INTRONES Los intrones son elementos integrales de los genomas eucariontes que participan de manera activa en la evolucin de genes

mediante los fenmenos de procesamiento alternativo e intercambio de exones. Los genomas de organelos celulares contienes 2 tipos de intrones: Los del grupo I codifican endonucleasas, sitio especifico que cataliza su propagacin a otros genes. Los intrones del grupo II son elementos genticos mviles autocataliticos. Existen variaciones en el nmero, grupo y localizacin de intrones reportados en el genoma mitocondrial de algas verdes. La presencia de intrones en los genomas mitocondriales en las distintas algas pueden ser tiles para describir las relaciones filogenticas entre los linajes de las algas verdes. La presencia de intrones en un mismo grupo en los mismos genes de distintas algas puede sugerir que los intrones hayan sido heredados verticalmente de un ancestro mitocondrial comn de las algas verdes. CONTENIDO DE GENES Los genomas mitocondriales secuenciado de algas revelan que el contenido de genes vara en los distintos linajes. Aquellos genes que participan en la fosforilacin oxidativa interaccionan protenas codificadas por genes mitocondriales y nucleares. Los genes mitocondriales presentan diferencias en cuanto al contenido de genes que codifican subunidades de los complejos I, IV Y V de la cadena respiratoria. Los genomas mitocondriales de las algas prasinoficea contienen el conjunto de genes clsicos que codifican para subunidades de los complejos I, IV, V. En cuanto a los genes que codifican al complejo I hay variaciones como el alga trebuxoficea P. wickerhamii y las algas ulvociferas que carecen del gen nad10 o como los genomas mitocondriales de las clorofceas que carecen de los genes nad7, nad9 y nad 10. En cuanto a los genes que codifican componentes del complejo IV el alga P.minor y las algas clorofceas carecen de los genes cox2 y cox3, donde la ausencia de cox2 constituye un nico caso entre las algas verdes. Respecto a los genes que codifican componentes del complejos V, las algas prasinoficeas, ulvoficeas y trebuxoficeas contienen los genes atp1, atp4, atp6, atp8 y atp9, caso contrario de las clorofceas ya que no contienen genes que codifican subunidades del estator de la ATP sintasa. Las algas prasinoficeas, el alga trebuxoficea y las ulvoficeas tienen un genoma del tipo ancestral, semejante a la R. americana, que contiene el conjunto casi completo de genes que codifican tRNA necesarios para codificar la protena que necesitan.

Adems en las eucariontes, la importancia de tRNA del citoplasma a la mitocondria es esencial para los procesos biosinteticos de la mitocondria y en consecuencia para la viabilidad celular. Una ventaja de la secuenciacin completa de los genomas mitocondriales es que permiten conocer el orden en que se encuentran los genes. La preservacin del orden preciso de los genes en los genomas mitocondriales (sintenia) as como la presencia o ausencia de genes, son importantes al nivel evolutivo. El orden de los genes en un genoma esta preservado en los organismos que son filogenticamente cercanos. En el caso de las algas verdes, es posible que algunos arreglos de genes sean caractersticas exclusivas de un linaje en particular y por lo tanto sean tiles para resolver controversias en cuanto a su clasificacin entre los distintos linajes de algas verdes. Normalmente se considera que dos o ms linajes estn relacionados si estos presentan caractersticas morfolgicas compartidas, ya que se piensa que estas caractersticas provienen de un ancestro en comn.