ELIZARRARAS VILLEGAS RAMON ENRIQUE 90096 BIOLOGIA MOLECULAR CHIPS DE AND

Escrito por Francisco Glvez Prada a las 9 abr, 2012 en Gentica

Conoces qu es un Chip de ADN? Son tambin conocidos comoMicroarrays de ADN o Biochips y en esencia son una gran cantidad de puntos de ADN unidos a una superficie. Su funcin es medir niveles de expresin de una gran cantidad de genes de forma simultnea. En cada punto encontramos una cantidad muy pequea (del grado depicomoles) de una secuencia de ADN especfica. Esta secuencia de ADN nos sirve para hibridar con una secuencia de un gen en concreto, que ms adelante detectaremos mediante algn fluorforo. As explicado tal vez no se entienda muy bien pero vamos a poner un pequeo ejemplo, imagina una clula en dos estados diferentes, una joven y otra adulto. Cada clula est expresando una determinada cantidad de genes y por tanto en esas clulas encontraremos diferencias en sus ARNs mensajeros. Recogeremos de ambas clulas cantidades de ARNs mensajeros y mediante la enzima retrotranscriptasa inversa los convertiremos en cDNA. Estas muestras de ambas clulas las usamos en un chip de ADN que muestrea todos los genes de esa clula. El mismo chip va a ser usado para ambas muestras, pero las muestras de cDNA de cada tipo de clula van a estar marcadas con fluorforos distintos. Esta combinacin de procesos, nos dar un resultado de puntos de colores en el chip de ADN que se deber analizar mediante computacin.

La lectura de los puntos de color nos van a indicar cules genes se expresan o no en cada estado celular. Tendremos un color para aquellos genes que se expresan slo en el estado celular joven, mientras que otro color ser para aquellos genes que slo se expresan en el estado celular adulto. Un color intermedio indicar que esos genes se expresan en ambos estados celulares, y

ELIZARRARAS VILLEGAS RAMON ENRIQUE 90096 BIOLOGIA MOLECULAR evidentemente los puntos oscuros son genes que no se expresan o no hibridan. Estos chips por tanto nos permiten rastrear de una forma amplia qu genes podran ser de inters para nuestro estudio, ya que por ejemplo, esto mismo se puede hacer para clulas normales y tumorales. Lo cual nos dara qu genes son los afectados en la clula tumoral y por tanto qu genes son los de inters de estudio.

Fabricacin Los chips de ADN se fabrican usando una gran variedad de tecnologas. El gran desarrollo de esta tcnica ha llegado al normalizarse el uso de robots que se encargan de la mayor parte del proceso de manipulacin de los chips (sintetizar el ADN molde que se une al chip, unirlo, aadir los reactivos necesarios, etc.). Los chips de ADN se pueden usar para detectar ARN, que puede o no ser traducido a protenas. Los cientficos se refieren a esta clase de anlisis como "anlisis de expresin" o "anlisis del transcriptoma". Se suele retrotranscribir el ARN a ADN para estos casos, de manera que lo que usamos como muestra es ADNc. El uso de chips de ADN para estudiar la expresin de diversos genes fue publicado en 1995,1 en la prestigiosa revista cientfica Science y el primer organismo eucariota con todo el genoma (Saccharomyces cerevisiae) dispuesto en un chip de ADN fue publicado en 19972 en la misma revista. Tipos Microarrays de dos canales

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Diagrama de una experimento tpico de chip de ADN con doble canal. En este tipo de chips de ADN (en ingls Spotted microarrays) las sondas son oligonucletidos, ADN complementario (ADNc) o pequeos fragmentos de Reaccin en cadena de la polimerasa, que corresponden con ARN mensajero (ARNm). En este tipo de chip de ADN se utilizan preparaciones de ADNc obtenido a partir de dos muestras biolgicas distintas, por ej. de clulas cultivadas en dos distintas condiciones. El ADNc de cada muestra se marca con un fluorforo diferente, y las dos preparaciones de ADNc marcadas se mezclan e hibridan sobre el mismo chip de ADN. Una vez realizado este primer paso, se procede al escaneo del resultado y a la visualizacin del mismo. De esta forma se pueden detectar genes que se activan o se reprimen en distintas condiciones. La contrapartida de estos experimentos es que no se pueden observar niveles absolutos en la expresin y requieren qPCR para anlisis quantitativo absoluto. Chips de oligonucletidos de ADN. En los chips de oligonucletidos de ADN o micromatrices de canal nico, las sondas se disean a partir de una secuencia conocida o un ARNm predicho. Estos chips de ADNs dan estimaciones del nivel de expresin, pero distintas condiciones no pueden ser observadas en una misma matriz, por lo que por cada condicin se ha de utilizar un chip. Idea principal : las sondas son sintetizadas "in situ" (en el chip). No estn basadas en la hibridacin competitiva. Esto quiere decir : un chip, una muestra. Las secuencias son construidas en la superficie del chip mediante el elongamiento secuencial de una cadena en crecimiento con un slo nucletido utilizando fotolitografa. GeneChips de Affymetrix Affymetrix es la compaa lder en este tipo de chips. Se denominan genricamente "GeneChips". Cada gen representado por un conjunto de secuencias cortas que lo caracterizan. Algunos chips: genomas completos con ms de 50.000 grupos de sondas.

ELIZARRARAS VILLEGAS RAMON ENRIQUE 90096 BIOLOGIA MOLECULAR Chips de ADN para Genotipado Los chips de ADN pueden ser utilizadas para "leer" las secuencias de un genoma particular en determinadas posiciones. Los SNP arrays son un tipo particular de matrices que son usadas para identificar variaciones individuales y a travs de poblaciones. Los oligonucleotidos pequeos son capaces de identificar polimorfismos de un slo nucletido (en ingls SNPs, single nucleotide polymorphisms) que podran ser los responsables de variaciones genticas dentro de una poblacin, la fuente de susceptibilidad a distintas enfermedades genticas e incluso a ciertos tipos de cncer. En general, la aplicacin de estas tcnicas de genotipado es forense, ya que son rpidas en descubrir o medir la predisposicin de enfermedades o incluso permitir el uso de ciertos medicamentos para tratar ciertas enfermedades segn sea el ADN del enfermo o donante. Los chips de ADN de SNPs son tambin utilizadas para identificacin de mutaciones somticas en cncer, sobre todo la prdida de heterocigosis, la amplificacin o la delecin de regiones de ADN en el genoma individual de pacientes afectados, es decir la deteccin de aberraciones cromosmicas.. Aplicaciones Los chips de ADN se han aplicado al estudio de casi cualquier tipo de problema biolgico. El nmero de publicaciones anuales es muy alto y contina creciendo. Algunas de sus aplicaciones ms frecuentes son : Estudio de genes que se expresan diferencialmente entre varias condiciones (sanos/enfermos, mutantes/salvajes, tratados/no tratados). Clasificacin molecular en enfermedades complejas. Identificacin de genes caractersticos de una patologa (firma o signature). Prediccin de respuesta a un tratamiento. Deteccin de mutaciones y polimorfismos de un nico gen (SNP).