BIOLOGA SINTTICA: PROGRAMANDO CLULAS

Autores: Luz Hicela Mosquera Mosquera (Universidad Tecnolgica del Choc) y Grupo de Modelizacin Interdisciplinar, InterTech (www.intertech.upv.es).

A partir del ao 2003, algunos cientficos interesados por los temas en que confluyen las biologa y otras disciplinas aplicadas o no, se han interesado en un un emergente campo cientfico que han denominado Biologa Sinttica, combinando mtodos de la Ingeniera con la Biologa. Se trata de introducir nuevos circuitos biolgicos (compuestos por protenas y cidos nucleicos) en clulas, usando un proceso de estandarizacin anlogo al utilizado en la electrnica. De este modo, se pueden transformar tales clulas en pequeos computadores biolgicos programados para desempear tareas predeterminadas. En el I Congreso Internacional sobre esta disciplina, organizado en junio de 2004 por el Massachusetts Institute of Technology (MIT), se presentaron los trabajos relacionados con esta temtica as como las perspectivas futuras de la Biologa Sinttica: el diseo y fabricacin de componentes y sistemas biolgicos que no existen hoy en da en la Naturaleza o el rediseo de los sistemas biolgicos ya existentes. Se trata, en definitiva, de una nueva rea, de carcter intrnsecamente multidisciplinar, Esta emergente disciplina se origina tras los pasos alcanzados por la Biologa Molecular durante las ltimas dcadas y se encuentra ntimamente relacionada con otras disciplinas ya existentes, como la Ingeniera Gentica, la Ingeniera Metablica y la Biologa de Sistemas. Sin embargo, a diferencia de estas ltimas, la Biologa Sinttica persigue una mayor implicacin de cientficos pertenecientes a campos distintos de la Biologa y cuyas reas de especializacin han permanecido tradicionalmente alejadas de sta (fsicos, matemticos, ingenieros, etc.). En este sentido, las partes, dispositivos, circuitos y sistemas, conceptos y mtodos aplicados normalmente en diferentes reas de la ingeniera, se convierten en fundamentos bsicos para la sistematizacin y estandarizacin de los elementos responsables de las funciones biolgicas, lo que permite su utilizacin para disear y crear circuitos genticos capaces de desarrollar nuevas funciones. Adems, el uso de mtodos de modelizacin y simulacin como elemento principal del diseo e implementacin de nuevas ideas, permiten la introduccin sistemtica de la cuantificacin y la prediccin, sugiriendo un absoluto control de las condiciones presentes y futuras del sistema. De hecho, en el documento de referencia sobre Biologa Sinttica del VI Programa Marco de la Comisin Europea (dentro de su iniciativa NEST-PATHFINDER 2005/2006) se insiste en que este nuevo paradigma de la Ingeniera aplicado a la Biologa permitir implementar el conocimiento biolgico existente en problemas biotecnolgicos de una manera mucho ms racional y sistemtica de lo que se ha llevado a cabo hasta la fecha y har posible llegar ms all en los objetivos planteados. La introduccin de principios de diseo tales como la modularidad y la estandarizacin de partes y dispositivos, de

acuerdo con criterios reconocidos internacionalmente, y la adaptacin de procedimientos de diseo abstracto ya existentes a sistemas biolgicos, junto con la aparicin de nuevas tecnologas punteras que permitan el desacoplo del diseo y la fabricacin, cambiarn de manera fundamental nuestros conceptos actuales de cmo manipular sistemas biolgicos. En este sentido, la Biologa Sinttica no es, en primera instancia, una ciencia para el descubrimiento que se interese en investigar cmo funciona la naturaleza sino, en ltima instancia, una nueva manera de hacer cosas.

La anterior publicacin ha dado origen a muchas iniciativas, entre estas BioModularH2,, con la cual el equipo investigador Grupo de Modelizacin Interdisciplinar InterTech (www.intertech.upv.es), conformado por docentes investigadores de la Universidad Politcnica de Valencia, Espaa y otras universidades europeas como el cole Polythecnique de Francia, adems del Indian Institute of Technology de Bombai,dedicar muchos recursos a esta novedosa lnea de investigacin. El proyecto fue aceptado en la reciente convocatoria NEST-PATHFINDER del VI Programa Marco de la Unin Europea. Esta ambiciosa propuesta pretende el diseo mediante procedimientos de ingeniera de una bacteria fotosinttica para la produccin optimizada de hidrgeno (estableciendo una metodologa sistemtica y multidisciplinar que utilice los conceptos de partes, circuitos y sistemas para la generacin de sistemas bacterianos con funcionalidades determinadas). El consorcio participante en dicha propuesta est formado por las siguientes universidades: cole Polytechnique (Francia), Universidad Politcnica de Valencia (Espaa), University of Sheffield (Inglaterra), Uppsala University (Suecia), University of Porto (Portugal) y Weizmann Institute of Science (Israel). Para iniciar la aventura en esta nueva lnea de conocimiento y poder llevar a cabo el proyecto europeo es necesario formar un equipo de investigadores y de estudiantes entrenados en dicha disciplina (que no se estudia actualmente en nuestras universidades). En este sentido, InterTech decidi participar en el concurso iGEM (international Genetically Engineered Machine competition) como una oportunidad nica para seleccionar a un grupo multidisciplinar de estudiantes, que han sido entrenados en Biologa Sinttica y preparados para su futura colaboracin en el proyecto europeo BioModularH2. El proyecto planteado por el equipo valenciano consiste en la implementacin de un circuito molecular en una bacteria E.coli para que sta sea capaz de diferenciar tres niveles diferentes de un estmulo externo, ofreciendo informacin cuantitativa con suficiente sensibilidad sobre tales niveles a travs de la sntesis de protenas reporter fluorescentes. Los estmulos externos sobre los que se ha trabajado durante la fase de laboratorio mediante la implantacin en el circuito de las correspondientes molculas sensoras y transductoras de la seal - han sido, por un lado, el nivel de acidez del medio externo (pH) y, por otro lado, el nivel de la molcula vainilla (vanilina) presente en el medio. Dentro de la lgica conceptual de la biologa sinttica, estos circuitos bioqumicos, implantados artificialmente a travs de plsmidos, seran reutilizables en combinacin con sensores capaces de detectar otros muchos estmulos. Durante el perodo de aprendizaje, la preparacin de los estudiantes se llev a cabo mediante cursos especficos que fueron impartidos por expertos en el campo provenientes de universidades como la cole Polytechnique de Francia o el Indian Institute of Technology de Bombay, India. La sede del equipo se encuentra en la Escuela Tcnica Superior de Ingenieros Industriales de la Universidad Politcnica de Valencia. 2

Con todo ello, el concurso iGEM se ha convertido en una oportunidad nica para los estudiantes de las universidades valencianas: la participacin en un proyecto que les ha permitido interaccionar con los grupos de las universidades ms importantes del mundo, a la vez que les ha formado en un nuevo campo que ser fundamental para el futuro desarrollo de la tecnologa y la medicina. Adems, para las universidades participantes supone una ocasin inmejorable de sumarse, desde sus inicios, al desarrollo de una nueva rama cientfica de enorme potencial estratgico. En el ao 2006, durante los das 4 y 5 de noviembre, la participacin en iGEM alcanz la cifra de 380 estudiantes de 35 equipos universitarios de todo el mundo, destacandose la participacin de equipos amricanos como el Duke University, University of Arizona, University of Oklahoma, Boston University, Brown, Harvard, University of Michigan, Missouri Western State University, MIT, Princeton, Mississippi State, Davidson College, Rice, UC Berkeley, Purdue, Penn State, Prairie View A&M University, UT Austin y UC San Francisco y europeos como Ljubljana (Eslovenia), Cambridge y el Imperial College, en Inglaterra; Edinburgh; Swiss Federal Institute of Technology (ETH Zurich); Universidad de Freiburg y el equipo formado por miembros de la Universidad Politcnica de Valencia y de la Universidad de Valencia. Adems participaron grupos de Colombia, Mexico, Japn, India y Canad. Estos presentaron sus proyectos en el Massachusetts Institute of Technology. Ante un panel de jueces, tanto de la industria como del mundo acadmico, quienes seleccionaron los vencedores de iGEM 2006. Los premios principales recayeron sobre el equipo esloveno (primer premio), el representante del Imperial College (segundo premio) y el grupo de Princeton (tercer premio). Adems, se establecieron otras categoras de premios; en este sentido, cabe mencionar que el equipo valenciano obtuvo el segundo en la categora Best conquest of the adversity.

Desde una mirada prospectiva los beneficios de la Biologa Sinttica para la humanidad son enormes. Quiz uno de los campos ms beneficiados del desarrollo de estas tcnicas sea el de la Biomedicina. As, se podrn obtener microorganismos capaces de fabricar complejos frmacos cuya fabricacin actual se basa en fuentes naturales muy limitadas o costosos procesos de sntesis qumica. Un primer ejemplo lo encontramos en el trabajo que desarrolla el equipo de J. Keasling en California que trata de reconstituir, en la bacteria Escherichia coli, el circuito gentico encargado de la sntesis del precursor de la artemisina, un frmaco contra la malaria [Martin V. et al., Nature Biotechnol. 21: 796-802 (2003)]. Adems, la Biologa Sinttica permitir el desarrollo de frmacos inteligentes que slo se activarn cuando se produzcan las circunstancias fisiolgicas que requieran su participacin, o posibilitar el desarrollo de frmacos personalizados. Las aplicaciones medioambientales tambin salen beneficiadas de estos estudios. En el campo de la biorremediacin se est trabajando en el uso de E. coli y Pseudomonas aeruginosa para la degradacin de los derivados del petrleo, as como para la precipitacin de metales pesados y compuestos radiactivos en sus paredes celulares. Otro ejemplo en este sentido lo constituye el diseo de biosensores, dispositivos de anlisis capaces de reconocer e interaccionar con determinadas sustancias o microorganismos. En este marco cabe destacar el nuevo reto del controvertido Craig Venter, que dirige junto con el premio Nobel Hamilton Smith en el Instituto para Alternativas de Energa Biolgica, varios proyectos que pretenden construir un microorganismo artificial con nuevas capacidades que permitan, por ejemplo, la degradacin de emisiones de gases

contaminantes y reducir la concentracin de dixido de carbono de la atmsfera reduciendo as el efecto invernadero. Otra lnea de investigacin de gran inters est relacionada con el campo de la produccin de bioenerga a partir de microorganismos sintticos: la bsqueda de fuentes de energa alternativas se est convirtiendo en una prioridad debido a la escasez de reservas fsiles. As, en esta rea, podemos citar la produccin de hidrgeno o etanol, la conversin de energa solar en hidrgeno o la conversin eficiente de residuos en energa. Por otra parte, aun cuando estrictamente relacionado con el tema en discusin, un elemento crtico en el diseo y la construccin de circuitos biolgicos integrados es el desarrollo y la estandarizacin de secuencias genticas con funciones definidas denominadas, de manera genrica, partes (el anlogo biolgico a los componentes electrnicos). De esta necesidad surge el Registry of Standard Biological Parts del MIT cuya funcin es catalogar y documentar nuevas partes biolgicas, agrupadas segn su objetivo. De hecho, en el verano de 2004, dicho registro ya albergaba una gran cantidad de partes bsicas como distintos elementos de regulacin de la expresin gnica, sensores, transductores, comunicadores, etc., muchas de ellas procedentes de secuencias genticas naturales y otras desarrolladas a partir de las anteriores o de nueva sntesis. Adems, se incluyen mecanismos, como puertas lgicas, construidos a partir de dichas partes bsicas. Estas partes no son simplemente segmentos de ADN, sino autnticas unidades funcionales. Su construccin se realiza mediante tcnicas tradicionales de Ingeniera Gentica en organismos unicelulares, como bacterias y levaduras, y todas ellas han sido desarrolladas y utilizadas por diferentes equipos para el diseo de nuevos circuitos biolgicos. Actualmente, el Registry of Standard Biological Parts cuenta con una base de datos a la cual se puede acceder a travs de la pgina web: http://parts.mit.edu/r/parts/index.html. As mismo, toda la informacin relacionada con el iGEM y la participacin valenciana en el concurso se encuentra disponible en los portales: http://parts.mit.edu/igem, www.intertech.upv.es y www.intertech.upv.es/wiki Es el momento entonces de mirar hacia una nueva alternativa de trabajo cientfico, la cual promete herramientas con tecnologas simples para dar soluciones a problemas concretos, pudiendo ser eficiente en sectores donde los costos de infraestructura representen inconvenientes a la hora de potenciar recursos, controlar la intervencin al ambiente o suministrar elementos necesarios en la cotidianidad humana. Este es un nuevo reto en el cual vale la pena embarcase. Un campo en el que sin duda convergen mltiples reas del conocimiento y una nueva opcin para los profesionales del futuro.