GUIAS

DE

PRACTICA

DE

BIOINFORMATICA

Universidad Nacional del Santa Facultad de Ingeniera Prctica de Bioinformtica E. A. P Ingeniera de Sistemas e Informtica Unidad I

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PRACTICA 01

1. Realizar un Algoritmo Gentico para una pareja de padres que tengan 5 cromosomas
cada uno. Ingrese el cdigo de la madre: 24 Su Cromosoma es: 11000 Ingrese el cdigo del padre: 19 Su Cromosoma es: 10011 Realizar el cruce de un punto, el nmero de posicin del punto del cruce es 2 [1] [2] [3] [4] Obtener los Hijos realizando el respectivo cruce. Hijo 01: 11011 Hijo 02: 10000

2. Realizar un Algoritmo Gentico para una pareja de individuos X que tengan 5

cromosomas y hallar: A) ingresar el padre y la madre elegidos: Padre: 13 Madre: 24 B) Representar sus cromosomas: Padre: 01101 Madre: 11000 C) Realizar el cruce de un punto ingresando el lugar de la posicin del cruce: (1-3)
1
2

Cruce 1 01000 11101

Cruce 2 01100 11001

Cruce 3 01100 11001

Padre: 0 1 1 0 1 Madre: 1 1 0 0 0

D) Realizar la mutacin cambio de un bit, ingresando la posicin del bit a mutar(solo del padre), ingrese posicin del bit a mutar: 4 Padre: 0
1

1
2

1
3

0
4

1
5

Padre Mutado: 0 1 1 1 1

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E) Realizar el cruce con el nuevo padre mutado y la madre. Padre: 01111 Madre: 11000 Ingresar la cantidad de puntos a cruzar y sus posiciones. Ejemplo 2 puntos. Primer punto (posicin: 2) y segundo punto (posicin 4). Padre: 0 1 1 1 1 Madre: 1 1 0 0 0 Hijos del primer punto Hijo 01: 0 1 000 Hijo 02: 1 1 111 Padre: 0 1 1 1 1 Madre: 1 1 0 0 0 Hijos del segundo punto Hijo 01: 0 1 1 1 0 Hijo 02: 1 1 0 0 1

3. Para 2 poblaciones de A Y B y X individuos de tal manera que tengan 5 cromosomas

cada uno hallar: A) ingresar el padre y la madre de las 2 poblaciones : Poblacin A: Poblacin B: Padre Padre A: 13 B: 8 Madre A: 24 Madre B: 19

B) Representar sus cromosomas: Padre A: 01101 Madre A: 11000 Madre B: 10011

Padre B: 01000

C) Realizar el cruce de un punto con posicin 2 para ambas parejas.

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Poblacin A Padre A: Madre A: Poblacin B Padre B: Madre B: 01000 10011 01101 11000

Cruce A 01000 hijo1 A 11101 hijo2 A Cruce B 01011 hijo1 B

10000 hijo2 B

D) Realizar el cruce de 1 punto (posicin2) del hijo 2A con el hijo 1B y hallar la 3era generacin. 11101 hijo2 A 01011 hijo1 B Hijos de la tercera generacin 11 011 1 01

4. Presentar el avance del problema de la Mochila.

PRACTICA 02 PROBLEMA DE LA MOCHILA Para el problema de la mochila basado en la Optimizacin basada en colonias de hormigas. Crear el programa de la Mochila usando cualquier lenguaje de programacin estructurada (C, C++, C#, Java, etc.), veamos el siguiente Algoritmo Propuesto: Capturar Parmetros Inicializar los rastros de feromonas Colocar hormigas en posicin inicial Repetir Para K desde 1 Hasta el numero de hormigas Hacer Construir la solucin para la hormiga K Seleccionar la mejor solucin Actualizar los rastros de feromonas Hasta Alcanzar el nmero de ciclos o encontrar la solucin optima Donde cada paso quiere decir:

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Inicializacin de la feromona: Las hormigas se comunican a travs de la feromona depositada en los objetos, debido a que no se cuenta con ninguna relacin entre ellos estos son tomados como objetos independientes y cada objeto contiene la concentracin de la feromona. La concentracin de feromona en el Objeto i es denotada por inicialmente se coloca un valor pequeo a todos los objetos. Colocar hormigas en posicin inicial: Se coloca cada una de las hormigas en una posicin inicial (objeto) manualmente o aleatoreamente. Construccin de la solucin con las hormigas: Iterativamente se escoge el siguiente objeto para ser agregado a la mochila. Dentro de un conjunto de candidatos que contiene todos los objetos que no han sido colocados en la mochila y no sobrepasan el peso restante, es decir la capacidad de la mochila menos el peso de los objetos seleccionados hasta el momento. Seleccionar la mejor solucin: Consiste en seleccionar la solucin que da mayor utilidad. Actualizar los rastros de feromonas: Se actualiza las feromonas en cada uno de los objetos utilizando la Ec. (1) . y

La simbologa utilizada en el algoritmo es: Es la solucin la cual contiene el objeto donde fue colocada inicialmente la hormiga k, P es la suma de los pesos de los objetos dentro del conjunto solucin (S), U es la suma de la utilidad de los objetos dentro del conjunto solucin (S), Op es el primer objeto dentro de la solucin, Candidatos es la lista de los objetos que pueden ser seleccionados.

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CORRIDA DEL PROBLEMA DE LA MOCHILA Para realizar el diseo de experimento se tiene es el numero de hormigas, es la

concentracin inicial de la feromona, la capacidad de la mochila, que es el factor de evaporacin de la feromona, Nc el nmero de ciclos que se correr el algoritmo adems de los mencionados anteriormente. Se crearon varios archivos con extensin.dat los cuales contienen las instancias con las cuales fue corrido el algoritmo, actualmente se cuenta con 10 instancias creadas en este formato las cuales sern utilizadas para generar un diseo de experimento ms robusto, la informacin de estas instancias se encuentra guardada como se muestra en la siguiente 2.

La solucin para el siguiente problema sera el siguiente:

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Solucin: 8, 4,1 El peso de los objetos es 5 La Utilidad es 11

Como se puede ver el formato es sencillo y puede ser modificado fcilmente, estas modificaciones serian por ejemplo poner ms objetos por lo cual cambiaramos el nmero de tems, cambiar la capacidad de la mochila y finalmente algo que se tendra que hacer es aumentar o disminuir el nmero de objeto para que la lista sea igual al nmero de tems puesto anteriormente, tambin puede ser modificado el peso y la utilidad de los objetos anteriores, una vez hecho el archivo este puede ser ledo por el sistema sin ningn problema y no hay que modificar el cdigo. Se puede observar que se pueden ingresar ms objetos como se muestra en a figura:

La solucin para el ingreso de 20 objetos se muestra a continuacin:

Solucin: 1, 4, 2, 13, 10, 11, 18 El peso de los objetos es 15 La Utilidad es 26

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PRACTICA 03 Problema de Poblaciones: Partiendo de una poblacin inicial (soluciones factibles), donde se selecciona individuos (favorecer a los de mayor calidad), luego Recombinarlos, Introducir mutaciones en sus descendientes y Insertarlos en la siguiente generacin. POBLACION: Toda el aula de Bioinformtica SECCION A. MUESTRA: 4 INDIVIDUOS. (2 MUJERES Y 2 HOMBRES). Crear un programa en cualquier lenguaje de programacin estructurada (C, C++, C#, Java, etc.) Codificacin: Utilizar cadenas de bits para representar las soluciones Los bits pueden codificar nmeros enteros, reales, conjuntos. Ventaja: los operadores de cruce y mutacin son simples. Inconveniente: no siempre resulta natural. Seleccin: Asignar una probabilidad de supervivencia proporcional a la calidad Generar una poblacin intermedia Elegir parejas de forma aleatoria o de acuerdo a criterios, como rendimiento acadmico y valores en cada individuo. No se pueden cruzar elementos de dos generaciones distintas. Operador de cruce de un punto Mutacin: Hay una pequea probabilidad de cambio de un bit. Ejemplo: Suponiendo que de nuestra poblacin se seleccion 4 individuos: Seleccin de la muestra = 4 individuos: 13,24, 8 y 19.

Hallar: a) La seleccin aleatoria o manual del aula de Bioinformtica (4 individuos). b) Mostrar los resultados como en la tabla anterior. c) Realizar el cruce y mostrar los hijos de cada pareja. d) Construir el cuadro de la segunda generacin.

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e) Cruzar los hijos y construir el cuadro de la tercera generacin f) Dar una conclusin Final. PRACTICA 04 El Problema del Viajante Para el problema del viajante; Crear el programa usando cualquier lenguaje de programacin estructurada (C, C++, C#, Java, etc.) El viajante sale de una ciudad para visitar todas las dems pasando exactamente una vez por cada una y volver al punto de partida habiendo recorrido la menor distancia posible. El problema se representa como un grafo no dirigido con n nodos. Un ciclo del grafo que pase por todos los nodos exactamente una vez se denomina ciclo hamiltoniano. Por lo tanto para resolver el problema hay que hallar el ciclo hamiltoniano ms corto del grafo. Por ejemplo:

En este caso el recorrido ptimo tiene una longitud de 58. Est distancia se logr haciendo el recorrido 1,2,3,6,4,5,1. Nuestro algoritmo heurstico comenzar en un nodo arbitrario y ah decidir visitar el nodo ms cercano que no haya sido Visitado. As, si comienzo en 1, recorriendo las distancias ms cortas ser: 1-2-3-5-4-6-1, dando un total de 60. Aunque este algoritmo heurstico no es tan ptimo, tampoco est mal y puede ser utilizado. PRACTICA 05 Coloreado de un grafo (Tarea para Casa) 1. Colorear cada nodo, de manera que no haya dos nodos adyacentes del mismo color. 2. Cul es el nmero mnimo de colores: La solucin ptima nos dice que el mnimo son dos colores; Secuencia: 1-2-3-4-5

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Selecciona el nodo 1 como inicial pinta con un color al azar. Pasa al 2, no puede pintar (1 ya est pintado). Pasa al 3, pinta. Pasa al 4, pinta. Pasa al 5, no puede pintar (3 y 4 ya estn pintados). Selecciona otro nodo y pinta con otro color. Pasa al siguiente, etc. Solucin ptima 3) Secuencia: 1-5-2-3-4

Selecciona el nodo 1 como inicial pinta con un color al azar. Pasa al 5, pinta Pasa al 2, no puede pintar (1 ya est pintado). Pasa al 3, no puede pintar (5 ya est pintado). Pasa al 4, no puede pintar (5 ya est pintado). Selecciona otro nodo (2) y pinta con otro color. Pasa al 3 y al 4, no puede pintar (2 ya est pintado). Solucin NO ptima Pasa al siguiente (3), y selecciona otro color. Pasa al 4, pinta

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