Universidad Nacional de Colombia Facultad de Ciencias Departamento de Qumica UN

Objetivo Presentar las formas de conformacin espacial de las molculas, estructuradas en funcin de su distribucin electrnica, conformando modelos que mediante la interaccin con respecto a un tomo central permiten definir constantes propias de cada molcula tales como la longitud, la energa, la polaridad y la energa en los enlaces de una molcula. ASPECTOS TERICOS El reconocimiento del aporte de la qumica computacional a la modelacin, comprensin y comportamiento de las molculas obtuvo su mrito con el otorgamiento del premio Nobel de qumica ( Popel y otros en 1998) reforzando las teoras de enlace atmico y los orbitales moleculares, presentando la distribucin espacial de los tomos y su grado de ordenamiento hecho que solo era evidenciable por los mtodos instrumentales clsicos. La ecuacin de Schdinger que describe la funcin de onda de un sistema fsico donde en virtud de la interaccin de las partculas del sistema se puede deducir la energa del mismo; dicha energa no cambia continuamente sino que se emite o se absorbe en cuantos o paquetes de energa fija segn la teora cuntica que hoy en da apoya sus estudios en los estudios de las densidades funcionales. La representacin plana de las estructuras moleculares segn los niveles de valencia y las estructuras de Lewis es complementada por las geometras resultantes por las repulsiones de pares de electrones en los niveles de valencia, as mismo como aquellos compuestos que superan los niveles del octeto. Es por ello y apoyado en las teoras de los orbitales moleculares que se conocen algunas estructuras explicables por la conformacin de los orbitales hbridos a los cuales se les asigna una geometra como lo muestra la siguiente tabla. Hibridacin Numero de enlace Geometra de los enlaces sp 2 Lineal 2 sp 3 Trigonal planar 3 sp 4 Tetraedro 3 sp d 5 Bipiramide trigonal 3 2 sp d 6 Octahedro Modelacin Molecular asistida por ordenador Preparada por Carlos Paucar

MATERIALES Y REACTIVOS: Modelos moleculares, Software de modelacin molecular, Manual de operacin del Software y Ordenador. HERRAMIENTAS BSICAS: El programa de aplicacin Hyperchem para su manejo presenta una barra de herramientas cuyas funciones son:

Dibujar: tomos y enlaces

Seleccionar: tomos, molculas, enlaces o ngulos. Girar en un solo plano. Aumentar o reducir Abrir y salvar

Rotar. En el espacio la estructura. Cambiar de posicin Intercambio de planos Trasladar

Limpiar la pantalla de trabajo

En su men de opciones presentan los comandos: (File) Manejo de archivos: donde se abren , salvan , importan y se guardan registros (Edit) edita y permite cortar, copiar, pegar, rotar, aumentar o alinear las molculas (Built) construir los elementos, adicionar hidrgenos y construye el mejor modelo. (Select) selecciona tomos residuos o molculas (Display) muestra, oculta y modifica la visualizacin con palos, esferas y puntos. (Setup) define el mtodo de calculo a mecnica molecular, semiempirico ab-initio. (compute) Calcula la energa puntual, optimiza geometras , realiza dinmicas y presenta los modos vibracionales en las molculas. PROCEDIMIENTO: Nota: antes de cualquier operacin computacional, predecir la posible estructura por las formas de Lewis. 1. Como abrir el programa hyperchem : Activar el icono de inicio de Windows, en la opcin de programas seleccionar qumica y en el pull de programas preinstaldos usar Hyperchem. 2. Como construir las molculas : Una vez en operacin el programa hyperchem, en el men de built aplicar clic en default element y se escoger en la tabla peridica el tomo que deseamos utilizar por ejemplo para hacer el metano, el carbono es el elemento a utilizar, luego con la herramienta de dibujar colocamos el carbono en la pantalla de trabajo del

programa dando clic en ella, luego si no requiere mas elementos se cierra la tabla peridica y se activa nuevamente built y se adicionan los hidrgenos add hydrogens y finalmente se construye el mejor modelo con model build. Si desea enlaces dobles o triples entre tomos y si el nivel de valencia lo permite se trazan dichos enlaces uniendo con el botn izquierdo del mouse los centros de los tomos tantas oportunidades como desee. 3.Para modificar la apariencia de la molcula: Utilizar Display y luego rendering para visualizara la molcula en palos, puntos o esferas. Si se desea rotar la molcula se utiliza izquierdo del mouse. (rotar) dejando oprimido el botn

4. Para realizar mediciones de longitud y ngulo en la molcula verificar que este en el menu de select y en atoms ; utilice la herramienta seleccionar, y por ejemplo para saber la longitud de enlace dar clic sobre el enlace que une dos tomos y verificar su distancia en la barra de dialogo ubicada en el nivel inferior izquierdo de la pantalla. Para conocer el ngulo se utiliza un procedimiento que una con el puntero del mouse los ncleos de tres tomos consecutivos dejando el botn izquierdo oprimido, y se lee el valor del ngulo en la barra de dialogo.

5. Visualizacin de la polaridad: Construya la molcula de inters y en el men de setup colocar semiempirical y luego en compute realizar un single point para la energia puntual , luego en el men de display colocar show dipole moment y observar en la pantalla la orientacin del vector de polaridad y en la barra de dialogo el valor de la magnitud de dicho dipolo medida en debyes. 6. Calculo de propiedades termodinmicas: En cualquiera de las molculas estudiadas realizadas mediante el comando de compute una dinmica molecular y observar el valor de la energa del sistema. 7. Como ver la interaccin entre molculas: Construya dos molculas (preferiblemente de distinta polaridad) con el mejor modelo en el men de built y luego en el men de compute y luego realizar una dinmica molecular ; observar el comportamiento y orientacin de los dipolos en las molculas.
8. Orbitales moleculares: En algunas de las molculas obtenidas ( preferiblemente las

de menor tamao) efectuar una simulacin de las vibraciones mediante la herramienta ( Compute -Molecular dinamic-) y luego vibrations y luego observar las densidades electrnicas con la herramienta ( Plot Molecular properties).

EJERCICIOS A REALIZAR 1. Con la seleccin de los tomos de la tabla peridica y las herramientas de dibujar, construya y observe la geometra en las molculas propuestas en la siguiente tabla y determine las constantes necesarias para llenar la tabla y consulte la geometra y el tipo de enlaces en otras fuentes: 2. Compuesto Estructura Tipo Long Enlace Angulo Energia CH4 C2 H 6 C2 H 4 C2 H 2 H2O NH 3 TRPENV BeCl2 AX2 SnCl2 AX2 BF3 AX3 SiO4 AX4 H20 AX4 PCl5 AX5 SF4 /TeCl4 AX6 ClF3 /Icl3 AX3 SF6 AX6 NaCl CCF

RESULTADOS 1 Compare las longitudes, energa, geometra y ngulos de enlace para los compuestos realizados con los datos tericos. Diferencie cuales compuestos poseen enlace doble y triple. En cuales de las molculas construidas no se cumple el octeto.

2 3

Bibliografa : Brown, Leonard , Qumica la ciencia central, Prentice may, 1999. Raymond Chang, Quimica (McGraw-Hill, New York), 1998.