Feneticismo

SISTEMTICA TERICA: GENERALIDADES Y CONCEPTOS BSICOS

SISTEMTICA (systema= ordenamiento) "Estudio cientfico de las clases y diversidad de los organismos y de todas las relaciones entre ellos" (Simpson, 1961; Crisci, 1978). "Ciencia de la diversidad de los organismos" (Mayr & Ashlock, 1991). "Ciencia de la clasificacin biolgica" (Schuh, 2000).

TAXONOMA (taxis= ordenamiento, nomos= ley). Estudio terico de la clasificacin, incluyendo sus bases, principios, procedimientos y reglas (Crisci & Lpez Armengol, 1983).

Cambios mas importantes de los ltimos 50 aos

El hombre ha clasificado organismos antes del origen mismo de la escritura, pero slo en pocas recientes la teora de la clasificacin ha madurado y se ha empezado a tomar madurado, conciencia de la importancia de la diversidad biolgica Ernest Mayr, 1982. Escuelas de clasificacin Caracteres utilizados Desarrollo informtico Desarrollo de nuevos algoritmos que utilizan otros criterios Aplicacin en otras disciplinas

Taxonoma

Gentica evolutiva

Bioinformtica

Linneo
Era creacionista. Fue el primero en convencer a los dems cientficos de la realidad de las especies Cre un sistema i j jerrquico i anidado id d d de clasificacin

Sistema de clasificacin jerrquico, con cuatro categoras: clase, orden, gnero y especie. Por debajo del nivel de especie reconoca variedades. La clasificacin animal propuesta era la formada por los grupos: Vermes (= invertebrados en general), Insectos, Peces, Anfibios, Aves y Mamferos. Public la obra Systema naturae (12 ediciones entre 1735-1768), que es un catlogo metdico de plantas, animales y minerales ordenados en grupos subordinados.

Propuso un sistema de nomenclatura cientfica universal, con una nomenclatura binominal para las especies. La 10 edicin de Systema naturae (1758) se considera el punto de partida de la nomenclatura zoolgica, y la obra Species Plantarum, el punto de partida de la nomenclatura botnica.

Charles Robert Darwin 18091892

Propone la teora de la evolucin por seleccin natural Se nutre del uniformismo de Lyell (gradualismo); del catastrofismo de Cuvier (progresin orgnica) y le agrega el condimento evolutivo de Lamarck.

And thus, the forms of life throughout the universe become divided into groups subordinate to groups

Charles Darwin

...las relaciones entre especies dentro de un gnero, o entre miembros de una familia, son en realidad relaciones de sangre, debido a que descienden de un ancestro en comun..... Charles Darwin

...nuestras clasificaciones pasarn a ser en la medida en que sto se pueda hacer genealogas; y es entonces cuando ellas verdaderamente d d t nos di dirn l lo que puede ser denominado el plan de la creacin..... Charles Darwin

Escuelas de clasificacin
El impacto de la teora darwiniana sobre la clasificacin
Escuela Fentica o de Taxonoma Numrica (Sneath y Sokal, 1973) Escuela Cladstica o Sistemtica Filogentica (Hennig 1968) (Hennig, Taxonoma Evolutiva (Simpson, 1961; Mayr, 1968)

Fenograma

Escuela Fentica
Se deben construir clasificaciones cuyos taxones se reconocen por su similitud aparente o global, expresada en el mayor nmero de caracteres posibles. Estos caracteres no deben tener peso a priori y deben ser tomadas de todas las partes de su ciclo vital Autores: Michener y Sokal, 1957; Cain y Harrison, 1958 ; Sneath, 1958 Principles of numerical taxonomy, Sneath y Sokal (1973). Calcula ndices de similitud (o distancia) aplicando tcnicas de agrupamiento y anlisis multivariados.

SISTEMTICA FILOGENTICA O CLADSTICA Los taxones se reconocen por los caracteres derivados compartidos por sus miembros (=sinapomorfas) y deben ser monofilticos (incluyen todos los descendientes de un mismo ) antecesor). La clasificacin debe expresar las relaciones genealgicos entre los grupos de organismos.

Willi Hennig

Grupos mono, para y polifilticos

TAXONOMA EVOLUTIVA (Simpson, 1961; Mayr, 1969; Cronquist, 1987) Los taxones pueden ser monofilticos o parafilticos (incluyen algunos pero no todos los descendientes de un mismo antecesor). ) La clasificacin debe expresar las relaciones de ancestralidad comn y la cantidad de cambio evolutivo que separa a los taxones derivados de un mismo ancestro.

Fentica

Cladstica

Taxonoma Evolutiva Consistente con la filogenia Cladsticas + Patrsticas Mono + parafilticos Filogramas Reales

Definicin de carcter
Los caracteres taxonmicos son atributos utilizados para distinguir los miembros de un taxn de los miembros de otro taxn. Son atributos heredables cuya variacin permite diferenciar grupos o taxones. Las distintas alternativas o variantes de un carcter se denominan estados.

Clasificacin Indepen.
Similitud global

Filogenia

Basada en la filogenia Cladsticas

Relaciones

Taxones Diagramas Especies

Mono-para o polifilticos Fenogramas Nominales

Monofilticos

cladogramas Reales

Tipos de Caracteres
Variables Cualitativas y Cuantitativas

Rangos superpuestos = caracteres cuantitativos Rangos g no superpuestos p p = caracteres cualitativos

Forma de hoja redonda Codificacin: 1

Forma de hoja oval Codificacin: 0

Caracteres discretos

Caracteres discretos vs. continuos

Se refiere a las propiedades matemticas de los rangos de nmeros utilizados para medir los atributos

Caracteres discretos doble estado: Simetra radial (0), bilateral (1) Ojos convexos (0), aplanados (1) Flagelo ausente (0), presente (1) Sitio de restriccin ausente (0), presente (1) Electromorfo ausente (0), presente (1) Caracteres discretos multiestado Tegumento liso (0), tuberculado (1), canaliculado (2) T Tegumento d desnudo d (0), (0) con setas (1), (1) con escamas (2) Bases nitrogenadas del ADN: adenina (A), guanina (G), citosina (C), Timina (T) Caracteres mersticos Nmero cromosmico: n=11, n=22, n=26 Caracteres continuos transformados en discretos Fmures 2 a 3 veces mas largos que anchos (1), 4 a 5 veces mas largos que anchos (0).

Caracteres continuos Datos morfomtricos: Medidas: largo o ancho en micras, milmetros, centmetros Datos expresados como distancias: Distancias inmunolgicas, distancias isoenzimticas, distancias moleculares Datos expresados como frecuencias: Frecuencias allicas, alozmicas, de reordenamientos cromosmicos.

Mtodos Fenticos
A) Mtodos de agrupamiento B) Mtodos de ordenacin

Mtodos Fenticos
Convierten una matriz de datos en una matriz de distancias/similitud mediante algn ndice Esa matriz sirve de entrada para construir fenogramas mediante algn mtodo de agrupamiento Ejemplos: UPGMA, NeighbourJoining.

Ventajas y desventajas de los mtodos de agrupamiento

Ventajas Son fciles de implementar Requiere poco tiempo computacional Siempre producen un solo rbol Desventajas El resultado obtenido depende del orden de adicin No se pueden contrastar hiptesis

UPGMA (Unweighted pairgrouped method using arithmetric averages)

Tax 2 3 4 5 1 D12 D13 D14 D15 2 3 4

D23 D24 D34 D25 D35 D45

Dij= distancia entre taxn i y taxn j

B= distancia al nodo= d12/2 1 2

Supongamos que u3 es la mas pequea Colocamos el taxn 3 a una distancia b= du3 /2 = (d13 + d23) /(2 x2). 1

Calculamos nuevamente las distancias desde el taxn u= 1+2

2 3

duk 2 k= (d1k + d2k) / 2. Taxn 3 4 5 U Du3 Du4 Du5 3 4

Calculamos nuevamente las distancias desde el taxn v= 1+2+3, siendo d kv = (dk1 + dk2 +dk3) /3

D34 D35 D45

Taxn 4 5

V Dv4 Dv5

4 D45

Supongamos que dv4 es la distancia mas chica

Y nos queda.................
1 2 3 4 1 2 3 4 5

Colocamos d a una distancia b= dv4 /2 = d14 + d24 + d 34 / 3 x 2.

Por ltimo colocamos el taxn 5 a una distancia b= dJ5 /2= d15 + d25 + d 35+ d 45/ 4 x2.

Este es un rbol ultramtrico

Mtodo de NeighborJoining Saitou y Nei (1987)

No es ultramtrico

ndices utilizados

Mtodos de ordenacin: Anlisis de componentes principales (PCA)

El Anlisis de Componentes Principales (ACP) es una tcnica estadsticas multivariable eminentemente descriptiva. Se utiliza en la actualidad para analizar un gran volumen de datos, provenientes de diversos campos (desde la neurobiologa, a la economa, ciencias sociales, gentica, etc.)

OBJETIVO
Sintetizar la informacin a un menor nmero de variables (componentes principales) con el objeto de encontrar alguna estructura o patrn subyacente. subyacente

REQUISITOS
Los nuevos componentes principales o factores sern una combinacin lineal de las variables originales, y adems sern independientes entre s. Cada componente contiene una parte de la variabilidad total de los caracteres. El primero es el que tiene la mayor variabilidad. De la variabilidad restante, el segundo componente es el que incluye mayor informacin, y as sucesivamente.
a) Variacin continua de los caracteres (variables). b) El nmero n de individuos o elementos observados debe ser mayor que el nmero p de variables originales. g c) Un anlisis de componentes principales tiene sentido si existen altas correlaciones entre las variables, ya que esto es indicativo de que existe informacin redundante y, por tanto, pocos factores explicarn gran parte de la variabilidad total.

Como se obtienen los componentes principales?

Se obtiene una matriz de correlaciones entre todos los caracteres Se transforman matemticamente en un nuevo conjunto de variables (desarrollo complejo que excede los objetivos de este curso) Estos componentes son ORTOGONALES, por lo tanto son independientes entre s.

La contribucin individual de un carcter a un componente principal est expresada por el coeficiente de regresin del componente con respecto a ese carcter Todos los caracteres contribuyen a todos los componentes t pero de d manera dif diferencial i l El cuadrado de la contribucin de un carcter para un componente representa la varianza de ese carcter para el citado componente. EIGENVALORES (vectores propios o autovectores) = sumatoria de todas las varianzas de todos los caracteres para un determinado componente principal.

Ejemplo de aplicacin
n = 15 estudiantes m = materias (lengua, matemticas, fsica, ingls, filosofa, historia, qumica, gimnasia) (dato= calificaciones) Los dos primeros componentes principales explicaban juntos el 82,1% de la varianza. El p primer de ellos p pareca fuertemente correlacionado con las materias de humanidades (lengua, ingls, filosofa, historia) mientras que el segundo apareca relacionado con las materias de ciencias (matemticas, fsica, qumica). Conclusin: existe un conjunto de habilidades cognitivas relacionadas con las humanidades y un segundo relacionado con las ciencias, estos dos conjuntos de habilidades son estadsticamente independientes por lo que un alumno puede puntuar alto en slo uno de ellos, en los dos o en ninguno

Se tom una matriz bsica de datos: 43 caracteres morfolgicos. Los datos estaban estandarizados. Se realiz una matriz de correlacin (43x43) y de esta matriz se extrajeron los componentes principales Los 7 primeros componentes extrajeron el 100% de la variacin total de los OTU

Ejemplo de aplicacin en Gentica Evolutiva: Relaciones entre especies del gnero Bulnesia

Cada OTU se grafic en relacin a los dos primeros componentes teniendo en cuenta todos sus Caracteres y la contribucin de ellos a cada componente.

Interpretacin de los resultados

La tcnica permite determinar dos aspectos: 1) La relacin entre los OTU: cuanto mas cerca en el espacio estn, mas relacionados estarn (ej. B. arborea y B. carrapo) 2) ) Valor l d discriminativo d de l los caracteres con respecto a las relaciones establecidas en 1) (ej. Ancho del ptalo, longitud del ptalo, presencia de gran escama junto al estambre, longitud de la hoja y ancho de la hoja son los caracteres que mas aportan al primer componente, y este componente es el que mejor discrimina el grupo B. arborea y B. carrapo)