Propuesta para la Creacin de un Programa de e-Ciencia rea Temtica de Salud

Vicente Hernndez (UPV)

Resumen
Este documento pretende fomentar la discusin en la preparacin de la propuesta para el rea temtica de salud en el Programa de e-Ciencia de RedIRIS. El documento constituye un primer borrador de los puntos a destacar en la propuesta final.

! "oti#acin de un $ntorno %R&' en el rea de Salud

! ! Situacin de las T&C en el rea de Salud
La informati acin de los ser!icios asistenciales es un proceso comple"o y lento pero ine#orable. $umerosos ser!icios se encuentran en la actualidad total o parcialmente informati ados %administracin& laboratorio& radiodiagnstico&'( en gran parte de la sanidad p)blica y pri!ada espa*ola. La necesidad de disponer de un sistema seguro& gil& robusto y eficiente para el almacenamiento& proceso y transmisin de informacin relacionada con la salud es absolutamente aceptada por toda la comunidad m+dica& cient,fica y empresarial. Sin embargo& e#isten numerosas barreras -ue limitan la !elocidad con la -ue se estn adaptando los sistemas& ms a)n si se compara con otros procesos del mundo empresarial. La naturale a multimedia de la informacin de la salud %imgenes& te#to& se*ales& !,deos& procesos& etc.(& la comple"idad de su tratamiento %proceso de imgenes& anlisis de se*ales& e#traccin de informacin en te#tos& etc.( y su dificultad de transmisin %numerosos formatos incompatibles& gran !olumen& etc.( constituyen un factor limitador t+cnico importante. .s a)n& otros factores& como la pri!acidad de la informacin& la disponibilidad de los recursos o el mane"o del enorme !olumen de datos /istricos& suponen un freno a)n mayor. Las tecnolog,as 0RI1 suponen una importante oportunidad para la solucin de muc/os de estos problemas.

!(! )usti*icacin del %R&' como Solucin

El mundo de la salud constituye un e"emplo perfecto para la implantacin de un entorno 0RI1. La e#istencia de una comunidad !irtual de personal m+dico pro!eniente de !arios centros %asistencia primaria& especiali ada& urgencias(& -ue cubren un rea asistencial& se adapta a la estructura 0RI1. La informacin de los pacientes se encuentra distribuida y su acceso y proceso como un con"unto global es absolutamente deseable. 2dems& el acceso y proceso al gran !olumen de datos m+dicos puede ser abordable desde un con"unto de recursos 0RI1. La seguridad& autenticacin y fiabilidad -ue ofrece la ar-uitectura 0RI1 responde a los re-uerimientos -ue el proceso de este tipo de informacin necesita.

!+! e-Ciencia en Salud

La madure actual de los entornos 0RI1 es relati!a. Si bien estos entornos se encuentran en un estado admisible para la comunidad cient,fica& a)n e#isten

numerosos conceptos -ue deben solucionarse para el despliegue del 0RI1 en salud a ni!el generali ado. Por una parte& se necesita adaptar las aplicaciones para -ue funcionen en un entorno 0RI1& con un +nfasis especial en la seguridad y confidencialidad de la informacin. .uc/as aplicaciones 0RI1 en salud compartirn similares re-uerimientos& por lo -ue es importante definir una capa de 30RI1 en salud4 -ue ofre ca la funcionalidad com)n a las aplicaciones. 2dems e#isten problemas de ,ndole tecnolgico& como los re-uerimientos de infraestructura local en los centros asistenciales -ue necesitan ser anali ados detenidamente. Por tanto& la aplicacin de 0RI1 en salud re-uiere de un importante esfuer o in!estigador& y esta propuesta pretende anali ar el entorno adecuado para -ue +ste se desarrolle.

(! $studio de ,ecesidades - Pro-ectos Potenciales

La I515I de las 6IC en el mbito de la salud implica a una gran !ariedad de entidades de naturale a di!ersa& como centros tecnolgicos& usuarios m+dicos y empresas pro!eedoras. Es por tanto importante -ue el mbito de esta propuesta incluya& en la medida de lo posible& no solo centros de in!estigacin sino tambi+n al resto de entidades mencionadas. Los centros /ospitalarios& usuarios de la tecnolog,a& son a la !e grandes pro!eedores de contenidos. Esto puede implicar -ue se re-uiera anali ar en determinados casos la cone#in entre las redes informticas /ospitalarias y Red IRIS. En el caso de redes /ospitalarias p)blicas& e#isten importantes dotaciones de infraestructura muy apropiadas para este programa %p.e. la red 2R6ERI2S de la Comunidad 7alenciana %C7((. En el caso de redes /ospitalarias pri!adas& e#iste tambi+n una importante tendencia a la cone#in de alta !elocidad entre los centros pertenecientes a las mismas %p. e. el grupo $IS2 en la C7(. El dise*o& planificacin e implementacin de un .iddle8are bsico para aplicaciones de 0RI1 en salud re-uerir disponer de gran e#periencia en aplicaciones biom+dicas y de aplicaciones 0RI1. Es necesario por tanto identificar centros y e#periencias en el rea biom+dica -ue puedan proporcionar la informacin -ue se necesita& al mismo tiempo -ue coordinarse con otras iniciati!as similares -ue puedan estar desplegndose en otros pa,ses.

(! ! Pro-ectos en el rea de la Salud con &nter.s en %R&'

La comunidad in!estigadora de las 6IC en salud es muy numerosa en Espa*a. Recientemente& y para coordinar las acciones de in!estigacin& se /an puesto en marc/a di!ersas redes de e#celencia ba"o el 9ondo de In!estigacin Sanitaria del Instituto de Salud Carlos III -ue pretenden facilitar la cooperacin entre los centros especialistas en proceso de imgenes& telemedicina o tecnolog,a sanitaria. 2dems de estas acciones& e#isten numerosas iniciati!as cuya cooperacin puede proporcionar una gran cantidad de aplicaciones susceptibles de beneficiarse de las tecnolog,as 0RI1 %aplicaciones computacionalmente intensi!as& con grandes re-uerimientos de almacenamiento de datos& colaborati!as& etc.(.

(!(! Pro-ectos en %R&'

La definicin de un middle8are de 0RI1 en salud re-uiere& adems de la e#periencia relati!a a las aplicaciones de las 6IC en salud& el conocimiento de los middle8are 0RI1 gen+ricos. Los entornos actuales no estn absolutamente maduros& y se espera -ue e!olucionen en los pr#imos a*os notablemente. Este carcter dinmico de la tecnolog,a bsica debe ser tenido en cuenta para asegurar -ue los desarrollos -ue se

realicen durante un programa de e-ciencia impli-uen a las diferentes reas de aplicacin y a las correspondientes comunidades de usuarios. Este conocimiento re-uerir del contacto con los comit+s de desarrollo y estandari acin y los proyectos de middle8are gen+ricos e#istentes.

(!+! Perspecti#as de Participacin en el /P"

Si bien el proyecto pretende la creacin de un 0RI1 en salud a ni!el nacional& las caracter,sticas intr,nsecas de la tecnolog,a 0RI1 permiten su e#tensin a reas de aplicacin ms grandes& como el entorno europeo. La apuesta -ue la Comisin Europea est reali ando sobre las tecnolog,as 0RI1 en el 7I Programa .arco es notable. $o slo e#isten l,neas prioritarias para proyectos espec,ficos de 0RI1& sino -ue en muc/as otras reas /ay una recomendacin del uso de estas tecnolog,as. .s precisamente& la l,nea prioritaria de 3e-:ealt/4 recomienda el uso de esta tecnolog,a en la medida de lo posible. E#isten numerosas acciones en el 7I Programa .arco cuya cone#in parece necesaria. E#isten !arias propuestas de infraestructura %E0EE por e"emplo( cuyo ob"eti!o es desplegar una infraestructura de 0RI1 y a!an ar en el desarrollo del middle8are& con especial inter+s en las reas de 9,sica de 2ltas Energ,as y Salud. Por otro lado& e#isten otras propuestas en marc/a en el rea de 0RI1 aplicado a la salud& como la Red de E#celencia 3:E2lt/ 0RI1 7E$ture4 %:E27E$(. Es importante destacar -ue tanto E0EE como :E27E$ tienen entre sus ob"eti!os el contacto con desarrolladores de aplicaciones 0RI1 en el rea de salud.

+! 'e*inicin $0plicita de 1Use Cases2

+! ! &n*ormacin 3sica
El rea de la Salud& como se /a comentado& constituye un rea multidisciplinar en la -ue la informacin es de carcter multimedia y los procesos -ue sufre son !ariados y comple"os. Es por tanto necesario antes de describir los casos de uso& el definir con una m,nima precisin los tipos de datos y procesos -ue inter!ienen de forma gen+rica %y sin pretender ser e#/austi!os( en el rea. +! ! ! Tipos de 'atos

Los datos relati!os a la salud pueden estructurarse en funcin del ob"eti!o de las aplicaciones. 2tendiendo a +ste ob"eti!o& se pueden clasificar en tres ni!eles; poblacin& paciente y rgano. Si bien se consideran ms ni!eles inferiores %celular y biomolecular(& +stos se caracteri an por una problemtica ms espec,fica y se tratarn en el rea de bio-computacin.

Composicin

Informacin

Poblacin Paciente rgano

'atos a ni#el de po4lacin El inter+s de los datos poblacionales es e#traer conocimiento -ue corresponda de forma gen+rica a grandes grupos de pacientes& con el ob"eti!o de diagnosticar& planificar una terapia o definir las caracter,sticas end+micas de una determinada patolog,a. La informacin rele!ante a +ste ni!el la constituyen con"untos -ue resumen o totali an la informacin de los pacientes representati!os. $o son rele!antes a este ni!el los datos -ue caracteri an de forma )nica la informacin %datos personales(& si bien lo son los datos -ue permiten su agrupamiento %rea de residencia& se#o& rango de edad(. 2 ni!el m+dico& es rele!ante disponer de informacin sobre patolog,as y terapias& as,

como de los datos -ue /an conducido a un diagnstico %imgenes de radiodiagnstico& se*ales !itales& anlisis(. 'atos a ni#el de paciente La informacin rele!ante a ni!el de paciente es la contenida en la /istoria cl,nica. La /istoria cl,nica informati ada constituye un gran reto en la gestin /ospitalaria actual. $umerosos esfuer os se /an reali ado en la intercone#in de datos m+dicos %:L<& 1IC=.& 7ital& etc.(. La informacin relati!a a los pacientes adolece de los siguientes problemas; Se encuentra distribuida& fruto de la !isita a lo largo de la !ida de un paciente a diferentes centros de atencin sanitaria. Es confidencial& por lo -ue su acceso debe estar restringido a ni!el electrnico& al menos al mismo ni!el -ue a ni!el impreso. 6iene un gran !olumen& por lo -ue su transferencia debe considerarse con cuidado para e!itar la congestin del trfico. Es multimedia& por lo -ue su almacenamiento re-uiere de un tratamiento especial. 1atos asociados a este ni!el son los siguientes; Informacin demogrfica; 1atos personales generales y m+dicos del paciente. Informacin radiolgica; Imgenes radiolgicas& medicina nuclear. :istorial cl,nico; Episodios& diagnsticos& tratamientos& alergias& intolerancias. Informacin anal,tica; 2nlisis de muestras& medidas bioel+ctricas.

'atos a ni#el de rgano La informacin rele!ante al ni!el de rgano la constituye a-uella -ue refle"a el estado o caracteri a a un rgano o sistema funcional. Esta informacin puede ser parte de la informacin del paciente o bien constituir modelos y parmetros funcionales de rganos. La informacin a ni!el de rgano incluye; Imgenes anatmicas y funcionales de rganos. Se*ales y muestras. .odelos computacionales del comportamiento funcional de rganos.

+! !(! Tipos de Procesos 1ada la naturale a de los datos -ue inter!ienen en el 0RI1 en salud& e#puesta anteriormente& es importante describir los procesos -ue inter!endrn en su gestin para poder definir ms claramente los casos de uso -ue aparecen. Procesos 5ue re5uieren computacin de altas prestaciones La simulacin de los modelos funcionales de rganos o los modelos de comportamiento de pacientes y poblaciones re-uiere de una gran cantidad de recursos dedicados a la resolucin con"unta de un )nico problema. E"emplos de este tipo de procesos son; la simulacin multimodal de la acti!idad funcional de sistemas orgnicos& como el !ascular o el respiratorio> la identificacin de unidades anatmicas o funcionales en imgenes ?1> la identificacin de arritmias y la locali acin precisa de los focos en se*ales card,acas> etc.

Procesos 5ue re5uieren alta producti#idad El carcter e#perimental de la in!estigacin en salud re-uiere en muc/os casos reali ar numerosas simulaciones !ariando un con"unto de parmetros. 1e los resultados de la e#perimentacin se a"ustan e#perimentalmente tratamientos o diagnsticos. El 0RI1 puede proporcionar una gran cantidad de recursos para la e"ecucin eficiente& robusta y simultnea de diferentes e#perimentos. Procesos 5ue re5uieren el acceso a grandes #ol6menes de datos El proceso de las bases de datos m+dicas es importante tanto para la consolidacin de la informacin perteneciente a poblaciones& la integracin de toda la informacin perteneciente a un paciente concreto o la e#traccin de conocimiento a partir de t+cnicas de miner,a de datos. Es importante permitir la b)s-ueda de informacin a partir de conceptos comple"os y no inde#ados& como similitud de imgenes& muestras& diagnsticos& etc. Procesos cola4orati#os o de comunicacin igual a igual! La informacin m+dica relati!a a pacientes concretos se almacena de forma organi ada en los centros asistenciales. Esta informacin est su"eta a una serie de normas -ue garanti an la confidencialidad e integridad de los datos. Sin embargo& la in!estigacin en cual-uier rea de salud re-uiere disponer de casos representati!os de una determinada patolog,a o colecti!o. Estos casos pueden anonimi arse de forma -ue sea irreconocible su origen& y su comparticin puede ser de gran utilidad a la comunidad cient,fica y m+dica. Si bien estos casos podr,an /acerse disponibles a partir de las grandes bases de datos distribuidas& es /abitual -ue los facultati!os dispongan& en repositorios locales& de colecciones de datos seleccionados por su inter+s. La posibilidad de compartir de manera eficiente y segura estos datos a tra!+s de Internet permitir,a facilitar la colaboracin entre especialistas y el acceso a una mayor cantidad de datos de calidad. La comunicacin mediante ar-uitecturas P@P resulta especialmente apropiada& ya -ue se aumenta el n)mero de r+plicas& se reducen los tiempos de descarga y se traba"a sobre datos preseleccionados.

7! $#aluacin del Posi4le Uso de "iddle8are Com6n

La tecnolog,a 0RI1 bsica en la -ue se soporta el middle8are espec,fico de la salud deber elegirse teniendo en cuenta su eficiencia y aceptacin. La tecnolog,a 0RI1 toda!,a no se encuentra en su total madure y por tanto la capa de ser!icios espec,fica de la salud deber ser lo suficientemente independiente para poder adaptarse a cambios en la estructura bsica del .iddle8are. 2ctualmente& =0S2 %=pen 0ris Ser!ice 2rc/itecture( proporciona una estructura suficientemente conceptuali ada. La decisin deber tomarse teniendo en cuenta las iniciati!as europeas con las -ue se pretenda establecer cone#iones.

9! 'esarrollo Pre#isto de "iddle8are $spec:*ico del rea de Salud

La puesta en marc/a de aplicaciones piloto permitir identificar re-uerimientos& componentes y procesos -ue sean comunes a gran n)mero de aplicaciones de 0RI1 en salud. Estos componentes y re-uerimientos constituyen la capa intermedia -ue permitir desarrollar ms rpidamente las aplicaciones 0RI1 en el rea de la salud. Entre estos componentes& se encontrarn;

.dulos de interfa & capaces de cargar& transmitir y con!ertir los datos pro!enientes de diferentes fuentes en diferentes formatos. .dulos de proceso de imgenes& capaces del filtrado& segmentacin& proyeccin ?1& reformateo de planos& etc. .dulos de clculo intensi!o& capaces de resol!er problemas num+ricos espec,ficos& como anlisis mecnicos de prtesis& dinmica de fluidos& transmisin de potenciales el+ctricos& etc. La ilustracin A muestra la relacin entre las aplicaciones en salud y el 0RI1 gen+rico. Esta ilustracin muestra como e"emplo tres potenciales componentes de esta capa intermedia.

GRID en Salud

/rea de Salud A licaciones Se!mentaci"n # $isuali%aci"n &D M'todos de Resoluci"n de Elementos (initos Middleware Comn de A licaciones Middleware Bsico GRID Infraestructura: NODOS RED Interfa% de Datos )*+,- DICOM.

&lustracin ; $s5uema de un %R&' en Salud!

/! Recursos de &n*raestructura 'imensin

GRID Genrico

- Humanos 'isponi4les<

Bn programa de e-Ciencia en salud es intr,nsecamente multidisciplinar& tanto en lo relati!o a las reas implicadas %medicina& ingenier,a& informtica& telecomunicaciones& f,sica& -u,mica& etc.( como en lo relati!o a los potenciales centros implicados%centros de in!estigacin& laboratorios& /ospitales& etc.(. Esta caracter,stica& unida a los re-uerimientos t+cnicos de un programa de e-Ciencia& conlle!a a la necesidad de infraestructuras compartidas entre centros de in!estigacin y pro!eedores de informacin %/ospitales principalmente(. La estructura 0RI1 de clculo puede ubicarse en centros de in!estigacin y de ser!icio& pero la cone#in de los centros pro!eedores de informacin con el entorno 0RI1 debe permitir grandes

transferencias de datos. Los re-uerimientos !ariarn en funcin de los proyectos piloto -ue se -uieran implantar.

=! 'e*inicin de Posi4les Pro-ectos Piloto

El programa tratar,a de definir una capa de ser!icios gen+ricos para las aplicaciones 0RI1 en salud. Esta capa se construir,a a partir del anlisis de re-uerimientos de aplicaciones y estndares& e#istentes o en desarrollo& identificados durante una etapa e#ploratoria. 2 partir del anlisis de estas aplicaciones se determinar,an ser!icios& componentes& interfaces y formatos -ue dar,an lugar a la capa mencionada. Sobre esta capa se desplegar,an las e#periencias piloto -ue ser!ir,an para demuestrar los beneficios de la tecnolog,a y de los resultados del proyecto. Bna clasificacin de potenciales aplicaciones piloto podr,a ser la siguiente; Proceso de imgenes; Identificacin de rganos y entidades funcionales& proyeccin ?1& generacin de modelos& /erramientas de diagnstico asistido por computador. Simulacin funcional de rganos y sistemas; 1inmica de fluidos& transporte de potenciales el+ctricos& deformaciones !isco-elsticas& anlisis estructural. 2cceso inteligente a grandes !ol)menes de datos; E#traccin de conocimiento y miner,a de datos sobre bases de datos poblacionales& b)s-ueda de patrones en imgenes y se*ales& locali acin de similitudes en diagnsticos y pruebas. 6raba"o colaborati!o; Comparticin segura de datos m+dicos& !ideoconferencia& asistencia remota.

>! Trans*erencia de Tecnolog:a< Visi4ilidad - 'i*usin de Pro-ectos

La propuesta persigue la puesta en marc/a de un programa de e-Ciencia& pero con el ob"eti!o de -ue este entorno sea beneficioso tanto para la comunidad cient,fica como para el mundo empresarial. La disponibilidad de un sistema de clculo con una potencia de pico del orden del 6eraflop y una capacidad de almacenamiento de !arios 6erabytes permitir abordar problemas tipo gran desaf,o -ue actualmente son inabordables& m#ime para los centros -ue no disponen de suficiente infraestructura para abordar problemas de tama*o medioCgrande. Por tanto& es de especial inter+s para mantener la !iabilidad del proyecto una !e terminada la duracin propuesta& el disponer de un gran n)mero de usuarios y clientes -ue puedan "ustificar la continuacin de las operaciones. .s a)n& el acceso a gran escala "ustifica la participacin de empresas -ue puedan beneficiarse de este concepto tanto como usuarios como ser!idores espec,ficos. Para conseguir un gran impacto y un gran n)mero de usuarios se plantea la difusin de resultados a tres ni!eles; 9oros cient,ficos. 2tendidos principalmente por in!estigadores -ue desarrollan nue!as aplicaciones en el rea de la salud& con el ob"eti!o de atraer nue!as aplicaciones al rea 0RI1. 9oros de salud. 2tendidos principalmente por usuarios %facultati!os& enfermer,a& gerencia& etc.(& en los -ue se pretende fomentar el uso de las aplicaciones 0RI1& a la par de in!olucrar a los centros usuarios en el entorno 0RI1 como pro!eedores de contenidos. 9oros empresariales y tecnolgicos. 2tendidos principalmente por empresas& con el ob"eti!o de desarrollar y e#perimentar modelos de negocio -ue puedan beneficiarse de la tecnolog,a 0RI1.

La difusin consistir en; Elaboracin de una imagen corporati!a acorde con el proyecto global. Preparacin de material de difusin impreso y electrnico. .antenimiento de un sitio Deb con la informacin actuali ada& disponiendo de reas p)blicas y pri!adas. =rgani acin de presentaciones y demostraciones en e!entos.