatro III: Rrsrutos tr Drsmrxt.rx st xarx. Mediante el mtodo de ajuste de
una recta se pueden clasicar en grupos de importancia
#
(en cuanto a la unin con
#
Ntese que esta clasicacin en residuos de media, o alta impotancia surge simplemente debi-
do a la tendencia numrica de la pendiente de la recta de regresin y deben ser validados con criterios
VI.7 Area expuesta al solvente 101
el ligando) segn la pendiente tomada como medida del grado en que disminuye su
rea expuesta. Vemoslo en la tabla 3. Este primer grupo (Importancia Alta) de resi-
Importancia Residuo Pendiente Recta de Ajuste
Alta Lys18 -0.091 0.034 (37 %)
Alta Met24 -0.089 0.016 (16 %)
Alta Lys50 -0.079 0.019 (24 %)
Media Gly63 -0.047 0.0085 (18 %)
Media Gln60 -0.045 0.0085 (19 %)
Media Lys81 -0.035 0.0058 (17 %)
Media Tyr28 -0.031 0.0083 (27 %)
Media Ala53 -0.030 0.011 (37 %)
Media Ala57 -0.030 0.007 (23 %)
Baja Tyr31 -0.013 0.002 (19 %)
Baja Val12 -0.019 0.008 (42 %)
Baja Glu42 -0.014 0.008 (56 %)
Baja Lys62 -0.017 0.010 (57 %)
Cuadro 3: Residuos que Disminuyen el rea expuesta al Solvente
duos est constituido por la Lys18 y Lys50 (hidroflicas) y la Met24 (hidrofbica).
Sus reas son: A
18
1,5nm
2
y A
50
1,3nm
2
, mayores que A
24
0,7nm
2
.
Estos residuos estn implicados en la unin con el ligando: en la estructura de
RMN (1xvi) estos tres residuos son los que estn coordinados con el PlyCoA. Eso
se observa asimismo en la simulacin por DM. Se puede ver la evolucin del rea
de estos tres residuos en la gura 26.
El grupo de importancia Media, lo constituyen residuos ms alejados (salvo el
Tyr28) o involucrados en la unin de modo menos claro.
Como es esperable observamos que los residuos hidroflicos (Gln y Lys) pre-
sentan reas al solvente mayores que los respectivos hidrofbicos (Ala).
Ntese la disminucin del rea de los residuos Gly63 y Gln60 (esto en la estruc-
tura HgACBP, la utilizada en DM). Estos estn alejados del ligando (1.1nm entre
tomos ms cercanos en la estructura de RMN, notar que en la misma el aminoci-
do de la posicin 60 es un Glutamato). Sin embargo la disminucin que se observa
en la gura 27 es notable en los primeros 5 ns. Esto se corresponde tambin con el
grco 26 de los residuos de importancia alta.
Por ltimo, el grupo de importancia baja, presenta una disminucin del rea de
biofsicos antes de ser tomados como denitivos.
VI.7 Area expuesta al solvente 102
0
0.2
0.4
0.6
0.8
1
1.2
1.4
1.6
1.8
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
A
/
n
m
2
t/ns
Lys18
Met24
Lys50
Recta ajuste a la Lys18
Figura 26: Drsmrxtcr ox uri xarx rxrtrsrx ur ios arsrutos Lvs18, Mrv24 . Lvs50, cixvrs
rxax ix txr ox cox ri iroxxuo
Figura 27: Drsmrxtcr ox uri xarx rxrtrsrx ur ios arsrutos ur mrurx rmroarxxcrx,
VI.7 Tercera Validacin del Modelo: Radio de giro y Radio Hidrodinmico. 103
Figura 28: Rxuro ur Grao, rxax ri ACBP rx raocrso ur txr ox cox ri Pi.CoA, . rxax ri
iroxxuo coxsruraxuo xrsixuo.
menor cuanta y mas difcil interpretacin.
VI.7 Tracrax Vxiruxcr ox uri Mourio: Rxuro ur orao . Rxuro Hr-
uaourx xmrco.
Se calcul el Radio de Giro R
g
(ver pgina 43) para el ligando y el complejo. Su
resultado puede verse en la gura 28. Se observa que el complejo disminuye su R
g
en dos oportunidades: en los primeros 5 ns de simulacin y luego a los 25ns. Mien-
tras eso ocurre con el complejo, el ligando considerado aisladamente experimenta
una fuerte variacin de su R
g
, a los 2.6 ns de simulacin, pasando de 0.55 a 0.74nm,
para luego caer a su valor histrico. Esto muestra que el ligando debe estirarse
durante el proceso de unin con la protena.
VI.7.1 Distancia entre extremos del Ligando. Para observar en mayor deta-
lle el movimiento del Palmitoil-Coenzima A, se decidi realizar un grco de la
distancia entre los extremos de la cadena principal del ligando: Carbono(CG)
Nitrgeno(AN6) (ver notacin en la gura 3 de la pgina 77).
VI.7 Tercera Validacin del Modelo: Radio de giro y Radio Hidrodinmico. 104
0
0.2
0.4
0.6
0.8
1
1.2
1.4
1.6
1.8
2
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
D
i
s
t
a
n
c
i
a
/
n
m
t/ns
Distancia CG-AN6
Figura 29: Evoitcr ox ur ix ursrxxcrx rxrar ios rxrarmos uri iroxxuo.
Se obtuvo el comportamiento gracado en la gura 29. Se observa que dicha
cantidad vara entre 0.4 nm y 1.4 nm. Este grco indica que el ligando est contra-
yndose y extendindose, mientras se desplaza hacia su zona de unin dada por los
datos de RMN.
El carbono CG del ligando llega rpidamente (tiempo <1 ns) a tomar contacto
con la supercie del ACBP. Sin embargo el PlyCoA dista bastante de estar en su
sitio. La idea es que realiza un movimiento similar al reptar que hace un animal
sin pies para avanzar. El ligando invierte mucho tiempo (comparado con el que le
toma hacer contacto inicial) en acomodarse mediante este movimiento repetitivo.
VI.7.2 Radio de Giro del ACBP. Para las trayectorias de Dinmica Molecular,
calculamos R
g
solo para la ACBP (ignorando la existencia del plyCoA). El resultado
se observa en la gura 30. Esta disminucin de R
g
constituye una nueva validacin
del modelo computacional: es cualitativamente compatible con la disminucin de
0.2nm del dimetro hidrodinmico observado por Frolov [Frolov, 1998] mediante
experimentos de uorescencia del Triptofano resuelta en el dominio temporal (con
sensibilidad de hasta 1 ns). Este trabajo experimental no se reere al mismo sistema:
la ACBP proviene de hgado de rata mientras que el ligando lo constituyen cis- y
trans-parinaroil-CoAs. Sin embargo la gran similitud de las protenas y los ligandos
hacen que sea pertinente la comparacin.
VI.8 Tercera Validacin del Modelo: Radio de giro y Radio Hidrodinmico. 105
Figura 30: Evoitcr ox uri axuro ur Grao uri ACBP
Suponiendo a la protena una esfera rgida y suponiendo la validez de la ley
de Stokes, puede derivarse la frmula aproximada para la relacin entre el radio
hidrodinmico y el de giro:
R
h
=
_
5/3R
g
1,29R
g
.
La disminucin medida por DM del radio de giro es aproximadamente 0,043nm (ver
gura 30) resultando en R
hDM
= 0,043x1,29 0,055 nm. Esto resulta del orden
del valor experimental R
h
= 0,1nm. Aqu suponemos que estamos observando el
cambio conformacional (referido experimentalmente) a los t=25ns de simulacin.
Para precisar an ms esto estudiamos la evolucin temporal del Radio Hidro-
dinmico mediante la herramienta HYDROPRO [Garcia de la Torre, 2000]. Esta
implementa un algoritmo para el clculo de las propiedades hidrodinmicas (que
incluyen el radio efectivo hidrodinmico) mediante un modelo de esferas con roce.
Se le aplic este algoritmo a las conguraciones obtenidas mediante nuestra
simulacin de Dinmica. El resultado se observa en la gura 31. Efectivamente,
el modelo reproduce cualitativamente (y cuantitativamente devuelve un resultado
dentro del orden de magnitud correcto) los datos experimentales de Frolov y cola-
boradores.
VI.8 Cuarta Validacin: Estudio de los Puentes de Hidrgeno 106
1.8
1.82
1.84
1.86
1.88
1.9
1.92
1.94
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
R
h
/
n
m
t/ns
Figura 31: Evoitcr ox uri axuro Hruaourx xmrco uri ACBPPi.CoA
VI.8 Ctxarx Vxiruxcr ox: Esrturo ur ios Ptrxrrs ur Hrua oorxo
VI.8.1 No equilibrio.. Se evalu la formacin de puentes de Hidrgeno en fun-
cin del tiempo de simulacin. Esto se ve en la gura 32. Al efecto del clculo se
tomaron todos los pares que se puedan formar entre el ligando y el ACBP. Fueron
considerados los tomos Oxgeno y Nitrgeno del Ligando como posibles aceptores
de puentes de hidrgeno. Se ignoraron los posibles dadores del ligando. En cuanto
al ACBP, se utiliz el criterio estndar para donores y aceptores (ver pgina 44).
La primera informacin que se obtiene de este grco es que a los 45 ns de si-
mulacin no se puede asegurar que el sistema est en equilibrio dado que el nmero
de puentes de hidrgeno no se muestra estable.
VI.8.2 Funcin de AutoCorrelacin C
HB
(t):. Para obtener mayor informacin
estudiamos la Autocorrelacin de Puentes de Hidrgeno, Esta provee informacin
sobre la dinmica de un puente de hidrgeno, por ejemplo, permite obtener su vida
media (ver pgina 106) mediante su integral o un ajuste de una funcin exponencial
extendida.
En estas funciones se ve que los puentes de hidrgeno en la supercie proteica
tienen un comportamiento distinto al que tienen en el seno del agua, por contraste
con la literatura [Starr, 2000].
Se calcul entonces la funcin C
HB
(t) con el agua del seno del lquido, es decir
ms alejada que 5 capas de hidratacin de la supercie de la macromolcula. Se
VI.9 Estudio del Desplazamiento Cuadrtico Medio (RMSD) 107
0
2
4
6
8
10
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
N
o
.

P
u
e
n
t
e
s

H
i
d
r
o
g
e
n
o
t/ns
Curva de tendencia Suavizada
Figura 32: Evoitcr ox uri x tmrao rorxi ur rtrxrrs ur nrua oorxo rx rtxcr ox uri rrrmro,
vra r xorxx 106
seleccionaron 400 molculas de agua del mismo sistema simulado y se les calcu-
l la funcin de autocorrelacin. La curva obtenida fue ajustada con una funcin
a
0
exp
_
(t/
R
)

_
(ver en [Starr, 2000] el origen de esta forma funcional) mediante
el procedimiento NLLS implementado en Gnuplot [Williams, 2004]. Esto repro-
duce el resultado obtenido por Starr y Stanley (ver pg.584 de [Starr, 2000]) con
un tiempo de relajacin a
0
= 1,0055 0,0017(0,2 %), = 0,58 0,002(0,3 %),

R
= 4,233ps 0,02ps(0,5 %) tambin se reproduce el buen ajuste dentro de los
5 tiempos de relajacin
R
apartndose luego de la funcin terica como la misma
referencia lo menciona. En la gura 33 se ve la funcin log(C(t)) con su ajuste.
Esto lleva a decir que los grados de libertad del seno del solvente acuoso estn (des-
de este aspecto) en equilibrio mientras que no podemos armar lo mismo para la
macromolcula y su zona de inuencia (ver pgina 371 de [Lazaridis, 2003]).
VI.9 Esrturo uri Drsrixzxmrrxro Ctxua xrrco Mruro (RMSD)
En la gura 34 se observa la evolucin del desplazamiento cuadrtico medio de los
carbonos de la estructura de la protena (ver pgina 44). Nuevamente aparece
la idea de la existencia de un cambio conformacional. Se observa un aumento del
RMSD en la curva, aproximadamente a los 25 ns de simulacin.
Para ver este cambio, comparamos varias estructuras del sistema mediante el
VI.9 Estudio del Desplazamiento Cuadrtico Medio (RMSD) 108
Figura 33: Looxarrmo ur ix rtxcr ox ur Atrocoaarixcr ox ur rxrsrrxcrx ur rtrxrrs ur nr-
ua oorxo, rxax ri xotx SPCE xirsxux uri srsrrmx ACBP-Pi.CoA, cxictixux x rxarra ur ix
Srmtixcr ox
Figura 34: Drsvro Ctxua xrrco Mruro (RMSD) ur ix cxurxx ur Cxaaoxos romxxuo como
arrrarxcrx ix coxrrotaxcr ox rxrcrxi uri mrsmo srsrrmx.
VI.9 Estudio del Desplazamiento Cuadrtico Medio (RMSD) 109
programa Swiss-PDBViewer [Guex, 1997]. Se realiz un alineamiento estructural
de los carbonos alfa y se inspeccion visualmente.
Hallamos que, entre las estructuras previas y las posteriores a los 25 ns, hay un
cambio visible de la conformacin consistente en el desplazamiento lateral de la
hlice 1 en una distancia de aproximadamente 2 3 . Este efecto hace que dicha
hlice se posicione a 4 en promedio de distancia de la cadena hidrocarbonada del
cido palmtico. Asimismo, la hlice 3 se cierra tambin sobre el ligando. Este
mecanismo de llave podra estabilizar al PlyCoA en el bolsillo hidrofbico del
ACBP.
Veamos en las guras siguientes el efecto de llave sobre el ligando. En la gu-
ra 35 vemos el desplazamiento lateral de la hlice alfa3 aproximndose al ligando.
Figura 35: Comrxaxcr ox rxrar ixs rsratcrtaxs x r=965rs . r=30.7 xs. Sr oasravx ri
ursrixzxmrrxro ixrraxi ur ix n rircr xirx3 . ri movrmrrxro ur crraar, srmri xi ur tx uruo
ur ix Lvs50.
Asimismo se ve el Nitrgeno NZ del extremo de la cadena lateral de la Lys50 que
interacta formando un puente de hidrgeno con el oxgeno AO3* de la CoA, con
una distancia Lys50.NZCoA.AO3* de 2.88 nm (visible de manera esquemtica en
el ngulo superior izquierdo de la gura 36) y un ngulo de 28.8 grados (lo que
satisface nuestro criterio geomtrico ver seccin III.8.5). En la gura 36 vemos la
segunda parte del sistema de pinzas que la Lys18 y la Lys13 realizan sobre el
ligando. La Lys18 especcamente se une el Oxgeno OP del Ply-Coa, con el Nitr-
geno de la Lys18 a travs de un puente de hidrgeno. La distancia O-N es de 2.8 .
El NZ de la Lys50 est coordinado con el Oxgeno AO4* de la CoA (3.14) y con
el Oxgeno AO3* a (2.88). Estas cantidades estn dentro del criterio de longitud
de un puente de hidrgeno. La Lys13 se cierra abrazando la estructura del Palmitoil.
VI.10 Estudio del Desplazamiento Cuadrtico Medio (RMSD) 110
Figura 36: Comrxaxcr ox rxrar ixs rsratcrtaxs x t=965rs . t=30.7 xs. Drrxiir ur ix Lvs13
. ix Lvs18.
El mecanismo semeja el sistema de tres dientes colocados en que se suele ver en
dispositivos que deben elevar cuerpos de forma irregular.
Para precisar ms esta imagen, se analizaron las posiciones de las Lisinas para
conguraciones previas y posteriores al momento estimado del cambio conforma-
cional. En la gura 37 se ilustra el mecanismo abierto y en la gura 38 se muestra
la misma posicin pero luego del cambio. La pinza triple est cerrada.
Esto mismo se puede ver cuantitativamente gracando la evolucin temporal de
la distancia: Lys18.NzLys50.Nz en la gura 39, y la distancia Lys13.NzLys50.Nz
en la gura 40.
Se observa que la distancia entre los Nitrgenos de la Lys18 y la Lys50 per-
manece mucho ms constante que la respectiva entre la Lys13 y las otras dos. Esto
sugiere que este mecanismo de tres pinzas es ms similar al modo en que se come
la comida con tres dedos (tradicional en la cultura rabe) donde la Lys13 juega el
rol del pulgar oponible, y los otros dos dedos actan en conjunto.
VI.10 Estudio del Desplazamiento Cuadrtico Medio (RMSD) 111
Figura 37: Mrcxxrsmo ur rrxzx ur rars aaxzos: Prxzx xarrarx x ios t = 17ns.
Figura 38: Mrcxxrsmo ur rrxzx ur rars aaxzos: Prxzx craaxux x ios t = 27ns.
VI.10 Estudio del Desplazamiento Cuadrtico Medio (RMSD) 112
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
d
i
s
t
a
n
c
i
a
/
n
m
t/ns
Distancia Lys18.NZ-Lys50.NZ
Figura 39: Drsrxxcrx rxrar ios xrra oorxos ur ixs L.s18L.s50
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
d
i
s
t
a
n
c
i
a
/
n
m
t/ns
Distancia Lys13.NZ-Lys50.NZ
Figura 40: Drsrxxcrx rxrar ios xrra oorxos ur ixs Lvs13Lvs50
VI.10 Conclusiones 113
VI.10 Coxcitsroxrs
VI.10.1 Validacin del Modelo. Veamos una sntesis de las validaciones realiza-
das en la siguiente tabla:
Dato de Simulacin corroborado Evidencia
1) Distancias interatmicas Estructura de RMN [Lerche, 2003]
2) Area expuesta al solvente Cualidad Hidrofbica de los residuos
3) Radio Hidrodinmico Fluorescencia resuelta en el tiempo [Frolov, 1998]
4) Puentes de hidrgeno Simulaciones de Starr y Stanley [Starr, 2000]
VI.10.2 Interaccin Hidrofbica como ayuda inicial. Se propone que el con-
junto de residuos hidrofbicos expuestos Met46Leu47Phe49 representan una
especie de carnada hidrofbica que sirve para capturar inicialmente el ligando.
Lamentablemente, al alinear las secuencias de aminocidos de ACBP de 16 es-
pecies [Knudsen, 1994], constatamos que estos residuos no se conservan. No obs-
tante se decidi atender a la conservacin no ya del residuo sino del carcter de
hidrofobicidad del sitio de la secuencia. Entonces notamos que en la posicin 46
y 49 todas las mutaciones alojan en esos sitios residuos hidrofbicos. En el caso
del sitio 47, en 15 de las 16 especies se conserva la hidrofobicidad mientras que
en la ltima, este es reemplazado por un aminocido sin preferencia hidroflica o
hidrofbico (Thr). Esto puede observarse en la gura 41. En el esquema ligplot del
sistema para t=965ps (ver gura en la pgina 93) se representa la misma interaccin
con los aa. 47 y 49. Notemos que esta gura se obtiene mediante Dinmica Mole-
cular del sistema. El alogoritmo Ligplot la representa convenientemente en forma
plana.. Esto nos lleva a proponer que el sitio donde se conserva la hidrofobicidad,
tiene una razn funcional importante para la protena, tanto para la captura del Ply-
CoA como para la insercin en las membranas (ver captulo V). Hay referencias en
la literatura sobre la conservacin de la hidrofobicidad y su relevancia funcional,
como por ejemplo, el estudio experimental de la actividad Cataltica de la Quinasa
Src CTerminal [Mikkola, 2003].
VI.10.3 Modo de Introduccin del ligando en el ACBP. Una vez llegado el
ligando a la supercie de la protena, se introduce en la misma inicialmente la cola
hidrocarbonada en acuerdo con la interaccin hidrofbica. As secuencialmente se
desarrolla la introduccin del ligando, llegando a la posicin de datos de RMN. All
es retenido mediante puentes de hidrgeno. En particular resulta muy fuertemente
ligado el azufre PS1 a la Leu15 y la Lys13.
VI.10 Conclusiones 114
Figura 41: Poacr ox ur srctrxcrxs ur 16 rsrrcrrs ur ACBP. Ex ixs rosrcroxrs 46, 47 .
49 xo sr coxsravx ix srctrxcrx rrao sr ix nioaoroeicioao (rxcrrro rx ix rosrcr ox 47 uri
tirrmo cxso, sr xxixuo cox ix rircnx. Aiir nx. txx Taroxrxx, srx rarrrarxcrxs nruaor oar-
cxs/nruaorrircxs) [Fxraormxx, 1997]. (Cxux irrax arrarsrxrx tx xmrxo xcruo, vra c ouroo rx
ix Txaix ur Amrxo xcruos uri Ar rxurcr, rx ix r xorxx 122.
VI.11 Pasos futuros 115
Resulta notable que la Leucina 15 sea un residuo conservado en las 16 especies
ya mencionadas (ver [Knudsen, 1994], pg. 6). Este acuerdo entre datos de estruc-
tura de RMN, la conservacin de la secuencia y resultados de Dinmica Molecular,
nos mueve a conjeturar que el rol funcional de la Leu15 est ntimamente ligado a
su capacidad para estabilizar el Ply-CoA, en estrecha relacin con el Azufre, que
justamente es el tomo que participa de la unin de la Coenzima A con el Acido Pal-
mtico. Recordemos que esto ocurre intracelularmente, y se realiza a n de impedir
la liberacin al espacio extracelular del Acido.
VI.10.4 Aumento de rea expuesta de los residuos del lomo: 61, 64, 68,
83.. Este efecto es notable. Es posible que provenga de la necesidad que tiene la
estructura de cerrarse sobre el ligando para retenerlo.
VI.10.5 Distancia entre extremos del Ply-CoA: Reptar. La imagen que emerge
de la DM: El ligando luego del contacto inicial con la protena, debe realizar movi-
mientos de contraccinextensin similares a los que realiza un animal que repta.
Son estos movimientos los que le permiten encontrar el bolsillo hidrofbico donde
deber quedar retenido.
VI.10.6 Corrimiento de las hlices 1 y 3. Mientras el ligando ejecuta estos
movimientos, la protena prepara un cambio conformacional. Este tiene varios as-
pectos. Uno de ellos consiste en que las hlices 1 y 3 se cierran sobre el ligando.
En particular la hlice 1 traslada su eje paralelamente en alrededor 2 a 3 . Esto
favorecer el paso siguiente.
VI.10.7 Pinza Triple de las Lisinas. Posiblemente sea el aspecto ms novedoso
que surge de la simulacin: una vez que el ligando se encuentra reptando y que las
hlices se han desplazado, las cadenas laterales de las lisinas 18 (en la hlice 1 y 50
(en la 3) abrazan al ligando y la Lys13 se vuelca hacia el mismo. Esto convierte
a las cadenas laterales de las lisinas en una especie de pinza de tres brazos, que
funciona como los dedos ndice (Lys18), mayor (Lys50), y pulgar (Lys13) de la
mano humana.
VI.11 Pxsos rtrtaos
Hay algunos proyectos interesantes para el estudio de estos sistemas macromolecu-
lares:
Realizar una DM del ACBP con otras posiciones iniciales. Esto permitira
vericar que estos mecanismos operan en distintos contextos.
VI.11 Pasos futuros 116
Realizar la Dinmica de un ACBP mutado. Se propone reemplazar los tres
residuos de la carnada hidrofbica por otros residuos hidroflicos. Se con-
jetura que esa mutacin hara perder la funcin biolgica al ACBP.
Dinmica del sistema ACBP ms bicapa lipdica. Resultara muy interesante
poder lograr una simulacin del proceso de particin del ACBP en la mem-
brana y obtener as informacin sobre la evolucin temporal de la interaccin.
De obtenerse una buena conguracin con la membrana, en el paso anterior,
habra que reemplazar algn(os) fosfolpido(s) con un PlyCoA, y ver cmo
se comporta el ACBP en esa situacin nueva. La conjetura es que si estn lo
sucientemente cerca el ACBP rescatar al plyCoA de la membrana, pri-
mero mediante la unin electrosttica con la membrana, luego colocando al
PlyCoA en su bolsillo y por ltimo, retirndose de la bicapa.
Asimismo resultara de inters simular un plyCoA en la vecindad de una
membrana, sin ACBP. La conjetura es que el PlyCoA particionara en la
misma.
CAPTULO VII
Conclusiones
Las interacciones a nivel molecular determinan fundamentalmente la funcin
de las macromolculas biolgicas. Este trabajo recorre un camino que comenz en
la sicoqumica de las soluciones de sal en agua. All se estudi el efecto dinmi-
co de la aparicin del fenmeno del apantallamiento singular hecho predicho por
maxwell con un modelo del continuo en el siglo XIX.
Es notable este efecto debido a que introduce una distancia caracterstica de la
solucin salina en particular: la longitud de Debye. Esto tiene la virtud de convertir
una interaccin de largo alcance (la elctrica), en una de corto alcance, modulada
en promedio por una exponencial decreciente. Asimismo este efecto presenta una
dependencia importante con la frecuencia del movimiento de las cargas: Existe la
llamada frecuencia de Maxwell, valor por encima del cual, las interacciones elc-
tricas recuperan su carcter de largo alcance, debido a la dinmica de los iones en
movimiento, y la peculiar caracterstica de la existencia de dos tipos distintos de
carga, fenmeno que no se presenta en la interaccin gravitatoria. Sin duda que la
biologa no sera la que se conoce, de no ser por este hecho.
Las simulaciones por Dinmica Browniana del captulo IV permitieron reprodu-
cir el resultado experimental de la existencia de la longitud de Debye. Se reconoci
el efecto de una frecuencia mayor que la frecuencia de Maxwell. Se estudi la es-
tructura de la nube que circunda a los iones en solucin. Asimismo, se asimil el
efecto de la frecuencia en la posicin, contra el efecto (imaginario, o alqumico si se
quiere) de la frecuencia afectando al valor de la carga. Esta equivalencia, sin utilidad
a primera vista, puede muy bien rendir frutos cuando se necesite modelar sistemas
complejos, en los cuales se requiera evaluar efectos de la dinmica de las cargas en
solucin, a menor costo computacional que el de efectivamente moverlas.
Una conjetura interesante, para evaluar la validez de esta transformacin, con-
siste en oscilaciones al valor de la carga, de frecuencia superior a la de Maxwell a
VII 118
cargas jas en el espacio, e intentar modelar con ello sistemas no accesibles a la si-
mulacin por DM hoy en da, tales como una unidad de un ribosoma, o una porcin
importante de un microtbulo.
Luego de ello, en el captulo V se estudi (mediante los mtodos del conti-
nuo con detalle atmico descriptos en el captulo II), un problema que es tpico
de la biofsica: la interaccin entre una protena y una membrana biolgica. El m-
todo de PoissonBoltzmann, ya convertido en una tcnica computacional clsica
(ha llegado en algunas universidades a las materias de grado) permiti estudiar con
relativamente bajo costo computacional, dicha interaccin.
Se obtiene una imagen razonable del llamado Paisaje de Energa Electrosttica
del Complejo ACBPMembrana Biolgica. Dentro del mismo se aprecia claramente
la posicin energticamente favorable para la interaccin del ACBP con la membra-
na.
Este tipo de tcnicas slo puede devolvernos energas y campos elctricos. Toda
otra contribucin a la unin deber ser obtenida aparte. Sin embargo la importancia
de la interaccin elctrica hace que este tipo de clculos nos devuelva una visin de
lo que ocurre en la interaccin macromolecular con la suciente bondad del modelo
como para retener una interesante capacidad predictiva.
Los clculos electrostticos por s solos sugieren que hay un mecanismo de
intermediacin de las interacciones hidrofbicas via los residuos expuestos en la
porcin interactuante del ACBP, en particular la Met46 y Leu 47, esenciales tam-
bin para la unin con los fosfolpidos. As, la anidad del ACBP por las bicapas
lipdicas estara dada no slo por las interacciones electrostticas sino que tambin
por interacciones hidrofbicas.
El captulo VI present los resultados del estudio desde el otro extremo del
espectro de la modelizacin de sistemas macromoleculares de ms de 1000 tomos
esto es, incluir el detalle atmico completo con energas potenciales ad-hoc.
Es notable que, en coincidencia con los resultados electrostticos, la dinmica
molecular apunta fuertemente al rol de los residuos hidrofbicos 46, 47, 49. Y los
estudios de conservacin de la hidrofobicidad en la secuencia, tambin sealan en
esa direccin.
Para la unin con el ligando, se propone por tanto un mecanismo de captura
hidrofbica, seguido por la dinmica reptante del movimiento del ligando y nal-
mente un mecanismo de triple pinza de las cadenas laterales de las lisinas que
ayudan a jar el ligando en el sitio activo.
* * *
Estos trabajos aqu expuestos, constituyen una ilustracin del poder de los mto-
VII 119
dos computacionales en orden a colaborar para hacer ms eciente la obtencin de
frmacos de mayores prestaciones.
Lista de Abreviaturas
ACBP Protena transportadora de Acil CoA. A lo largo de esta tesis a menos que
se diga explcitamente, se reere a HgACBP, es decir el ACBP proveniente
de Glndula Harderiana de Armadillo. Ver captulos V y VI.
APBS Programa Adaptative Poisson-Boltzmann Solver. Ver seccin [Baker, 2001].
bovACBP Protena transportadora de Acil CoA, obtenida de bos taurus. Ver cap-
tulos V y VI.
BD Dinmica Browniana. Ver seccin III.9
CoA Coenzima A. Ver seccin: VI.1.
dE Energa Electrosttica de Interaccin. Ver seccin: V.3.3.
DM Dinmica Molecular. Ver captulo III.
FABP Protena transportadora de cidos grasos (FABP). En esta tesis se menciona
la obtenida de hgado. Ver seccin V.7.
FDPB Ecuacin de Poisson-Boltzmann, escrita en diferencias nitas. (En ingls:
Finite Dierence Poisson-Boltzmann). Ver seccin II.3
HgACBP ACBP (protena transportadora de Acil CoA) proveniente de Glndula
de Armadillo.
LCFA cidos grasos de Cadena larga. Ver seccin V.7
LCFACoAs cidos grasos de Cadena larga ligados con Coenzima A. Ver seccin
V.7
LD Dinmica de Langevin. Ver seccin III.9
LPB Ecuacin de Poisson-Boltzmann linealizada. Ver pgina 27
NLPB Ecuacin de Poisson-Boltzmann no lineal. Ver pgina 26
VII 121
PBC Condiciones Peridicas de Contorno. (En ingls: Periodic Boundary Condi-
tions). Ver seccin III.5.3
PLY Palmitato.
PME Mtodo para calcular las interacciones electrostticas de largo alcance (En
ingls: Particle Mesh Ewald ver seccin III.7.2).
RMSD Siglas en ingls de Desplazamiento Cuadrtico Medio (Root Mean Square
Deviation). Ver seccin III.8.4.
SD Dinmica Estocstica. Ver seccin III.9
Tabla Bsica de Aminocidos
Nombre del Cdigo Cdigo Carga Hidro-
Aminocido 1 letra 3 Letras Elctrica fbico Polar
Alanina A Ala 0 X
Cistena C Cys 0 X
Aspartato D Asp X
Glutamato E Glu X
Fenilalanina F Phe 0 X
Glicina G Gly 0 X
Histidina H His + X
Isoleucina I Ile 0 X
Lisina K Lys + X
Leucina L Leu 0 X
Metionina M Met 0 X
Asparagina N Asn 0 X
Prolina P Pro 0
Glutamina Q Gln 0 X
Arginina R Arg + X
Serina S Ser 0 X
Treonina T Thr 0 X X
Valina V Val 0 X
Triptofano W Trp 0 X X
Tirosina Y Tyr 0 X X
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Folge, Bd. 155, S.121132 (1987)
Esta tesis fue escrita por el autor, en una computadora personal adquirida por l
mismo para todas las tareas relativas a su trabajo doctoral. El autor utiliz para
esta tarea el sistema gratuito para preparar documentos denominado LxTrX,
que fue primeramente desarrollado por Leslie Lamport en 1985, y que hoy
es mantenido por un grupo importante de personas que se dan cita en el
sitio de internet http://www.latex-project.org/intro.html. Este sistema
est basado en el lenguaje de composicin para documentos tcni
cocientcos llamado TrX, creado por el matemtico Donald
Knuth, http://www-cs-faculty.stanford.edu/~knuth/. El autor
escribi con el programa de edicin TrXxrc Crxrra,
creado por Sven Wiegand inicialmente en el ao
1999 y un grupo de colaboradores, cuya pgina
web es http://www.texniccenter.org/. La
escritura dur desde el mes de abril
hasta el de octubre del ao 2005.
A todos los que desarrollan
programas gratuitos, mi
admiracin y mi
gratitud.